3S9NC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, room temperature
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
674
structure length
511
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 511
sequence length 674
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC03
3MZ1A 5KCJB 3EHTA 3DM0A 3L6GA 2DWHA 4XTCQ 3ILUB 3V8XB 5CBSA 5HM4B 2F78A 2F8DA 3LSFB 4Q30B 3C32A 1TWYA 2DXRA 2PT2A 3MP6A 3BFUA 1GR2A 2H5YA 4PFYA 4OEUA 3RNNA 3W9VA 3O97A 3G3JA 3O28A 1MXUA 4PQJA 2QS4A 2VD3A 4QFNA 3M3LA 4F31B 2Z8DA 3VLUA 1Q35A 4NF4B 1QJMA 4KYDA 2XXHA 4KFQA 1IEJA 1IXCA 1D9VA 3RTWB 4EF1A 1M5FA 5K2YA 2ZMBA 3DLNA 3TCFA 2OK2A 4BDLA 2RCBA 3E4RA 1P1QA 4GQOA 4EUOA 4KPTA 3HSTA 1WODA 4PETA 2R71A 4G8MA 4I1DA 1B58A 2Y7WA 1MM6A 1L5TA 3FUZA 4X1DA 4R9GA 4R6YA 1EU8A 1S50A 1P1NA 5ISUA 1ZKBA 1B5HA 4QSDA 3T9UA 4OETA 3TZAA 5I2NB 1RYXA 2NOOA 4EDPA 2PT1A 4TOZA 1OMPA 4F19A 4ZEBA 4THIA 1I6AA 1UQWA 1NFTA 1VFDA 3W9WA 4P11A 2DQVA 4EF2A 2F34A 3V5AA 3IL1B 3TPAA 4GL8A 1LAXA 1PC3A 2DE3A 4RY1A 4XKQA 4JBZA 4IB2A 2CZLA 3KZGA 3HPIA 3VVEA 2P1SA 3FJGA 2DSFA 1O7TA 1SI1A 3LSWA 1P1WA 3MVYA 1N0TA 4X1BA 3LC8A 2NUVA 3LSLA 4YZZA 2D5WA 4OHNA 3Q29A 1MY4A 2NXOA 3GBAA 2Y7PA 3EQ1A 3IO6A 5F7VA 3U1OA 2AIXA 1JETA 1Y3NA 1BIYA 1QUIA 3IORA 2XXTA 3OSQA 3PMXA 3VLVA 2OWSA 4OYVA 4DCYA 5ICQA 1EZPA 3PUWE 1DMBA 3CI8A 4EQBA 2DWAA 1IQ7A 1Q1KA 1QVSA 3VLWA 2B65A 1OIBA 2G93A 4U2RA 4MBPA 1R9QA 2O6AA 1NL5A 3ZS6A 4E0WA 3O9PA 1MQHA 4GD5A 3FVNA 5JK4A 4YKIA 3MP1A 3OD7A 2QRYA 5I57B 3KG2A 3PMWA 1FTJA 3IJOB 2PYYA 4H8JA 4O3CA 3Q26A 2D21A 3JV9A 4ISUA 2OJTA 3PU5A 4DDDA 3TTKA 3PMVA 4I8CA 5AA4B 2XXIA 3MUQA 1MY2A 4OQOA 5DEXA 1DPEA 3OO7A 4UA8A 3TDJA 4TLMB 2DE4A 1ZBMA 3TCGA 2RCAA 3O6HA 4G8NA 1Y20A 1FCKA 2F35A 1MPDA 4C1TA 3UP9A 3OSRA 3DP8A 5I57A 3IK6B 4DZ1A 3CRBA 1A7LA 4G4PA 4F2QA 4LONB 2H98A 2ALUA 5CMMA 1RYOA 5M2VA 3V83A 1JNFA 1A99A 4QHQA 4GXAA 2VD2A 4I62A 3K0VA 2DYXA 2X7QA 1UIUA 1KWHA 2ZNSA 4MLQA 5FTHA 4OXVA 4FAJA 5AA4A 3H7MA 5H8NB 1B5IA 4R72A 2QS3A 2F97A 2HFBA 5H8QB 2XXXA 1FTOA 4R75A 4X9TA 3G7WA 2LAOA 1NH8A 3S9LC 1JW4A 3SEWA 1B7HA 2O84X 1D3KA 4WKMA 1Y4TA 1R6ZA 2ESNA 1B40A 4PFWA 1N3XA 2YPNA 1WDNA 3MPLA 3O6IA 3FZVA 3FVKA 2XHDA 3F11A 5TP9B 2DP8A 5H8QA 4GLIA 2BJJX 3USDA 3N6TA 2G29A 1XC1A 3QUFA 3T66A 3K2DA 5CRYA 2Y7IA 4QSEA 3KBRA 2PBWA 5L9SA 4U23A 1R9LA 1B7ZA 2RC7A 3TFLA 3UK4A 3W15C 2V3QA 1XOCA 1A54A 2HCAA 3G3IA 5FHMA 1ZIUA 2RF1A 4EXLA 1SYHA 4RPOA 3N26A 4OWDA 4YKPA 5CMBA 3BBRA 3C36A 3RQTA 4ZE9A 2XX7A 4C1UA 4QFKA 1LFIA 5TP9A 3QYTA 5IKBA 1QUKA 3FXQA 1IXHA 2V84A 1MRPA 1XT8A 4HW8A 3M3KA 4F3BA 4OFLA 3KN8A 3O2AA 3CFXA 3SERA 1B3FA 1R1NA 4H65A 1AIVA 3SDFA 3Q28A 3IAZA 1MY1A 4Q0CA 2RKMA 2DWIA 3MW0A 3OEMA 1SDXA 2HAVA 1AH5A 1M5EA 2CMOA 3OENA 4ELRA 1URDA 2FYIA 1ANFA 4BDNA 3CSGA 1B52A 2V25A 4F3PA 2QMXA 1SVXB 4FIMA 2UVIA 3TMGA 5IAIA 4DIGA 3E13X 5ITOA 2W7YA 1TT1A 1JEVA 3FV2A 1Y3PA 3HN0A 5BUUA 4NF8B 4PFTA 1IUDA 3UN6A 2ONRA 1LBCA 3IO4A 2O51A 1B1XA 1B0LA 5KDTB 1QULA 4KYSA 1UIVA 4F1VA 2IA4A 4NF6A 1A40A 2Q88A 4Q8RA 1H3DA 3TAJA 2O1MA 3H6VA 5H8HB 1FQDA 3VDFA 1XVYA 1URGA 3EHUA 4IGRA 2O69A 2QSXA 3I5OA 2Z23A 2AL5A 1LFGA 1DOTA 1CB6A 4NF8A 2YLNA 3EN3A 3CVGA 1UTHB 5JTYA 1UTBB 5I58A 4DXCA 1A55A 3K6WA 1MXYA 4DCXA 4F3GA 2Q9TA 3O66A 3PD8A 4R73A 4YKKA 3LR1A 2H99A 1D9YA 4NTLA 3DP6A 5H8HA 3U72A 4IGTA 1EH3A 3ECRA 1Y9UA 1B0HA 4AB5A 4NEDA 3IB1A 5KCJA 5HBCA 4JSOA 2ZNUA 3S9NC 4KQPA 4FATA 1UTHA 5TPAB 1UTBA 5ELVA 3LBSA 1WVJA 2XX9A 3K00A 1MY3A 3A3CA 2XXPA 4ONYA 3CR9A 1FW0A 3KSXA 3RPWA 1YCJA 2O1LA 3GXAA 1IZ1A 2I6EA 4YICA 2Z8EA 2DXYA 5FHOA 4XKPA 1FQCA 3G3FA 3PPOA 1TFAA 3OEKA 4PP0A 4G68B 3RLFE 3ZKKA 5L9OA 3N94A 5EHMA 1Y1ZA 3T96B 1GV8A 4IO6A 4NF4A 1B9JA 3WAFA 5TPAA 1B3HA 3GLBA 5I84A 3S9MC 3TODA 4P0GA 1ZU0A 3FXUA 1PBPA 3MAMA 1LGBC 3CG1A 4OESA 3G3GA 5LOMA 1BLFA 3TUSA 3H03A 3KOSA 4GXSB 1MQIA 3MVWA 1QUJA 2I49A 3KSJA 4LQ5A 4AB6A 1Y4CA 3JYRA 3MJNA 4G8HA 1M5CA 2O7IA 4E0XA 2X7PA 4OENA 3RN8A 1N76A 3IR1A 2HXWA 5I59B 5I2NA 2ZYOA 4BLAA 4BDOA 3IOVA 2QMWA 1ELJA 4RYAA 1MPBA 4H5FA 1SYIA 4NWCA 3HV1A 4F1UA 3FASA 4FEDA 4HTGA 1LLSA 2UYFA 1F9BA 4U21A 1B46A 1ATGA 4LVQA 3VE1B 2UVGA 4RXLA 3K6UA 3O6GA 4JXIA 4AQ4A 3VXCA 1NH7A 3IOWA 4DLDA 4UACA 2XX8A 4IO7A 1DSNA 3RGYA 3C9HA 3QXMA 4L17A 1JEUA 5I59A 1AL3A 3S9EA 3MWBA 4LZ8A 2FNCA 2UYEA 1BP5A 4P0IA 5L9MA 2ANJA 3P7IA 1B4ZA 3T22A 1ZTYA 3K1PA 3KOTA 3K6VA 4U4XA 2PX1A 2PMSA 3V89B 3IB2A 4F3SA 5H8FB 1TFDA 3SEXA 5AA2B 4QFLA 2ZYNA 5EHSA 3K4UA 1SW1A 3PD9A 4GFRA 2DWJA 5HPQA 2XXWA 3FATA 1US5A 2D3IA 1FQFA 4H8IA 1YPNA 4H67A 3VVFA 4FJPA 1FQBA 3LSXA 1PDAA 2XXQA 2NWJA 3MZ9A 3PV0E 1QW0A 1MG1A 5I2KB 3CSBA 4ZEIA 3N6UA 5H8FA 1MQGA 4ZEKA 2F6GA 1B6HA 1O63A 5AA2A 3PPQA 1USYE 4N6PA 1P1OA 3TCHA 4NF5B 5DTBA 2ONSA 3R26A 3KFMA 4IO5A 4KHZE 1IXIA 5CI5A 5B7DA 4X48A 3KEIA 4YAHX 3CFZA 3UA8A 3SEUA 2UVHA 4R74A 3PPPA 1FTKA 3RT8A 2Q8JA 2XXRA 5CBRA 2B3FA 4ZECA 4K3FA 1B05A 5H8SA 3EPEA 1LSTA 3B6QA 4G2ZA 4JWOA 5H8NA 3M3FA 2F7CA 2R6GE 3KN7A 2VGQA 4JWXA 4NF5A 2ZYMA 2H25A 4R9FA 2IEEA 1PEBA 3I6VA 4GOTA 4N07A 4DXUA 1Z7ME 4G77A 1LB8A 1NNFA 4DE8A 2R9JA 3I3VA 4OMBA 4LZ5A 2QS2A 4R6KA 3QUJA 4OVJA 1QKBA 4U4SA 2I3VA 3A09A 4OEVA 3FVGA 1A8EA 2ONKE 2ZNTA 4IO4A 1LAFE 3FJMA 3RUMA 1T0KA 2F36A 1O64A 3FGSA 3OOAA 1N84A 3VFJA 1AMFA 1NNPA 2WKYA 1S9TA 4ND9A 3FXRA 5BWJA 1OQGA 1MQJA 2GHBA 2THIA 5A5XB 3OMBA 2AYSA 1SW4A 3OO9A 1CE2A 4H0WA 1LCTA 1B51A 1OLCA 4H5GA 1AOVA 2A5TB 4IO3A 4QF9A 1NMUA 3OO8A 1US4A 4F2OA 3FIRA 3A3UA 1JW1A 1POY1 4YB6A 2Q89A 4KI0E 2OCUA 3MBPA 3HO7A 4ELQA 4WEDA 1II5A 1B7UA 4ECFA 4OERA 4BDRA 4DXBA 5A5XA 4KR5A 4YB5A 5I56B 1FQEA 1MDP1 1B5JA 3PUZE 1H43A 1DTZA 2DE2A 1MQDA 2V3TA 2RINA 2A5TA 5DVFA 3VXBA 1OQHA 2KLFA 3O29A 4GVOA 1XS5A 1YAEA 1MH3A 4C0RA 3C35A 1OLAA 4QFPA 4BDMA 1LAHE 2REJA 3EHSA 2YJPA 5AA3A 1MY0A 3TTNA 4GIZA 4KCCA 3C4MA 4Z0IA 5KDTA 3D4CA 3FJ7A 2DS9A 5ITPA 2Q2CA 3TQLA 1IXGA 3OO6A 4LP2B 1N04A 3FD3A 4NMYA 3MQ9A 1OVTA 4R2BA 5KZTA 1SW2A 1Y3QA 4KYEA 4HCWA 4FE8A 3R6UA 3E9XA 1BTJA 3SKPA 1IIWA 4EQ9A 3G3KA 5CMKA 4MFIA 3WAEA 3KGCA 3GZGA 4ZEDA 3TTLA 2XD2A 4RPNA 2I3WA 3H3GA 3H06B 1USYH 4QFOA 1EZ9A 3K1MA 4TLLB 4ZEFA 2Z22A 1SD3A 3K1NA 4YU0A 4YMAA 4U1OA 1M5BA 4RJZA 2PVUA 3ZSFA 4QSCA 2I48A 3MC2A 1JVYA 1XVXA 2E1SA 1H45A 3DELB 3HCQA 1MS7A 3IX1A 4F29A 3H4ZA 4EQ7A 3B7DA 3D4GA 4ESXA 2VOZA 3ZKLA 5CC2A 1MM7A 1B4HA 1GTKA 1LFHA 4TQUQ 3ONMA 5ICTA 5J1DA 2Q2AA 3SEVA 2HAUA 2XXYA 1MXZA 2VP1A 2M8CA 4OZ9A 4GWOA 4G68A 1JVXA 2I4CA 2HEUA 2QL3A 3QIMA 1Y1MA 3L6HA 1I6BA 3Q27A 3TQWA 3ILTB 3VVDA 4PE5B 4OFJA 4LA9A 2UVJA 3AXFA 3BKIB 1URSA 3FVOA 1JW5A 4PFUA 5FTIA 1VR5A 5K2XA 2I58A 2H4IA 4MF3A 3R7XA 3S4UA 2HZKA 2B3BA 1B3GA 2DVZA 2H9BA 3HHGA 4POXA 3K6XA 3VV5A 2ZXTA 4U22A 1VE4A 3U8QA 4ZZAA 3E3KA 4GL0A 4HCYA 1MDQA 3JZJA 3UORA 3QAXA 4YB7A 2Y7RA 1DTGA 2ABHA 1RKMA 1JQFA 3KJTA 1EZOA 3IOUA 4RA1A 3IJXB 4F22A 3T93B 3B6WA 1H44A 2RC9A 5CMCA 2FA7A 5CM6A 1B3LA 3TTMA 1ZLQA 5DEXB 3EF7A 1PB7A 4XXUA 2OLBA 2NVUB 4ESWA 4GRKA 3PPNA 4IO2A 2HZLA 2RC8A 2Y84A 4RK9A 1J1NA 3SESA 3GBBA 3T9XB 1POTA 3Q25A 3SEYA 1FTMA 4QRZA 3CIJA 3MVZA 2E0SA 1I6QA 3PUYE 3RT6B 1PB9A 4XKRA 5EYFA 4HS7A 4BDQA 4XIGQ 4YKJA 1A8FA 4M4GA 1SQYA 2OBGA 1B2HA 4ELOA 2OWTA 4F39A 3ODBA 1ZMGA 3C33A 3PUXE 4LUBA 1H76A 4I9DA 1OVBA 1LBBA 4GF8A 4Q5TA 3CG3A 1N7WA 2VHAA 1ZJLA 3MP8A 1HSEA 4F18A 3K01A 3THIA 4O3BA 3OELA 2GH9A 3FV1A 2Y7KA 1N3WA 2O68A 3MZBA 3U92A 1DPPA 3TELA 3T9VA 1Z7NE 4ZZEA 1NNTA 5DYHA 3MPKA 5AA1A 3QK6A 3H6TA 1B1HA 1FQAA 1MPCA 1D4NA 4KCDA 3LUYA 2I0BA 2QPQA 5B70A 4JDFA 5I2KA 5DVIA 1MH4A 3H6WA 2ZYKA 4RNSA 1P1UA 1I69A 1NKXA 2QS1A 2I4BA 5AA2D 2DOJA 2GRVA 4POWA 4IY5A 1M5DA 3MVXA 3TKDA 1VSOA 1LCFA 4WEPA 3DP4A 2DVCA 3K02A 1VFEA 3BFTA 1HSLA 1BKAA 4JSDA 2REGA 4NE4A 3M8UA 3RY3A 2UXAA 3TYHA 4IY6A 4NWDA 3SETA 2XD3A 2AL4A 3TTRA 1N7XA 2GHAA 5AE4A 2OZZA 3TEPA 3IB0A 4N13A 4XKNA 5JEIA 3B6TA 1B32A 4U1ZA 4LZ7A 1MXWA 1PBQA 4JB7A 2HQ0A 2QJEA 2F7BA 3G3HA 3N5LA 3PPRA 3UIFA 4F1YA 2GFEA 4ZDMA 4JWYA 2XXVA 3PUVE 1NNKA 4RK2A 1XHYA 4KD5A 1B3EA 3UGWA 3S2VA 5FHNA 1PB8A 4OFOA 1MXVA 1GGGA 2X26A 1HSJA 3OXNA 1GVCA 4MLVA 4ZE8A 5L8DA 2O7UA 4H6DA 1MXXA 4R2FA 4H1XA 4G68C 4NF6B 2I0CA 1YTVA 2F6PA 2XXUA 3T9HB 5TU0A 2F7AA 3PGFA 3H6UA 4OTEA 3U94A 1FTLA 2P0SA 3IOTA 4FEBA 4MH5A 4ZS9A 3KN3A 4EXKA 1SI0A 5DT6A 2V3UA 1SW5A 3C31A 4LATA 2Z8FA 3RTFB 4FORA 5F1QA 5JTYB 1TXFA 5I58B 1IITA 4YMBA 1P99A 3U93A 1LAGE 2P2AA 1LB9A 2V93A 3C34A 4Z7EA 3KJ7A 4WXJA 2F5XA 1QKAA 5DVJA 4LQ2A 4R6HA 3CFLA 3HHFA 3QSLA 4ELPA 5I56A 4FECA 2A5SA 4O3AA 1S7YA 4M1VA 1SBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R8TA 3MZ1A 5KCJB 4PF8A 3EHTA 3DM0A 1LBXA 3L6GA 4P56A 2DWHA 4XTCQ 3ILUB 3V8XB 5CBSA 5HM4B 2F78A 2F8DA 3LSFB 4Q30B 3C32A 1K9ZA 4PDHA 1TWYA 2DXRA 2PT2A 3MP6A 3BFUA 1GR2A 2H5YA 1LEVA 4PFYA 4OEUA 4GBVA 3RNNA 3W9VA 3O97A 3G3JA 3O28A 1MXUA 4PQJA 2QS4A 1SPIA 1NV2A 2VD3A 4GX6A 4QFNA 1VDWA 3E78A 3M3LA 4NAPA 4F31B 2Z8DA 3VLUA 4P3LA 1Q35A 4NF4B 4PFIA 1QJMA 5I3SA 4KYDA 2XXHA 4KFQA 1KZ8A 1IEJA 1IXCA 1D9VA 4MEVA 3RTWB 4EF1A 1M5FA 5K2YA 2ZMBA 3DLNA 2BJIA 3TCFA 2OK2A 4BDLA 2RCBA 2FIXA 3E4RA 5J16A 1P1QA 4GQOA 4EUOA 4KPTA 3HSTA 1WODA 2XWVA 4PETA 4XFEA 2R71A 4G8MA 2PCRA 4I1DA 1B58A 2Y7WA 1MM6A 3SZPA 1L5TA 3FUZA 4QXDA 4X1DA 4PDDA 4R9GA 4R6YA 1EU8A 1S50A 1P1NA 5ISUA 1ZKBA 1B5HA 2HXRA 4QSDA 1D9QA 1FBCA 3T9UA 4OETA 5ET6A 3TZAA 5I2NB 1RYXA 2NOOA 4EDPA 2PT1A 3EKIA 4TOZA 1OMPA 4F19A 4ZEBA 2OWZA 4THIA 1I6AA 1UQWA 1NFTA 2XXKA 1VFDA 3W9WA 4P11A 2DQVA 4EF2A 2F34A 3V5AA 3IL1B 3TPAA 4GL8A 1DK4A 1LAXA 1PC3A 2DE3A 4RY1A 4XKQA 4JBZA 4IB2A 2CZLA 3KZGA 3HPIA 3VVEA 2P1SA 1FPGA 3FJGA 2DSFA 1O7TA 1SI1A 3LSWA 2Q8MA 1P1WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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