The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
159
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structure length |
153
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Chain Sequence |
MISLIAALAVDRVIGMENAMPWNLPADLAWFKRNTLNKPVIMGRHTWESIGRPLPGRKNIILSSQPGTDDRVTWVKSVDEAIAGDVPEIMVIGGGRVYEQFLPKAQKLYLTHIDAEVEGDTHFPDYEPDDWESVFSEFHDNSHSYCFEILERR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Automated identification of functional dynamic contact networks from X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Dihydrofolate reductase
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| total genus |
50
|
| structure length |
153
|
| sequence length |
159
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| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2013-05-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00186 | DHFR_1 | Dihydrofolate reductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KJS A; 3FQV A; 4XT7 A; 3SA1 A; 3EEK A; 3EEL A; 4H96 A; 1IA4 A; 3FQZ A; 4DP3 A; 4EIG A; 3DFR A; 1RD7 A; 5DFR A; 2W9G A; 1HFR A; 4HA9 A; 4Q0D A; 5EAJ A; 4QJC A; 1TDR A; 2D5N A; 1S3U A; 3S9U A; 3TD8 A; 4X5G A; 1DG5 A; 5HQZ A; 1HFQ A; 2BLA A; 2INQ A; 4KNE A; 4ELG A; 1DR7 A; 3IRM A; 3SH2 A; 4KL9 A; 3GI2 A; 3QL0 A; 3JW5 A; 3F0Q X; 3CSE A; 2ZZA A; 3KFY A; 4OSG A; 4XE6 X; 4IXE D; 3IX9 A; 3EX8 A; 3FY9 X; 4X5I A; 1DDR A; 4QLF A; 4HOG A; 4ELE A; 3I8A X; 4G95 A; 4GH8 A; 3QLZ A; 3SRR X; 4KJL A; 4P3Q A; 2ITH A; 2QK8 A; 4LEK X; 1DRH A; 3ZPC A; 3EEM A; 3FY8 X; 1J3I A; 2OBC A; 3JVX A; 2C2T A; 3RG9 A; 3JSU A; 1RC4 A; 1RX3 A; 3Q1H A; 3UM6 A; 4P3R A; 1JOL A; 1RG7 A; 1CZ3 A; 4KLX A; 2B3Z A; 4I13 A; 1J3K A; 3TQA A; 4Q6A A; 4DPD A; 1M78 A; 1E26 A; 3FL9 A; 4PSY A; 2CD2 A; 4ELF A; 1BZF A; 1U72 A; 1IA2 A; 2HXV A; 3SRU X; 3KGY A; 1U71 A; 1KMV A; 5HVE A; 4XRB A; 1DR2 A; 4XEC X; 4LAE X; 2L28 A; 4X5J A; 4XT5 A; 1AI9 A; 4KM2 A; 3F91 A; 3F8Z A; 8DFR A; 1U70 A; 1CD2 A; 2W9S A; 1S3W A; 1QZF A; 5HI6 A; 2HQP A; 2KGK A; 4EIL A; 5HQY A; 1IA1 A; 3M08 A; 3NXY A; 4KD7 A; 2W9H A; 3FS6 A; 3SR5 X; 3FQC A; 4DDR A; 3GHV A; 1RA9 A; 3RO9 A; 3NZ9 X; 2W3B A; 2W3A A; 5U27 A; 2LF1 A; 2G6V A; 2CIG A; 3NZ6 X; 4Q67 A; 4H98 A; 4HOF A; 1DG8 A; 1DR6 A; 1DHI A; 4EJ1 A; 1DR5 A; 2DHF A; 5HSU A; 1OHK A; 4QLE A; 1PD9 A; 4NX6 A; 3SRQ X; 1LUD A; 3GYF A; 1SEJ A; 3F0U X; 4Q0E A; 5HUI A; 3SRS X; 3K47 A; 4KM0 A; 2ANQ A; 2P4G A; 2XW7 A; 1DDS A; 1HFP A; 4XT4 A; 3R33 A; 4KJJ A; 5HVB A; 1JUV A; 3UM5 A; 4G3M A; 1VJ3 A; 1JOM A; 1DR3 A; 1J3J A; 1RX2 A; 4NX7 A; 4KY8 A; 4FGG A; 1KMS A; 1OHJ A; 4RGC A; 1DYH A; 3QLX A; 3CD2 A; 2BLC A; 1RX9 A; 1ZDR A; 4PSS A; 1DRA A; 5JG0 X; 4CD2 A; 3OAF A; 2H2Q A; 1VDR A; 4QHV A; 4P68 A; 1IA3 A; 2W9T A; 4ELH A; 4TU5 X; 4LAH X; 1S3V A; 4FGH A; 3CLB A; 4PST A; 3D84 X; 3D80 A; 3QL3 A; 4KYA A; 4LAG X; 4M6L A; 4QJZ D; 2DRC A; 3FRF X; 1RA3 A; 1YHO A; 3HBB A; 1PDB A; 3NXV A; 3F0X X; 1RA2 A; 3F0B X; 4HA7 A; 3TQ9 A; 2BLB A; 4KEB A; 3K2H A; 3DG8 A; 2FZI A; 3QG2 A; 1RE7 A; 3QGT A; 4QLG A; 3KY8 A; 3NZC X; 5CCC A; 1KLK A; 3NRR A; 1PD8 A; 1RF7 A; 3ZPG A; 4ECK A; 3GHC A; 2OIP A; 4M7V A; 1RX4 A; 3QYO A; 1MVS A; 3FQO A; 3SQY X; 1DYI A; 3EEJ A; 4I1N A; 1DG7 A; 3JWC A; 4X5H A; 3QLW A; 3KJR A; 3FRD X; 3TQB A; 1DIS A; 2FZH A; 1DIU A; 3N0H A; 2W3W A; 3QFX A; 4M6K A; 1DHF A; 4XT8 A; 5HF0 X; 1RB3 A; 3VCO A; 3QLS A; 5DXV A; 4P66 A; 3FYW X; 2HM9 A; 3EIG A; 1RA1 A; 3TQ8 A; 3IA4 A; 3DRC A; 4M6J A; 1RX8 A; 2O7P A; 4PDJ A; 3FQ0 A; 3K74 A; 4IXF X; 3NXT A; 1RB2 A; 4ELB A; 3NZB X; 5JA3 A; 3JWK A; 3I3R A; 3NXO A; 3GHW A; 4HOE A; 1AOE A; 3LG4 A; 5ECC A; 1DF7 A; 2C2S A; 3JWM A; 3DGA A; 1LY3 A; 4XT6 A; 6DFR A; 1AO8 A; 5HF2 X; 1RH3 A; 5E8Q A; 1DRF A; 1DR4 A; 2AZN A; 3M09 A; 3SRW X; 1DYR A; 3DL6 A; 3NZA X; 4KFJ A; 4QI9 A; 3DL5 A; 1RX7 A; 3K45 A; 1DLR A; 2JYB A; 4PTH A; 3IA5 A; 4DPH A; 5CC9 A; 3NXX A; 4X5F A; 3FRB X; 3UM8 A; 3NXR A; 5U26 A; 3HJ3 A; 3IRO A; 7DFR A; 3F0S X; 1DHJ A; 3FRE X; 4H95 A; 4OR7 A; 1LY4 A; 4KBN A; 3L3R A; 2GD9 A; 5HT5 A; 1DR1 A; 2FZJ A; 2BL9 A; 4DFR A; 4KAK A; 1DLS A; 1D1G A; 3QLY A; 1RX5 A; 5HT4 A; 3OCH A; 4KY4 A; 3JW3 A; 3JTW A; 1S3Y A; 3FRA X; 3S3V A; 4M2X A; 3S7A A; 1M7A A; 1MVT A; 1DYJ A; 3FQF A; 3CL9 A; 4M7U A; 4FHB A; 3DAT A; 3SAI A; 2W3M A; 1RA8 A; 4IXG X; 3ROA A; 4PTJ A; 3NTZ A; 1M79 A; 3FYV X; 3IRN A; 3QLR A; 3F8Y A; 1DRB A; 5FDA A; 4KJK A; 4G8Z X; 1DRE A; 2W3V A; 3FL8 A; 3INV A; 3SGY A; 3JWF A; 3DAU A; 1BOZ A; 1RX1 A; 5HSR A; 3NZD A; 4EIZ A; 2D0K A; 3NU0 A; 5HPB A; 3F0V X; 3E0B A; 1RX6 A; 3QYL A; 3SA2 A; 5ECX A; 4H97 A; 2ANO A; 1DAJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KJS A; 3FQV A; 4XT7 A; 3SA1 A; 3EEK A; 3EEL A; 4H96 A; 1IA4 A; 3FQZ A; 4DP3 A; 4EIG A; 3DFR A; 1RD7 A; 5DFR A; 2W9G A; 1HFR A; 4HA9 A; 4Q0D A; 5EAJ A; 4QJC A; 1TDR A; 2D5N A; 1S3U A; 3S9U A; 3TD8 A; 4X5G A; 1DG5 A; 5HQZ A; 1HFQ A; 2BLA A; 2INQ A; 4KNE A; 4ELG A; 1DR7 A; 3IRM A; 3SH2 A; 4KL9 A; 3GI2 A; 3QL0 A; 3JW5 A; 3F0Q X; 3CSE A; 2ZZA A; 3KFY A; 4OSG A; 4XE6 X; 4IXE D; 3IX9 A; 3EX8 A; 3FY9 X; 4X5I A; 1DDR A; 4QLF A; 4HOG A; 4ELE A; 3I8A X; 4G95 A; 4GH8 A; 3QLZ A; 3SRR X; 4KJL A; 4P3Q A; 2ITH A; 2QK8 A; 4LEK X; 1DRH A; 3ZPC A; 3EEM A; 3FY8 X; 1J3I A; 2OBC A; 3JVX A; 2C2T A; 3RG9 A; 3JSU A; 1RC4 A; 1RX3 A; 3Q1H A; 3UM6 A; 4P3R A; 1JOL A; 1RG7 A; 1CZ3 A; 4KLX A; 2B3Z A; 4I13 A; 1J3K A; 3TQA A; 4Q6A A; 4DPD A; 1M78 A; 1E26 A; 3FL9 A; 4PSY A; 2CD2 A; 4ELF A; 1BZF A; 1U72 A; 1IA2 A; 2HXV A; 3SRU X; 3KGY A; 1U71 A; 1KMV A; 5HVE A; 4XRB A; 1DR2 A; 4XEC X; 4LAE X; 2L28 A; 4X5J A; 4XT5 A; 1AI9 A; 4KM2 A; 3F91 A; 3F8Z A; 8DFR A; 1U70 A; 1CD2 A; 2W9S A; 1S3W A; 1QZF A; 5HI6 A; 2HQP A; 2KGK A; 4EIL A; 5HQY A; 1IA1 A; 3M08 A; 3NXY A; 4KD7 A; 2W9H A; 3FS6 A; 3SR5 X; 3FQC A; 4DDR A; 3GHV A; 1RA9 A; 3RO9 A; 3NZ9 X; 2W3B A; 2W3A A; 5U27 A; 2LF1 A; 2G6V A; 2CIG A; 3NZ6 X; 4Q67 A; 4H98 A; 4HOF A; 1DG8 A; 1DR6 A; 1DHI A; 4EJ1 A; 1DR5 A; 2DHF A; 5HSU A; 1OHK A; 4QLE A; 1PD9 A; 4NX6 A; 3SRQ X; 1LUD A; 3GYF A; 1SEJ A; 3F0U X; 4Q0E A; 5HUI A; 3SRS X; 3K47 A; 4KM0 A; 2ANQ A; 2P4G A; 2XW7 A; 1DDS A; 1HFP A; 4XT4 A; 3R33 A; 4KJJ A; 5HVB A; 1JUV A; 3UM5 A; 4G3M A; 1VJ3 A; 1JOM A; 1DR3 A; 1J3J A; 1RX2 A; 4NX7 A; 4KY8 A; 4FGG A; 1KMS A; 1OHJ A; 4RGC A; 1DYH A; 3QLX A; 3CD2 A; 2BLC A; 1RX9 A; 1ZDR A; 4PSS A; 1DRA A; 5JG0 X; 4CD2 A; 3OAF A; 2H2Q A; 1VDR A; 4QHV A; 4P68 A; 1IA3 A; 2W9T A; 4ELH A; 4TU5 X; 4LAH X; 1S3V A; 4FGH A; 3CLB A; 4PST A; 3D84 X; 3D80 A; 3QL3 A; 4KYA A; 4LAG X; 4M6L A; 4QJZ D; 2DRC A; 3FRF X; 1RA3 A; 1YHO A; 3HBB A; 1PDB A; 3NXV A; 3F0X X; 1RA2 A; 3F0B X; 4HA7 A; 3TQ9 A; 2BLB A; 4KEB A; 3K2H A; 3DG8 A; 2FZI A; 3QG2 A; 1RE7 A; 3QGT A; 4QLG A; 3KY8 A; 3NZC X; 5CCC A; 1KLK A; 3NRR A; 1PD8 A; 1RF7 A; 3ZPG A; 4ECK A; 3GHC A; 2OIP A; 4M7V A; 1RX4 A; 3QYO A; 1MVS A; 3FQO A; 3SQY X; 1DYI A; 3EEJ A; 4I1N A; 1DG7 A; 3JWC A; 4X5H A; 3QLW A; 3KJR A; 3FRD X; 3TQB A; 1DIS A; 2FZH A; 1DIU A; 3N0H A; 2W3W A; 3QFX A; 4M6K A; 1DHF A; 4XT8 A; 5HF0 X; 1RB3 A; 3VCO A; 3QLS A; 5DXV A; 4P66 A; 3FYW X; 2HM9 A; 3EIG A; 1RA1 A; 3TQ8 A; 3IA4 A; 3DRC A; 4M6J A; 1RX8 A; 2O7P A; 4PDJ A; 3FQ0 A; 3K74 A; 4IXF X; 3NXT A; 1RB2 A; 4ELB A; 3NZB X; 5JA3 A; 3JWK A; 3I3R A; 3NXO A; 3GHW A; 4HOE A; 1AOE A; 3LG4 A; 5ECC A; 1DF7 A; 2C2S A; 3JWM A; 3DGA A; 1LY3 A; 4XT6 A; 6DFR A; 1AO8 A; 5HF2 X; 1RH3 A; 5E8Q A; 1DRF A; 1DR4 A; 2AZN A; 3M09 A; 3SRW X; 1DYR A; 3DL6 A; 3NZA X; 4KFJ A; 4QI9 A; 3DL5 A; 1RX7 A; 3K45 A; 1DLR A; 2JYB A; 4PTH A; 3IA5 A; 4DPH A; 5CC9 A; 3NXX A; 4X5F A; 3FRB X; 3UM8 A; 3NXR A; 5U26 A; 3HJ3 A; 3IRO A; 7DFR A; 3F0S X; 1DHJ A; 3FRE X; 4H95 A; 4OR7 A; 1LY4 A; 4KBN A; 3L3R A; 2GD9 A; 5HT5 A; 1DR1 A; 2FZJ A; 2BL9 A; 4DFR A; 4KAK A; 1DLS A; 1D1G A; 3QLY A; 1RX5 A; 5HT4 A; 3OCH A; 4KY4 A; 3JW3 A; 3JTW A; 1S3Y A; 3FRA X; 3S3V A; 4M2X A; 3S7A A; 1M7A A; 1MVT A; 1DYJ A; 3FQF A; 3CL9 A; 4M7U A; 4FHB A; 3DAT A; 3SAI A; 2W3M A; 1RA8 A; 4IXG X; 3ROA A; 4PTJ A; 3NTZ A; 1M79 A; 3FYV X; 3IRN A; 3QLR A; 3F8Y A; 1DRB A; 5FDA A; 4KJK A; 4G8Z X; 1DRE A; 2W3V A; 3FL8 A; 3INV A; 3SGY A; 3JWF A; 3DAU A; 1BOZ A; 1RX1 A; 5HSR A; 3NZD A; 4EIZ A; 2D0K A; 3NU0 A; 5HPB A; 3F0V X; 3E0B A; 1RX6 A; 3QYL A; 3SA2 A; 5ECX A; 4H97 A; 2ANO A; 1DAJ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3KJS A; 3FQV A; 4XT7 A; 3SA1 A; 3EEK A; 3EEL A; 4H96 A; 1IA4 A; 3FQZ A; 4DP3 A; 4EIG A; 3DFR A; 1RD7 A; 5DFR A; 2W9G A; 1HFR A; 4HA9 A; 4Q0D A; 5EAJ A; 4QJC A; 1TDR A; 2D5N A; 1S3U A; 3S9U A; 3TD8 A; 4X5G A; 1DG5 A; 5HQZ A; 1HFQ A; 2BLA A; 2INQ A; 4KNE A; 4ELG A; 1DR7 A; 3IRM A; 3SH2 A; 4KL9 A; 3GI2 A; 3QL0 A; 3JW5 A; 3F0Q X; 3CSE A; 2ZZA A; 3KFY A; 4OSG A; 4XE6 X; 4IXE D; 3IX9 A; 3EX8 A; 3FY9 X; 4X5I A; 1DDR A; 4QLF A; 4HOG A; 4ELE A; 3I8A X; 4G95 A; 4GH8 A; 3QLZ A; 3SRR X; 4KJL A; 4P3Q A; 2ITH A; 2QK8 A; 4LEK X; 1DRH A; 3ZPC A; 3EEM A; 3FY8 X; 1J3I A; 2OBC A; 3JVX A; 2C2T A; 3RG9 A; 3JSU A; 1RC4 A; 1RX3 A; 3Q1H A; 3UM6 A; 4P3R A; 1JOL A; 1RG7 A; 1CZ3 A; 4KLX A; 2B3Z A; 4I13 A; 1J3K A; 3TQA A; 4Q6A A; 4DPD A; 1M78 A; 1E26 A; 3FL9 A; 4PSY A; 2CD2 A; 4ELF A; 1BZF A; 1U72 A; 1IA2 A; 2HXV A; 3SRU X; 3KGY A; 1U71 A; 1KMV A; 5HVE A; 4XRB A; 1DR2 A; 4XEC X; 4LAE X; 2L28 A; 4X5J A; 4XT5 A; 1AI9 A; 4KM2 A; 3F91 A; 3F8Z A; 8DFR A; 1U70 A; 1CD2 A; 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