3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Allergen
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
4RJZA 1EZOA 3V5AA 3SEVA 1OQGA 2Q2AA 4TLMB 3MBPA 1MQDA 3CRBA 1MXYA 3LSFB 1BLFA 5BUUA 1IXIA 3QSLA 5I59B 3JZJA 1XT8A 2XX9A 1ANFA 3Q27A 1OLAA 1D9VA 1LFIA 2HAUA 1UQWA 1BP5A 4G2ZA 4R72A 5AA2D 3KZGA 1PB8A 5H8NA 3PU5A 1XHYA 3RT8A 3C31A 2R6GE 1GV8A 4NF8A 3MAMA 3VLVA 3KJ7A 2Y84A 4N6PA 1PEBA 4IO5A 4DCXA 4DDDA 3TCFA 3B7DA 3TKDA 5AA4B 1SDXA 3IAZA 3TTNA 1A7LA 3K1PA 3U8QA 3USDA 2LAOA 4H8IA 3MP8A 3H03A 1RYOA 4IO2A 4OZ9A 1POTA 4EXLA 4YAHX 1B3LA 4Z0IA 4XKNA 4XTCQ 2QJEA 3C9HA 1AIVA 1GGGA 1Y4CA 1B6HA 3VXCA 2AL5A 2PMSA 1TT1A 2R71A 2PT2A 3PGFA 1WVJA 1S50A 3FXUA 4DLDA 1FQDA 2Y7RA 5A5XB 2P1SA 3MUQA 2Q9TA 4ND9A 1P1NA 1SW1A 1POY1 3IJXB 5FTIA 2I49A 3S9NC 4HW8A 4QFKA 5I2NB 4MLQA 1A40A 3LSLA 1B3HA 4DZ1A 4MH5A 5KDTB 3FATA 2WKYA 3HO7A 3N94A 2F36A 1ZBMA 3TEPA 3PUZE 3RT6B 4PFUA 2I4CA 4Z7EA 4GL0A 2F34A 4P0IA 5H8QB 1B4HA 2Q8JA 1IIWA 3PUXE 5DVJA 4LONB 4OHNA 1URDA 2XX7A 4G77A 1PDAA 2Z8DA 3EN3A 4PFTA 5CC2A 3RLFE 4O3CA 2O7IA 2O6AA 4QSEA 5AA1A 4KCCA 2O51A 3BFTA 1FTJA 5EYFA 2DYXA 3Q29A 1B5HA 2F6GA 3T22A 2UXAA 3O6HA 3OMBA 2GFEA 2UVIA 2DE3A 2ZYKA 1LAXA 2XXPA 5I57A 3OOAA 1SI1A 3S9MC 1SYHA 2FNCA 2QS2A 1NMUA 4GL8A 2O1LA 2VHAA 1OLCA 1A55A 1PB7A 5H8SA 4RY1A 3PPPA 1SVXB 5CBRA 1FQAA 2O69A 1MXZA 3TCHA 1QKAA 2ONRA 2Y7KA 2H5YA 1B9JA 5I2KB 1US4A 4NF5A 1JVYA 4H0WA 2XXVA 4U21A 4KYDA 2W7YA 4FECA 4H1XA 3K6VA 2UYEA 5KCJB 2OWSA 3TFLA 3ZSFA 2VD3A 3OXNA 3A3CA 1B05A 2XD3A 5DEXB 2OWTA 2A5SA 5B7DA 5B70A 1QVSA 4F39A 3FJGA 2XXQA 1TWYA 3MZ9A 5I58A 1N04A 4ZEDA 4EQ7A 2QMWA 4PQJA 5F7VA 4MFIA 5DYHA 4YZZA 3KN8A 1MQHA 2F7BA 3K6UA 3H6TA 2XXTA 4DIGA 1FTMA 3CG3A 4ZEIA 2A5TA 3H6WA 2XX8A 1IQ7A 1EH3A 4NF6A 5DVIA 2QSXA 1NNFA 2O1MA 2PT1A 1VFDA 1USYE 4F19A 2AIXA 1CB6A 3OELA 4F3SA 4POXA 4IY5A 1DTZA 5FTHA 4C1UA 4Q5TA 3EQ1A 1B0HA 3Q28A 1YPNA 4GIZA 3IOVA 3K6XA 4YMAA 1M5BA 4XIGQ 2ALUA 1MM7A 5AE4A 4M1VA 1DSNA 1P1UA 3TCGA 3K6WA 1MM6A 2DWAA 3KOSA 2Y7WA 3MWBA 5JEIA 2DWJA 2CMOA 1MY3A 4IO4A 4YKKA 4GD5A 4GQOA 4HTGA 4RYAA 1FQCA 1FW0A 3AXFA 4OVJA 1I6QA 1MG1A 4XKPA 1B2HA 2HQ0A 4FIMA 1MQIA 3B6QA 3IK6B 1II5A 3HCQA 1A8EA 1H45A 3H4ZA 4JWYA 1R1NA 1DPEA 4NWCA 1M5DA 2XXIA 4TQUQ 4KHZE 4U4SA 4YB6A 1IXGA 1Q35A 2H9BA 2Z22A 2I4BA 4FORA 4IO6A 3UK4A 4GFRA 3CFLA 1ZIUA 3ILTB 4R74A 3O97A 5HBCA 4GOTA 4QSCA 4NF4A 5FHOA 1UTBB 1MS7A 5LOMA 1Y1ZA 1MXXA 2NUVA 1R6ZA 3PPQA 4EQ9A 5J1DA 3U1OA 1I69A 5TPAB 3RUMA 3FD3A 3ZS6A 1KWHA 4F31B 1Y3PA 3ONMA 2QMXA 4RPNA 1LFGA 2YLNA 3K1MA 2O68A 2RC9A 1MXUA 1JNFA 4OESA 3TTKA 4RK2A 1DMBA 1DTGA 3T66A 5CBSA 5F1QA 4NTLA 1MPBA 1NNTA 3IOWA 3GZGA 2BJJX 1MPDA 2F7AA 1YTVA 1NNKA 1I6BA 1LAHE 2F7CA 3K2DA 2XXHA 1MRPA 2G29A 1ZTYA 4DXCA 1MQGA 3OO9A 1XVXA 5K2XA 1VFEA 4P0GA 3IX1A 3FVKA 1QJMA 2QS3A 3DLNA 3TTLA 3UORA 1RKMA 4ELRA 2QRYA 4Q8RA 1MY2A 1SI0A 4JWXA 2UYFA 1B52A 2F6PA 3TZAA 1XOCA 2NWJA 5ELVA 1VR5A 3H7MA 5A5XA 1NNPA 2DVZA 3HHGA 1I6AA 5HM4B 2DE4A 2ZNTA 4YKPA 3SEXA 4Q0CA 4ZE8A 1B7HA 3UV1A 4N07A 4O3AA 4LZ7A 3E13X 2E0SA 4WEPA 5CRYA 1N84A 2XXXA 3OEKA 1HSEA 3HN0A 4E0WA 1B7ZA 4R9GA 2ZYNA 3GXAA 3VDFA 2H98A 4H6DA 3SKPA 2YJPA 2OK2A 2F5XA 3G3IA 1QUIA 1B3GA 1P1QA 3M3LA 1H43A 1ZMGA 4ZEFA 4DCYA 3TAJA 3O2AA 4GF8A 3EHTA 5AA2A 3IOTA 4G68C 3EHUA 3MZBA 1MQJA 1JEUA 4EQBA 1FCKA 3OO6A 3T9HB 1HSLA 2VP1A 2ESNA 3L6GA 5I56B 3D4GA 2F97A 4ELOA 3MVYA 1P1WA 2QL3A 1D9YA 3G3HA 4JSDA 1JW5A 4GRKA 4TOZA 1Z7NE 2OBGA 3R6UA 3TYHA 4LZ5A 1DOTA 3C36A 4NWDA 3DELB 5CI5A 3K0VA 3MZ1A 3H06B 2DWHA 4OXVA 4EUOA 3MP6A 4G8MA 3TPAA 5I2KA 1LLSA 5ITPA 1JETA 4H65A 4YU0A 3W9VA 3K01A 4LUBA 5KCJA 3KGCA 4F1VA 4F3GA 4AB5A 5IAIA 2THIA 4JWOA 1LSTA 2ZXTA 1LCTA 4KR5A 3T96B 4LQ2A 2ONKE 4K3FA 1MY4A 1D4NA 3SEWA 3TMGA 2GHAA 1SQYA 4ZDMA 5H8NB 3D4CA 3H6UA 4HCWA 1US5A 3PPNA 3OSRA 4NF8B 2I58A 4WEDA 3K1NA 5CMCA 5H8HA 4I8CA 2V3TA 3TTMA 3SESA 1IEJA 4BDOA 4OWDA 3O28A 4F22A 1LAFE 4HCYA 3RTFB 3FGSA 3O66A 4F18A 3KBRA 3SERA 2IEEA 2AYSA 4KFQA 4O3BA 1CE2A 2Q89A 1N3WA 1B58A 3WAFA 2RC8A 1MXWA 4QF9A 1M5FA 4JXIA 1LB8A 3FXRA 1RYXA 5L8DA 4RXLA 1LBBA 3FVNA 1XC1A 3MVZA 2DXRA 3TQLA 3BKIB 2OZZA 4QFLA 3OENA 1O7TA 3KG2A 3ECRA 2M8CA 4QRZA 3R26A 3EHSA 1WODA 4LZ8A 3N26A 2I48A 1PBPA 5H8FB 3C35A 3KFMA 2P2AA 4OEUA 4BLAA 1MY1A 3PD8A 3FVGA 4IGTA 3IO6A 1UTHA 5DT6A 3TTRA 4I1DA 1SD3A 2HAVA 4OENA 5JK4A 4EDPA 1IZ1A 1MXVA 1BTJA 3BBRA 3RY3A 1EZPA 1EZ9A 4KYEA 3Q26A 4OMBA 3LBSA 4C1TA 4XXUA 1LAGE 2D3IA 3SEYA 1SYIA 2VGQA 4AB6A 3A09A 1B32A 3UA8A 2DE2A 4ESWA 3S9EA 1UTBA 4R75A 3KN3A 3JYRA 1B3FA 1R9LA 1ZJLA 2XXRA 2RKMA 1TFDA 4X48A 2GHBA 4NEDA 3W15C 4YMBA 3ODBA 3PUYE 3FASA 4OTEA 4YB7A 5M2VA 5I57B 3C34A 3CSBA 1N7WA 4H5GA 4MLVA 1VSOA 4QFPA 3O6IA 1EU8A 1PBQA 1LB9A 3S9LC 3QIMA 5DVFA 2ANJA 3UGWA 3OEMA 4KD5A 4G8NA 5L9MA 2Z8EA 3WAEA 4ECFA 2B3BA 1B40A 4NE4A 3FV1A 1GTKA 1LFHA 4E0XA 1L5TA 2V3QA 5JTYA 4U23A 4FEDA 3DP8A 4UACA 1A99A 5KZTA 2UVHA 4THIA 1BKAA 1FQFA 1MY0A 4KCDA 1PB9A 5TP9B 4ESXA 4I62A 4P11A 5I58B 4RNSA 1N3XA 3FJMA 3K4UA 3SETA 4JSOA 3EPEA 2IA4A 2XD2A 3U94A 4GVOA 5I59A 3MVXA 3M3KA 1B1HA 1QUKA 2A5TB 3ZKKA 2X7PA 4LQ5A 4NF6B 3C32A 4H5FA 3RTWB 1JQFA 4G68B 3LSXA 3ZKLA 1QULA 3IOUA 4GLIA 2FA7A 3MJNA 4XKRA 1IITA 4RK9A 3L6HA 2ABHA 4ZE9A 1BIYA 4PE5B 4U1ZA 2HZLA 4OQOA 3E4RA 4PFWA 1OVBA 5AA4A 3IL1B 1Y9UA 1O64A 4BDNA 3IB1A 4YKIA 4GWOA 1H76A 1SW5A 3M3FA 3PMVA 4RPOA 3RNNA 1MDQA 4MBPA 3CFZA 2I0BA 2HZKA 1YAEA 4PFYA 2PBWA 1GR2A 3KJTA 1Q1KA 3E9XA 4OFOA 2XXYA 2DOJA 1B5JA 4EF2A 3HHFA 3DP6A 2VD2A 2ZNUA 3M8UA 5ITOA 1A8FA 4ZEKA 2CZLA 2B3FA 3GBBA 3N5LA 3CI8A 1QKBA 4BDQA 1OVTA 3C4MA 4BDMA 2Y7IA 3FUZA 3QUJA 4WXJA 4FE8A 2OLBA 4NF4B 4EF1A 4FAJA 5I2NA 4Q30B 1FQEA 2XXUA 3IJOB 2AL4A 4DE8A 3QXMA 4QHQA 5DTBA 5KDTA 2V84A 2GRVA 4JBZA 3T9XB 5CM6A 3W9WA 4KPTA 3Q25A 2V25A 4LP2B 3H6VA 3U72A 3V8XB 1N0TA 3G3KA 3TDJA 5H8QA 3PMXA 1T0KA 2D5WA 2ZNSA 1LBCA 3MQ9A 2YPNA 5CMKA 3UN6A 3FVOA 4OETA 3N6TA 4L17A 4PETA 2ZYMA 1N76A 3OO8A 1UIUA 4FJPA 4HS7A 3RGYA 3VFJA 4ELQA 3OSQA 5TU0A 3T9UA 4YB5A 5HPQA 4ZZEA 3KN7A 3U92A 2X26A 3PV0E 3VLUA 3QYTA 4FATA 4R6KA 4AQ4A 1NFTA 2NXOA 5AA3A 3TODA 2KLFA 4OFJA 4KI0E 1Z7ME 2RCAA 3GLBA 3T9VA 1XVYA 1S9TA 2UVGA 3RN8A 4ELPA 1R9QA 2ZYOA 3TELA 2PVUA 1NL5A 1PC3A 5EHSA 4U22A 3GBAA 3PD9A 5H8FA 1B4ZA 5I84A 2NVUB 1JW4A 3G7WA 3I3VA 1Y1MA 4OERA 4IO7A 3G3JA 1MDP1 5DEXA 2OCUA 1SBPA 2DS9A 5IKBA 2RF1A 1AL3A 3IB0A 4R2BA 2Q2CA 4X1BA 3QUFA 4U4XA 2FYIA 4GXAA 3S4UA 1FTLA 1FQBA 4R73A 1ZLQA 1TFAA 3VE1B 3IO4A 2XHDA 4OYVA 5ICTA 1UIVA 4R9FA 5AA2B 4U2RA 3PPRA 1P99A 1WDNA 1SW2A 3CG1A 4OEVA 3VVDA 3SDFA 1H3DA 3PUWE 3H3GA 4ISUA 1B46A 1B1XA 4MF3A 5CMMA 1ATGA 2V3UA 1URGA 3F11A 3JV9A 3RPWA 4LVQA 1USYH 1B3EA 5EHMA 3FXQA 3CVGA 1Y4TA 2ONSA 3B6WA 4JB7A 1JVXA 3IORA 2REJA 2I3VA 3KEIA 3CFXA 3MPKA 1IUDA 4ZEBA 2F8DA 2D21A 4XKQA 3BFUA 3O9PA 1OQHA 1QW0A 2V93A 2ZMBA 3EF7A 4G8HA 4ZS9A 2X7QA 3P7IA 1P1OA 4POWA 4I9DA 4H67A 2OJTA 4IY6A 4F2OA 1F9BA 1NKXA 3N6UA 4JDFA 2F35A 2HFBA 4X1DA 1N7XA 3B6TA 2QS1A 1QUJA 1NH8A 2Z8FA 2O84X 3HV1A 1LGBC 4GXSB 5FHMA 4QFOA 2QS4A 4BDLA 2GH9A 3MVWA 3PMWA 2UVJA 3E3KA 1A54A 1Y20A 5TP9A 3K00A 4DXBA 1OMPA 2DWIA 2F78A 5H8HB 3UIFA 1AMFA 4R6YA 4DXUA 3OD7A 4YICA 3CSGA 4N13A 5TPAA 3T93B 2DQVA 1URSA 1MPCA 4X9TA 3KOTA 1O63A 4FEBA 4PP0A 3R7XA 3U93A 2XXWA 3S2VA 3FJ7A 1Y3QA 2DSFA 3UP9A 1JW1A 3LSWA 3O6GA 4G68A 3A3UA 4C0RA 1YCJA 1IXHA 4YKJA 2RCBA 1FTKA 4M4GA 4ONYA 2O7UA 4LATA 1B5IA 3FV2A 3K02A 3TQWA 3CIJA 5ISUA 2Q88A 4TLLB 1B7UA 4F3BA 3C33A 3DM0A 4KYSA 2E1SA 1ZKBA 4OFLA 3CR9A 4NF5B 1AH5A 4R2FA 2I0CA 4G4PA 3LC8A 3HSTA 1GVCA 3G3GA 2HXWA 4QFNA 1S7YA 2PYYA 1SW4A 2RINA 3SEUA 1UTHB 3PUVE 3FIRA 3O29A 3ILUB 1NH7A 3KSJA 2DVCA 1H44A 1TXFA 5CMBA 4KQPA 3KSXA 1B51A 3DP4A 2I6EA 3HPIA 1OIBA 1JEVA 2NOOA 4H8JA 2H25A 3I6VA 4BDRA 1MH3A 2R9JA 3VLWA 2Z23A 1LCFA 3LR1A 2H4IA 2RC7A 3VXBA 4U1OA 5L9SA 1FTOA 2REGA 3MP1A 4F3PA 1D3KA 1XS5A 2VOZA 1ELJA 4RA1A 3G3FA 2QPQA 2PX1A 3I5OA 3QAXA 4ZECA 3VV5A 3VVEA 4IB2A 3IR1A 4F1YA 3MPLA 3V89B 3FZVA 3OO7A 5L9OA 2G93A 4UA8A 4NMYA 2P0SA 2Y7PA 3RQTA 4LA9A 4ZZAA 1IXCA 3VVFA 4R6HA 2B65A 4F1UA 4WKMA 5K2YA 1M5CA 1ZU0A 1AOVA 3MC2A 1J1NA 3V83A 2DXYA 5FHNA 1M5EA 1HSJA 2HEUA 1B0LA 4QSDA 1VE4A 4IO3A 5BWJA 5I56A 2DP8A 1MH4A 1DPPA 5ICQA 2H99A 4IGRA 3QK6A 3IB2A 1Y3NA 5JTYB 2HCAA 3TUSA 4F29A 4EXKA 3PPOA 4F2QA 2I3WA 3MW0A 3LUYA 3THIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RJZA 1EZOA 3V5AA 3SEVA 1OQGA 2Q2AA 4TLMB 3MBPA 1MQDA 3CRBA 1MXYA 3LSFB 2B4LA 1BLFA 1EYJA 5BUUA 1IXIA 3QSLA 5I59B 4N6DA 3JZJA 1XT8A 2XX9A 1ANFA 3Q27A 1OLAA 1D9VA 1LFIA 2HAUA 1UQWA 1XI6A 1BP5A 4G2ZA 4R72A 5AA2D 3KZGA 4OVTA 1PB8A 4HE1A 4HXVA 5I3SA 1RDYA 5H8NA 3PU5A 1XHYA 3RT8A 3C31A 2R6GE 1FBEA 2CZHA 1GV8A 2F3BA 4NF8A 2HPGA 4QBAA 3MAMA 3VLVA 2PCRA 3KJ7A 2Y84A 4N6PA 1PEBA 4IO5A 4DCXA 4MJOA 4DDDA 3TCFA 2P3NA 3B7DA 3TKDA 5AA4B 1FBDA 1SDXA 3IAZA 3TTNA 1A7LA 3K1PA 3U8QA 1IMAA 3USDA 2LAOA 4H8IA 3MP8A 3H03A 1RYOA 4IO2A 4OZ9A 1POTA 4EXLA 4YAHX 1B3LA 4Z0IA 4XKNA 4XTCQ 2QJEA 3C9HA 1AIVA 1GGGA 1Y4CA 1B6HA 3VXCA 2AL5A 2PMSA 1TT1A 2R71A 1Q9DA 2PT2A 3PGFA 1WVJA 1S50A 3FXUA 4NQ8A 4DLDA 3QMFA 1FQDA 2Y7RA 5A5XB 2P1SA 3MUQA 2WBBA 2Q9TA 4MNCA 4ND9A 1P1NA 1SW1A 1POY1 3IJXB 5FTIA 2I49A 3S9NC 4HW8A 4DI4B 4QFKA 5I2NB 4MLQA 2FIEA 1A40A 3LSLA 1B3HA 4DZ1A 4MH5A 5KDTB 3FATA 2WKYA 3HO7A 3N94A 2F36A 3E8TA 1ZBMA 3TEPA 3PUZE 2XWVA 3RT6B 4PFUA 2I4CA 4Z7EA 4GX3A 4GL0A 2VT5A 2L5VA 2F34A 3ISPA 4P0IA 5H8QB 1B4HA 2Q8JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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