1AOVA

Apo duck ovotransferrin
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferrin
molecule keywords APO-OVOTRANSFERRIN
publication title Preliminary crystallographic studies on duck ovotransferrin.
pubmed doi rcsb
total genus 186
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA03
1DTZA 3LSFB 1DPEA 3MW0A 3PU5A 4TQUQ 1EU8A 3RY3A 2OWTA 3CFXA 3TAJA 3IOUA 3MVYA 2O68A 4BDLA 3VXCA 2ESNA 2FYIA 1OVBA 2XXIA 1QUKA 3CRBA 4Q0CA 4LQ5A 3U92A 3PD9A 1N84A 4KI0E 2GH9A 1XHYA 4BLAA 3PPNA 4ZZEA 1HSLA 2R71A 1WODA 3L6HA 5I2NB 2ZNTA 1XC1A 4LUBA 1B4HA 1EZOA 1LFHA 1QUJA 3MVZA 3V5AA 1P1WA 2REJA 3KJ7A 1B3GA 3FJMA 1TWYA 1SQYA 4ISUA 4NF4B 4E0XA 3MP6A 3TTRA 3SDFA 4H65A 1CB6A 5IAIA 3BFUA 2F5XA 1N3WA 1P1UA 1IXHA 4ZECA 1M5CA 2ZYOA 2I0CA 2ONKE 3OO6A 2PMSA 3K0VA 2VD3A 4R2BA 4MH5A 2F7AA 1SD3A 2I4CA 2ZYKA 1QKBA 1MPCA 1J1NA 3W9WA 2XXYA 5AA1A 3R6UA 4I62A 5TPAA 1URSA 3UORA 5H8FA 1MDP1 4Q8RA 1SI0A 1RKMA 5F7VA 4R2FA 1URDA 4P0GA 3THIA 3T9VA 1B40A 2Q2AA 4QFOA 1Z7ME 3T9UA 3G3HA 4ZS9A 4U21A 4NF6B 4GXSB 4G77A 3HV1A 1IZ1A 4TLMB 5A5XB 1FQFA 2D21A 2Y7WA 2GHBA 4GQOA 2Y7KA 1XOCA 3K1PA 5JTYA 2O84X 3T9XB 1GGGA 4TLLB 4EQ9A 1QULA 1B46A 1B3LA 2F7BA 5I2KB 4RY1A 2FNCA 4KD5A 1GVCA 1FTMA 3VLUA 3FVGA 3G7WA 5H8SA 4FIMA 1OQGA 1R6ZA 4RNSA 3SKPA 3KG2A 2DVCA 3C33A 2HEUA 3KFMA 3ILUB 4PFWA 4U4SA 3PUXE 1TXFA 3SEWA 4U4XA 3HCQA 2I6EA 4BDMA 1LBCA 5J1DA 4ELQA 1B51A 4Z7EA 2V84A 2Z8EA 4F3GA 2RCBA 2E1SA 2DVZA 2RKMA 2NVUB 3S9EA 3T22A 3TTLA 4GL0A 5DYHA 2ABHA 1USYH 2Y7PA 1ZU0A 3FATA 5K2YA 2IEEA 3QIMA 2VHAA 4H1XA 3TTKA 3F11A 1OMPA 4PETA 1JEUA 1LSTA 1HSEA 3Q29A 3OSRA 4GOTA 3T96B 1VFDA 4FE8A 4YKPA 4P11A 2YPNA 1UIUA 4LZ5A 1UTBB 3RGYA 3IO6A 3PPPA 4IB2A 4OERA 2OLBA 4I8CA 1A54A 3FD3A 1Y3QA 1BIYA 1M5DA 3FUZA 2DE4A 4OWDA 2B65A 5M2VA 1MQIA 4U23A 5ISUA 3JZJA 1IXCA 2CZLA 3QK6A 1ZKBA 3RTFB 3CG1A 4IGRA 2OK2A 3U8QA 3BFTA 4JBZA 3E13X 3BKIB 4LA9A 3K6WA 1Y3NA 4NMYA 3C32A 4QRZA 4PE5B 1B0HA 3MZ9A 1JVXA 5CMMA 3KN8A 3FJGA 4GD5A 1MM6A 2X7QA 4KYEA 2ALUA 4G8MA 4WEPA 3LC8A 2O51A 3RNNA 5I84A 3BBRA 2ZYNA 4ZEBA 1JVYA 3PMXA 1A8FA 3MAMA 1Y4CA 3OO7A 3MVWA 2GFEA 2DYXA 5I58A 2V3UA 1GV8A 3B7DA 2Y7RA 3K02A 3FASA 1XVYA 3R7XA 1LB9A 4KFQA 5DVJA 3SETA 4F18A 4JWOA 1H3DA 4NEDA 3MZ1A 5JK4A 4FORA 4X1DA 3E3KA 1VE4A 1DSNA 4POXA 5I59A 3EF7A 2HZKA 5FHNA 1BLFA 3DM0A 3MZBA 3KN7A 1D9YA 4M4GA 3M3LA 1B4ZA 2F78A 3O2AA 1B3EA 1WVJA 1LAGE 2H5YA 5H8QB 1B0LA 2UXAA 2PYYA 4IY6A 4R73A 3CVGA 1EZPA 3KOTA 3MWBA 1D3KA 3D4GA 1FTOA 5DEXB 5AA2A 4JDFA 3RT6B 1P1OA 3W15C 1Y4TA 1BTJA 1MXWA 5FTHA 4F22A 4IO5A 3O28A 3TTNA 2DP8A 4GXAA 4YB6A 1B3HA 1A8EA 4G2ZA 3PD8A 4QSCA 3MBPA 2NWJA 1Y20A 4ELOA 3ZKKA 3SERA 1NH7A 3M3FA 3U94A 3K01A 3GBBA 2UYFA 2CMOA 3OD7A 5TP9B 1LCFA 3PGFA 3O66A 3FVOA 3H3GA 1IXIA 4DXUA 3ONMA 4R9GA 1OLCA 1FTKA 2XXVA 3CSGA 3OENA 5CM6A 1QVSA 1MY4A 1O64A 4OFOA 3KEIA 1FQDA 1YTVA 5L9SA 1TT1A 2DE2A 1I6QA 3MUQA 3IK6B 4YMBA 3M8UA 2DXRA 2F7CA 2V25A 5H8NB 5AA2D 4O3AA 5H8HA 3A3CA 2DXYA 3TYHA 2ZYMA 4G68B 4H6DA 4AB6A 4XKQA 3HO7A 4UA8A 1R1NA 5DTBA 3MVXA 4OTEA 4RK2A 1D9VA 4XIGQ 3UK4A 1NNPA 4MF3A 2ONSA 1URGA 3VXBA 3FIRA 4DLDA 2XXHA 5L9OA 4DDDA 5AA4A 3A09A 1MY2A 4NF8B 5JEIA 2QSXA 1B5IA 2VP1A 3C31A 3V83A 5I56A 1ATGA 2ZMBA 1A40A 1B58A 2QS3A 1QJMA 1M5BA 1POY1 1IUDA 3PMWA 2R6GE 1B5JA 4LZ8A 5CI5A 1OVTA 3LBSA 2I4BA 3SEVA 3VVDA 2F35A 4U1ZA 3PPRA 4RPNA 1US5A 2X7PA 4GLIA 3U1OA 5HM4B 2HQ0A 1N7XA 2D5WA 1MS7A 1SW5A 3A3UA 2UVHA 3I5OA 5IKBA 1BKAA 2A5SA 4NE4A 3K6XA 5I57A 3S2VA 1DOTA 3KSJA 4KYDA 1DPPA 4F2QA 4QSEA 4LZ7A 2GHAA 1USYE 4ECFA 1ZMGA 3K1MA 2H98A 1I6AA 1B1HA 5TPAB 1IIWA 1A99A 5KCJA 4NF4A 2XX9A 2HFBA 1NL5A 5H8FB 3CR9A 4PFTA 3PPQA 1H76A 4H0WA 4DXCA 2UVJA 4EQ7A 4OESA 4P0IA 2QPQA 4ELRA 4OXVA 1AIVA 4YKIA 1B5HA 1LCTA 5BUUA 4DXBA 4GL8A 2O7IA 3IR1A 2Z23A 4OMBA 1MQGA 1II5A 1QW0A 4NWCA 1Y3PA 3N6TA 3AXFA 3SEXA 4QHQA 5JTYB 2DSFA 5KDTA 4LVQA 3OELA 4L17A 3O6GA 5AA3A 4NTLA 3TFLA 2UVGA 2ZXTA 4OVJA 4LONB 3KSXA 3T66A 3FVKA 2THIA 2XX8A 4XTCQ 5EHSA 5FTIA 2DE3A 3KN3A 3TODA 3P7IA 4F3SA 3HPIA 1Q35A 4ESWA 2WKYA 4BDNA 4HW8A 1P99A 1Z7NE 1LBBA 4N6PA 1B7UA 3O29A 3MQ9A 4ZEIA 2P2AA 3Q27A 2QRYA 3HHFA 4ZEKA 2O7UA 5CRYA 1HSJA 1SBPA 1US4A 2F97A 3G3JA 4THIA 3IO4A 1B52A 2B3BA 1SYHA 1TFAA 4RJZA 2REGA 1SW1A 3PV0E 1NNTA 1N0TA 3IB0A 1O7TA 2M8CA 1EZ9A 3WAEA 3EPEA 1YCJA 1UTHB 3KZGA 3EHUA 4EF2A 4YB5A 4OEVA 4YMAA 2RF1A 2XXPA 4OYVA 4MLVA 1D4NA 2A5TA 2AYSA 4IO6A 4N13A 4RYAA 2E0SA 1Y1MA 3B6TA 2XXWA 1FTLA 5AE4A 2I49A 3UN6A 5CMKA 4BDRA 1PB7A 4MFIA 3GZGA 3B6QA 4QFKA 5ITOA 1MQJA 2NUVA 3H03A 2Q89A 2DQVA 3TTMA 1XT8A 3H6WA 3LSLA 1P1QA 5EHMA 3HHGA 4G8NA 4GWOA 4EQBA 4EXLA 1A7LA 3E9XA 2PBWA 1VFEA 1NFTA 2DS9A 2DWIA 1H44A 3ODBA 3V8XB 1SYIA 3QSLA 1SW4A 1MRPA 3H6TA 1ZIUA 1SVXB 5ICQA 3FV2A 1PB9A 3C4MA 4H8JA 2XXUA 3B6WA 1LB8A 4AQ4A 2OJTA 3R26A 4JSOA 4H8IA 1DTGA 4POWA 3PUZE 4H67A 4IO3A 3RT8A 1S50A 5CBSA 1UIVA 5CMBA 3TCGA 1MXXA 1S9TA 3TMGA 1N3XA 3UGWA 3U93A 4RXLA 1IXGA 3KGCA 5K2XA 4PQJA 3N5LA 4IO4A 1L5TA 4E0WA 1M5EA 2H4IA 1JNFA 1FCKA 3TPAA 3FZVA 3FGSA 4KCCA 3HSTA 2P1SA 4KYSA 1IEJA 3TKDA 4EF1A 4ZEFA 1CE2A 3IOVA 3QAXA 3I6VA 5AA2B 1FQCA 1FQAA 2FA7A 1PC3A 2R9JA 1MDQA 1LLSA 4R6YA 4F39A 3JV9A 4NF5B 4C0RA 1ZBMA 3KJTA 4GF8A 3K6VA 2NOOA 1MH3A 1ZLQA 1NMUA 1FQBA 4ONYA 4F1UA 3FJ7A 4BDOA 4GRKA 4OHNA 5ICTA 2VOZA 3T9HB 3DLNA 3IOTA 3EN3A 1OIBA 4QFPA 2ZNSA 4WXJA 2QJEA 2HCAA 3TEPA 1MPDA 2O1LA 1N76A 2I48A 2XXTA 3CSBA 3JYRA 2RC9A 3PUVE 3FXUA 4XXUA 1MXYA 4Q5TA 3Q26A 3LSWA 4G8HA 3LUYA 5HBCA 5H8HB 3DP6A 3OXNA 3T93B 4Z0IA 3CFZA 4K3FA 2XXQA 2UVIA 1XVXA 3H7MA 3VVEA 4ZE9A 1B3FA 2AL5A 3USDA 3K1NA 1GTKA 2I3WA 4QSDA 3SEYA 3TQWA 2PT2A 2QMXA 3K2DA 5AA4B 3S9MC 1MXUA 3TZAA 1R9QA 1JW4A 4UACA 3OOAA 3IAZA 4X9TA 2ZNUA 2Q8JA 4KCDA 5I56B 5KZTA 1MXZA 2XD3A 1POTA 1NH8A 1R9LA 1VR5A 4YB7A 4OETA 5B7DA 4G68A 3MPLA 4F3BA 3O6HA 5FHMA 4U1OA 1MQHA 4IO7A 2OBGA 3CFLA 2H99A 1OQHA 4GVOA 4OFLA 4QF9A 1IQ7A 2XHDA 4RK9A 1PDAA 2DWHA 3QUFA 3ZKLA 4FATA 1LGBC 2B3FA 2I0BA 1ANFA 2Y7IA 3QUJA 4FJPA 4MLQA 3IJOB 1H45A 2I58A 4NF8A 4O3CA 3C9HA 3VFJA 3PUYE 3N94A 3TELA 5I57B 1AH5A 3MC2A 1MY1A 1MXVA 3O9PA 1EH3A 4WEDA 3Q25A 3G3GA 2QS2A 3LSXA 4IGTA 3MPKA 5I2NA 3IB1A 3VVFA 3K00A 3SEUA 2QMWA 4R75A 5KCJB 5B70A 1OLAA 3W9VA 3S9LC 3TQLA 2XD2A 3TCFA 3UA8A 2Z22A 1KWHA 5HPQA 5CC2A 5CMCA 4G68C 4ESXA 4EXKA 4KQPA 3C36A 1I69A 1LFIA 2P0SA 1MPBA 1N04A 2XXRA 4YU0A 4KR5A 5ELVA 4DCYA 4OEUA 4EDPA 3KBRA 4ZDMA 4EUOA 5KDTB 4JWXA 1ZTYA 4F29A 3H4ZA 4MBPA 3RUMA 2KLFA 3GLBA 5FHOA 3FV1A 4YKJA 1PBQA 4OZ9A 3H6UA 4X48A 1S7YA 1NKXA 1P1NA 1GR2A 2Y84A 3G3IA 4NWDA 1Y9UA 3FVNA 4WKMA 1AL3A 1ZJLA 3DELB 4F1YA 3H06B 2XX7A 2OWSA 2F36A 4HCYA 4GFRA 1M5FA 2VGQA 4F3PA 1SI1A 4NF6A 4OQOA 4FECA 3UIFA 2VD2A 1B7HA 5LOMA 1T0KA 5A5XA 4JSDA 2G29A 4XKRA 5BWJA 2QS4A 3G3KA 2Q88A 4HCWA 3EHTA 3LR1A 3KOSA 2UYEA 2V93A 1MM7A 2XXXA 3RTWB 3EQ1A 5I2KA 1B1XA 2OZZA 4PP0A 3OO9A 1VSOA 4YKKA 1LFGA 4FAJA 2Z8DA 3MJNA 2G93A 4H5GA 3RLFE 5ITPA 2F6PA 1QUIA 3TUSA 1H43A 4LP2B 3VE1B 4O3BA 2RC8A 1YPNA 2RINA 1XS5A 3DP8A 2A5TB 3OEMA 4OFJA 1PBPA 4KHZE 1AOVA 2HAVA 3GBAA 4G4PA 3K6UA 4R6HA 1MQDA 3O6IA 3RN8A 3MP8A 1NNFA 4HS7A 3N26A 4FEBA 3QYTA 4R74A 2YJPA 4YICA 3PPOA 1WDNA 1UTBA 1UTHA 4Q30B 2BJJX 3TCHA 5DVFA 3FXQA 3EHSA 4X1BA 2HZLA 5TU0A 2O1MA 3OMBA 1JETA 1ELJA 3L6GA 2YLNA 2V3TA 2PT1A 3WAFA 1BP5A 3PMVA 3HN0A 4H5FA 1DMBA 2PX1A 1MY0A 1O63A 1JW5A 2Z8FA 4R6KA 3S4UA 5I58B 2H9BA 2QL3A 4BDQA 2F34A 5F1QA 3FXRA 2PVUA 3QXMA 3K4UA 4JWYA 2X26A 1NNKA 3OEKA 4RA1A 2QS1A 5EYFA 3C34A 4LQ2A 3GXAA 3VLWA 1B05A 4HTGA 1B6HA 4QFLA 1MG1A 4ND9A 2O69A 4OENA 2D3IA 3C35A 5I59B 4ZE8A 2RC7A 1Y1ZA 3OSQA 4DE8A 1PEBA 5DT6A 3ILTB 4JB7A 3RPWA 3MP1A 4FEDA 2F6GA 1QKAA 2H25A 4LATA 3VLVA 1RYXA 2DOJA 2LAOA 3VDFA 2RCAA 2IA4A 4I9DA 4GIZA 4PFYA 1TFDA 4F1VA 1PB8A 1UQWA 4PFUA 1N7WA 3IJXB 5DVIA 3RQTA 3VV5A 4DCXA 5CBRA 4R72A 3IX1A 3S9NC 3CG3A 1LAFE 3O97A 4ZEDA 3ZSFA 1YAEA 4TOZA 3D4CA 4F19A 5H8QA 4XKNA 4ELPA 3SESA 1SW2A 2ONRA 2AL4A 1B2HA 4KPTA 2Q2CA 4JXIA 3DP4A 4NF5A 5DEXA 1AMFA 2HAUA 4IY5A 3H6VA 1JQFA 4DZ1A 2DWAA 1B7ZA 1FTJA 2I3VA 4C1UA 3UP9A 4I1DA 3TDJA 3G3FA 2ANJA 4R9FA 2F8DA 1Q1KA 1B32A 2HXWA 4XKPA 3V89B 4ZZAA 3CI8A 2GRVA 1FQEA 3M3KA 3IORA 4U22A 1A55A 4N07A 5TP9A 1LAXA 3ECRA 1LAHE 2DWJA 3Q28A 3ZS6A 1I6BA 3E4RA 2V3QA 2AIXA 5L8DA 2OCUA 4IO2A 4M1VA 1MY3A 4F2OA 1IITA 3IL1B 4YZZA 3OO8A 4QFNA 1MH4A 2O6AA 4U2RA 4DIGA 1JEVA 1B9JA 3PUWE 3I3VA 1RYOA 4C1TA 3U72A 4AB5A 1F9BA 4YAHX 1FW0A 3CIJA 1JW1A 5L9MA 5H8NA 3IB2A 2NXOA 2W7YA 3IOWA 2Q9TA 4RPOA 3N6UA 4F31B 1SDXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DTZA 3LSFB 1DPEA 4HE1A 4IR8A 3MW0A 3PU5A 4TQUQ 1EU8A 3RY3A 2OWTA 3CFXA 4GWSA 3TAJA 3IOUA 3MVYA 2O68A 2ZZWA 3RYDA 4BDLA 3VXCA 2ESNA 2FYIA 1OVBA 2XXIA 4X04A 1QUKA 3CRBA 4Q0CA 4LQ5A 3U92A 3PD9A 1N84A 4KI0E 2GH9A 1XHYA 4BLAA 3LV0A 3PPNA 4JVIA 4ZZEA 4XEQA 1HSLA 1LBXA 2R71A 4P8BA 1WODA 3L6HA 5I2NB 2ZNTA 1XC1A 4HE0A 4LUBA 1B4HA 1EZOA 1LFHA 1QUJA 3MVZA 3V5AA 1P1WA 2REJA 3KJ7A 1IMFA 1B3GA 3FJMA 1TWYA 1SQYA 4ISUA 4NF4B 4E0XA 4LN5A 3MP6A 3TTRA 1FRPA 3SDFA 4H65A 1CB6A 5IAIA 1FPIA 2L5VA 3BFUA 2F5XA 1N3WA 1P1UA 1IXHA 5I5PA 4ZECA 1M5CA 2ZYOA 2I0CA 2ONKE 3OO6A 2PMSA 3K0VA 2VD3A 4R2BA 4MH5A 2F7AA 1SD3A 2I4CA 2ZYKA 4NGUA 1QKBA 1MPCA 1J1NA 3W9WA 2ZZXA 2XXYA 2P3VA 2WBBA 5AA1A 3R6UA 4I62A 1FSAA 4PFIA 5TPAA 1URSA 3UORA 5H8FA 1MDP1 4Q8RA 1SI0A 1YZ0A 1RKMA 5F7VA 4R2FA 4P3LA 1URDA 4P0GA 3THIA 3T9VA 1B40A 2Q2AA 4QFOA 1Z7ME 5IGAA 3T9UA 3G3HA 4ZS9A 4U21A 4NF6B 4GXSB 4G77A 3HV1A 1IZ1A 4TLMB 5A5XB 1FQFA 2D21A 2Y7WA 2GHBA 4GQOA 2Y7KA 5ET5A 1XOCA 3K1PA 1INPA 5JTYA 2O84X 4I3YA 3T9XB 1GGGA 4OA4A 4TLLB 4EQ9A 1QULA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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