3K1N | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	303
structure length	303
Chain Sequence	MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
molecule keywords	HTH-type transcriptional regulator benM
publication title	Structure of Full-length BenM rcsb
source organism	Acinetobacter sp.
total genus	88
structure length	303
sequence length	303
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-09-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00126	HTH_1	Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A	PF03466	LysR_substrate	LysR substrate binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	3k1nA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3k1nA03

4NF5B 4JWXA 2GAUA 2HTJA 4Q47A 3KN7A 2ABHA 2AXLA 2D1HA 3QU6A 5I59B 1TXFA 1Z7NE 2EV6A 2F97A 1U5TC 4MLQA 4HX4A 5JI6A 4F1YA 1PBPA 1DDNA 2OA4A 3KP2A 4M4GA 3E6MA 1FYLA 4CXFA 4H6DA 3W9VA 4PGHA 3QPHA 1BC7C 4B09A 3RLFE 3H92A 1USSA 5KZTA 1USTA 3H6UA 4R6YA 4LGWA 2RV8A 4G7ZF 4ENKA 1EV7A 1NNFA 3IB2A 3Q9SA 5F1QA 2Q8KA 4M74A 3SKPA 4JWOA 2F2EA 2M87A 3PMVA 4U22A 4IJAA 3OMBA 3KP7A 5BQTA 3S9MC 2DK5A 2ZNZA 2I6EA 3H3GA 1LGBC 3PUYE 1P2FA 4FHTA 4DQ2A 1LAFE 4HDVA 4L0YB 3MQ0A 4H5FA 1JQFA 1LLSA 2V3QA 3IRQA 4LA9A 1FT9A 1ZARA 2FMYA 5IT3A 5D5UB 1LVAA 2KIFA 5IT9K 4IY6A 3RT6B 1DOTA 3BFTA 2VBYA 2LSOA 4RAYA 1FYKA 4EM0B 2HXWA 4A2UA 3HSEA 2F78A 1ZMGA 3BY6A 1QGPA 1SD7A 3U2RA 4ESWA 2H25A 3PPOA 1FX7A 3ZMVA 4OZ9A 4IF4A 4BDMA 5DV5A 2BE5F 1YPNA 1OKRA 2MH2A 1P99A 2M45A 1SI0A 1LJ9A 2ALUA 4G77A 2I4BA 3BJ6A 1I1GA 3IWZA 2HAVA 2ZNUA 3FVNA 5JTYB 2OCUA 1B5HA 2DTRA 2VHAA 4N07A 5AA4A 4G4PA 4AB6A 4KHZE 3GO5A 3O28A 5J8CA 3MWMA 5F6FA 5E1ZB 4CDGA 5DDGA 4KD5A 1AOVA 2RINA 3FVGA 3TTNA 2LDUA 3HYIA 3TDUC 1KU3A 3R4KA 3BBRA 1E17A 3D5LA 3FATA 2W25A 3JYRA 3TQNA 1TFDA 1MQDA 3T9XB 3I58A 3DP8A 3PUXE 2V1UA 1J1NA 1J59A 4GCVA 3GBAA 3RQTA 5KCJA 3IR1A 4TQUQ 1LAXA 3WU0A 4KFCA 1H3DA 1WRJA 1ZN2A 3FZVA 5H20A 4BLAA 1TNTA 3K9TA 1LB2A 1D3KA 3K6VA 3RJPA 4R6HA 5FB2A 2DWAA 4CICA 3TGNA 5TRDA 4A0YA 4BYYA 2XXUA 1B58A 3GX4X 3CIJA 1P6RA 1LDJA 4LJZF 1FY7A 1D5VA 3LA7A 2P5VA 3WTSC 2DQRA 3L00A 2ZYNA 3H4ZA 4L5IA 1YQAA 4L18B 5JR3A 2THIA 5E1XA 1H45A 4RGRA 5F64A 1IEJA 3RPWA 2VD3A 2CWEA 3FXUA 1D9YA 1ON2A 3PMWA 4MGRA 1TQPA 3FF5A 5EYFA 5I57B 4KPTA 1WDNA 2WKYA 2FEZA 5ICEA 4O6JA 1FLIA 3KGCA 3MQ9A 3KBRA 4M73A 3FM5A 2FU4A 3RI4A 1MH4A 3ML6A 1ZG5A 4PQJA 4C1UA 2P8TA 4OMYA 3W9WA 5TP9B 1SD5A 2A6HF 4ELQA 4AVPA 4P9FA 1YTYA 1TQMA 3OO6A 3T9VA 2HS5A 3FWEA 3JSPA 4QFNA 5L3FA 1FP2A 4O5VA 3J80Z 4WXJA 4DZ1A 3E9XA 2XXHA 1S7AA 3FV2A 3U1DA 1RYOA 4QSCA 2F7BA 1KWHA 5DCFA 2V93A 4GWOA 4ZEBA 1MXXA 3KJTA 3UA8A 3P9IA 4RB0A 4AIJA 1R22A 4KIFA 1XOCA 3O6GA 5KVRA 4IRHA 3O29A 1IXCA 1QUJA 3S9NC 3LSXA 3REOA 4Q8RA 1N7WA 3KZZA 1LCTA 2DO7A 2UXAA 3HV1A 5HDGA 2BEOA 4A6DA 1FTKA 3IJOB 1B0LA 1JVYA 4IY5A 3Q27A 2FNAA 4OWDA 3BP8A 2P6TA 3KN8A 4ELOA 3RN8A 5AIQA 4DLDA 2Q0OA 4ZYGA 3KP5A 2VOPA 1P4WA 2VBZA 1NKXA 3RKXA 4HA8A 2V3TA 3NEUA 4F3SA 2KLFA 5FD6A 3VVFA 3LFKA 1B1HA 3MZBA 3P7NA 5CVRA 1TWYA 2M8CA 1A8EA 1SFUA 3O66A 4LONB 1KA8A 4LG0A 2ZYKA 3WGHA 2RC9A 3FV1A 3T1BA 1RZ4A 2XD3A 2DT5A 4QFOA 1MZBA 3DKWA 1XDSA 4RYAA 5H8HB 2ZBKA 1G6NA 2ANJA 3H3ZA 2XXWA 2NS0A 3JV9A 5A5XB 4HS7A 3LC8A 3I0TA 3RPUA 1L3LA 1JHHA 1MQGA 3W6KB 4I02A 2AL5A 4KR5A 3FXRA 5I2KB 1ON1A 4ZS9A 4RGSA 1TTYA 2DFIA 3OV8A 1QUKA 4ZEIA 2ISYA 5LRSA 4PFUA 2ZFWA 4EJWA 2XXTA 1SFEA 5J6XA 2PJPA 5D5VB 3SQNA 4H5GA 1P1OA 2QS4A 2AL4A 1D9VA 4BDNA 2D45A 4KDPA 2LF8A 2VE9A 2VC0A 4GIZA 4NF4B 2M5WA 1RI7A 4QHQA 5H8FA 1YFHA 3DPTA 1XMAA 1II5A 3RUMA 3CUQA 2XXIA 1WVJA 1PB9A 2YPRA 4OMBA 3MUQA 2ZNSA 2D5WA 3RT8A 5ITPA 1XMKA 2ESNA 4OQOA 3IKTA 3R6SA 2NOOA 3D4GA 3ZQ7A 2F35A 3ZKLA 1AMFA 4MLVA 4H67A 4GYGA 4GXSB 1FWZA 3H03A 3TQLA 5ILSA 2A5SA 3G73A 5CMBA 3TODA 2EFWA 2B3FA 3RYRA 4ZYDA 1B7UA 3WAFA 2FNCA 3FHZA 2V25A 4YFKF 3GZGA 3FVOA 1M5EA 4EXKA 3ISPA 4L5JA 2DP8A 1T0KA 1ZREA 1I6XA 1RUNA 4EJTA 4L0ZB 4ZZAA 1UIUA 1OVTA 2OJTA 3V8JA 5ILUA 1P1NA 4JQFA 3USDA 2P1SA 4XSXF 4RB3C 4OIPF 2OZUA 2FRHA 1F4KA 1BI0A 3I59B 3BKIB 4RY1A 2Y75A 3FGSA 2QLZA 5FTIA 3FD3A 2BGCA 1Y4TA 1V3FA 2GXGA 1DP7P 1SDXA 5ERIA 2O0YA 2PFBA 3R60A 1JETA 1R5GA 3T5XA 2X26A 1ZRFA 3TO9A 1MXUA 4N13A 4F3PA 3E3VA 3L6HA 2V1XA 2MLKA 1URGA 5ILVA 4K2EA 4ON0A 2CG4A 3F8CA 1B32A 4NF8A 1G3SA 2PBWA 1MKMA 4WCGA 1R1TA 4MEXF 1B2HA 5LLQA 1S7OA 5DT6A 2QS3A 3L09A 1Y3NA 2DW4A 1IUYA 3KEOA 4MNUA 1ZIUA 4N9IA 2XGXA 2DPUA 4H8IA 2XAJA 3SETA 1JW4A 5ICCA 2JT1A 4ZDMA 4CHUA 2ESHA 3PD9A 4X1BA 1U5TB 1DPUA 3PPNA 4IGTA 2GHBA 3BPVA 4EGYA 2OK2A 2STWA 3FJ7A 1HSTA 1D4NA 2R71A 2R7FA 1N84A 2CFXA 4FJPA 3MVXA 1ZAOA 4BQAA 2O1LA 2ZMEA 3QPTA 3EQ1A 5H8QB 3CG1A 3ONMA 1KQ9A 2P0SA 3K69A 2F5CA 4F2QA 4HTGA 4NE4A 4YKPA 5I56A 1MY3A 4U0VA 2J5PA 3EF7A 4LQ2A 1IN5A 2O03A 2LF7A 1REPC 2O69A 3NRVA 3IB0A 3R26A 3M3KA 3K6UA 4A12A 1W7PA 5DEXB 1IW7F 1Y1ZA 1LB9A 4IB2A 1ULYA 1B5JA 4UVAA 3T9UA 4YB7A 1LB8A 1Y9UA 3TDJA 1IAWA 1IXSB 1T38A 2DQLA 3PQKA 3VLWA 3SEWA 4RB1A 4G68C 3O3KA 3HRSA 2UXXA 3F3XA 3JAMK 4XKQA 1EH3A 3E6BA 3L9FA 1H43A 1HW1A 2B3BA 1TW2A 2VBWA 4C0RA 2HQNA 3HSRA 1BIYA 4HQEA 5AA2B 1ZYRF 2XAQA 2YR2A 3ABUA 2NYXA 1YCJA 3S4UA 1NMUA 1B9MA 1ZKBA 4EQBA 3Q5FA 5K5RA 1W5SA 1R23A 2Y7IA 4F18A 2GRVA 4C1TA 3U92A 1R36A 3TEPA 2VN2A 4ENMA 3M8FA 2UYFA 3O2AA 1FTOA 5DVFA 3OO9A 5DUKA 4R2BA 2KJBA 3B02A 1IIWA 4I9DA 2Q88A 1HKTA 1FP1D 3BDDA 2W57A 3OOPA 4GYIA 1LFHA 5J8FA 3ODBA 4ND9A 4EMSA 1B4HA 2JPCA 2BV6A 5JFRA 5J1DA 3C33A 1FZPB 5FHOA 5IKBA 3C3WA 1VTNC 1IN8A 3IK6B 2OZ6A 1PBQA 4GXOA 1XSDA 3TTKA 1XC1A 3OSRA 4KYWA 3EYYA 2YSRA 1Q35A 3MPLA 3GXOA 1J9IA 5AA3A 3MZ1A 4UVBA 1H9GA 5H8NA 1OVBA 1FQEA 4BDOA 1LNWA 1OYIA 3RTRA 1I6AA 1M5FA 3IB1A 3CO6C 1WODA 2VODA 2ZNTA 5BPIA 3QXMA 3CUOA 2O6GE 1H9TA 3CSGA 3IRRA 3T93B 1S7YA 2UVJA 4PCQA 4G8HA 3BJOA 2X4HA 3K2ZA 3ZPLA 4IO6A 2VT2A 3FVKA 1QKAA 3BWGA 3PUZE 1MS7A 2Z5UA 1N3XA 3KZYA 4LG0B 4JDFA 2QSXA 4OYVA 1XGNA 4QSDA 3CSBA 1IXHA 5L8DA 2QS1A 3PUWE 3IOVA 3UP9A 3I71A 4MTEA 2Y48A 3A09A 3SEXA 3K2DA 1UTBA 2F6GA 3C31A 2HYGD 2QM3A 3UORA 3T0YA 2Z9OA 1ZRCA 3GVAA 2E1CA 1HW2A 1IN4A 3MAMA 3ZMDA 4G8NA 2WC2A 1Q1HA 5TU0A 1MY4A 3H3UA 1IQ7A 1U8RA 2HFBA 4G8MA 4DCXA 2H09A 3K0VA 3OEMA 1WI9A 2OU2A 3M9AA 2UWMA 4F1VA 3K1PA 1YW7A 2HFHA 4YZZA 3S9LC 4U88A 2RC4A 5CMCA 3U72A 1L5TA 3M3LA 4KMUX 2A5TB 4FX0A 1M5DA 2RNJA 3MBPA 2ADUA 3EN3A 3CUQB 3PU5A 1F5TA 4NHJA 4KYDA 3VXCA 1AWCA 3C32A 4GO1A 1ZH5A 3J81Z 1ZLJA 2FBIA 1LEAA 5CVIA 4WEPA 1DTGA 2IPQX 1MDMB 3TKYA 4HV6A 5FHMA 3ILTB 5DVJA 4DNCA 1A40A 4BNCA 2O61A 4P11A 2YU3A 2O68A 1LAHE 3TQWA 2D21A 2XXPA 5B70A 2ACJA 4PDKA 5A2QZ 4EM2A 2YX4A 1XCVA 3HCQA 2EV5A 4HOBA 2DVZA 2M1BA 4KICA 4LK1F 2MBFA 1Z9CA 4G6DA 1HSLA 4YIIA 4YKKA 4RGUA 1YO5C 1G4DA 2UZKA 4WKMA 5DD8A 4LLLA 2H27A 1ZG3A 1UFMA 1SFXA 4F1UA 2FXAA 2CZLA 1MXZA 1R1NA 4UXNA 1T39A 4OERA 1ZRDA 3ECOA 1I6QA 3MPKA 1SW4A 5DEQA 1NL5A 4R74A 2G9WA 3WTVC 3PMXA 4MQVA 5ISUA 3PGFA 4FT8A 5L9MA 4OESA 4POWA 2IT0A 2EJRA 3ILUB 3V8XB 4JXIA 5ICQA 4LZ7A 4NF8B 4K3FA 5DUIA 2B65A 5L3CA 4XKRA 4GFRA 1I6BA 5LHGA 1JW1A 2J5OA 2H6CA 3LUYA 1P1QA 5AA2D 4PZJA 4XSZF 1ZGAA 1B9JA 4RB2C 1HKQA 4KFQA 1MPCA 2O51A 2HEUA 3ZKKA 2EB7A 1SW5A 2RKMA 2V6CA 2NRAC 2DK8A 2A68F 4DXBA 1MY1A 3K01A 1SMTA 2PYYA 5HDNA 1PP8F 1XGMA 2DQVA 4P9UA 5FLXZ 2VONA 3GBBA 4LQ5A 3EHUA 4R72A 3ECRA 4EVIA 4ENJA 1MPDA 2H6BA 3T96B 1ELJA 2FSWA 3ZP5A 2HDCA 1O7FA 3KP4A 1MM7A 3DPLC 1B1XA 1NFTA 4RA1A 1U78A 1ZLKA 1O3QA 4PFWA 1KU9A 5DTBA 2MD5A 3E3KA 3WTTC 3VFZA 5I56B 2REGA 1STZA 2CSOA 4DCYA 4H0WA 1LAGE 3U94A 2H98A 2R9JA 2WTEA 3R0JA 2UVHA 3EETA 4I8CA 4LD5A 3C4MA 1B6HA 5HPQA 5HLGA 1MQJA 4FAJA 2DPDA 4P0IA 4F7ZA 1FTJA 2DSFA 3AXFA 2YLNA 2Z8DA 3BROA 3U8QA 3RIRA 2L4MA 4Q5SF 4HX7A 4ZEFA 2EV0A 2CYYA 3WG9A 1FPQA 1YW9A 5D8KB 5TPAB 1MJAA 2QJEA 5CVJA 3SEVA 1B7ZA 2IW5A 2VXZA 4P55A 5LRRA 4O3AA 4OEUA 1IITA 4QLCU 1KU2A 4FECA 1VSOA 1P4AA 1PP7U 4THIA 4M6XA 1GGGA 3LSFB 4YU0A 3HSTA 4LATA 2RCBA 2O7IA 2GFEA 2Z22A 3ERED 3G3KA 2M8EA 5IT9Z 1R1UA 2HZTA 4CO8A 4P5OA 4A0XA 1SD4A 1LFIA 1YS7A 2DBBA 4HW8A 5D5WB 5F1RA 4EQ9A 3I54A 2QZ8A 4U7BA 1OLAA 3JZJA 1I27A 3O6HA 1XGOA 1Z91A 1O3TA 1O57A 4OVJA 3QYTA 3HSFA 3SEYA 4LZ5A 1FQBA 2RF1A 3LWFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3K1NA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations