4Q8RA

Crystal structure of a phosphate binding protein (pbp-1) from clostridium perfringens
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SVSISGSTSVGPVMEAEAEAFKTKKPDVSIEINQIGSSAGIKNAMEGVSEIGMASRDLKGEEKQAGLKEVEIAYDGIALITHKNNPVKDLTLVQIKDIYTGKITNWKELGGNDAPIVVVSREDGSGTRDAFQEIVGFKAEELTVNSQISDGSGNIKSLVQGNENAIGYISFSYVDDSVSAVKVDGVEATPENVLNKSYKVSRPFLAVYKEENLTESGKSFIDFILSEEGQDIVAKEHLIKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein
publication title Crystal structure of the phosphate-binding protein (PBP-1) of an ABC-type phosphate transporter from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 86
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q8rA01
5J1DA 1OLCA 2ABHA 5DEXA 1ZKBA 3QUJA 5FHMA 5ICQA 1A99A 1B0LA 1TWYA 1MQHA 3U1OA 1MXYA 3S4UA 2QMWA 2F97A 3K1NA 4H5GA 4YMBA 3IAZA 4YKPA 1EZ9A 1OMPA 3CR9A 2G93A 2Q2CA 2I0BA 3GLBA 3K6XA 4JWXA 3MW0A 1UTBB 3RQTA 3TAJA 3B6TA 3RT8A 2ESNA 1B1HA 1FTLA 2PBWA 4IGTA 2D5WA 4LVQA 4EDPA 3E3KA 2QSXA 3OEKA 3UIFA 3HHFA 5CM6A 4OTEA 1OQHA 1VFDA 1SVXB 4FEBA 3RTWB 4QFOA 3T96B 1B58A 2CMOA 3EHTA 2H9BA 3T66A 1MM7A 1JNFA 1D3KA 1R1NA 1USYE 3TTMA 4BDRA 5HBCA 5H8NB 3PUWE 3B6WA 2DWHA 3O28A 4H67A 5F1QA 4N13A 1USYH 1QUIA 1P99A 1OIBA 1TT1A 1XHYA 2ALUA 3K6UA 1FQEA 1Z7NE 1B7ZA 4L17A 3SERA 1PBQA 3RPWA 5KCJA 4ONYA 3VXBA 1MXWA 3MP1A 2A5TA 1B4HA 4RNSA 3O6IA 5FHOA 4QFLA 1B3FA 4C0RA 5I58A 4IO3A 2ZYKA 2XX7A 2H99A 4G68A 2Y7IA 3QXMA 2H4IA 3L6GA 1I6QA 3M3LA 1ZMGA 3MBPA 5DT6A 4QFKA 2RF1A 4QFNA 1FQBA 2Z8EA 4F1VA 1FQCA 4F3GA 3H6TA 3GZGA 3C32A 2REGA 3IJOB 4OEVA 3DLNA 2ONSA 2VD3A 5L9SA 2DP8A 4H0WA 1URSA 5H8QB 1B2HA 3FATA 4IO2A 4LONB 3PD8A 2OJTA 3FJMA 3FV2A 1IIWA 2QS4A 1B32A 1NNTA 1FTOA 3C35A 2Z8FA 3O97A 4RK2A 3VLWA 3ZS6A 3TCGA 1I69A 1MY3A 4NF4B 3KZGA 5AA2A 4FAJA 4F1YA 1UTHA 3SEYA 5TPAA 3V83A 3UK4A 2O84X 4AQ4A 1KWHA 4YMAA 2F7AA 3SEVA 3UA8A 4Z7EA 4ELRA 4EUOA 3CFXA 3K6VA 1CE2A 1Y3PA 3K1MA 5AE4A 3FVNA 3V89B 5EHSA 4BLAA 5CMCA 2RCAA 2DQVA 3CRBA 4KFQA 3IOVA 3L6HA 2D3IA 3A3UA 3PMVA 5ITPA 3G3FA 1II5A 3K1PA 4AB6A 4KYEA 1BLFA 1B0HA 1A54A 2HFBA 4R74A 4U1ZA 4R73A 3KJTA 2ZMBA 4KYSA 4P0GA 1UTBA 3TELA 1ZTYA 3LR1A 3C34A 3I5OA 4U23A 1BIYA 2G29A 1A8FA 4NF6A 3SDFA 4UA8A 4NMYA 3PMXA 2NWJA 1LFIA 4MLQA 1IXGA 3FUZA 5H8NA 2ZYMA 1M5BA 1GGGA 1QKBA 4QSEA 3EQ1A 1VFEA 4EQ9A 4BDOA 4OENA 1MH3A 3TYHA 4R6KA 3VDFA 4TLLB 3OXNA 3H7MA 5M2VA 3H6VA 3MPLA 2HXWA 4IY5A 3FVKA 4I9DA 1O7TA 2UYEA 3N6UA 2XXXA 4G8NA 5TP9A 1S9TA 2F8DA 1DTGA 4ZEKA 3ONMA 2DS9A 5IKBA 4GFRA 2DWIA 2DE4A 2Z8DA 2I6EA 1EZPA 1MH4A 4R6HA 4QRZA 2E1SA 2OCUA 1Y1ZA 3MZBA 3O29A 4LP2B 4E0WA 3UN6A 3MWBA 4G2ZA 4F3BA 4PP0A 5BUUA 3HCQA 3MPKA 1ZU0A 3OSRA 3VE1B 1IXHA 4P0IA 1MM6A 5L8DA 3G3HA 4EXLA 4LA9A 3PD9A 1MXZA 4F3SA 4IB2A 4U1OA 5H8QA 3N5LA 4G8HA 5H8SA 1HSEA 3OOAA 5DYHA 3K02A 3FJ7A 2GHBA 2THIA 2Z22A 1N3XA 1SI0A 1MDQA 2VGQA 1SW1A 2PVUA 1URGA 2LAOA 4C1UA 2XXIA 1OLAA 3CSGA 4N6PA 1POTA 2QMXA 1XVYA 2Y7RA 4NF4A 4ZEDA 4X1DA 4PE5B 3W9VA 4EF1A 2UVIA 2GRVA 1LBCA 1DOTA 3MVXA 2P1SA 4F22A 4N07A 3Q29A 2Q9TA 1NKXA 3GBBA 2DYXA 4ZS9A 2DXRA 1US5A 3N6TA 1MQJA 2ZNTA 3T9XB 1URDA 5DVFA 1XS5A 2XXRA 4HS7A 1LGBC 2YPNA 4HCYA 3RGYA 3VFJA 3FVGA 4KR5A 1WVJA 1B40A 1NL5A 2I3VA 3K2DA 3RTFB 3S9NC 1N7XA 3C33A 1YCJA 2OWSA 3MJNA 1P1OA 3OD7A 4RPNA 4IO7A 5DVIA 4GL8A 3VVFA 1R9LA 3PPPA 2F6GA 2PX1A 1H45A 1HSJA 2XXVA 2ZYNA 1PBPA 3HO7A 1T0KA 3SKPA 3USDA 3MUQA 2H5YA 2D21A 4DXBA 2HAVA 1SYHA 3LBSA 3O2AA 2AL5A 3MP8A 4BDQA 2O68A 4JXIA 2OWTA 3PPOA 5KDTB 2DWAA 1MRPA 4PFYA 1EH3A 1EU8A 1FTMA 2X26A 5ITOA 4ESWA 4YAHX 1ATGA 4EQBA 1A40A 1N76A 1S7YA 4Q0CA 3KG2A 4RJZA 1LAHE 1QUKA 1WDNA 5ICTA 2RKMA 4YB6A 5K2YA 4ZEIA 3TCHA 4LZ5A 5JTYB 1A8EA 1SD3A 4MLVA 1Y3NA 3RT6B 3C31A 4NF8B 4GL0A 4TOZA 1B3EA 1O64A 1YAEA 4Z0IA 2OK2A 2F7BA 1HSLA 5ISUA 3B6QA 3W9WA 5EYFA 2W7YA 4FIMA 2E0SA 4QF9A 3VVEA 1M5CA 3O6GA 3EF7A 3HPIA 3TDJA 3SEWA 1IEJA 3PGFA 4KI0E 2I0CA 3U72A 1LB8A 1VR5A 3EPEA 3OSQA 1FW0A 3S9EA 3MP6A 1N04A 3EHSA 1AMFA 1NH7A 3H06B 4H5FA 1A55A 4GD5A 2B3BA 3K0VA 5B7DA 3OELA 3TEPA 3Q26A 3CFLA 1P1WA 3CG3A 3K4UA 4WXJA 3FZVA 1QULA 3PUVE 2X7QA 1QUJA 5I59B 1B46A 3LSLA 3KSJA 3KSXA 1QW0A 3H6UA 3DP8A 4IO5A 1Q1KA 3Q28A 2CZLA 1TFAA 2WKYA 5CMMA 2ONKE 3RLFE 1JW4A 3T22A 3M3FA 3FJGA 1R9QA 4OVJA 3UORA 4F2OA 3IJXB 1ZLQA 3D4CA 4F1UA 4H8JA 4AB5A 3LC8A 1MPDA 3QYTA 4EXKA 1P1QA 1IITA 3IR1A 2B3FA 3TTKA 1M5DA 1B3LA 4OZ9A 3ZSFA 2BJJX 3FASA 1N0TA 1B5IA 2XXHA 1JETA 1DPPA 2I3WA 4BDNA 2PMSA 3DP4A 5AA4B 3E13X 4XKNA 4OQOA 2Z23A 2QRYA 1MQDA 2UXAA 3MC2A 5KDTA 1RYOA 2PT1A 3ILTB 2RINA 4ND9A 3UP9A 5DVJA 3A3CA 3IOUA 1VE4A 2ZXTA 3FXRA 1B5JA 3THIA 1FQDA 3ZKLA 4C1TA 4OESA 3V8XB 3PU5A 1JQFA 3JYRA 4KYDA 2XXPA 4JB7A 4U4XA 3P7IA 4XTCQ 2RC9A 4F2QA 5I2KB 4F31B 2R9JA 1QVSA 4ZEFA 5JTYA 3CG1A 3DELB 4ELQA 1DTZA 4OWDA 3IX1A 4Q8RA 4LZ7A 3T9UA 4DE8A 4NF8A 4F29A 1J1NA 1MPBA 4JDFA 2VOZA 1Q35A 3CSBA 3CIJA 4JWOA 4U4SA 3BFTA 4JWYA 4YICA 1SI1A 1SDXA 3O66A 5ELVA 5EHMA 3FIRA 1I6BA 4O3CA 2V93A 2UVJA 2O1MA 1NMUA 3JZJA 1FQFA 3HV1A 3MZ9A 4ZDMA 3TODA 1YTVA 4THIA 1RKMA 1F9BA 5FHNA 2PT2A 2DWJA 2I48A 3F11A 3T9VA 4DDDA 2V3QA 2V84A 4H8IA 4IGRA 2HCAA 1GVCA 1MQGA 3RY3A 3I6VA 3M3KA 3OO7A 4R6YA 2RC7A 1GTKA 3FVOA 2XXTA 1US4A 1ZBMA 4RXLA 4ZZEA 5I59A 4OMBA 1IXIA 4I62A 4GLIA 4RY1A 2UVHA 4OETA 5H8FB 4ISUA 3KN8A 4G77A 1Z7ME 3KGCA 2Q89A 2P0SA 5FTIA 3TPAA 3U8QA 3CFZA 3W15C 2QPQA 3Q25A 2YJPA 4OYVA 3H6WA 1LBBA 2O6AA 1LCTA 4EF2A 1GV8A 2GH9A 1IXCA 3MQ9A 4LZ8A 2XXYA 2VP1A 1OQGA 4FJPA 4ZECA 3LSXA 3SEUA 4ZEBA 2KLFA 2XD3A 4U2RA 3T93B 1LAFE 3G3KA 3IOWA 2O7UA 4R2FA 2ONRA 5CRYA 4HW8A 3ILUB 5FTHA 4DCXA 4YKIA 1MXXA 4ELOA 1TFDA 1H44A 1FTKA 5LOMA 1UIUA 5A5XB 5AA4A 5IAIA 1SW2A 1LCFA 2AIXA 3BFUA 3FXUA 3E4RA 2XX9A 4G68C 1JVYA 2F6PA 1UQWA 3VVDA 4GVOA 4KPTA 4PFWA 3PUZE 5AA3A 1H43A 3FV1A 1B3HA 1B3GA 4RA1A 3MVZA 2AL4A 5DTBA 3N94A 4G8MA 3RN8A 1IZ1A 4LQ5A 1MS7A 1GR2A 5JEIA 5I2KA 3UGWA 3MVYA 2O69A 4KHZE 4QFPA 5K2XA 3K01A 3ECRA 1NNPA 4JBZA 1YPNA 3KOTA 1XC1A 3VV5A 3H03A 2XXQA 4GOTA 1FCKA 2V25A 4DZ1A 2IA4A 3H3GA 4DXCA 1A7LA 4O3AA 5CI5A 1H3DA 2NUVA 1M5EA 4M1VA 4GQOA 1IQ7A 3A09A 1B7HA 2QS3A 1XVXA 4GXSB 3TFLA 3R7XA 5CBRA 4FATA 5F7VA 4Q30B 1NFTA 4BDMA 2OLBA 5CMBA 3SETA 1IUDA 2FNCA 1D4NA 2GHAA 5I57B 3HSTA 4R9GA 5I2NB 2P2AA 2REJA 4IO6A 2XXWA 3GXAA 1AH5A 5B70A 3LSWA 3TQWA 1DSNA 2RCBA 3TMGA 1Y3QA 2RC8A 2QS2A 1BKAA 4TLMB 1B51A 3R26A 4OEUA 3AXFA 2UYFA 4OHNA 4NTLA 5H8FA 5I56B 2HZKA 1MY4A 4HCWA 3TKDA 1AOVA 1SBPA 1M5FA 1H76A 3OO6A 3IO6A 4DLDA 1CB6A 3KN7A 2UVGA 3PUYE 1B7UA 1LLSA 3U94A 1MDP1 1JW1A 4NF6B 1LFHA 1XT8A 4RPOA 3IK6B 1SW4A 4FORA 4DCYA 1SW5A 4NE4A 4OXVA 4OFOA 2F34A 1MXUA 3C9HA 1PB9A 3V5AA 3S9MC 3G3GA 4JSDA 3CVGA 4XKRA 5A5XA 4NF5B 4ELPA 4ECFA 4R9FA 4I1DA 3OMBA 2Q8JA 3OENA 2O7IA 4HTGA 1MY1A 4PQJA 3TTNA 3KOSA 1D9VA 3SEXA 5TP9B 2I58A 2PYYA 2ZYOA 2ZNUA 1MG1A 2I4CA 4MH5A 3U92A 3G3JA 1B5HA 4K3FA 4R75A 4X9TA 3I3VA 4YU0A 4WEDA 4F3PA 2DVCA 3FGSA 3PPRA 4MBPA 1DPEA 1N84A 3G3IA 4R72A 4X48A 3TUSA 1Y1MA 4I8CA 2ANJA 1Y20A 2F7CA 3R6UA 3IL1B 4P11A 3SESA 3T9HB 1PB7A 2XD2A 3H4ZA 4GIZA 1N3WA 1TXFA 5H8HB 3EHUA 1WODA 3M8UA 4JSOA 5CBSA 2OBGA 2R6GE 2M8CA 3VLVA 1FQAA 4TQUQ 2O1LA 1O63A 1LAGE 4U21A 1PC3A 4H1XA 4F18A 3MAMA 2Y84A 2VD2A 1Y4TA 1UIVA 5I57A 1B9JA 5CMKA 4NEDA 5I2NA 1FTJA 3GBAA 4LUBA 4MFIA 1B4ZA 3OEMA 2HEUA 4H65A 1NNKA 1B1XA 2V3UA 3O6HA 1D9YA 1PDAA 3PUXE 4RYAA 5AA1A 3K6WA 3Q27A 4OFLA 3O9PA 3B7DA 1BTJA 1ANFA 1ELJA 3PV0E 1B05A 2Q88A 5I56A 4XKQA 3QIMA 3ODBA 4FEDA 3TTRA 3IB2A 1L5TA 2I49A 4H6DA 2F36A 1SQYA 4POXA 4ESXA 1MXVA 3U93A 4R2BA 2DXYA 1MY2A 2VHAA 4GRKA 4MF3A 1RYXA 2X7PA 4ZE9A 3VXCA 1SYIA 3C4MA 2YLNA 3IOTA 3EN3A 2FYIA 1QKAA 4F39A 3BBRA 4UACA 4OFJA 2DE2A 2H25A 1VSOA 3RNNA 3VLUA 1LSTA 4YB5A 3IO4A 3MVWA 4ZZAA 1Y9UA 1OVTA 5CC2A 4F19A 3KFMA 1MY0A 4YKKA 4OERA 4DXUA 4LQ2A 1MPCA 2H98A 1POY1 3QK6A 2F5XA 4NF5A 1JEVA 4EQ7A 5DEXB 1ZIUA 3JV9A 4ZE8A 2I4BA 5AA2D 2FA7A 2Y7KA 4Q5TA 5L9OA 3TQLA 3BKIB 3LUYA 4FE8A 2XXUA 4RK9A 1JW5A 2Y7PA 1S50A 4M4GA 3S9LC 5KZTA 4QSDA 3FD3A 3QUFA 3PMWA 1BP5A 2OZZA 1JVXA 2Y7WA 5BWJA 1QJMA 1P1NA 2HQ0A 4XKPA 1JEUA 4QSCA 4NWDA 3WAEA 1ZJLA 3KBRA 3TCFA 5JK4A 3DM0A 2HZLA 2DOJA 4QHQA 3HN0A 1PEBA 1B52A 4GF8A 3IORA 2QS1A 5TU0A 4KCCA 1LFGA 5HPQA 4O3BA 4YKJA 3FXQA 4XXUA 2O51A 2XHDA 4KD5A 4PFUA 3KJ7A 5H8HA 2Q2AA 2AYSA 3ZKKA 4POWA 2DVZA 3TTLA 3KN3A 4XIGQ 5I84A 3WAFA 1P1UA 2B65A 3G7WA 4GXAA 1EZOA 5KCJB 4NWCA 3CI8A 1XOCA 3PPQA 2A5TB 2DE3A 1AL3A 4YB7A 2F35A 4WKMA 3DP6A 3E9XA 1NNFA 3C36A 5I58B 3QSLA 4BDLA 4X1BA 3MZ1A 1DMBA 4G68B 4KQPA 3RUMA 4FECA 1MQIA 1B6HA 1NH8A 1R6ZA 2A5SA 4U22A 3IB0A 5HM4B 4KCDA 5L9MA 3S2VA 3OO9A 1LB9A 1OVBA 4E0XA 3HHGA 3TZAA 2ZNSA 2R71A 2NOOA 2NVUB 1AIVA 2NXOA 2IEEA 2QJEA 3QAXA 1N7WA 1PB8A 4WEPA 1Y4CA 4PFTA 3OO8A 4IO4A 4G4PA 3KEIA 1LAXA 4IY6A 4GWOA 2XX8A 4DIGA 2QL3A 2GFEA 3N26A 3K00A 2DSFA 5AA2B 4PETA 2V3TA 1UTHB 4YZZA 5TPAB 2HAUA 1I6AA 3PPNA 3LSFB 3IB1A 3D4GA 2F78A 4LATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4QFNA 1FQBA 2Z8EA 4N8GA 4F1VA 1IMEA 1FQCA 4F3GA 3KC0A 3H6TA 4LN5A 4GBWA 3GZGA 3C32A 2REGA 4N81A 1SPIA 3IJOB 4OEVA 3DLNA 2ONSA 2VD3A 5L9SA 2DP8A 4H0WA 1URSA 5H8QB 1B2HA 3FATA 4IO2A 4LONB 3PD8A 2OJTA 3FJMA 3FV2A 1IIWA 2QS4A 1B32A 1NNTA 1FTOA 3C35A 2Z8FA 3O97A 4RK2A 3VLWA 3ZS6A 3TCGA 1I69A 1MY3A 4NF4B 3KZGA 4UABA 5AA2A 4FAJA 4F1YA 1UTHA 1NV6A 3SEYA 4I40A 5TPAA 3V83A 3UK4A 2O84X 4AQ4A 1KWHA 4YMAA 2F7AA 3SEVA 3UA8A 2QVRA 4Z7EA 2PFYA 4ELRA 4EUOA 3CFXA 3K6VA 1CE2A 1Y3PA 3K1MA 5AE4A 4H45A 3FVNA 3V89B 5EHSA 3T0JA 4BLAA 5CMCA 2RCAA 2DQVA 3CRBA 4KFQA 3IOVA 3L6HA 2D3IA 3A3UA 3PMVA 5ITPA 3G3FA 1II5A 3K1PA 4AB6A 4KYEA 1BLFA 1B0HA 1A54A 2HFBA 4R74A 4U1ZA 4R73A 3KJTA 2ZMBA 4KYSA 4P0GA 1UTBA 4DI4B 3TELA 1ZTYA 3LR1A 3C34A 2HPGA 3I5OA 4U23A 1BIYA 2G29A 1A8FA 1FPIA 4NF6A 3SDFA 3E79A 4UA8A 4NMYA 1VDWA 3PMXA 2NWJA 1LFIA 2VPOA 4MLQA 1IXGA 3FUZA 5H8NA 2ZYMA 1M5BA 1GGGA 1QKBA 4QSEA 3EQ1A 1VFEA 4EQ9A 4BDOA 4OENA 1MH3A 2PFZA 3TYHA 4N17A 4R6KA 2VT5A 3VDFA 4TLLB 3OXNA 3H7MA 4PF6A 4NHBA 5M2VA 1G0HA 3H6VA 3MPLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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