4DCYA

X-ray structure of nika in complex with fe(1s,2s)-n,n-kappa-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 164
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4dcyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dcyA01
3MW0A 2REJA 3SEUA 3S9EA 3KN3A 2XXPA 1B5HA 4WKMA 3GBBA 3ECRA 3D4CA 5JTYB 4NWCA 3OEKA 3EN3A 2ZMBA 2HZKA 3LSWA 4I9DA 4EQBA 4LATA 4ELOA 1N84A 1B05A 2I4CA 4MLQA 3IAZA 4PFYA 2O1LA 3SDFA 1A7LA 1N0TA 3EPEA 3MZ9A 1BIYA 5JTYA 2P0SA 1VR5A 1QKBA 1Q1KA 4YB5A 4ZDMA 1EZ9A 3IOUA 2XXVA 2B3BA 1UTBB 1P1UA 3KJTA 3RN8A 3TTMA 2Q2AA 2XXIA 3VLVA 3I5OA 2V3QA 1TXFA 2I58A 3S9MC 3S9NC 3PMVA 4JWOA 2Y7PA 2AYSA 3VXBA 4LP2B 3V83A 1D4NA 3TTNA 4OENA 3BKIB 4P0IA 1S50A 1USYH 2D21A 3HSTA 1NH8A 1UTBA 3PUXE 4IO2A 3T96B 1LAGE 4Q30B 3GZGA 3C9HA 4Q0CA 1A55A 2H25A 4DDDA 3PUZE 2VOZA 4UA8A 1GGGA 1FQCA 3HCQA 2F6GA 3PPPA 3PUWE 3FIRA 1PB7A 5ELVA 3PD8A 1HSEA 4U4XA 3T9UA 2D5WA 2UVIA 1S7YA 4OVJA 1IQ7A 1OMPA 1R9LA 2V3UA 2O84X 1NNPA 4XKNA 1I69A 4X1DA 1N3XA 2Q89A 3E9XA 5BUUA 4C0RA 2A5SA 4ZE8A 1I6QA 3VE1B 4RNSA 4OFJA 3S9LC 3K6XA 3RNNA 2F35A 1MY3A 5AA1A 3W15C 3TCHA 4IO4A 3FVKA 4E0WA 4F19A 3T9VA 5L8DA 2O69A 2HAVA 5L9OA 3K1MA 4ZZEA 2QL3A 3C4MA 1SDXA 3SERA 3DP8A 1MPBA 2GHBA 2OK2A 3UK4A 1I6AA 2ZXTA 3UORA 3RYAA 3IO4A 5DT6A 4U1ZA 1JW1A 2QS3A 2IEEA 3EHSA 4QFPA 3MP6A 4BDLA 4IGRA 3S2VA 3ONMA 1EZPA 2F34A 2Z8DA 2Z8FA 4QFNA 1N7WA 1DPEA 3FV1A 3TMGA 1TWYA 2NXOA 3I6VA 3IOVA 2FA7A 3FVOA 2XD3A 1FQBA 4R9GA 2DXYA 4G68C 3KBRA 3IO6A 3TKDA 3W9WA 2DWJA 3U92A 4FJPA 1ZMGA 1LAXA 1B7UA 2BJJX 1OVBA 3RY3A 4U4SA 3M8UA 3L6GA 2XX9A 1R1NA 1TFDA 2Z8EA 4YAHX 1B32A 1POY1 4XIGQ 2GRVA 4H65A 1ZTYA 1N76A 3QIMA 1IZ1A 4IO7A 1IXCA 3T66A 1MRPA 2RCAA 4RYAA 3SEVA 4R6KA 1N7XA 3C33A 3CFLA 1MXXA 3MVYA 3VV5A 3RTWB 2IA4A 2F97A 3MBPA 1DSNA 4KCDA 1ZU0A 3MAMA 2O51A 3V8XB 4G8HA 4PETA 1MQIA 3CG3A 3QUJA 3PU5A 4IY6A 4F2OA 1Y9UA 2F5XA 4YKJA 4PQJA 3D4GA 4NF8B 5M2VA 1DTZA 1TFAA 3MUQA 4F29A 4F1VA 2H99A 3U8QA 5AA2B 4DIGA 1JNFA 5CMCA 4EDPA 2HAUA 3ZKLA 4R9FA 4GL8A 4XKPA 4P11A 3FJGA 2ABHA 4GOTA 1VFEA 4FATA 3K1PA 1EU8A 3CFZA 2VD3A 2XXUA 1P99A 3IB0A 4O3CA 3RYBA 4JSOA 4NF8A 1PBPA 1JEUA 4F1UA 3FATA 4RK9A 5AA2A 1FCKA 3E4RA 1NH7A 3LUYA 3M3KA 4NEDA 3TTKA 3LSLA 4JWXA 4YZZA 5L9MA 3R7XA 3TELA 2DYXA 1GV8A 5IKBA 4MH5A 2OCUA 1XT8A 1JVYA 3UN6A 1LSTA 3H3GA 1UTHB 4RY1A 1P1OA 2PVUA 1KWHA 4MLVA 4MBPA 2Q2CA 1MG1A 3FD3A 3OSRA 2G93A 1NL5A 4FEDA 3VDFA 4LZ7A 4TOZA 2E1SA 3OO8A 3FJMA 4U1OA 4OETA 3PPRA 1I6BA 1MY2A 1UTHA 2DXRA 3VXCA 1AL3A 1IIWA 2HEUA 3FV2A 4HCYA 4R2FA 3IOTA 2I4BA 3HHGA 5CI5A 1BLFA 4R6YA 3CSGA 1PB9A 2X7QA 2WOLA 4LZ5A 1P1NA 1QVSA 4WEDA 4DE8A 3QSLA 1SW2A 1Y3NA 5EHSA 1FTLA 3MPKA 3IK6B 4AB6A 4NE4A 3UP9A 3RUMA 1HSLA 3RQTA 4JBZA 4G2ZA 5FHNA 4WXJA 1BP5A 1NKXA 4LQ2A 5KCJB 3TTRA 2AL4A 3C35A 3TYHA 4QFOA 3O6HA 2DE2A 1D9YA 4BLAA 3LC8A 3K00A 4F2QA 3E3KA 5HBCA 4JXIA 2QSXA 5KCJA 4IGTA 1LCFA 3ILUB 4OHNA 2RC9A 3C31A 2P2AA 3L6HA 3A09A 3BFTA 1B5IA 3FUZA 4Q8RA 4IB2A 4HS7A 3T93B 2P1SA 2Y7KA 4OEUA 3RT6B 4YKKA 1B3GA 3IL1B 3N6UA 5ICTA 3H03A 3TQLA 4DZ1A 1XOCA 1IUDA 4K3FA 2O7IA 1MDQA 4LQ5A 3C32A 3CG1A 5DYHA 3K6VA 3JV9A 5KZTA 5AA3A 3H4ZA 3PD9A 4ESWA 1WDNA 4TLMB 2I0BA 1LAFE 2H9BA 3OENA 2ESNA 4NWDA 3CVGA 2REGA 3FXRA 2RKMA 4PFUA 2GFEA 3MVXA 2F7AA 3V89B 3KJ7A 1LGBC 3USDA 4BDOA 2XXQA 4RPOA 2F6PA 3CRBA 4R75A 4H1XA 3FASA 2GHAA 1R6ZA 1SD3A 3R6UA 2ZYMA 2PYYA 5DTBA 1US4A 3MZBA 3VFJA 1GVCA 2NVUB 3BFUA 4Q5TA 1F9BA 1QUKA 1UIUA 1B3LA 3U94A 3Q27A 3FXQA 1ZKBA 3KN8A 3QAXA 1NFTA 1SYIA 2W7YA 4GQOA 1N3WA 3B6TA 4DCYA 1ATGA 4GRKA 2WOPA 3G3GA 1OQGA 1Y4TA 2OWTA 4FEBA 1IXGA 3F11A 2DWAA 3SEXA 2B3FA 1XS5A 4ZS9A 5ITPA 5HPQA 3TAJA 2I49A 3HV1A 3H7MA 3IJXB 2Q8JA 3SEWA 2RC8A 5AA2D 1JEVA 1R9QA 4F18A 4POWA 1MY1A 4JB7A 4G77A 4YKPA 4EXLA 2F8DA 1YAEA 3LSXA 1PC3A 4KYDA 4PFTA 3MPLA 3BBRA 2X7PA 2VHAA 4OEVA 4GFRA 4BDRA 4X48A 2F7BA 4NTLA 1FQEA 4FAJA 4R72A 1SBPA 2ZYOA 4PP0A 2OBGA 5I2NB 3SESA 3B6WA 4GD5A 3G3IA 2XD2A 1B3HA 1LBCA 2LAOA 3TUSA 3TTLA 4ZECA 1MH4A 3T9HB 1MPDA 3DM0A 4U22A 1JQFA 4GXSB 3PAMA 3LR1A 4ELPA 3ZSFA 3CSBA 1MXYA 3THIA 1RYOA 5FHOA 1OLAA 2I6EA 4G8NA 5I2NA 2ONRA 3CHGA 1H76A 3SETA 4JSDA 3OO9A 4FECA 1P1WA 3IR1A 1UQWA 2F36A 2QMWA 1SI0A 4LVQA 3QYTA 1H3DA 1FTMA 2VD2A 1AH5A 2G29A 2QPQA 5H8NB 1MQGA 1AOVA 2XXRA 1M5FA 1H44A 2QJEA 1LLSA 3PUYE 1MQJA 2UVJA 4QRZA 1YPNA 1MPCA 2XXXA 3MQ9A 3DP4A 3FGSA 5H8NA 1B4ZA 2Z23A 2FYIA 4I1DA 5EHMA 1VE4A 3KN7A 3MWBA 2H5YA 4G68B 3FTOA 4O3BA 1Y3QA 3KGCA 4QF9A 2UXAA 2B65A 5H8HB 4P0GA 3GBAA 1FQDA 1BKAA 1MM6A 3UIFA 3UGWA 3OOAA 3OEMA 4BDMA 1CE2A 3AXFA 1LFIA 1TT1A 1FTOA 4KCCA 1OIBA 1M5CA 1AMFA 2XXTA 4F3BA 4R6HA 4G68A 3PV0E 4OMBA 5JK4A 1EZOA 2D3IA 5H8HA 1ZIUA 3H6TA 4XTCQ 1MY0A 5BWJA 1N04A 1A99A 2DE4A 2E0SA 3OSQA 3GLBA 4H0WA 1B5JA 4R73A 3PGFA 1GTKA 5CMBA 5CRYA 3N6TA 5CMKA 3ODBA 3Q25A 1ZBMA 3QXMA 1Z7ME 1M5DA 1WODA 2PX1A 2DWIA 2NWJA 1DTGA 4ELQA 4N07A 4ZEIA 1SVXB 2DS9A 3WAEA 5K2YA 3PPQA 1Y1ZA 4Z7EA 4THIA 4TLLB 3G7WA 2Y7WA 1QW0A 1XVXA 4H8JA 2FNCA 5FTIA 3OXNA 5TP9B 4F3SA 3K02A 3QUFA 2ZNTA 2I48A 5DEXB 3ILTB 4KFQA 4ESXA 1NMUA 1ELJA 1US5A 2HCAA 5ICQA 1BTJA 1II5A 3JYRA 3FJ7A 5CBRA 1B58A 1LFGA 3TCGA 1MH3A 1B6HA 3TZAA 1FTKA 3ZKKA 2NOOA 4ELRA 4BDNA 5TP9A 1EH3A 3KSJA 3HHFA 2I0CA 3G3HA 4DXUA 2V93A 5DEXA 2XXHA 2QS4A 5CC2A 3H06B 3MC2A 4TQUQ 4QSEA 3O9PA 3P7IA 2THIA 4LZ8A 2ANJA 2RF1A 3V5AA 2XX8A 2OJTA 3H6VA 4HW8A 4LUBA 1A8EA 3G3KA 3TDJA 3HN0A 3T22A 3IORA 5FTHA 3Q29A 1Y20A 4YKIA 4POXA 3Q26A 1UIVA 1B4HA 2ONKE 1FQFA 1IEJA 1USYE 5AA4B 4JDFA 2V84A 3VLUA 4U21A 2UVGA 4JWYA 2R6GE 4AQ4A 1MXWA 3KOSA 2KLFA 4YMAA 4F22A 1B51A 4IO3A 1YTVA 3O6GA 1FW0A 4N6PA 4ECFA 3IX1A 1MY4A 2V3TA 1SW4A 5AA4A 3R26A 1J1NA 4G4PA 5K2XA 3IB1A 2PT2A 2HQ0A 3ZS6A 3OMBA 3M3FA 4OQOA 2DE3A 3MP8A 3K01A 3M3LA 2O68A 4GVOA 2DWHA 3T9XB 1Q35A 2Y7IA 1Y4CA 4EXKA 2ONSA 3MVZA 2DSFA 4L17A 3SEYA 4F3GA 3GXAA 3HO7A 4E0XA 5I56B 1OQHA 5J1DA 1RKMA 1B1HA 1SQYA 4EF1A 2HXWA 3CI8A 4YMBA 3G3FA 2Z22A 3K2DA 4GWOA 3DRHA 1URDA 2VGQA 3RLFE 1B3EA 3IB2A 3KEIA 4MF3A 2NUVA 5I56A 2DOJA 3CIJA 4RA1A 5AE4A 4NF5B 5B70A 3OD7A 4H5GA 4Z0IA 2I3VA 3PMWA 3PUVE 4F1YA 4R74A 2F7CA 3FVNA 1S9TA 3B6QA 4EQ7A 4QSCA 4H67A 4AB5A 3FZVA 3PPOA 2HFBA 1URGA 4NF5A 1D3KA 3U1OA 4OZ9A 3A3UA 5CMMA 2O6AA 3H6UA 4YICA 1Y3PA 1L5TA 3LSFB 4OYVA 4R2BA 2XHDA 3K6WA 3RT8A 4ND9A 4PE5B 3DRGA 5LOMA 3JZJA 1MS7A 2ZYKA 3O28A 4ISUA 1JVXA 2RINA 5TPAB 3SKPA 5IAIA 1RYXA 1LBBA 1O63A 1HSJA 4ZEDA 1O7TA 4GL0A 1XC1A 1B40A 4M4GA 1P1QA 4NF4B 3N26A 4MFIA 4KD5A 4EQ9A 3DELB 5TPAA 3TCFA 3G3JA 3HPIA 3VVEA 2ALUA 4FE8A 1B3FA 4ONYA 3O6IA 1SI1A 1PDAA 3OO6A 3DRKA 3IOWA 2PT1A 4H8IA 4NF4A 4RK2A 4N13A 5F1QA 3O29A 4YB6A 3LVUA 3C34A 3K1NA 2R9JA 1B2HA 4FIMA 3Q28A 4U23A 3DP6A 1QKAA 4H6DA 4OERA 3RPWA 3U72A 4X1BA 1PEBA 1FTJA 1DOTA 4GLIA 4HTGA 1O64A 4F39A 5I59B 2YLNA 3RGYA 1XVYA 4ZEBA 3TODA 3N94A 5EYFA 3KFMA 2R71A 3O6PA 2AIXA 1URSA 1JW4A 1A8FA 3DRFA 3E13X 1LB9A 2VP1A 1ZLQA 2QS1A 3W9VA 1WVJA 1QULA 3MZ1A 4IO6A 5I59A 2OZZA 3N5LA 2OLBA 3B7DA 4F31B 2ZYNA 2UVHA 4LA9A 4RPNA 3MP1A 2M8CA 4HCWA 4DCXA 4I62A 4F3PA 1GR2A 2DVCA 1LB8A 1B9JA 5L9SA 2YPNA 3IJOB 2YJPA 4GXAA 4DLDA 4KR5A 3TFLA 2H98A 2O1MA 1MQDA 3VVFA 4IO5A 1VSOA 3OO7A 1PBQA 4QFLA 2Q9TA 1B7HA 2QMXA 5HM4B 1YCJA 4BDQA 1Z7NE 3VLWA 1LAHE 4KPTA 5KDTB 4RJZA 5CM6A 3TQWA 5H8QB 3C36A 2WKYA 2GH9A 1XHYA 2X26A 2PMSA 3K4UA 1T0KA 3MJNA 2B4LA 2I3WA 1QJMA 2ZNUA 1Y1MA 3DLNA 4XXUA 2QS2A 3FXUA 2O7UA 1SW1A 1B7ZA 5KDTA 1IXHA 1IXIA 3O66A 1B52A 3UA8A 5H8QA 4KYEA 2Q88A 2PBWA 4OFLA 2B4MA 3KG2A 3TPAA 4C1UA 1LCTA 3PMXA 2DVZA 1ZJLA 2UYEA 3CFXA 3OELA 3VVDA 2F78A 5ITOA 1H43A 5DVIA 5H8FB 1MXUA 4ZZAA 3O2AA 4OXVA 4OESA 1MQHA 4OFOA 1B0LA 5A5XB 5TU0A 1CB6A 4DXBA 4NMYA 2CZLA 1MDP1 4KQPA 1SYHA 2XX7A 4EUOA 2UYFA 4EF2A 1AIVA 4WEPA 1OVTA 5H8FA 3KSXA 4KI0E 2AL5A 2A5TB 3KOTA 5A5XA 2Y84A 4PFWA 1NNTA 3WAFA 2CMOA 5B7DA 1QUJA 4YB7A 5FHMA 2ZNSA 3CR9A 1QUIA 5DVFA 1LFHA 1JETA 3DRJA 4GIZA 5CBSA 4KHZE 3PPNA 4UACA 2A5TA 4U2RA 4IY5A 4QHQA 1MXVA 4I8CA 2DP8A 4YU0A 4X9TA 3K6UA 2HZLA 4XKRA 4QSDA 1JW5A 3I3VA 2H4IA 1VFDA 2DQVA 4DXCA 1IITA 1A40A 1OLCA 3EHUA 2RC7A 2Y7RA 5JEIA 5H8SA 4OTEA 3EHTA 1ANFA 4QFKA 3EQ1A 5F7VA 1SW5A 5I58B 4OWDA 4G8MA 1POTA 1FQAA 2V25A 4ZEKA 4KYSA 4O3AA 1M5EA 1DPPA 4C1TA 4FORA 4NF6B 4ZEFA 2XXYA 3MVWA 1A54A 3TEPA 4H5FA 1NNKA 1D9VA 5I2KB 1PB8A 5I58A 5DVJA 1MXZA 4GF8A 2OWSA 1M5BA 4RXLA 1B0HA 5I84A 4LONB 4NF6A 3EF7A 5I57B 1B1XA 3U93A 4ZE9A 3A3CA 2QRYA 1MM7A 5ISUA 3DRIA 1B46A 4M1VA 3H6WA 3RTFB 5I2KA 3LBSA 1DMBA 3FVGA 2RCBA 3K0VA 3QK6A 3KZGA 4XKQA 3S4UA 5I57A 2XXWA 1H45A 3O97A 2WOKA 1NNFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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