4EXLA

Crystal structure of phosphate abc transporter, periplasmic phosphate-binding protein psts 1 (pbp1) from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
GESITAVGSTALQPLVEVAADEFGTIHVGKTVNVQGGGSGTGLSQVQSGAVDIGNSDVFAEEKDGIDASALVDHKVAVAGLALIVNKEVDVDNLTTEQLRQIFIGEVTNWKEVGGKDLPISVINRAAGSGSRATFDTVIMEGQSAMQSQEQDSNGAVKSIVSKSPGAISYLSLTYIDDSVKSMKLNGYDLSPENISSNNWPLWSYEHMYTLGQPNELAAEFLNFVLSDETQEGIVKGLKYIPIKEMKVEKDAAGTVTVLEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Phosphate-binding protein pstS 1
publication title Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 84
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4exlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4exlA02
3C32A 1MH4A 3WAFA 1FTLA 4NF5A 3GLBA 4JWOA 4NE4A 1B46A 3RPWA 3O6GA 2DXRA 4XTCQ 4H5FA 4NWCA 1Y3PA 1FQAA 4EF1A 1YCJA 4P11A 4OYVA 1D4NA 1IXCA 4PP0A 1PBPA 4KYSA 3ZKKA 3O6IA 3I6VA 4NF8A 1B3HA 4IGRA 3ZS6A 3H6TA 3EQ1A 3R26A 4ZECA 1RKMA 4LZ7A 1LFHA 1D9YA 2PT1A 3MC2A 4GWOA 3OEKA 4RPNA 1QULA 2GFEA 3JYRA 2UVHA 3VE1B 2Y7KA 5K2YA 1A7LA 1Y3NA 4Z7EA 1LSTA 5CMMA 3FJMA 5KZTA 3PUYE 2WKYA 2UYFA 2O7IA 3C9HA 3TTRA 5KDTB 2XD3A 1D3KA 3TEPA 4EUOA 3M3LA 2QPQA 4ELOA 1UTBA 2XXXA 3LSWA 2X26A 4FAJA 4G77A 3V8XB 4LATA 2CMOA 1N0TA 1SYHA 4DDDA 1TWYA 4LZ5A 3SEXA 3G3FA 5BWJA 3HCQA 3T9VA 1LGBC 2RKMA 4NTLA 1JNFA 4F3GA 1JETA 3KSJA 3N5LA 3KN3A 3O29A 3H7MA 1UQWA 3VXCA 2H99A 2VGQA 3V89B 3UN6A 3W9VA 4IO2A 2B65A 2HCAA 3S4UA 1XS5A 3PMVA 2XXYA 3CFLA 4WEDA 3CSBA 4G68C 4U4XA 4XKNA 2UXAA 2F36A 3FV1A 1LCFA 3A3UA 3MUQA 4ZEIA 4YMAA 1QKBA 5H8FA 2RCAA 1JQFA 2RCBA 2Z22A 4I62A 4NF6A 1GR2A 1N76A 3IX1A 4IO4A 2DSFA 3FXUA 5AA3A 5HPQA 4JWXA 3IB2A 2Q89A 3R7XA 3K0VA 4YKKA 4X1BA 2Q9TA 4KYDA 5DVJA 3CIJA 3K01A 2V25A 3LBSA 2VOZA 1MQJA 3IB0A 2H5YA 1NFTA 1OLCA 1US4A 2ONSA 2AL4A 5AE4A 3EHSA 4NF8B 3D4GA 1TFDA 3OEMA 4YB5A 1ZJLA 2NXOA 2F97A 3OMBA 1I6QA 1LB9A 4XIGQ 3RUMA 4N07A 1BKAA 4XKPA 2XX9A 4YU0A 2Y7IA 1R9QA 3Q26A 4KI0E 3RT6B 3THIA 3UA8A 3FXQA 2GH9A 1LAGE 5F1QA 1MXUA 4OENA 1MG1A 2V93A 1URDA 4WXJA 1MQDA 3Q28A 1CE2A 2XXWA 1AL3A 4YKJA 4KCDA 4JWYA 2Z8FA 4YB6A 3WAEA 4NF4A 3DM0A 4OXVA 5H8SA 1EZOA 3MWBA 2H4IA 1NNKA 3MBPA 2Q88A 2OK2A 2F6PA 3GBAA 2R6GE 1MXWA 4QFOA 1URSA 4GLIA 1UTBB 2G93A 1WVJA 5KCJA 1UTHB 3T22A 3D4CA 4LONB 4E0XA 3RTWB 3U92A 2OWTA 4PFWA 1B05A 1A8EA 2QMWA 4ZEFA 4R75A 4IB2A 3W9WA 3H6UA 1Y4CA 3KGCA 4KCCA 3VLVA 5I57A 3VVDA 4JB7A 3HHFA 3MVWA 1HSLA 4IY6A 1B2HA 1H3DA 4RPOA 1ZIUA 2QS4A 1D9VA 1R6ZA 3KG2A 2G29A 3TZAA 2HFBA 2V3TA 1LAHE 1FQDA 3FJGA 4WEPA 1MXZA 4JSDA 3BFTA 2HAUA 3IO4A 2F5XA 2XXUA 5TPAA 1B3LA 4GRKA 5H8FB 5K2XA 1B7HA 5I84A 3HHGA 3BKIB 4X1DA 4R74A 1LFIA 1PBQA 2I49A 1MM7A 2REJA 4H6DA 1ZMGA 1DTZA 3FIRA 3RLFE 3TPAA 2OJTA 1N04A 1MPBA 1B0HA 1N84A 1MS7A 2F7CA 1BP5A 3EHUA 3IOTA 3PD8A 5I59A 4AB5A 4I1DA 1Q1KA 1XC1A 1QW0A 5FHMA 3RN8A 3ECRA 3IO6A 2Y84A 1S7YA 1P1NA 4ZE8A 4HCWA 2Y7WA 4KD5A 2XXPA 1Z7NE 4P0GA 2GHAA 3M3KA 2DVZA 1SD3A 3O66A 4F1VA 1FTOA 1A40A 1A8FA 3PUWE 1AIVA 4GXSB 2E0SA 2LAOA 4NF4B 1I6AA 3BFUA 1YPNA 3TAJA 5B7DA 2A5SA 5I2KA 5CM6A 4QFLA 2ESNA 3KOTA 1SDXA 1DPPA 4G68B 1MH3A 3DP6A 3R6UA 3TQLA 3TFLA 1N7XA 2PX1A 3FVGA 2FYIA 4OETA 3E3KA 4TQUQ 2UVIA 5I57B 1F9BA 2VD3A 4H1XA 3T96B 4PFYA 1SYIA 4HTGA 4F18A 1M5CA 4ELPA 2QS1A 4FE8A 2NUVA 3S9NC 3MJNA 3FJ7A 4FECA 3RY3A 3A3CA 3GXAA 4F3SA 3H03A 5H8QA 4F29A 2O6AA 4OERA 1SW4A 4WKMA 5JK4A 1NKXA 4QHQA 3S2VA 1DSNA 2UVJA 5CMCA 3QIMA 1XVYA 5JTYA 1M5EA 4LZ8A 2AL5A 1B52A 1US5A 1QUIA 2E1SA 2ZNTA 3UGWA 4F2QA 5DEXA 4POWA 5AA2D 1P1UA 3K1MA 5H8HA 3DELB 3IJXB 1QVSA 4C1TA 3KZGA 1FTKA 3PGFA 4POXA 4BDOA 5BUUA 3K4UA 4QFPA 5I56A 2I0BA 4QSEA 1NNPA 5DVIA 2I58A 2DWIA 3PU5A 5L9SA 4F3PA 2ZXTA 2DQVA 3KFMA 1LFGA 3OELA 3MQ9A 1PB8A 1LB8A 1BTJA 4GVOA 5I59B 3KEIA 1JW4A 2ZYNA 3VVFA 3PPNA 3OENA 4DXCA 1B58A 2DOJA 2F78A 5FTIA 4KFQA 4ESXA 2P1SA 2XXIA 2DP8A 1ZU0A 5IAIA 4YB7A 2H25A 1H43A 3B6QA 4DXUA 3MZBA 3PPPA 4MF3A 5ISUA 4NEDA 1I6BA 1EZPA 4JXIA 3DP8A 3E9XA 1T0KA 4JBZA 2XXQA 4G2ZA 3U94A 1O64A 2A5TA 2ZYOA 4GFRA 4F22A 3H4ZA 3S9MC 4ESWA 2F8DA 2XD2A 3KOSA 3MVZA 1JW5A 3K6XA 1B1XA 3JZJA 4QFKA 4U1OA 3E4RA 4KYEA 4JDFA 2PYYA 2BJJX 4DCXA 3TTKA 1MM6A 3TCHA 3H06B 4JSOA 3CRBA 2ABHA 4I9DA 4LUBA 5EHSA 5CBRA 1CB6A 3TTLA 4EXLA 1N7WA 1AH5A 4HS7A 3B7DA 1A54A 3CG3A 1RYXA 4RA1A 2PMSA 4YMBA 3PV0E 5AA2A 4FIMA 3KN8A 4IO5A 1LAFE 4RK2A 3F11A 1TFAA 3UORA 4RXLA 4NF5B 5H8QB 4OESA 4LQ5A 2F7BA 4OFLA 4FORA 2I6EA 3PPQA 2RINA 2O1MA 3QSLA 5JTYB 3IOVA 3VLWA 4LP2B 3TYHA 3SETA 1XVXA 4RYAA 3OXNA 1IZ1A 1M5FA 3G7WA 4ISUA 4QFNA 1PEBA 3U8QA 1LLSA 2OCUA 4YKIA 5L8DA 3E13X 4N13A 1MPCA 2OBGA 1FQEA 2F35A 3Q27A 5I56B 3VLUA 5DTBA 3U93A 4RNSA 1MY3A 2DWAA 3I3VA 1GVCA 4AQ4A 4IO3A 4H8IA 1PC3A 5I58A 3TCGA 3N6UA 3O2AA 4FEDA 2M8CA 4TOZA 3FGSA 3I5OA 4ZEKA 4F3BA 4FJPA 2YJPA 4BDLA 1GGGA 4U21A 3MVYA 3CFZA 5CRYA 5M2VA 5AA4A 4LQ2A 4OFJA 5ITOA 2A5TB 4FEBA 2KLFA 2HZKA 4U2RA 1HSEA 3T9HB 4OEVA 4ZZAA 2DE4A 3OOAA 3OO9A 1JVXA 5EHMA 4L17A 2I48A 1Y3QA 2UYEA 2THIA 2Q2AA 3TTMA 4R2FA 3MP8A 4TLMB 3LSLA 3OO8A 3VFJA 3MPLA 5ITPA 3MW0A 2Y7PA 2DS9A 5DYHA 4GIZA 2RC8A 3MPKA 2XXHA 4IY5A 3FATA 3IL1B 3B6TA 1MY2A 2XX7A 3U72A 1PB9A 3UK4A 2NWJA 4Q8RA 1MRPA 3H6WA 4Q5TA 1S50A 2VP1A 1QKAA 4H0WA 1O63A 4Q0CA 5AA2B 1OQHA 1NH8A 3K6UA 3TTNA 3T66A 1Y1ZA 4F1UA 4NF6B 3T93B 3QUJA 1TT1A 3ONMA 1R1NA 3PPRA 2PT2A 2RC9A 2XHDA 2OLBA 3M3FA 4Z0IA 5TU0A 4Q30B 3CVGA 4ZE9A 3PPOA 3CG1A 1FQCA 4TLLB 1MXVA 5FHNA 3O28A 1O7TA 2ZYKA 3O97A 1OVBA 5CI5A 1JVYA 4R6YA 1IXIA 2DE3A 3CFXA 4GQOA 1IXGA 3N94A 1FW0A 1Y4TA 4R9FA 3H3GA 2D5WA 3L6GA 1XOCA 2NOOA 2I3WA 1H44A 1P1OA 1LAXA 3VXBA 4H65A 1B7ZA 1PDAA 4KQPA 4P0IA 2X7QA 1NL5A 1Y20A 4K3FA 1LBBA 5AA1A 1FCKA 3MAMA 2RC7A 3K1PA 1ZBMA 3FV2A 5J1DA 2I4BA 3RNNA 2Y7RA 3C33A 3K1NA 2V3UA 1BIYA 1ZLQA 4DLDA 1B32A 4FATA 3O9PA 1I69A 3LC8A 5KCJB 2I3VA 4X48A 4N6PA 5AA4B 3W15C 3N6TA 1FQFA 3G3HA 3TELA 1FTJA 3K02A 4F31B 3SERA 4ZEDA 5B70A 2PVUA 2Z8DA 2D21A 4MLVA 3FZVA 4XKQA 4EF2A 1IITA 4O3AA 4OHNA 2HZLA 5TP9A 1FTMA 3TODA 2HXWA 2AIXA 4H8JA 2F7AA 1VSOA 1TXFA 5CMBA 2I0CA 1YTVA 4LA9A 5F7VA 4OQOA 4KHZE 4GOTA 4MH5A 1B5IA 3S9LC 4GL8A 1IIWA 1P99A 3Q29A 4LVQA 2VHAA 1QUJA 3G3GA 4PETA 3JV9A 2O68A 1SVXB 3SESA 2Z23A 4YAHX 4BDQA 5TPAB 3OO7A 2P0SA 3U1OA 1SW2A 3HO7A 4ELQA 4THIA 5DT6A 1KWHA 1UIVA 4U1ZA 3BBRA 4YICA 4XXUA 3C36A 2H98A 1BLFA 4KPTA 2YPNA 2GHBA 3KN7A 4RJZA 1PB7A 3IK6B 3OSRA 1Q35A 1HSJA 3EN3A 2FA7A 2Q8JA 2V3QA 3SEUA 4PFTA 1NH7A 4ZS9A 4DZ1A 3SEVA 4F39A 4O3BA 1SW1A 3A09A 5FTHA 3VV5A 2AYSA 2D3IA 4ELRA 1POY1 1JEUA 4H67A 1AMFA 4G8HA 5ICQA 2UVGA 1B3FA 1IXHA 4ZZEA 2OWSA 1VFEA 1DOTA 4YZZA 1ELJA 1M5BA 3M8UA 2DWHA 3QYTA 3RTFB 1OMPA 2DWJA 2YLNA 2GRVA 3LR1A 4BLAA 5L9MA 1MDP1 5CC2A 3USDA 4DXBA 2QMXA 1DMBA 1L5TA 3LSFB 4QSDA 3PUZE 4G8NA 1GV8A 4X9TA 1USYE 2XXTA 1B6HA 3IORA 2I4CA 2V84A 4R6HA 3L6HA 4PFUA 5JEIA 4M4GA 1UTHA 1XT8A 1IUDA 1ANFA 1N3WA 3OD7A 2ZYMA 4I8CA 1B4HA 1ATGA 2B3BA 3OSQA 3PUXE 5I2NA 2O84X 4BDRA 5I2KB 3QAXA 2CZLA 1NNFA 4EDPA 3KJ7A 3G3JA 3FVOA 2IA4A 2PBWA 5A5XA 3HN0A 2O69A 1II5A 4U22A 3G3IA 3IR1A 3MP6A 1WDNA 2B3FA 5TP9B 1B40A 1JW1A 3DP4A 5EYFA 1QJMA 1Z7ME 3C4MA 1B51A 4OEUA 4DCYA 3FASA 3G3KA 3EPEA 4QRZA 1MQHA 3CI8A 4NMYA 1B3EA 3VVEA 4IO6A 2R9JA 1J1NA 4IGTA 4OMBA 1MDQA 4ONYA 3K6VA 1EH3A 3PUVE 4RK9A 1LBCA 1B3GA 2F34A 3O6HA 5HM4B 3V5AA 4GD5A 3CSGA 4QSCA 1UIUA 1VR5A 5DEXB 1N3XA 2X7PA 2QJEA 3TCFA 4G8MA 1VE4A 5H8HB 4GXAA 1M5DA 3MZ9A 2H9BA 1OVTA 4DIGA 2QS3A 5LOMA 4PE5B 3V83A 2NVUB 2RF1A 3C31A 4UACA 3P7IA 3MVXA 1SQYA 4F2OA 4KR5A 1B5JA 4R73A 4H5GA 4EQ9A 1A99A 4ZDMA 1USYH 3OO6A 1MXYA 4HW8A 2W7YA 3PMXA 1YAEA 1B4ZA 2P2AA 4O3CA 3VDFA 3TDJA 3EF7A 4GF8A 3K2DA 1SBPA 3K6WA 3IJOB 2ZMBA 1S9TA 4QF9A 3Q25A 3TMGA 3ODBA 3HSTA 2O51A 1Y9UA 2QSXA 2R71A 4OWDA 4E0WA 1H76A 2DXYA 3IB1A 4EQBA 2Z8EA 2ALUA 4OFOA 3FXRA 4UA8A 4C0RA 3EHTA 4G4PA 1ZTYA 2O1LA 2IEEA 5ELVA 3MZ1A 1ZKBA 3IOWA 3GZGA 4G68A 4R6KA 5H8NA 4XKRA 3KJTA 2OZZA 1MQGA 5I2NB 1IQ7A 4HCYA 1MQIA 4MBPA 1GTKA 2ANJA 3UIFA 1MY1A 1MY4A 4EXKA 4F19A 4ND9A 1DTGA 2HQ0A 3LSXA 3MP1A 5A5XB 4OVJA 1H45A 3FD3A 1Y1MA 5ICTA 3T9XB 1RYOA 1XHYA 4MFIA 1OQGA 1P1WA 3KSXA 3SKPA 1MY0A 2REGA 2O7UA 3AXFA 1OIBA 2XXRA 3LUYA 1JEVA 2F6GA 4R72A 4R2BA 4DE8A 3DLNA 1URGA 3IAZA 1POTA 3UP9A 3N26A 5CMKA 3S9EA 1EU8A 4OZ9A 3T9UA 3SEWA 3K00A 2ONKE 5CBSA 1FQBA 2VD2A 4YKPA 1DPEA 1B1HA 1NNTA 2HAVA 4MLQA 1WODA 3PD9A 4C1UA 2FNCA 1B0LA 1MXXA 2DE2A 2ONRA 2ZNSA 1EZ9A 3KBRA 3CR9A 2DVCA 3FVNA 1IEJA 2XX8A 2XXVA 2ZNUA 5DVFA 5KDTA 2QL3A 3TKDA 1SI1A 4M1VA 1NMUA 3RQTA 3ILTB 1AOVA 5I58B 1P1QA 5HBCA 3FVKA 4NWDA 1SW5A 3TUSA 3SDFA 4AB6A 3PMWA 1LCTA 2Q2CA 4OTEA 3HPIA 1OLAA 3HV1A 1SI0A 5FHOA 3C34A 4ZEBA 4U4SA 4U23A 3IOUA 3QK6A 4R9GA 3QUFA 3RGYA 3SEYA 3ZKLA 3GBBA 4ECFA 3ILUB 5IKBA 3TQWA 1B9JA 2QRYA 1R9LA 3RT8A 4BDNA 4EQ7A 4BDMA 5H8NB 1B7UA 2QS2A 1A55A 2HEUA 4IO7A 1B5HA 1QUKA 2DYXA 1MPDA 4GL0A 4RY1A 3QXMA 4PQJA 3H6VA 3ZSFA 3B6WA 4F1YA 3C35A 5L9OA 1VFDA 3FUZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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