4F22A

Kainate bound to the k660a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTAEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 81
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A02
2Y7PA 3O29A 3FATA 1SI1A 2NOOA 4G68C 3S9EA 1MDQA 1PB7A 4YB5A 2DE4A 1PEBA 3OEKA 2OWSA 4H1XA 2YPNA 3VLWA 2YJPA 4JWOA 4PETA 1PDAA 1MXUA 2Y7KA 4QFNA 5EHMA 3W9WA 5CM6A 4DCYA 1MQGA 3LSFB 2XXQA 3IJOB 1P1UA 1JQFA 1Y1ZA 1B7HA 3TTMA 3EF7A 5ISUA 2D5WA 3ECRA 3FVKA 1D9VA 3IO4A 1R9LA 4WEDA 4F3PA 3SEYA 4H5GA 3IOTA 1EZPA 4ISUA 2NUVA 3RPWA 1FQBA 2F5XA 1B6HA 1AIVA 1XHYA 4NF5A 4XKNA 2Q8JA 5I57B 4RNSA 2DWAA 3N6UA 5DVIA 3KJTA 2RCAA 5IAIA 1Y3QA 2F7BA 1LB8A 3E9XA 1OIBA 4GWOA 1BIYA 1B2HA 2I48A 4DE8A 3H6WA 2IA4A 1MY2A 4ONYA 1MG1A 1FTKA 3IK6B 2PMSA 1P99A 4RK2A 1H43A 2XX8A 4KYDA 4F1UA 4NF6A 2ONKE 3MVXA 4JDFA 2FYIA 1M5DA 4TLLB 3KOTA 4Z0IA 4ESXA 1BP5A 4N6PA 2DS9A 4OFOA 1EH3A 4O3AA 3CSGA 4F19A 1IITA 3BFUA 4F31B 4AB6A 1UIVA 1LGBC 2I4BA 4YKKA 4ZE8A 2IEEA 4H8JA 2V93A 3LSXA 4IB2A 2ZYNA 4GVOA 2THIA 1UIUA 2R9JA 4YU0A 4OFJA 2VD2A 5AE4A 3T96B 3G3IA 2DWIA 2Q2CA 5ITOA 3VVDA 1JETA 1TWYA 2A5TB 2DP8A 2H4IA 1N3XA 3K2DA 2REGA 4ZEFA 4IO6A 4IO3A 5CC2A 5ICTA 1N04A 1URGA 1MY0A 4GRKA 4OENA 2O68A 1P1OA 3LR1A 4PFWA 5F1QA 2R71A 3Q27A 4KCCA 3WAEA 4Q0CA 1IUDA 2O7IA 3K6VA 1AL3A 4NF8B 3EPEA 1VFEA 4F3SA 3JYRA 4EQ7A 2GHBA 4KD5A 5CMMA 4LA9A 4KQPA 2H99A 4R74A 2DXRA 1B46A 2AL5A 3T22A 4ELPA 2KLFA 2I3WA 3SEUA 1II5A 3H4ZA 1MXXA 1QULA 2I0BA 4YB6A 3PUVE 5DYHA 1SQYA 1ZKBA 1GR2A 2ANJA 3I3VA 4U4XA 4GLIA 2DVCA 3UK4A 1J1NA 3AXFA 1ZU0A 3HN0A 4PP0A 3V8XB 2R6GE 1N7XA 1FTJA 4NTLA 4DLDA 1FQDA 3UA8A 1Y4CA 3MPKA 5ELVA 1LAHE 1SYIA 4RK9A 3CRBA 4EXLA 3RT6B 3FVOA 1JVXA 2NVUB 1ZJLA 5TU0A 1NMUA 5I59B 3FVNA 1M5BA 4WEPA 1R6ZA 2RF1A 5CMKA 3S9MC 2AYSA 2Q88A 4THIA 2F97A 3VDFA 5B70A 3GXAA 3IOWA 3O9PA 5CRYA 2H25A 3UIFA 3KSXA 4TLMB 4OEUA 3KSJA 4U21A 1USYE 4KR5A 3MAMA 1LAGE 3TYHA 4PFUA 3VE1B 1B1XA 5I57A 2V25A 4RYAA 1VE4A 1PC3A 3SEVA 3FV1A 2O7UA 4WXJA 4GQOA 3SEXA 2Q2AA 5H8QB 1SW5A 4PFTA 4POWA 2ZYMA 3TMGA 4X1BA 4UACA 1B58A 4I9DA 4P11A 3CIJA 3MVYA 1JW5A 4AQ4A 4RA1A 2F8DA 1TFDA 2VD3A 1LFIA 3O6GA 1KWHA 4MFIA 1MXVA 4DCXA 4FJPA 3DP8A 1LBCA 2HEUA 2I0CA 2ALUA 3DLNA 3LSLA 3BBRA 4KHZE 1B52A 1MM7A 5CBRA 1IEJA 2F36A 3H6TA 4ZDMA 3UGWA 2Q9TA 2ZNSA 2E0SA 1Q1KA 4WKMA 4FECA 4X1DA 4P0IA 1LSTA 3MZBA 2I6EA 1DTGA 3KN7A 3RT8A 2O1MA 5CMBA 1JW1A 3QAXA 3T93B 2REJA 3O28A 3N5LA 3K1PA 3OO7A 1D9YA 4OHNA 3S9NC 5ITPA 3HHFA 1QVSA 2QPQA 3F11A 1B5JA 3B6WA 5LOMA 3HPIA 1QUIA 4YAHX 1D3KA 4F39A 2QSXA 5H8HB 2A5TA 1LAFE 2ZNUA 1MY4A 3PD9A 2AL4A 3N94A 4IGRA 3E3KA 3IB0A 2D21A 3TDJA 1HSLA 4R73A 5I58B 4XKQA 5I2KA 1PB9A 4BDLA 3GZGA 3ZSFA 2FA7A 3RGYA 1B40A 2O69A 3GLBA 5K2XA 1P1WA 4FORA 2Z8FA 3BFTA 3PUWE 5FHMA 5AA2D 1N84A 2QRYA 3R6UA 2Y7WA 1UTHA 5BUUA 1NL5A 2V3QA 1AOVA 3UN6A 2ONSA 1B3FA 4R75A 1O64A 3ILUB 2YLNA 3Q29A 4RJZA 3M8UA 3MZ1A 1GGGA 1MQIA 3LC8A 2HZKA 3UORA 3OD7A 1VFDA 2X7PA 1IXHA 1S7YA 3A3CA 4GIZA 3CG1A 1N7WA 3MPLA 1XVYA 2ABHA 3PPNA 2VGQA 1DSNA 1MM6A 4I8CA 1SDXA 1RKMA 3RQTA 5I59A 2I58A 2PYYA 3EHUA 3SESA 1LAXA 5DVJA 4LZ7A 2WKYA 4M4GA 2XXWA 4MLQA 4XKPA 2ZYOA 2W7YA 1YCJA 1M5EA 1A99A 3B6QA 3D4CA 1IXCA 4G8MA 4NE4A 3N6TA 1A55A 1VSOA 3SKPA 2ONRA 1JNFA 3K6WA 4ZZEA 1TFAA 3OO9A 4TOZA 3DP6A 3MP6A 4C0RA 2O51A 2DWHA 3MQ9A 5I2NB 1TXFA 4LQ2A 1PBPA 5FHNA 1R1NA 4QFKA 3TTRA 5F7VA 4JWXA 3C33A 5H8QA 3OXNA 1T0KA 3RTFB 1B3LA 1UTBB 1MPDA 3K1NA 1B0HA 3L6HA 1IXGA 2O84X 1GV8A 1EZ9A 2XD2A 2PX1A 1SYHA 1A7LA 3MW0A 4YZZA 3TCHA 3VLVA 4HTGA 2HCAA 1B51A 2VHAA 3U72A 1H45A 1M5FA 3PPOA 4HS7A 1SI0A 5DTBA 1H3DA 3G3KA 5KCJB 3M3KA 2ZMBA 3ZKLA 3RLFE 2QS3A 2BJJX 2RC8A 2RKMA 2NWJA 2XXPA 4ELRA 2QMWA 1P1QA 3U92A 5H8NA 1MPBA 3C4MA 4LP2B 2H98A 4GF8A 3IOVA 1PB8A 3RNNA 2H5YA 4F1VA 4N13A 1QUJA 3M3FA 2P1SA 1B05A 4ND9A 1ZIUA 1MDP1 3ZKKA 5AA2A 4Z7EA 3USDA 2V3TA 2OWTA 2GH9A 1MY1A 4ZE9A 5I84A 1WODA 1CE2A 1VR5A 3OSRA 3IX1A 2DYXA 1RYOA 5L9SA 1ANFA 4QFOA 3H6VA 3TUSA 2HAUA 3EQ1A 4JBZA 5AA1A 3V89B 2OBGA 3K02A 4YKPA 4ZEKA 4G68A 3FJ7A 3KG2A 1HSEA 3KZGA 2ZXTA 4NEDA 1LFHA 3PD8A 3P7IA 3H7MA 3B7DA 4I62A 3GBBA 3TCFA 2LAOA 4XKRA 3TODA 1SW2A 5I58A 1NH8A 3RY3A 1B4ZA 1QJMA 4NWCA 2OLBA 4UA8A 1H76A 3QXMA 1DOTA 2B65A 4H65A 4IY6A 2DQVA 4G2ZA 3B6TA 4OESA 1POY1 4LZ8A 3GBAA 5CI5A 4NF4B 3EN3A 4G77A 1US5A 2H9BA 4PE5B 1M5CA 5KZTA 1YAEA 3Q26A 4GOTA 5DEXB 1A40A 1ATGA 4OXVA 1MQDA 2XXVA 5KDTB 3K6UA 3T66A 3ODBA 3V83A 2QS4A 4R6HA 4IO2A 4JXIA 3RUMA 2XXUA 4MF3A 1JEVA 4Q5TA 3S9LC 3MVWA 1H44A 4GFRA 3OO8A 4ELOA 1P1NA 3FASA 4KCDA 3CI8A 2O6AA 2XXRA 3K1MA 4HCYA 3U1OA 4R72A 3IOUA 1XC1A 1MXZA 3VXCA 3TZAA 4IO4A 3C36A 1MXWA 3T9XB 3PUXE 4EQBA 2QL3A 4XXUA 4G4PA 2G29A 3FJGA 3DELB 1MXYA 3JZJA 3OENA 2ESNA 5A5XB 4YKJA 1XVXA 2ZYKA 4E0XA 4X48A 4C1TA 4MBPA 1OVBA 3FV2A 4F3BA 1LCTA 3R7XA 5EYFA 5CMCA 4QFLA 3PUYE 3VLUA 2V3UA 3IORA 4QRZA 4BDQA 2RC7A 2F78A 5I2NA 2HAVA 2XXHA 3SDFA 3SERA 4X9TA 1EU8A 2GRVA 5AA3A 1NFTA 2XX9A 1FQCA 1IIWA 3TCGA 4RXLA 4BDRA 5K2YA 4LVQA 4IO5A 1UTBA 4POXA 3FXUA 2XHDA 2CZLA 3H03A 4BDOA 1FW0A 1SD3A 2D3IA 5L8DA 1LFGA 1MS7A 5TP9B 4RPOA 3PMWA 3FGSA 3WAFA 4XIGQ 2AIXA 4FE8A 4HCWA 3IB2A 4FATA 4JSDA 5BWJA 4ZZAA 3TPAA 4L17A 2GHAA 1B3GA 5JTYB 4F22A 2E1SA 5HPQA 1BLFA 3V5AA 4DXUA 3A09A 1Z7NE 2NXOA 1AH5A 3FIRA 1POTA 4GL8A 1Q35A 4RPNA 3H6UA 4N07A 3A3UA 2CMOA 5DT6A 2OZZA 3QIMA 1S50A 4EXKA 1Y20A 1LCFA 1Y1MA 3SETA 1XT8A 3IAZA 2M8CA 3K01A 1B7UA 1NNFA 2A5SA 1ELJA 3OEMA 3QUFA 4OQOA 2DVZA 1MPCA 5I56B 3E13X 3PV0E 4GXAA 3O6HA 1DPPA 3G3FA 1B9JA 1FQAA 2UVIA 4YKIA 3DM0A 3OO6A 1IZ1A 4F1YA 2PT1A 5FTIA 4GL0A 4H0WA 4NF8A 4KYSA 1US4A 3EHTA 4JWYA 1ZMGA 4FAJA 3THIA 2Y84A 1NNTA 4IO7A 1I6QA 5HBCA 3FXQA 4OYVA 3L6GA 4R2BA 2OJTA 3IJXB 1FCKA 1B1HA 2XXXA 4QHQA 4QFPA 4F18A 3MUQA 3KN3A 1JVYA 4DXCA 1Y9UA 1B32A 4H5FA 4NMYA 4Q30B 3G3JA 1MH4A 3G3GA 4ECFA 3O6IA 5FHOA 4U23A 4F3GA 2B3BA 4TQUQ 3VV5A 4NF4A 2V84A 3TTNA 1OMPA 3KN8A 4G8HA 5DEXA 4IY5A 3W15C 5KDTA 4ZEIA 4QF9A 4QSEA 4M1VA 4H6DA 3N26A 3RTWB 4ZECA 3BKIB 3W9VA 4FEDA 4XTCQ 2X7QA 1B7ZA 3PU5A 1A8EA 3IR1A 3K0VA 4GD5A 3KOSA 3C9HA 1QW0A 2F7AA 1B4HA 1FQEA 1I6BA 4H67A 1YPNA 4LONB 1F9BA 3CFXA 3TQWA 4U1ZA 2I3VA 4YB7A 1OLCA 1FQFA 2HZLA 1A8FA 2UYEA 2GFEA 1MY3A 3E4RA 2RC9A 2QMXA 1FTLA 5CBSA 4LQ5A 2DOJA 4OEVA 1Y4TA 5A5XA 4ESWA 1SBPA 1QUKA 2DWJA 1OQHA 1DMBA 1YTVA 3ILTB 1RYXA 4AB5A 3O2AA 3T9HB 4PQJA 1TT1A 2P2AA 2FNCA 4P0GA 4YMAA 3FD3A 5AA4B 2F34A 3I5OA 1PBQA 4R9GA 4BLAA 3TKDA 4KPTA 1JW4A 1CB6A 1O7TA 4I1DA 4KYEA 4F2QA 1B5HA 2I4CA 3O97A 3C31A 3PMVA 1Y3PA 1FTOA 1EZOA 5TPAB 1WVJA 4QSDA 5H8FB 3D4GA 3VXBA 1ZTYA 1BTJA 1LBBA 3TAJA 3MZ9A 5TP9A 1DPEA 2HFBA 4OTEA 2XXYA 3TEPA 3LUYA 5EHSA 3KBRA 4ZEDA 1N76A 4O3CA 3SEWA 5JTYA 3LBSA 1USYH 3MP1A 3CFZA 3FXRA 3S2VA 3G3HA 4OERA 4U2RA 1XS5A 4F29A 3MBPA 3O66A 3KFMA 4EUOA 3S4UA 2UYFA 5IKBA 4O3BA 4U1OA 1GTKA 2OCUA 4PFYA 5JK4A 2XXIA 1JEUA 1MQJA 3QUJA 3TFLA 5H8HA 3QSLA 1HSJA 4YICA 5I2KB 4QSCA 3RN8A 4OZ9A 3T9VA 1Y3NA 1SW4A 3MC2A 3H3GA 3QYTA 3PUZE 5I56A 3CR9A 3IB1A 3HHGA 3KJ7A 2OK2A 1L5TA 1Z7ME 2Y7RA 2DSFA 2QS2A 3PPRA 3PGFA 1NNPA 4KFQA 4FEBA 4LZ5A 1N0TA 3I6VA 2P0SA 3MWBA 4LATA 3VVFA 4MH5A 1URSA 4U4SA 4OETA 3KGCA 4G8NA 5L9MA 2B3FA 1UTHB 1UQWA 3FJMA 4Q8RA 4DXBA 4OMBA 2Y7IA 4ZEBA 5M2VA 1NH7A 3MJNA 1MRPA 4U22A 4GXSB 1B5IA 5DVFA 1OQGA 2G93A 1R9QA 3CVGA 2Z8EA 1IQ7A 3DP4A 3K4UA 3CSBA 2UVJA 4HW8A 4JSOA 3OOAA 2XXTA 2Z23A 4R6KA 2O1LA 5B7DA 3Q28A 4EQ9A 1OVTA 3U93A 2F7CA 3TELA 4NF5B 3KEIA 1AMFA 1SVXB 2F35A 1QKBA 3TTLA 1XOCA 3FVGA 3HSTA 2XD3A 2I49A 3Q25A 1D4NA 2PT2A 2RINA 4RY1A 2Z22A 4R6YA 2UVHA 5ICQA 4NWDA 5H8SA 1GVCA 2QJEA 3PPPA 1SW1A 2DXYA 3MP8A 3FUZA 4IGTA 1O63A 2DE2A 2UVGA 1I6AA 4EF2A 2Z8DA 3LSWA 4NF6B 4H8IA 2PVUA 3C34A 3PMXA 1QKAA 2F6PA 3PPQA 3VFJA 3TTKA 3IO6A 3H06B 2PBWA 4OVJA 4ELQA 4KI0E 4MLVA 4BDMA 3VVEA 4DDDA 4EF1A 1MQHA 1NKXA 3ONMA 4ZS9A 3QK6A 3R26A 3JV9A 3K00A 3C35A 4F2OA 1LLSA 4YMBA 3IL1B 3OELA 5FTHA 3OSQA 3FZVA 5AA4A 2F6GA 1IXIA 2QS1A 5H8NB 4R9FA 1A54A 5KCJA 4EDPA 1URDA 2VOZA 1WDNA 3MVZA 1S9TA 5TPAA 2Q89A 4DZ1A 3T9UA 5H8FA 4C1UA 1OLAA 1I69A 4JB7A 1B0LA 3TQLA 5J1DA 5L9OA 3ZS6A 2X26A 4DIGA 5JEIA 3HV1A 5AA2B 1NNKA 3CFLA 4E0WA 2ZNTA 3G7WA 1ZLQA 1B3EA 3HCQA 3OMBA 1DTZA 2VP1A 4K3FA 2UXAA 1MH3A 3M3LA 1N3WA 1LB9A 4BDNA 4R2FA 3U94A 2DE3A 3UP9A 2HXWA 1B3HA 3K6XA 3U8QA 3EHSA 1FTMA 1ZBMA 3HO7A 5HM4B 4OWDA 4OFLA 2XX7A 4G68B 4LUBA 2RCBA 4FIMA 1BKAA 3C32A 3CG3A 2HQ0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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