3S9LC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 2
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
Knots found
sequence length
674
structure length
515
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 515
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC03
1MPCA 3L6HA 2ANJA 1FQFA 1LB8A 4LVQA 4EQBA 2Q8JA 2NWJA 4KR5A 5IAIA 1SVXB 3VLUA 4I8CA 5I2KB 1GTKA 5I57A 3KFMA 3RGYA 3K6UA 4RJZA 2Y7PA 3OO8A 5BWJA 4R9GA 4IO7A 1JNFA 4MH5A 1N04A 4YZZA 2UVIA 3TKDA 3KOTA 3UORA 2XXVA 1BIYA 1LFHA 3PUVE 5K2XA 4OESA 1P99A 3CRBA 4U2RA 4FEBA 1DPPA 3CG1A 4FEDA 4C0RA 3DP4A 3IB1A 3R26A 2Y7RA 4KD5A 1UTHA 3LSWA 5CI5A 5HBCA 1LBCA 4F22A 1P1NA 5F7VA 1B7HA 3H06B 2P0SA 1UQWA 4P0GA 3FJMA 3MZ1A 4RPNA 1OMPA 3TMGA 3TTKA 2F8DA 5I56A 4WEPA 2DWAA 4L17A 2I3WA 3MUQA 1FTMA 3T9UA 3MP8A 5CMCA 4POXA 3THIA 2DE2A 2XXYA 1MDQA 3FXUA 5I59B 4XXUA 1I6BA 2W7YA 4OTEA 2ZYKA 3ZKKA 3K2DA 3LSLA 1LLSA 1P1WA 1B40A 3SETA 4F1VA 5AA4B 3Q29A 3OO6A 4N13A 1D4NA 2P2AA 3LBSA 4HTGA 2ESNA 1PEBA 3CG3A 4O3AA 3KN8A 4E0XA 4JSDA 2AIXA 3FXRA 4MF3A 1CB6A 1FQDA 4Z7EA 3O6GA 4ZEFA 3I6VA 3ZSFA 1ZIUA 2HZLA 1DOTA 2F7AA 2HXWA 1JW4A 4MLVA 2IEEA 4YKPA 5FHOA 3IL1B 1ZBMA 5CRYA 1MQHA 4WEDA 2I3VA 1R6ZA 2UVGA 1NNPA 2OBGA 1DMBA 5CM6A 3RTFB 1YCJA 2HZKA 5JEIA 2PT1A 1VFEA 3PPOA 4DCXA 4FORA 4XTCQ 1QUJA 2V3TA 4U1OA 3FIRA 2PMSA 3FZVA 3CSGA 1R9LA 2E0SA 3PV0E 1DPEA 3EN3A 2VP1A 4X1DA 4GFRA 1OVTA 3K1NA 5ITOA 1GR2A 1NNFA 1IXHA 2XXWA 3CFZA 3UP9A 2PVUA 4O3CA 3TCGA 4NF8B 2UYFA 5TPAA 4OVJA 1MPBA 4GWOA 2R71A 4R6HA 2GFEA 1MM7A 1B3FA 4F1UA 1MH3A 2RC7A 2Y7IA 3CFLA 2YPNA 4EQ9A 5AA2D 1BTJA 2XD3A 2BJJX 3IOWA 2FA7A 4NF6B 4KYSA 4FAJA 4H8JA 3EHSA 4U4SA 3KJ7A 3WAEA 2VHAA 3T93B 1MXVA 3OSRA 4ZE8A 1MXXA 3KN7A 1S50A 1NFTA 5KDTA 5EYFA 3MVXA 4G68A 1H3DA 4AQ4A 4ISUA 4OFLA 4KCCA 1CE2A 4OENA 1VE4A 5FHNA 1B46A 3VVFA 5FHMA 4DZ1A 1WDNA 5AE4A 5H8HA 1FCKA 1OLAA 4H1XA 3PGFA 5L8DA 2UVJA 3TODA 3SEYA 4QF9A 4ECFA 4I1DA 3C33A 3B7DA 3MZBA 3MPKA 1MQGA 5DT6A 3WAFA 2E1SA 1N84A 1PB9A 3KBRA 4JWOA 1NL5A 2G93A 2DE4A 2YLNA 2O68A 4UA8A 3EQ1A 3GXAA 3Q27A 1JVYA 1O7TA 3TCHA 3TTLA 1LAHE 2QS2A 3HV1A 3VVDA 3DM0A 4BDNA 4LZ8A 4ZEDA 1Z7NE 2RC8A 2B3BA 5AA2A 4OEUA 2GH9A 4GXSB 3KOSA 3HCQA 3IOUA 4DIGA 5TP9A 1VFDA 1D3KA 4F3GA 3PUZE 2ONKE 2QPQA 4MBPA 1O64A 2O7UA 3IX1A 4M4GA 2GHAA 3FUZA 2REGA 3MQ9A 1B2HA 2NXOA 1Q35A 4POWA 1R1NA 1SW4A 3TUSA 4ONYA 1BKAA 1WVJA 1F9BA 3KN3A 3EF7A 2ONRA 3QK6A 4F2OA 4ZECA 5IKBA 3TZAA 5JTYB 3VXBA 2O7IA 1NNKA 1A7LA 5ELVA 3KZGA 4GIZA 3H03A 1ZU0A 1O63A 1Y3QA 4FIMA 4Q30B 1FTJA 3PPRA 3K1PA 3KEIA 4YMBA 1A8FA 4NE4A 3S9NC 3LR1A 2DVCA 2V93A 4TLLB 1PDAA 1JEUA 1FTKA 1ATGA 4GOTA 4OXVA 3TEPA 3T66A 5CC2A 2V3UA 4HS7A 1AMFA 1Y3NA 3T9VA 3C34A 3TCFA 3UIFA 2Q2AA 1A99A 4FECA 3V89B 2H9BA 3A3CA 2O1LA 1B58A 1UTBB 3RTWB 1J1NA 2Z8FA 4H65A 1P1UA 4IB2A 1EH3A 2QSXA 2H5YA 2VD2A 3RLFE 3V5AA 2FNCA 1NMUA 4R2BA 4OETA 5ICTA 1XS5A 3IO6A 1B4ZA 5HPQA 4LQ2A 4G2ZA 1BLFA 1PBPA 1XHYA 1P1OA 1B4HA 1IUDA 1UIUA 2QMWA 4RK2A 3A09A 3ONMA 3N94A 1B1HA 4Q0CA 1QUIA 3CR9A 1M5BA 1SYIA 3KGCA 2A5TA 3T9XB 3SESA 1GV8A 4JXIA 4HW8A 4KQPA 4GL0A 4TLMB 3RT8A 4R6KA 2F7CA 1MY0A 3LSXA 2R9JA 5AA3A 1USYE 2Z22A 3IJOB 3RY3A 5CMKA 4QSCA 1MH4A 4XKRA 5J1DA 1PB8A 1SBPA 1ZLQA 1FQEA 2UYEA 3FVGA 4OYVA 3VDFA 2NUVA 4PQJA 1HSLA 5DVFA 3FVOA 3SEUA 3QYTA 3DP8A 3VLVA 2Y84A 4ESXA 3I3VA 3QSLA 3UN6A 3MP6A 3ILTB 1QKAA 1SDXA 3MC2A 3FV1A 5I2NB 2F36A 3FGSA 3CIJA 3MAMA 1B05A 3OXNA 1QUKA 4ZZEA 2B65A 3CFXA 1US4A 4F19A 4UACA 2Z23A 3O66A 3H6VA 3K00A 4F29A 3HSTA 2ZMBA 1AL3A 4KHZE 3N26A 2RCBA 4GXAA 4ZZAA 2H98A 1N3WA 4X1BA 1MY1A 1B1XA 3OMBA 4GF8A 3TYHA 1P1QA 4ELPA 3IAZA 2LAOA 1DTGA 3AXFA 3ZS6A 1DTZA 4ZS9A 3K6WA 4YAHX 5I59A 3LUYA 5A5XB 3T22A 4QSEA 3KSXA 3V83A 1UTHB 5CBSA 3EPEA 3IJXB 5AA4A 2D21A 5H8QB 3K01A 3O29A 4F2QA 2DP8A 3S2VA 2QS1A 3G3IA 1LSTA 2ZXTA 4QSDA 4ND9A 1TWYA 2GHBA 5L9MA 1IXIA 1OQGA 5I56B 4RYAA 1FW0A 3R7XA 4EQ7A 3KSJA 3SERA 2AL5A 4I9DA 2RCAA 3H6WA 4XKQA 1M5DA 3B6WA 3O6IA 3TTMA 4NEDA 2THIA 4NTLA 3S9LC 2AYSA 1B51A 3R6UA 1B3EA 4YMAA 2QL3A 2ABHA 3MJNA 2XXHA 2IA4A 4NF5A 2XD2A 5I58B 5H8SA 4G8NA 4OERA 1MXUA 4DXUA 3CVGA 1MY4A 1QW0A 2NOOA 4GVOA 4ESWA 3OENA 5DEXB 4I62A 1SW1A 3N6TA 4JWXA 3UK4A 3RUMA 2AL4A 2V25A 4H5GA 4MFIA 4NF8A 1MQJA 3K4UA 3SDFA 1N7XA 4RK9A 1B5HA 4GD5A 1B0HA 1MY2A 4NF6A 2QJEA 2HAUA 1NH7A 4FATA 2I48A 1XVYA 3ZKLA 4G8HA 1MRPA 3I5OA 2I0CA 2QMXA 3SKPA 3H6UA 1S9TA 3PD8A 3GBAA 2OCUA 4BDRA 2QS3A 4G68C 3MWBA 5ITPA 1ELJA 2HCAA 3KJTA 2H99A 4QHQA 2XHDA 4NWCA 5ICQA 4DDDA 1MDP1 1B3GA 2DXYA 4R6YA 4R72A 1Y1ZA 4RY1A 3FJ7A 4LATA 4OZ9A 4OQOA 3ILUB 5TPAB 2DWJA 1Y4TA 4OWDA 3Q26A 5DYHA 3IB0A 2ALUA 3TQWA 3E13X 1LAXA 3S9MC 1IXGA 1USYH 4IO2A 3W15C 4HCYA 4G4PA 2M8CA 3OEKA 3K6XA 3TAJA 1LAFE 2PT2A 1JETA 4BDLA 4EXLA 5I84A 1B7ZA 3LC8A 4F3BA 3SEXA 4NF4B 3BKIB 1I6AA 5KDTB 4QFNA 5CBRA 1ZJLA 3V8XB 1JW1A 2DXRA 4JSOA 5FTIA 4PFUA 1EU8A 1XOCA 3E9XA 3VFJA 2CMOA 4IGTA 4M1VA 3TFLA 5H8HB 4F3PA 1XT8A 4G77A 2I0BA 3FXQA 4BDQA 4H67A 5H8FA 3OO9A 1VR5A 1Y3PA 2I49A 3MBPA 3U92A 4F3SA 4DXBA 1YTVA 3H3GA 2F97A 3IOTA 4ZEIA 1M5EA 2FYIA 3USDA 4QFLA 4F39A 4H8IA 1MXZA 1JEVA 2XX9A 1B6HA 3SEVA 3JZJA 2RKMA 1SW2A 4RNSA 1XVXA 2XX8A 1RYXA 4EXKA 3HHGA 5JTYA 4GLIA 5FTHA 3RNNA 4ELOA 4U4XA 2D3IA 1II5A 1ZMGA 3IK6B 2F6PA 5AA2B 1ZKBA 2OZZA 2NVUB 1Y4CA 3DLNA 3B6TA 3M3LA 3IORA 2DWHA 3OSQA 4DCYA 1SYHA 1NKXA 1DSNA 2XXRA 4O3BA 3FVKA 2GRVA 1H76A 3PUWE 4H0WA 2V3QA 2UVHA 3BFTA 2O1MA 3U93A 3MVYA 3HN0A 1LAGE 5H8NA 1N3XA 2F34A 2DYXA 5KZTA 1ZTYA 2X7QA 5F1QA 1UTBA 1TXFA 4Q8RA 2ZYOA 1NNTA 1SD3A 1US5A 1IZ1A 3O2AA 1B5IA 4EDPA 3PMWA 3G3KA 4JBZA 2O69A 3RT6B 4PETA 3PMXA 2WKYA 2VOZA 3FVNA 4H5FA 3IO4A 3C9HA 3K6VA 2I6EA 3C32A 2ZYMA 5EHMA 4N07A 1PBQA 3KG2A 1LCTA 3C36A 2DE3A 3C31A 4PP0A 4QFKA 3CSBA 3MVWA 3QIMA 4XKNA 4YB6A 4LONB 4U22A 3G3JA 3ECRA 2G29A 4IO3A 3S9EA 3FATA 5I2KA 3H4ZA 3P7IA 2Q88A 3U94A 4OFJA 1QULA 1QJMA 3RPWA 5KCJB 4YU0A 1GVCA 2F78A 1IEJA 2F35A 4RPOA 3DP6A 3VLWA 4PE5B 2XXXA 1KWHA 1D9YA 3DELB 3SEWA 4ELQA 3CI8A 3OD7A 1LFGA 4IGRA 1HSEA 2OWSA 4IO4A 4YICA 5I2NA 1RYOA 4C1UA 4X9TA 5TU0A 2A5TB 4EUOA 2I4CA 4F1YA 3HPIA 4XIGQ 3ODBA 3MP1A 4R9FA 1T0KA 3TPAA 1B9JA 1JVXA 3IR1A 3TQLA 1EZOA 1EZ9A 5I57B 4JWYA 4KYEA 2I4BA 4IO6A 2P1SA 1R9QA 4LQ5A 2Z8DA 4KPTA 1I6QA 2ZNUA 2DWIA 4N6PA 3BFUA 2Q9TA 3VVEA 3OO7A 4ZEKA 5A5XA 1PC3A 2HEUA 4G8MA 4TQUQ 3RN8A 1AIVA 1FQAA 5LOMA 5H8QA 4RXLA 3EHUA 4JB7A 2X7PA 4JDFA 3HO7A 1H43A 1Y1MA 4YB7A 4WXJA 4ZDMA 3K0VA 2Z8EA 4OEVA 3Q28A 3GBBA 3M3FA 2UXAA 4U1ZA 4YKIA 2KLFA 2RF1A 5B70A 4YB5A 2Q89A 2B3FA 5ISUA 3S4UA 2RINA 1SI1A 2QS4A 1MM6A 3Q25A 4KFQA 2REJA 3PUXE 3G3GA 5I58A 5DTBA 3C4MA 4R75A 3B6QA 1B0LA 1TFAA 2D5WA 1URDA 3U72A 3EHTA 5L9OA 4ZE9A 3PUYE 5DEXA 1N0TA 4KYDA 2O51A 3FV2A 2RC9A 2DQVA 1IIWA 2Q2CA 1B5JA 4Q5TA 4QFPA 4RA1A 4GL8A 1MQIA 1SW5A 4ELRA 1H44A 4YKJA 4BLAA 1TFDA 1UIVA 2HFBA 2O6AA 3QUFA 1JQFA 5DVIA 3K1MA 2R6GE 1H45A 3TDJA 3O6HA 2CZLA 1RKMA 4AB5A 3MVZA 1WODA 2DS9A 2HAVA 4YKKA 3MZ9A 3K02A 5AA1A 4DE8A 4NF5B 4THIA 2VGQA 3H6TA 1A55A 3T96B 1POTA 2O84X 3E3KA 1M5FA 3MPLA 2OWTA 1LFIA 2ZNSA 3IB2A 1MG1A 4X48A 3PPQA 3D4GA 3HHFA 2YJPA 3M8UA 2HQ0A 1ANFA 2H4IA 4LUBA 4FJPA 1QVSA 1OLCA 4GRKA 1MPDA 3PPNA 3GZGA 4EF2A 3IOVA 2I58A 2DSFA 1M5CA 2XXQA 2XXTA 1B7UA 1YPNA 3L6GA 3TELA 3H7MA 1MXWA 1D9VA 4R2FA 1IXCA 3LSFB 4OFOA 1OVBA 1OQHA 5CMMA 1URGA 3W9WA 4U23A 2DOJA 4NF4A 1LBBA 1LGBC 4TOZA 3G3FA 3M3KA 1N76A 4ZEBA 3W9VA 2OLBA 1FTOA 4NMYA 1I69A 1SI0A 2H25A 3VE1B 1LB9A 3G7WA 3QUJA 1AH5A 1OIBA 3UA8A 4KCDA 4WKMA 3PMVA 4LP2B 4Z0IA 4G68B 2PYYA 4AB6A 1MQDA 3U1OA 5JK4A 4LZ5A 4BDMA 3OOAA 4PFWA 3JV9A 1Y9UA 5CMBA 2VD3A 3D4CA 2F5XA 1LCFA 1B52A 1AOVA 1SQYA 4EF1A 2PX1A 2A5SA 3MW0A 2XXPA 3PU5A 3RQTA 1URSA 5L9SA 1MY3A 5HM4B 5M2VA 3FD3A 4OHNA 3OELA 1TT1A 4OMBA 1BP5A 3TTNA 4QFOA 3FJGA 1Y20A 2QRYA 2ONSA 3PD9A 4K3FA 5H8FB 2F6GA 1GGGA 3T9HB 2Y7WA 5B7DA 4BDOA 3QXMA 1IITA 3TTRA 2Y7KA 3O9PA 1XC1A 2XXUA 4R73A 2DVZA 2ZNTA 5TP9B 1JW5A 1POY1 4HCWA 1A40A 3C35A 4E0WA 1A54A 4PFTA 1S7YA 1B32A 4DLDA 1IQ7A 5EHSA 3A3UA 4QRZA 1FTLA 2X26A 4FE8A 5BUUA 2V84A 3VV5A 1EZPA 1HSJA 2PBWA 2F7BA 4XKPA 4C1TA 2OK2A 1MS7A 3N6UA 2XX7A 1PB7A 4R74A 1NH8A 2XXIA 4NWDA 3U8QA 4KI0E 3QAXA 3GLBA 5H8NB 3VXCA 3F11A 3FASA 1Q1KA 1N7WA 1FQCA 1A8EA 4IO5A 4U21A 1MXYA 1FQBA 4DXCA 2OJTA 1YAEA 3PPPA 1Z7ME 3N5LA 1QKBA 4GQOA 4F31B 3JYRA 1VSOA 3OEMA 5K2YA 1B3LA 3E4RA 4IY5A 3BBRA 4H6DA 4P11A 5KCJA 4F18A 3G3HA 4MLQA 1L5TA 3O28A 4PFYA 4P0IA 4LA9A 2ZYNA 3UGWA 4LZ7A 1B3HA 4IY6A 3O97A 5DVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MPCA 3L6HA 3NOHA 2ANJA 4P47A 4NAPA 1FQFA 1LB8A 4LVQA 4EQBA 2Q8JA 2NWJA 2WBBA 4KR5A 5IAIA 2B4LA 1SVXB 3VLUA 4I8CA 5I2KB 1GTKA 5I57A 3KFMA 2CZHA 3RGYA 3K6UA 4RJZA 2Y7PA 3OO8A 5BWJA 3B8BA 4R9GA 4IO7A 1JNFA 4MH5A 1N04A 4YZZA 2UVIA 3TKDA 4GX3A 3KOTA 3UORA 2XXVA 1BIYA 1LFHA 3PUVE 5K2XA 4OESA 1P99A 1VDWA 3CRBA 4U2RA 4FEBA 1DPPA 3CG1A 4FEDA 4C0RA 3DP4A 3IB1A 4PGNA 3T1BA 3R26A 2Y7RA 4KD5A 5EQ8A 1UTHA 1FPFA 3LSWA 5CI5A 5HBCA 4GBWA 1LBCA 1YYZA 4F22A 4PCDA 1P1NA 5F7VA 1B7HA 5EQ9A 3H06B 2P0SA 1UQWA 4P0GA 2P3NA 2XWVA 1NUXA 3FJMA 3MZ1A 4RPNA 4MAGA 1FRPA 1OMPA 3TMGA 3TTKA 1D9QA 2F8DA 5I56A 4WEPA 2DWAA 4L17A 2I3WA 3MUQA 1FTMA 3T9UA 3MP8A 5CMCA 4DI3D 4POXA 4O8MA 3THIA 2FBPA 2DE2A 2XXYA 3EKIA 1MDQA 2BJIA 3FXUA 5I59B 4XXUA 1I6BA 2W7YA 4OTEA 2ZYKA 3ZKKA 3K2DA 3LSLA 5ET7A 1LLSA 1P1WA 1B40A 3SETA 4F1VA 5AA4B 3Q29A 3ROJA 3OO6A 4N13A 1D4NA 2P2AA 3LBSA 2FIEA 1LBVA 4HTGA 2ESNA 1PEBA 3CG3A 4O3AA 5ET6A 4PTKA 3KN8A 4E0XA 4JSDA 2AIXA 1NV0A 3FXRA 4MF3A 1CB6A 2XXKA 1FQDA 4Z7EA 4OVQA 3O6GA 4ZEFA 4MCOA 3I6VA 3LV0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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