4F31B

Kainate bound to the d655a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLASGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f31B02
4MFIA 2Y7RA 3Q26A 2HAVA 4PFYA 3HHFA 1DPEA 3IJOB 4LQ5A 3FVGA 3DLNA 1RYXA 3DP8A 2DYXA 1MPDA 3T22A 4GF8A 1MDP1 2IEEA 3VVEA 2QL3A 3CSBA 3K01A 1Y9UA 2ONRA 3O28A 5KDTB 4KQPA 1DSNA 5FHOA 3EN3A 1LB8A 4GRKA 4LUBA 1CB6A 4BDRA 3OD7A 4RPNA 4HCYA 4QHQA 2ZMBA 3EHSA 1I6BA 3UK4A 3KSJA 5F1QA 4R74A 2Z8DA 3QSLA 1YTVA 1UTBB 3ILUB 2WKYA 5K2XA 3FV2A 2NUVA 4QFPA 2VGQA 1FQAA 2DWIA 2QS2A 2YPNA 3A3CA 2Y7WA 3KG2A 3V83A 4C1UA 1DTGA 4FAJA 4I8CA 2HZKA 4IO7A 3O66A 4U1ZA 2F5XA 3ZSFA 4ECFA 1R9QA 2ZNSA 3H6TA 3QXMA 3U92A 2ANJA 4JWYA 2ZYOA 1IXIA 3U93A 3W9VA 2CZLA 4HCWA 1WODA 1I6QA 4ZE9A 1LAHE 3S9NC 4H5FA 3FUZA 4YKKA 1MH4A 1IITA 4R2FA 4TLLB 3I6VA 1PBQA 3T9HB 2OWSA 5I59B 3O6IA 3FIRA 3O29A 1L5TA 3Q27A 4XKQA 3FVKA 4UACA 4U23A 1EH3A 3C32A 1O63A 4LATA 3H6WA 3D4GA 1R1NA 5AA2A 4ZEFA 3FGSA 3OEMA 4N13A 1LGBC 1B5IA 5J1DA 2QPQA 4DIGA 4OFJA 5FTHA 1VE4A 3CIJA 4H8IA 3TKDA 1I6AA 5CRYA 1NMUA 4DCYA 3DELB 3RT6B 5I2NB 2XX7A 3M3LA 4RPOA 3PUZE 1I69A 3H3GA 2PT1A 1LBBA 1JW5A 2XXRA 3MVZA 3IORA 3IO4A 4AB6A 4FECA 3H6UA 5HM4B 3E3KA 2DWHA 1JETA 4H5GA 4F1VA 4F3BA 3K0VA 1DPPA 3PUYE 4H8JA 2XXTA 4BDLA 2A5SA 4IO5A 3M3FA 4GXSB 3RTFB 1Z7NE 3QUFA 3T93B 2UYEA 4P0GA 2Q88A 1MY0A 3K6VA 5I58B 4KPTA 1P1QA 1A40A 3SEWA 3ODBA 3V8XB 4YB5A 4EQ9A 3TELA 1MPCA 4XTCQ 3E4RA 2PVUA 3VLUA 1WVJA 3FJ7A 1M5DA 1N3XA 1MXXA 4L17A 1FQDA 1LCFA 2HZLA 3FXQA 4P11A 4TQUQ 3VFJA 4ELOA 4N07A 1JW4A 1B4HA 2Y7IA 1SBPA 3UN6A 3PPNA 2DXRA 3IB1A 1B4ZA 5I2KA 3FVOA 3L6HA 4OQOA 1R6ZA 4BDMA 3CI8A 3TCHA 3EF7A 1UIVA 1SDXA 3RUMA 4KR5A 4GFRA 4JB7A 2O1LA 5FHMA 1MQDA 3TUSA 1H44A 2HFBA 2DVZA 3TTMA 5I56B 5A5XB 3C4MA 1B1HA 4DE8A 4OENA 4K3FA 2DSFA 1R9LA 4YB7A 1SVXB 3BKIB 5TPAA 4EQBA 1POY1 5CBRA 3PMWA 4Z0IA 4ZDMA 4NF6B 1KWHA 3SERA 1HSLA 1VFDA 4ZEIA 4RYAA 3EHTA 4OFOA 2R71A 3I3VA 4MH5A 3IOTA 1US5A 4BDNA 2D21A 3KSXA 1SW1A 3C36A 3OENA 1UTHB 1SW5A 3B6WA 3S9EA 1NNTA 5KCJB 3MZ1A 1B32A 4RK2A 4G8NA 3TMGA 1B40A 4R6YA 2UVGA 4JWOA 2M8CA 3KJ7A 3QK6A 2ZNUA 1OLAA 3L6GA 3S9LC 1LFHA 4ONYA 1LFGA 4M4GA 4DXBA 2H98A 4G4PA 1A8FA 1B5HA 3QYTA 2ONKE 3CSGA 4DZ1A 4GQOA 4DXUA 5EHMA 1IUDA 4Q5TA 2X7PA 2I49A 2AL4A 3W15C 4POWA 1JEUA 4YMAA 3K1MA 4GD5A 2VD3A 1MY1A 3VLVA 1ZIUA 1NNFA 5KDTA 4LZ8A 3CVGA 5ITPA 3C35A 3PD9A 2PT2A 3MP1A 4F3SA 4U4XA 2PMSA 3ZKKA 4P0IA 3FJGA 1D9VA 2ZYNA 2A5TB 3BFTA 3PV0E 3MP8A 4OERA 3U72A 1Y1ZA 1MXUA 4DCXA 1NL5A 4AQ4A 4QFOA 5IKBA 1OQHA 1MXWA 1TFDA 1SW4A 1ZU0A 1UTBA 5CC2A 3QIMA 3TCFA 1BTJA 2I0CA 2Q2AA 1JVYA 4POXA 4HTGA 1QKAA 1QW0A 4ELQA 3KN3A 3UP9A 3FXUA 5F7VA 1Y3QA 1A54A 3RT8A 4ELRA 5DYHA 1XC1A 2R9JA 4OMBA 5BUUA 4BLAA 2X26A 1QKBA 2Z8FA 3PGFA 3PPOA 3H7MA 2Q2CA 1Q1KA 2Z8EA 1J1NA 4THIA 3IO6A 1M5CA 5CBSA 5ELVA 1BIYA 1PB8A 5FHNA 1MM6A 4F31B 2HEUA 4G8MA 4ZEKA 1OLCA 2F7CA 4G68A 5I59A 5I84A 1YCJA 1FTJA 1MG1A 4PFWA 4GLIA 3HCQA 3IK6B 2Y84A 1NFTA 3AXFA 3RQTA 5JK4A 2V3TA 4HS7A 1MPBA 1ATGA 1LB9A 1B7ZA 3N6TA 1A99A 1MH3A 5JEIA 2QS3A 4ZS9A 1WDNA 4FEBA 3KOTA 4YMBA 4IO2A 2RCBA 3G7WA 1II5A 1P1OA 2V25A 1GVCA 3KGCA 4O3BA 4MF3A 4GOTA 2V93A 3O6HA 1Y1MA 3OSRA 2IA4A 1B05A 2F6GA 2DWAA 1ZBMA 2D5WA 3FZVA 5EYFA 4WEDA 5DEXB 2V84A 3PD8A 1AOVA 4XKNA 3Q29A 4PFTA 3IOWA 3C34A 3IOVA 3B6TA 4G77A 2B3FA 2VD2A 5CMCA 1F9BA 5ICTA 1VR5A 2FYIA 1ZTYA 2OLBA 3H4ZA 3O2AA 1D9YA 5LOMA 1T0KA 1NNPA 3CRBA 3CG3A 1YPNA 3MVWA 5AA1A 3EQ1A 3MW0A 2QMWA 3G3JA 4R9GA 3G3KA 5I58A 1PC3A 2P2AA 4IGRA 2E0SA 5L9OA 4OXVA 3PPRA 5L9MA 2F78A 2I3VA 4NF5B 2Q9TA 3B7DA 3K4UA 1ZLQA 5AA4B 2GRVA 4O3AA 1PDAA 1YAEA 4LA9A 3G3FA 4KYEA 4WKMA 3T96B 1B2HA 2ALUA 2BJJX 2QRYA 3OO6A 4JBZA 3T66A 3MZBA 1P99A 4O3CA 1B9JA 3PMVA 5I57B 4WXJA 2ABHA 2I6EA 1FTOA 4NF4A 2Z22A 4KCCA 1GR2A 2UYFA 2XXIA 5FTIA 3T9VA 1IZ1A 5I56A 5A5XA 1B6HA 2H9BA 4U22A 3H6VA 4KI0E 3VXCA 3N94A 2F6PA 4ESWA 5CI5A 3FD3A 1Y20A 1EZ9A 3MVXA 1DTZA 1US4A 3FASA 3KFMA 2GHBA 2LAOA 3R26A 1QJMA 1M5EA 4PQJA 4R75A 1P1NA 2NWJA 2ESNA 4IO4A 5BWJA 1N76A 4F22A 1MRPA 1CE2A 3HO7A 2REGA 4F18A 4QF9A 4NTLA 4G8HA 3B6QA 3OO9A 1ZJLA 2Q8JA 3DM0A 3IL1B 2XX8A 4KYDA 3GBAA 3A09A 2OK2A 1XS5A 1B7UA 3MUQA 4YAHX 1OVTA 1B1XA 2CMOA 1A8EA 3OXNA 2XXPA 2YLNA 3KJTA 2O1MA 3JZJA 1UIUA 5K2YA 4RNSA 4RXLA 3LBSA 3GXAA 4Q0CA 5ISUA 2D3IA 4H65A 3S2VA 5B70A 5AA2B 1S9TA 1IXGA 1RKMA 3O6GA 3OO8A 1A55A 3RLFE 4OEVA 2GH9A 4DXCA 1SYHA 3LSWA 3MC2A 4EQ7A 4WEPA 1ZMGA 4OHNA 3D4CA 2B3BA 2O7IA 1MY4A 5HPQA 4MLVA 4PP0A 2RKMA 5CMKA 3R6UA 3K2DA 2XXVA 1ANFA 2PX1A 1TWYA 3TAJA 1FTKA 3IJXB 1AMFA 5H8HA 3MP6A 3CFXA 1EZOA 3P7IA 1TFAA 2XXYA 4FE8A 3RPWA 2XXHA 3G3HA 5H8QB 5HBCA 2OBGA 3O97A 4BDOA 3FATA 4NF8A 3USDA 2OWTA 1FTMA 4RK9A 3FJMA 3T9UA 4YKJA 1ELJA 1FTLA 3VV5A 4RY1A 3PPQA 3HV1A 5CMBA 1NH7A 2DS9A 3PUXE 4H1XA 1H43A 1IIWA 3K6UA 4KFQA 4EXKA 1IXCA 1MXYA 4F29A 3THIA 4PE5B 2NOOA 3FV1A 5JTYB 1H76A 3V5AA 3UA8A 1URGA 3I5OA 1POTA 1OMPA 2ZNTA 3TTNA 3K00A 1NH8A 3WAFA 3HPIA 3VE1B 2YJPA 2F7BA 2XD2A 2PYYA 3M8UA 3OEKA 1RYOA 4ZECA 4FIMA 1LAXA 5DT6A 1B58A 2F97A 3RGYA 1OVBA 4Z7EA 4FATA 1XVXA 5TP9B 4QRZA 5H8NB 3KOSA 4N6PA 1Q35A 1VFEA 1O7TA 5I2KB 1N7WA 4KYSA 3VVFA 1LLSA 4U2RA 3QAXA 1B3HA 3TTKA 2VOZA 1URDA 3U94A 2ZYMA 4I62A 3HHGA 1QUKA 4NWDA 1QULA 2XXWA 3MQ9A 2OZZA 1A7LA 3PMXA 4JSDA 2DXYA 5L9SA 4C1TA 5IAIA 4F1YA 4GWOA 5DEXA 1DMBA 5TPAB 1LCTA 5H8FB 1Y3NA 1HSJA 4UA8A 4JDFA 5B7DA 2Z23A 3BFUA 2RF1A 1QUIA 2I4BA 4ELPA 1Y4CA 2RC9A 2DE2A 4EF2A 1OQGA 1MQIA 3TZAA 2GFEA 3ONMA 4BDQA 4IB2A 2XXXA 3LUYA 1EU8A 2F7AA 3SETA 4H67A 3RY3A 2H5YA 3GZGA 4C0RA 1PB7A 2H25A 3T9XB 2I58A 2HXWA 4OFLA 3VXBA 1MDQA 1AIVA 3UIFA 1B3FA 1MM7A 4NF5A 4YKPA 3OMBA 3LR1A 4QSCA 3MBPA 5CMMA 3TQLA 5AA4A 4LONB 3SEYA 4QSDA 1PBPA 4AB5A 3C9HA 3TDJA 3LSLA 4GL0A 3Q28A 2UVJA 4QFKA 4OETA 4GXAA 3U1OA 1USYE 1XHYA 1QVSA 3TPAA 3R7XA 3H06B 3K6WA 2HCAA 2P0SA 5I57A 2RINA 4H0WA 1GTKA 4TLMB 2KLFA 3WAEA 1GGGA 1N04A 4M1VA 2DVCA 5I2NA 4JSOA 4KD5A 1B51A 3OO7A 4R6HA 3PPPA 2AL5A 1XOCA 3FVNA 3IX1A 2RC8A 2I4CA 4F39A 3MZ9A 3N26A 4H6DA 2ZYKA 3K1NA 4KHZE 1B3LA 1XT8A 4ZEBA 4YICA 1HSEA 1GV8A 3IAZA 2GHAA 3E13X 4EXLA 4LQ2A 1H3DA 2XX9A 4R9FA 2DWJA 3QUJA 1URSA 2O51A 1FQCA 1N7XA 2O6AA 2Q89A 3KN7A 3ZKLA 3BBRA 1Z7ME 4MBPA 5DTBA 1S7YA 4ESXA 1MQGA 1O64A 5CM6A 3JV9A 3MPKA 2O84X 3MPLA 2XD3A 4NMYA 3HN0A 2O69A 4U4SA 3IR1A 1B3GA 1EZPA 1ZKBA 1JVXA 3LSFB 4G68B 3G3GA 2ONSA 3K1PA 1IEJA 1B46A 1LAGE 4G68C 1MQJA 4OZ9A 4RA1A 4Q8RA 2AYSA 4X48A 2VP1A 3PUWE 1B7HA 4EF1A 5L8DA 3MAMA 2REJA 1SI0A 3TCGA 4NEDA 4R2BA 3KBRA 4ZZAA 4LVQA 3EHUA 3MJNA 2R6GE 2OCUA 4OEUA 3C33A 2FNCA 3CFZA 4HW8A 1SI1A 2DE3A 1MS7A 4DDDA 4F3GA 4E0XA 2AIXA 3IB0A 4TOZA 3MVYA 1AH5A 1FQEA 2G93A 1FCKA 1B5JA 2V3UA 3M3KA 3OELA 2O7UA 1JQFA 3N5LA 3CFLA 3V89B 4XKPA 4FJPA 1N0TA 4F2QA 3TFLA 3DP4A 5H8QA 4NF6A 3TODA 3VLWA 3G3IA 3PUVE 3C31A 4PETA 4YU0A 4IO3A 4LP2B 2F34A 1BLFA 4YKIA 3VDFA 1M5BA 3TYHA 1PB9A 1UTHA 3GLBA 5ICQA 4FORA 4X1BA 3E9XA 1LSTA 2G29A 4U1OA 2RC7A 1OIBA 4XKRA 5KCJA 2FA7A 1NKXA 1FW0A 3IOUA 4LZ5A 4F1UA 2XHDA 1AL3A 3HSTA 3JYRA 4R73A 4IGTA 4EUOA 2DP8A 3GBBA 4FEDA 4JWXA 5DVIA 4XXUA 5JTYA 3LSXA 4ZEDA 2THIA 1P1UA 4X1DA 1MXVA 1FQBA 2H99A 3ECRA 3SKPA 4G2ZA 4YB6A 4RJZA 1N3WA 2V3QA 4ISUA 1QUJA 1N84A 3H03A 3S9MC 1SYIA 2OJTA 1SQYA 1SW2A 2X7QA 1TXFA 3DP6A 5TP9A 3SDFA 5H8NA 1USYH 3IB2A 4ZE8A 3K02A 1XVYA 2XXQA 2QJEA 3CR9A 4R72A 2A5TA 3MWBA 3LC8A 4NF4B 2W7YA 4XIGQ 4I1DA 5M2VA 4ZZEA 4QSEA 1JW1A 4KCDA 3O9PA 1Y3PA 3KEIA 2HAUA 2PBWA 2Y7KA 4X9TA 4QFNA 3TEPA 3W9WA 1NNKA 5H8FA 2B65A 4YZZA 5DVJA 2HQ0A 1MQHA 4OYVA 2UVIA 1LAFE 3VVDA 1M5FA 2DE4A 4E0WA 1B0HA 2F36A 2QMXA 1MY2A 1BP5A 3KZGA 4NWCA 2I48A 2RCAA 3TTLA 3SEVA 3TTRA 2H4IA 4IY5A 1Y4TA 4NE4A 2O68A 2NXOA 1TT1A 4I9DA 4ND9A 1FQFA 1H45A 3SESA 2Y7PA 5DVFA 4DLDA 4IY6A 4QFLA 5KZTA 4OWDA 3OSQA 1MXZA 1B52A 3KN8A 5AE4A 2UVHA 2I0BA 3N6UA 4OESA 2XXUA 4F3PA 3CG1A 1IQ7A 4GVOA 1IXHA 2NVUB 1SD3A 4GIZA 5ITOA 4OTEA 4IO6A 2QS1A 2UXAA 3UGWA 1JEVA 3EPEA 1DOTA 4PFUA 2DQVA 3SEXA 2QS4A 3K6XA 3RN8A 3RNNA 4LZ7A 3RTWB 4GL8A 4F2OA 1P1WA 5TU0A 1MY3A 1PEBA 2F8DA 5H8SA 4Q30B 1B0LA 5AA3A 3F11A 3PU5A 2DOJA 5H8HB 3UORA 4EDPA 5AA2D 2F35A 2QSXA 1LFIA 1B3EA 3FXRA 3SEUA 2VHAA 1UQWA 2P1SA 3S4UA 1S50A 3ZS6A 1BKAA 4NF8B 1D4NA 2E1SA 3OOAA 3U8QA 4MLQA 2ZXTA 4JXIA 1LBCA 4OVJA 1JNFA 5EHSA 3ILTB 1VSOA 3A3UA 1D3KA 4R6KA 4U21A 3Q25A 4F19A 2I3WA 3TQWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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