3T1BA

Crystal structure of the full-length aphb n100e variant
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
MKLDDLNLFRLVVENGSYTSTSKKTMIPVATITRRIQALEDSLNLRLLNRHARKLTLTEAGERFYKDCSPLLERLASMTEEITDECRGASGRIRISAPSELTKRMMMPMFNAFMEKYPDIHIELMMSNQADDLDPTEWDVIFRVGPQRDSSLIARKIGEVKDILVASPQYLSSHPQPTHAEELHQHQLLKGYPLLKWQLTNSQGETVVNSDRGRFQASALNVVRSACSEGLGITLMPDVMLREFLEDGSLVQVLSDWSSNPRDIYMLYNHKDHQPEKVRLFIDFVIGYHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
publication title The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio cholerae
total genus 84
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3t1bA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3t1bA02
3J81Z 1G3WA 3FMQA 2LSOA 2V1XA 3CO7C 2LF8A 2OQRA 2XKOA 1SFXA 2V79A 1QZYA 3DQVC 2XGXA 1VTNC 4R8HA 5LLQA 1L0OC 1Z6TA 2GZWA 2O3FA 2P5VA 2A5YB 2FU4A 3E6MA 2G7HA 1QQIA 3VB2A 5FFXA 3GFJA 4L18B 2O8XA 3GXOA 4M9SA 3C18A 3GZ5A 1BIAA 4KNYA 2RC4A 1LEAA 1GXPA 3QP6A 4HZFA 4KMFA 1USSA 1KU2A 4U7DA 4CO8A 2K4BA 2WV0A 4UNOA 3ZMTA 1ZG3A 2YX4A 2GIVA 4IXAA 1QO0D 1WKMA 2IJLA 3IHUA 3BDDA 3I64A 1TNSA 5H6QA 3NEUA 3F23A 3WTXC 5FO5A 3LAJA 2D45A 2RVCA 1ZAOA 2OU2A 2PN6A 3R60A 2DPDA 4WK8F 2IPQX 2DT5A 4IJAA 4LGWA 4U7BA 5D4RA 4GXOA 1T0FA 3QPTA 4UXNA 1R7JA 3T0YA 1PP7U 2VOPA 1HW5A 2IA0A 4UHTA 5E8GA 3WTWC 3LSTA 3U9GA 3HIFA 1IXSB 2ZBKA 5DCMA 2AS5F 3E3VA 3LA3A 4RB2C 3GLXA 4I0BA 2BYVE 3F8FA 4RB3C 4Z2YA 1XD7A 4WF2A 3ZMSA 2MA3A 2JPCA 2FMYA 1F5TA 2CO5A 2MH2A 3GFIA 2LF7A 3L09A 2JSCA 2GXBA 1S6LA 4HV6A 2DBBA 4RGSA 3HRUA 1R00A 4HDUA 2YSRA 4O5VA 5LGTA 3L2CA 5JFRA 1K78B 2CYYA 4GYGA 2E7XA 1YO5C 2A6EF 5LEJA 3HSFA 1FP1D 1BI0A 2FA5A 3CTAA 1ZRCA 5HLHA 2QQ9A 1QNTA 2NNYA 3K69A 2MLKA 4KMUX 4YFNF 1Z7UA 3ULQB 2Z99A 3RPQA 4HV5A 5D8KB 4EJTA 1W5TA 2VXZA 3TGNA 4OIPF 3V7SA 1K7AA 1GHCA 4PGHA 1Z6RA 1YW7A 1QZZA 2JPBA 3K0LA 4G9YA 3ISPA 3J80K 3LA2A 2Z3YA 2QENA 4YFXF 5KVRA 5F6FA 4IRHA 1R36A 4OINF 2KKOA 3JTHA 3LFKA 3LQQA 4LK0F 5CVRA 5LHIA 2Q0OA 1MJAA 3HTUA 3RI4A 4MEXF 4LLLA 3MCZA 4NHJA 4ESFA 5DDGA 2XROA 1YFHA 2DO7A 3ZMVA 2K86A 4MNUA 4ZH4F 4CYDA 1JGSA 2UWMA 1I27A 3K2ZA 1ODDA 4UV9A 3V8JA 1ZHFA 1LQ1A 3BPVA 4OIOF 5D4SA 5IT9Z 2DI3A 3N97A 4Q4ZF 1D5VA 2ZNYA 3JAMZ 1CGPA 1ZYRF 1I5ZA 5FLXZ 4QLCU 1STZA 3SXYA 4KICA 2FRHA 1I1GA 5H6RA 4A0XA 4P96A 4IHSA 1UHWA 1ZG5A 4QWQA 5L3CA 3K1NA 1YYVA 3PFIA 3FM5A 1MKMA 3IWZA 4DQ2A 1I6XA 4CXFA 3ZN1A 2WWYA 1FC3A 4EMSA 4CGZA 1KU7A 3ECOA 5CVVA 5K1YA 4LFUA 2EB7A 2XASA 3WTVC 1O3QA 1P4AA 4U88A 2L01A 1RNLA 1SFEA 1O7FA 3QU6A 4IHTA 3DPTA 2YPRA 5TJJA 5DCFA 1W7PD 4ZYDA 1K78A 1IN7A 2DAOA 5FFZA 5E17F 4A6DA 1XSVA 3KZZA 3RTRA 1ZGJA 3VOEA 2KJBA 1FBUA 4ZZDA 1R22A 3CO6C 2DQLA 4G7ZF 3VODA 1NHAA 2HDCA 3GFMA 4G7HF 2VBYA 3JSPA 3D5LA 4KUMA 5L3DA 2ZNZA 3F8NA 4BYYA 4F7ZA 4YFKF 1LNWA 3G73A 1W7PB 1R58A 3MZYA 1XGNA 3O3KA 3KP5A 1HKSA 4RB1A 1BN5A 2O61A 3BJ6A 1O3TA 3TDZC 4TV7A 2VBWA 2ZKZA 1ZRFA 2L3DA 2WC2A 3KCCA 3LAPA 4RGRA 4L0ZB 5BPDA 3MWMA 2P5KA 1P6RA 3T1BA 1XGOA 3QPHA 1OYWA 1J2XA 1LVAA 4LB6B 5ERIA 2G9WA 1KU3A 2RV8A 2Q2EA 1F4KA 4N9IA 1WRJA 3V7CA 2GQQA 2PBIA 1KA8A 2Y48A 2D1VA 4WX9A 3GFLA 3Q9VA 2VC0A 5J6XA 1FWZA 2HTSA 5HDGA 1ZG1A 3IWFA 1R1VA 4G94A 4M6XA 1U8RA 1BC8C 4AWXB 2QUFA 3T8TA 2NNNA 3OV8A 3C3WA 3I58A 4NB5A 1IN5A 4LMYA 1ZLKA 4I2OA 1FSEA 1RI7A 1S8NA 3NQOA 2PEXA 5JI6A 3HOTA 2PI0A 3B73A 2LNBA 2YR2A 4E70A 2ELHA 2CQKA 1W4MA 5LEKA 2RKHA 4EJWA 4R1HA 2HKXA 4M74A 5HDNA 3BZ6A 2M87A 5CVIA 1IW7F 4RGUA 3L00A 2EA4A 1REPC 2XIGA 2PMHA 5DYMA 4HW0A 2FBKA 2LDUA 2QWWA 3S2WA 2DW4A 3WTTC 1YS6A 4HX8A 3I54A 2EFWA 1ZH5A 1W7PA 1GXQA 4M71A 3ZMDA 2VOOA 1ZN2A 1ZLJA 1MDMB 3O2PE 1OKRA 2EV0A 3M7GA 1Y0UA 1XCVA 1EV7A 3T5XA 4U0VA 1ZGAA 1B9MA 1Z1DA 4UUVA 3BOQA 5ILVA 1Q1HA 3BJOA 2PFBA 2JZYA 3FXQA 4LD5A 4I01A 3F3XA 3F8BA 4CICA 2R3SA 2RN7A 2VBXA 2OBPA 2QBYB 2DK8A 3ABTA 3WTSC 3KLOA 4K2EA 1SD7A 2H6CA 5J8FA 5DD4A 4Q48A 3GEZA 1B59A 2J5OA 2R7DA 1G3SA 3M8FA 2K4JA 3J81K 1DPRA 3C7JA 1R5HA 5ICGA 2O0YA 3ROUA 2K7LA 1T98A 2UZKA 5K5QA 4O3MA 5E20A 2OZ6A 1LJ9A 2GWRA 3EYIA 4KFCA 3TO7A 3V8KA 3HRMA 1XGSA 5FGMA 2VE8A 3B02A 1FYKA 4LJZF 2HXRA 3DXJF 3RIRA 4ESJA 3KP7A 1LDKB 1U2WA 4HBLA 5ICCA 2VC1A 2BV6A 2PMUA 4WXDA 3SZTA 1XMAA 2X4HA 1ONVA 1ULYA 3V8LA 1SD5A 3M9AA 3QP5A 5HS7A 1QBJA 2DFIA 1IN8A 3P7NA 1FPQA 4M72A 5HVQC 1KQ9A 4WCGA 4FT8A 5AONA 2NAZA 1A04A 1HW1A 2EWNA 1P4WA 1U5TB 4EVIA 2HQRA 3HOSA 4L9TA 3MAJA 2QZ8A 4XSZF 5JR3A 1YW9A 3H92A 3TO6A 1J9IA 4HX7A 4ZYEA 1J59A 3TO9A 2QQBA 4HF0A 2H27A 2O6GE 2HWVA 4LB5A 2M5WA 5ILSA 1F9NA 1U5TC 2ZXJA 2IP2A 1Z05A 1BBYA 3RJPA 1FT9A 4MQ9F 3BP8A 1H9GA 3RDIA 2MBFA 2JTVA 3SZPA 1LEBA 5CLSA 3DV8A 2K02A 2IW5A 4O6JA 1O57A 1MDMA 2HR3A 3ZQ7A 2XAHA 4JVIA 4IF4A 1S29A 4RAZA 5K5OA 1ON2A 4HQMA 1KYZA 1K6OA 4D0PA 5ICEA 4L5JA 3WTZA 2QBYA 3KP2A 2RQPA 3VFZA 4UV8A 4ON0A 3M1EA 2NYXA 1R5GA 4KA4A 3LA7A 1E17A 3ZMZA 4ENMA 2P6SA 4G6QA 4A6EA 5L3EA 2IT0A 2G7UA 3CUQC 1FY7A 1QGPA 2AXLA 1WQ2A 4RS8A 4RB0A 4HF1A 4S05A 2QYOA 2RGVA 1IRGA 4I7HA 3E97A 2O03A 1HSJA 3CUOA 1SD4A 1D8JA 4JK1X 5D6FA 1TQPA 3GO5A 1FP2A 5CYVA 4Y13A 4P55A 5JHUA 2L4AA 3KFWX 3WG9A 4EM0B 3F6OA 1FNNA 3N4MA 2PQ8A 5TRDA 3QU3A 3NRVA 1F1ZA 3R61A 5A2QZ 3ZMUA 4HQEA 4EJUA 4AIJA 4AIKA 1J7KA 2W57A 5BMZA 2QM3A 4L5IA 1FBQA 2EFOA 2ETHA 1FYMA 1MZBA 2FQ3A 2GA2A 1P2FA 2F5DA 1U5TA 4EM2A 2R7FA 2JT1A 3V4GA 2V9VA 3QAHA 1FOKA 2M1BA 1T38A 3ZP5A 1U3EM 1B1BA 4AIHA 1P92A 4OU0A 5FD5A 3WE2A 5IT9K 2Z9OA 1KGSA 1G3YA 3ZN0A 3IRQA 3JAMK 3DFGA 3HYIA 1KQ8A 2Z5UA 1TW3A 5FLXK 1B9NA 4BAYA 2Q8KA 5HDKA 2RNJA 3M8EA 1DP7P 4MQVA 1DDNA 2PG4A 1H0MA 1FLIA 2DTRA 2Y0MA 2STTA 3GZ6A 3FZVA 3PQJA 4Q5SF 2V1UA 3ML6A 3RKXA 5D6EA 3LWFA 3KLNA 5H20A 2P7CB 3E6BA 2DU9A 3MEXA 4P9FA 3HSEA 3J7AO 3IKVA 3H3ZA 1CF7B 1OR7A 5LRRA 4U0YA 4LG0B 1ZRDA 4N0BA 2UXXA 4P9UA 4AD9A 2HOEA 3HTSB 4LK1F 4XLNF 1TNTA 1TW2A 4DNCA 3GWZA 2ESNA 2A68F 4L9VA 3E6CC 3LQRA 2VT2A 3FF5A 2KRFA 3BPXA 3I0TA 4ASNA 3KEOA 2HZTA 4M6YA 1TTYA 5IT3A 1XN7A 3BWGA 4YG2F 2F5CA 3BJAA 1YQAA 3DF8A 2VT3A 3K1PA 1P4XA 1U78A 1MD0A 3HRSA 2EFPA 2VONA 4HYEA 3RYRA 4MTEA 1EH8A 5BS6A 4RAYA 3SHFA 3GYHX 4M9ZA 4Y15A 1B6AA 2F5EA 1TBXA 5LHHA 2P8TA 2L02A 4IVNA 2VODA 2BE5F 5LHGA 3SFZA 1RUOA 3IRRA 1XDSA 3RKYA 1XB4A 4JVDA 3IC7A 4ENJA 1WSUA 3EYYA 1GVJA 4WXCA 5D5UB 3ABUA 2CSOA 5DV5A 4P5OA 2HS5A 4PCQA 2P6TA 4XLPF 1D3YA 3E5QA 4JQFA 2ZFWA 3JSOA 1S7AA 3WU1B 1TQIA 1BOAA 3P9CA 2H6BA 3MFKA 1XGMA 2D1HA 2FNAA 2XV4S 1IXRC 3FXRA 2EJRA 2H94A 2HEOA 3TQNA 3C1DA 2MD5A 1XSDA 3L7WA 5E1ZB 5ILUA 5FB2A 2A6HF 4YIFA 4A0ZA 2PLYA 2P4WA 5EEHA 5FD6A 3I4PA 1D8KA 2MLGA 2VN2A 1O3RA 3FHZA 2ZMEB 3JW4A 3EUHA 4L9JA 3I5UA 3KETA 2XUBA 4OOIA 4GGGA 3DP7A 4B8XA 3WODF 3K1MA 3CLOA 2ADUA 5HS9A 2QVOA 2PJPA 3KP6A 2W24A 2CFXA 1OYIA 1FYLA 2FSWA 1L3LA 1HKTA 4R79A 1CF7A 3R0AA 3DEUA 4LLNA 4LG0A 2L54A 4FHTA 2C6YA 2CGPA 4CDGA 4OIQF 2OQGA 2KIMA 5JVTA 4LLGF 2Y75A 4HAMA 2XAGA 3F72A 1MJBA 1LB2A 1OYYA 3ECHA 1J75A 1Z91A 4I98B 1FBSA 1UHMA 3EQLF 3JTGA 4L0YB 3HHGA 3T8RA 5E1XA 2CW0F 1YIOA 2J5PA 1UCRA 4KN7X 2BGCA 2H09A 4FX4A 1JHFA 4MHGA 1G6NA 4S04A 2M30A 3EETA 1WI9A 3FWEA 1T6SA 5HOOA 4XSXF 2OA4A 5LGNA 1J0RA 5CJ9A 1YTYA 5LGUA 1JHHA 4Q47A 1YG2A 4ETSA 4ZYGA 1R1TA 1SMTA 4OMYA 1XSXA 2KJCA 3FXUA 3KEQA 4G7OF 3BY6A 3MQ0A 4EQQA 3I71A 2MH9A 4G8XA 2NS0A 4XBFA 5BPIA 2VE9A 2Z33A 3DKWA 2FEZA 2XRNA 1HBXG 5CVJA 4HLXA 2B0LA 1V3FA 5D5WB 3V7RA 3HFUA 2V6CA 1KQ0A 2P7VB 1HW2A 2ISZA 3BROA 5HS8A 2IVMA 4KT5C 1O3SA 2IRFG 5DD8A 1BM9A 1TQMA 4EJOA 1XCBA 1LDJA 5J8CA 3TDUC 2E1NA 2FBIA 1Z9CA 3L9FA 3GUDA 4OIRF 1G4DA 2HFHA 3KZYA 1S3JA 4MTDA 5CVUA 5K5RA 1XMKA 3E6DA 3DPLC 2KIFA 3WTYC 2BEOA 2ZMEA 3F6VA 1MJ9A 2YX7A 4CHUA 3R4KA 4GCVA 4ENNA 5D8LB 2QLZA 1UFMA 1YS7A 5F64A 4GO1A 5ICFA 3SQNA 5D5VB 3Q5FA 1T2KA 2K27A 2CWEA 5LBQA 3J80Z 3TOBA 3FMSA 4KIBA 3G3ZA 3F22A 4KYWA 2HYGD 4JVCA 3CJNA 2FMLA 1IUYA 2HYFA 5E18F 3WGIA 4WWCA 3D0SA 4EM1A 2A61A 2JRTA 2XAFA 3CUQB 1V4RA 5AIQA 5L3GA 1USTA 2GXGA 2IA2A 4ESBA 5KK1A 1YLFA 4ZYHA 4IRIA 5DEQA 3I59B 3F8CA 2YU3A 3QRFF 4ZZLA 3FMRA 4UVCA 4B09A 4EGZA 1K79A 3RKWA 1IN6A 4MEYF 4BHBA 1ON1A 3P9IA 5AIPA 1RZ4A 5BQTA 2HQNA 5E8IA 3R0JA 3KP4A 4EJVA 4YIIA 2XKPA 4KDPA 2HGCA 1IRFA 4M73A 2ZCWA 1IZ1A 1OMIA 2EV6A 1JE8A 2FF4A 4I09A 3FX3A 3O6BB 4UVBA 2FXAA 1ZARA 2OD5A 1W5SA 2M45A 3KE2A 1R1UA 4A5NA 1IF1A 4Y17A 1SFUA 3GF2A 2OZUA 3WGHA 1OPCA 4IPAA 1BI3A 1RUNA 1KU9A 2M8EA 3K9TA 3KP3A 1AWCA 5EEGA 3F8MA 4BXUA 1DUXC 2W85A 4AVPA 3I53A 3HUGA 2HTJA 1R23A 5HLIA 1C0WA 4KN4X 2XAQA 4A0YA 5LRSA 4JBAA 2COMA 1ZREA 2XAJA 2A3SA 4IRGA 2E1CA 4RGXA 2WTEA 1G3TA 4G6DA 1KYWA 1BC7C 1QPMA 2KIUA 2DQRA 5A2QK 3Q9SA 2QQAA 4GYIA 3EDPA 4XRFA 1X3UA 4CZZA 1DPUA 2FOKA 5D5XB 2FBHA 4HOBA 3TOAA 2STWA 2A69F 3E5XA 2BBYA 2GAUA 4HDVA 3TKYA 3GX4X 1BI2A 1SAXA 3ERED 4QBAA 3CUQA 4OMZA 3F21A 4EGYA 4BQAA 1IAWA 4A12A 2E7WA 5DUIA 3HRTA 1BI1A 2MC3A 4WXHA 2F5FA 3FM3A 3I59A 1WWXA 5ED4A 5BOXA 4H0EA 2VBZA 3WE3A 2EFNA 2D2WA 2DLLA 4MGRA 3U1DA 4HF2A 2W25A 3U2RA 1HSTA 4HLYA 1J5YA 1AOYA 3GVAA 1S7OA 3AAFA 3OOPA 2RDPA 3WU0A 1HQCA 3HHHA 4EV0A 2F2EA 3GW2A 3COAC 2ZO4A 1BIBA 3REOA 4BNCA 3H3UA 1H9TA 3WTUC 4BH9A 5DUKA 1FSHA 1TLHB 6PAXA 1I1SA 4U0WA 3QOPA 3HSRA 1FX7A 2EA2A 3W6KB 5L3BA 1PP8F 1LDDA 4KIFA 3RYPA 1HXDA 5E1WA 2HKOA 3CDHA 1SD6A 4M9XA 4KIGA 5F1RA 1JXSA 1U6GA 1RIOH 4UVAA 5HLGA 1PUEE 2P5LC 4ENKA 1MGTA 2EK5A 4I0AA 2EV5A 2W84A 2XVCA 3PQKA 3WGGA 1FZPB 3VEPA 2UXNA 4N9HA 2L4MA 1XDUA 2FNPA 4NQWA 2FE3A 2DK5A 1UB9A 3R6SA 3W6JB 1B4AA 1T39A 4PZJA 1HKQA 3IL2A 4I02A 2ESHA 2XHKA 2TDXA 2ISYA 1E2XA 3RPUA 1YW8A 1EH7A 3ZPLA 3MZHA 1IXCA 2A07F 5DCMB 4L9NA 3E5UA 2LKPA 4FX0A 2EFQA 2GA1A 3ELKA 3P9KA 2ACJA 4A2UA 2OAZA 2CG4A 1PDNC 4A5MA 2DPUA 4HA8A 4HX4A 4BHPA 5L3FA 1EH6A 2IA1A 1SMYF 2V1DA 4PGGA 1BJAA 1IN4A 2X0LA 3IKTA 4PDKA 2NRAC 2ZJ2A 4BHCA 1O7LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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