The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
186
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structure length |
186
|
Chain Sequence |
VGSLNCIVAVSQNMGIGKNGDLPWPPLRNEFRYFQRMTTTSSVEGKQNLVIMGKKTWFSIPEKNRPLKGRINLVLSRELKEPPQGAHFLSRSLDDALKLTEQPELANKVDMVWIVGGSSVYKEAMNHPGHLKLFVTRIMQDFESDTFFPEIDLEKYKLLPEYPGVLSDVQEEKGIKYKFEVYEKND
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-activity correlations for three pyrido[2,3-d]pyrimidine antifolates binding to human and Pneumocystis carinii dihydrofolate reductase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Dihydrofolate reductase
|
| molecule tags |
Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
50
|
| structure length |
186
|
| sequence length |
186
|
| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2014-06-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00186 | DHFR_1 | Dihydrofolate reductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UM8 A; 4CD2 A; 4M2X A; 4HA9 A; 4KM0 A; 1DDR A; 3N0H A; 3OAF A; 1DR6 A; 1DR4 A; 1DRF A; 4NX7 A; 5HQZ A; 1YHO A; 5HT5 A; 4IXF X; 3ZPC A; 3NXT A; 1DHJ A; 1DG5 A; 1KMS A; 3JW3 A; 3KJR A; 2FZJ A; 3IRO A; 3TQ9 A; 1DRA A; 3SA1 A; 1DIS A; 3D80 A; 2H2Q A; 3JW5 A; 4QI9 A; 1DLR A; 4P3R A; 2OIP A; 4QJZ D; 1U71 A; 5CC9 A; 3F91 A; 1DHF A; 3DL6 A; 4P66 A; 1JUV A; 3FY8 X; 1J3J A; 4X5H A; 4M6K A; 3NZA X; 4M6J A; 3R33 A; 4KFJ A; 4PSY A; 3F0Q X; 4ELB A; 2L28 A; 4HA7 A; 3F0S X; 1M7A A; 1S3Y A; 2ANQ A; 2C2S A; 3F0B X; 1DHI A; 1LY3 A; 1DRB A; 1RB3 A; 3KGY A; 4QLG A; 3SH2 A; 3FQF A; 5HQY A; 3M08 A; 3NXO A; 3QLW A; 3QYL A; 1DR3 A; 5HI6 A; 2W9S A; 3GYF A; 3NZB X; 1DR2 A; 2INQ A; 3JVX A; 3FYV X; 4LEK X; 3QLX A; 1BOZ A; 4ECK A; 4PST A; 2W3V A; 2W9T A; 3I3R A; 2LF1 A; 1S3W A; 1LUD A; 3QL3 A; 1IA1 A; 4KEB A; 4IXG X; 4QLF A; 3FL9 A; 4KJK A; 3M09 A; 4X5F A; 3I8A X; 3JWK A; 3K45 A; 3DL5 A; 3K47 A; 4KD7 A; 4HOE A; 3FRB X; 1RX6 A; 3F8Y A; 4M7U A; 3KJS A; 5U26 A; 5U27 A; 4TU5 X; 3RO9 A; 1MVS A; 2XW7 A; 2JYB A; 3IRN A; 1RA2 A; 5ECX A; 5HVB A; 4XT8 A; 1DYR A; 3K2H A; 2HM9 A; 3NXR A; 3DAT A; 4EJ1 A; 4M7V A; 2KGK A; 3KFY A; 1RA3 A; 1RX9 A; 1RC4 A; 3D84 X; 1ZDR A; 5HSR A; 4GH8 A; 2FZH A; 3FRE X; 2ANO A; 1DAJ A; 1DIU A; 3K74 A; 3RG9 A; 3NZ9 X; 4ELG A; 4H98 A; 4FGH A; 4EIL A; 3NZD A; 3NXY A; 3F8Z A; 4M6L A; 3QGT A; 1S3U A; 3IRM A; 3FQC A; 1JOL A; 1AOE A; 1VJ3 A; 1MVT A; 6DFR A; 2W3W A; 1PDB A; 4H96 A; 3CD2 A; 4XT6 A; 3EEJ A; 1RG7 A; 3NXV A; 3NZC X; 3OCH A; 3SRS X; 3SA2 A; 4RGC A; 2P4G A; 4X5G A; 3CL9 A; 1DYJ A; 3IX9 A; 3DAU A; 4NX6 A; 1OHJ A; 4Q0D A; 4OSG A; 1D1G A; 1BZF A; 2BLA A; 4PTH A; 5EAJ A; 4KAK A; 1AI9 A; 4H95 A; 4KL9 A; 4KJL A; 1RA1 A; 3TQA A; 1JOM A; 1OHK A; 3F0X X; 3DG8 A; 3SGY A; 3SRR X; 1RA8 A; 1RX7 A; 2DHF A; 3Q1H A; 2HQP A; 1SEJ A; 4QJC A; 7DFR A; 3JWF A; 1DRE A; 3IA5 A; 4KNE A; 5JA3 A; 3CLB A; 3FRF X; 5HF0 X; 3TQB A; 8DFR A; 3GHW A; 3FQZ A; 3GHC A; 3QFX A; 3QLZ A; 4DPD A; 1J3I A; 3FS6 A; 3ZPG A; 1DR1 A; 2OBC A; 3SRW X; 4LAE X; 4XT7 A; 1DR7 A; 5CCC A; 4XEC X; 4P3Q A; 4I1N A; 4DDR A; 5E8Q A; 4Q67 A; 5HF2 X; 4DPH A; 2D5N A; 3E0B A; 4X5J A; 2BL9 A; 2W3B A; 2ZZA A; 3UM6 A; 1RF7 A; 4KYA A; 3L3R A; 3HBB A; 3QYO A; 1DF7 A; 3SAI A; 4ELH A; 3F0U X; 3JSU A; 3UM5 A; 2GD9 A; 1PD8 A; 1IA4 A; 1TDR A; 3FQV A; 4HOF A; 2QK8 A; 1RD7 A; 4FGG A; 4PSS A; 1M78 A; 2CD2 A; 5HT4 A; 3QL0 A; 3VCO A; 4P68 A; 3FQO A; 4ELE A; 1RB2 A; 3FYW X; 3S7A A; 4HOG A; 1KMV A; 2O7P A; 3FRA X; 3FRD X; 3KY8 A; 4H97 A; 1DDS A; 1DYH A; 1IA3 A; 4KJJ A; 4XT4 A; 1RX8 A; 1RX4 A; 1DG8 A; 4OR7 A; 5DXV A; 1KLK A; 1RX2 A; 1S3V A; 4XT5 A; 5HVE A; 3NRR A; 5DFR A; 1RE7 A; 4IXE D; 4LAH X; 2BLC A; 1RX3 A; 2DRC A; 1RX5 A; 4DP3 A; 3HJ3 A; 4DFR A; 2HXV A; 4KM2 A; 1DLS A; 3SRU X; 3TQ8 A; 3INV A; 3EEK A; 2G6V A; 1RA9 A; 4QLE A; 3GI2 A; 4QHV A; 1DYI A; 4XRB A; 1IA2 A; 4EIZ A; 2C2T A; 3S9U A; 3JTW A; 3DRC A; 2D0K A; 2BLB A; 3SQY X; 4FHB A; 1PD9 A; 3SR5 X; 3NZ6 X; 3SRQ X; 3GHV A; 3QLY A; 3NXX A; 2W9G A; 3QLR A; 3EX8 A; 5ECC A; 1VDR A; 4ELF A; 3NTZ A; 3JWC A; 2W3A A; 4KBN A; 2AZN A; 3JWM A; 1RX1 A; 1DR5 A; 4I13 A; 3DGA A; 3EIG A; 4KY4 A; 1U72 A; 3FQ0 A; 1QZF A; 3FL8 A; 1M79 A; 5FDA A; 3QLS A; 4G95 A; 2CIG A; 2FZI A; 1CZ3 A; 3S3V A; 1DG7 A; 3EEL A; 1J3K A; 3TD8 A; 4EIG A; 1RH3 A; 1E26 A; 5JG0 X; 3NU0 A; 5HPB A; 4KLX A; 4Q6A A; 4LAG X; 2B3Z A; 1CD2 A; 5HSU A; 4G3M A; 3ROA A; 3DFR A; 1DRH A; 4X5I A; 1HFR A; 3F0V X; 1LY4 A; 4PTJ A; 4Q0E A; 5HUI A; 3EEM A; 4PDJ A; 4G8Z X; 1U70 A; 3LG4 A; 3QG2 A; 3FY9 X; 2W9H A; 1AO8 A; 3CSE A; 2ITH A; 1HFQ A; 1HFP A; 4KY8 A; 4XE6 X; 2W3M A; 3IA4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UM8 A; 4CD2 A; 4M2X A; 4HA9 A; 4KM0 A; 1DDR A; 3N0H A; 3OAF A; 1DR6 A; 1DR4 A; 1DRF A; 4NX7 A; 5HQZ A; 1YHO A; 5HT5 A; 4IXF X; 3ZPC A; 3NXT A; 1DHJ A; 1DG5 A; 1KMS A; 3JW3 A; 3KJR A; 2FZJ A; 3IRO A; 3TQ9 A; 1DRA A; 3SA1 A; 1DIS A; 3D80 A; 2H2Q A; 3JW5 A; 4QI9 A; 1DLR A; 4P3R A; 2OIP A; 4QJZ D; 1U71 A; 5CC9 A; 3F91 A; 1DHF A; 3DL6 A; 4P66 A; 1JUV A; 3FY8 X; 1J3J A; 4X5H A; 4M6K A; 3NZA X; 4M6J A; 3R33 A; 4KFJ A; 4PSY A; 3F0Q X; 4ELB A; 2L28 A; 4HA7 A; 3F0S X; 1M7A A; 1S3Y A; 2ANQ A; 2C2S A; 3F0B X; 1DHI A; 1LY3 A; 1DRB A; 1RB3 A; 3KGY A; 4QLG A; 3SH2 A; 3FQF A; 5HQY A; 3M08 A; 3NXO A; 3QLW A; 3QYL A; 1DR3 A; 5HI6 A; 2W9S A; 3GYF A; 3NZB X; 1DR2 A; 2INQ A; 3JVX A; 3FYV X; 4LEK X; 3QLX A; 1BOZ A; 4ECK A; 4PST A; 2W3V A; 2W9T A; 3I3R A; 2LF1 A; 1S3W A; 1LUD A; 3QL3 A; 1IA1 A; 4KEB A; 4IXG X; 4QLF A; 3FL9 A; 4KJK A; 3M09 A; 4X5F A; 3I8A X; 3JWK A; 3K45 A; 3DL5 A; 3K47 A; 4KD7 A; 4HOE A; 3FRB X; 1RX6 A; 3F8Y A; 4M7U A; 3KJS A; 5U26 A; 5U27 A; 4TU5 X; 3RO9 A; 1MVS A; 2XW7 A; 2JYB A; 3IRN A; 1RA2 A; 5ECX A; 5HVB A; 4XT8 A; 1DYR A; 3K2H A; 2HM9 A; 3NXR A; 3DAT A; 4EJ1 A; 4M7V A; 2KGK A; 3KFY A; 1RA3 A; 1RX9 A; 1RC4 A; 3D84 X; 1ZDR A; 5HSR A; 4GH8 A; 2FZH A; 3FRE X; 2ANO A; 1DAJ A; 1DIU A; 3K74 A; 3RG9 A; 3NZ9 X; 4ELG A; 4H98 A; 4FGH A; 4EIL A; 3NZD A; 3NXY A; 3F8Z A; 4M6L A; 3QGT A; 1S3U A; 3IRM A; 3FQC A; 1JOL A; 1AOE A; 1VJ3 A; 1MVT A; 6DFR A; 2W3W A; 1PDB A; 4H96 A; 3CD2 A; 4XT6 A; 3EEJ A; 1RG7 A; 3NXV A; 3NZC X; 3OCH A; 3SRS X; 3SA2 A; 4RGC A; 2P4G A; 4X5G A; 3CL9 A; 1DYJ A; 3IX9 A; 3DAU A; 4NX6 A; 1OHJ A; 4Q0D A; 4OSG A; 1D1G A; 1BZF A; 2BLA A; 4PTH A; 5EAJ A; 4KAK A; 1AI9 A; 4H95 A; 4KL9 A; 4KJL A; 1RA1 A; 3TQA A; 1JOM A; 1OHK A; 3F0X X; 3DG8 A; 3SGY A; 3SRR X; 1RA8 A; 1RX7 A; 2DHF A; 3Q1H A; 2HQP A; 1SEJ A; 4QJC A; 7DFR A; 3JWF A; 1DRE A; 3IA5 A; 4KNE A; 5JA3 A; 3CLB A; 3FRF X; 5HF0 X; 3TQB A; 8DFR A; 3GHW A; 3FQZ A; 3GHC A; 3QFX A; 3QLZ A; 4DPD A; 1J3I A; 3FS6 A; 3ZPG A; 1DR1 A; 2OBC A; 3SRW X; 4LAE X; 4XT7 A; 1DR7 A; 5CCC A; 4XEC X; 4P3Q A; 4I1N A; 4DDR A; 5E8Q A; 4Q67 A; 5HF2 X; 4DPH A; 2D5N A; 3E0B A; 4X5J A; 2BL9 A; 2W3B A; 2ZZA A; 3UM6 A; 1RF7 A; 4KYA A; 3L3R A; 3HBB A; 3QYO A; 1DF7 A; 3SAI A; 4ELH A; 3F0U X; 3JSU A; 3UM5 A; 2GD9 A; 1PD8 A; 1IA4 A; 1TDR A; 3FQV A; 4HOF A; 2QK8 A; 1RD7 A; 4FGG A; 4PSS A; 1M78 A; 2CD2 A; 5HT4 A; 3QL0 A; 3VCO A; 4P68 A; 3FQO A; 4ELE A; 1RB2 A; 3FYW X; 3S7A A; 4HOG A; 1KMV A; 2O7P A; 3FRA X; 3FRD X; 3KY8 A; 4H97 A; 1DDS A; 1DYH A; 1IA3 A; 4KJJ A; 4XT4 A; 1RX8 A; 1RX4 A; 1DG8 A; 4OR7 A; 5DXV A; 1KLK A; 1RX2 A; 1S3V A; 4XT5 A; 5HVE A; 3NRR A; 5DFR A; 1RE7 A; 4IXE D; 4LAH X; 2BLC A; 1RX3 A; 2DRC A; 1RX5 A; 4DP3 A; 3HJ3 A; 4DFR A; 2HXV A; 4KM2 A; 1DLS A; 3SRU X; 3TQ8 A; 3INV A; 3EEK A; 2G6V A; 1RA9 A; 4QLE A; 3GI2 A; 4QHV A; 1DYI A; 4XRB A; 1IA2 A; 4EIZ A; 2C2T A; 3S9U A; 3JTW A; 3DRC A; 2D0K A; 2BLB A; 3SQY X; 4FHB A; 1PD9 A; 3SR5 X; 3NZ6 X; 3SRQ X; 3GHV A; 3QLY A; 3NXX A; 2W9G A; 3QLR A; 3EX8 A; 5ECC A; 1VDR A; 4ELF A; 3NTZ A; 3JWC A; 2W3A A; 4KBN A; 2AZN A; 3JWM A; 1RX1 A; 1DR5 A; 4I13 A; 3DGA A; 3EIG A; 4KY4 A; 1U72 A; 3FQ0 A; 1QZF A; 3FL8 A; 1M79 A; 5FDA A; 3QLS A; 4G95 A; 2CIG A; 2FZI A; 1CZ3 A; 3S3V A; 1DG7 A; 3EEL A; 1J3K A; 3TD8 A; 4EIG A; 1RH3 A; 1E26 A; 5JG0 X; 3NU0 A; 5HPB A; 4KLX A; 4Q6A A; 4LAG X; 2B3Z A; 1CD2 A; 5HSU A; 4G3M A; 3ROA A; 3DFR A; 1DRH A; 4X5I A; 1HFR A; 3F0V X; 1LY4 A; 4PTJ A; 4Q0E A; 5HUI A; 3EEM A; 4PDJ A; 4G8Z X; 1U70 A; 3LG4 A; 3QG2 A; 3FY9 X; 2W9H A; 1AO8 A; 3CSE A; 2ITH A; 1HFQ A; 1HFP A; 4KY8 A; 4XE6 X; 2W3M A; 3IA4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3UM8 A; 4CD2 A; 4M2X A; 4HA9 A; 4KM0 A; 1DDR A; 3N0H A; 3OAF A; 1DR6 A; 1DR4 A; 1DRF A; 4NX7 A; 5HQZ A; 1YHO A; 5HT5 A; 4IXF X; 3ZPC A; 3NXT A; 1DHJ A; 1DG5 A; 1KMS A; 3JW3 A; 3KJR A; 2FZJ A; 3IRO A; 3TQ9 A; 1DRA A; 3SA1 A; 1DIS A; 3D80 A; 2H2Q A; 3JW5 A; 4QI9 A; 1DLR A; 4P3R A; 2OIP A; 4QJZ D; 1U71 A; 5CC9 A; 3F91 A; 1DHF A; 3DL6 A; 4P66 A; 1JUV A; 3FY8 X; 1J3J A; 4X5H A; 4M6K A; 3NZA X; 4M6J A; 3R33 A; 4KFJ A; 4PSY A; 3F0Q X; 4ELB A; 2L28 A; 4HA7 A; 3F0S X; 1M7A A; 1S3Y A; 2ANQ A; 2C2S A; 3F0B X; 1DHI A; 1LY3 A; 1DRB A; 1RB3 A; 3KGY A; 4QLG A; 3SH2 A; 3FQF A; 5HQY A; 3M08 A; 3NXO A; 3QLW A; 3QYL A; 1DR3 A; 5HI6 A; 2W9S A; 3GYF A; 3NZB X; 1DR2 A; 2INQ A; 3JVX A; 3FYV X; 4LEK X; 3QLX A; 1BOZ A; 4ECK A; 4PST A; 2W3V A; 2W9T A; 3I3R A; 2LF1 A; 1S3W A; 1LUD A; 3QL3 A; 1IA1 A; 4KEB A; 4IXG X; 4QLF A; 3FL9 A; 4KJK A; 3M09 A; 4X5F A; 3I8A X; 3JWK A; 3K45 A; 3DL5 A; 3K47 A; 4KD7 A; 4HOE A; 3FRB X; 1RX6 A; 3F8Y A; 4M7U A; 3KJS A; 5U26 A; 5U27 A; 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