3SEYA

Zn-mediated polymer of maltose-binding protein a216h/k220h by synthetic symmetrization (form ii)
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3seyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3seyA01
1B3LA 3ECRA 2HZKA 3E13X 3MUQA 1M5FA 1GTKA 3FV1A 4Q0CA 2XD2A 2DWHA 4F29A 3C34A 3S9LC 1B4ZA 3MZBA 1URDA 2I0CA 4N07A 4P0GA 5L9OA 4IY6A 2Q89A 3FZVA 4BLAA 3JV9A 5I59A 3TDJA 4IGTA 4C1TA 1OIBA 2PVUA 1NFTA 3CIJA 5CMCA 5EHMA 4GL0A 5AA1A 4ELRA 3U93A 1B51A 4OVJA 1D3KA 3KFMA 5HBCA 4OFLA 3KSXA 3MVZA 2ONSA 2NXOA 3FJGA 2AIXA 3V89B 1A99A 1J1NA 3FATA 4EXKA 1SYHA 1BTJA 5BUUA 3M8UA 2LAOA 1LAFE 3B7DA 1QUIA 1AIVA 1B1HA 5CC2A 4I8CA 4UACA 5EYFA 2F5XA 3R7XA 2XXWA 1UQWA 2B3FA 4MLVA 2VD3A 3GZGA 4F3PA 1H44A 3OENA 2I58A 4RPNA 3VLVA 2O68A 4U4SA 3IO6A 2HAUA 4OWDA 1HSJA 1D9VA 2QMWA 4BDOA 4ZEIA 4ZE8A 2HFBA 1FTKA 4EXLA 1MH3A 4NF6A 2W7YA 1LFGA 2O7UA 2F36A 2KLFA 2UVJA 3FJMA 1TFDA 4IY5A 4U2RA 1I6AA 2XXPA 3T96B 2O51A 4KFQA 3MAMA 3QXMA 3G3FA 5H8HB 1Y1MA 4R6YA 2ONRA 4DXCA 1DOTA 1FQAA 3RTFB 1JQFA 3E3KA 5I2KB 3UN6A 4U4XA 2ZYMA 3Q26A 2FYIA 3RQTA 2M8CA 1URSA 1GGGA 3CVGA 3FXQA 5I58B 3JYRA 1JW1A 1O7TA 4RA1A 1MS7A 2UVIA 3MZ1A 1ATGA 3LC8A 4JSOA 4KD5A 1USYE 3VVDA 5CM6A 4KYEA 2XXUA 4QFLA 3PD9A 4GRKA 2XX7A 1LBBA 1MDP1 1VSOA 5H8HA 5M2VA 3L6HA 2DXYA 2A5SA 1B7UA 2DSFA 4HCYA 1ZLQA 4R73A 4KHZE 5I2KA 3S4UA 3LUYA 5AA2B 2XXHA 2ZNTA 1FQFA 1RYOA 3OO9A 4OEUA 1M5EA 5I58A 1VE4A 3FVKA 3IJOB 2DYXA 3FJ7A 2QPQA 4NF5B 4NWCA 4DCXA 1PB7A 2UVGA 1B3EA 3KSJA 2G93A 2RKMA 5KZTA 2CMOA 4GQOA 2F6PA 1SI0A 1MQHA 1NH8A 2Y7IA 4YB5A 2ZNSA 1XOCA 4H5FA 2ONKE 5AA2A 3OMBA 1TT1A 3C36A 3CSGA 3O66A 4THIA 3IOTA 4DXBA 4RYAA 4IB2A 4F19A 2ZMBA 2QRYA 4JSDA 4ZECA 4NF5A 1QJMA 1NNTA 3MPLA 1NMUA 4ND9A 3UA8A 4OMBA 2HQ0A 4R74A 1A8EA 3IR1A 3KG2A 1LFHA 5KDTB 3A09A 4P11A 4BDLA 5ITOA 4ELQA 2A5TB 2H5YA 3HV1A 1AL3A 3V8XB 3MP1A 1B1XA 5FTIA 4H8IA 4DZ1A 1ZTYA 2HXWA 3RY3A 4Q8RA 1WODA 2F35A 2CZLA 3ILTB 1Z7NE 1BKAA 5FHMA 1DSNA 3UORA 4IO5A 4IGRA 3F11A 4NMYA 4F39A 4BDNA 1YAEA 3DP6A 3MP6A 5AA2D 4G8MA 4ZEKA 2RF1A 1OVTA 3KEIA 1MM7A 1O63A 4RNSA 1QW0A 4PE5B 5B7DA 1FQEA 2UVHA 3C35A 5KDTA 3EHTA 4OESA 2GHBA 4QF9A 4WKMA 4E0WA 1GR2A 2A5TA 4LZ5A 4DE8A 4OQOA 1VFEA 3ODBA 4R75A 2F7BA 3K1MA 3FXRA 3PMVA 1MPBA 1FTMA 4F31B 1ZBMA 2QS3A 4DDDA 2ANJA 4ONYA 2REGA 2I48A 1JETA 3TTRA 2H4IA 2YJPA 4FAJA 1Y3PA 2XXVA 4Q5TA 5F7VA 4HTGA 4ZE9A 4KCCA 2RINA 4PFTA 4YICA 2P1SA 1B5JA 4R6KA 5CMKA 1XVXA 1B3GA 2O84X 3OOAA 3TQWA 1SVXB 2DWJA 2I6EA 4NTLA 4FE8A 4G68B 2Y7WA 3VVEA 4OETA 1IITA 4QFPA 4XKPA 5A5XB 1UTHB 5CBSA 3IOVA 4RY1A 1XS5A 4LUBA 3FUZA 5BWJA 1R9LA 4LZ7A 3VVFA 3T22A 2RC7A 2HCAA 2O69A 1NNFA 3K01A 3MZ9A 1IXCA 4LONB 1MQJA 4QRZA 3E4RA 5ICTA 5FTHA 2OJTA 4YB7A 3N6UA 4G68A 4LA9A 3DLNA 2QS2A 2I3VA 4MLQA 3TAJA 3W9VA 4IO6A 5A5XA 1UTHA 2OBGA 1YPNA 1D4NA 1B0LA 3E9XA 4G2ZA 2Y7RA 1DTZA 1LAHE 4KYDA 2HEUA 4DXUA 4RK2A 1IXGA 4F1VA 4G4PA 2XXIA 4AQ4A 3T66A 2I4CA 5JEIA 1B5IA 1EH3A 1OQGA 3IO4A 1BLFA 1P1UA 1OLAA 5L9SA 4Q30B 1JW5A 3KN8A 3H6VA 1N04A 1LCFA 2XD3A 4L17A 4U1OA 3SERA 1I6BA 4GXSB 3DP8A 4OHNA 1HSLA 1B32A 1P99A 3C33A 4WEPA 1XVYA 1Y4TA 3N6TA 4KR5A 2PT1A 4O3CA 1LFIA 1MRPA 3ZSFA 3PPPA 3KGCA 3QIMA 1S7YA 2F97A 2Q88A 5B70A 4F2QA 2Q9TA 3FVGA 5F1QA 3KBRA 4JBZA 1MY3A 4ELOA 3O6GA 3M3KA 1IUDA 4ZS9A 3QUJA 3I5OA 4U1ZA 3B6TA 2Z23A 5DYHA 3KJ7A 2YPNA 4GFRA 1Q35A 3G7WA 1VFDA 3UK4A 3S2VA 3MP8A 1XC1A 1B52A 4PQJA 3U92A 5I57B 4NF4B 1B6HA 4F2OA 1EZOA 1LAGE 4F1YA 1CB6A 4ESXA 2DXRA 3WAEA 4GXAA 4XKNA 2O1MA 2F7CA 3KJTA 3ZKKA 1MXUA 3TFLA 4IO2A 2GHAA 3FD3A 1FQDA 4U23A 4IO3A 3RNNA 5TP9B 1LAXA 4GL8A 2O1LA 1TXFA 2DE3A 3LSLA 1MM6A 2DWAA 4WEDA 1QVSA 3BKIB 1IQ7A 1YCJA 4QFNA 4PFWA 1CE2A 5IAIA 3G3IA 3RT8A 1BIYA 4XIGQ 1QUKA 4XTCQ 3MVXA 5I57A 1P1NA 4NF4A 2I49A 4H6DA 4PETA 4NF8B 2DS9A 1DPEA 1MPCA 1Y20A 3FASA 3Q28A 3LR1A 2AYSA 2P2AA 5L8DA 3IOWA 3K1PA 3HN0A 2H99A 2HZLA 3MW0A 2VP1A 1D9YA 4OYVA 4JWOA 4Z7EA 3G3GA 4H65A 5TP9A 2NOOA 1LGBC 3TELA 3PPNA 2GRVA 1WVJA 2I3WA 5HM4B 3DELB 1RKMA 4ELPA 4XKRA 4G8HA 4Z0IA 3LSXA 4FATA 4UA8A 3V83A 3CSBA 1S9TA 3KOSA 2VOZA 4NF8A 4YAHX 3I6VA 1H3DA 4MBPA 3H3GA 4F3GA 3VE1B 4O3BA 4OZ9A 4E0XA 4I9DA 1A8FA 2XX9A 2Y7KA 2P0SA 4AB5A 3SDFA 2NUVA 2QS1A 3PPOA 3MQ9A 2ZYOA 1DTGA 3M3LA 3UIFA 4QFKA 4U21A 5H8SA 1P1WA 4MF3A 1ZKBA 3EHSA 5I84A 1UIUA 2X7QA 2H25A 3VV5A 1B0HA 3TYHA 3IAZA 4OERA 1POTA 3TTMA 2RC8A 4R72A 3SEUA 1NKXA 2Z22A 3QSLA 1USYH 2VHAA 2DVCA 2FNCA 4RXLA 3QK6A 4XKQA 3SETA 3FXUA 2B65A 5ITPA 4GF8A 3O97A 3K02A 1M5BA 1JVYA 3SEWA 3VFJA 3PUZE 3U94A 3MJNA 3K1NA 1OLCA 1FQCA 1A54A 3K4UA 1N3WA 3C9HA 2I4BA 2DVZA 1PBQA 1B7HA 2E1SA 3IK6B 4OTEA 2XXTA 3D4GA 4F22A 2Z8FA 1N7XA 5FHNA 4X9TA 1B58A 3DP4A 3C31A 4YB6A 3THIA 3TCHA 3IB0A 5JTYB 1PEBA 1ZJLA 1B5HA 1SW2A 4QHQA 5H8FB 4JWYA 3U72A 3OO8A 3O28A 3PD8A 3K0VA 2V3QA 4N13A 2Q2AA 4R9FA 5DT6A 2V25A 2XHDA 3OEMA 2GFEA 4G8NA 3UP9A 5AA4B 3PMXA 2V3TA 1PB9A 1FTLA 1Q1KA 3FGSA 3MVWA 4POXA 2XXRA 4G68C 3G3HA 3RN8A 3CG1A 3H4ZA 4R6HA 1GV8A 3EHUA 3BFUA 3PUYE 1POY1 5JTYA 5DVIA 5DVJA 5H8FA 3N26A 2DQVA 4IO4A 2G29A 2Q2CA 1US4A 4GLIA 1EZPA 2VGQA 3LSFB 4QSCA 1PBPA 4F1UA 5AA4A 5CRYA 5DEXB 2QMXA 4ZZEA 1FTOA 4OEVA 3BFTA 1PB8A 4H1XA 5AE4A 4OFOA 1P1QA 1SYIA 3H6TA 3USDA 3KN3A 1B7ZA 3GLBA 3PUVE 4TLLB 3HCQA 5K2XA 2VD2A 4YMAA 2E0SA 3QYTA 4FIMA 2NWJA 4U22A 3OELA 3CR9A 1XT8A 5JK4A 1AMFA 1UTBB 3OEKA 5ELVA 2R71A 1I69A 3QAXA 1Z7ME 1ANFA 3SEVA 3U1OA 3OSQA 4YZZA 3RUMA 3HSTA 1N84A 1IXHA 5TPAB 4C0RA 3K00A 5DEXA 2IA4A 2PBWA 3RGYA 3N94A 1ZIUA 3DM0A 3V5AA 2D5WA 1MY1A 1H45A 1H43A 1AOVA 3TCGA 4KCDA 3W15C 4FORA 4PFUA 3VXBA 4EQ7A 3TTNA 2XXQA 1Y4CA 4EUOA 1ZMGA 1SDXA 4QSEA 4FEBA 3TPAA 4LQ5A 4NWDA 3K6XA 5ISUA 1JVXA 2RCBA 2Z8DA 1UTBA 1MQGA 1MQDA 3I3VA 5DVFA 1QKBA 3PU5A 1R1NA 3TTKA 3FV2A 2DWIA 2OLBA 4M1VA 1FCKA 3Q27A 5TPAA 4KYSA 4YMBA 3O6HA 4R2BA 4ECFA 2F6GA 1B3FA 1LCTA 4GVOA 5L9MA 2F34A 1MXXA 1A7LA 1LB9A 1N76A 1H76A 4R2FA 2OWSA 2V93A 2Y7PA 5CBRA 2RC9A 4NF6B 4F18A 4H0WA 1WDNA 1Y3NA 3CFZA 3SEXA 3WAFA 1Y1ZA 3N5LA 2Z8EA 2QL3A 3GBBA 3KOTA 1MY0A 2X26A 3RPWA 5EHSA 4C1UA 4P0IA 4LQ2A 4MH5A 3KZGA 1VR5A 1B9JA 1SW4A 3S9MC 3IJXB 3O6IA 1EU8A 4ESWA 2YLNA 2THIA 5FHOA 2QJEA 3H06B 3PGFA 1IEJA 3RLFE 1FTJA 1URGA 4EF1A 2QS4A 1FW0A 3OD7A 3TQLA 1GVCA 4GD5A 3JZJA 3IX1A 2UXAA 1PC3A 4HS7A 5HPQA 1JEUA 5CI5A 3LBSA 2V3UA 4POWA 2REJA 2AL4A 1S50A 4PFYA 4DLDA 3H03A 2V84A 1B40A 2NVUB 4XXUA 1QKAA 3HHFA 2Q8JA 3HO7A 1NH7A 3L6GA 1MXVA 2OZZA 3RT6B 4EQBA 3K6UA 4BDQA 1DMBA 5LOMA 3HHGA 2B3BA 2HAVA 2RCAA 1UIVA 3A3UA 4TLMB 2DE2A 3AXFA 4EDPA 2H9BA 3TEPA 3MWBA 4LATA 4I62A 2ZYKA 1EZ9A 3GXAA 3O9PA 3T9UA 1B05A 5CMMA 1JNFA 4O3AA 2IEEA 5TU0A 1B3HA 3S9EA 1ELJA 1Y3QA 4QFOA 1JEVA 1TFAA 1Y9UA 3B6QA 4R9GA 4YKIA 3CRBA 3CFLA 2AL5A 2ALUA 2O7IA 1RYXA 2DOJA 4X48A 4DCYA 4X1DA 2Y84A 1LSTA 1M5DA 3BBRA 3P7IA 4F3SA 2DE4A 1TWYA 3MC2A 1M5CA 1SI1A 1B4HA 3PMWA 2H98A 4FEDA 1MG1A 4YKKA 3UGWA 3CI8A 4F3BA 3S9NC 4OENA 3MPKA 3TCFA 3TZAA 1SW5A 4ZEBA 4QSDA 2F8DA 2PT2A 3IB2A 4RPOA 3H7MA 4BDMA 4H8JA 2XXYA 4JB7A 4EF2A 2ABHA 5CMBA 2F78A 1PDAA 1IZ1A 3EN3A 5ICQA 3TUSA 2ZYNA 1IXIA 2XXXA 4RK9A 1L5TA 4YKPA 2OCUA 2X7PA 4JDFA 4H67A 3SKPA 2OK2A 1I6QA 1B2HA 2BJJX 1LBCA 1ZU0A 2UYFA 3RTWB 1MH4A 4H5GA 3CG3A 3IOUA 1MY2A 2PMSA 3SEYA 5K2YA 4LZ8A 3H6UA 1SQYA 3VXCA 5DTBA 4G77A 4WXJA 3ZS6A 3HPIA 3QUFA 3T93B 4YKJA 3OO6A 3ZKLA 4KQPA 4GWOA 1SW1A 4AB6A 4X1BA 3TODA 1AH5A 4BDRA 3A3CA 2D3IA 4OFJA 3IL1B 4I1DA 3T9VA 3O2AA 5J1DA 5H8QB 3R26A 1IIWA 4JXIA 3GBAA 3PV0E 3K2DA 3T9HB 3PUXE 5I56B 5KCJB 2QSXA 4MFIA 3W9WA 3PPRA 3O29A 3OO7A 4GIZA 1LB8A 3C4MA 1OVBA 4KI0E 1OQHA 2D21A 3MBPA 5AA3A 1QULA 1MXWA 2ZNUA 4KPTA 3TKDA 1N3XA 5H8NB 1JW4A 1FQBA 3FVOA 1SBPA 4OXVA 3VDFA 1B46A 3ILUB 4ISUA 4NE4A 1MXZA 2UYEA 1T0KA 1A40A 3Q29A 1OMPA 1XHYA 4LP2B 5H8QA 1II5A 2ZXTA 4ZEFA 4DIGA 4HW8A 4ZDMA 5I56A 5KCJA 3CFXA 1US5A 5IKBA 3G3JA 2DP8A 3PPQA 1MPDA 3LSWA 3K6VA 4N6PA 3EF7A 2ESNA 1NNKA 3T9XB 5H8NA 2I0BA 4PP0A 4FECA 3VLUA 2WKYA 4TQUQ 1MXYA 2O6AA 4HCWA 3KN7A 5I2NB 4NEDA 3EPEA 3IB1A 3R6UA 1MQIA 4IO7A 1QUJA 3TMGA 3M3FA 1SD3A 1YTVA 2F7AA 3K6WA 3B6WA 4LVQA 2R9JA 4YU0A 3VLWA 1NL5A 3MVYA 3SESA 3U8QA 1HSEA 3OSRA 1MY4A 4K3FA 4TOZA 4GOTA 4ZZAA 3TTLA 1MDQA 1DPPA 1N7WA 3FVNA 5I59B 3EQ1A 1KWHA 4JWXA 1R6ZA 3C32A 3H6WA 3Q25A 2R6GE 3FIRA 1P1OA 1LLSA 3OXNA 3ONMA 2PYYA 4ZEDA 2PX1A 1R9QA 2FA7A 1F9BA 1BP5A 2OWTA 1A55A 1O64A 3PUWE 4FJPA 1N0TA 4M4GA 3D4CA 5I2NA 4EQ9A 3IORA 3G3KA 2GH9A 1NNPA 4RJZA 2XX8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B3LA 3ECRA 4OVPA 2HZKA 3E13X 3MUQA 1M5FA 1GTKA 3FV1A 1FRPA 4Q0CA 2XD2A 2DWHA 4F29A 3C34A 3S9LC 1B4ZA 3MZBA 1URDA 2I0CA 4N07A 4P0GA 5L9OA 4IY6A 2Q89A 3FZVA 4BLAA 3JV9A 2P3NA 5I59A 4PDHA 3TDJA 4IGTA 4C1TA 1OIBA 2PVUA 1NFTA 3CIJA 4GWWA 5CMCA 5EHMA 4GL0A 5AA1A 1CNQA 4ELRA 3U93A 1B51A 4OVJA 1IMFA 1D3KA 3KFMA 5HBCA 4OFLA 4PF8A 3KSXA 3MVZA 1INPA 2ONSA 2NXOA 5I7IA 3FJGA 1NV2A 2AIXA 3V89B 1A99A 2B4MA 1J1NA 3FATA 4EXKA 1SYHA 1BTJA 5BUUA 3M8UA 2LAOA 1LAFE 3B7DA 1QUIA 1AIVA 1B1HA 5CC2A 4I8CA 4UACA 5EYFA 2F5XA 1QGXA 3R7XA 2XXWA 1UQWA 2B3FA 4MLVA 2VD3A 3ROJA 1EYIA 3GZGA 4F3PA 1H44A 3OENA 2I58A 4RPNA 4NGUA 3VLVA 2O68A 4U4SA 5EQ8A 2XWKA 3IO6A 3HFUA 2HAUA 4OWDA 1HSJA 1D9VA 2QMWA 4BDOA 4ZEIA 4ZE8A 2HFBA 1FTKA 4EXLA 1MH3A 4PGPA 4NF6A 3CHGA 5FBPA 2W7YA 4PBQA 2QFLA 1LFGA 2O7UA 4OVRA 2F36A 2KLFA 2UVJA 3FJMA 2Q74A 1TFDA 4IY5A 4U2RA 1I6AA 4KXPA 2XXPA 3T96B 5F24A 2O51A 4KFQA 4NG7A 3MAMA 3QXMA 3G3FA 5H8HB 1Y1MA 4R6YA 2ONRA 3SZPA 4DXCA 1DOTA 1FQAA 3RTFB 2KQZA 1JQFA 3FXBA 3E3KA 5IZZA 5I2KB 3UN6A 4U4XA 2ZYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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