4FAJA

Structure and mode of peptide binding of pheromone receptor prgz
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
VEQVATLTAGTPVQSLDPATAVDQTSITLLANVMEGLYRLDEKNQPQPAIAAGQPKVSNNGKTYTIVIRDGAKWSDGTQITASDFVAAWQRVVDPKTVSPNVELFSAIKNAKEIASGKQAKDTLAVKSIGEKTLEIELVEPTPYFTDLLSLTAYYPVQQKAIKEYGKDYGVSQKAIVTNGAFNLTNLEGVGTSDKWTISKNKEYWDQKDVSMDKINFQVVKEINTGINLYNDGQLDEAPLAGEYAKQYKKDKEYSTTLMANTMFLEMNQTGENKLLQNKNVRKAINYAIDRESLVKKLLDNGSVASVGVVPKEMAFNPVNKKDFANEKLVEFNKKQAEEYWDKAKKEIDLSKNTSLDLLVSDGEFEKKAGEFLQGQLQDSLEGLKVTVTPIPANVFMERLTKKDFTLSLSGWQADYADPISFLANFETNSPMNHGGYSNKNYDELLKDSSSKRWQELKKAEKLLINDMGVVPIFQVGTAKLEKSKIKNVLMHSIGAKYDYKKMRIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PrgZ
publication title Structure and Mode of Peptide Binding of Pheromone Receptor PrgZ.
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus faecalis
total genus 174
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4fajA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fajA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4fajA02
3IB2A 4OMBA 4R6YA 3QAXA 5HPQA 3O6HA 1SW2A 1Q1KA 2R71A 3PUZE 2IA4A 3TDJA 2WOPA 3G3IA 3GBBA 1H43A 1EZOA 4FE8A 2O1LA 5KDTB 1FTKA 3KOSA 3OSQA 3K6XA 5ICQA 2RC9A 3MBPA 2XX8A 4JWXA 3H3GA 4MLQA 4BDQA 4PFYA 1XS5A 4EDPA 3TTLA 3KZGA 4OETA 5IAIA 1N04A 4LZ7A 3GLBA 3BBRA 2NOOA 4QFPA 2A5TA 3ZKLA 2X26A 4NE4A 1MQHA 2I49A 4K3FA 2F5XA 4E0XA 1OVBA 4QFKA 3KFMA 1GGGA 4OZ9A 1B7ZA 4N6PA 2CZLA 3TAJA 4LZ8A 2XX7A 3UGWA 2D5WA 3M3KA 3MJNA 3WAEA 3P7IA 1FW0A 3IB0A 3SEUA 3H4ZA 1B7HA 1XC1A 4RNSA 1J1NA 4LQ2A 5TPAA 2YLNA 4R9FA 4BDOA 4JWOA 3OEMA 1MQJA 3PMVA 3FVGA 3G3KA 4GF8A 3IOUA 1JW1A 3RYBA 4ECFA 4AB5A 2REJA 1D9VA 2RCAA 2H99A 3V8XB 1TFDA 3O6GA 5CRYA 3RY3A 4EXKA 2Y7RA 4JSOA 4RPNA 3B7DA 1QJMA 3RYAA 2O51A 5FHOA 4XKPA 1MM7A 1S7YA 5DVFA 4UA8A 1LFIA 4G4PA 1B2HA 4KR5A 1BIYA 3PPOA 1H44A 3SEVA 3VVDA 4PETA 5L9OA 3DRIA 1GR2A 3IK6B 3U8QA 3G3HA 4FIMA 2OWTA 1B5JA 3VV5A 1VR5A 1XVYA 2P1SA 3G3JA 3H6TA 1GTKA 3K01A 3I5OA 3K1NA 1MS7A 1UQWA 4HCYA 5EYFA 4TOZA 1ZIUA 5CC2A 2O68A 3FUZA 3GXAA 3HHGA 4G8MA 2HZKA 3QIMA 1LAGE 5JTYB 3FV2A 1RYOA 1UTHA 2F34A 3QUFA 2HXWA 3S9LC 1B3GA 3VVFA 4U21A 4OEUA 1ATGA 1II5A 1IXHA 2G29A 4YU0A 1NNPA 5EHSA 3VDFA 1P99A 2VD2A 4WKMA 4ELOA 1POTA 2QSXA 2QL3A 4ESWA 3K4UA 4M1VA 2XXTA 3OO6A 3ZSFA 3F11A 4I62A 2Q9TA 1A55A 1R6ZA 2I4CA 1IXCA 3ILTB 5ITPA 3VE1B 3CFXA 2HAVA 5H8FA 3QUJA 5CBSA 3CFLA 3QSLA 1B9JA 2F78A 3A3CA 4ZE8A 2DWJA 3S9NC 4XIGQ 3MPLA 3MVYA 4H1XA 1H76A 4KCDA 3TZAA 2QMXA 1AOVA 1IQ7A 3T93B 3I6VA 2F8DA 1YAEA 4XKRA 1GV8A 1NH7A 2F7CA 2GHAA 2IEEA 5CMCA 4FEDA 5I59B 3U93A 4NF5B 3KEIA 2X7PA 1ZKBA 3E3KA 4BLAA 4H8JA 4XTCQ 4ISUA 2AL5A 3R6UA 4DXCA 3DRFA 1ZLQA 3DP8A 2QMWA 1SQYA 4TLLB 4H8IA 4OESA 1FQFA 1MXYA 1PBQA 1MXVA 2OJTA 2ZYMA 2ONKE 3DRJA 2RCBA 3H7MA 1SW4A 5I58A 3CFZA 1OMPA 2HFBA 3UA8A 3JV9A 3PUWE 4NF4A 2DXRA 1SW1A 1SI1A 4LVQA 3SERA 5H8NA 1LFHA 2ONRA 3T22A 3T9VA 2QPQA 2UVHA 3E13X 1TT1A 4G8HA 3FXUA 4F31B 1M5FA 3Q25A 4NMYA 3D4CA 4X48A 1MXUA 5AA2D 5I2KA 1DPPA 1URSA 4YKKA 3S4UA 1YCJA 4OWDA 1D4NA 4OFOA 4BDRA 4ELRA 5CI5A 1Y3NA 2R9JA 3VVEA 5K2YA 1US4A 1MY0A 1JETA 2DXYA 3TCFA 3Q26A 2F36A 2I0BA 5TP9A 4OYVA 1B4HA 1O63A 3G3GA 4LQ5A 3PPNA 4KD5A 4LP2B 3FZVA 4R73A 5FTHA 4GOTA 3FTOA 1DSNA 2NVUB 2ZYOA 4GXSB 2P0SA 1VFEA 5H8QB 1MH4A 4PP0A 2D3IA 4UACA 1P1QA 3CG1A 3TELA 5DEXB 2WKYA 5BWJA 4KYDA 2LAOA 3TEPA 1OQHA 4ZE9A 4JDFA 2I0CA 3V89B 3CHGA 3MVXA 4NF8B 1URGA 3B6WA 3EF7A 1SVXB 3K6WA 5H8SA 3DELB 3O9PA 2B3FA 2Y7KA 4JWYA 3PPRA 4YKJA 1Y3QA 1FTOA 4F18A 1D3KA 1JEUA 3M3LA 5LOMA 1FQDA 4DE8A 3Q28A 4LA9A 5I2KB 4QSDA 3USDA 2I4BA 4NWCA 2O6AA 1LBCA 4O3CA 1UIUA 3W15C 2NUVA 1S9TA 3H6UA 5L9MA 1M5DA 3LVUA 3DRHA 4DXUA 2FNCA 3KSXA 1USYE 3K0VA 4MH5A 4BDMA 2HZLA 1ELJA 1BLFA 5ELVA 4GXAA 2DQVA 4F1UA 2OLBA 3VFJA 3FXQA 1A8FA 3C35A 4RJZA 3FGSA 2RC7A 1B6HA 4NF6A 3FVOA 1QUJA 4ZEDA 3HSTA 3K00A 4H6DA 4GQOA 2XXQA 4OQOA 3VLUA 3FATA 4RY1A 4E0WA 3L6HA 3EQ1A 1N84A 3QK6A 4KYEA 2F7BA 5H8HA 1I6QA 2UVJA 4YB7A 5HBCA 3AXFA 5AA2A 3HN0A 1M5BA 3M3FA 3RUMA 2O69A 4PE5B 1IXIA 3FASA 3OO9A 4DCXA 1SBPA 5L9SA 2GHBA 1B4ZA 1A7LA 1T0KA 3FD3A 3O6IA 2V3TA 1Y1ZA 2QJEA 5FTIA 1DTZA 3T9UA 3K6VA 4WEPA 2Q8JA 2B4MA 2I58A 3RTWB 2QS3A 4DCYA 1N7WA 3GBAA 5AA4B 5CMMA 2H4IA 4DDDA 5EHMA 5IKBA 5CMKA 2DYXA 1JW5A 4G68B 1MG1A 2PBWA 4RXLA 5A5XB 1LAHE 1H3DA 5ITOA 2FA7A 1OLCA 5I2NA 2AIXA 4F29A 3IX1A 1JNFA 2UYFA 1B3FA 1NNKA 4ZEBA 3IOTA 1AH5A 1SI0A 3ZS6A 4ZEIA 2DS9A 4F39A 2X7QA 1LAXA 4F3BA 1I6AA 3IO6A 1AMFA 3Q29A 4ZECA 2QS2A 3KBRA 3R26A 3VLVA 2VOZA 3PMWA 2YPNA 4G2ZA 1VSOA 3DP4A 3FJGA 4QRZA 1MPCA 2O84X 3M8UA 3A09A 3RPWA 2XXHA 4RA1A 4H5GA 4G68C 4U1ZA 3O66A 2A5TB 4XXUA 1XVXA 3S9EA 3U92A 3IB1A 3HPIA 4YMAA 4EQBA 4I9DA 1I69A 3EHSA 2V84A 2H98A 1OIBA 2UYEA 3OO7A 3DRGA 3MWBA 1P1UA 4Z7EA 1UTBA 4QFOA 3PV0E 4G77A 1P1NA 1NFTA 2I48A 3LUYA 1MQGA 2HEUA 3TFLA 5TPAB 2Z8EA 1MH3A 5I56A 1Z7ME 3TPAA 3OO8A 3C31A 2OK2A 2DOJA 1B3HA 3UP9A 1FQBA 2DWIA 4F3GA 1S50A 3V83A 4U4SA 3TQWA 1HSJA 2VP1A 3IAZA 1MRPA 1Y4CA 3PUVE 2P2AA 3RQTA 5CMBA 4G8NA 4ELQA 3N6UA 3T9HB 3IJOB 2Z22A 3MZ9A 1Y1MA 4OXVA 3N6TA 1B0HA 4GL8A 1QUKA 1QUIA 5AE4A 1SW5A 1WDNA 4BDLA 3E4RA 4F1YA 4GL0A 2XXXA 2UVIA 4THIA 4EUOA 1JVXA 1BTJA 1Y3PA 1LFGA 2XXPA 1NMUA 3IR1A 4R6KA 1N7XA 5KCJA 1PC3A 5DVJA 2YJPA 3HCQA 1HSLA 1R9LA 1SYHA 3KG2A 4GLIA 3TODA 2O7IA 1UTHB 4U1OA 2I3VA 1US5A 3PPQA 3UN6A 4GWOA 1WODA 2OZZA 2AYSA 4Q8RA 4RK9A 3MW0A 4R2BA 3H6VA 3RTFB 4RYAA 4R74A 5I84A 2O7UA 4FECA 2GFEA 3W9WA 1N3WA 3HV1A 4R6HA 5DT6A 4QSCA 4YMBA 4F22A 4XKQA 3PGFA 4L17A 3KN8A 4GRKA 2Z8DA 2D21A 1LB9A 2XXIA 2DP8A 1IITA 3ONMA 4H0WA 3L6GA 1VE4A 4OFJA 1XHYA 4IB2A 1N76A 4WEDA 2XXWA 4FAJA 5H8FB 3FXRA 3H6WA 1B05A 1XT8A 4C1TA 1PEBA 5L8DA 2OCUA 5JEIA 1ANFA 4U22A 2W7YA 5KZTA 3BKIB 2ESNA 4U4XA 3EHUA 4DXBA 4H65A 4F2OA 4ONYA 3PUXE 1ZBMA 2I6EA 1FQCA 4GIZA 4ND9A 1LSTA 3MC2A 5DTBA 3OEKA 4AQ4A 3DRKA 1N0TA 1B3LA 4ZEFA 4OFLA 4FJPA 4EF1A 4X1DA 4IO3A 3S9MC 5FHNA 5I58B 3CG3A 3OXNA 5KDTA 4RPOA 1NH8A 1AIVA 4NF4B 4OENA 2E0SA 4PFUA 2VGQA 1B5IA 1TWYA 2DE2A 4IGTA 1N3XA 1EZPA 1MM6A 2XHDA 1F9BA 3SDFA 5H8NB 3C34A 4OERA 4EF2A 2CMOA 3KGCA 3C9HA 2Q2CA 3SETA 4POWA 3K1PA 2BJJX 3G7WA 3U72A 1MQDA 4P0IA 3CSGA 3JZJA 3HHFA 3TKDA 1DPEA 1NL5A 4ZZEA 4KHZE 4C0RA 2H25A 2DWAA 3PAMA 1DOTA 2RC8A 1B51A 5ISUA 1FQAA 3OMBA 3MZBA 2ZNTA 4MLVA 3IOWA 2Y7IA 3U94A 4Q5TA 2B3BA 3EPEA 4X1BA 1MQIA 1Z7NE 4OTEA 1BKAA 4KFQA 1A54A 5TP9B 1IZ1A 2Z8FA 4Q30B 2F7AA 4QF9A 2Y7PA 3KJTA 3SESA 4KI0E 4P0GA 3FVKA 4Z0IA 3SEXA 4YICA 3OOAA 2UVGA 1GVCA 1LLSA 1QKAA 1MDP1 4IO2A 4R75A 4I8CA 3IJXB 4M4GA 1KWHA 2NWJA 3V5AA 3WAFA 3OD7A 3DLNA 2F97A 3ILUB 2GH9A 2HAUA 4FORA 1EU8A 4F3PA 2ZXTA 5B7DA 3MPKA 1OQGA 1FQEA 2VHAA 4RK2A 4O3AA 2QS4A 4MF3A 3UIFA 4ZEKA 4KPTA 2ZNUA 4ZDMA 4R9GA 4QFNA 2ALUA 2DVCA 4BDNA 1P1WA 4I1DA 3D4GA 1B58A 3ODBA 4HTGA 1OLAA 3RLFE 3N94A 5JTYA 4EQ7A 3TCGA 4R72A 1PB8A 1H45A 1M5EA 4GD5A 1B5HA 3T96B 3DM0A 4IO4A 2V3UA 3O97A 3C32A 3K1MA 4Q0CA 3DP6A 5B70A 4GFRA 1QVSA 3I3VA 4FATA 4KQPA 3ZKKA 4IO6A 3IO4A 3CI8A 3CSBA 5AA3A 3LBSA 3PMXA 4F19A 1FTLA 2B4LA 4ESXA 1RYXA 1SDXA 1Y20A 3MQ9A 4F3SA 1A8EA 1PDAA 2ZNSA 2PT1A 4U2RA 3PUYE 1LB8A 1Y4TA 1QW0A 4JXIA 3FIRA 1BP5A 3LSXA 4OEVA 1LCFA 2OWSA 2NXOA 2THIA 3MAMA 4LONB 3Q27A 2ANJA 4NF6B 3C33A 2ZYKA 3TUSA 2HCAA 5BUUA 1P1OA 1TFAA 2G93A 1JEVA 1MXXA 2PT2A 3PPPA 1A99A 1R9QA 2WOKA 4QFLA 5H8HB 2DE3A 2XXYA 5AA2B 3E9XA 1B0LA 3CIJA 4MFIA 2DVZA 5I59A 2WOLA 4NF5A 4EXLA 4ZZAA 1MPDA 3KSJA 3UK4A 1PB7A 4JB7A 4HS7A 1FCKA 4POXA 1JVYA 3RNNA 1MY4A 4DIGA 4MBPA 3KJ7A 1ZJLA 1ZTYA 3UORA 5JK4A 4F1VA 3BFUA 4QSEA 2A5SA 5F7VA 1M5CA 3N5LA 3CVGA 4YZZA 3MVWA 5ICTA 5CM6A 2ABHA 3CRBA 1B7UA 2PVUA 4N13A 2I3WA 4DZ1A 4OVJA 5FHMA 4X9TA 5DYHA 5J1DA 3G3FA 3K02A 3TCHA 2DSFA 3SKPA 1QKBA 3FVNA 2GRVA 4PFWA 3LSLA 5AA1A 1R1NA 2R6GE 2O1MA 1MXWA 1MDQA 5I2NB 4WXJA 4LZ5A 1B3EA 1QULA 1O7TA 1EZ9A 3TMGA 2DE4A 4U23A 4AB6A 1XOCA 1AL3A 3IL1B 3RT6B 4JBZA 5DVIA 4NTLA 4NEDA 4C1UA 2PX1A 3TTNA 2V25A 3QYTA 5HM4B 2F35A 4O3BA 1LGBC 3K6UA 5K2XA 1B1HA 2HQ0A 1VFDA 5CBRA 3LR1A 3BFTA 3PD9A 3B6TA 2XXRA 3C36A 1B46A 3VXBA 2XXUA 3THIA 1URDA 3IORA 4EQ9A 2F6PA 5H8QA 3MVZA 3MUQA 3O29A 1FTMA 3HO7A 4N07A 4R2FA 2RF1A 4JSDA 5DEXA 2B65A 3GZGA 1IIWA 3MP6A 4YKPA 1UTBB 1LAFE 2H5YA 4NF8A 3TQLA 1L5TA 1PBPA 4TLMB 3FJMA 3MP1A 4XKNA 2Y84A 2Q88A 1IUDA 5I56B 3OSRA 3O28A 4PQJA 3IOVA 3K2DA 1YTVA 2PMSA 1EH3A 3S2VA 3QXMA 4YB5A 1CE2A 1TXFA 1NNTA 4ZS9A 4IY5A 1IXGA 1JW4A 2DWHA 3KN7A 3C4MA 2OBGA 1A40A 5F1QA 3T9XB 1SYIA 3OELA 4LATA 3H03A 3LSWA 3TTMA 2REGA 4GVOA 4PFTA 2ZMBA 1MY1A 5M2VA 2XD2A 4TQUQ 3N26A 3ECRA 4KCCA 1FTJA 3VLWA 1CB6A 4DLDA 2H9BA 2ONSA 4IY6A 5I57A 1USYH 2Q2AA 3PU5A 2XD3A 4HW8A 1D9YA 1MY3A 1ZMGA 3A3UA 5KCJB 3EN3A 4FEBA 3RT8A 3TTKA 4YAHX 1LBBA 2QS1A 2KLFA 2FYIA 4IO7A 1POY1 3PD8A 4H5FA 3EHTA 2V3QA 1B32A 3MP8A 2VD3A 1B52A 2Y7WA 3OENA 1IEJA 1MXZA 1O64A 2V93A 4F2QA 3SEYA 1DTGA 4YB6A 3MZ1A 1Y9UA 3H06B 3W9VA 1NNFA 1DMBA 4IGRA 1LCTA 1B1XA 1JQFA 4KYSA 3RN8A 3LC8A 2F6GA 4HCWA 4ELPA 3VXCA 3O2AA 1ZU0A 1OVTA 2E1SA 4OHNA 1Q35A 4H67A 2XX9A 2XXVA 4LUBA 3O6PA 4YKIA 2PYYA 3TYHA 3KN3A 2Z23A 4NWDA 3TTRA 1UIVA 3KOTA 1YPNA 1B40A 5TU0A 2RKMA 2Q89A 2M8CA 1I6BA 3B6QA 1WVJA 3FJ7A 3RGYA 2QRYA 3FV1A 5AA4A 4P11A 3U1OA 1MY2A 1NKXA 2AL4A 3SEWA 2UXAA 3T66A 3LSFB 3JYRA 4QHQA 2RINA 5I57B 1SD3A 4G68A 3CR9A 4IO5A 1HSEA 1MPBA 5A5XA 1PB9A 3R7XA 1RKMA 2ZYNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IB2A 4OMBA 4R6YA 4UABA 2Q74A 3QAXA 5HPQA 3O6HA 1SW2A 1Q1KA 2R71A 3PUZE 2IA4A 3TDJA 2WOPA 3G3IA 3GBBA 1H43A 1EZOA 4FE8A 2O1LA 1G0HA 1FTKA 3KOSA 3OSQA 5KDTB 3K6XA 5ICQA 2RC9A 3MBPA 2XX8A 4JWXA 1FBFA 3H3GA 1NI9A 1Q9DA 4MLQA 1NV7A 4BDQA 4GBWA 4I3YA 4PFYA 1XS5A 4EDPA 4H45A 1YZ0A 3FXBA 3TTLA 3KZGA 4OETA 2F3BA 5IAIA 4GBVA 1N04A 4LZ7A 3GLBA 3BBRA 2NOOA 4QFPA 2A5TA 3ZKLA 1IMEA 2X26A 4NE4A 3E79A 1MQHA 2I49A 4K3FA 2F5XA 4E0XA 1OVBA 4QFKA 3KFMA 4N6DA 5ET5A 1GGGA 4GWYA 4OZ9A 3PTYA 1B7ZA 4N6PA 1LBVA 2CZLA 3TAJA 4LZ8A 2XX7A 3UGWA 2D5WA 1IMBA 1XI6A 1NV0A 3M3KA 3MJNA 3WAEA 3P7IA 1FW0A 3IB0A 3SEUA 4PGNA 3H4ZA 1B7HA 1XC1A 4RNSA 1J1NA 4FBPA 4LQ2A 5TPAA 2YLNA 4R9FA 4BDOA 4JWOA 3OEMA 1MQJA 1FPLA 3PMVA 3FVGA 3G3KA 4GF8A 3IOUA 1JW1A 3RYBA 4ECFA 4AB5A 2REJA 1D9VA 2RCAA 2H99A 2JJKA 3V8XB 1TFDA 3O6GA 4HE0A 4N17A 5CRYA 3RY3A 4EXKA 2Y7RA 5EQ8A 4JSOA 4RPNA 3B7DA 1QJMA 3RYAA 4PGPA 2O51A 5FHOA 4XKPA 1MM7A 1S7YA 5DVFA 4UA8A 4IR8A 1LFIA 1VDWA 4G4PA 1B2HA 4KR5A 1BIYA 3PPOA 1H44A 3SEVA 5T3JA 2QVRA 3VVDA 4PETA 5L9OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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