3S9MC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
Knots found
sequence length
674
structure length
517
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 114
structure length 517
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC03
2PYYA 4R9FA 1POY1 4UACA 4AQ4A 3SKPA 5I2KB 1BKAA 1I69A 4OFJA 3A09A 2XXYA 3K6WA 3G3HA 2PT2A 4FJPA 1MXWA 4RPOA 2DWIA 3R7XA 3VVFA 1A8FA 3PPRA 1NNTA 4UA8A 4F1UA 2A5TA 5A5XA 1FQDA 5TPAA 2H9BA 4KR5A 3KJ7A 1OLCA 4WXJA 2HZLA 4PETA 4MBPA 1IXIA 1MRPA 3E3KA 3VVEA 1JW5A 1MM6A 1B32A 4R6YA 1PBQA 3G3FA 4LATA 3IJOB 5I2KA 3Q25A 4Q0CA 2XXTA 3W9VA 2AL5A 1UTHB 4RK2A 5CRYA 4XKRA 4OHNA 4U22A 2R9JA 4DLDA 1OQHA 4L17A 3C9HA 4P0GA 3KOTA 2UVJA 4LA9A 1XVXA 2PT1A 1NH8A 4F18A 2F36A 2O1MA 4I1DA 3CI8A 2F7AA 4P0IA 1QKAA 4U1ZA 1B4ZA 4JWYA 3KGCA 3TCGA 2BJJX 2ZNUA 3Q27A 4X1DA 3M3LA 2NUVA 2KLFA 3FJ7A 1B6HA 1USYE 5AA3A 1H3DA 4OQOA 3ZKKA 2ALUA 3CR9A 2UXAA 3U93A 3PUZE 4U2RA 3C31A 3TODA 2Y7WA 1OVTA 3BBRA 1XOCA 1UTHA 3C32A 1J1NA 1JVYA 2Y7IA 4POXA 4KYEA 3Q28A 4X9TA 2XX7A 2RC7A 2Q8JA 2DSFA 1DSNA 1MXZA 1SI0A 5CMMA 3MP8A 3CSGA 1H45A 4F3BA 2H98A 3VV5A 1MPCA 2OWTA 2REJA 4ELRA 2FA7A 5L8DA 2RC8A 5F1QA 2XXWA 5H8FB 2O69A 3P7IA 3LSLA 5DVFA 1B7UA 4XKNA 2D21A 4U4SA 4RNSA 1SVXB 1M5FA 4KI0E 3EPEA 3N94A 3U92A 3PD8A 2VGQA 2ZYNA 4BDQA 4PFUA 3UK4A 1AH5A 3JZJA 4PQJA 3E4RA 4IGTA 5AE4A 3PUXE 4RYAA 3T9HB 3VDFA 2REGA 3RLFE 3IOUA 4YAHX 1SW2A 1BP5A 2G29A 2NOOA 1AL3A 3KN8A 4M1VA 3MVYA 1ZMGA 2I0BA 4QSDA 5H8FA 4QFNA 2DS9A 2F97A 1MY3A 4XTCQ 1BTJA 4ZDMA 1N04A 1LFHA 1PB8A 4GWOA 1LLSA 3U94A 4OENA 4KYDA 3MJNA 4PE5B 3CSBA 3T9XB 3MP1A 3FZVA 2I3WA 3I5OA 1N7WA 1LB9A 1WDNA 3N5LA 3TCFA 4ZZAA 2QRYA 3JYRA 3D4GA 1YCJA 1FTKA 1N3XA 4F29A 4MLVA 2QPQA 3KSJA 2QMXA 4YKIA 4G68C 2CZLA 3QXMA 4LZ8A 1D9VA 1Z7NE 4GQOA 3FJMA 2DXRA 2DE3A 5ICTA 2DWHA 4XIGQ 4BDNA 1SQYA 3OENA 2H25A 2HEUA 4Q30B 3V89B 5FTIA 3S4UA 4FEBA 2GHAA 4OTEA 5KDTB 1MQJA 1B9JA 5B70A 1LCFA 2Z8FA 4C1TA 2XD3A 4OEVA 2O51A 3TYHA 1RKMA 4FE8A 2OZZA 1FQEA 3SESA 3F11A 1FQBA 4OESA 4IB2A 1R6ZA 1PC3A 3SETA 2R71A 3TAJA 2ZYMA 4WKMA 4JBZA 2X7QA 2I0CA 5IAIA 1MH3A 5DT6A 3MVXA 1A40A 1M5CA 1GTKA 2OJTA 3ILTB 4OEUA 2ESNA 4POWA 1MXVA 2ZMBA 4R6KA 3EHSA 3TTMA 1UQWA 4NTLA 3HHFA 4KYSA 2GHBA 1URGA 4BDLA 5KDTA 2LAOA 1MQGA 3DP6A 4N07A 2P0SA 1TFAA 1QKBA 4ZEIA 1SBPA 1Z7ME 3K1PA 2UVGA 2O6AA 3V83A 1LBBA 4LONB 3IO4A 4AB5A 3ONMA 4F1VA 3ECRA 2A5SA 4YB5A 1PEBA 1EU8A 4R73A 3VE1B 3IAZA 2I58A 4G8MA 2I49A 2HFBA 4EQ9A 4GIZA 3T9UA 4HCWA 5ELVA 2VD3A 4GVOA 2DP8A 5TP9B 4F31B 1B51A 4FECA 4E0XA 2FNCA 3L6HA 1JQFA 1Y4CA 3FASA 4HCYA 4LP2B 1LBCA 3H7MA 1JVXA 3PMVA 2YPNA 1ELJA 3TTKA 4F22A 4OYVA 3K2DA 4KQPA 1WODA 3FJGA 4IGRA 1N76A 3CFZA 3O6IA 4H0WA 3VFJA 5ICQA 4F3GA 4K3FA 3LSXA 3B6WA 3IR1A 3Q26A 1CB6A 4IO5A 3OOAA 3QYTA 4R72A 3K0VA 5TP9A 4M4GA 4QHQA 4RXLA 1PDAA 1FQCA 4R2FA 1B3HA 3B6QA 1D9YA 4GD5A 3MZ9A 3PPQA 4NMYA 5I59B 3PD9A 3IB2A 1MQHA 4ELQA 3JV9A 4ZEFA 2UVIA 2Z8EA 3K1MA 4X1BA 2Y7KA 3KFMA 2XXQA 4EQ7A 4OMBA 4ZEBA 1LAGE 3FV1A 4GF8A 2V25A 5KCJB 3AXFA 4RK9A 4ELPA 2Q2CA 2RCBA 3DM0A 4FORA 4YMAA 2ONKE 2XXPA 3OMBA 1LAXA 4DDDA 1UIVA 2XXIA 3O2AA 4QSEA 4BDOA 1Y4TA 3G3KA 1BLFA 1FQAA 3IOTA 2H99A 3TTRA 3GBAA 4YU0A 5I57B 5LOMA 3GZGA 2QMWA 5I59A 2Q9TA 1DTGA 4OFLA 5BUUA 4YKJA 4ECFA 2O84X 3O6GA 5HPQA 5J1DA 3VLWA 3R6UA 1N3WA 5JTYB 2GRVA 4U1OA 1O63A 2VHAA 5KCJA 4GFRA 3MWBA 1R9QA 3MVWA 3PPPA 3S9MC 3V8XB 4NF4B 4AB6A 4QF9A 4MLQA 1B2HA 4QFLA 3EHTA 2PX1A 3H4ZA 3MZBA 3PV0E 3LBSA 1NNFA 4ZEKA 1JETA 2O7UA 1DTZA 5I57A 1M5EA 2ZYOA 4G8HA 1A7LA 1TFDA 3TUSA 3CG1A 3QSLA 1FTLA 1JW1A 3C35A 1OQGA 3IO6A 2B3BA 4QFOA 3TQWA 4EF1A 1OIBA 5JTYA 3H6TA 1P1UA 1QJMA 3O97A 1SD3A 1YTVA 2D5WA 5FHOA 1SW4A 4LZ5A 1XT8A 2RC9A 2I48A 1B0HA 1DPEA 4DCXA 3KEIA 2UYEA 3MP6A 4NF4A 1QULA 3OO7A 4H5GA 4ZE8A 4LQ5A 3ILUB 5ITPA 5EYFA 4C1UA 1JEUA 3I3VA 2AIXA 1LCTA 1PB9A 2XXVA 4F2QA 3FIRA 4PFTA 3TTNA 3RUMA 3DP8A 1MY2A 3RT8A 1MS7A 2NWJA 3RQTA 3C33A 4EXLA 1EH3A 4ND9A 3G3IA 2AYSA 1SYHA 5CC2A 3WAFA 1P1QA 4OERA 3C34A 1MY4A 3DLNA 1FTMA 3ZS6A 2V93A 2HCAA 5CBRA 4ZE9A 3A3UA 1AIVA 3USDA 3VVDA 3RGYA 1B52A 1HSEA 4O3BA 1MXUA 5M2VA 1F9BA 2Y84A 2XD2A 2UVHA 3KOSA 1LAFE 2VD2A 3FD3A 1VR5A 3K00A 2V3UA 3K6VA 3Q29A 2UYFA 3HO7A 3IK6B 3PUVE 4ESWA 3IL1B 3DELB 1Y1ZA 1RYXA 1S50A 3ZSFA 2V84A 2Z23A 1MPBA 1B1XA 3MVZA 4PFWA 4NWCA 3SEWA 2DE2A 1MDQA 2P1SA 1URSA 3D4CA 3V5AA 4GXSB 1QW0A 4R6HA 1ATGA 3HHGA 1VFEA 1B46A 1XS5A 3OSRA 2WKYA 5DTBA 1N7XA 4YICA 1DMBA 3H6VA 2PVUA 5I84A 1I6AA 3O9PA 3UGWA 1Q1KA 3GLBA 4OWDA 5H8HB 5EHSA 2Q2AA 3OO8A 3PPOA 2OWSA 1FQFA 3TQLA 3H3GA 4ZEDA 1SW5A 1LSTA 4NE4A 1FTJA 4YKPA 2F8DA 4KPTA 1A55A 4DIGA 3MC2A 3QUFA 1TT1A 3CVGA 1B7ZA 1OLAA 3H6WA 4JSOA 3PGFA 5HBCA 1NNKA 1B3LA 3B6TA 1SI1A 5F7VA 4DCYA 1SDXA 3SEVA 2OK2A 4QRZA 1MM7A 4FAJA 4XKPA 1Y9UA 3CIJA 3MBPA 1QUKA 1MQDA 2P2AA 2PMSA 3KN7A 1KWHA 2ONRA 3K02A 4E0WA 4RA1A 5H8HA 2Z22A 2ZYKA 4Q5TA 1ZKBA 3TFLA 2O68A 4DZ1A 2E1SA 3WAEA 1R9LA 1UTBB 2IEEA 2X7PA 3SEUA 1B5JA 2Q89A 4KCDA 1WVJA 3TELA 5BWJA 3FVKA 5JK4A 1IEJA 4QSCA 1H76A 1ZTYA 2DVZA 3MZ1A 2R6GE 3B7DA 3L6GA 4H8JA 5ITOA 1HSJA 1N84A 3FVGA 3TTLA 5CMKA 2G93A 4ESXA 4TLLB 3TDJA 4RPNA 1YAEA 4EQBA 1MG1A 2E0SA 4F19A 1NMUA 2I3VA 3IOWA 4IO7A 2V3QA 1Y20A 3UIFA 2F35A 2I6EA 2OBGA 2HAUA 1IXCA 4IO6A 3LR1A 4NF5B 1UTBA 2Z8DA 1B1HA 3HPIA 1VSOA 2QS4A 1D3KA 3RPWA 1XHYA 1CE2A 2F7CA 4N13A 3UP9A 1TXFA 3G3JA 5CMBA 3K4UA 4HS7A 3R26A 4G68B 4PP0A 4R9GA 4HTGA 3W15C 3RTWB 1FCKA 3O6HA 2QS2A 4JWOA 1QVSA 4JB7A 1S7YA 5CI5A 5H8SA 1Y3NA 2HXWA 1LAHE 2F7BA 1GGGA 2RCAA 4NF5A 2HZKA 4JSDA 3RN8A 3FUZA 4Q8RA 4LQ2A 3U72A 4G2ZA 4G4PA 1IQ7A 1GVCA 4DXCA 1ZBMA 5H8QB 3DP4A 1A8EA 5FHMA 4G68A 1B0LA 2RKMA 5DVJA 4EF2A 3FXRA 4H5FA 2F6GA 1GR2A 5K2YA 4I9DA 2CMOA 3HCQA 4RJZA 1ZLQA 2AL4A 5DVIA 1ZIUA 1MY0A 2I4BA 4Z7EA 2Q88A 4GL8A 3T93B 2O7IA 4MH5A 3GBBA 4H1XA 3O29A 3QK6A 2XXRA 3C4MA 1PB7A 1US4A 1OVBA 1TWYA 3T9VA 3C36A 3S9EA 1A54A 1FW0A 3U1OA 5H8QA 2DQVA 1RYOA 4OVJA 1UIUA 3IOVA 3TPAA 1L5TA 1LFIA 2DVCA 5I56B 4WEPA 4F39A 3IJXB 1VFDA 1B3FA 1GV8A 1P1OA 3BFTA 1SYIA 5ISUA 3FGSA 3HN0A 3G3GA 1M5DA 1MH4A 4FIMA 3VLUA 4X48A 3FXQA 2YLNA 3KN3A 2QS1A 2DYXA 3PMXA 4H65A 3S2VA 3LSFB 1MDP1 1D4NA 4H6DA 4MF3A 1IZ1A 3UORA 4IY6A 2XHDA 3MAMA 3N26A 3EQ1A 1OMPA 2NXOA 3ODBA 1T0KA 4KFQA 1ANFA 1B3EA 3KBRA 1MXXA 1NFTA 1JNFA 2NVUB 3U8QA 5I56A 1MXYA 3H6UA 5H8NB 4TOZA 5DEXB 3THIA 5B7DA 1B3GA 2RF1A 3QAXA 1IXHA 3EHUA 3W9WA 3QUJA 2DWAA 2XX8A 3KZGA 4ONYA 1Y3PA 3SDFA 3CG3A 3PUYE 4TLMB 5L9MA 4ISUA 1B58A 4IO2A 4LUBA 1NKXA 2F5XA 3CFLA 4BLAA 4P11A 2GH9A 4F2OA 1URDA 4H67A 4ZECA 3UA8A 2QSXA 5JEIA 1H43A 1P99A 2PBWA 4C0RA 2DOJA 2VP1A 3UN6A 4DXUA 4NF6B 1II5A 4TQUQ 1P1WA 3LUYA 4JXIA 3SEXA 5H8NA 3PU5A 5DEXA 4NF8B 3GXAA 3MQ9A 3IB0A 1A99A 2B65A 4DE8A 3MPLA 2IA4A 3RY3A 1O7TA 1IUDA 3BKIB 3TZAA 3H06B 4IO4A 3RTFB 3TMGA 2ZNTA 2XXXA 4THIA 1I6BA 3VXCA 3M3KA 4Z0IA 4XXUA 1JEVA 3EF7A 1EZPA 4O3AA 2DWJA 4F1YA 5AA2B 2XXHA 5CBSA 5CMCA 4KHZE 1YPNA 3IORA 1O64A 4NF6A 4JWXA 1HSLA 4NF8A 5L9SA 3ZKLA 2QS3A 4ZS9A 4G77A 3IB1A 4R74A 4N6PA 5EHMA 1H44A 3M3FA 3FV2A 1JW4A 4YZZA 1PBPA 3CRBA 3CFXA 1B5HA 3FVNA 4LVQA 4EUOA 3OO6A 3OEKA 1B05A 1B5IA 4WEDA 1SW1A 1LFGA 1EZ9A 1AMFA 3OD7A 1N0TA 4GL0A 5AA2A 4PFYA 1XVYA 1MQIA 4YKKA 3E9XA 5AA1A 3PMWA 3E13X 3LC8A 2RINA 1LGBC 4QFKA 3MUQA 3O28A 4BDRA 4I8CA 2I4CA 2F6PA 3N6TA 2XX9A 3SEYA 2HAVA 3A3CA 2Y7PA 2Y7RA 2QJEA 2OCUA 4ELOA 1B7HA 4YB6A 4F3PA 4YB7A 4EXKA 2DE4A 4U4XA 1XC1A 1QUIA 3RNNA 5KZTA 3OELA 5DYHA 3IX1A 5HM4B 1BIYA 4GXAA 1POTA 3H03A 3K1NA 1M5BA 1MPDA 2F78A 2H4IA 3VLVA 3PUWE 1NH7A 1ZJLA 4NEDA 1FTOA 3FATA 5FTHA 5I58B 1VE4A 2F34A 1B4HA 3KG2A 1NNPA 4FEDA 3OXNA 3LSWA 3BFUA 3K6UA 1IXGA 4U21A 1ZU0A 2M8CA 2X26A 5I2NB 4BDMA 4FATA 2ZXTA 4XKQA 5AA4B 1IITA 2B3FA 2W7YA 1DPPA 5L9OA 4GRKA 1B40A 3MPKA 3T96B 3N6UA 3PPNA 3S9LC 2ANJA 4KCCA 4LZ7A 4GLIA 1P1NA 4OZ9A 3RT6B 4JDFA 1MY1A 4H8IA 2ONSA 2YJPA 4KD5A 5CM6A 1Y1MA 1DOTA 2V3TA 2DXYA 3M8UA 2FYIA 5I58A 4IO3A 1Y3QA 4R75A 1R1NA 3FXUA 3T66A 3O66A 3SERA 3KJTA 4MFIA 2VOZA 4NWDA 3FVOA 3EN3A 3K01A 2O1LA 4OXVA 1USYH 4RY1A 1EZOA 5I2NA 4U23A 3G7WA 4DXBA 2HQ0A 2ZNSA 4OETA 4IY5A 2H5YA 5AA4A 4GOTA 2OLBA 1US5A 5FHNA 4F3SA 4YMBA 2GFEA 4ZZEA 3T22A 2XXUA 4R2BA 3OEMA 2THIA 3KSXA 3TKDA 3K6XA 5IKBA 1NL5A 4OFOA 1QUJA 1AOVA 3HV1A 1LB8A 3TEPA 2A5TB 5A5XB 3MW0A 5TU0A 1S9TA 5TPAB 2ABHA 4G8NA 3S9NC 3OSQA 3I6VA 4QFPA 3QIMA 5K2XA 4O3CA 1IIWA 3OO9A 4EDPA 1Q35A 3HSTA 3VXBA 2D3IA 4HW8A 5AA2D 1I6QA 3TCHA 4I62A 2QL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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