The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
|
sequence length |
149
|
structure length |
148
|
Chain Sequence |
AISLIAALAVDRVIGDTHFPDYEPDDWESVFSEFHDADAQNPADLAWFKRNTLDKPVIMGRHTWESIGRPLPGRKNIILSSQPGTDDRVTWVKSVDEAIAACGDVPEIMVIGGGRVYEQFLPKAQKLYLTHIDAEGHSYFEILERRLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein rethreading: A novel approach to protein design.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
|
| source organism |
Synthetic construct
|
| molecule keywords |
rethreaded DHFR
|
| total genus |
39
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| structure length |
148
|
| sequence length |
149
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-09-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DL6 A; 3IA5 A; 4PSY A; 1DR5 A; 4QLG A; 1DLR A; 3E0B A; 2CD2 A; 1AI9 A; 1RA9 A; 1J3J A; 4HOE A; 4PTH A; 3JW3 A; 5HUI A; 4FGH A; 3JTW A; 2HM9 A; 4KD7 A; 5E8Q A; 3NU0 A; 1KMS A; 1DRA A; 3DGA A; 1DG5 A; 4LAH X; 4G95 A; 1J3I A; 2W9T A; 4LAE X; 4M6K A; 4EIZ A; 1JUV A; 5HSR A; 1SEJ A; 3KY8 A; 3ZPC A; 1LY4 A; 4TU5 X; 1RC4 A; 4KLX A; 5HF0 X; 1AO8 A; 3IA4 A; 3IX9 A; 3FL8 A; 3F0V X; 3QYO A; 3SA1 A; 4QI9 A; 3GHC A; 3EEJ A; 3DRC A; 3F0S X; 1DYH A; 2BL9 A; 2W9G A; 1RA8 A; 1DG7 A; 3S3V A; 4DDR A; 4P3R A; 4M6J A; 2G6V A; 3SGY A; 1QZF A; 4HOF A; 3JW5 A; 4KY4 A; 1RX6 A; 1RX2 A; 3FQC A; 1KMV A; 4OSG A; 1KLK A; 4ELG A; 6DFR A; 4DP3 A; 1CZ3 A; 3F0Q X; 4Q67 A; 3NZ6 X; 4M7U A; 1U70 A; 2W3B A; 2W9H A; 1HFP A; 3FY8 X; 1IA3 A; 4H97 A; 1RH3 A; 2C2T A; 3SH2 A; 3RG9 A; 2H2Q A; 1BOZ A; 1DYR A; 2ITH A; 3TQ9 A; 4PST A; 1JOM A; 4EJ1 A; 3F91 A; 4ELF A; 1DF7 A; 5ECX A; 3SRQ X; 3NZA X; 3QLS A; 4XRB A; 3FRA X; 4IXE D; 3GI2 A; 3INV A; 1DG8 A; 2BLB A; 4KNE A; 1MVS A; 3I8A X; 4ELB A; 1DR6 A; 1RX8 A; 1VDR A; 3QL0 A; 3K47 A; 2FZJ A; 3F0B X; 1DR3 A; 3JWC A; 4DFR A; 2DRC A; 3QLX A; 5U26 A; 1RE7 A; 3CLB A; 2DHF A; 4ELE A; 1RX9 A; 1HFR A; 5HQZ A; 5HVE A; 3KGY A; 1DRB A; 1OHK A; 2W9S A; 4X5H A; 3FQO A; 4PSS A; 4HA7 A; 4HOG A; 3QGT A; 3NTZ A; 4ELH A; 4EIL A; 4PDJ A; 5HQY A; 1S3U A; 4KBN A; 1DRF A; 3N0H A; 2W3A A; 1DRE A; 2GD9 A; 1IA1 A; 1RX5 A; 4QHV A; 4QLE A; 3F8Z A; 3SRS X; 3FYW X; 1S3Y A; 3ROA A; 3FQZ A; 3GHV A; 4NX6 A; 3L3R A; 4KJK A; 3IRM A; 3GHW A; 3K45 A; 3KFY A; 3EX8 A; 3F8Y A; 1RX3 A; 1S3W A; 3M08 A; 3NRR A; 4CD2 A; 2LF1 A; 4P3Q A; 1LY3 A; 1DAJ A; 1D1G A; 1RF7 A; 1RG7 A; 3EEL A; 2W3W A; 3NXO A; 5JG0 X; 1VJ3 A; 4RGC A; 1IA2 A; 1DHF A; 3QFX A; 3FL9 A; 1DR4 A; 1RA1 A; 3QL3 A; 4KAK A; 4LAG X; 3RO9 A; 3IRN A; 3EEM A; 2L28 A; 2QK8 A; 5HI6 A; 3F0U X; 5FDA A; 1DR1 A; 3R33 A; 1U71 A; 2JYB A; 3NXV A; 5U27 A; 3ZPG A; 3HJ3 A; 1PD9 A; 3FQ0 A; 4PTJ A; 5HF2 X; 4EIG A; 4H98 A; 3FRF X; 3K74 A; 3FRE X; 3FY9 X; 1DHI A; 4XT4 A; 3UM5 A; 2P4G A; 5CC9 A; 3DG8 A; 1IA4 A; 4KYA A; 3SRW X; 3DFR A; 3FRD X; 3SQY X; 3GYF A; 4FGG A; 3S9U A; 2INQ A; 4GH8 A; 1RX7 A; 2FZI A; 5DXV A; 1DYI A; 2OBC A; 3KJS A; 3VCO A; 3NZB X; 7DFR A; 4I1N A; 2OIP A; 4M2X A; 1J3K A; 1OHJ A; 3QLR A; 5EAJ A; 2D5N A; 1CD2 A; 3CD2 A; 3CSE A; 4KJL A; 1DIU A; 3OCH A; 1DRH A; 4G8Z X; 4ECK A; 3I3R A; 1DLS A; 2C2S A; 4M7V A; 2AZN A; 3QYL A; 2ANQ A; 3QLZ A; 3CL9 A; 4X5J A; 4X5I A; 4KM2 A; 1DDS A; 3FS6 A; 3K2H A; 3FQV A; 1RB3 A; 2ANO A; 3DAU A; 3NZD A; 3JWF A; 3FRB X; 4QJC A; 1YHO A; 3QLW A; 4P68 A; 3JVX A; 3Q1H A; 5HSU A; 1AOE A; 3JWK A; 4IXG X; 4XEC X; 1M78 A; 3S7A A; 3NXX A; 4LEK X; 3TQA A; 3JSU A; 2KGK A; 3SR5 X; 2CIG A; 2BLA A; 5HT4 A; 3F0X X; 4NX7 A; 3OAF A; 3UM8 A; 4FHB A; 1M7A A; 3QG2 A; 3M09 A; 1RA3 A; 1DHJ A; 4P66 A; 3TQB A; 4I13 A; 1S3V A; 3EEK A; 1PDB A; 3QLY A; 4KFJ A; 1TDR A; 3LG4 A; 8DFR A; 4XE6 X; 2W3V A; 1DYJ A; 2B3Z A; 3UM6 A; 4XT5 A; 4Q6A A; 3TQ8 A; 4KJJ A; 5ECC A; 4Q0E A; 4DPH A; 4M6L A; 2HQP A; 4IXF X; 3SA2 A; 3FQF A; 4Q0D A; 3NZ9 X; 1JOL A; 3SRR X; 4X5G A; 3DAT A; 4X5F A; 4KL9 A; 3D80 A; 5DFR A; 3HBB A; 1RB2 A; 1LUD A; 1U72 A; 4KEB A; 5HPB A; 4QJZ D; 1DR7 A; 5JA3 A; 3D84 X; 3SAI A; 1DIS A; 4QLF A; 1M79 A; 2XW7 A; 3NZC X; 2D0K A; 4H96 A; 1RX4 A; 2W3M A; 4KM0 A; 1RA2 A; 4HA9 A; 2FZH A; 5HVB A; 2ZZA A; 3EIG A; 4XT8 A; 3TD8 A; 1BZF A; 3NXR A; 4KY8 A; 5CCC A; 4DPD A; 3JWM A; 4XT6 A; 3DL5 A; 1RX1 A; 1RD7 A; 1DDR A; 1MVT A; 4XT7 A; 1ZDR A; 3NXT A; 2O7P A; 4OR7 A; 3IRO A; 2BLC A; 3NXY A; 1E26 A; 3SRU X; 1PD8 A; 1HFQ A; 3KJR A; 4G3M A; 1DR2 A; 5HT5 A; 3FYV X; 4H95 A; 2HXV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DL6 A; 3IA5 A; 4PSY A; 1DR5 A; 4QLG A; 1DLR A; 3E0B A; 2CD2 A; 1AI9 A; 1RA9 A; 1J3J A; 4HOE A; 4PTH A; 3JW3 A; 5HUI A; 4FGH A; 3JTW A; 2HM9 A; 4KD7 A; 5E8Q A; 3NU0 A; 1KMS A; 1DRA A; 3DGA A; 1DG5 A; 4LAH X; 4G95 A; 1J3I A; 2W9T A; 4LAE X; 4M6K A; 4EIZ A; 1JUV A; 5HSR A; 1SEJ A; 3KY8 A; 3ZPC A; 1LY4 A; 4TU5 X; 1RC4 A; 4KLX A; 5HF0 X; 1AO8 A; 3IA4 A; 3IX9 A; 3FL8 A; 3F0V X; 3QYO A; 3SA1 A; 4QI9 A; 3GHC A; 3EEJ A; 3DRC A; 3F0S X; 1DYH A; 2BL9 A; 2W9G A; 1RA8 A; 1DG7 A; 3S3V A; 4DDR A; 4P3R A; 4M6J A; 2G6V A; 3SGY A; 1QZF A; 4HOF A; 3JW5 A; 4KY4 A; 1RX6 A; 1RX2 A; 3FQC A; 1KMV A; 4OSG A; 1KLK A; 4ELG A; 6DFR A; 4DP3 A; 1CZ3 A; 3F0Q X; 4Q67 A; 3NZ6 X; 4M7U A; 1U70 A; 2W3B A; 2W9H A; 1HFP A; 3FY8 X; 1IA3 A; 4H97 A; 1RH3 A; 2C2T A; 3SH2 A; 3RG9 A; 2H2Q A; 1BOZ A; 1DYR A; 2ITH A; 3TQ9 A; 4PST A; 1JOM A; 4EJ1 A; 3F91 A; 4ELF A; 1DF7 A; 5ECX A; 3SRQ X; 3NZA X; 3QLS A; 4XRB A; 3FRA X; 4IXE D; 3GI2 A; 3INV A; 1DG8 A; 2BLB A; 4KNE A; 1MVS A; 3I8A X; 4ELB A; 1DR6 A; 1RX8 A; 1VDR A; 3QL0 A; 3K47 A; 2FZJ A; 3F0B X; 1DR3 A; 3JWC A; 4DFR A; 2DRC A; 3QLX A; 5U26 A; 1RE7 A; 3CLB A; 2DHF A; 4ELE A; 1RX9 A; 1HFR A; 5HQZ A; 5HVE A; 3KGY A; 1DRB A; 1OHK A; 2W9S A; 4X5H A; 3FQO A; 4PSS A; 4HA7 A; 4HOG A; 3QGT A; 3NTZ A; 4ELH A; 4EIL A; 4PDJ A; 5HQY A; 1S3U A; 4KBN A; 1DRF A; 3N0H A; 2W3A A; 1DRE A; 2GD9 A; 1IA1 A; 1RX5 A; 4QHV A; 4QLE A; 3F8Z A; 3SRS X; 3FYW X; 1S3Y A; 3ROA A; 3FQZ A; 3GHV A; 4NX6 A; 3L3R A; 4KJK A; 3IRM A; 3GHW A; 3K45 A; 3KFY A; 3EX8 A; 3F8Y A; 1RX3 A; 1S3W A; 3M08 A; 3NRR A; 4CD2 A; 2LF1 A; 4P3Q A; 1LY3 A; 1DAJ A; 1D1G A; 1RF7 A; 1RG7 A; 3EEL A; 2W3W A; 3NXO A; 5JG0 X; 1VJ3 A; 4RGC A; 1IA2 A; 1DHF A; 3QFX A; 3FL9 A; 1DR4 A; 1RA1 A; 3QL3 A; 4KAK A; 4LAG X; 3RO9 A; 3IRN A; 3EEM A; 2L28 A; 2QK8 A; 5HI6 A; 3F0U X; 5FDA A; 1DR1 A; 3R33 A; 1U71 A; 2JYB A; 3NXV A; 5U27 A; 3ZPG A; 3HJ3 A; 1PD9 A; 3FQ0 A; 4PTJ A; 5HF2 X; 4EIG A; 4H98 A; 3FRF X; 3K74 A; 3FRE X; 3FY9 X; 1DHI A; 4XT4 A; 3UM5 A; 2P4G A; 5CC9 A; 3DG8 A; 1IA4 A; 4KYA A; 3SRW X; 3DFR A; 3FRD X; 3SQY X; 3GYF A; 4FGG A; 3S9U A; 2INQ A; 4GH8 A; 1RX7 A; 2FZI A; 5DXV A; 1DYI A; 2OBC A; 3KJS A; 3VCO A; 3NZB X; 7DFR A; 4I1N A; 2OIP A; 4M2X A; 1J3K A; 1OHJ A; 3QLR A; 5EAJ A; 2D5N A; 1CD2 A; 3CD2 A; 3CSE A; 4KJL A; 1DIU A; 3OCH A; 1DRH A; 4G8Z X; 4ECK A; 3I3R A; 1DLS A; 2C2S A; 4M7V A; 2AZN A; 3QYL A; 2ANQ A; 3QLZ A; 3CL9 A; 4X5J A; 4X5I A; 4KM2 A; 1DDS A; 3FS6 A; 3K2H A; 3FQV A; 1RB3 A; 2ANO A; 3DAU A; 3NZD A; 3JWF A; 3FRB X; 4QJC A; 1YHO A; 3QLW A; 4P68 A; 3JVX A; 3Q1H A; 5HSU A; 1AOE A; 3JWK A; 4IXG X; 4XEC X; 1M78 A; 3S7A A; 3NXX A; 4LEK X; 3TQA A; 3JSU A; 2KGK A; 3SR5 X; 2CIG A; 2BLA A; 5HT4 A; 3F0X X; 4NX7 A; 3OAF A; 3UM8 A; 4FHB A; 1M7A A; 3QG2 A; 3M09 A; 1RA3 A; 1DHJ A; 4P66 A; 3TQB A; 4I13 A; 1S3V A; 3EEK A; 1PDB A; 3QLY A; 4KFJ A; 1TDR A; 3LG4 A; 8DFR A; 4XE6 X; 2W3V A; 1DYJ A; 2B3Z A; 3UM6 A; 4XT5 A; 4Q6A A; 3TQ8 A; 4KJJ A; 5ECC A; 4Q0E A; 4DPH A; 4M6L A; 2HQP A; 4IXF X; 3SA2 A; 3FQF A; 4Q0D A; 3NZ9 X; 1JOL A; 3SRR X; 4X5G A; 3DAT A; 4X5F A; 4KL9 A; 3D80 A; 5DFR A; 3HBB A; 1RB2 A; 1LUD A; 1U72 A; 4KEB A; 5HPB A; 4QJZ D; 1DR7 A; 5JA3 A; 3D84 X; 3SAI A; 1DIS A; 4QLF A; 1M79 A; 2XW7 A; 3NZC X; 2D0K A; 4H96 A; 1RX4 A; 2W3M A; 4KM0 A; 1RA2 A; 4HA9 A; 2FZH A; 5HVB A; 2ZZA A; 3EIG A; 4XT8 A; 3TD8 A; 1BZF A; 3NXR A; 4KY8 A; 5CCC A; 4DPD A; 3JWM A; 4XT6 A; 3DL5 A; 1RX1 A; 1RD7 A; 1DDR A; 1MVT A; 4XT7 A; 1ZDR A; 3NXT A; 2O7P A; 4OR7 A; 3IRO A; 2BLC A; 3NXY A; 1E26 A; 3SRU X; 1PD8 A; 1HFQ A; 3KJR A; 4G3M A; 1DR2 A; 5HT5 A; 3FYV X; 4H95 A; 2HXV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3DL6 A; 3IA5 A; 4PSY A; 1DR5 A; 4QLG A; 1DLR A; 3E0B A; 2CD2 A; 1AI9 A; 1RA9 A; 1J3J A; 4HOE A; 4PTH A; 3JW3 A; 5HUI A; 4FGH A; 3JTW A; 2HM9 A; 4KD7 A; 5E8Q A; 3NU0 A; 1KMS A; 1DRA A; 3DGA A; 1DG5 A; 4LAH X; 4G95 A; 1J3I A; 2W9T A; 4LAE X; 4M6K A; 4EIZ A; 1JUV A; 5HSR A; 1SEJ A; 3KY8 A; 3ZPC A; 1LY4 A; 4TU5 X; 1RC4 A; 4KLX A; 5HF0 X; 1AO8 A; 3IA4 A; 3IX9 A; 3FL8 A; 3F0V X; 3QYO A; 3SA1 A; 4QI9 A; 3GHC A; 3EEJ A; 3DRC A; 3F0S X; 1DYH A; 2BL9 A; 2W9G A; 1RA8 A; 1DG7 A; 3S3V A; 4DDR A; 4P3R A; 4M6J A; 2G6V A; 3SGY A; 1QZF A; 4HOF A; 3JW5 A; 4KY4 A; 1RX6 A; 1RX2 A; 3FQC A; 1KMV A; 4OSG A; 1KLK A; 4ELG A; 6DFR A; 4DP3 A; 1CZ3 A; 3F0Q X; 4Q67 A; 3NZ6 X; 4M7U A; 1U70 A; 2W3B A; 2W9H A; 1HFP A; 3FY8 X; 1IA3 A; 4H97 A; 1RH3 A; 2C2T A; 3SH2 A; 3RG9 A; 2H2Q A; 1BOZ A; 1DYR A; 2ITH A; 3TQ9 A; 4PST A; 1JOM A; 4EJ1 A; 3F91 A; 4ELF A; 1DF7 A; 5ECX A; 3SRQ X; 3NZA X; 3QLS A; 4XRB A; 3FRA X; 4IXE D; 3GI2 A; 3INV A; 1DG8 A; 2BLB A; 4KNE A; 1MVS A; 3I8A X; 4ELB A; 1DR6 A; 1RX8 A; 1VDR A; 3QL0 A; 3K47 A; 2FZJ A; 3F0B X; 1DR3 A; 3JWC A; 4DFR A; 2DRC A; 3QLX A; 5U26 A; 1RE7 A; 3CLB A; 2DHF A; 4ELE A; 1RX9 A; 1HFR A; 5HQZ A; 5HVE A; 3KGY A; 1DRB A; 1OHK A; 2W9S A; 4X5H A; 3FQO A; 4PSS A; 4HA7 A; 4HOG A; 3QGT A; 3NTZ A; 4ELH A; 4EIL A; 4PDJ A; 5HQY A; 1S3U A; 4KBN A; 1DRF A; 3N0H A; 2W3A A; 1DRE A; 2GD9 A; 1IA1 A; 1RX5 A; 4QHV A; 4QLE A; 3F8Z A; 3SRS X; 3FYW X; 1S3Y A; 3ROA A; 3FQZ A; 3GHV A; 4NX6 A; 3L3R A; 4KJK A; 3IRM A; 3GHW A; 3K45 A; 3KFY A; 3EX8 A; 3F8Y A; 1RX3 A; 1S3W A; 3M08 A; 3NRR A; 4CD2 A; 2LF1 A; 4P3Q A; 1LY3 A; 1DAJ A; 1D1G A; 1RF7 A; 1RG7 A; 3EEL A; 2W3W A; 3NXO A; 5JG0 X; 1VJ3 A; 4RGC A; 1IA2 A; 1DHF A; 3QFX A; 3FL9 A; 1DR4 A; 1RA1 A; 3QL3 A; 4KAK A; 4LAG X; 3RO9 A; 3IRN A; 3EEM A; 2L28 A; 2QK8 A; 5HI6 A; 3F0U X; 5FDA A; 1DR1 A; 3R33 A; 1U71 A; 2JYB A; 3NXV A; 5U27 A; 3ZPG A; 3HJ3 A; 1PD9 A; 3FQ0 A; 4PTJ A; 5HF2 X; 4EIG A; 4H98 A; 3FRF X; 3K74 A; 3FRE X; 3FY9 X; 1DHI A; 4XT4 A; 3UM5 A; 2P4G A; 5CC9 A; 3DG8 A; 1IA4 A; 4KYA A; 3SRW X; 3DFR A; 3FRD X; 3SQY X; 3GYF A; 4FGG A; 3S9U A; 2INQ A; 4GH8 A; 1RX7 A; 2FZI A; 5DXV A; 1DYI A; 2OBC A; 3KJS A; 3VCO A; 3NZB X; 7DFR A; 4I1N A; 2OIP A; 4M2X A; 1J3K A; 1OHJ A; 3QLR A; 5EAJ A; 2D5N A; 1CD2 A; 3CD2 A; 3CSE A; 4KJL A; 1DIU A; 3OCH A; 1DRH A; 4G8Z X; 4ECK A; 3I3R A; 1DLS A; 2C2S A; 4M7V A; 2AZN A; 3QYL A; 2ANQ A; 3QLZ A; 3CL9 A; 4X5J A; 4X5I A; 4KM2 A; 1DDS A; 3FS6 A; 3K2H A; 3FQV A; 1RB3 A; 2ANO A; 3DAU A; 3NZD A; 3JWF A; 3FRB X; 4QJC A; 1YHO A; 3QLW A; 4P68 A; 3JVX A; 3Q1H A; 5HSU A; 1AOE A; 3JWK A; 4IXG X; 4XEC X; 1M78 A; 3S7A A; 3NXX A; 4LEK X; 3TQA A; 3JSU A; 2KGK A; 3SR5 X; 2CIG A; 2BLA A; 5HT4 A; 3F0X X; 4NX7 A; 3OAF A; 3UM8 A; 4FHB A; 1M7A A; 3QG2 A; 3M09 A; 1RA3 A; 1DHJ A; 4P66 A; 3TQB A; 4I13 A; 1S3V A; 3EEK A; 1PDB A; 3QLY A; 4KFJ A; 1TDR A; 3LG4 A; 8DFR A; 4XE6 X; 2W3V A; 1DYJ A; 2B3Z A; 3UM6 A; 4XT5 A; 4Q6A A; 3TQ8 A; 4KJJ A; 5ECC A; 4Q0E A; 4DPH A; 4M6L A; 2HQP A; 4IXF X; 3SA2 A; 3FQF A; 4Q0D A; 3NZ9 X; 1JOL A; 3SRR X; 4X5G A; 3DAT A; 4X5F A; 4KL9 A; 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