4H5FA

Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine, form 1
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
QSAVEAIKQKGKLVVATSPDYAPFEFQSLVDGKNQVVGADIDMAQAIADELGVKLEILSMSFDNVLTSLQTGKADLAVAGISATDERKEVFDFSIPYYENKISFLVHKADVEKYKDLTSLESANIAAQKGTVPESMVKEQLPKAQLTSLTNMGEAVNELQAGKIDAVHMDEPVALSYAAKNAGLAVATVSLKMKDGDANAVALRKNSDDLKEVVDKVIQKLKDEGTYQSYLEKAASLTEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
publication title Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 1
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 79
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h5fA02
1PDAA 2X26A 2XHDA 3PGFA 4FEDA 2NXOA 1WVJA 1A55A 2DWHA 2P0SA 4EQBA 1FQEA 5ISUA 5HM4B 3A09A 1LAHE 4NF8A 4NF4B 2VHAA 5JTYB 1TWYA 3IK6B 5CBRA 4YMBA 1LB8A 4PFUA 3IB2A 5DEXB 2NWJA 3N6UA 1QW0A 4H65A 3Q28A 2CZLA 3M3KA 4QFLA 2QS3A 1SVXB 2O6AA 4LZ5A 1B0LA 3MQ9A 2PT2A 4MF3A 3RY3A 2V93A 2ZNUA 4EQ7A 1JNFA 4X9TA 3FVOA 1FQCA 4PFYA 2O7IA 1D4NA 3G7WA 2QMXA 3OSQA 1POTA 2RF1A 3D4GA 3SEWA 4R9GA 3HO7A 4GFRA 2VOZA 3C36A 3LBSA 3THIA 2FA7A 2F7AA 4Z7EA 2XD2A 3EPEA 4KI0E 2Q88A 3MBPA 1WDNA 1QUKA 1GGGA 1H3DA 3U8QA 4HCYA 2F7CA 3DLNA 3H6TA 4KPTA 2XXXA 1CE2A 3O6GA 3KN3A 5B7DA 2ZYKA 3K1MA 3MUQA 3RUMA 3M8UA 1FTJA 2Y7IA 1ELJA 3T9VA 4LQ2A 3OENA 1AMFA 4ZE9A 1Q1KA 4ELRA 3VE1B 3T9HB 2THIA 3CI8A 1XVYA 3K6VA 1XS5A 4JSOA 4H0WA 4IGRA 4PFWA 1MG1A 1OVBA 3PPNA 3FVKA 1A40A 3O9PA 4DXUA 4RPNA 1JVYA 1LLSA 3W9VA 3IR1A 4ZEBA 4IO5A 1QUJA 4U23A 2Z8FA 4G2ZA 1JEVA 3EHSA 4QFOA 1MM7A 1M5EA 1FTLA 1R6ZA 1MXVA 2GFEA 1XT8A 5LOMA 4U22A 2Y84A 4KR5A 1UTHA 1A54A 4ZEDA 4KYSA 1MXXA 3FIRA 4G4PA 2Q89A 3QSLA 1O7TA 4KCCA 1IITA 2G93A 1LCFA 3OELA 4EXLA 4Q0CA 2GRVA 1B5IA 4R75A 1UQWA 4LATA 3PV0E 4FE8A 1NMUA 3G3JA 3OO9A 4K3FA 3D4CA 4NF5A 1FQAA 2QS2A 2XXRA 1AIVA 4R2FA 1MXWA 1T0KA 2R71A 1IEJA 2A5SA 5DYHA 1FTKA 2O69A 5FHMA 4OEVA 3FATA 4NMYA 2I58A 1B2HA 2ONRA 2UVJA 4BDLA 3FJ7A 4U21A 3TEPA 2XXYA 3LUYA 4QSCA 4ZZEA 1ZMGA 4F2OA 4C0RA 3SERA 3IJOB 4KYDA 4F29A 3TCHA 2I6EA 3IAZA 2DWAA 2HFBA 4H1XA 2ANJA 3PD8A 5TPAA 2XXIA 4F39A 2I48A 3H3GA 4XKQA 1AL3A 4KD5A 2B3BA 1B5JA 4QFNA 3MC2A 3MZBA 2B3FA 4ZS9A 4YAHX 1VSOA 2VD2A 4XKNA 4BDOA 2DE4A 5F7VA 2PX1A 4TOZA 1Q35A 2O7UA 1B4ZA 4OETA 3T22A 1ZIUA 3OOAA 4ONYA 3Q26A 3S9NC 1EU8A 3P7IA 1FQDA 2QJEA 4U4XA 1UTBB 4HW8A 1IZ1A 3LSXA 3H06B 4G8NA 3RT6B 3E3KA 4DXBA 1KWHA 3O66A 1VR5A 4R6HA 3HN0A 4TLMB 4OERA 3IX1A 3S9EA 1GV8A 4U2RA 3CIJA 2GH9A 3VLWA 3R7XA 5CMMA 4IY5A 2PMSA 3EF7A 2Q9TA 1OLCA 3UP9A 1O63A 3VFJA 3TKDA 3LR1A 2VD3A 1QKBA 3OD7A 3MWBA 4I8CA 2AL5A 1IUDA 2OZZA 1ZKBA 2AIXA 4FIMA 2I4BA 3QK6A 3TTKA 1P1UA 3ECRA 2OBGA 4PETA 1XHYA 4GWOA 1SDXA 1YPNA 4GF8A 5CBSA 4IO2A 4YU0A 4Q30B 4ELQA 4GD5A 1B9JA 1FTOA 4NF4A 3MVYA 4LZ8A 5JTYA 3GXAA 1CB6A 3H7MA 5DEXA 1P1OA 2Y7KA 2HAVA 2I49A 4HCWA 1VFDA 3KEIA 4POWA 1BKAA 5IAIA 1B32A 2X7QA 5ICTA 1SW2A 2Q8JA 4H6DA 5TU0A 3CFLA 4C1TA 2O1MA 4TQUQ 4O3CA 1ANFA 4Z0IA 4PE5B 2HQ0A 2V3QA 4U1ZA 4KFQA 3TELA 3U93A 3W15C 1SBPA 1D9YA 2Y7RA 4YB6A 1BTJA 1DTGA 2O68A 4EUOA 4P0GA 3C9HA 3K1PA 1ZLQA 1S7YA 4DZ1A 1PC3A 3FXQA 5AA4B 1B4HA 1US5A 2Q2AA 3HCQA 4YKJA 2V3TA 3TPAA 3CRBA 1B6HA 4FECA 1JEUA 1B1XA 1MDQA 4KCDA 5KZTA 2XXHA 2H98A 1P1NA 4BLAA 3BFTA 2D3IA 3PUXE 5F1QA 4G68B 5I57B 1B7ZA 3UK4A 2F6GA 5I59B 3E4RA 3FV1A 5L9SA 1FW0A 1SW5A 3OO8A 3T93B 4I9DA 2OK2A 1N3WA 1Y4CA 5H8NB 3OO7A 2G29A 4GOTA 4G8HA 4ESXA 3TYHA 4IO3A 2UVGA 1SQYA 4I1DA 1H76A 1LAXA 4FORA 4H8JA 2E1SA 2Y7PA 4OFOA 2H5YA 5CM6A 3H6WA 1S9TA 4R73A 3VLUA 4ZZAA 1B3FA 4GL0A 1B58A 5FHOA 1A7LA 2ZYNA 3UIFA 1VFEA 4E0XA 4DCXA 4U1OA 1JETA 3HSTA 1MY1A 3RN8A 3PUZE 1MDP1 3ONMA 5I58B 1MPBA 2Z23A 3MVWA 1P1QA 2H9BA 2QPQA 4RYAA 4BDMA 1MRPA 5L8DA 1B5HA 3FUZA 4FJPA 3BFUA 5ITOA 3RTWB 2XXTA 4FATA 1B51A 3N6TA 3CSBA 3VLVA 1UIUA 1LB9A 3PPOA 2I3WA 3DP4A 5KCJB 5L9OA 2XX7A 5BWJA 4ECFA 4G8MA 4IGTA 3O29A 3K01A 2HZLA 2RC7A 1Y1MA 4WEPA 2ONSA 3UA8A 1PB9A 3Q27A 2VP1A 1N04A 1B0HA 5H8HB 2YJPA 3QXMA 3B6WA 2M8CA 1IXHA 3F11A 3K0VA 1MQIA 4LONB 4XKPA 2OWTA 2AL4A 1M5DA 4F31B 5K2YA 1XOCA 4R74A 3V89B 1TFDA 4X1BA 5CRYA 3ZS6A 5I2KB 1MH3A 3EHUA 3Q25A 3USDA 1LGBC 3RTFB 3PUWE 3KBRA 3QYTA 5KDTB 1ZBMA 5AE4A 5A5XB 4F3SA 1MS7A 1N7WA 3TQWA 5TP9B 1DPEA 3TTMA 3OSRA 3IOVA 4NF6B 2ESNA 1B3GA 1USYH 3JZJA 2XX8A 3TQLA 1UTBA 3IORA 1MQDA 5HBCA 2XXQA 4RXLA 4PQJA 1NNTA 2QSXA 4ZE8A 4F3BA 3V5AA 2DE2A 3HPIA 4YKIA 4LP2B 1L5TA 4RK2A 1B7HA 3OEMA 3T9UA 4UACA 1N84A 4N13A 4F1VA 2I0BA 1DTZA 4TLLB 1PB8A 1HSEA 4JDFA 4OESA 2KLFA 1SYIA 3FGSA 4O3BA 4RNSA 1MQJA 2XXUA 1Z7NE 3PPQA 3MZ1A 5FTIA 1B7UA 2H25A 3O6HA 1AH5A 1M5CA 3K1NA 4GLIA 3MP8A 3MJNA 4YMAA 3CG1A 3DELB 2A5TB 2ZMBA 1H44A 3A3CA 4XKRA 1UIVA 5CMBA 1Y3PA 1BLFA 1MY0A 4KHZE 3T9XB 2IA4A 3RT8A 3U72A 2YLNA 2D5WA 4OHNA 4EF1A 3U92A 1D9VA 1QJMA 2H99A 4GIZA 2HCAA 1RYOA 3MW0A 1B46A 3U1OA 2Z22A 4OMBA 4YKPA 3ODBA 3U94A 5I84A 1URSA 5M2VA 4ISUA 1B3EA 2OCUA 1Y1ZA 1ZTYA 3KSJA 4QF9A 1SD3A 3TODA 3FVGA 5FTHA 3K6XA 2UYFA 1IQ7A 4X1DA 1LSTA 4AB5A 4IY6A 3N94A 1LAGE 4DDDA 1ATGA 4OZ9A 1JW1A 4OXVA 5AA4A 2OWSA 1YCJA 1A99A 4LZ7A 3QUJA 3ILTB 3I3VA 3EHTA 3H6UA 4F3GA 2NUVA 3SKPA 2F34A 1ZU0A 4G68A 4QSDA 5I57A 5I2NB 5I59A 3TFLA 1US4A 2RC9A 4ELOA 1MPDA 1OIBA 3VXBA 2DXYA 1MM6A 1LBCA 1JQFA 4Q5TA 5H8NA 4IO4A 4XIGQ 1B3LA 2ALUA 2O1LA 2WKYA 4OQOA 4JSDA 3IB1A 4F19A 3R26A 3HHFA 1DMBA 5J1DA 2NOOA 5CMKA 3RNNA 4C1UA 3B6TA 3VVDA 4H8IA 4QRZA 3S4UA 4JWOA 1MH4A 4PP0A 1TFAA 2DWIA 3ZSFA 3H6VA 1A8FA 2LAOA 4X48A 4ESWA 1RKMA 2PT1A 4OWDA 1D3KA 1N3XA 4QHQA 2Z8DA 4JWXA 1NH7A 1H43A 1PEBA 3IB0A 3LSWA 2DE3A 5DT6A 4H5FA 3TZAA 2V84A 3TTLA 1II5A 3PD9A 4AB6A 3O97A 5I58A 1EH3A 5ICQA 3AXFA 4OFLA 2RCAA 1MQGA 2P1SA 2R9JA 3VDFA 5H8QB 5TPAB 3KJ7A 4RJZA 4LVQA 4YICA 3TMGA 4YB5A 4DE8A 1LFIA 1YTVA 1MY4A 4ELPA 3DP8A 2RINA 4WKMA 4FEBA 3M3FA 1PB7A 4POXA 5DVFA 5DVJA 3E9XA 2ONKE 1QKAA 5K2XA 3SEXA 3TAJA 1WODA 4F1UA 4G68C 3UGWA 1VE4A 3O6IA 3TTNA 1P1WA 4R6YA 3RQTA 1NL5A 4F3PA 5CI5A 3IO4A 1XC1A 3ZKKA 3CR9A 4OEUA 4I62A 3MZ9A 1B1HA 3SDFA 5H8HA 5AA2B 2DVCA 3MP1A 1JW5A 4R2BA 3C34A 2V25A 2DQVA 5AA3A 2DYXA 3V8XB 2FNCA 4BDRA 3W9WA 1URGA 4RA1A 4EF2A 1POY1 3LC8A 4AQ4A 5I2KA 3G3HA 1MXYA 4IO6A 3B7DA 1B40A 3C35A 3RPWA 3T66A 5KDTA 3UORA 3N5LA 5A5XA 3RLFE 1I6BA 2I0CA 3SETA 5TP9A 1IXGA 2DWJA 1URDA 1MXZA 4NF6A 3G3FA 5I56B 2YPNA 2PVUA 3CSGA 4HS7A 3FD3A 1OVTA 4GRKA 1NNFA 5H8FB 5EHSA 4R9FA 1B3HA 1IIWA 1I6QA 1QULA 1DPPA 2QL3A 3GZGA 3L6HA 2PBWA 3EQ1A 3H4ZA 2X7PA 2F7BA 3FV2A 4ZDMA 4YKKA 3O28A 4PFTA 2H4IA 1R1NA 5ITPA 3KOSA 1NNKA 2F6PA 4BDQA 2PYYA 1Y20A 3WAEA 1S50A 4MLQA 2O84X 3SEVA 2OJTA 1OQHA 3CG3A 4O3AA 2DXRA 1PBQA 5DVIA 3BBRA 2XXWA 3FXRA 5EHMA 3FXUA 2A5TA 2ZYOA 3VXCA 4M1VA 1BIYA 3K6WA 3V83A 4LA9A 3QUFA 1EZPA 4F1YA 1GVCA 1LCTA 2E0SA 1AOVA 3SESA 3PPRA 1TXFA 4EXKA 3RGYA 3TDJA 3I5OA 3L6GA 5AA2D 2QMWA 1N7XA 2ZNSA 3A3UA 4ZEIA 2ZXTA 3C32A 2W7YA 4EDPA 1USYE 4EQ9A 5B70A 3OMBA 5FHNA 1Z7ME 4NWCA 3MVXA 4DXCA 1XVXA 1IXIA 4RPOA 1JW4A 4L17A 4GL8A 4KQPA 1NFTA 4WEDA 1I6AA 4MBPA 4QSEA 4DLDA 3O2AA 3IO6A 1NH8A 3KFMA 3EN3A 4NF8B 4NWDA 5JEIA 1FTMA 4GXSB 5CMCA 4MFIA 1Y3NA 1EZ9A 3E13X 4OTEA 1SW4A 3MPLA 2UVIA 4LUBA 2RKMA 2B65A 3LSFB 1YAEA 3C4MA 3MVZA 1MXUA 3R6UA 3IJXB 4MLVA 4QFPA 5I2NA 3C31A 1RYXA 3FZVA 1HSJA 3OO6A 1Y4TA 1J1NA 1GTKA 4H67A 3FJGA 4F18A 1R9LA 4BDNA 4OFJA 1LAFE 2F35A 2O51A 3HHGA 3GBAA 3IOWA 3PMWA 1EZOA 4GQOA 1A8EA 2I3VA 3DM0A 2RC8A 1FQFA 2XXVA 1LFHA 1Y3QA 1LBBA 3PPPA 4LQ5A 3PUYE 4F22A 3TCGA 3TUSA 4DIGA 4NE4A 3S2VA 4FAJA 3K02A 4ND9A 1BP5A 3K2DA 3PUVE 3FASA 1TT1A 4YZZA 3N26A 2QS4A 3FVNA 3MAMA 5H8QA 2DVZA 1OQGA 2DS9A 5JK4A 4N07A 4MH5A 2NVUB 3KN8A 2Q2CA 2I4CA 1NKXA 4ZEFA 5BUUA 1P99A 4XTCQ 2IEEA 2HZKA 3KZGA 3KG2A 3KGCA 3G3IA 3CVGA 1MQHA 1N76A 3HV1A 2DSFA 3VVEA 4P0IA 4F2QA 3G3GA 1SW1A 3KOTA 2DOJA 5AA2A 1ZJLA 1UTHB 2D21A 5ELVA 1GR2A 4DCYA 2OLBA 3JYRA 4RY1A 3PMVA 4R6KA 3K6UA 3GLBA 5L9MA 1QUIA 2F97A 4RK9A 3SEUA 3S9MC 1I69A 1F9BA 2F8DA 3G3KA 3IOTA 3VV5A 4YB7A 5AA1A 2AYSA 2P2AA 4GXAA 4NEDA 2XXPA 4E0WA 1MY2A 4M4GA 4U4SA 3TTRA 3K4UA 1O64A 3ILUB 4WXJA 2F5XA 4G77A 3H03A 2F78A 4NF5B 4QFKA 3SEYA 4ZEKA 5I56A 1N0TA 2GHBA 2HAUA 1OLAA 1MY3A 5H8FA 4N6PA 3FJMA 2GHAA 4Q8RA 2QRYA 3LSLA 4JXIA 1SYHA 4R72A 2VGQA 3MPKA 3M3LA 4GVOA 1M5BA 2ZYMA 2UXAA 1DOTA 2REJA 3DP6A 2BJJX 5DTBA 1NNPA 4KYEA 3GBBA 3I6VA 2QS1A 2XX9A 1FCKA 2HEUA 3CFXA 1Y9UA 2DP8A 4IB2A 3K00A 2V3UA 3BKIB 4UA8A 4THIA 2RCBA 1HSLA 1SI0A 3PMXA 4HTGA 1JVXA 1MPCA 1OMPA 3QAXA 1DSNA 2Y7WA 3KN7A 5H8SA 3S9LC 2FYIA 3ZKLA 3KSXA 1FQBA 2HXWA 3KJTA 3T96B 1H45A 3IL1B 2UVHA 5KCJA 2UYEA 3Q29A 5IKBA 1QVSA 4XXUA 2ZNTA 2REGA 3B6QA 3JV9A 3OXNA 3C33A 2F36A 4OENA 4JWYA 3VVFA 4JB7A 3MP6A 3QIMA 4ZECA 3TCFA 3WAFA 4NTLA 2ABHA 3CFZA 5HPQA 5CC2A 4IO7A 2Z8EA 5EYFA 4P11A 1LFGA 4OVJA 1B52A 1R9QA 2CMOA 2XD3A 3IOUA 4OYVA 1B05A 3UN6A 3PU5A 4JBZA 1IXCA 1PBPA 3OEKA 4H5GA 1SI1A 2R6GE 1M5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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