2XXYA

Crystal structure of the gluk2 (glur6) d776k lbd dimer in complex with kainate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
SLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRKKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
publication title Conformational Flexibility of the Ligand-Binding Domain Dimer in Kainate Receptor Gating and Desensitization
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxyA02
3KN3A 2B65A 3K1MA 1MY0A 1SYHA 1BIYA 1PB8A 4I9DA 3QUFA 2DQVA 2I4BA 3GLBA 1MRPA 3OMBA 3N6TA 4PETA 2BJJX 2Q2CA 3SEXA 1NH8A 3FVNA 2H99A 1A55A 2DYXA 4K3FA 4DXCA 4F3SA 4G77A 2ZYOA 2RCAA 5TU0A 3UN6A 1R9LA 5I2NB 2I4CA 3V5AA 5H8SA 2GH9A 1Y4CA 1II5A 3SEUA 2V3QA 1B05A 1LAGE 5CMKA 4G68C 4U1ZA 5KDTB 3F11A 1CB6A 1DTGA 2UYFA 3IORA 3MQ9A 2QSXA 4M4GA 2QL3A 1N0TA 1Y3QA 3KOTA 4FEDA 2XXTA 4H5GA 1WVJA 3QSLA 3PUYE 4MH5A 1L5TA 3TAJA 3CFZA 3M8UA 4I1DA 4NF5B 4X1DA 1R9QA 1SYIA 4F1VA 3ILTB 4NF8B 5H8NB 3KSJA 2ZMBA 1T0KA 2ZNUA 1VFEA 2H4IA 3G3GA 3O9PA 5FTHA 1A99A 3VLUA 3SETA 1MXVA 5JTYB 5B7DA 2HAUA 3K6UA 2F7AA 3FGSA 3R26A 1MS7A 3IJOB 2E0SA 1B7ZA 1MY4A 4DXBA 3G3FA 4I62A 5CC2A 2ZNSA 5I58B 2PMSA 4ZEIA 4QFNA 4MBPA 3OSQA 4RNSA 4RY1A 1NL5A 1NKXA 2XXXA 1LFHA 2DP8A 1B7UA 4JWXA 2I58A 3N5LA 3RTWB 1FCKA 5CRYA 3IK6B 2RF1A 1EZ9A 2M8CA 1IXCA 4YKPA 3EF7A 1USYH 4OESA 4XTCQ 1MY1A 4X9TA 2QS1A 4H67A 1I6QA 4GF8A 2VHAA 5AA4A 4OQOA 3VLWA 2RKMA 1IUDA 2HZKA 1B32A 4JBZA 4U21A 4C1UA 3PUZE 5AA3A 4JWOA 4TOZA 5CM6A 5ICQA 4BDOA 1S50A 2ZYKA 3O6GA 3H06B 2DWHA 2Q2AA 1F9BA 2XX7A 3V83A 3A09A 3CG1A 4RPOA 1D3KA 3FJGA 1BLFA 3H6UA 4H1XA 3ZKLA 4LP2B 4EF2A 4OEUA 2ANJA 1VFDA 3B6TA 5I59B 4QF9A 1Y4TA 4XKQA 3QUJA 4X48A 4F3BA 1ZKBA 4KQPA 4OXVA 1AL3A 5AA2D 2Y7KA 1WDNA 2HXWA 4NE4A 2H9BA 3C32A 4GXAA 1LB8A 2V3TA 3AXFA 3RPWA 4ZECA 3IJXB 1M5CA 2Z22A 4GL0A 1AMFA 1PBPA 3TMGA 1XHYA 1DMBA 3O6HA 2V3UA 4TQUQ 4N07A 4ND9A 4R6YA 1PB7A 4IO7A 4OYVA 4H6DA 3DP8A 2Q8JA 3QAXA 1Q35A 5CI5A 2F34A 2DXRA 4R75A 5AE4A 1B5IA 3TDJA 1MM6A 3N6UA 3USDA 3O66A 3B6QA 1ZIUA 3OXNA 4Q5TA 2P2AA 4F18A 3E4RA 3OELA 5TPAA 2RC9A 4YB7A 3K6WA 3O29A 5DVFA 3FVOA 2XD3A 2D21A 5KZTA 3S9EA 2H25A 4KCCA 4G2ZA 4LZ5A 3TELA 2CMOA 2B3BA 3PMXA 3VV5A 3A3CA 1UQWA 3TTRA 3O97A 4F3GA 2Y7IA 3D4CA 2XXQA 3N26A 2Y84A 4O3BA 5FTIA 1MQDA 3TYHA 3IO4A 2B3FA 1MPCA 5AA2A 4DCYA 3RGYA 4YKKA 4HW8A 5H8FA 3TQLA 1Y9UA 4KR5A 3HN0A 1I6BA 4R72A 4E0XA 2A5SA 4GL8A 1P1UA 3RNNA 4U1OA 1MG1A 3VVFA 3LR1A 2R71A 4E0WA 2UVHA 1TFAA 5FHMA 3QIMA 2Q89A 4DE8A 3IAZA 1M5BA 3FV2A 4U2RA 3PPPA 3SESA 1MY3A 1B52A 4FAJA 1UTHB 3EHUA 1IIWA 3TCGA 1SI1A 3K00A 4WKMA 1B3GA 1SQYA 4O3AA 3N94A 2I48A 4YB5A 3KN7A 1URGA 3T66A 3KFMA 3O6IA 5HM4B 2DWIA 1DSNA 2P1SA 2OWSA 3SDFA 1POTA 4GWOA 5CBSA 1EH3A 3FIRA 4H8IA 3FV1A 1EU8A 3ONMA 3CVGA 4TLLB 1B4HA 3TTMA 4ELQA 3M3FA 3LUYA 1D4NA 3FZVA 4BDMA 1SDXA 1ZMGA 1B51A 3HSTA 4FE8A 3V89B 3KJTA 1US4A 3TZAA 1USYE 4DDDA 3K6VA 4ZEKA 3TQWA 3KZGA 5DVJA 1CE2A 4YAHX 5FHNA 5F1QA 1LFIA 3T96B 4RK9A 3KSXA 4Q8RA 4H8JA 3MP1A 2AYSA 4G68A 2DE4A 3O2AA 1JVXA 5ITOA 3MWBA 1YTVA 1H43A 1NNPA 1MXXA 4YB6A 1N84A 2XD2A 4KHZE 1LBBA 2V93A 4EDPA 3PU5A 1A54A 3BFTA 5H8HA 2OCUA 3VVEA 4C0RA 1RYOA 1Q1KA 1ZBMA 5TP9A 4AQ4A 5DEXB 4ZS9A 4FIMA 4G8MA 4Q30B 1R6ZA 3KN8A 2ZNTA 2UVJA 1IXHA 2F35A 3VXCA 1KWHA 4HS7A 3K01A 4QFKA 1N3XA 2F97A 4U4SA 2UYEA 4ZEDA 2DVCA 4GQOA 1ANFA 1FTMA 2X7QA 4LZ7A 1POY1 4RJZA 3E3KA 3EHTA 4HCWA 2O1LA 1VE4A 2FYIA 4XKRA 2DE2A 1JETA 3HO7A 5H8QA 1MDQA 4BDQA 2F7BA 2Q88A 1SW4A 4U23A 3T9HB 5EHMA 3HHFA 4MLVA 4FEBA 2HCAA 4GVOA 3GXAA 4EQ7A 3TCFA 4QSEA 1O64A 2DWAA 1YAEA 3GBBA 2ONKE 5A5XA 3C33A 1XOCA 3T9XB 1OVTA 2HEUA 4KFQA 3CSGA 1FQAA 1H45A 3FVGA 1B6HA 2RCBA 3H4ZA 3OO6A 4QRZA 4JB7A 4P11A 2GHBA 1LAHE 3JV9A 2YJPA 4Z0IA 4WEDA 1MXZA 1B5JA 2NXOA 2XXPA 2NUVA 4DIGA 2PVUA 1O63A 1WODA 3KEIA 4GFRA 2HZLA 4C1TA 2I6EA 3FXUA 4IO3A 5KCJB 4F39A 4WEPA 3JYRA 4H0WA 3JZJA 3LSLA 3H7MA 1P1NA 5I56B 1OMPA 3RY3A 3OEKA 4BDLA 4KD5A 5I2NA 3IB2A 3T9UA 1QKBA 3IR1A 2NVUB 5L8DA 1QKAA 3CR9A 3MJNA 5L9OA 3EN3A 4YZZA 3LSFB 2NWJA 4NEDA 5KDTA 3ILUB 2HQ0A 4QFLA 2HAVA 3C34A 4KPTA 2DVZA 3IB0A 4AB5A 1SD3A 4KYEA 3HPIA 4PFYA 2AL5A 1PB9A 1FQEA 4R73A 3H3GA 3HCQA 2A5TB 4JSDA 1QUKA 1I6AA 4OETA 2DXYA 1PEBA 2REGA 1MXYA 3RN8A 1QUIA 2R6GE 4NWCA 1QW0A 1TFDA 1OVBA 4NF5A 3S2VA 3C35A 4NF8A 5H8NA 2PX1A 5I2KB 2F6PA 3SEYA 3BFUA 5JTYA 1B5HA 3C31A 3MZ9A 3DP6A 2GHAA 3SKPA 3QYTA 1LCTA 2F7CA 2Y7RA 3PPQA 3TUSA 4P0IA 1A7LA 4R2FA 2ZYNA 3IOUA 2HFBA 4GIZA 2OWTA 4LQ2A 2NOOA 3UIFA 5ITPA 3G3JA 3BKIB 3M3KA 4KCDA 1RYXA 1ZJLA 1DTZA 5K2XA 5F7VA 3OENA 4R9GA 1B58A 2OJTA 1GTKA 2QS2A 3KOSA 1A40A 1NNFA 4FATA 1LCFA 1LB9A 2UVIA 2FNCA 2W7YA 1MPBA 1NNTA 2PT2A 3OO8A 4YKIA 5I57B 2Z8FA 4EXKA 1TWYA 3KJ7A 1SW2A 3TODA 3SERA 3ZSFA 4ECFA 3LBSA 4PE5B 3LSXA 1LAXA 1QVSA 3DP4A 3H6TA 2LAOA 4O3CA 2RC7A 4NF4B 4ELRA 3KG2A 1R1NA 2QMWA 3PPNA 3FJ7A 4YKJA 4IO5A 1MH3A 4IO2A 4P0GA 2P0SA 3I5OA 3C4MA 3MVXA 1BKAA 1B46A 1M5DA 1P99A 5JK4A 3UP9A 1PC3A 4FECA 1PDAA 3IL1B 3K2DA 3R7XA 4BDRA 3PMWA 1P1QA 5I59A 1NFTA 4N13A 2XXYA 1RKMA 1ATGA 4ESXA 4NF6B 5I84A 1DPPA 4QSCA 4GLIA 1D9YA 1UTBB 4YMAA 2DS9A 4F31B 1NNKA 3ZS6A 2DE3A 3CI8A 3D4GA 2QPQA 4G68B 4DLDA 1BP5A 3CFLA 1B9JA 2OBGA 2OLBA 1JNFA 3K6XA 1N7WA 5CMCA 2IA4A 4DCXA 2O51A 3VLVA 1VSOA 1YPNA 3PUWE 1B0HA 3UK4A 4OTEA 5ISUA 2O68A 2QMXA 5DTBA 4ZE9A 3K0VA 5FHOA 2Y7PA 2D5WA 4IY6A 4FJPA 4F2OA 3MZ1A 3GZGA 3U1OA 1I69A 5DYHA 3G3IA 2F78A 1JQFA 2VOZA 3OOAA 5BUUA 2O1MA 1HSEA 4M1VA 4F19A 3MAMA 1AH5A 3S4UA 4PFUA 1US5A 4OWDA 2ONSA 5DVIA 4QFPA 3TPAA 2VP1A 2I0CA 4OEVA 3LC8A 3VXBA 3H03A 3E13X 5AA1A 1FTLA 3MVWA 4YICA 3HV1A 1SBPA 4EQBA 1B3LA 4LONB 2F5XA 5J1DA 5A5XB 3UA8A 3PGFA 4UACA 2DWJA 2QJEA 1P1WA 1UIVA 1O7TA 4ONYA 3EHSA 1Y3PA 4F2QA 3GBAA 4EXLA 4OHNA 2ZXTA 4KI0E 5ELVA 5L9SA 4GD5A 3T93B 5DT6A 2Y7WA 4I8CA 4ELPA 1JEVA 3OD7A 4QSDA 4PFTA 4KYSA 3T22A 5BWJA 1JW1A 2Z8EA 4WXJA 1LSTA 1UTHA 1MPDA 5JEIA 4DZ1A 2XXWA 4OENA 3RQTA 3FXRA 2V25A 4ESWA 1FW0A 3PD8A 1IEJA 3VFJA 1N04A 1SVXB 1N7XA 5L9MA 2ONRA 4PP0A 4ZEFA 3TFLA 3O28A 5ICTA 3TKDA 3VE1B 4IGTA 1OQGA 1MXUA 3MBPA 3ECRA 3U93A 1ELJA 3SEWA 1OQHA 1IQ7A 4R6KA 5AA4B 2WKYA 4JDFA 4ZZEA 4G4PA 1SW5A 3UGWA 3PPOA 4OERA 3I6VA 3PV0E 3CSBA 4RA1A 3PUXE 3FASA 1JVYA 2G29A 3KGCA 2RC8A 2GFEA 1TXFA 3DELB 1JEUA 4G8HA 4YU0A 4OFOA 2H98A 4AB6A 1XVXA 2XX8A 3RUMA 2ABHA 1B4ZA 2KLFA 3B7DA 3G3HA 5HPQA 3WAEA 2O7UA 4U22A 3R6UA 3RTFB 2ZYMA 2XXVA 2GRVA 1Z7ME 3K1PA 3S9NC 3ZKKA 3K4UA 4ZE8A 3W9WA 2OZZA 4RK2A 1QUJA 4F22A 3H6WA 1FTOA 3MUQA 3Q25A 4POWA 3TCHA 1IXIA 3FVKA 1MQGA 3S9LC 3EQ1A 3B6WA 3EPEA 4R9FA 2OK2A 5B70A 4ZDMA 1B1HA 5DEXA 4LATA 1LFGA 3CIJA 3DM0A 1Y3NA 2VD2A 4JWYA 4XKNA 2X7PA 3MP8A 3IX1A 3RT8A 4X1BA 4DXUA 5M2VA 2YLNA 3MC2A 5K2YA 3OO9A 4N6PA 1MQJA 1AOVA 4PQJA 3IOTA 3KBRA 1HSJA 4IY5A 2QRYA 4OFLA 1URSA 3SEVA 1DPEA 3UORA 1B7HA 4ISUA 1D9VA 1JW4A 4G8NA 1N3WA 2F8DA 4JSOA 1YCJA 1B40A 2I49A 2XXRA 5TPAB 2Z23A 3H6VA 1N76A 1MXWA 4MF3A 4RYAA 2Q9TA 4TLMB 4OZ9A 1EZOA 1S7YA 2PYYA 2X26A 1FQCA 1GVCA 3FUZA 2QS4A 2V84A 1FQDA 3QK6A 1QULA 4UA8A 3IOWA 3DLNA 4FORA 4QFOA 3U94A 1TT1A 2I3VA 3TTNA 4Z7EA 1MDP1 2ESNA 1MQIA 3L6HA 5AA2B 1M5FA 2AIXA 4F1YA 1Z7NE 5H8FB 5IAIA 3FATA 2O7IA 2VGQA 3C9HA 2DOJA 5I58A 1P1OA 2ALUA 4OVJA 4XIGQ 1A8FA 2R9JA 3VDFA 1EZPA 5KCJA 3HHGA 2PT1A 5HBCA 1JW5A 4R6HA 4MLQA 4XKPA 1MH4A 1H76A 1S9TA 1B0LA 5I56A 1XC1A 4XXUA 1H44A 3U92A 2O69A 3LSWA 3K1NA 4U4XA 3P7IA 1URDA 3CRBA 1SW1A 2H5YA 2D3IA 1M5EA 3IO6A 4OMBA 4H65A 3Q27A 1QJMA 1IITA 1GGGA 3THIA 1B1XA 2O6AA 1FTJA 4PFWA 4IO4A 4GXSB 2YPNA 1J1NA 3Q29A 5IKBA 3TTLA 1XT8A 1H3DA 3MW0A 1B3EA 3OEMA 4LQ5A 4R74A 4NWDA 3MVYA 1BTJA 3WAFA 2A5TA 4HCYA 3MZBA 1MY2A 1NH7A 4RXLA 2THIA 2XXIA 1SI0A 3M3LA 4NMYA 2UXAA 3T9VA 1FTKA 1NMUA 3G3KA 1B2HA 2VD3A 1PBQA 4KYDA 5I2KA 1OLAA 3MVZA 4NTLA 2G93A 3QXMA 4EUOA 1B3FA 4LUBA 3V8XB 4GOTA 2AL4A 3IOVA 3G7WA 1OLCA 3PPRA 1LAFE 4ZEBA 1UIUA 1LGBC 2XHDA 3U72A 4BLAA 1A8EA 1IZ1A 5CBRA 4YMBA 2Z8DA 2IEEA 4GRKA 5LOMA 2RINA 1Y20A 4IB2A 4F29A 1GR2A 2F6GA 1MM7A 3VVDA 2DSFA 3RT6B 3TTKA 1ZU0A 1XS5A 5CMBA 5H8HB 3CG3A 4ZZAA 3FJMA 5TP9B 3Q28A 2O84X 2XXHA 3L6GA 4EF1A 3TEPA 2UVGA 5I57A 1DOTA 2XX9A 4H5FA 3PD9A 4POXA 3MPLA 3C36A 1B3HA 3BBRA 2F36A 2REJA 4ELOA 3FD3A 4HTGA 3Q26A 2PBWA 1LBCA 2XXUA 3A3UA 1ZLQA 3OO7A 4F3PA 4LZ8A 1XVYA 4QHQA 4OFJA 5EHSA 4NF4A 4RPNA 4F1UA 3W9VA 1LLSA 4JXIA 1Y1MA 4IO6A 3K02A 2CZLA 4LA9A 2E1SA 1GV8A 4BDNA 1AIVA 5H8QB 2QS3A 2I0BA 3OSRA 5CMMA 3I3VA 1HSLA 4R2BA 4MFIA 1OIBA 4LVQA 3IB1A 2FA7A 3MPKA 3U8QA 1FQBA 1ZTYA 3E9XA 4Q0CA 2I3WA 1IXGA 3MP6A 4IGRA 3FXQA 3PMVA 4L17A 4NF6A 1VR5A 1Y1ZA 3RLFE 5EYFA 1MQHA 3S9MC 4EQ9A 3CFXA 3W15C 3PUVE 1UTBA 3ODBA 4THIA 1FQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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