1B7UA

Structure of mare apolactoferrin: the n and c lobes are in the closed form
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords PROTEIN (APOLACTOFERRIN)
publication title Structure of mare apolactoferrin: the N and C lobes are in the closed form.
pubmed doi rcsb
total genus 182
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7uA03
2ZNTA 3PPRA 5AA2A 3H3GA 3BFTA 3PMWA 2A5SA 1P1QA 2HXWA 4OTEA 1D4NA 4R6KA 4P11A 4F2QA 3PGFA 4GXSB 1VE4A 1SW5A 5ELVA 3IOTA 1BTJA 1JEVA 1VR5A 4ZDMA 1HSLA 4DIGA 3KFMA 4MH5A 4GVOA 1JETA 1FTLA 1OMPA 3E9XA 1PC3A 4EQ7A 1P1NA 1DOTA 5ITOA 5AE4A 4O3AA 4K3FA 2RCAA 3O6IA 2DE3A 2F8DA 1AH5A 3D4CA 4IO5A 4EQBA 3O2AA 3M3KA 3UP9A 3G3HA 2FNCA 2KLFA 2AYSA 5JTYA 3OOAA 3O6HA 1H43A 4FAJA 2I0BA 1B3GA 4HS7A 2G93A 3MPKA 1IZ1A 4IO3A 3SEUA 2RC7A 3PMVA 1P1WA 1MXWA 1QUJA 3RNNA 1A55A 4F19A 4EXLA 5DYHA 2OWSA 3S9MC 4ZZAA 1M5FA 5B70A 1UTBB 2P1SA 3MQ9A 3EQ1A 1FQAA 1WVJA 1M5CA 3TUSA 1TT1A 1YTVA 1N3WA 3K6XA 3FD3A 2W7YA 2PX1A 5TU0A 3Q27A 5DVJA 1P1UA 3FJGA 4XKQA 4YKKA 1UIVA 4Q8RA 4XKRA 3IORA 4QFNA 4DCYA 4L17A 2ONKE 3RQTA 3TAJA 4EQ9A 3R6UA 3U1OA 1VFEA 3OO9A 4XTCQ 1MXYA 3B6QA 4XIGQ 3M8UA 1M5EA 3C31A 1FCKA 4I9DA 2H99A 4RY1A 4F3GA 1QULA 2HCAA 2Q2AA 2YLNA 5L9SA 3TQLA 3RPWA 1LAFE 3BFUA 3LSLA 5AA4A 4JBZA 5HM4B 1MQDA 1P99A 1MDQA 1Q1KA 3MP8A 2I6EA 4MFIA 3VLUA 3LSXA 4GFRA 3C9HA 5I57A 4YMAA 3FVKA 3QUFA 3OO8A 1IXGA 2UXAA 2REGA 2HAUA 1EU8A 1N7WA 2DYXA 5M2VA 1B5JA 4P0GA 1XVYA 5KDTA 5L8DA 3N94A 3TTLA 2DWIA 4RPNA 2VOZA 3KEIA 1N04A 4KD5A 3THIA 2DP8A 3KOSA 1JW1A 1OLCA 2GHBA 1I69A 2XXHA 3GXAA 4ESWA 1PDAA 1QJMA 3OSRA 1PBQA 3FXQA 3VV5A 4H5FA 1DSNA 4R9GA 3B6TA 1OQHA 2Z23A 3FVOA 1B9JA 3TTRA 2REJA 3T96B 3IK6B 5ICTA 4F29A 4X9TA 4YU0A 3HCQA 4YMBA 4YZZA 3EHTA 4OWDA 1UTHB 5H8SA 3TZAA 4UA8A 1POY1 4BDRA 3TTNA 4FE8A 4H5GA 3O97A 4GL0A 2DQVA 2QS3A 3IL1B 1A7LA 3KJ7A 4OENA 4ELQA 4G2ZA 1MXXA 1URGA 1AOVA 4ZEFA 3ILTB 3CFZA 5A5XB 5I56A 1B51A 4UACA 1NNTA 2XX9A 1GTKA 3HPIA 3FXRA 1LB9A 3PPQA 1AL3A 4IGRA 1TXFA 1XHYA 3MC2A 2D5WA 1MH3A 3EPEA 1MXVA 2ONRA 4OYVA 2I3VA 1SYIA 4OEVA 4IO6A 4PP0A 3IAZA 4EUOA 3MZ1A 3TKDA 5KZTA 2V93A 5EYFA 1B05A 5FHMA 1B7UA 3IJOB 1FTMA 2RKMA 1JVXA 4I8CA 1RYOA 2OLBA 2Z8FA 1NNFA 3MAMA 2I49A 1I6AA 3W9WA 1ZTYA 3RLFE 3OSQA 5AA2B 2IA4A 4YB7A 3R26A 2XXPA 3RTFB 4EXKA 3L6GA 4XKNA 2ALUA 4MF3A 3TCHA 4KQPA 2CMOA 3IJXB 3H7MA 1LFGA 4PETA 2F34A 4OQOA 3V8XB 1MPCA 2XXYA 4N13A 2LAOA 3G3JA 5H8FA 3LBSA 3K00A 1Y3PA 2DXRA 4LONB 1DMBA 2QS1A 3O66A 3RT8A 4FEDA 1I6QA 3IX1A 4F18A 4DXUA 4MLQA 5JK4A 2AL4A 2QL3A 2XXXA 2Y7KA 2V3QA 1QKAA 2DWHA 2YJPA 4QSDA 4THIA 2F78A 4KFQA 2F7AA 4KCCA 1Y9UA 5JTYB 4RXLA 1NKXA 1R1NA 1WDNA 4RA1A 4R72A 1OQGA 2R71A 3FVNA 1MY1A 3VDFA 1LB8A 3K4UA 2UYEA 2VP1A 2A5TA 4ZE8A 4H0WA 4OEUA 2HAVA 4ZEBA 1QUIA 3TMGA 3SETA 3TPAA 3OO7A 4PFYA 2RINA 4ELRA 2P0SA 3CFXA 3H6UA 1PB8A 5I59A 4XKPA 3C4MA 1LLSA 2IEEA 5FHOA 2P2AA 3T9UA 2ANJA 5FHNA 1BP5A 2OK2A 3W9VA 4YB5A 1B6HA 1Y1ZA 3H4ZA 3MZ9A 4DE8A 4X1BA 1R6ZA 1OVBA 1SD3A 3S2VA 4JWOA 4HCWA 4N6PA 1B5HA 1M5BA 2XXQA 5KCJA 5CMCA 1FTJA 4WKMA 5H8NA 2H9BA 4EF2A 2RC9A 4O3BA 3OEKA 2I48A 4GOTA 2QMWA 1US5A 1Y4CA 5AA4B 1JW5A 5I84A 5K2YA 4ZECA 5I57B 3GBAA 4ELPA 1JVYA 4RPOA 3JV9A 2QS4A 3N26A 2Q9TA 3AXFA 1ZBMA 2M8CA 3DP4A 3T9XB 1YPNA 2HZLA 2ZYMA 4LQ2A 3CSGA 3QYTA 5KDTB 2XXIA 1B32A 2X26A 3HO7A 4LVQA 5I58A 1DPPA 1UIUA 4TLMB 3I6VA 3USDA 3N6UA 4QFLA 3MUQA 2Y7IA 3KSJA 3OELA 2GH9A 2PVUA 3ILUB 4Q0CA 3IO6A 5CRYA 5TP9A 3B6WA 2DE4A 4LZ5A 5LOMA 5CBRA 2Q89A 2OWTA 4M4GA 4P0IA 4RJZA 1NMUA 2PMSA 2G29A 3VFJA 3WAFA 1TFAA 4NWCA 1EH3A 4F1UA 1FW0A 3F11A 1O64A 4NF6A 1XVXA 1B7HA 4FEBA 1NL5A 3MBPA 1NH8A 3O28A 4C1TA 3G3KA 1UQWA 4LUBA 3LUYA 3JYRA 3FJ7A 5I56B 2UYFA 4NE4A 3GBBA 1S50A 1MXUA 4YKJA 3KG2A 1XT8A 1TFDA 5DT6A 4U21A 1SI0A 3T66A 1AIVA 2Q2CA 2QSXA 3FXUA 3FATA 3FIRA 3K1PA 2DE2A 3PMXA 5J1DA 3S9LC 4ELOA 2X7QA 1IUDA 3Q28A 1LBBA 4OHNA 2ESNA 2DOJA 1B4HA 4FIMA 2R9JA 4F39A 1F9BA 2QJEA 1YCJA 3C32A 3KJTA 2Y7WA 2ZXTA 1PBPA 4QRZA 4R9FA 1B2HA 1ZIUA 1B0HA 1N7XA 1IXIA 3ONMA 3RT6B 1EZ9A 3PPOA 1MRPA 4NF4A 3QIMA 1SW1A 2ZNSA 4F1VA 4QSCA 3TCFA 3S4UA 2O68A 1KWHA 3MWBA 2NWJA 3T9HB 4GIZA 1ELJA 3K01A 3K1NA 5I2NA 3K02A 4JWYA 4PQJA 1Y3NA 3P7IA 1P1OA 3A3UA 3K6WA 3O29A 4JSDA 4R2BA 3OMBA 5H8FB 3M3LA 4FECA 2DWJA 4GQOA 2NVUB 4H1XA 1MPDA 4G68C 3PUVE 3CSBA 3TTKA 3R7XA 4KPTA 4GXAA 4GL8A 2E1SA 3ZKKA 5AA1A 3HHGA 3MP1A 2ZYKA 5FTHA 3H06B 2FYIA 3LSWA 3VE1B 4RNSA 2I4BA 3CR9A 1LBCA 3PUXE 1FTOA 2XXRA 4IY5A 3C35A 1FQFA 3H6TA 3MPLA 4G8HA 2A5TB 4H8JA 5L9OA 2FA7A 3DP6A 1GGGA 3LC8A 3RUMA 1VSOA 5F7VA 4RYAA 3OO6A 3PD9A 1BLFA 4G68A 3EF7A 2OBGA 4F31B 3RGYA 5I59B 4BDOA 2O7UA 3MVZA 1Y4TA 3DELB 3O9PA 4G8MA 1WODA 1LFIA 5AA2D 3K1MA 4C1UA 4U2RA 1MPBA 3ZS6A 3PUWE 3MW0A 4F1YA 5DTBA 5KCJB 4Q5TA 4NF8A 1O63A 4OFOA 5H8NB 1IXHA 1B3FA 1YAEA 3T9VA 5CMBA 1D9VA 4YB6A 3T22A 4QHQA 3B7DA 3K0VA 2I58A 1LAXA 3U8QA 4OVJA 1ZU0A 4IO4A 1OVTA 3SDFA 1URDA 3VLWA 1A54A 3SESA 2I3WA 2ZNUA 1S7YA 1B1XA 1OLAA 3MZBA 4YICA 3KN8A 5I58B 2F6PA 3KN3A 1QVSA 4NTLA 3PPPA 2F5XA 2B3BA 4GRKA 2O7IA 3KZGA 4HCYA 2V25A 3LR1A 5ITPA 3V5AA 4DXCA 1QUKA 5TP9B 1JEUA 3DP8A 3CIJA 4KYEA 3PU5A 2AL5A 4ISUA 2D21A 4DDDA 1NNPA 1D9YA 1USYH 4DCXA 3KOTA 1NNKA 1XS5A 1SDXA 2RC8A 3UIFA 3U92A 2F6GA 4OMBA 2QMXA 1XOCA 4F3BA 3VVDA 4LATA 5I2KA 2ZYOA 5CMKA 4NF6B 1FQBA 1MY2A 3HHFA 1MQGA 1XC1A 2YPNA 4JXIA 1I6BA 4AB5A 4EF1A 3SKPA 2V84A 2WKYA 1AMFA 3TCGA 2GFEA 3RY3A 4F3SA 2R6GE 2XXVA 3PUZE 1Q35A 5CI5A 5B7DA 1PB9A 4ONYA 1B0LA 2O6AA 2Y84A 3ZKLA 1ZJLA 5H8HA 3QSLA 2O51A 4QFPA 3IB1A 3MP6A 2D3IA 5FTIA 1MG1A 3G7WA 4IY6A 2O69A 2GRVA 1MQIA 2GHAA 4ZS9A 1Z7NE 1A40A 4C0RA 4PFUA 4G77A 4IO2A 3S9EA 3KBRA 4XXUA 2AIXA 3H6WA 5TPAA 3FGSA 2O1MA 1B3LA 3DLNA 1LFHA 1RYXA 1IIWA 4NF4B 1H45A 4X48A 1MH4A 4IB2A 1LAHE 3FV1A 5F1QA 4ZZEA 3N6TA 3IR1A 4NF5A 1A8FA 2UVGA 1SVXB 3MVXA 4POXA 3KGCA 3FASA 5ICQA 3N5LA 5I2NB 3BKIB 4NWDA 3PV0E 3QAXA 4LZ8A 2THIA 4JDFA 1PEBA 4PFWA 1B3HA 3GZGA 2OCUA 3U93A 5DVFA 4U1OA 3C33A 2XX7A 2DSFA 3LSFB 3IB2A 2F7CA 4YKIA 4E0WA 3CRBA 4QFOA 4PE5B 5EHMA 1N3XA 2Q8JA 1IQ7A 1B52A 1HSEA 5K2XA 4RK2A 4OERA 1QKBA 3PD8A 3QXMA 3RN8A 2PBWA 4NMYA 3FV2A 4NEDA 4KR5A 3VVEA 1A99A 3OXNA 3A09A 3TODA 1ANFA 4YAHX 4G8NA 3EN3A 4ZEIA 4ZEKA 1O7TA 3A3CA 4JSOA 2NOOA 3O6GA 4R6YA 4H65A 4JB7A 2RCBA 3FUZA 3ZSFA 4H8IA 4PFTA 1JW4A 3VLVA 2XXTA 5IKBA 4U23A 4O3CA 1MS7A 1GR2A 1SBPA 2CZLA 1B40A 2DS9A 2I4CA 5DEXA 2QRYA 1D3KA 3G3IA 2B65A 4G68B 4H6DA 2O1LA 2DVCA 2UVHA 1ATGA 1LCTA 2DWAA 1SYHA 4ESXA 4KHZE 2BJJX 3HV1A 4ZEDA 2OJTA 1FQCA 3SEYA 4OXVA 1DTZA 3EHSA 2UVJA 1EZOA 1QW0A 4MBPA 1ZKBA 3TQWA 1MY0A 4BLAA 2ABHA 5EHSA 4AB6A 4NF8B 4F22A 1JNFA 3MJNA 1B5IA 2VD2A 3CG1A 5CM6A 1H3DA 2O84X 1MM7A 3W15C 2Q88A 3CI8A 1TWYA 3Q29A 2NXOA 1LAGE 4DZ1A 3GLBA 1DTGA 2Z8EA 3FJMA 1GVCA 3RTWB 5DVIA 3OEMA 3QK6A 3TDJA 3UORA 3U94A 5H8QA 3H03A 2OZZA 1ZLQA 2NUVA 4AQ4A 1H44A 3K2DA 3SEXA 1USYE 4LQ5A 2XD3A 2DXYA 3DM0A 3UK4A 1J1NA 4F2OA 1B7ZA 1SW4A 2VHAA 4KYDA 4LP2B 4F3PA 4BDMA 4POWA 1PB7A 3EHUA 3HSTA 4U4XA 3JZJA 1DPEA 4R2FA 3C36A 3Q26A 5ISUA 4HW8A 1HSJA 1SI1A 4IO7A 2Y7PA 2F7BA 2H98A 3V83A 4U22A 4E0XA 1MXZA 3CG3A 4RK9A 1CE2A 2VD3A 4Q30B 4I62A 4ZE9A 1M5DA 3M3FA 4TLLB 2V3TA 1NH7A 5I2KB 1Z7ME 3E13X 3KN7A 3OD7A 3BBRA 1BKAA 2DVZA 3FVGA 3H6VA 4GF8A 1H76A 4TQUQ 3HN0A 2H25A 1B1HA 4M1VA 1UTBA 4DXBA 5CMMA 2HQ0A 1JQFA 5H8HB 2XXUA 2XHDA 4IGTA 3TFLA 1A8EA 3CVGA 2PT2A 1MQHA 1SQYA 4HTGA 3I3VA 5JEIA 2HFBA 1LCFA 1URSA 5L9MA 5TPAB 1Y1MA 3PPNA 2Y7RA 3KSXA 5AA3A 3UN6A 3SEVA 1N0TA 2Z22A 3ECRA 1IITA 1RKMA 4X1DA 2QS2A 3SEWA 1NFTA 1B4ZA 4QSEA 4NF5B 2XD2A 4LZ7A 1L5TA 1FQDA 1SW2A 3K6UA 4FATA 4Z0IA 2B3FA 1IEJA 2XX8A 4R75A 2PT1A 2V3UA 2HEUA 3OENA 1POTA 4WEDA 1IXCA 3MVYA 4GLIA 3S9NC 2PYYA 1FTKA 1MY3A 3C34A 3IOVA 4U4SA 3K6VA 4FORA 4WEPA 4GWOA 4JWXA 3G3GA 4BDNA 3IB0A 1MY4A 2VGQA 4OETA 3TTMA 1B46A 2ONSA 2Z8DA 4OFLA 1FQEA 1OIBA 4WXJA 3E3KA 1T0KA 3V89B 5CC2A 4N07A 1EZPA 3VVFA 3D4GA 3U72A 4KI0E 1II5A 1S9TA 4R74A 4BDQA 4QFKA 2I0CA 1N84A 2E0SA 4U1ZA 3TELA 1Y3QA 2H5YA 3G3FA 1MDP1 3IO4A 1CB6A 3TEPA 4KYSA 3TYHA 3QUJA 4Z7EA 1LSTA 4QF9A 3PUYE 3SERA 5DEXB 2F35A 4BDLA 2UVIA 4LA9A 1UTHA 3Q25A 4R73A 3IOWA 3VXCA 4H67A 5HPQA 3UGWA 1BIYA 4YKPA 3FZVA 1LGBC 2F97A 3I5OA 2H4IA 2ZMBA 3MVWA 1MM6A 4KCDA 5BUUA 4OZ9A 2ZYNA 1N76A 1GV8A 4GD5A 1B58A 5A5XA 3WAEA 3T93B 5IAIA 4G4PA 4DLDA 3L6HA 1MQJA 5HBCA 4ND9A 1R9QA 2HZKA 2F36A 4ECFA 1ZMGA 4OESA 1R9LA 3UA8A 4TOZA 4I1DA 3IOUA 2X7PA 1VFDA 4MLVA 4FJPA 5CBSA 4OFJA 5BWJA 2QPQA 2XXWA 1Y20A 3ODBA 3VXBA 5H8QB 3E4RA 4R6HA 2RF1A 1US4A 1B3EA 3CFLA 4EDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZNTA 3PPRA 5AA2A 2KR0A 3H3GA 2BJIA 3BFTA 3PMWA 1YXIA 2A5SA 1P1QA 2HXWA 4OTEA 1D4NA 4R6KA 4P11A 4F2QA 2OWZA 4OVTA 3PGFA 4GXSB 1VE4A 1SW5A 5ELVA 3IOTA 1BTJA 1JEVA 1VR5A 2JJKA 4ZDMA 1HSLA 4N17A 4DIGA 3KFMA 1NUYA 4MH5A 2KQZA 4JVIA 4GVOA 1JETA 4MNIA 1FTLA 1OMPA 3E9XA 4NG7A 1PC3A 4EQ7A 1P1NA 1DOTA 5ITOA 5AE4A 4O3AA 4P47A 4K3FA 2RCAA 3O6IA 2DE3A 2F8DA 1AH5A 4NN3A 4P9KA 3D4CA 4IO5A 4EQBA 3O2AA 3M3KA 3UP9A 3G3HA 2FNCA 5EQAA 2KLFA 2AYSA 5JTYA 4I40A 3OOAA 3O6HA 3RYDA 1H43A 4FAJA 4PDDA 2I0BA 1B3GA 4HS7A 2G93A 3MPKA 1IZ1A 4IO3A 3SEUA 2RC7A 1NV3A 3PMVA 1P1WA 1MXWA 1QUJA 4N6DA 3RNNA 1A55A 4F19A 4EXLA 5DYHA 4PE3A 2OWSA 3S9MC 4ZZAA 1M5FA 5B70A 1UTBB 2P1SA 3MQ9A 1DCUA 3EQ1A 1FQAA 1WVJA 1M5CA 3TUSA 1TT1A 1YTVA 1N3WA 3K6XA 3BIHA 3FD3A 2W7YA 2PX1A 5TU0A 3Q27A 4PAKA 5DVJA 1P1UA 3FJGA 5FBPA 4XKQA 4YKKA 1UIVA 4Q8RA 4XKRA 3IORA 4QFNA 4DCYA 4L17A 2CEYA 2WYPA 1BK4A 2ONKE 3RQTA 3TAJA 4EQ9A 3R6UA 3U1OA 1VFEA 4PBQA 3OO9A 4XTCQ 4AS5A 1MXYA 3B6QA 4XIGQ 3M8UA 2PCRA 1M5EA 3C31A 1FCKA 4I9DA 2H99A 4RY1A 4F3GA 1QULA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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