The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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sequence length |
305
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structure length |
305
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Chain Sequence |
EVVQQKFAIVAKEMKIDNPELITIPNQWKLVQEYEKKQKKDIRIQLNAQKTGNWRNAITDPKYLADLLKTRDDMDLLNEMVVVFRSSSVSFIKTFVSVGGLANLMAIYKKKIEAENSNTAIDEERKCCEVLRYVFAEEDATVALIEIDGGVELLLKGMNSKRITPDNQLDILLEITLTSSMVEHPSQEGLYLGGDVCVMNAFSNLVSEGVDMKKFLSFFSLFSKSKSEKFKHASLVLINNLIDQPELEHRMDVRNSFIEIGLVNELENMKNTEWMKIDKIKDSINDFFDSWEEDKKEVESRFDDL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Entamoeba histolytica Rho1 Regulates Actin Polymerization through a Divergent, Diaphanous-Related Formin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Rho-like small GTPase
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| molecule tags |
Gtp binding/actin binding proteins
|
| source organism |
Entamoeba histolytica
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| total genus |
107
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| structure length |
305
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| sequence length |
305
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MFV A; 2H4M A; 1QZ7 A; 4UAD A; 4D49 A; 1EJL I; 4WV6 A; 2NYM B; 3EA5 B; 4DB9 A; 3ODS A; 2IWH A; 5LSW A; 3EBB A; 4KZG A; 1JPP A; 3C5W A; 3RZ9 A; 1I7X A; 1M8Z A; 2F31 A; 5BYM A; 4ZDU A; 1XQS A; 3TPM A; 2IE3 A; 2P8Q A; 3TPO A; 4RXH B; 5BZ1 A; 3ZIP A; 5KL1 A; 5H2W A; 3Q0P A; 2Q5D A; 2JKR B; 5E6Q B; 1JDH A; 5HHG E; 3V74 A; 3IFQ A; 4FQ3 A; 4MFU A; 1V18 A; 3LTJ A; 3FEX C; 1M8Y A; 4L7M A; 4U5N A; 4FZD A; 5AEI A; 5SW9 A; 3L6X A; 4NZW A; 1UPK A; 4DZS A; 4UWX A; 1OYZ A; 1WA5 C; 3NMW A; 3V6Y A; 2JKT B; 4R11 A; 3K5Q A; 4B8J A; 3Q0S A; 3O4X A; 3L3F X; 5BZU A; 5H2X A; 4RZP A; 2Z5O A; 2Z5J A; 4UQI B; 1IQ1 C; 4U54 A; 4K6J A; 2X19 B; 4P6Z G; 3K61 A; 2WTK A; 4B18 A; 1XM9 A; 4D4E A; 1W9C A; 4I5L A; 4MZ5 E; 2Z5N A; 3QHE A; 2IW3 A; 3UVU A; 3ZKV A; 3UKX B; 5B56 A; 3LTM A; 3O2T A; 3K64 A; 1M5N S; 5KLR B; 3H3D X; 1IAL A; 4O27 A; 4MZ6 E; 4DB6 A; 3VWA A; 2IX3 A; 3ND2 A; 1UPL A; 3ODR A; 3K62 A; 3K7V A; 1IBR B; 3UKZ B; 4U3J C; 2BNX A; 3K5Z A; 1XQR A; 2BCT A; 3DAD A; 1EE5 A; 1Y2A C; 1PJM B; 3OBV A; 3L6Y A; 3QG9 A; 3VE6 A; 1T08 A; 3FEY C; 1UKL A; 2Z6H A; 4CBA A; 4R0Z A; 3OPB A; 4U58 A; 3Q5U A; 4FFB C; 4HNM A; 2NYL A; 3K4E A; 1QGK A; 3BWT A; 3NMZ A; 4IMJ A; 2YJY A; 4U5V A; 4UAE A; 4PLQ A; 1M1E A; 4H3H A; 3K5Y A; 1U6G C; 4FZF A; 5EWP A; 4BA3 A; 2XA7 A; 4DB8 A; 3OQS A; 3WOY A; 3TT9 A; 4XZR B; 4QMH A; 2VGL A; 4GMN A; 1LUJ A; 3Q0M A; 1Z2C B; 2PF4 A; 5KLA A; 3ZIN A; 5KL8 A; 4YJL A; 4CRU B; 5SVZ A; 4A0C A; 3UL0 B; 3GAE A; 3ZIO A; 3UL1 B; 3FGA B; 2Z5M A; 4QMJ A; 4U5L A; 3GQ2 A; 3OUW A; 4PLS A; 3Q0Q A; 2C1T A; 4YJE A; 5EKF A; 4RV1 A; 3WOZ A; 3GRL A; 4U5U A; 3T7U A; 1PJN B; 3ZIR A; 4BPL A; 5BZ5 A; 4CB9 A; 4UAF B; 4K92 A; 3FGA A; 3BCT A; 3O2S A; 1JPW A; 4EV8 A; 4TNM A; 2PKG A; 1Q1S C; 3ZIQ A; 3UKW B; 4CT7 B; 2W3C A; 4EVA A; 3DW8 A; 4B8P A; 3GVT A; 2JAK A; 4V3Q A; 3BSX A; 2NPP A; 4HM9 A; 3IBV A; 4NEE A; 2IAE A; 2RU4 A; 1W63 B; 5EKG A; 1Q1T C; 4QMI A; 3Q0N A; 3V71 A; 2DB0 A; 2QK2 A; 3TJ3 A; 3BSB A; 1GCJ A; 1F59 A; 2OF3 A; 3GVO A; 2QK1 A; 5SWF A; 4I2Z A; 3AU3 A; 1B3U A; 2GL7 A; 4LAC A; 1O6P A; 5J3V A; 2NYL B; 2Z6G A; 3QGC A; 1W63 A; 2BKU B; 4ADY A; 3BX3 A; 4I5N A; 1M8X A; 1LRV A; 1UN0 A; 2JDQ A; 1I7W A; 3ZHP A; 4I2W A; 3TJZ B; 3WYF C; 3QGB A; 5HUY C; 4U5S A; 4V3R A; 4HTV A; 2YNS A; 3RZX A; 2XA7 B; 3KND A; 2VGL B; 3PST A; 2FV2 A; 3A6P A; 1IB2 A; 3O2Q A; 3W3U A; 3C2H A; 1BK6 A; 4HXT A; 1EJY I; 4OIH A; 4DVG B; 4GMO A; 4YI0 C; 5K6S A; 2NYM A; 3GS3 A; 4CB8 A; 2IE4 A; 4U5O A; 5BZV A; 3OUX A; 4OO6 A; 2X1G F; 1M8W A; 4YGX A; 1BK5 A; 3GB8 A; 2Z5K A; 4E4V A; 4EVP A; 3K7W A; 4CV5 B; 1QGR A; 3Q0L A; 4H3K A; 2JKR A; 4R10 A; 4PVZ A; 5HUW C; 5D5K C; 3BTR C; 5FC8 E; 1QBK B; 2BAP A; 4P6Z B; 4EV9 A; 4IMI A; 3BX2 A; 4CT6 B; 4JLQ A; 2NPP B; 3NOW A; 5KLT B; 2IAE B; 2RU4 B; 2QNA A; 4DJS A; 4JW2 B; 3UKY B; 3QML C; 5CTT A; 4V3O A; 4G3A A; 3C2G A; 4FDD A; 3L3Q A; 4PLR A; 2C1M A; 4EVT A; 1EE4 A; 3Q0R A; 1TH1 A; 4FZA A; 4YK6 A; 4DBA A; 2JKT A; 2OT8 A; 1WA5 B; 3K49 A; 5K9S A; 1HO8 A; 3PSP A; 3TX7 A; 4BQK A; 1O6O A; 4UQI A; 4B8O A; 3NMX A; 3GNI A; 3LWW A; 3Q0O A; 3EG5 B; 5JJA A; 4Y5J A; 3WPT A; 2QMR A; 4CRV B; 5DN7 A; 2YNR A; 1G3J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MFV A; 2H4M A; 3JX7 A; 1QZ7 A; 4UAD A; 4D49 A; 1EJL I; 4WV6 A; 4I2S A; 2NYM B; 3EA5 B; 4DB9 A; 3ODS A; 2IWH A; 5LSW A; 3EBB A; 3VLE A; 4KZG A; 1JPP A; 3C5W A; 3RZ9 A; 4I6I A; 1I7X A; 1M8Z A; 2F31 A; 5BYM A; 4ZDU A; 1XQS A; 1TE4 A; 2IE3 A; 4L4H A; 2P8Q A; 3TPO A; 3TPM A; 4RXH B; 5BZ1 A; 3ZIP A; 5KL1 A; 5H2W A; 4A3T A; 3Q0P A; 2Q5D A; 2JKR B; 5E6Q B; 1JDH A; 5HHG E; 3V74 A; 3IFQ A; 4FQ3 A; 4MFU A; 1V18 A; 3LTJ A; 3FEX C; 1M8Y A; 4L7M A; 4U5N A; 5CL9 A; 4FZD A; 5AEI A; 5SW9 A; 3L6X A; 4NZW A; 1UPK A; 1LSH A; 4DZS A; 4UWX A; 1OYZ A; 1WA5 C; 3NMW A; 5CLE A; 3VLD A; 3V6Y A; 2JKT B; 4R11 A; 3JY1 A; 3K5Q A; 3SLA A; 5CL7 A; 4B8J A; 4I1E A; 3O4X A; 3Q0S A; 3L3F X; 5BZU A; 5H2X A; 4RZP A; 2Z5O A; 2Z5J A; 4UQI B; 1IQ1 C; 4U54 A; 4K6J A; 2X19 B; 4P6Z G; 3K61 A; 2WTK A; 1XM9 A; 4B18 A; 4D4E A; 1W9C A; 4I5L A; 4MZ5 E; 2Z5N A; 3QHE A; 2IW3 A; 3UVU A; 4FP7 A; 3ZKV A; 3UKX B; 5B56 A; 3LTM A; 3O2T A; 3K64 A; 1M5N S; 5KLR B; 3H3D X; 1IAL A; 4O27 A; 4MZ6 E; 4DB6 A; 3VWA A; 2IX3 A; 3ND2 A; 1UPL A; 3ODR A; 3K62 A; 3K7V A; 1IBR B; 3UKZ B; 4U3J C; 2BNX A; 3K5Z A; 3UJ0 A; 1XQR A; 2BCT A; 3DAD A; 1EE5 A; 1Y2A C; 1PJM B; 3OBV A; 3L6Y A; 3QG9 A; 3VE6 A; 1T08 A; 3FEY C; 1UKL A; 2Z6H A; 4CBA A; 4R0Z A; 3OPB A; 5KUB A; 4U58 A; 3Q5U A; 4FFB C; 4HNM A; 2NYL A; 3SL9 A; 4JW3 C; 3K4E A; 1QGK A; 3BWT A; 3NMZ A; 4IMJ A; 2YJY A; 4U5V A; 4UAE A; 4PLQ A; 4A3V A; 1M1E A; 4H3H A; 3K5Y A; 1U6G C; 4FZF A; 5EWP A; 4BA3 A; 2XA7 A; 4DB8 A; 3OQS A; 3WOY A; 3TT9 A; 4XZR B; 4QMH A; 2VGL A; 4GMN A; 1LUJ A; 3Q0M A; 1Z2C B; 2PF4 A; 5KLA A; 3ZIN A; 5KL8 A; 4YJL A; 4CRU B; 5SVZ A; 4JKQ A; 3T8S A; 4A0C A; 3UL0 B; 3GAE A; 3ZIO A; 3JXY A; 3UL1 B; 3FGA B; 2Z5M A; 3UJ4 A; 4QMJ A; 4U5L A; 3GQ2 A; 3OUW A; 4PLS A; 3Q0Q A; 2C1T A; 4YJE A; 5EKF A; 4RV1 A; 3WOZ A; 3GRL A; 4U5U A; 3T7U A; 1PJN B; 3ZIR A; 4BPL A; 5BZ5 A; 4CB9 A; 4UAF B; 4K92 A; 3FGA A; 3BCT A; 3O2S A; 1JPW A; 4EV8 A; 4TNM A; 2PKG A; 1Q1S C; 3ZIQ A; 3UKW B; 4CT7 B; 2W3C A; 4EVA A; 3DW8 A; 4B8P A; 3GVT A; 2JAK A; 4L4I A; 4V3Q A; 3BSX A; 5CL6 A; 2NPP A; 4HM9 A; 3IBV A; 4NEE A; 2IAE A; 2RU4 A; 4I8M A; 4JW2 A; 1W63 B; 5EKG A; 1Q1T C; 4QMI A; 3Q0N A; 3V71 A; 2DB0 A; 2QK2 A; 4I96 A; 3TJ3 A; 3BSB A; 1GCJ A; 1F59 A; 2OF3 A; 3GVO A; 2QK1 A; 5SWF A; 4I2Z A; 3AU3 A; 1B3U A; 2GL7 A; 4LAC A; 1O6P A; 5J3V A; 5CLD A; 2NYL B; 2Z6G A; 3QGC A; 1W63 A; 2BKU B; 4ADY A; 3BX3 A; 5CL8 A; 4I5N A; 1M8X A; 1LRV A; 1UN0 A; 2JDQ A; 1I7W A; 3ZHP A; 4I2W A; 3TJZ B; 3WYF C; 3QGB A; 5HUY C; 4U5S A; 4V3R A; 4HTV A; 2YNS A; 3RZX A; 2XOA A; 2XA7 B; 3KND A; 3ZIL A; 1N4K A; 2VGL B; 3PST A; 4I37 A; 5CL5 A; 2FV2 A; 3A6P A; 1IB2 A; 3O2Q A; 3W3U A; 3C2H A; 1BK6 A; 4HXT A; 1EJY I; 4OIH A; 4DVG B; 5CLA A; 4GMO A; 4YI0 C; 5CLC A; 5K6S A; 4I3N A; 2NYM A; 4I0Y A; 3GS3 A; 3BVS A; 4CB8 A; 2IE4 A; 4U5O A; 5BZV A; 3OUX A; 4OO6 A; 2X1G F; 1M8W A; 4YGX A; 1BK5 A; 3GB8 A; 2Z5K A; 4E4V A; 3JXZ A; 4EVP A; 3K7W A; 4CV5 B; 5CLB A; 1QGR A; 3Q0L A; 4I7I A; 4H3K A; 2JKR A; 4R10 A; 4PVZ A; 5HUW C; 5D5K C; 3BTR C; 5FC8 E; 1QBK B; 2BAP A; 4U2X D; 4P6Z B; 4EV9 A; 4IMI A; 3BX2 A; 4CT6 B; 4JLQ A; 2NPP B; 3NOW A; 5KLT B; 2IAE B; 2RU4 B; 2QNA A; 4DJS A; 4JW2 B; 3UKY B; 3QML C; 3ZIK A; 5CTT A; 4V3O A; 4G3A A; 3C2G A; 4FDD A; 3L3Q A; 4PLR A; 2C1M A; 4EVT A; 1EE4 A; 3Q0R A; 1TH1 A; 4FZA A; 4YK6 A; 4DBA A; 5CL4 A; 2JKT A; 2OT8 A; 1WA5 B; 3K49 A; 5K9S A; 3VLF A; 1HO8 A; 3PSP A; 3TX7 A; 4BQK A; 1O6O A; 4UQI A; 4B8O A; 3NMX A; 3GNI A; 5CL3 A; 3LWW A; 3Q0O A; 3EG5 B; 5JJA A; 4Y5J A; 3WPT A; 2QMR A; 4CRV B; 5DN7 A; 2YNR A; 1G3J A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4MFV A; 2H4M A; 3JX7 A; 1QZ7 A; 4UAD A; 4D49 A; 1EJL I; 4WV6 A; 4I2S A; 2NYM B; 3EA5 B; 4DB9 A; 3ODS A; 2IWH A; 5LSW A; 3EBB A; 3VLE A; 4KZG A; 1JPP A; 3C5W A; 3RZ9 A; 4I6I A; 1I7X A; 1M8Z A; 2F31 A; 5BYM A; 4ZDU A; 1XQS A; 1TE4 A; 2IE3 A; 4L4H A; 2P8Q A; 3TPO A; 3TPM A; 4RXH B; 5BZ1 A; 3ZIP A; 5KL1 A; 5H2W A; 4A3T A; 3Q0P A; 2Q5D A; 2JKR B; 5E6Q B; 1JDH A; 5HHG E; 3V74 A; 3IFQ A; 4FQ3 A; 4MFU A; 1V18 A; 3LTJ A; 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