3S9EA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand binding domain in complex with (s)-glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
256
structure length
253
Chain Sequence
GTNRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 3
publication title Binding site and interlobe interactions of the ionotropic glutamate receptor GluK3 ligand binding domain revealed by high resolution crystal structure in complex with (S)-glutamate.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 253
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA02
3VLWA 4GQOA 4MFIA 1TFAA 3L6HA 4O3AA 2B3BA 4ELOA 4H8JA 2XXRA 1DTGA 1QJMA 4H1XA 3LSWA 4F2OA 5I59A 3DELB 2E1SA 4ZEKA 4THIA 3IOTA 4X48A 2NVUB 1MDQA 1FQBA 2ALUA 1UIVA 2I0CA 4U4SA 3HSTA 1GVCA 3T9VA 5L9OA 1WDNA 1B5IA 4G8NA 3QK6A 4KHZE 1N04A 4ESWA 4OVJA 3CFZA 3UIFA 1SW1A 1P99A 1A99A 4H5FA 2X26A 1IITA 3VV5A 1USYE 3C31A 3CR9A 1US4A 5I58B 1P1NA 2ZNTA 1LAGE 2Q88A 3MVWA 3OXNA 1B40A 1O63A 2R6GE 3PPRA 3G3KA 3ILUB 4POXA 2DOJA 4IO4A 1LAXA 3FVGA 1H45A 1LB9A 2R9JA 4M4GA 4DDDA 3KG2A 2E0SA 1VR5A 3GBAA 4GXAA 4AB5A 3RT8A 1USYH 2X7QA 1JVYA 3K6UA 1NNKA 4R9FA 2VP1A 1FQAA 4G2ZA 4EQBA 3PGFA 2OJTA 3TTKA 4YKJA 4H67A 3A09A 1O64A 3I6VA 4RNSA 3K1NA 4GXSB 2Y7IA 1MY2A 1FQDA 3KOSA 2QS3A 4U1ZA 5JTYA 3TCGA 3TEPA 4JBZA 3SEWA 3ONMA 3I5OA 4O3CA 2HCAA 1B3EA 4I1DA 1YAEA 1QW0A 1H44A 1US5A 4P0GA 2Y84A 2NUVA 1IXGA 1NL5A 3T66A 1B3LA 2QS2A 3IB0A 4MLQA 1LSTA 4MBPA 4NF6B 3N6TA 3I3VA 2XXHA 1XHYA 4LVQA 4I62A 1GV8A 2G93A 2XX9A 4NF8A 1R6ZA 4GOTA 2PMSA 3OSRA 1ZLQA 4QFPA 2D5WA 5F1QA 4OERA 4RY1A 4GWOA 4GL0A 4LZ7A 1ZJLA 4ZE8A 3RT6B 3IR1A 1SYIA 5ICTA 3FIRA 3N94A 2OWTA 4L17A 5A5XB 3SEXA 1A8EA 3TCFA 3A3UA 3BFUA 3DLNA 5I2KB 3E3KA 4NMYA 1LLSA 3W9VA 3UA8A 5H8SA 1I6BA 3G3FA 3TTLA 1MXUA 4KQPA 4FE8A 1B3FA 4YICA 2P0SA 1N3WA 4IO2A 5KCJB 1MM6A 1RKMA 2NXOA 2DSFA 2Y7KA 1FW0A 3RN8A 2DS9A 4QSDA 4RPOA 4DZ1A 1BTJA 1VE4A 2RINA 3K02A 3MW0A 1J1NA 3FV2A 1PB8A 4ELPA 4DLDA 1ZIUA 4HW8A 1DOTA 4PETA 4NE4A 2UXAA 2GHAA 5I59B 3IJOB 1UTHA 1MH3A 3D4GA 4LZ5A 4PP0A 4RPNA 4YZZA 3U1OA 3EF7A 3OD7A 4ZEIA 5AA2B 3CSGA 5KDTA 4GL8A 3DM0A 5AA4A 4F19A 3CFXA 4IY5A 1URDA 4H5GA 5CBSA 3MJNA 4IGRA 3EQ1A 1OLCA 5L9MA 3TYHA 1M5BA 4WXJA 2H4IA 3U8QA 3OO7A 1MXZA 4Q0CA 1VSOA 5B70A 4F3PA 3IOVA 2VHAA 4WEPA 3T96B 1KWHA 3T22A 1HSJA 1XT8A 1I6AA 4LQ2A 4H8IA 4FIMA 1MXYA 2RC9A 2HXWA 5EHSA 4PQJA 1SBPA 3QAXA 1NFTA 3DP8A 5BWJA 3N5LA 3D4CA 4OFJA 2DWAA 4U22A 3N26A 1MG1A 3O97A 1JNFA 2XXPA 2H99A 4YAHX 3S9NC 2V84A 2RCAA 4GIZA 4BLAA 4NWCA 3O28A 4QFKA 5TP9B 2A5TA 2HFBA 4JWOA 2ZYOA 4U23A 4Q5TA 4RK2A 1ZTYA 3MUQA 3MZ9A 4R6YA 4OFLA 1AOVA 1Y3NA 4F18A 2NOOA 3T9HB 1P1OA 1IQ7A 5KZTA 5JTYB 3FXUA 2H98A 2DXRA 3EHUA 2W7YA 2IA4A 4OHNA 4AB6A 3O2AA 3K0VA 1URGA 3M8UA 5ISUA 1JW1A 3PMVA 5DYHA 5AA1A 4DXBA 3PU5A 1FQEA 1P1WA 3PPOA 3RUMA 1B7ZA 3H03A 1ZU0A 1FTKA 5IKBA 4OEVA 3MC2A 3QUJA 3MP6A 4FEBA 1B51A 5TPAA 5DVJA 3OENA 4Z7EA 1WVJA 4NF8B 1B58A 2Y7PA 4ZDMA 4PFWA 3KZGA 1Q35A 4QHQA 3TTRA 2KLFA 1MY3A 4IGTA 3O6IA 4DE8A 1DMBA 2UVHA 5EHMA 4GVOA 3PPNA 3C4MA 1NH7A 3SDFA 4I9DA 4G77A 3UORA 1LAHE 1B7HA 3H7MA 3ODBA 3LSXA 2F97A 3QSLA 3SETA 4ELQA 3SESA 1B5HA 2D3IA 3UN6A 4KI0E 4ISUA 2OWSA 5DTBA 3OMBA 1PDAA 4KYDA 2NWJA 4F3GA 5FTIA 1JW4A 4TQUQ 4FJPA 4F39A 1PBPA 4ECFA 2Q9TA 1JEUA 3TPAA 4KD5A 1MM7A 1WODA 4C1TA 5CRYA 1CB6A 3K4UA 3IJXB 3QYTA 3V89B 3O6HA 3W15C 4F31B 2YJPA 4P0IA 1ELJA 3G7WA 4OESA 4JSOA 3FVKA 2DVCA 5JK4A 1B9JA 3MZBA 1UTHB 3P7IA 4BDRA 1AMFA 5B7DA 3K1MA 4BDLA 1FQFA 2XX7A 1YTVA 3HN0A 3TQLA 3C34A 1M5EA 3U93A 2UYFA 3LR1A 2XXXA 1OQHA 2UVGA 1UIUA 5AA3A 3KJTA 5KDTB 1T0KA 3WAFA 1LCTA 5AA4B 5I56A 4C1UA 2CZLA 1EH3A 1FTOA 3MVXA 3DP4A 3L6GA 3PV0E 1BLFA 2O1LA 2Q89A 4EF2A 2I4CA 2AYSA 3T9XB 3PMWA 4XKNA 2Q8JA 4DCXA 4G68A 4RXLA 1LB8A 2PT1A 1I69A 5HM4B 1SYHA 1D9YA 5ITOA 1DPEA 3MPLA 4OXVA 1UTBA 4TLMB 1XVXA 1B52A 1IXIA 4C0RA 3V8XB 2RC7A 3VDFA 3ECRA 3MAMA 3H4ZA 4GD5A 2A5TB 5I2NA 1SW5A 4XKPA 3E13X 3KN8A 3T9UA 3C36A 3FATA 3KJ7A 4N6PA 3OEKA 2F6PA 4F1VA 3QXMA 4JWYA 4OQOA 1A7LA 3TKDA 1NMUA 2VOZA 2B65A 3MVYA 4YU0A 3PPPA 1HSLA 1JW5A 1N76A 4ZEFA 4YKKA 4OFOA 2XX8A 4KPTA 1MQGA 4R74A 1II5A 4R9GA 4HCWA 1QUJA 3BBRA 4XKRA 5BUUA 2ONSA 1MRPA 1B7UA 3Q29A 3S4UA 4RYAA 3QIMA 2AL5A 3LC8A 2ZXTA 2X7PA 3PD8A 4R72A 2ABHA 3DP6A 3GBBA 1SW2A 1POY1 3KGCA 1OIBA 2WKYA 1PB7A 4QFLA 5CMBA 4ZE9A 1QKAA 2OK2A 3IL1B 1NKXA 4F29A 5TPAB 1NNPA 4JB7A 4IY6A 5FHOA 1MXXA 1A8FA 1MQIA 5H8HA 3TZAA 1JVXA 3RPWA 3Q25A 2OBGA 5ITPA 3M3FA 1ZMGA 3MP1A 3KFMA 3IO6A 4BDQA 2F34A 3RNNA 4MH5A 2F78A 1LFGA 4UACA 5L9SA 3TQWA 2Y7WA 2DE4A 2O7IA 5DEXA 1BIYA 3R26A 5K2YA 5DVIA 1SI0A 3M3KA 1B46A 2BJJX 2QSXA 2ZNSA 3CRBA 2XXWA 3VVDA 1Q1KA 4NF5A 1FTJA 2ZYMA 1N7XA 1B4ZA 4TLLB 3BKIB 1R9LA 4OETA 3U72A 4R6KA 3UP9A 4AQ4A 2QL3A 2I3WA 5CC2A 3H6WA 1IXHA 1IZ1A 3O6GA 2O7UA 5H8QA 2P1SA 4R2FA 4PE5B 3U94A 3RGYA 3K01A 4QFOA 4YB7A 4GRKA 5FTHA 4U2RA 1OVTA 3KSXA 1LCFA 5AA2D 4ZEBA 2YLNA 3B6WA 3FXRA 4F3SA 4DIGA 4KYEA 2XXYA 3ZKKA 1YCJA 3JV9A 3CG1A 3SEYA 3MWBA 3MZ1A 2I58A 4F22A 3KN7A 4ONYA 4FECA 1LBBA 5I56B 3LSFB 3PUXE 3IO4A 2XXTA 1B6HA 1B32A 1RYOA 4K3FA 3V83A 4E0WA 2QS1A 3PUVE 1Y4TA 1Z7NE 2O51A 4FAJA 4EXKA 1VFDA 4JWXA 2ZYKA 1ZKBA 3IOWA 1B1HA 3H3GA 4WKMA 2REJA 1DSNA 4G68B 2VD2A 3O29A 3JZJA 1EZOA 2Q2AA 4PFYA 2F5XA 3Q27A 4LATA 2DWIA 2O68A 5FHMA 4G8MA 1GGGA 2D21A 2V3QA 1UTBB 2DE3A 2ZMBA 1H3DA 5EYFA 3H6VA 2GH9A 3S9MC 1M5FA 3K6WA 1Y1ZA 2GHBA 3KN3A 1Y20A 4R75A 2RCBA 3S2VA 2ZNUA 1MDP1 3C32A 5F7VA 1MPDA 4G4PA 1N0TA 3K2DA 3TELA 3EN3A 1IIWA 1MQHA 4YMBA 4QFNA 1S9TA 1MH4A 4NF6A 2UVIA 3G3GA 3ZKLA 1LFIA 3OOAA 4R6HA 1Y9UA 1POTA 4NEDA 3TTMA 3OELA 4IO5A 3HHGA 1A55A 3GLBA 2DP8A 3K6XA 3Q28A 2Y7RA 3PD9A 2QRYA 2GFEA 1A54A 2V93A 1NNFA 4H6DA 1RYXA 2I4BA 1QULA 1JEVA 4NTLA 3Q26A 1H43A 1LAFE 1AH5A 3VXCA 3TCHA 2B3FA 1IUDA 2REGA 1P1UA 3FVNA 3HPIA 2Z8FA 5H8HB 2PVUA 5L8DA 3V5AA 3C35A 4M1VA 1M5DA 3PUYE 4H0WA 2YPNA 4X1BA 2Z8DA 3SEUA 2Z8EA 4EQ9A 3UGWA 1IEJA 4Z0IA 1EZ9A 1S7YA 2I48A 4H65A 5DEXB 1MY4A 2XHDA 5I57A 2F8DA 5KCJA 2RF1A 1PEBA 1OQGA 3USDA 4JDFA 1TFDA 3K6VA 1DTZA 1Y1MA 4NF5B 3R7XA 2P2AA 4KR5A 3O9PA 1N7WA 5TU0A 5IAIA 4KFQA 1FTMA 1L5TA 4FORA 1SDXA 4X9TA 1DPPA 4BDOA 3E4RA 3LUYA 2O69A 4XKQA 3K00A 3EPEA 5H8QB 4MF3A 1B2HA 1SI1A 3VVFA 3FUZA 4ESXA 3BFTA 3F11A 3CFLA 1EZPA 1MY1A 5HPQA 4U1OA 2XXQA 3E9XA 4KCCA 4OMBA 4WEDA 1UQWA 4OWDA 3MP8A 4IB2A 5AA2A 2FNCA 3MPKA 1JETA 4R73A 1LFHA 3ZS6A 3ZSFA 3AXFA 2HAVA 2F7CA 4FATA 4ELRA 4EUOA 5DT6A 5CMCA 1B3HA 5ICQA 3KSJA 3B7DA 2GRVA 2QS4A 4F2QA 3B6QA 1TT1A 1OLAA 2QPQA 3G3HA 2Q2CA 2XD3A 5K2XA 3VXBA 4GF8A 5CBRA 3FVOA 3HO7A 5CM6A 3H06B 2F7BA 4LP2B 2M8CA 4ZZEA 3THIA 2V25A 4KYSA 2DQVA 2OLBA 1FTLA 1I6QA 1B0HA 4IO7A 4Q8RA 1N3XA 3RTFB 1AL3A 2PT2A 3QUFA 2H25A 3TTNA 1MQDA 1XVYA 3PUWE 2HZLA 3CG3A 1URSA 2FYIA 5TP9A 4YKIA 4JXIA 3RTWB 2OZZA 1P1QA 4LONB 2XXIA 5H8FA 1MXWA 2I49A 3ILTB 1O7TA 4EQ7A 2XD2A 3VLVA 3OO8A 3OSQA 2O1MA 3IOUA 1ATGA 1XOCA 2DE2A 3KBRA 1XC1A 2F36A 1B0LA 2THIA 1Z7ME 2Z23A 4LA9A 3RQTA 4FEDA 3MQ9A 3N6UA 4POWA 4LQ5A 2O6AA 3SERA 2HQ0A 3SKPA 4HTGA 5M2VA 1TXFA 2HAUA 2AL4A 2DVZA 1MPCA 1NH8A 3EHTA 1M5CA 2QJEA 1R9QA 1XS5A 4PFUA 3S9LC 4XIGQ 1GTKA 2UYEA 1YPNA 5CMKA 3C33A 5H8NA 2I0BA 4XTCQ 2H9BA 4E0XA 3FV1A 3FD3A 1TWYA 1GR2A 5DVFA 4QSEA 2F6GA 3VVEA 2ANJA 4IO3A 4OEUA 1HSEA 3SEVA 4ZZAA 3TUSA 3FASA 1CE2A 3OO9A 3C9HA 4NF4A 3GZGA 1LGBC 2V3TA 2Z22A 2ZYNA 3FJ7A 2F35A 3HHFA 2PYYA 5I57B 3H6UA 1MPBA 1OMPA 1MQJA 1MXVA 1VFEA 4OYVA 3B6TA 3FZVA 3JYRA 2ONRA 2FA7A 1B5JA 3CVGA 4F1UA 1SD3A 4YKPA 4U21A 3UK4A 5ELVA 4F3BA 3IAZA 1BKAA 3PMXA 1D3KA 4EXLA 2A5SA 3TAJA 1SW4A 1F9BA 3T93B 4Q30B 1IXCA 3IX1A 5LOMA 4UA8A 3TFLA 4EDPA 2DYXA 5I58A 2F7AA 2AIXA 2I6EA 1B4HA 1QVSA 2VGQA 2CMOA 1MY0A 4ZECA 2O84X 2RKMA 4RA1A 1ANFA 4HCYA 3MBPA 4HS7A 4QF9A 1A40A 3CI8A 1PBQA 3OO6A 3W9WA 4QRZA 3IB1A 2HZKA 3FJMA 2DWJA 3KOTA 3R6UA 4RK9A 4EF1A 1LBCA 3RLFE 4IO6A 4ND9A 2XXUA 1AIVA 1Y4CA 3K1PA 1B1XA 4N07A 1JQFA 4DXUA 2QMXA 3O66A 2H5YA 3HV1A 3EHSA 4NWDA 1EU8A 2LAOA 1BP5A 4BDMA 4DXCA 1Y3QA 2I3VA 2DWHA 3FXQA 4ZS9A 4OZ9A 3LSLA 1FQCA 4QSCA 1PC3A 5I2NB 4OENA 5H8FB 2G29A 3CIJA 1QKBA 1B05A 3FGSA 2PX1A 3G3IA 3VLUA 4G68C 1D4NA 3U92A 4N13A 2UVJA 4O3BA 1NNTA 4X1DA 3OEMA 4PFTA 3PUZE 3GXAA 4RJZA 4G8HA 1ZBMA 4YB6A 4GFRA 4MLVA 5FHNA 5J1DA 4U4XA 2ONKE 2V3UA 4TOZA 2IEEA 1N84A 3WAEA 1SQYA 1Y3PA 2HEUA 5JEIA 1PB9A 3LBSA 2ESNA 3G3JA 1S50A 3HCQA 4YB5A 3H6TA 4BDNA 1B3GA 3TDJA 2R71A 4YMAA 5H8NB 5A5XA 4ZEDA 3KEIA 4JSDA 2XXVA 3VE1B 3CSBA 3S9EA 1MS7A 3RY3A 5AE4A 4OTEA 1OVBA 4LUBA 2VD3A 3M3LA 4DCYA 5I2KA 2QMWA 3IB2A 4XXUA 2DXYA 2OCUA 3PPQA 4KCDA 1R1NA 4P11A 1SVXB 5CI5A 4GLIA 2RC8A 5CMMA 5HBCA 3TODA 3FJGA 3IK6B 3MVZA 3VFJA 1D9VA 5I84A 1H76A 3A3CA 4I8CA 4LZ8A 1QUKA 3IORA 4F1YA 1FCKA 4NF4B 2PBWA 3TMGA 1QUIA 4R2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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