4F29A

Quisqualate bound to the ligand binding domain of glua3i
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f29A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f29A02
1NNFA 1FQBA 2F97A 1UTBA 4PQJA 2UYFA 3O6GA 2O7UA 5J1DA 4KCCA 1L5TA 3FUZA 1ZMGA 3FXUA 5M2VA 1IXCA 1B40A 4ELRA 4NF5B 5B7DA 1NMUA 1HSLA 4G2ZA 2DXYA 1JW4A 4NF5A 3ONMA 3U8QA 4FJPA 4HCWA 1MS7A 4THIA 1FTMA 1S50A 2HAUA 2I0BA 2PBWA 5JK4A 1ZU0A 1USYH 4OZ9A 3C31A 1H43A 3IK6B 1ATGA 2X7QA 3BBRA 4NF6B 4YMAA 3TUSA 5DYHA 4U1ZA 3FJ7A 1M5DA 2AL4A 4X1DA 1IQ7A 1LAGE 2HQ0A 4QSCA 4C0RA 5K2YA 2HCAA 3VVFA 4G77A 3T9XB 4HCYA 4X1BA 2ANJA 1US5A 1B3FA 3GZGA 4WXJA 3V89B 1M5EA 3PD9A 2V84A 4JXIA 1NNTA 3CSGA 4QSEA 4ZEBA 2B3FA 3IB1A 3PUYE 4IO5A 2P0SA 1UIUA 4QFKA 1F9BA 2Q89A 3KBRA 1Y1ZA 2HZKA 1LGBC 4N13A 4LONB 5A5XB 3G3GA 3RTWB 2ONRA 2F5XA 1B4HA 3GBAA 3MC2A 2FYIA 2DWIA 4BDNA 1PB8A 1URGA 1OQGA 2F78A 1Z7NE 3QYTA 1B5HA 3P7IA 4ELOA 3HCQA 4RK2A 4KYSA 1AH5A 4ZEKA 1MXVA 3LBSA 1SW2A 2A5SA 1XC1A 1MQHA 4LZ5A 1LLSA 2QMXA 1B58A 3K4UA 3VDFA 1LAFE 2PT2A 4ZZAA 3V8XB 4QF9A 2QRYA 4H8JA 3HN0A 4MH5A 2DWHA 1NH8A 1H76A 1R9QA 5H8SA 3ZS6A 3MUQA 4F18A 3AXFA 3QAXA 4NEDA 4EQBA 2ZYMA 5CMBA 2XXTA 3RT6B 3ECRA 4I62A 1MY0A 1SI1A 3IO6A 2DP8A 3MPKA 4XKNA 4ELQA 2Y7KA 1DTGA 3RGYA 2I58A 2OLBA 3TCHA 4YU0A 2WKYA 3QXMA 2F35A 3MZ1A 4BLAA 4Q0CA 4R6KA 4MLQA 1ZJLA 2DXRA 1EZ9A 3RN8A 2QS4A 5AA2D 3H6TA 4R6YA 4R72A 2VGQA 1LAHE 2QS2A 3EHSA 5FHMA 1A55A 3TMGA 4DE8A 3JYRA 1SYHA 1JVYA 2UXAA 3TQLA 5CMMA 1TWYA 2I4BA 3TODA 3OD7A 5KCJB 3UIFA 1B05A 2NOOA 3FJMA 1NNKA 3I5OA 4RPNA 3N5LA 4JWOA 4PFUA 3QUFA 1AMFA 1MQJA 3TTKA 3O6IA 1LFHA 3JZJA 1UQWA 4OYVA 1MH4A 1H45A 3B6QA 3BKIB 4G8MA 3EF7A 5I56A 3S9LC 1N04A 5TU0A 4KPTA 1SW5A 2Z22A 5CI5A 2XXRA 3LSXA 3U1OA 2YLNA 3LC8A 5DVIA 4KYDA 2I48A 4ZEIA 4IO4A 5AA3A 1UTHB 2GFEA 4GL0A 3GLBA 4WEPA 4U22A 1MXXA 4KQPA 5KZTA 1WVJA 1Z7ME 3RQTA 3VLWA 1A8EA 3T9HB 3N6UA 3IOUA 3OSRA 3IOTA 3IO4A 2DS9A 4RXLA 5EHMA 2HEUA 2GRVA 2CMOA 5I59B 3KJTA 4U4XA 2I6EA 3FVGA 3OXNA 5I59A 3O28A 1B46A 4LZ7A 1TFDA 1LBCA 2A5TB 3PPQA 4FORA 5H8QB 1JEVA 1MQGA 3OO8A 4Q5TA 4IO2A 5H8QA 4H65A 4FE8A 1VSOA 3OO7A 4GXSB 1Y1MA 1B52A 3T93B 3Q28A 5ICQA 2RC9A 2I4CA 3MQ9A 4GL8A 3MZBA 3IORA 1PB9A 3H6UA 4AB6A 4DXUA 3PPOA 1MDP1 3H3GA 1POY1 5HBCA 3KJ7A 5AA2A 3LR1A 4R9GA 4LA9A 3H4ZA 4F3GA 2GHBA 4JBZA 4FATA 1I6BA 1GGGA 1GV8A 5H8NB 2PYYA 1H3DA 3FASA 4OQOA 2Z8EA 5H8NA 3EHTA 3H6WA 1MY3A 4RNSA 1BTJA 4F31B 5TPAB 3RUMA 3TQWA 3B7DA 4F3PA 5TPAA 3PU5A 4EUOA 1D4NA 1B5IA 1VFEA 4YB5A 3VLUA 4QRZA 3GXAA 4MBPA 4DLDA 3A09A 3I3VA 5HM4B 1JQFA 3HPIA 1AOVA 3S9EA 1ZKBA 1ZIUA 3VVDA 2UVHA 2H98A 5CC2A 2O68A 3ZSFA 3TEPA 1N7WA 1LFIA 4IY5A 4DDDA 2FA7A 3TELA 1B6HA 3U72A 5ELVA 2VD3A 1FQAA 1JW5A 3KN3A 1B9JA 3FIRA 4R74A 2HXWA 5I58B 4R73A 4DZ1A 3R7XA 5I58A 3O6HA 5ISUA 3PMXA 3FV1A 4H5FA 5ITOA 1XS5A 3SEWA 4E0WA 2Y7WA 2DYXA 1VR5A 1DMBA 1N3WA 3WAFA 1MXUA 4YMBA 1PBPA 4ZE8A 4BDMA 3I6VA 3CI8A 4FAJA 2DSFA 1Y3QA 4LP2B 4HTGA 1VE4A 4RJZA 1B3GA 4Z7EA 1R1NA 4UA8A 1KWHA 4OESA 1P1QA 4JB7A 1JEUA 2V3UA 2ZXTA 1QVSA 3KEIA 3B6WA 3DLNA 4F2OA 1PEBA 4OMBA 2NUVA 2OCUA 2QSXA 3UGWA 1Y3NA 3PUXE 2HAVA 1BIYA 1MQIA 4NF4B 3ILTB 4X48A 2XXXA 4NWCA 4NF4A 1CB6A 4RYAA 4P11A 2DE2A 5K2XA 5TP9A 1N7XA 2DVCA 2I49A 3SDFA 1QKAA 3KGCA 2F6GA 1B2HA 2HZLA 2XHDA 2XD3A 5DT6A 1TXFA 4GF8A 3S9MC 2YPNA 4KI0E 2ZMBA 2OWTA 5ICTA 1B7UA 1SW4A 3R6UA 4NF8A 1S7YA 5LOMA 3V83A 1OMPA 2XXYA 5I2NA 3KN8A 4DCYA 1O7TA 3UK4A 3OO6A 3VV5A 3U93A 1SBPA 2Q2CA 5IAIA 5AA1A 4KHZE 1B0HA 1I6QA 3T9UA 1XT8A 4Z0IA 1WDNA 3UORA 1A8FA 2KLFA 3QUJA 1FCKA 4UACA 2Y84A 2F8DA 1A40A 1PC3A 4U1OA 5FHNA 1A99A 2H25A 1GR2A 3IOVA 4ZECA 1SQYA 1MY4A 2XXVA 1NFTA 4JDFA 4ZS9A 3OMBA 2D21A 1B32A 2P1SA 4ZEFA 3VVEA 2RINA 4QSDA 3VXBA 1JVXA 2XX9A 3KOTA 4YZZA 3FZVA 2ZNTA 1OLCA 4NMYA 4KR5A 3KZGA 4H1XA 4N07A 4LVQA 4KFQA 4G68B 5DEXA 1QW0A 3THIA 2OJTA 2X7PA 4G68A 2W7YA 1IITA 3IJXB 4XXUA 1XOCA 1FTJA 2DQVA 1O63A 1T0KA 1FQEA 1EZPA 1QUJA 1URSA 1QUKA 4PFTA 3VLVA 4IO6A 2P2AA 2VHAA 4OTEA 1QUIA 4ISUA 2GHAA 1PB7A 1Q35A 4DXBA 1JNFA 1MH3A 1MXYA 3T66A 1QJMA 1P1WA 2Q8JA 3PV0E 3CFZA 1LB9A 1P1NA 2G93A 4KD5A 2QJEA 4LATA 5CM6A 3TCFA 2QMWA 2B65A 3W9VA 3KFMA 3K00A 4U23A 1D3KA 4YB6A 4YAHX 1ZBMA 3CFLA 3TAJA 1B3LA 5DVFA 4GFRA 4OWDA 3D4GA 4XTCQ 5L9OA 3HV1A 3CR9A 1IXGA 3M8UA 2M8CA 2Z23A 4ESWA 5I56B 2DE3A 2Q2AA 5L8DA 4BDQA 4LQ5A 5DTBA 4FECA 1XVXA 4GXAA 4XIGQ 2PVUA 1JETA 1US4A 4R2BA 5H8FB 4F2QA 1MY2A 2RCBA 1LCFA 5H8FA 3MP1A 2H5YA 2V3QA 5L9SA 5I2KB 3UN6A 1N84A 3OENA 4F1VA 2F36A 3SEYA 5I2KA 3OO9A 3F11A 3SEXA 2DVZA 3LSFB 4PE5B 2B3BA 1MPBA 3PGFA 1M5FA 2ABHA 1SDXA 5JEIA 2O84X 1LB8A 1IUDA 1NL5A 4F39A 1MRPA 4MLVA 2CZLA 2XXWA 2R71A 1DTZA 3LSLA 1B7HA 3D4CA 1GTKA 1B3EA 4MF3A 3T96B 3IOWA 4I9DA 4OEVA 4YKPA 5CRYA 4O3CA 5FTHA 1D9YA 2DWJA 4G68C 5BUUA 1J1NA 5I57B 2XXIA 4ZEDA 3MJNA 3A3CA 5I57A 4GVOA 3TTLA 4YB7A 3K1MA 3FATA 1EZOA 1B1HA 4M1VA 3EHUA 5AA2B 1OLAA 5CMKA 1JW1A 1Y9UA 3DELB 1USYE 4BDOA 3G3KA 2PMSA 4OFJA 1HSEA 4O3AA 2AL5A 3SEVA 4O3BA 2QS1A 3OEKA 4YKIA 1Y4CA 2Z8FA 3IX1A 1B0LA 2UVJA 3MBPA 4WKMA 4MFIA 5IKBA 2O7IA 2OK2A 1H44A 1SD3A 5L9MA 4JSDA 1YTVA 1B3HA 3TKDA 3K1NA 4FEDA 3BFUA 4ND9A 3Q25A 3Q29A 2PT1A 3MWBA 4H67A 4RPOA 3PMVA 2XXHA 2YJPA 2RC8A 1OVBA 4I1DA 3HHGA 1MM7A 4ZZEA 1EU8A 3KN7A 3T22A 1MQDA 4IO3A 3BFTA 3C9HA 2DE4A 3T9VA 2AIXA 4EQ7A 1FW0A 3H03A 1MPCA 4HS7A 4F22A 3FVNA 3ZKLA 3HHFA 3QK6A 3V5AA 2X26A 4RA1A 4POWA 2VD2A 5KDTB 5CMCA 3CVGA 1B1XA 2O69A 1BLFA 4POXA 5FTIA 4OERA 1OIBA 5KDTA 4IGTA 4IO7A 2ALUA 2XX7A 3G3JA 2RF1A 3TZAA 2ZNUA 2I0CA 4R75A 2F34A 1AIVA 3KOSA 4F19A 4KCDA 3E9XA 2BJJX 2ONSA 2UVGA 4R2FA 3O9PA 3MZ9A 1BKAA 3PD8A 1BP5A 1OVTA 2Q88A 3UA8A 2PX1A 4Q8RA 2RKMA 2H4IA 1R6ZA 1VFDA 2H9BA 4F1YA 2RC7A 4P0IA 4FIMA 1FQDA 2G29A 4F1UA 3Q27A 4X9TA 3JV9A 4PFYA 1ZLQA 1II5A 4G8HA 3TCGA 2XXPA 3C33A 2XD2A 1MM6A 4AB5A 3CG1A 3FVOA 4I8CA 1XVYA 3K6VA 5TP9B 2ESNA 2NVUB 1B4ZA 1SI0A 3SERA 3PPPA 4DXCA 1PDAA 3PPNA 4PP0A 3DP6A 1Y4TA 2O6AA 4U21A 3U94A 4H5GA 3ODBA 2DWAA 3KG2A 4F29A 2QS3A 4YICA 4NF6A 1I6AA 1N76A 5ITPA 4OFLA 3CSBA 4LZ8A 4NF8B 3W15C 3S9NC 4LUBA 3N26A 3K01A 3K02A 2AYSA 2ZYNA 3G7WA 3B6TA 1POTA 5I2NB 3CIJA 3S2VA 1GVCA 4LQ2A 1MG1A 3L6HA 2NXOA 3E3KA 4ZE9A 4EF2A 3EN3A 4GD5A 1I69A 4BDLA 4HW8A 5FHOA 2F7CA 1XHYA 1FTOA 4QFOA 2Y7IA 3HO7A 4RK9A 4C1UA 3MAMA 4IB2A 4GRKA 1IZ1A 4OFOA 4C1TA 1FQFA 5A5XA 2UVIA 4NE4A 1Y3PA 3VFJA 3FGSA 3VXCA 3IB2A 5JTYB 5CBSA 4F3BA 2ONKE 1MXZA 3RT8A 3CG3A 5JTYA 4OEUA 3N94A 3DP4A 4BDRA 4ZDMA 4FEBA 3N6TA 5AA4B 3C32A 4PETA 3MVZA 3DP8A 4GLIA 5AA4A 2REGA 3PUZE 1LAXA 2Z8DA 1M5BA 1P99A 1Y20A 4GQOA 5DEXB 3OELA 2OBGA 3FXQA 2V25A 3G3FA 4OETA 3O29A 1M5CA 2IEEA 2RCAA 2VP1A 3K6UA 2UYEA 2OWSA 5BWJA 1O64A 2O51A 4OENA 4EQ9A 3TTNA 4Q30B 4K3FA 3IJOB 3K1PA 5F1QA 2REJA 1TT1A 3FD3A 2E1SA 1HSJA 1MDQA 1CE2A 1IXHA 1FTLA 3KSJA 3M3LA 3RPWA 1LFGA 2Q9TA 1A7LA 1DSNA 3C35A 3IB0A 3RNNA 1ANFA 4ESXA 2V3TA 3PUWE 4ELPA 3QIMA 1R9LA 1YPNA 1AL3A 2F6PA 2THIA 3TTMA 1SVXB 2Y7PA 2F7AA 3E13X 4YKKA 3O2AA 3TFLA 2V93A 2D5WA 2XX8A 1B51A 2ZNSA 2VOZA 4JWYA 3K0VA 4P0GA 4U2RA 3ILUB 4TLMB 4OVJA 1MY1A 1B5JA 3FJGA 4H6DA 4WEDA 5H8HB 1DPEA 5KCJA 4GIZA 3FVKA 4NTLA 2I3VA 1NKXA 5H8HA 1S9TA 3O97A 3Q26A 1ZTYA 1P1OA 5I84A 3TDJA 2ZYKA 2R6GE 5B70A 4IGRA 1Q1KA 2O1MA 1OQHA 1A54A 2H99A 1DOTA 3S4UA 3C4MA 3CRBA 1LSTA 5CBRA 3MVYA 5F7VA 4DIGA 4R9FA 4H8IA 4EDPA 2Y7RA 2F7BA 3PUVE 3OOAA 3MVXA 3WAEA 1UTHA 3O66A 3ZKKA 1N0TA 4XKPA 4N6PA 3FV2A 4OHNA 2QPQA 3RY3A 3TPAA 3IL1B 4TQUQ 1YCJA 4EF1A 3L6GA 5EYFA 1URDA 3QSLA 4QFLA 2D3IA 4GWOA 3SEUA 4JWXA 3RLFE 4JSOA 1ELJA 3C34A 2ZYOA 3IAZA 3MP8A 1QKBA 4AQ4A 4EXKA 1N3XA 4QFNA 2I3WA 2A5TA 2O1LA 3OEMA 4RY1A 3K2DA 4QHQA 4YKJA 1LCTA 1RYXA 1RYOA 3M3FA 3M3KA 3GBBA 3G3IA 2GH9A 1IEJA 2OZZA 1LBBA 3DM0A 3PMWA 2XXQA 3TTRA 1WODA 3UP9A 1EH3A 2LAOA 2HFBA 4QFPA 3HSTA 3MVWA 1B7ZA 1MPDA 1DPPA 3U92A 3E4RA 5AE4A 1NNPA 4G8NA 1FTKA 4U4SA 1D9VA 2DOJA 3RTFB 3SETA 3VE1B 4TOZA 5DVJA 2FNCA 4XKQA 3EQ1A 4KYEA 3MPLA 4TLLB 4L17A 1IXIA 3H6VA 1YAEA 4DCXA 3KSXA 4ECFA 5HPQA 3MP6A 3W9WA 1UIVA 2R9JA 2IA4A 1SYIA 5EHSA 3IR1A 2E0SA 3A3UA 3H7MA 1SW1A 4G4PA 1PBQA 3CFXA 1MXWA 4E0XA 3PPRA 3OSQA 4H0WA 4IY6A 3K6WA 3G3HA 2XXUA 3USDA 4M4GA 3MW0A 1NH7A 3C36A 3H06B 3EPEA 2QL3A 4ONYA 3TYHA 4OXVA 1TFAA 3R26A 4PFWA 4F3SA 4GOTA 1RKMA 1QULA 4NWDA 3SKPA 3SESA 3LUYA 2NWJA 3LSWA 1IIWA 1P1UA 1FQCA 4XKRA 3FXRA 4R6HA 1UTBB 3K6XA 4EXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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