4YMBA

Structure of the ligand-binding domain of gluk1 in complex with the antagonist cng10111
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
254
structure length
252
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
publication title Structure-Activity Relationship Study of Ionotropic Glutamate Receptor Antagonist (2S,3R)-3-(3-Carboxyphenyl)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 252
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA02
1QUJA 3FV1A 1H76A 3RUMA 3KZGA 5DVIA 3U1OA 3OO6A 4M1VA 4JDFA 2DQVA 3N5LA 5I84A 4Z7EA 3EHUA 3G3JA 4XKRA 1MQHA 3LR1A 4EDPA 4IO2A 2Q8JA 2UYEA 3FATA 2D21A 5CM6A 1CB6A 3I3VA 3SETA 4IGTA 2Y7KA 4NF6A 4UA8A 2WKYA 3DLNA 4KYEA 3QUFA 1ZMGA 4PQJA 4GWOA 4ZEIA 3H03A 3TEPA 3A3CA 1YTVA 2O69A 1Y1ZA 3OEKA 1LBCA 4WKMA 3OXNA 4I8CA 5A5XA 3HHFA 2UVJA 1M5BA 2RC9A 5JK4A 2I49A 4OFLA 3SEXA 5FHNA 4TLLB 1DOTA 4F1UA 1SD3A 1BKAA 4Q5TA 4C1UA 1JEUA 4IY6A 4F22A 2FYIA 4ESXA 3TODA 2XXPA 3K2DA 3TCHA 1O63A 3H4ZA 1JW4A 1AIVA 2LAOA 3GXAA 4Q8RA 4XKQA 4NF5A 5HM4B 4OETA 4YICA 5JTYB 1ZKBA 2I6EA 3TFLA 4BDLA 4BDOA 1LAXA 2QS4A 4QF9A 1MQGA 3H7MA 2RC7A 4I9DA 1I6QA 1BLFA 1FTOA 5HBCA 1EZOA 2GH9A 3TQWA 4ZECA 1B46A 3MP1A 1EZ9A 5H8NB 1KWHA 1N84A 4OEUA 3TCFA 4U21A 2F35A 4YZZA 1B05A 2I4CA 4E0XA 2I3WA 2XX9A 4HCYA 4PFYA 2F6PA 2YLNA 4GVOA 4ONYA 3IB2A 1ZTYA 4KCDA 4C0RA 1Q35A 1XVYA 2HZLA 3FJGA 4QSCA 1R9LA 3A09A 4MBPA 4LONB 1PB9A 3B6TA 4KFQA 1MPBA 1JW5A 3GBAA 4DLDA 4H5GA 1ZIUA 5I57A 1IXIA 3K00A 1N7XA 1Y3NA 3LSXA 2A5TB 1B3LA 1FQCA 3S9LC 1BP5A 4EXKA 3OENA 3EF7A 3K6WA 2V84A 2YJPA 3IK6B 5H8QB 1B5HA 3HN0A 3QAXA 5AA3A 3IOWA 5H8HB 2VP1A 4H5FA 3K1MA 2RCBA 3USDA 2I58A 4QFNA 2DE3A 1OIBA 2ESNA 3UIFA 1USYE 1AL3A 1IZ1A 1TFDA 1RYXA 3UORA 2D3IA 3R26A 3MVXA 3VVDA 2XXQA 5H8FA 3Q29A 1IQ7A 4MH5A 3KFMA 5I2KA 3B6WA 4YB7A 3H6TA 1Y3PA 4U1OA 1AOVA 2X7QA 3CIJA 5EHSA 2F36A 4U1ZA 3SEWA 3FZVA 1IITA 3PPOA 4LATA 2O6AA 4EQBA 4YMAA 4DZ1A 3LSWA 1YPNA 5ICTA 3MZ1A 1B7UA 3FXRA 2O1LA 2YPNA 3MVZA 3ILUB 3CR9A 2AL4A 2ZYOA 3CVGA 1MM7A 1B6HA 5DEXB 3GLBA 4OESA 3K0VA 2GRVA 4NF8B 4XXUA 1M5DA 4NWDA 1OMPA 1A40A 1UTHB 3N26A 4TLMB 3TCGA 2R6GE 4F31B 2DWHA 4KPTA 2XX8A 1FTKA 1Z7ME 3QXMA 1EZPA 4RJZA 2I0CA 1D4NA 1A8FA 2Q89A 5I2NA 5TU0A 3MZ9A 3OSRA 4WEDA 5CMBA 2ZNSA 2HAUA 3UGWA 5B7DA 2PYYA 1A55A 4MFIA 1JVYA 3PV0E 4F18A 1MM6A 2UVHA 3FVNA 1IXGA 1EH3A 2Q2AA 3KG2A 1ZJLA 3M3FA 5LOMA 5ISUA 4R2BA 1JEVA 5H8SA 1SW4A 4JWYA 4O3CA 2HFBA 3PD9A 1QULA 1US4A 3N94A 4QFLA 2PBWA 4H65A 1QKAA 4KHZE 4IO3A 3SERA 5DYHA 4R6YA 5TP9B 4FORA 5TPAA 1B5JA 3KN3A 3V89B 1UIUA 2ZNTA 3K6XA 1B4HA 3T9UA 3VDFA 4FE8A 5I58A 2PMSA 4KD5A 1SDXA 5ELVA 1IIWA 1D9VA 3TTKA 4E0WA 2Q9TA 1B58A 5B70A 3KGCA 4G8MA 1QW0A 3PUXE 4XTCQ 4MLQA 3MZBA 2OJTA 3W9WA 4IO7A 2I4BA 3IAZA 4QFPA 1B2HA 1MPDA 1WODA 3B7DA 4NMYA 4X48A 4DXCA 3G3FA 3K6VA 1POTA 1T0KA 1QUKA 2ZNUA 4LZ8A 2QRYA 3VVFA 4O3BA 4RPOA 2F6GA 1B9JA 1FCKA 3O28A 5FTHA 5CC2A 1OQHA 3ZSFA 5KDTB 3VE1B 1NNFA 4OFJA 3ODBA 1MH4A 4BDRA 4IB2A 4OMBA 1Z7NE 4R73A 3ZS6A 3MC2A 1MXWA 4ESWA 3GBBA 4MF3A 1AH5A 4HTGA 2ZMBA 3W15C 1MXYA 3VXCA 1B4ZA 5AE4A 1Y3QA 4R9FA 3I6VA 1SW5A 5L9OA 4K3FA 5L8DA 3QUJA 5AA4B 2V3UA 3C36A 3OO9A 4GXAA 1P1UA 3W9VA 2Y7RA 4G77A 2D5WA 3O9PA 4OZ9A 3UN6A 2RKMA 1LFHA 3K1NA 4RNSA 3VLVA 2HEUA 2A5SA 1D3KA 3MJNA 1ANFA 1NH7A 3SEUA 1POY1 3OOAA 3C35A 3TYHA 1ZLQA 3RN8A 3PUVE 5CRYA 1CE2A 2H4IA 3G3KA 1SVXB 2DWAA 4QHQA 2XXWA 1YAEA 2F78A 4FEDA 3S4UA 3EQ1A 4QFKA 4QSEA 1GV8A 1J1NA 1GVCA 3HO7A 1FTMA 3TZAA 1MQJA 3H6WA 4F1VA 4NWCA 5JTYA 4LA9A 4BDMA 4FEBA 4GOTA 4FAJA 2Q88A 3KJTA 4YAHX 2H98A 4KCCA 4G68B 4YKJA 3UA8A 3VLUA 3G3IA 4N6PA 2QPQA 5H8NA 3TTNA 4H1XA 1LLSA 3B6QA 1MXXA 1SI1A 2OBGA 2RC8A 4KR5A 1Y4CA 4TOZA 4GXSB 3C32A 4BLAA 5M2VA 5IAIA 1MQDA 1NNKA 1JNFA 4ELQA 2O51A 2DWJA 4R72A 2QL3A 3O2AA 4YMBA 1S7YA 4NF6B 4OHNA 5CMKA 3U8QA 4N07A 1HSLA 2O1MA 2OWSA 4JXIA 2A5TA 3IX1A 5L9SA 3D4GA 1MY3A 3OEMA 2BJJX 2VGQA 4PFUA 5KCJA 3EN3A 2DXRA 1NMUA 3IOVA 1B1HA 3R6UA 1I6AA 3MVWA 2I0BA 3GZGA 5H8HA 3MQ9A 2DOJA 5I56B 3H6UA 4RYAA 1AMFA 4MLVA 3ECRA 2E1SA 3HSTA 3IO4A 1JW1A 5DTBA 1SW2A 3SEYA 4LUBA 4ZEBA 4ELOA 2PT1A 4NF5B 4OVJA 1NH8A 2M8CA 4HCWA 3TDJA 1PC3A 3OO8A 4NF4B 2CZLA 4YKPA 4HW8A 4TQUQ 3THIA 2QMXA 3K6UA 4LQ5A 2B65A 1ZBMA 4U4SA 3Q28A 3G3GA 2Y7IA 1LB9A 1MY1A 5BWJA 2OWTA 4OEVA 3T66A 1XS5A 1A99A 1PB8A 5L9MA 4LP2B 4NF8A 3O97A 4FIMA 2XXTA 3K01A 2ANJA 1JVXA 2DXYA 2I48A 3ZKKA 5I57B 3AXFA 1M5CA 4PFWA 2OK2A 1LCTA 2RF1A 2O84X 4AB6A 3DM0A 1O7TA 1P1NA 5CBSA 5F1QA 3MP6A 4R6KA 4KYSA 4ZZAA 1N04A 4BDQA 1UQWA 5IKBA 3KN7A 1LFGA 3ILTB 4Z0IA 2AYSA 1Y4TA 2DE4A 1OLAA 1Y1MA 1URGA 1M5EA 4YB6A 1R6ZA 3PMXA 3O6GA 3V5AA 3IJXB 5TP9A 2DP8A 3T93B 3K1PA 2X26A 2XXHA 1OVTA 1LAFE 4G68C 3TTRA 3Q25A 3FIRA 3UK4A 4ECFA 3TUSA 4ZEFA 1DTZA 3H3GA 3VV5A 2NOOA 4WEPA 3FXUA 3I5OA 2UVIA 1I6BA 1B3HA 2XXYA 3LUYA 3EHTA 4RXLA 5JEIA 1D9YA 1RYOA 1ATGA 2VD2A 4JB7A 1B32A 2F8DA 1XC1A 4QFOA 4GFRA 1MG1A 3PPPA 4XKNA 3QIMA 4DCXA 3HHGA 3N6TA 3K4UA 3E4RA 3MWBA 1MS7A 2XX7A 3TQLA 3FJ7A 5CI5A 1PEBA 4JSDA 3V83A 3QK6A 2CMOA 3S9MC 4POXA 4ISUA 2NXOA 2P2AA 2G93A 4IO4A 4EF1A 2V3QA 5I59B 2R9JA 4BDNA 1VSOA 4DIGA 5CMCA 1S50A 3TTLA 4OXVA 2F7BA 3S9EA 1VR5A 4R75A 1UTBB 2G29A 2HCAA 2DE2A 1B1XA 3CFZA 3G3HA 4OERA 3OO7A 3JZJA 2Y7WA 1YCJA 4FATA 3MP8A 4ZE8A 5AA4A 1B5IA 4NE4A 2KLFA 1LBBA 3JV9A 3C34A 2OZZA 4XIGQ 1VE4A 5TPAB 3CFLA 5CMMA 3P7IA 4RK2A 3FUZA 5I58B 4H0WA 1NL5A 2VD3A 5DT6A 3CFXA 5AA2B 1PB7A 1B40A 4R6HA 2XXIA 3H06B 3S9NC 3RQTA 2ALUA 2DSFA 4GIZA 3IB1A 2DVCA 4YB5A 5AA1A 1FW0A 3RY3A 1WDNA 3WAEA 4JWOA 2X7PA 2B3FA 1MY4A 1A7LA 4F3GA 3OD7A 1MH3A 3IO6A 2V93A 1TT1A 2UYFA 1SYHA 2V25A 2XD2A 3MW0A 4ZS9A 2V3TA 1OLCA 2Z23A 4YU0A 3A3UA 3LSLA 4U22A 3HPIA 1FQDA 1IXCA 1PBPA 3HCQA 2HQ0A 3C31A 4GF8A 4YKIA 3IORA 1LSTA 4PE5B 3MPKA 1MXUA 4DDDA 1N3WA 1PBQA 2OLBA 4G68A 1QVSA 3IOUA 3L6HA 1DTGA 4ZE9A 1B0LA 2UXAA 1URSA 4U4XA 3CG1A 3E13X 4QRZA 3T9VA 1H45A 5ITPA 3SKPA 2XD3A 3Q26A 1SYIA 2ONKE 1SBPA 2HXWA 3OSQA 3RTWB 4FECA 4RK9A 3BFTA 3R7XA 4I1DA 4PETA 3RT6B 4R74A 1URDA 1FQAA 3DP8A 3O6HA 3CI8A 3PUZE 4I62A 4FJPA 3IOTA 2QS1A 3C9HA 3OMBA 4ND9A 3IL1B 1B3FA 4OFOA 5KZTA 3LBSA 2PX1A 4GQOA 5EHMA 3MBPA 3CG3A 2F5XA 3U94A 3T9XB 1II5A 1M5FA 4WXJA 4ZZEA 4R9GA 3FXQA 3M3LA 2F7CA 4OWDA 4IGRA 5J1DA 4DXBA 3E3KA 3EPEA 2IA4A 3FASA 4X1BA 4RPNA 3MAMA 3M8UA 4H8IA 3U92A 3IB0A 1RKMA 1UIVA 5I56A 3V8XB 4PFTA 3O29A 4AQ4A 2DWIA 5FHOA 1QJMA 1O64A 2E0SA 2H9BA 4N13A 4P11A 1XHYA 3O66A 3PPNA 3FV2A 3IJOB 1IUDA 3PGFA 2OCUA 1A8EA 1LB8A 1EU8A 2R71A 4U2RA 1A54A 2DVZA 4NF4A 5A5XB 3F11A 4F29A 5H8QA 1FTLA 3DP4A 5ICQA 3O6IA 4F19A 4JSOA 1MDQA 2DYXA 2RINA 3BFUA 5K2XA 1WVJA 4G8HA 3IR1A 3TAJA 1I69A 1N7WA 4F1YA 2O7UA 1N76A 2O68A 3S2VA 2P1SA 3KJ7A 1FQEA 2HAVA 4F2QA 1Y20A 3RT8A 4NEDA 3JYRA 1OQGA 2H25A 1VFEA 3PPRA 1SI0A 4EF2A 3CRBA 3MUQA 4EQ9A 1FTJA 2Z8FA 4IO5A 3M3KA 3RGYA 5FHMA 4NTLA 2ONSA 2GHBA 1MRPA 4F3SA 1NKXA 1NFTA 4L17A 2ZYNA 2QMWA 2AL5A 1B0HA 1B7HA 4HS7A 1B3EA 4LQ2A 2HZKA 2AIXA 2Q2CA 5HPQA 3TMGA 4XKPA 3H6VA 3MPLA 4JBZA 5BUUA 2O7IA 4EUOA 3SDFA 1GR2A 5KCJB 4OENA 2QJEA 3N6UA 3PMVA 4F2OA 4Q30B 5DEXA 1F9BA 2GFEA 3TELA 2F34A 3KEIA 4LZ5A 1DMBA 3KSJA 3LSFB 4PP0A 2B3BA 1FQFA 1UTHA 2Z22A 3U72A 2VHAA 4POWA 3VVEA 4AB5A 1MXVA 4ZDMA 1H43A 3L6GA 2Y7PA 2PVUA 3PPQA 3VXBA 3SESA 3BBRA 2FNCA 2THIA 1GGGA 2ZYKA 4LZ7A 3FVKA 3TKDA 5ITOA 4EQ7A 1LCFA 2H99A 1LAGE 1MDP1 3DP6A 1TWYA 2ONRA 1DPPA 4P0GA 4EXLA 3PU5A 4ZEKA 5FTIA 4GD5A 4C1TA 2I3VA 3HV1A 1JETA 4RA1A 3G7WA 3T96B 2ABHA 4DCYA 1H3DA 5CBRA 4U23A 3CSBA 1DPEA 2QSXA 2F97A 3ZKLA 1LFIA 1SW1A 2Y84A 3PD8A 4X9TA 3RLFE 4F39A 5H8FB 1FQBA 1MQIA 4G2ZA 4ZEDA 5AA2D 2FA7A 5I2KB 1QUIA 3WAFA 1NNTA 2H5YA 5I59A 1L5TA 1IXHA 3VLWA 3U93A 3TPAA 1BIYA 3EHSA 3FD3A 1P1OA 3RNNA 2IEEA 3RTFB 1R1NA 4M4GA 3KOSA 2P0SA 4UACA 5DVFA 2Z8DA 2RCAA 3FVOA 1UTBA 1MXZA 2VOZA 3QSLA 2GHAA 2REGA 1GTKA 1Q1KA 2NUVA 2W7YA 4G4PA 4H67A 3KN8A 3PUWE 4GL0A 1XOCA 4G8NA 1NNPA 4F3BA 3QYTA 4KQPA 2PT2A 1TFAA 4JWXA 2QS3A 5KDTA 4OTEA 2XHDA 3PUYE 4R2FA 3MVYA 5I2NB 4GRKA 1P1WA 1B52A 1MY2A 1OVBA 5AA2A 3ONMA 3T22A 4GLIA 1R9QA 4H8JA 2UVGA 1DSNA 4ELPA 1SQYA 4LVQA 4GL8A 3TTMA 4IY5A 3C33A 4O3AA 4F3PA 3VFJA 2NWJA 1ZU0A 2NVUB 1H44A 3K02A 3KOTA 1MPCA 1IEJA 4DE8A 3FVGA 3BKIB 3RPWA 4KYDA 4OQOA 5DVJA 1MY0A 1XT8A 4IO6A 1USYH 3T9HB 1B3GA 3FGSA 2Z8EA 1ELJA 1P1QA 3LC8A 3C4MA 4THIA 1PDAA 2XXXA 3E9XA 5F7VA 3Q27A 1N3XA 1B51A 1US5A 1Y9UA 3CSGA 3OELA 5K2YA 1S9TA 2XXRA 2REJA 1HSJA 2ZXTA 1QKBA 1VFDA 4H6DA 1BTJA 3D4CA 4P0IA 4QSDA 1XVXA 4Q0CA 1TXFA 4KI0E 1B7ZA 4YKKA 5EYFA 1HSEA 2ZYMA 3FJMA 1N0TA 4RY1A 3UP9A 4DXUA 3SEVA 1P99A 1LAHE 2XXUA 1LGBC 3PMWA 1JQFA 3KBRA 2F7AA 2XXVA 2QS2A 4OYVA 2DS9A 3KSXA 4X1DA 4ELRA 3DELB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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