1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
3HN0A 3M3FA 1Y20A 2GHAA 5TPAA 4MFIA 2F78A 4U2RA 1B5IA 2XXPA 4OENA 2NWJA 2XXIA 4IB2A 1DPPA 1B7UA 2I4CA 4KYDA 3MZ1A 1QW0A 1CB6A 3KFMA 1B0HA 1MQJA 1Q1KA 2I3VA 1EZOA 4KYSA 2RCBA 5BUUA 1R9QA 2R71A 2PBWA 3RNNA 3K2DA 3LSWA 1B2HA 2NXOA 3FXUA 1JNFA 3EHUA 3KOTA 5DVFA 3PPQA 3S9LC 1PC3A 3PD8A 3QSLA 1JVYA 3IX1A 4Q5TA 2H4IA 4XIGQ 3Q29A 5DVJA 4BDMA 3EQ1A 4OFLA 1ANFA 2HEUA 4KHZE 2B65A 2QJEA 2KLFA 2Z8FA 1BKAA 3RPWA 1H3DA 2O84X 3IOVA 3W9WA 2UVGA 2AL4A 3O9PA 3SESA 2OLBA 1SQYA 3TKDA 1NNFA 3HV1A 1ZIUA 1ZLQA 3SEWA 3IO6A 5L9SA 2ZMBA 4MLQA 1NKXA 1Y1ZA 3U1OA 2V93A 4GQOA 4H5FA 2A5SA 2V3QA 1DOTA 2QS4A 4YZZA 1Y3PA 3H6TA 3RN8A 1SVXB 4NF4A 5DT6A 3TMGA 2IA4A 4RXLA 2A5TA 3TDJA 2I3WA 3O6IA 1UQWA 2DWJA 5AA2A 3OENA 4EQBA 4LUBA 5ICQA 1XVYA 1MXUA 1MY2A 1VFEA 4JBZA 2F36A 3ZKKA 5FHOA 4G77A 3FZVA 4TQUQ 4THIA 4AB5A 3IOUA 3RT6B 3TCHA 2PMSA 1LAFE 1GR2A 3PUZE 4DDDA 4YKPA 1B0LA 2DE4A 3Q28A 4M4GA 3R7XA 3PV0E 2QSXA 4F19A 2H5YA 1B58A 2V25A 2PX1A 3M8UA 3TTNA 2LAOA 3O29A 4ZE8A 3CFXA 3H6UA 4C0RA 3FVKA 4F1VA 3HSTA 4F2OA 3GBBA 2Q2AA 2PYYA 2QS1A 2Z8DA 4F3SA 1B3EA 2YJPA 3FD3A 1EZ9A 2XX9A 3TQLA 4R6YA 2G93A 3AXFA 1LGBC 4GXAA 1IXCA 1VR5A 1ZU0A 1I6BA 1Y4TA 3SERA 4QHQA 4ZEIA 5EHMA 3G3FA 3LBSA 4ECFA 3OD7A 3W9VA 3K4UA 3UN6A 4OQOA 3FVNA 3DM0A 2PT1A 2WKYA 1FQBA 1VE4A 3RGYA 1LFGA 5CBRA 3FGSA 2D21A 3E4RA 4G8MA 1PBPA 1R6ZA 5AA4B 4NTLA 4OETA 4NMYA 3OO9A 3VE1B 4ZZAA 3TCFA 3CFLA 4Q0CA 1B1XA 5HPQA 1M5EA 3H6VA 1XVXA 5LOMA 4NE4A 4DXUA 3O28A 4RK9A 3UP9A 2DYXA 5IAIA 1WODA 2AL5A 2GFEA 2Y7KA 3MP6A 4X9TA 2I0CA 4HW8A 4OERA 4GXSB 4MF3A 1B3LA 1H44A 5I2NB 2UVIA 4FORA 1USYE 3LSLA 2QMXA 1EH3A 1IZ1A 1B4HA 1PDAA 4IY6A 1P99A 3S9EA 4RJZA 1UTHB 3SDFA 4F3PA 4I62A 5H8FB 5I59B 3BFTA 4ZS9A 1NMUA 5L8DA 1YPNA 2HQ0A 4XKNA 4H6DA 2UVHA 4DCYA 2Q88A 4LA9A 2V3UA 4R9GA 3CG1A 2Q89A 3KN8A 4F1UA 3FJGA 4ZECA 2I48A 1B6HA 4NF5B 1O63A 4R2BA 3EHTA 3HHFA 1JW1A 1DMBA 3IOWA 5CMCA 2F34A 4XXUA 1A7LA 1SYIA 3H06B 4G2ZA 4PETA 1MY0A 3CVGA 3IR1A 3S9MC 5F7VA 1JEVA 2ONSA 1PB9A 4EQ7A 4KR5A 2F7CA 1JW4A 1MRPA 1Y1MA 3JYRA 4LZ5A 3HO7A 4OESA 2W7YA 3MQ9A 3U8QA 4Z7EA 4U1ZA 3EN3A 3K1MA 4DCXA 3KN3A 2YLNA 1IXHA 3R6UA 2DWIA 3T9HB 1DSNA 2F35A 4JXIA 5L9MA 1TWYA 4OYVA 4EDPA 2Y7WA 4DXBA 2ZNTA 3IB1A 3TYHA 2YPNA 1II5A 2FA7A 3Q27A 1MY4A 1B40A 4RPOA 5JTYB 4RK2A 5DTBA 1Z7ME 2NUVA 1TXFA 1MQHA 2GHBA 4ZEFA 2CMOA 5CMBA 2Z23A 3OO6A 5EHSA 2R6GE 3B6QA 3OELA 3KOSA 4KI0E 1OLAA 2XHDA 4BLAA 1H43A 2F97A 3U72A 1POY1 1Y4CA 2I0BA 1I6AA 1HSEA 3K6XA 1Y3NA 1XC1A 4IO3A 3USDA 1JW5A 2H98A 2VOZA 2Z22A 1XOCA 4I1DA 2O51A 4NF6B 5CMMA 3UA8A 4GL8A 1SI0A 2AYSA 4H0WA 4ZDMA 4C1UA 2O1MA 2ONRA 2DOJA 1D9VA 1B32A 1MH3A 3T9UA 1R9LA 3MZ9A 3S2VA 4H8IA 3OEMA 4BDQA 2DQVA 3GBAA 3ONMA 3QAXA 3C35A 1NH8A 3THIA 2NVUB 3SEYA 5ICTA 4EF1A 2ABHA 3MW0A 4POWA 2BJJX 3N94A 5H8HA 5AA4A 2R9JA 4NWDA 4ELPA 2AIXA 3T9VA 2PVUA 3VFJA 4E0WA 4RNSA 1NNTA 4PE5B 4ELRA 3BBRA 1IXIA 3OO7A 1HSLA 2ZXTA 1LBCA 1POTA 1TFAA 5KZTA 4GFRA 5A5XB 3R26A 1FQEA 1LBBA 3ZKLA 4YMBA 2HAUA 2ZYOA 4IGRA 4G68B 1VFDA 4WXJA 4OZ9A 1LCFA 1LAHE 1BLFA 4E0XA 1N76A 4F3GA 5I2NA 2HAVA 1MPBA 2E1SA 2RINA 4OHNA 4YKIA 1CE2A 4XTCQ 3PD9A 2O7IA 3SEVA 2ZNUA 5AA3A 1HSJA 4KQPA 3IOTA 1NL5A 1UTHA 3RTWB 5H8FA 2XX7A 5I59A 3IORA 3CG3A 4QSEA 3E9XA 4RPNA 2Y7IA 5TP9B 4YU0A 3TTMA 4TOZA 1FQCA 4I8CA 2F6PA 4EQ9A 4R6KA 4FEBA 1JQFA 3GLBA 1URGA 3M3KA 2QS3A 5FHNA 1D4NA 1WDNA 3QYTA 4H5GA 1ZKBA 4LZ8A 3CFZA 3C36A 2HFBA 3C9HA 3VDFA 4NF5A 5FTIA 1IITA 1ZMGA 3K02A 3I5OA 3MJNA 3PU5A 1NNKA 3KEIA 1SD3A 3GXAA 3VVDA 1JVXA 1S9TA 1URDA 2OZZA 1TFDA 4BDNA 1FTKA 1LAXA 4MLVA 3PPNA 3CI8A 3BFUA 4C1TA 3TCGA 1OQHA 4HCWA 4F29A 4QFPA 3IB2A 2DWAA 1PBQA 4IO2A 5JK4A 1UIVA 3JZJA 4LZ7A 3B6WA 3V8XB 3I6VA 1ZJLA 3M3LA 5AA2D 2O6AA 3FXQA 1B3HA 3MVWA 5K2XA 3G3JA 5F1QA 3ECRA 3JV9A 3FJ7A 4QF9A 1Q35A 1Y9UA 1B7ZA 5I2KB 2HZLA 2I49A 1P1NA 5H8NB 1A55A 3H3GA 3PMXA 1O7TA 4LATA 1B3GA 1OMPA 2I4BA 4JWOA 3VVFA 4YB7A 4WEDA 5JTYA 2XX8A 4PFTA 5CRYA 4F1YA 1B5JA 2X26A 3VVEA 5I58B 3N6UA 3PPOA 3MBPA 3LUYA 5JEIA 4HCYA 5I57B 3VXCA 3OXNA 4POXA 3O66A 3G3HA 2DE3A 4OVJA 4QFNA 2VD3A 1ATGA 2RC8A 1US5A 4ZEBA 3T93B 4NF6A 3C4MA 3K6UA 5ITPA 1USYH 4JB7A 5I56B 3E13X 4QRZA 3VV5A 3PUXE 3PMVA 2Y7RA 2ZYMA 2OWSA 3PUYE 3EF7A 3K6VA 1I69A 4LP2B 3MC2A 1RKMA 5ISUA 1N3XA 4R2FA 4OFOA 4ESXA 2XD3A 4EUOA 5B70A 4R74A 3B7DA 1UTBB 3C31A 1IXGA 1M5FA 1P1QA 3P7IA 4IY5A 1NNPA 1JETA 1ZBMA 4R72A 4LVQA 4U23A 3E3KA 4F2QA 2XXTA 4H65A 4PFWA 3FASA 4H67A 3MPKA 2ESNA 3L6GA 1FW0A 4XKPA 3KJTA 4K3FA 4UA8A 1MS7A 5DVIA 2QRYA 3K6WA 4DLDA 1SW5A 4GL0A 2XXVA 3TTLA 4ZEDA 1AIVA 3RUMA 3MVYA 1FTJA 4GVOA 4Q8RA 3T96B 1FQFA 3T22A 3OOAA 4HTGA 1RYOA 1MXYA 4ZZEA 4YKJA 3H4ZA 1XHYA 3LSXA 3TTKA 4XKRA 1I6QA 4BDLA 1D9YA 4GIZA 4G8HA 3V89B 1URSA 3Q25A 5TP9A 5CMKA 3KZGA 1B5HA 2F5XA 1AMFA 1M5CA 4FEDA 4JDFA 3TZAA 4IO4A 3SEUA 3MUQA 3TUSA 4GWOA 3W15C 4FAJA 3SETA 4MH5A 4PFUA 1MY1A 4AQ4A 2H25A 1OVTA 5J1DA 3OMBA 1LFIA 4R73A 5EYFA 5CBSA 2QPQA 3IK6B 4QFLA 2QL3A 2FYIA 3O6HA 1IUDA 3B6TA 2D3IA 2RC7A 4GOTA 2RC9A 1QUKA 4R6HA 2Q8JA 4FJPA 3K01A 4F3BA 1N04A 4YAHX 4IO7A 1MH4A 2F8DA 4F22A 4WEPA 3U93A 3V83A 3D4GA 1MM6A 4ZEKA 2DWHA 1QVSA 3UORA 4EXLA 4BDRA 4LQ2A 2Y7PA 1MQDA 3QUJA 2FNCA 1EU8A 1MXVA 3H7MA 3UGWA 1Y3QA 1GVCA 1LFHA 3CRBA 2QS2A 2XD2A 5I2KA 4WKMA 3U92A 3K00A 3SKPA 2DP8A 2DE2A 3O6GA 4H8JA 5H8NA 3MVXA 5BWJA 3KSXA 4AB6A 1MG1A 3PMWA 5IKBA 4JWYA 4P11A 3HPIA 2DSFA 1AOVA 2X7PA 1GGGA 3MWBA 1EZPA 4ONYA 3RLFE 3CR9A 1S50A 2VD2A 2OJTA 4PP0A 2RCAA 5I58A 3EPEA 4FECA 5I57A 1LB9A 5CC2A 1VSOA 4ELQA 2F6GA 4IO5A 2UYEA 4KD5A 3IB0A 1F9BA 4QSCA 2XXWA 3G3KA 4BDOA 1P1OA 4Z0IA 2O1LA 1P1UA 2B3BA 2XXHA 5KCJB 1A8FA 3LSFB 3BKIB 3UIFA 4RY1A 1MQGA 3HHGA 3VLVA 4N6PA 4KYEA 2ONKE 3UK4A 3FVOA 4LQ5A 3RY3A 3FUZA 1FTOA 1M5DA 4MBPA 3TPAA 1UTBA 3F11A 3ILTB 1AL3A 4YICA 3CSGA 2O69A 5DEXB 4KFQA 3T9XB 2I6EA 4OEUA 3PUWE 4F18A 2X7QA 1PEBA 1FQDA 4PQJA 1RYXA 1IIWA 3IO4A 4PFYA 4DXCA 2REJA 4EF2A 4U22A 1FQAA 1QUJA 3S4UA 2P2AA 4OEVA 2UYFA 3G3IA 3KJ7A 2HZKA 1YCJA 2Y84A 4OFJA 5L9OA 5KDTB 3FXRA 2DS9A 5CM6A 1OQGA 1S7YA 3C34A 3S9NC 3KGCA 1GTKA 3ZS6A 4DE8A 5FHMA 4JSDA 1XT8A 3A09A 2XXQA 1YTVA 1H76A 4P0GA 3C32A 2ANJA 1GV8A 4YMAA 4NWCA 2HXWA 4N13A 1PB7A 1LB8A 4R75A 3L6HA 3FV1A 1OLCA 3DP6A 3DELB 2UVJA 4ZE9A 4U4SA 1N3WA 3H6WA 1DTGA 1TT1A 5I84A 4I9DA 2REGA 3TEPA 5FTHA 3IJOB 1B9JA 3ZSFA 4QSDA 2VGQA 1DTZA 3PUVE 1PB8A 2H9BA 1FTMA 2RKMA 4G8NA 2QMWA 4X1BA 1IEJA 1MPCA 2VHAA 3D4CA 1SYHA 4FATA 4H1XA 3PPRA 1M5BA 1SW4A 2UXAA 1L5TA 2ZNSA 4ND9A 3FIRA 1D3KA 3OSRA 4IGTA 1SI1A 4QFKA 2OK2A 3EHSA 3T66A 4KCDA 5TU0A 2OBGA 5H8QB 4OTEA 4O3CA 1R1NA 4G4PA 3QXMA 1KWHA 1B7HA 1LLSA 2THIA 4HS7A 3TELA 4GRKA 3FVGA 4OMBA 3IL1B 4NF8B 3WAFA 5AA1A 3QUFA 1QULA 1N0TA 3OEKA 4DIGA 3TFLA 3TQWA 5B7DA 3RQTA 5TPAB 1OIBA 5H8HB 2Q2CA 2ALUA 3ODBA 4M1VA 1MXWA 3H03A 1MY3A 5ELVA 2P1SA 4JWXA 4O3AA 4JSOA 2Q9TA 2HCAA 3LR1A 2P0SA 5ITOA 1YAEA 2DXYA 5HM4B 2PT2A 1XS5A 4U4XA 4OXVA 3RTFB 4Q30B 3N5LA 1QKBA 3TTRA 1LCTA 5KCJA 3U94A 1QKAA 4F31B 3CSBA 2IEEA 4UACA 3KN7A 5A5XA 2CZLA 4P0IA 5K2YA 3TAJA 4DZ1A 1BIYA 2M8CA 1SDXA 3MVZA 4G68A 2VP1A 3I3VA 3DP8A 1MM7A 1MDQA 3K0VA 1UIUA 2O7UA 3KG2A 1A40A 4L17A 3O2AA 3FJMA 4FIMA 1MPDA 5DEXA 2G29A 1IQ7A 1NFTA 4N07A 4OWDA 3PPPA 4KCCA 4RA1A 2ZYKA 3RT8A 3PGFA 3ILUB 4RYAA 4GLIA 1SW1A 5HBCA 1ZTYA 2F7BA 2O68A 2NOOA 4IO6A 4KPTA 1MDP1 4EXKA 4NEDA 3OSQA 2XXXA 3V5AA 3QK6A 1P1WA 1N7XA 4FE8A 1BTJA 2H99A 1LSTA 3MPLA 3MP8A 1B52A 3K1PA 3QIMA 5H8SA 5KDTA 3C33A 3IAZA 1WVJA 4NF4B 1QUIA 1H45A 5AE4A 2A5TB 1MXXA 1B05A 4YB6A 1JEUA 1B46A 5AA2B 2GH9A 1US4A 3DLNA 5CI5A 3MZBA 4GD5A 3FV2A 2B3FA 1AH5A 2GRVA 3FATA 1MXZA 2D5WA 2DVCA 4YKKA 3N6TA 4ESWA 3A3UA 3G3GA 4YB5A 5M2VA 1N7WA 3GZGA 3SEXA 2Z8EA 3MAMA 1BP5A 2E0SA 1J1NA 4G68C 3VXBA 1DPEA 1B51A 4TLMB 3WAEA 2XXRA 1SBPA 1T0KA 3Q26A 1MQIA 1SW2A 1B3FA 5DYHA 3TODA 2F7AA 3K1NA 3LC8A 4U1OA 1ELJA 3DP4A 4LONB 4X48A 3O97A 1FTLA 4ELOA 1B1HA 2V3TA 1QJMA 3N26A 1NH7A 4ISUA 2V84A 3A3CA 2RF1A 4F39A 5H8QA 3MP1A 4GF8A 2OWTA 2XXYA 2I58A 3IJXB 3VLUA 4O3BA 3KSJA 4QFOA 1LAGE 4U21A 3G7WA 1N84A 2XXUA 1OVBA 1B4ZA 1A54A 2DVZA 4TLLB 2ZYNA 1A8EA 3OO8A 3HCQA 2DXRA 1Z7NE 4NF8A 2OCUA 3KBRA 3VLWA 4XKQA 5I56A 1A99A 4X1DA 1FCKA 1O64A 3CIJA 4R9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IMCA 3HN0A 3M3FA 1Y20A 2GHAA 5TPAA 4MFIA 4QXDA 2F78A 4P8BA 4U2RA 1B5IA 2XXPA 4OENA 2NWJA 2XXIA 4HE0A 4IB2A 1DPPA 1B7UA 2I4CA 1NUXA 4KYDA 3MZ1A 1QW0A 1CB6A 3KFMA 1B0HA 1MQJA 1Q1KA 2I3VA 1EZOA 4KYSA 2WBDA 2RCBA 1NV0A 5BUUA 1R9QA 2R71A 2PBWA 4OVRA 3RNNA 3K2DA 3LSWA 1B2HA 2OX3A 2NXOA 4MCOA 3FXUA 5EYGA 1JNFA 3EHUA 3KOTA 5DVFA 4GX3A 3PPQA 3S9LC 1PC3A 3PD8A 3QSLA 4DI3D 1JVYA 3IX1A 1NV2A 4Q5TA 2H4IA 4XIGQ 3Q29A 5DVJA 4BDMA 3EQ1A 4OFLA 1ANFA 2HEUA 4KHZE 2B65A 2QJEA 2KLFA 2Z8FA 1BKAA 3RPWA 3FBPA 1H3DA 1KA0A 2R8TA 1LBXA 2O84X 3IOVA 3W9WA 2UVGA 2AL4A 3O9PA 2CZKA 4I3YA 3SESA 2OLBA 1SQYA 3TKDA 2WBBA 1FPKA 4P47A 1NNFA 3HV1A 1ZIUA 1ZLQA 3SEWA 1NV4A 2XXKA 3IO6A 5L9SA 2ZMBA 4MLQA 1NKXA 5I5PA 1Y1ZA 3U1OA 2V93A 4GQOA 4H5FA 2A5SA 2V3QA 1DOTA 2QS4A 4YZZA 1Y3PA 3H6TA 3RN8A 1SVXB 4NF4A 5DT6A 3TMGA 2IA4A 4RXLA 2A5TA 2FBPA 3TDJA 2I3WA 3O6IA 1UQWA 2DWJA 2MKZA 5AA2A 3OENA 4EQBA 4LUBA 5ICQA 1XVYA 4OA4A 1MXUA 1MY2A 1VFEA 4JBZA 2F36A 3ZKKA 5FHOA 4G77A 3FZVA 4TQUQ 4THIA 4AB5A 3IOUA 3RT6B 4PTKA 3TCHA 2PMSA 1LAFE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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