1JW4A

Structure of ligand-free maltodextrin-binding protein
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords maltodextrin-binding protein
publication title Structural evidence for a dominant role of nonpolar interactions in the binding of a transport/chemosensory receptor to its highly polar ligands.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 123
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw4A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw4A01
2H4IA 3MPKA 3PD8A 3VXBA 4OXVA 2H25A 2X7PA 5DTBA 4HCYA 3IJXB 4OFOA 2I3WA 3OD7A 1NH7A 1II5A 2R9JA 1S50A 3H6UA 4WEDA 2Q8JA 2DYXA 5CMKA 4Q5TA 5ICTA 5A5XA 1QJMA 2PT2A 3G3HA 2V3TA 3FXRA 5HBCA 3MWBA 4UACA 1MH4A 4GFRA 2A5TA 4FEDA 2XX9A 2Y7WA 3MBPA 1H76A 3PMWA 1AIVA 3RY3A 4JWXA 1A40A 3K6XA 2V84A 1MPBA 4F3GA 1B3LA 2F97A 3O28A 2Z8EA 4YMBA 3HHGA 4OFLA 4YB5A 1BKAA 4DZ1A 1MM6A 1R9QA 3IB0A 1SI0A 3CFXA 3I6VA 4XKNA 5L8DA 4R9GA 1URGA 1FQDA 4I9DA 1JEUA 4ZEIA 2PVUA 4FIMA 3KN7A 3OOAA 4EQ9A 1TWYA 5FHMA 1CE2A 2QMWA 2PT1A 3A09A 1Y4CA 3H6VA 1Z7ME 2KLFA 5BUUA 4ZZAA 4EUOA 1Y3PA 3C9HA 3KJTA 3QUJA 5EHMA 3B7DA 3K6VA 1ZMGA 3PPOA 3G7WA 3U8QA 4RPNA 4THIA 4H67A 5A5XB 2HZLA 3U92A 2Z22A 4ZEBA 2QSXA 1QKBA 2ZNTA 3PMXA 3FJ7A 2GRVA 3F11A 4G77A 4F1VA 1B0HA 3TFLA 3B6WA 1A99A 2Q2AA 4G8MA 3GLBA 3Q27A 3R6UA 4X1BA 1XT8A 1ZIUA 4JWOA 3CIJA 1NFTA 1NMUA 2QPQA 3R26A 3TTKA 1UTHA 1BIYA 3VVFA 3TODA 1MXVA 3ODBA 4LZ5A 3TKDA 1OIBA 3U93A 3WAEA 1PBQA 4EXLA 2XXXA 2B65A 5ICQA 1AOVA 3HPIA 1MQDA 3TCGA 5DVFA 1LAHE 4KYSA 1SBPA 2WKYA 3MZBA 4LA9A 3SDFA 2AYSA 2H99A 4NE4A 1T0KA 4H8IA 2FYIA 3TCHA 1UTBA 1OMPA 4IO7A 3TCFA 1US5A 3W9VA 2I58A 3TTMA 4GXAA 3EQ1A 4YU0A 1SD3A 3MJNA 4IO6A 1MY3A 2I49A 3VXCA 2BJJX 1US4A 1B5IA 4AB5A 5H8FA 4LQ5A 4G4PA 2P2AA 2F8DA 5ITPA 1IXCA 1QUKA 1SW1A 4IO2A 3T9HB 2P0SA 3V5AA 1L5TA 1B05A 1GGGA 2H9BA 1YPNA 4XKPA 3ILUB 4JBZA 2HAUA 2XXYA 5JTYA 3CFLA 4GQOA 3EHSA 5TPAA 5I2KB 5F7VA 1O7TA 4R9FA 3N6UA 1B6HA 4RNSA 3BFUA 4IO5A 4KYEA 3R7XA 3S9EA 1B9JA 5CM6A 3K1MA 1B32A 3MVXA 3OEMA 1MY2A 3MZ1A 3PUXE 5I84A 3PUZE 3TEPA 1MH3A 2XXRA 3ECRA 4XKQA 2OLBA 1MRPA 1ZBMA 4GL8A 1M5CA 1MDQA 2VD2A 1XOCA 1UTBB 4F1YA 3PUWE 3FV1A 3IJOB 1B58A 3SEWA 1UIUA 2D3IA 4R2FA 4QFLA 2GHAA 2XX8A 3T9XB 1D3KA 3B6QA 3C36A 3MUQA 1JQFA 2HQ0A 3EHUA 1Y1ZA 2OK2A 5F1QA 4F2QA 5IAIA 1OQGA 4OEUA 1S7YA 4XKRA 4YAHX 1B40A 1LLSA 1A7LA 1FTJA 2O1MA 1M5FA 4LQ2A 3D4GA 2DE2A 2UYEA 4G8NA 4U4XA 2OBGA 4LVQA 5JTYB 1B3EA 5TPAB 1XVXA 1WODA 4PETA 1SW2A 4TQUQ 3EHTA 4HW8A 1SI1A 5TP9A 5KCJA 1FQBA 3OSQA 1SYHA 5L9OA 2AL4A 3VVEA 5L9MA 4R75A 5AE4A 3T66A 1OQHA 2QS1A 2RF1A 3M8UA 5AA1A 3KN3A 1A8EA 2ZXTA 2OWTA 3H06B 5H8HA 3BBRA 3C34A 3KZGA 1P1UA 3QK6A 4ZECA 3GZGA 2Y7RA 3UK4A 3H3GA 4HCWA 1XC1A 3C35A 3FGSA 1POTA 3VVDA 1FTOA 4OTEA 4X1DA 5ELVA 5AA2B 3U94A 3CRBA 1NKXA 4E0WA 5M2VA 3DLNA 3PPNA 4F22A 4YICA 2ZYOA 1N0TA 1JEVA 2I3VA 1A54A 4C1UA 4ZE9A 4H65A 4K3FA 1Y20A 5FHNA 2UVIA 4KYDA 4H5GA 1RYXA 3N6TA 2O7UA 2VD3A 1JW5A 2M8CA 3Q25A 4ELPA 5CMBA 3KFMA 4Q30B 2V3QA 2ONSA 4G2ZA 4NWDA 4R2BA 4DE8A 2UXAA 3C31A 4PFWA 3ZS6A 3K4UA 4NWCA 3S9NC 1GV8A 1LB9A 3TTNA 3KSXA 4RPOA 4Z0IA 4LONB 4LUBA 3RT8A 3DELB 4U2RA 5KDTB 2ONRA 1ZU0A 5DVIA 2IA4A 2ZYKA 4L17A 4OMBA 1OLCA 4KI0E 4DCXA 4OVJA 1USYH 4QFPA 4F31B 3TELA 4LZ8A 2HCAA 2F6GA 4O3BA 3MPLA 1H45A 4JSOA 4IO3A 1DMBA 2F35A 4R6KA 1HSJA 1M5EA 1Q35A 3T9UA 1FQAA 4RY1A 3KJ7A 3C33A 4C1TA 3OELA 4RJZA 3TTLA 3IK6B 3FIRA 2X7QA 3RQTA 3UIFA 2I48A 4H8JA 3QUFA 3PD9A 3VV5A 3MVWA 5H8QA 3RT6B 4QRZA 3PPRA 4NF4A 3VLWA 1H44A 2Q88A 2O69A 1A55A 1B2HA 1IEJA 4NF5A 5IKBA 4GWOA 1R9LA 3IO6A 3MVYA 1LBCA 5DVJA 3CSBA 3MP8A 3H03A 4F3PA 4RXLA 1GVCA 4OQOA 4OHNA 1Z7NE 1B3HA 3ONMA 1B7ZA 1B52A 1AL3A 3RNNA 3VFJA 4BLAA 2XXQA 4QSEA 4MF3A 1SW5A 4GVOA 1JW4A 2F36A 3A3CA 1N04A 1Q1KA 3O6IA 4TLMB 1LAGE 2RCBA 4KCCA 4R6YA 1ZJLA 3V83A 3SKPA 2ZNUA 3W9WA 4JB7A 1B5HA 5EYFA 5CMCA 1I6AA 3SETA 4PFYA 1M5BA 3IX1A 3LSLA 4X48A 3IL1B 3OXNA 3V89B 4G68A 5I57A 3G3FA 2REGA 3PGFA 4LZ7A 5H8QB 3BKIB 3RPWA 4POXA 3T9VA 2A5TB 4GOTA 2ESNA 4IO4A 4NF5B 4R72A 3PUVE 2RINA 3SEUA 3K2DA 3U1OA 1MXXA 3MW0A 1LCTA 3UN6A 2XX7A 2DP8A 1B1HA 1IQ7A 3O97A 5HPQA 5J1DA 4OETA 5I58A 3TTRA 4POWA 5FHOA 3JZJA 3ZSFA 2XXWA 3O6GA 1TFDA 1EU8A 4FORA 2ZNSA 1NH8A 4OENA 3QSLA 5DEXA 1TFAA 1NNKA 4M1VA 4U23A 4YKPA 3L6GA 2UYFA 3OO6A 3FJMA 2NXOA 2Z23A 1LB8A 2YPNA 1FTLA 3TDJA 3JV9A 5LOMA 5TU0A 3FVKA 2VGQA 2XHDA 1EZPA 4ONYA 1IZ1A 3G3IA 3G3GA 1N7WA 4G68B 4KQPA 1AH5A 4DIGA 2QMXA 1R1NA 5K2YA 3C32A 4QFOA 3M3LA 5CBRA 3T96B 5ITOA 3SEVA 1UTHB 3UA8A 1MY1A 1JVXA 2OZZA 1PB8A 4OEVA 2THIA 2V25A 3IB1A 3D4CA 2QS3A 4H5FA 3CR9A 1N76A 1ZLQA 4BDRA 2NWJA 1FTKA 2V3UA 3O2AA 3Q28A 4GRKA 1YTVA 2ABHA 2GFEA 2B3FA 2DE4A 2E1SA 3OO9A 4ND9A 2O68A 2Z8DA 3T22A 4EXKA 3IOVA 4RK2A 2HXWA 2XXTA 1AMFA 2O6AA 4F29A 1B7UA 4FJPA 3LSXA 2F7AA 1JVYA 3FD3A 4JWYA 3RTFB 4I1DA 1LAFE 1MDP1 2QRYA 2PMSA 3FJGA 4N07A 3N26A 4JXIA 3E4RA 1MM7A 2UVJA 5H8FB 2YJPA 3S4UA 4N6PA 3E3KA 2NVUB 2RC8A 2I0CA 4RYAA 3DP6A 2ZYMA 1Y9UA 2OCUA 1PB7A 3UGWA 1MQGA 4GLIA 3S9MC 3SESA 3TYHA 3GBBA 4BDMA 3HHFA 1ANFA 1BP5A 4N13A 1CB6A 3N5LA 1P1OA 4R74A 4WEPA 1LFIA 3OO7A 2F7BA 1IXHA 4U22A 1PB9A 2AL5A 3LSFB 4H1XA 1P1WA 3KOTA 2DQVA 1BTJA 3PUYE 3V8XB 3UP9A 3G3KA 1LFGA 4DCYA 1B0LA 4BDLA 2I4CA 1LSTA 4AQ4A 1A8FA 2A5SA 3EPEA 1XS5A 4F2OA 4F1UA 5L9SA 3HV1A 4IGTA 3TMGA 4RK9A 3FXQA 4FE8A 3RUMA 4FAJA 2G93A 2B3BA 1XVYA 2PYYA 3TZAA 3LC8A 3ILTB 2LAOA 3FATA 3OO8A 3MP1A 3PMVA 3N94A 4OERA 1ZTYA 4E0XA 4OYVA 1URDA 5H8NA 4C0RA 4ZZEA 2R6GE 1URSA 3OEKA 3EF7A 5ISUA 4NF8A 4U1OA 3CVGA 4YKJA 3LR1A 1MXUA 3Q26A 2Y84A 2HEUA 2DS9A 2DXYA 1DPPA 5K2XA 3O9PA 3K00A 2H98A 4P0IA 4TLLB 5TP9B 5KCJB 4GXSB 5EHSA 3IOUA 3PU5A 3OENA 3MP6A 2RCAA 1B7HA 4ZEKA 5AA4A 3THIA 3CG3A 3IORA 1RYOA 3M3FA 3KEIA 3TQWA 3MVZA 1R6ZA 2Q89A 4DDDA 1LCFA 1EH3A 5H8HB 1B4ZA 4NMYA 2DSFA 4EDPA 4R73A 2GHBA 3TAJA 4GL0A 4XIGQ 3VLUA 3MAMA 2PBWA 3IO4A 3T93B 3MC2A 4OWDA 1N3WA 1O64A 1DTGA 2IEEA 4QFNA 5CC2A 1QW0A 4PFTA 1B3GA 4WKMA 1YAEA 4JSDA 2ZYNA 4DXUA 1P99A 1FW0A 4I8CA 3BFTA 1NNFA 4Q8RA 4KPTA 1MXWA 1XHYA 1DPEA 4XTCQ 1N84A 1SYIA 1PBPA 4ZEFA 1QUIA 1DOTA 3LBSA 3KGCA 1WVJA 4QSDA 1O63A 3SERA 2I6EA 4KD5A 4HS7A 2Q9TA 4M4GA 3ZKLA 2F6PA 1ZKBA 3H6TA 3TQLA 1QUJA 1MQJA 5DT6A 2D21A 3FXUA 4KR5A 3KOSA 2DWHA 1YCJA 5AA4B 3S2VA 2FNCA 3KBRA 1SDXA 1UIVA 2YLNA 3E9XA 3S9LC 4ESWA 2XXUA 1B1XA 3U72A 1MG1A 1IITA 4Q0CA 1OLAA 4ELRA 4O3CA 2DWAA 1JETA 1JNFA 1P1NA 4X9TA 4ELOA 3KN8A 3H7MA 1D9YA 4F18A 1B46A 1IXGA 2HZKA 1MQIA 1EZ9A 1GTKA 3O29A 4HTGA 4QSCA 4DXCA 2VHAA 1PEBA 3CFZA 3FZVA 4F39A 3G3JA 3FV2A 2UVHA 1OVBA 4PFUA 3P7IA 4ESXA 4Z7EA 1S9TA 3RN8A 1H3DA 2CZLA 5I56A 2D5WA 2V93A 1QKAA 2UVGA 1EZOA 3IAZA 4H0WA 2DE3A 4P11A 4MLQA 3FVOA 2OJTA 2F78A 1VFDA 4U21A 4YB7A 4NF4B 1BLFA 2QJEA 1JW1A 2ONKE 1MPCA 3TUSA 4DLDA 1IXIA 4U1ZA 3OSRA 1PC3A 4TOZA 2XXIA 3K01A 3HSTA 1NNTA 1LAXA 4IY6A 2P1SA 1D9VA 4GIZA 5I59A 1IIWA 3FVNA 5FTHA 1SW4A 3C4MA 1I6BA 4EQ7A 5B70A 2HAVA 5FTIA 2H5YA 1MXZA 4R6HA 4BDQA 1Y3NA 3L6HA 5I2KA 5CBSA 1ATGA 3WAFA 3VE1B 1FQEA 4ZEDA 2REJA 4DXBA 3VLVA 1MPDA 4XXUA 4PP0A 2Y7KA 1B51A 3SEYA 3I5OA 3PPQA 2W7YA 3M3KA 3Q29A 5CRYA 5I56B 4NF6A 3H6WA 3IB2A 5I57B 4ELQA 4FATA 2XD3A 4FECA 3DP8A 4BDOA 3O66A 2XXHA 4GD5A 2FA7A 3HN0A 4MBPA 4ZDMA 3HO7A 1RKMA 4O3AA 1VR5A 5KZTA 3LSWA 5BWJA 2Z8FA 1I69A 2Y7PA 1PDAA 5I59B 1FQFA 5I58B 2DVZA 2RC9A 1GR2A 4JDFA 3K1NA 3K6WA 1N3XA 2F7CA 3RGYA 3QYTA 1F9BA 2XXVA 3H4ZA 1B5JA 2OWSA 3QXMA 5B7DA 2ZMBA 4F3BA 5DEXB 4ZE8A 1M5DA 4KHZE 4NTLA 2RKMA 4EF1A 1B3FA 4OZ9A 1Y1MA 4YMAA 4U4SA 3GBAA 5H8SA 1TXFA 1HSEA 4NF6B 1DSNA 1VSOA 1KWHA 3SEXA 4G68C 2X26A 3OMBA 1LBBA 3MZ9A 1I6QA 3K02A 2I0BA 1NL5A 2Q2CA 2ALUA 4LATA 4MH5A 2QS2A 1QVSA 2DVCA 4IGRA 2O1LA 3K0VA 5AA3A 3K6UA 1USYE 4G8HA 1FTMA 3CSGA 4YZZA 1B4HA 3FVGA 5AA2A 4IY5A 4OFJA 3HCQA 1H43A 2GH9A 1POY1 5JEIA 3DP4A 4ISUA 3MQ9A 3VDFA 2DWIA 4ZS9A 4I62A 3TPAA 3B6TA 1Y3QA 4YKIA 2DOJA 4EF2A 3KG2A 4QF9A 1Y4TA 4KCDA 3RTWB 1ELJA 4WXJA 3KSJA 4GF8A 2O7IA 1MXYA 1UQWA 1MY4A 1LFHA 2O51A 4YKKA 1SQYA 3PPPA 4NEDA 4BDNA 1FQCA 4FEBA 1DTZA 3USDA 2QS4A 2CMOA 3IR1A 4KFQA 3I3VA 3RLFE 4QFKA 5JK4A 1D4NA 5I2NA 3JYRA 3E13X 1HSLA 1N7XA 5KDTA 4F3SA 3CI8A 1MQHA 4LP2B 4RA1A 3PV0E 4OESA 5AA2D 1FCKA 3IOTA 2PX1A 2DWJA 3FUZA 4P0GA 2VP1A 1J1NA 1TT1A 5HM4B 2G29A 3LUYA 2ANJA 1IUDA 2NOOA 1OVTA 2HFBA 4PE5B 4AB6A 1MS7A 1P1QA 4F19A 1WDNA 2XXPA 4H6DA 2Y7IA 1VFEA 3DM0A 3K1PA 4EQBA 2NUVA 4UA8A 4IB2A 2O84X 5DYHA 2AIXA 3CG1A 4MFIA 5CI5A 1NNPA 3O6HA 2XD2A 4ECFA 2DXRA 3IOWA 2F34A 3FASA 3GXAA 4QHQA 3W15C 1VE4A 5CMMA 5I2NB 4YB6A 1MY0A 4PQJA 2R71A 3AXFA 1LGBC 1QULA 4MLVA 1SVXB 2E0SA 3QIMA 2F5XA 3A3UA 3EN3A 2I4BA 2RC7A 3ZKKA 3UORA 2QL3A 5H8NB 3QAXA 2VOZA 4NF8B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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