4F3PA

Crystal structure of a glutamine-binding periplasmic protein from burkholderia pseudomallei in complex with glutamine
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
226
structure length
223
Chain Sequence
KELVVGTDTSFMPFEFKQGDKYVGFDLDLWAEIAKGAGWTYKIQPMDFAGLIPALQTQNIDVALSGMTIKEERRKAIDFSDPYYDSGLAAMVQANNTTIKSIDDLNGKVIAAKTGTATIDWIKAHLKPKEIRQFPNIDQAYLALEAGRVDAAMHDTPNVLFFVNNEGKGRVKVAGAPVSGDKYGIGFPKGSPLVAKVNAELARMKADGRYAKIYKKWFGSEPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamine-binding periplasmic protein
publication title Crystal structure of a Glutamine-binding periplasmic protein from Burkholderia pseudomallei in complex with glutamine
rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 78
structure length 223
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3pA02
1H45A 1MDQA 3FASA 2REJA 3GZGA 3PUZE 3PGFA 4DIGA 1BLFA 2HFBA 2DP8A 3TUSA 4O3AA 1QUIA 5AA2D 3MVWA 2VD2A 4ELRA 3K0VA 2RCBA 2FYIA 1GTKA 1MY1A 3C33A 1R9QA 4KCCA 2DQVA 5HPQA 4IO3A 3C35A 4RK9A 4KFQA 3B6WA 4ZS9A 1B3LA 3ILUB 2E0SA 3JV9A 2V3QA 2F6PA 3V89B 2YJPA 2XXRA 1XHYA 3LBSA 4ONYA 3VLUA 3UP9A 5L9SA 1JNFA 2H98A 4MH5A 4P0IA 1LFHA 5AA2B 1T0KA 2V3UA 2I3WA 3PPQA 1DPEA 3BBRA 1B1XA 1R9LA 3TAJA 3GLBA 3SESA 4BDOA 1I6AA 2H4IA 4OZ9A 1QULA 1FQFA 3PD8A 2HCAA 3RY3A 1VFDA 2QMXA 4RK2A 4R72A 1LCTA 2QPQA 1POTA 2AL4A 2QMWA 4ZEDA 1XS5A 1UIUA 3TFLA 4OEUA 1B1HA 3UIFA 1P1WA 2HZKA 2Q2AA 1IITA 2V84A 4UACA 2VD3A 1MXZA 4X48A 4YKKA 4DE8A 4I1DA 3VFJA 4M1VA 1FW0A 1MQGA 2NVUB 1ZU0A 3T66A 3TPAA 3MP8A 2HEUA 3SEWA 1DOTA 3KSJA 5I56A 3OEKA 3K6UA 2QS4A 3RT8A 4ZEBA 1IZ1A 1IEJA 4MLQA 4F39A 3K6VA 4FIMA 2HQ0A 3CIJA 1JVXA 3CSBA 4H0WA 3TZAA 4XIGQ 2DVCA 2VOZA 4F1VA 1SBPA 2NOOA 1FQDA 3S9MC 1M5BA 5L9OA 4LUBA 1S7YA 3I6VA 4OFOA 4KD5A 1NNPA 1PB8A 2DYXA 1SI1A 2GRVA 5CC2A 4NWDA 3UN6A 1UQWA 1FCKA 3FVOA 4XTCQ 4NF5B 4E0XA 3PMVA 1PBQA 4EXKA 3SKPA 4X1BA 5I56B 5H8QA 1ZIUA 1GVCA 1OIBA 3O66A 3DLNA 4ZECA 1TFDA 2O7IA 3KG2A 1QUJA 2IEEA 2D3IA 1MQDA 3TTLA 1FTJA 1USYH 2Z23A 5L9MA 3W15C 1IXIA 4H5FA 2P2AA 3C31A 4H1XA 3GBBA 1UTHA 4G2ZA 3K2DA 3MVYA 1B5JA 3EHUA 3FV1A 3M8UA 4R9GA 2CZLA 5H8QB 1JEUA 1MY4A 2RC8A 1M5EA 1S50A 3CG3A 4MBPA 2GFEA 4TLLB 3R6UA 3B7DA 3MC2A 1LBCA 1URDA 4F3SA 2X7QA 5CI5A 1B46A 5DEXA 2THIA 4DCYA 1IIWA 3DM0A 5I59B 2ONKE 1GV8A 3MPKA 1H3DA 3CFXA 5B7DA 4R9FA 4XKQA 3S9NC 2QS1A 4F1YA 1HSLA 1M5FA 5DVJA 4PFYA 2F5XA 1FQCA 2H5YA 1QVSA 1YCJA 2XXIA 3MW0A 5CBRA 1Y20A 2XXUA 3FJ7A 2DE2A 5HBCA 1USYE 1MRPA 4KYDA 3TTRA 4QSDA 3HCQA 3ONMA 2OWSA 4JWXA 1J1NA 3THIA 2Y7PA 3RLFE 4POXA 1B5IA 3LC8A 1Y3NA 1TT1A 1QUKA 4DXUA 3CRBA 3OD7A 4THIA 1IUDA 3T96B 4UA8A 2B3BA 3JZJA 3LUYA 3S9EA 2Q88A 2R71A 4GFRA 4YMBA 4TQUQ 3VDFA 5JTYA 1S9TA 4RJZA 5A5XB 2HXWA 3FXUA 3VV5A 3TELA 1QKAA 3TEPA 5DVFA 3KN8A 4WKMA 5J1DA 5H8NA 4OHNA 3G3JA 4AB5A 2DE4A 5H8FA 2OWTA 1B7UA 2RKMA 4EF2A 1OVTA 1D9VA 3O28A 1OQHA 5CM6A 1B3HA 4OTEA 3PD9A 4QF9A 4F18A 1OVBA 3Q27A 4YAHX 4HS7A 4RY1A 3RNNA 1CB6A 4MFIA 5ICQA 5ISUA 4JSDA 2QS3A 2P0SA 4KYEA 4ELQA 1MXWA 3KSXA 4GOTA 3MQ9A 5JK4A 3EPEA 4YICA 2CMOA 3SDFA 5I57A 5H8FB 4IY6A 1B51A 2Q9TA 3FJMA 4BDQA 3FXRA 4DLDA 4OXVA 4IB2A 4NF8B 1NNKA 1B2HA 1Y3PA 4U22A 4F29A 1B52A 5KDTA 3H06B 4GQOA 5FHOA 3W9WA 2I4BA 4K3FA 3VVDA 3IOTA 5IKBA 2G29A 3LSXA 4WXJA 3VLVA 4HCYA 1DSNA 4AB6A 3OO8A 1N04A 3B6QA 3V8XB 1B3GA 2AL5A 4C1TA 2DXRA 1MPBA 3PUXE 2F7CA 3B6TA 3PMXA 3ODBA 2O84X 1NL5A 3VVEA 2O6AA 3S4UA 3Q29A 4F2OA 4U1ZA 3H7MA 5AA2A 3G3FA 3FVGA 3M3KA 1NNTA 5CRYA 5L8DA 3H6UA 3K1PA 5I84A 2W7YA 1A55A 5TP9B 2A5TB 4I9DA 1UTBB 3FATA 5FTHA 4QFPA 3PUWE 1YAEA 1MXXA 3MJNA 4E0WA 3FVKA 3G3KA 4JSOA 2F35A 3O9PA 2D5WA 1OLCA 1JVYA 1B3FA 1N84A 1LLSA 3QXMA 1VR5A 3IK6B 1URGA 4H65A 3OXNA 4EDPA 4U2RA 3PPPA 2ZNSA 4JXIA 2PBWA 1D9YA 5EYFA 2ZNTA 4YKJA 4ZEKA 4KI0E 3U8QA 1ZTYA 5AE4A 4LZ8A 3MVXA 3QK6A 4QFLA 1RYXA 1PDAA 4H8IA 1LFGA 4HCWA 1M5DA 3CFLA 5CMCA 2DXYA 2F6GA 1D3KA 1MPDA 4OFLA 3L6HA 2F34A 4XKNA 3CFZA 4EXLA 3S2VA 3TMGA 3H03A 4XXUA 1Q35A 3U1OA 1B05A 4LA9A 5B70A 3KJ7A 4IO4A 2QL3A 3E4RA 3G7WA 3UK4A 4KQPA 4ECFA 1QKBA 1SW4A 1AH5A 1Z7ME 1ZKBA 4PE5B 3GXAA 3IO4A 1IQ7A 1VSOA 4NF5A 3MZ9A 3KFMA 3SEYA 5AA1A 3W9VA 2UVIA 3U94A 3IO6A 1NH7A 4YB5A 1FTOA 4GIZA 4NWCA 3G3GA 2B65A 2F97A 3Q28A 4MF3A 5CMBA 2UVHA 2UYEA 4NMYA 2RC7A 4LP2B 4YKIA 2Z8DA 3MPLA 3SEUA 4I8CA 1O64A 3C34A 1OMPA 3ZS6A 3T22A 1LAHE 3QYTA 2PT1A 1WDNA 4BLAA 3OENA 2WKYA 1PB9A 1EU8A 3VLWA 1YPNA 1TFAA 1JETA 3M3FA 1MXYA 1HSJA 1SI0A 4IO5A 1VFEA 3T9HB 5I2NB 3C32A 3MUQA 3FV2A 4C1UA 4NF4B 1IXHA 3TTMA 2DWIA 4FE8A 5I59A 4WEPA 1GGGA 4OFJA 3IB0A 3OELA 4X9TA 5TPAB 4XKRA 3VXCA 2ZYMA 4F22A 1NNFA 1MPCA 2I6EA 3TCGA 4FAJA 4KCDA 2QJEA 1AMFA 4ZEFA 1H44A 1OQGA 3E9XA 3QUFA 2Q89A 3LSLA 3TDJA 3TYHA 4JB7A 1MY3A 2F7BA 2Q2CA 2XXTA 2ZXTA 3FXQA 2M8CA 3A3CA 4YU0A 1ANFA 4ND9A 3TKDA 1B3EA 3A3UA 3IR1A 3RPWA 1SW2A 3OOAA 3HO7A 2O68A 3PPNA 4NTLA 5AA4B 1RKMA 3USDA 2ZYKA 3C36A 1MH3A 4NF6B 1Y3QA 4LVQA 4GL8A 2REGA 1MY2A 2ZYOA 3DP6A 4H6DA 3K6XA 1I69A 3O97A 4ISUA 4DZ1A 4PP0A 4P0GA 3KGCA 2Y7RA 2XXXA 4ZE9A 3RT6B 2DWAA 1AOVA 3SETA 1JW5A 1EZPA 2DWJA 1NMUA 3OSQA 2AIXA 3LR1A 1SQYA 5A5XA 2QRYA 4WEDA 4GLIA 1A8EA 3IAZA 4YZZA 4I62A 4F31B 2GHAA 4BDMA 4DXBA 2NXOA 2PX1A 1KWHA 4LATA 1I6BA 1FQAA 2RINA 1QW0A 1LGBC 3FD3A 3A09A 2GH9A 4U4XA 5FHMA 1URSA 4H5GA 1ZMGA 4QHQA 1O63A 1FTLA 1B7ZA 3R7XA 1OLAA 3PPOA 4G68C 1HSEA 2LAOA 3V5AA 1AIVA 3KZGA 4GWOA 4F2QA 4RPNA 2V93A 3O6HA 4O3BA 3LSFB 4YKPA 3MP1A 3GBAA 2H9BA 3EHSA 4PFUA 3H3GA 3MZ1A 4FATA 1A7LA 4DCXA 2H99A 2OZZA 4N6PA 1EZOA 4PFTA 3OMBA 1P1OA 4QSCA 1ATGA 4IO7A 3KEIA 4NF8A 5CBSA 1B0HA 4TOZA 4Z7EA 4DXCA 3T93B 3U92A 2FNCA 4RA1A 4EUOA 3H4ZA 4H8JA 1B9JA 2HAUA 4KHZE 4G68A 4H67A 3N94A 4LONB 1ZLQA 1GR2A 1A54A 3N6UA 3M3LA 2OLBA 4FORA 2I0BA 5FHNA 3QAXA 1MXUA 3FIRA 1SW5A 2R9JA 4QFKA 5BWJA 3KJTA 1LFIA 1SW1A 1N76A 1H43A 2XD3A 3FJGA 1BTJA 4R2FA 4Z0IA 3H6WA 5ELVA 3K1MA 4JWYA 3T9XB 4OVJA 1XVXA 2XX7A 2P1SA 1MM7A 4G68B 1BIYA 1B58A 1N3WA 3K00A 2ANJA 3QSLA 2ALUA 1B6HA 3BFUA 4OETA 3K01A 2RC9A 5TP9A 2A5TA 1UTBA 4MLVA 2PVUA 2Y84A 3RGYA 3FVNA 3H6TA 2V25A 2RCAA 3KN7A 5I2KB 5F7VA 3MVZA 4U4SA 5EHMA 4R2BA 1B32A 3HV1A 1QJMA 1MS7A 4QFOA 5EHSA 4ZZEA 2F8DA 1DTGA 2H25A 2OJTA 4XKPA 2ONRA 1SYIA 2X26A 3OSRA 4GRKA 2F78A 3TODA 2X7PA 1LCFA 1CE2A 2OBGA 1JW1A 1WVJA 3TQLA 4G8MA 4PFWA 4F3PA 3N5LA 5ICTA 3JYRA 5H8HB 1XC1A 3KBRA 3K6WA 3U93A 3O2AA 4TLMB 1SD3A 3MBPA 4N13A 3Q26A 3S9LC 3BKIB 3ZKKA 4HW8A 4EQ7A 4Q5TA 2OCUA 2XXWA 1BKAA 3I5OA 2RF1A 1US4A 4OMBA 3AXFA 2E1SA 5I58A 1H76A 2DE3A 4YB7A 2XX8A 3OO7A 1EH3A 1Z7NE 3UGWA 3CVGA 3N26A 5FTIA 2I4CA 4IGRA 3QIMA 4YB6A 2QS2A 4ELPA 3VXBA 2GHBA 2I58A 3CI8A 4NEDA 1FQBA 1RYOA 1Y1MA 1FTMA 4IO2A 4QSEA 4RNSA 3K02A 1MXVA 3HHFA 2FA7A 4IO6A 4LQ5A 4ZEIA 2UVJA 3RUMA 1IXCA 1US5A 3CR9A 5CMKA 1D4NA 5I58B 1PC3A 1MQHA 3EQ1A 2ESNA 2I3VA 2ZNUA 1M5CA 3HN0A 2UYFA 5AA3A 3RN8A 4R75A 2ONSA 3FZVA 1LAGE 3PMWA 1Q1KA 1SYHA 4F3BA 1LB8A 5I2NA 2VP1A 5K2XA 4U21A 3HHGA 1LSTA 4IY5A 2YPNA 1R6ZA 4NF4A 1DPPA 2O1MA 1MG1A 3EHTA 4EF1A 1PB7A 4U1OA 1MM6A 2I48A 4GXAA 5TPAA 5KZTA 5KCJA 4P11A 3L6GA 3D4GA 3TTKA 3F11A 5CMMA 5F1QA 5HM4B 1P1UA 3VVFA 3SERA 5DYHA 2G93A 4ESXA 3UORA 1FQEA 4ZDMA 3OO6A 2UVGA 4O3CA 4G4PA 4M4GA 4R74A 4FECA 2ABHA 1EZ9A 1POY1 2Q8JA 3TTNA 4GL0A 4Q30B 2F7AA 4ZE8A 1P99A 2ZYNA 3E13X 4C0RA 3K4UA 4R6HA 2DWHA 2PT2A 4LZ7A 2YLNA 3PUVE 5AA4A 3I3VA 5KCJB 3ECRA 1DTZA 1B4HA 3VE1B 1N0TA 5K2YA 3IB1A 4NF6A 2Z8EA 3CSGA 1A40A 2VGQA 4EQ9A 2R6GE 3P7IA 5JEIA 2O1LA 1JQFA 4R6KA 4IGTA 1MDP1 3CG1A 3SEVA 2DS9A 2PYYA 4L17A 1F9BA 3WAEA 2OK2A 1ZJLA 2O7UA 3MAMA 3IOUA 3R26A 2ZMBA 1JEVA 4OENA 1O7TA 1MY0A 4EQBA 4PQJA 3KN3A 3N6TA 5IAIA 3EF7A 2Y7KA 3T9VA 2B3FA 1I6QA 1TWYA 4G8NA 5H8SA 3D4CA 2A5SA 4POWA 4Q8RA 2NWJA 3KOSA 4PETA 4HTGA 3TQWA 3ILTB 1B4ZA 4BDLA 2DOJA 3EN3A 2BJJX 2V3TA 4OWDA 1UTHB 1IXGA 1SDXA 1N7WA 1BP5A 4GD5A 1Y1ZA 2PMSA 3T9UA 3RTWB 2Z22A 2HZLA 1L5TA 4QRZA 4Q0CA 3O6GA 4N07A 3OEMA 4G8HA 4OQOA 5M2VA 4GVOA 4R6YA 5DEXB 2DSFA 3Q25A 2UXAA 3ZSFA 3IX1A 4QFNA 3RQTA 2O69A 1SVXB 1PEBA 2XXHA 2Y7WA 1LB9A 4G77A 1ZBMA 3ZKLA 1MH4A 3IOWA 3TCHA 4LQ2A 2I49A 3TCFA 4ESWA 2HAVA 4F19A 2XXPA 1MQIA 4GF8A 2AYSA 4GXSB 4BDRA 3PUYE 3IOVA 2XX9A 3UA8A 2KLFA 1PBPA 2VHAA 3FUZA 4U23A 3MP6A 2XXQA 3WAFA 4LZ5A 4R73A 1B40A 1NFTA 4NE4A 1YTVA 3V83A 1N3XA 1A99A 3C4MA 3IJXB 3RTFB 2XXYA 4ELOA 1JW4A 3PU5A 1AL3A 4JDFA 4RXLA 3LSWA 2D21A 4KYSA 4AQ4A 1LBBA 1XOCA 3O6IA 3OO9A 4OYVA 3QUJA 3DELB 3HPIA 3SEXA 1B7HA 1XT8A 5JTYB 4ZZAA 1N7XA 2QSXA 3HSTA 1XVYA 3KOTA 5I2KA 3BFTA 1WODA 3PV0E 1P1NA 4FEDA 1R1NA 5H8NB 2XXVA 4BDNA 1B5HA 5DVIA 3U72A 2XHDA 3IJOB 3IB2A 3IORA 2IA4A 2I0CA 4F1UA 1MQJA 1TXFA 5DT6A 4KR5A 4JWOA 1VE4A 3MZBA 3H6VA 4F3GA 1LAXA 3DP4A 3O29A 5DTBA 4DDDA 1Y9UA 2Z8FA 3IL1B 1P1QA 4RYAA 4YMAA 4OERA 4JBZA 4KPTA 4FJPA 1NKXA 3MWBA 5ITOA 5BUUA 2DVZA 4RPOA 5H8HA 1DMBA 1FTKA 5ITPA 4OESA 4FEBA 1B0LA 2Y7IA 3FGSA 3DP8A 5TU0A 5I57B 2NUVA 1A8FA 3G3HA 3PPRA 4OEVA 1LAFE 1ELJA 1Y4CA 3E3KA 1NH8A 3C9HA 2O51A 3K1NA 2F36A 1Y4TA 1UIVA 5LOMA 5KDTB 3G3IA 2XD2A 1II5A 4X1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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