2ONRA

Crystal structure of a. fulgidus periplasmic binding protein moda with bound molybdate
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
GHMNVKLKVFHAGSLTEPMKAFKRAFEEKHPNVEVQTEAAGSAATIRKVTELGRKADVIATADYTLIQKMMYPEFANWTIMFAKNQIVLAYRNDSRYADEINSQNWYEILKRPDVRFGFSNPNDDPCGYRSLMAIQLAELYYNDPTIFDELVAKNSNLRFSEDNGSYVLRMPSSERIEINKSKIMIRSMEMELIHLVESGELDYFFIYKSVAKQHGFNFVELPVEIDLSSPDYAELYSKVKVVLANGKEVTGKPIVYGITIPKNAENRELAVEFVKLVISEEGQEILRELGQEPLVPPRADTAVPSLKAMVEVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Ligand binding protein
molecule keywords UPF0100 protein AF_0094
publication title Structure of an ABC transporter in complex with its binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Archaeoglobus fulgidus dsm 4304
total genus 112
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onrA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onrA02
3C35A 4QFNA 1FQCA 3OD7A 2A5TA 1FW0A 2P1SA 2R71A 5I2NB 2XXVA 1MY4A 1LAHE 1SW2A 4MLQA 3ILUB 1MY1A 3R6UA 1EH3A 3H03A 2Z23A 1OVBA 3T66A 4U23A 3OXNA 4G68C 3L6HA 1VE4A 4ZEKA 2DP8A 4H6DA 5L9OA 3CFLA 4IO6A 3BFTA 4KYEA 3H6TA 4LZ7A 1EZ9A 3N94A 3VLUA 3RTWB 4G8MA 3MC2A 3QYTA 3L6GA 1A40A 3EHSA 4F3GA 1DMBA 1FTMA 4IY5A 2Q89A 1XS5A 4WXJA 3IJXB 4POXA 4XKQA 1FQEA 1MY3A 4R6YA 1AIVA 3GLBA 4NF5B 1AL3A 1GR2A 4LQ2A 4G68B 1ELJA 4YZZA 3Q26A 3OENA 4DLDA 5EHMA 1LB9A 5CBRA 5TP9A 3UA8A 1Y1ZA 4R2BA 3K00A 4BDNA 1Y4CA 1JW5A 3VXCA 3K2DA 5CMKA 4XKRA 4AQ4A 3TCGA 3SERA 3HV1A 3T96B 4RPOA 3IJOB 3TYHA 1BLFA 1MPCA 3LSFB 3V5AA 1UTBA 3S9NC 3Q28A 1B5IA 3FVOA 3G3IA 4JWOA 3O2AA 3RTFB 3KSJA 1Y3QA 1D9VA 1GTKA 2OBGA 3TODA 4KYDA 5KCJB 1MPBA 3IOVA 3IB0A 4HCWA 5H8HA 4BDMA 1SW4A 4F3PA 3OELA 3U94A 4I8CA 1NL5A 3MJNA 1JVXA 4F39A 1DPPA 3PMVA 1H3DA 3H6UA 2V3QA 1M5FA 1B5JA 1B7ZA 1OQGA 5L9SA 2Q2AA 1VFDA 4YMAA 3B7DA 2AYSA 3OO9A 5FTHA 5AE4A 4O3AA 4DDDA 3W9VA 3TDJA 4AB6A 4RK9A 2F5XA 4LA9A 4PFYA 4ECFA 3S4UA 4QSCA 3EPEA 1DPEA 4JWXA 2YLNA 4BLAA 3VDFA 1JETA 3SEUA 2F78A 4FEDA 3T9VA 1NNKA 1LFGA 3TTLA 4F3SA 1SI1A 5H8FB 3TELA 3IB1A 5KDTB 1B7UA 1Q35A 4FORA 1SYIA 3O29A 2F36A 1URSA 2B65A 3KOTA 3PUWE 1LLSA 2UXAA 2WKYA 2YJPA 4E0XA 3G3FA 3T22A 3UORA 4MH5A 4PE5B 1S7YA 1VR5A 1MH3A 5JEIA 2B3BA 2G93A 3TKDA 1SVXB 2O1MA 3S2VA 3ECRA 1VSOA 1XOCA 2O7IA 4DIGA 5DT6A 3H06B 4YKPA 3PPNA 4MBPA 4JXIA 4LZ8A 1AH5A 2E0SA 2ZYNA 2O84X 2OCUA 5I2KA 5AA2B 2F6GA 1SD3A 2I4CA 2ONKE 3IORA 4EDPA 1MQJA 1GVCA 1US5A 3EF7A 2OLBA 3FASA 3G7WA 2NVUB 2DWIA 1OMPA 3HO7A 1USYH 3H6VA 2XX9A 3DM0A 5I59B 2DE4A 2UVJA 2ZYMA 4F18A 4QFKA 4K3FA 2NOOA 3O9PA 4H0WA 1M5BA 3LSXA 1M5DA 2Y7RA 3KFMA 1SW1A 2DWAA 3FXRA 4JWYA 3BKIB 4ZDMA 2DXRA 1MS7A 1JEUA 1Z7ME 5HPQA 3VLVA 5H8QA 5DEXB 4U21A 3LUYA 1PB7A 1MQHA 3WAEA 2X7PA 5J1DA 1FQDA 3HHFA 4ZE8A 2A5TB 1PBPA 5IKBA 4OVJA 1B0HA 4ESXA 1P1QA 1JNFA 3USDA 3MZ1A 5JTYA 3HN0A 3GZGA 4YAHX 2ZNUA 4WEDA 2D3IA 1CE2A 1B3LA 3PMXA 5B7DA 3OO8A 1P99A 4C1UA 5BWJA 3G3GA 5H8NA 3IOUA 3A09A 3I3VA 4RNSA 5I57A 4R75A 5ITPA 1ZMGA 3RQTA 1I6BA 4MFIA 1D9YA 4OZ9A 3E9XA 3QUJA 1MM6A 2YPNA 2I3WA 2XXPA 3TTNA 5FHNA 3MVYA 4X48A 1ZJLA 4H8IA 3VXBA 4Z0IA 3C31A 2RKMA 4NF6A 4GD5A 2O68A 4P11A 3TTKA 3SEVA 3CI8A 5TP9B 2Y7WA 4BDRA 1IUDA 2DQVA 1MXUA 5FHOA 5IAIA 1O63A 3K1MA 1OVTA 1N3WA 2F8DA 3PV0E 1H76A 4PFWA 2R9JA 3QSLA 1UTBB 1US4A 2PX1A 2QMXA 4OFLA 1YPNA 3UP9A 1B46A 2Y7IA 2Y84A 1IXGA 2XD3A 4QFPA 3UK4A 3HPIA 4NE4A 5H8HB 2P2AA 2ZMBA 3KGCA 2X7QA 3H4ZA 3O28A 3IO6A 1JQFA 3OEKA 4QRZA 4EQBA 2V3UA 1DSNA 1MQDA 4LQ5A 4GL0A 4YU0A 3PPOA 4FE8A 1NNPA 4HS7A 1SDXA 2ANJA 3K6XA 2DE3A 1LFHA 4R9FA 4LP2B 3TZAA 4OFOA 2UYFA 4XKNA 3W15C 2XXHA 4U4SA 1N7WA 3DELB 3K1NA 1R6ZA 4EF2A 4ESWA 4UA8A 2XXUA 1LAFE 3OMBA 1HSJA 5DTBA 5I84A 2DE2A 2O1LA 5DVJA 2XXYA 1RYXA 5L9MA 2HCAA 4PETA 2ZYKA 3MWBA 3PGFA 3DLNA 2ALUA 4JSDA 5LOMA 1MY2A 1IEJA 1WODA 5DVIA 1EU8A 3R7XA 1MXYA 2Z8EA 2NUVA 4NEDA 3BBRA 4OXVA 4R6HA 4WKMA 4U22A 5CM6A 1NNFA 2OWSA 2P0SA 4RK2A 3OSRA 3E13X 1PB8A 4AB5A 3K4UA 1NFTA 1MQGA 4ZEBA 1B5HA 1FQAA 1B0LA 2ONRA 2QRYA 3U72A 4R74A 4GOTA 2F97A 4XTCQ 1N76A 5AA4A 1QUKA 2DVCA 4FECA 4O3BA 3DP6A 4C1TA 5I2KB 2VD2A 1B1HA 3MUQA 4NMYA 5B70A 2B3FA 3FV2A 1B3FA 4MLVA 3IO4A 3VVEA 3FZVA 2AIXA 5DYHA 3FIRA 3TMGA 1BIYA 2GFEA 1TWYA 1SI0A 2I48A 2I0CA 1WVJA 2THIA 1OIBA 4FAJA 4ZE9A 4Q30B 4IO5A 5I58A 4YKJA 4DXCA 1ZU0A 1B05A 2HAUA 1B3HA 3ONMA 2H5YA 4Q5TA 1B51A 4ZECA 1MY0A 3KOSA 3FATA 3CR9A 5CC2A 5ELVA 2HQ0A 2AL5A 4I1DA 3U92A 4U2RA 2O7UA 2D21A 1B6HA 1SYHA 1IITA 3C32A 3MVWA 5TPAA 1BP5A 3U93A 1VFEA 4G8NA 1OLAA 1JVYA 4KCDA 2O69A 3TAJA 3LC8A 1ZBMA 2PVUA 4G8HA 3RLFE 5AA1A 3VE1B 4G2ZA 3FGSA 5I2NA 3OO6A 2V93A 4NF8A 1NH7A 3K1PA 1N04A 4DXBA 1LSTA 4GQOA 2PBWA 1CB6A 4IY6A 1B3GA 4TLMB 4OEVA 2XXQA 5I56A 3SEYA 5H8NB 3Q29A 3E4RA 3VVDA 4OYVA 4QSEA 5I57B 2PT1A 3CFZA 5K2XA 3W9WA 4YMBA 1FQFA 2F35A 4F31B 4IB2A 1I69A 1MXZA 4TOZA 2O51A 2XXIA 4NF6B 2XXWA 4PP0A 3SDFA 1A7LA 3H7MA 3ZS6A 1UTHB 2W7YA 4QFOA 3O6GA 4U4XA 2PT2A 1N84A 2ZXTA 3CSGA 2GHBA 2HEUA 1KWHA 3MPLA 1LBCA 5AA2D 2I49A 1UIUA 1MM7A 2AL4A 3A3CA 4H1XA 2DXYA 4TQUQ 4G77A 3F11A 2HAVA 4E0WA 4JSOA 3KG2A 3SKPA 1O64A 2Y7PA 2Q88A 2Z8DA 3FD3A 3JZJA 3MVZA 4RJZA 2Y7KA 5CRYA 1M5CA 1DTZA 1I6AA 1YTVA 3Q25A 1A54A 3TEPA 4FIMA 1IXIA 4HCYA 4YKIA 1B40A 4M1VA 1LCFA 1XT8A 1T0KA 1QKBA 3D4CA 1POY1 4U1ZA 3HSTA 4KYSA 1IXHA 1R9LA 1SW5A 1PBQA 4BDLA 1UIVA 4ZEFA 4OERA 1BKAA 2QS3A 2H25A 3MP8A 5JK4A 1P1UA 3T9XB 3CSBA 4F1YA 3RT8A 3VFJA 4F2QA 3V89B 2PYYA 4TLLB 2RC7A 1N7XA 2M8CA 5L8DA 2VHAA 5A5XA 1NKXA 1PEBA 2UYEA 1LBBA 3R26A 1M5EA 4JBZA 1RKMA 1XVXA 1HSEA 3V83A 3T9HB 2KLFA 3RNNA 1XC1A 4H8JA 4BDQA 3KZGA 3CIJA 3FVNA 4JB7A 2R6GE 5CMMA 4YICA 3GXAA 3M8UA 4R73A 1P1NA 5DVFA 4YB7A 3MP1A 1R9QA 1AMFA 4OETA 2XXRA 2F6PA 1B4HA 1H45A 3EN3A 4ZZEA 5ICQA 3VLWA 2UVGA 4QFLA 3IX1A 4DCYA 2HXWA 3N6TA 1QKAA 4POWA 4DE8A 4EQ9A 3GBAA 4GRKA 3K0VA 1HSLA 4ONYA 2OJTA 2I58A 2HZKA 1FTKA 1AOVA 1PDAA 3VV5A 4ZEIA 2H9BA 2LAOA 1YCJA 4KR5A 3G3KA 4KFQA 1IIWA 1IXCA 4QHQA 3U8QA 4X9TA 3PU5A 1QVSA 1RYOA 4LUBA 5AA4B 4I62A 3SESA 3MPKA 2QJEA 3MQ9A 2RCAA 3LBSA 4O3CA 1NNTA 2DYXA 1H44A 1MDP1 3KEIA 3TCHA 1B58A 3FJ7A 2ONSA 1F9BA 3ODBA 1PB9A 2A5SA 5BUUA 4ZEDA 1DOTA 5I58B 3RT6B 1LGBC 3PMWA 1SBPA 4DCXA 4YB5A 1MDQA 4ELQA 5FTIA 1MH4A 2RC9A 4NWCA 2H98A 3WAFA 4HW8A 4X1DA 3LSWA 1MXWA 2GHAA 5TPAB 1B7HA 1IQ7A 3IAZA 2FYIA 3VVFA 1URDA 2H99A 3DP8A 4ISUA 4NF4A 5ITOA 1SQYA 4WEPA 3TFLA 4EQ7A 1OQHA 1TXFA 1A8FA 4R9GA 1TFAA 4RY1A 3CG1A 1MRPA 3FUZA 1GV8A 1PC3A 4GL8A 4RPNA 4NF8B 4X1BA 1ANFA 4N07A 3RPWA 1JW1A 3THIA 2DWJA 3K6WA 5KZTA 3FVGA 5I56B 1Y4TA 3I6VA 1Q1KA 1USYE 3FXQA 3RUMA 1QUIA 1POTA 3C4MA 4ELRA 3MP6A 2E1SA 3AXFA 1L5TA 3N5LA 2F7BA 1B4ZA 2UVHA 3K6VA 3UGWA 3IB2A 4GWOA 3E3KA 3O6IA 3T9UA 3C33A 1MXXA 1QW0A 5ISUA 2DOJA 4THIA 3B6WA 1N3XA 4KHZE 3MVXA 3Q27A 4NTLA 4UACA 2V25A 3S9LC 1NMUA 1Y20A 1ATGA 3BFUA 4F19A 3IL1B 2VP1A 5FHMA 4GXAA 3P7IA 4DXUA 2ESNA 3PPQA 3DP4A 2VD3A 5M2VA 2VOZA 2UVIA 3TUSA 3ILTB 4N6PA 3FXUA 1Y3PA 4KPTA 3LSLA 4F1VA 4OHNA 4F29A 3QK6A 4MF3A 2XD2A 5H8SA 4GIZA 3H6WA 3UIFA 1LCTA 1MQIA 3CRBA 2NWJA 1QUJA 2F7CA 4OEUA 5AA3A 4IO4A 4GLIA 4G4PA 4OQOA 3MZ9A 2ZYOA 4YB6A 2XXTA 2Q2CA 2QPQA 2CMOA 4OENA 1EZPA 1TT1A 4C0RA 2QS1A 3KN8A 3PPRA 2REJA 4QSDA 4GF8A 3PUXE 4IO2A 1NH8A 5H8QB 3O66A 1QJMA 3U1OA 4JDFA 5A5XB 3KJ7A 3MW0A 4HTGA 3FJGA 3RGYA 1FCKA 4I9DA 3IOWA 4FJPA 2DSFA 4OWDA 4RYAA 3G3JA 4GXSB 5JTYB 4Q8RA 2VGQA 3KBRA 1ZLQA 4R6KA 3EHUA 3A3UA 3FJMA 1UQWA 3KN3A 4F22A 3O97A 2QL3A 3CG3A 5CMCA 1J1NA 2V84A 4OFJA 4FATA 3LR1A 5CI5A 3GBBA 2IEEA 1B2HA 3IOTA 3RN8A 5ICTA 1URGA 1FTOA 4XKPA 2DVZA 2OZZA 3S9MC 5HM4B 1LFIA 2FNCA 3KJTA 4KQPA 1B3EA 3TQWA 5EYFA 4OESA 4ZS9A 4NF5A 3PPPA 4LZ5A 4G68A 1MPDA 4PFTA 3OEMA 1ZKBA 4LATA 3K6UA 3MBPA 3SETA 2RCBA 3ZSFA 3M3LA 4NWDA 3FVKA 1P1WA 3H3GA 1JW4A 2Q9TA 4YKKA 2I0BA 3C36A 1B52A 4XIGQ 4P0IA 3RY3A 3ZKLA 3OO7A 3CFXA 2ABHA 4R2FA 4LONB 4EXKA 1MXVA 2Q8JA 3T93B 3TPAA 2GH9A 1LB8A 3JYRA 2GRVA 5TU0A 3CVGA 3PD8A 2H4IA 5KCJA 2PMSA 3EQ1A 1LAXA 4DZ1A 2ZNTA 1O7TA 3TTRA 3C34A 4OMBA 1BTJA 3HCQA 3M3KA 4EXLA 1JEVA 2I3VA 1GGGA 4XXUA 4QF9A 3QUFA 5HBCA 3K01A 1QULA 1DTGA 2IA4A 4RA1A 4RXLA 3G3HA 1EZOA 4NF4B 2HFBA 4H5GA 3K02A 4ND9A 2OK2A 4LVQA 3TCFA 1Y9UA 1A55A 3KSXA 4Z7EA 1XVYA 1FTJA 1II5A 2RC8A 3UN6A 1R1NA 4EF1A 1H43A 3SEWA 1XHYA 2NXOA 4PFUA 3EHTA 3C9HA 3HHGA 2F7AA 2XX7A 5H8FA 1D3KA 5CMBA 2Z8FA 3JV9A 2QS4A 3SEXA 5KDTA 1I6QA 1ZTYA 4IO3A 3PUVE 3B6QA 2I4BA 2BJJX 2XXXA 1FTLA 3QXMA 2O6AA 3IR1A 3S9EA 2G29A 2ZNSA 4ZZAA 1D4NA 2HZLA 1S9TA 1FQBA 3ZKKA 4Q0CA 5CBSA 1Y1MA 4H65A 1TFDA 2QSXA 4L17A 4KCCA 1P1OA 1B1XA 3D4GA 3I5OA 2D5WA 1N0TA 5EHSA 1OLCA 3KN7A 1LAGE 4R72A 3N6UA 4ELPA 1UTHA 3MZBA 2FA7A 1B9JA 1YAEA 3PUZE 1A8EA 1IZ1A 2XHDA 4GVOA 2QS2A 4P0GA 4PQJA 3TTMA 4IGRA 5AA2A 5F7VA 3PUYE 1MG1A 3V8XB 2V3TA 1Z7NE 2F34A 2DWHA 1Y3NA 5F1QA 4BDOA 3MAMA 2DS9A 3O6HA 3QIMA 4KD5A 2I6EA 2RINA 2REGA 4U1OA 3OOAA 3M3FA 4N13A 1S50A 2Z22A 1ZIUA 4H67A 1A99A 5I59A 4IGTA 4F2OA 4M4GA 4F1UA 5K2YA 1WDNA 3QAXA 4IO7A 2QMWA 2OWTA 4KI0E 4OTEA 2XX8A 4F3BA 4H5FA 3N26A 3PD9A 3FV1A 3TQLA 3IK6B 2CZLA 4EUOA 3OSQA 1B32A 4ELOA 2RF1A 3B6TA 2X26A 4GFRA 5DEXA 4FEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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