3FXQA

Crystal structure of the lysr-type transcriptional regulator tsar
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
MLKLQTLQALICIEEVGSLRAAAQLLHLSQPALSAAIQQLEDELKAPLLVRTKRGVSLTSFGQAFMKHARLIVTESRRAQEEIGQLRGRWEGHITFAASPAIALAALPLALASFAREFPDVTVNVRDGMYPAVSPQLRDGTLDFALTAAHKHDIDTDLEAQPLYVSDVVIVGQRQHPMANATRLAELQECRWAFSSAPRGPGAIIRNAFARYGLPEPKLGLVCESFLALPGVVAHSDLLTTMPRTLYERNAFKDQLCSIPLQDALPNPTIYVLRRHDLPVTPAAAGLIRWIQHHAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription regulator
molecule keywords LysR type regulator of tsaMBCD
publication title Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
pubmed doi rcsb
source organism Comamonas testosteroni
total genus 95
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fxqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fxqA03
4L0ZB 4H1XA 3IB2A 2EA4A 4QHQA 2Q88A 3MPKA 2DS9A 3VXCA 1XCBA 2XKPA 3O6GA 4ETSA 2W7YA 3LBSA 3V5AA 5LGUA 3KJ7A 2JPBA 3FM3A 1RI7A 1LFHA 3ZQ7A 3SZTA 4O5VA 2O6AA 1IW7F 3DFGA 2E1SA 4H8JA 2OAZA 3WTSC 4ZZDA 4Z7EA 3QXMA 4YB6A 4EVIA 2ELHA 5JR3A 3V7SA 1YFHA 1JEUA 1USTA 2DE4A 5AA2D 3I59B 4TQUQ 3HSRA 4LQ2A 3JTGA 1FX7A 1I1SA 1ZTYA 3C18A 1SDXA 3GFMA 1SFXA 3TQLA 4FORA 3V7CA 4A6DA 2F6GA 2O84X 3RKWA 1FTKA 1OLAA 3H3ZA 1YCJA 1B3LA 3ZPLA 4R74A 3KCCA 4HLXA 3MVZA 4K3FA 3VE1B 2O69A 2YU3A 4I09A 4UVCA 2A5SA 1MZBA 2UVHA 1F9BA 3TTNA 1Z7UA 3TKYA 1XMAA 1NNPA 2XXRA 1OMIA 4DE8A 2UWMA 5DT6A 3IJOB 1MS7A 2WWYA 3M3LA 2A68F 3G73A 1PUEE 2RGVA 2AXLA 2O61A 1L0OC 2E1CA 1FTLA 1S29A 1NKXA 1R1TA 5FLXK 2ZYNA 4KIGA 4M73A 4F39A 4ENKA 1LAXA 3E4RA 4IO7A 1BM9A 1BI0A 3HRMA 5ITOA 1U2WA 4ZZAA 3T0YA 3RN8A 3U1OA 1F9NA 2HTSA 5HS7A 2G7HA 2P1SA 4G8NA 5HLGA 1Y1MA 4HQMA 2QQAA 1BLFA 1FW0A 3MVXA 1I6AA 3GEZA 2ISZA 5E1ZB 4JWOA 4QSDA 4ELOA 3H3GA 5HDGA 2HZTA 2O03A 3FMRA 3JSPA 2Z23A 4F1YA 3HO7A 2D1HA 2P4WA 4R8HA 3KP3A 2CMOA 4A0ZA 3B02A 3WAEA 2QS1A 4PQJA 3DF8A 3O29A 2WC2A 1YQAA 3VVEA 2IA0A 3O6HA 2XXXA 3PUXE 1MY1A 3VLUA 3FX3A 3MZBA 1Z05A 2X4HA 1BOAA 1JEVA 5CVVA 1KU2A 2X26A 1N7WA 2K27A 5D6EA 2F5EA 4FT8A 3G3JA 1DPRA 2CZLA 2VXZA 4LLNA 1MRPA 4EMSA 4P96A 5TU0A 1KA8A 4HX4A 2AIXA 1ANFA 3C4MA 3ZMTA 4KQPA 3SEWA 2PT2A 3V8JA 4Q8RA 3OMBA 1TFDA 5A5XB 1P4WA 2EA2A 4IO5A 3KOSA 4IXAA 2H25A 3CJNA 3N26A 2CSOA 1Y3QA 3LFKA 1V3FA 4GCVA 2KJBA 1LEAA 4GD5A 3MFKA 3H7MA 4A0YA 1IF1A 1B46A 1Z91A 1ZIUA 5AA2B 1RUOA 1BC8C 4LB6B 2L54A 1WRJA 3IX1A 3ISPA 3JAMZ 4R6YA 3C1DA 4ZDMA 3LSTA 2XROA 3K6WA 1S7OA 1KYZA 3S9MC 4GXOA 4HLYA 1WKMA 2O6GE 4KICA 1I6XA 3IWFA 5LEJA 4FX4A 5EYFA 5JEIA 3H06B 3CIJA 4L9JA 4Q30B 5HPQA 1LAFE 4AD9A 3UK4A 4L9VA 1Y20A 2WV0A 4AWXB 4RB3C 3LQRA 4YU0A 3J80K 2ONSA 2B65A 2HZKA 4BAYA 2DQLA 4RB2C 1N84A 2B3FA 4IF4A 2V93A 3GZGA 4H65A 5AA4B 1Q1HA 5DYMA 3KETA 5F1QA 1AWCA 4IO6A 5KDTA 2DAOA 4R2BA 4YZZA 3EHSA 2JTVA 3A3UA 4NWCA 5FHNA 2P6TA 2VE9A 2FXAA 3EN3A 3L00A 1O7FA 5H6QA 1I6BA 4HQEA 3W6JB 2ETHA 5J8CA 1VR5A 4H0WA 3IKTA 1ZHFA 3QAXA 5K5OA 3BP8A 2FEZA 1UTHA 1HW1A 1VE4A 1HKTA 4I62A 2ZNZA 1HSEA 3MWMA 4HV6A 5FO5A 3LR1A 3PPQA 3KP2A 1D3KA 1U8RA 4F3PA 1GXQA 1FBQA 3BFUA 3GUDA 1R1NA 1K78B 4G6QA 1WSUA 5ICCA 3R26A 5HOOA 1TFAA 1Z1DA 3FV1A 1RKMA 3TOBA 3O66A 2LSOA 4OFLA 1URDA 5D8LB 3QIMA 2ESNA 3IB0A 4EJTA 1D9YA 3B6QA 2PBWA 3IRQA 2I0CA 1OYWA 2B3BA 2Q9TA 3EF7A 4LGWA 3EDPA 3FXUA 1JW1A 3CI8A 4PFYA 5E1WA 4Z0IA 2DP8A 3O6IA 3QAHA 3E3VA 1TTYA 1IZ1A 2H6BA 4A0XA 2FU4A 2F8DA 1BI2A 5D5WB 2ZNSA 4Y17A 4LP2B 3BJOA 4WXDA 4PP0A 3E9XA 5TPAA 1GGGA 3USDA 2ZMEA 1TQMA 1QUKA 4L5JA 4UA8A 4XKRA 3O2PE 1K78A 2QENA 3KN3A 4Y13A 3GF2A 1OVBA 5I2NA 4EGYA 3OEMA 3PMXA 4EM2A 4UUVA 4IO4A 3K1MA 1K79A 2RC4A 3DP7A 3BFTA 4KYEA 4LONB 2ANJA 1HKQA 2YX7A 5ISUA 1HW5A 2DBBA 3ODBA 1FYLA 1IUDA 1XCVA 2VP1A 3RY3A 1S8NA 3CSBA 3IOUA 3HHHA 3W6KB 4XKPA 3FM5A 3TQWA 3TCGA 5I57A 1OIBA 2Y84A 1ZH5A 4KYSA 4N9IA 4NWDA 1K7AA 2O0YA 3D4GA 4EJOA 3KEIA 3HV1A 1SQYA 4B8XA 3TELA 4IJAA 2I48A 4RAYA 4NF6B 2VBZA 2NYXA 3PPOA 2DLLA 2PYYA 4MNUA 2Z22A 3MZ9A 2RN7A 2FMLA 1VTNC 3Q28A 3ECHA 2GXGA 3D4CA 3MVYA 4LQ5A 4B09A 1XT8A 3GLBA 3ILUB 3R4KA 3HRUA 1ZGJA 3R6UA 5L9SA 3Q9VA 4Q0CA 1JW4A 2GWRA 4OTEA 3SEUA 3KN7A 4HCWA 3KLOA 1A55A 3FIRA 3KBRA 1W7PB 4GGGA 4YKPA 2EFOA 3IC7A 3ZMUA 2P2AA 3WTWC 1B5JA 1MH3A 4UVBA 3P9CA 1IN8A 4RGRA 5E1XA 2H5YA 1QPMA 4U0VA 2L4MA 3K1NA 3WODF 3CRBA 4HW8A 2L02A 3R6SA 4ENNA 1BP5A 4G77A 4NTLA 3RJPA 2P7VB 2HZLA 4KN4X 1M5BA 1ZU0A 3G3HA 2E7XA 1BKAA 1DPUA 3BJAA 2CW0F 2IRFG 2M8CA 3R0AA 4ESJA 3DKWA 1OLCA 5JK4A 3RI4A 3CVGA 1CF7A 4MF3A 4EQ7A 1B3GA 3HPIA 1EZOA 2F2EA 1JHFA 2XAJA 4BDRA 5H8NB 3I3VA 3MUQA 3LSXA 3FXQA 4KPTA 4OIRF 1TLHB 2HOEA 2DQVA 5EHSA 2DPDA 5JI6A 3KE2A 3CG3A 4KHZE 2H94A 2DWJA 3GFIA 4DQ2A 5FTIA 5K5QA 3F8MA 3TO7A 1R9QA 3C31A 4KCCA 2V25A 2Z8DA 2IPQX 3ABTA 1YIOA 4NF8A 1R5HA 1TQIA 2OLBA 1TW3A 5FHMA 3QOPA 1LNWA 2STTA 2IJLA 1BC7C 2LKPA 5K2XA 2H6CA 4ELPA 5IAIA 1BBYA 3F8BA 3VFZA 1LCTA 2Y7RA 1YAEA 3MAMA 4XRFA 3FJGA 1IN4A 4NF4A 5D4SA 1SD4A 3T1BA 4JWYA 3U72A 5H8SA 5AE4A 1J1NA 1QKAA 4L9TA 3RT6B 1YW7A 1LGBC 2W24A 4U0WA 1B52A 2O51A 3TYHA 4HA8A 3SDFA 3PD9A 2UVIA 1EH3A 4A12A 2Y75A 1P1UA 1HW2A 2Y7IA 5JFRA 1UIUA 3K01A 1SW1A 3PQKA 3VDFA 3WGIA 4FX0A 1EH6A 4UXNA 1IXIA 1LB2A 3KJTA 1IXCA 3GFJA 3TTRA 4S04A 4I0AA 3WG9A 3OSQA 1T38A 4ZEIA 3RPUA 1ZRFA 4S05A 2XXIA 2KIFA 1CGPA 2V1XA 5TP9B 2JSCA 3EQLF 3IB1A 3FUZA 3QUJA 4H6DA 4ZYGA 4G68B 3FVOA 4CZZA 1PP8F 1Q1KA 3I53A 3IL2A 4ZZLA 3PPRA 3Q26A 2RKMA 4BDOA 2ZXJA 3GXAA 2XXPA 1B4HA 4HCYA 4OINF 4WKMA 3V7RA 1POY1 5JTYB 1B7UA 4CDGA 2DWHA 3KSXA 4BH9A 3SHFA 2QBYB 1AOYA 3JV9A 3IORA 3MBPA 2LAOA 1HXDA 1CB6A 2F7CA 1DOTA 1JXSA 4ASNA 4ZEBA 2P5KA 2YX4A 5DVIA 3F6VA 1YS7A 1IN5A 4LLLA 1B1XA 4POXA 1FLIA 2YLNA 2E1NA 1SMTA 2CGPA 3KN8A 2V79A 3PPNA 4ZYEA 2FNCA 2V3TA 3T66A 1VFDA 4OMZA 1AIVA 3HUGA 5CI5A 1LFGA 4OEVA 1U5TB 2DU9A 1DDNA 2ESHA 3PUWE 3K0LA 1H44A 4EV0A 2NRAC 3WTUC 5LGNA 4UHTA 4TLLB 4XSXF 2BJJX 2V3QA 3PUYE 3EHTA 1M5CA 5I58B 1FCKA 2FRHA 3T8RA 1MDMB 1FBUA 3G3ZA 2ZKZA 1QO0D 1WVJA 2ISYA 4MLVA 3ZSFA 3P9KA 3H6WA 3PGFA 1POTA 5HS8A 5DEXA 1D8KA 2CQKA 1B40A 2O7IA 1A8FA 2OWSA 3M7GA 1FQCA 5FD6A 1H45A 5EEGA 3FVNA 5CBSA 2WTEA 1ULYA 5J6XA 1Z7ME 2RKHA 2VBXA 3ZP5A 2DVZA 1MQIA 1IXHA 2XD2A 1GTKA 4A5NA 2RC7A 2KLFA 3OEKA 2YJPA 2VC0A 1ZREA 1HSTA 1UIVA 2W85A 1ZLQA 4N9HA 4IVNA 2QS2A 2ALUA 1MQHA 3LSFB 4C1UA 1NH7A 4FE8A 3HRTA 5HBCA 3PU5A 1LQ1A 4AB6A 5BWJA 2RQPA 1C0WA 1SVXB 2H27A 2QRYA 1KQ0A 3V89B 1QBJA 2PMUA 4MEXF 3NQOA 1ZGAA 3P9IA 4PGGA 1QKBA 2EFPA 1G3SA 3TDUC 2BV6A 2I0BA 2RDPA 1Y4TA 3M9AA 4U7DA 4ELQA 5CMCA 2KKOA 3JAMK 1UTBB 2VE8A 3KP4A 3F21A 4U4XA 4ZECA 3K02A 4RYAA 3PMVA 4CHUA 4GWOA 2XASA 4LZ8A 5FB2A 4ESXA 1B51A 4DNCA 1IIWA 5H8QB 3C35A 2NNYA 3I6VA 1R22A 4RK9A 5BUUA 2ZYKA 3ERED 1QQIA 2QMXA 3OO8A 4YFXF 3TO9A 2Z5UA 3U93A 2HDCA 4I1DA 2UZKA 1ZN2A 5ICFA 1BIBA 5FFXA 1H3DA 4K2EA 3F11A 3C33A 1IITA 3HHFA 4BHBA 4E70A 4U7BA 4F1VA 1A54A 5AIPA 2OU2A 1DPEA 4PDKA 3P7IA 2OBPA 1YW9A 5L9OA 2Z99A 3BY6A 2HAUA 2EV6A 1XGNA 4DXCA 4RB0A 5D6FA 5H8QA 4G8MA 4WCGA 4G2ZA 1B5IA 2Y48A 5DEQA 4CICA 3F22A 4QRZA 2F97A 1XSDA 4ONYA 3CR9A 4H8IA 2M8EA 2HYFA 1B1HA 3UIFA 4EM0B 1MGTA 1P1OA 4UVAA 3MP1A 4BDNA 2QYOA 5HDNA 1LEBA 4GQOA 2GAUA 2JT1A 2R9JA 1T39A 3H6UA 3IRRA 2HQNA 4EJVA 4XXUA 5DVJA 1Z6RA 2PQ8A 1WQ2A 5AA3A 1A8EA 3EYIA 2X7PA 2EV0A 3I59A 2XAHA 1G4DA 2V9VA 1EH8A 4DDDA 4YB7A 1YW8A 3WU0A 2PJPA 3QYTA 2P5VA 3SETA 5CJ9A 1R1UA 1FNNA 3ABUA 3V83A 3Q27A 4QFNA 5L9MA 2QSXA 2OZ6A 3KEQA 5ITPA 4MBPA 2MA3A 4R9FA 5D4RA 1MY2A 3ECRA 3F3XA 2OCUA 3HCQA 4RA1A 2E7WA 4AIJA 2K02A 3JSOA 1HBXG 4ZEDA 2CFXA 4I01A 1QZYA 3FXRA 3VOEA 1PB9A 2ZXTA 1TWYA 4IHSA 4L18B 3QSLA 2EJRA 4ND9A 2DTRA 1YG2A 4XLNF 1S6LA 1SBPA 2QUFA 3M8FA 2DWIA 1PEBA 2F7BA 1U5TC 1TT1A 3ZMSA 3K4UA 4KYDA 2F7AA 5H8HB 4JDFA 3RUMA 2ZBKA 5DVFA 4LJZF 4GO1A 5A2QZ 4KUMA 2GH9A 4DCXA 3I5UA 3T5XA 1ON2A 3HIFA 1V4RA 4G8XA 4ZE9A 1YLFA 2FA5A 4OQOA 4NHJA 1OR7A 2EK5A 3C34A 2AS5F 3WTVC 3E5QA 3K1PA 4FAJA 4PGHA 2PI0A 5LRRA 1MXUA 2AYSA 3LAJA 1KQ9A 4DLDA 1USYE 2HKOA 4GL0A 4OXVA 3PUZE 3S9LC 3CDHA 1IRFA 3HTUA 5J8FA 5ILSA 1Z6TA 4WEPA 3HTSB 2XUBA 3GZ5A 4LK1F 4AIKA 2NS0A 4LD5A 4WF2A 2HXWA 2FNAA 3LA3A 1W5TA 3N5LA 1X3UA 1HSJA 2D2WA 5IT3A 3EYYA 1J0RA 1MXYA 4L17A 2UYEA 2R6GE 3KEOA 4U88A 2I49A 4G7OF 3DELB 5A5XA 1MXXA 3L6HA 5D5UB 2QM3A 4M6XA 2XD3A 4NEDA 4XSZF 3ZKKA 1KYWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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