4ZE9A

Se-pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 144
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze9A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze9A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze9A02
1RKMA 1I6QA 1NH7A 3THIA 2NVUB 1JW4A 4RK2A 2UXAA 4F39A 2DP8A 4EXKA 4GVOA 5I57B 5F1QA 4PETA 2HFBA 5TP9B 5CBRA 1NNKA 4ND9A 4IO2A 1OMPA 1MRPA 1JNFA 3SESA 4KCDA 1JEVA 3S4UA 2V3UA 1PC3A 3VVDA 4O3BA 3MVWA 5ITPA 2XXVA 4U23A 4F1VA 2Q2CA 1PB8A 1UTHA 4OZ9A 1FQAA 2DS9A 3T9XB 3BKIB 2I4BA 4FAJA 2ZNUA 3VVFA 4NF6A 3MAMA 4NF8A 4OENA 2F6PA 4NWDA 1FTLA 3SEUA 1M5DA 3IO4A 4MH5A 2GHAA 5DTBA 3TODA 2ANJA 1XHYA 1Y20A 3U92A 3BFUA 4GF8A 2KLFA 3TPAA 4I9DA 3PPRA 2RF1A 3Q28A 4P11A 2ALUA 1FTKA 2ZNSA 1Y1MA 2GRVA 1D9YA 4R6KA 3U1OA 4M4GA 5AA1A 1UQWA 5BUUA 1YTVA 2V3TA 3O66A 2H9BA 3FJ7A 4XKRA 4G4PA 2BJJX 2ZYMA 3OD7A 2QPQA 1CE2A 1B3GA 4BDQA 1WVJA 2UVGA 3KG2A 3RT6B 4R9FA 1S50A 4LONB 2NWJA 2F8DA 3D4GA 2CMOA 2ONRA 4YKKA 4JWOA 4PFTA 3U8QA 4L17A 1OVBA 1EH3A 4BDOA 1R9LA 3TTRA 2V25A 2Q8JA 1AOVA 1LAXA 3IL1B 4TLLB 1B7ZA 3E4RA 3MBPA 3T9HB 4YB6A 3G3IA 1NNTA 5JTYA 3FJGA 3ZKKA 2ZXTA 2VD2A 2O69A 1TFDA 2RC9A 3FV1A 3H6TA 1I6BA 3ECRA 4EQBA 2QMWA 4DLDA 3PD9A 2ABHA 4JB7A 4IO5A 3OO6A 4Z0IA 1DMBA 5KCJA 4X48A 2AL4A 1O64A 4POXA 1JVXA 5FHNA 1JETA 3W9VA 4EQ9A 3MP1A 2O84X 5M2VA 2YPNA 2RKMA 4F18A 1IXHA 3OENA 3MPKA 4KCCA 1B3LA 4QSDA 3FASA 3R7XA 4JSOA 1Y9UA 2OZZA 3MJNA 4GWOA 3O97A 1JVYA 1KWHA 1SI0A 4H65A 3EQ1A 4RNSA 2F97A 3H06B 2QMXA 3IOVA 3IJOB 1H43A 3W9WA 5L9MA 3EHTA 3LR1A 1B05A 3Q26A 4Q8RA 3Q25A 1VFDA 1OQGA 4IY6A 4QFLA 4I1DA 1B5IA 4OTEA 2REJA 3CI8A 4KYDA 3KEIA 3V89B 4EDPA 1NL5A 3PAMA 4C1UA 2B4MA 4U21A 2PT2A 1BKAA 2OWTA 4RXLA 3TQWA 3VLWA 4BLAA 4K3FA 3DM0A 3RUMA 3QSLA 4NF8B 1POY1 1QW0A 3DRFA 3ILUB 4KPTA 4GOTA 3RGYA 4H1XA 3TDJA 2XX7A 4QFPA 1GVCA 3FGSA 1B51A 5FTIA 1Y4TA 1ANFA 3M3KA 3JYRA 1B58A 3TELA 4AB5A 1ZU0A 3DRKA 1USYH 5AA4A 1XC1A 3C35A 5F7VA 1MQHA 4LUBA 2O1LA 3N5LA 1EZ9A 5ITOA 1B0LA 2Z8FA 3T22A 2QSXA 1SI1A 1CB6A 3HSTA 5CC2A 4R75A 1N0TA 2H99A 3ILTB 3ZKLA 1LFHA 4MBPA 4KYSA 3MPLA 3FTOA 3KBRA 5I57A 2DVZA 1N84A 3UGWA 4OETA 5TP9A 3LUYA 5AE4A 1T0KA 3OSQA 3KJTA 2HEUA 2XXIA 3TTKA 3LSWA 3G3JA 4F1UA 4PFUA 1SW5A 4DCXA 3H7MA 3S9NC 4QRZA 2O1MA 1N04A 3I6VA 3LSXA 5J1DA 3CSGA 2M8CA 3HO7A 3VV5A 1N7WA 3KN3A 4RK9A 2DVCA 3K0VA 2XX9A 1L5TA 5HM4B 4F31B 3S9MC 2B4LA 3A3CA 2RCAA 1SW2A 3MP6A 5H8QA 4XXUA 4H8IA 3ODBA 2Y7IA 1N3WA 1O7TA 1Y3PA 4ECFA 5TPAA 4PP0A 1A8FA 4G68A 5H8FA 2PVUA 3LSFB 1DTZA 4YB7A 4UACA 1B0HA 1Q35A 1TXFA 1UIUA 1FQBA 4GXSB 1URSA 5H8NA 2H4IA 2I0CA 3EN3A 3T93B 4OESA 1B6HA 3BBRA 4FORA 1OLAA 4NE4A 4F22A 3D4CA 4ZEBA 4AB6A 2ZYKA 3PUYE 3SERA 1FQEA 1LFIA 3IOUA 2I3VA 5CRYA 1OLCA 1Z7NE 4XIGQ 4OMBA 3ZS6A 1NMUA 1A99A 4OERA 3TTNA 1MY1A 3IOTA 1WODA 4MLVA 4TOZA 3E13X 2I58A 4EQ7A 3C31A 1LCFA 2UVIA 4HW8A 4G77A 2WOLA 1P1NA 2XD3A 1Q1KA 1S7YA 4EF1A 1SD3A 4IGRA 4QF9A 4XTCQ 3LC8A 4H6DA 1XT8A 4F19A 2OJTA 3F11A 3CHGA 4E0WA 3Q29A 4WKMA 2PYYA 1H3DA 4POWA 4ELRA 4OEUA 1QKAA 1BIYA 4I62A 1MPBA 1UTBB 4TQUQ 4DIGA 5BWJA 3QAXA 2PT1A 4KI0E 4F1YA 4R2FA 3O29A 1B3HA 3C9HA 1SW4A 1QJMA 1N7XA 1JW1A 1F9BA 1PBQA 3QXMA 5KDTA 2D21A 4QSCA 4JWYA 1LLSA 3L6GA 3EF7A 4NEDA 2ZMBA 1D4NA 4E0XA 4G68C 5H8SA 3VFJA 3AXFA 3B7DA 3B6QA 3L6HA 2NUVA 3K00A 2ZYOA 3PUZE 2OWSA 1MXVA 3K6WA 1FW0A 3VDFA 1PDAA 5I58A 4XKNA 3U72A 4I8CA 1FCKA 1MXZA 3MVXA 4BDMA 4GL0A 2HAUA 3S9EA 1ELJA 4OFJA 2ESNA 4F3PA 2VP1A 2E1SA 5CBSA 2VHAA 1RYOA 1VSOA 4FEBA 5H8QB 4FE8A 3TCGA 1M5BA 2THIA 1PEBA 3K4UA 3H3GA 3O6IA 3CRBA 5TPAB 4XKQA 2PMSA 5I2KB 4G68B 5H8FB 1OQHA 3H03A 5ICQA 1QKBA 5L8DA 1RYXA 3FD3A 4DXBA 2CZLA 1NNPA 3HCQA 3M8UA 5CMMA 2ZYNA 5H8NB 4XKPA 3C32A 5H8HA 3K6VA 1SW1A 3SETA 1R9QA 2Y7PA 3FXQA 3RLFE 4YMBA 4H67A 3KJ7A 1MQJA 3CFLA 4LQ5A 3CR9A 1FQDA 5EYFA 2H5YA 3PMXA 3PUVE 1MG1A 4ZEFA 4Z7EA 1I69A 1B2HA 4GFRA 5L9OA 3MW0A 1MH4A 4F2QA 1PBPA 1SDXA 1IZ1A 1MY2A 4RY1A 1VE4A 3RYBA 4FECA 2HZKA 1HSEA 4WEDA 5IAIA 3N6UA 5I56A 1URGA 5I59A 4R6HA 5HPQA 1QUJA 2DE3A 2RC7A 2Z22A 1FQFA 2D3IA 3TKDA 4OWDA 3DP6A 4DXUA 3GLBA 3JV9A 3K6UA 1MXUA 2I49A 5FHOA 3WAFA 4KD5A 3H6WA 3DLNA 2WOPA 4GIZA 4YAHX 3K2DA 2DYXA 4QFKA 3PUXE 3LSLA 1H45A 4F3GA 1NKXA 3HV1A 4O3CA 1MDQA 2P2AA 3M3FA 2I48A 3TUSA 4RA1A 4QHQA 1HSLA 3PGFA 4QFOA 5KDTB 4GQOA 3S2VA 4G8NA 4WEPA 3HN0A 4ZZEA 4R73A 5K2XA 5DT6A 4N13A 3TTMA 2F7BA 4YKPA 2DOJA 2Y84A 4AQ4A 1N3XA 3K01A 5IKBA 1B5HA 5CMBA 4OFLA 2A5TA 2DE4A 3B6TA 2DXRA 4ONYA 2Y7RA 3K6XA 1IUDA 1NNFA 2UVHA 5I58B 4ZZAA 3G7WA 1SYIA 3DP8A 2HZLA 2F7AA 4GL8A 1FTOA 2QS4A 1VFEA 1S9TA 1II5A 4C1TA 1MDP1 3MP8A 3DRHA 3EHUA 1GV8A 4YMAA 2UYEA 2DE2A 1IXGA 2V93A 4ELPA 2XXRA 3RPWA 3DELB 3HHFA 2OCUA 4OVJA 4GRKA 2IA4A 3CIJA 1UTBA 3RNNA 3VLUA 3DRGA 4JXIA 2X26A 4YKJA 4NF4B 3FXRA 5H8HB 3PV0E 2R9JA 3V8XB 3N94A 3FZVA 4HCYA 1BLFA 1GR2A 1MY0A 5KZTA 4IGTA 3LVUA 1BP5A 3RYAA 4DCYA 2YLNA 4H5GA 2P0SA 3UN6A 2H98A 4ZECA 2HQ0A 2OBGA 1B5JA 4OQOA 4U22A 3MZ9A 4JDFA 4NMYA 4WXJA 3TEPA 5EHSA 4U1ZA 4OYVA 3RQTA 3TAJA 1TWYA 2YJPA 1A8EA 2DWJA 1SYHA 1Y4CA 5JEIA 4DXCA 4JSDA 3EHSA 5I56B 2Q2AA 4N6PA 5I59B 3IO6A 2Q89A 3C4MA 3TZAA 1N76A 4G8MA 1DSNA 3VXBA 1A7LA 2PX1A 1IIWA 1LBCA 1QUKA 3UK4A 1B1HA 3OELA 4ZEKA 4YB5A 5AA2D 4HCWA 3A3UA 3I3VA 1B4HA 4P0GA 3O28A 3MVYA 2G29A 2F78A 2F34A 3VVEA 1B3EA 4YKIA 4LVQA 3MC2A 5DVIA 2QL3A 3O6HA 5I2KA 3IORA 1SQYA 4DDDA 4NTLA 3A09A 5K2YA 3EPEA 4IY5A 4U4XA 3FVOA 1JEUA 2GHBA 2XXTA 3QK6A 2O7IA 3UA8A 3U94A 4F3SA 3O9PA 4PQJA 3WAEA 2XXWA 1IEJA 2AYSA 2Z8EA 2A5TB 2RCBA 3CG3A 1ATGA 3FVKA 3G3KA 1Y3QA 1JW5A 2HXWA 1US4A 2Z8DA 3BFTA 2ONKE 1ZKBA 1ZLQA 3IOWA 4F2OA 3PUWE 3QUFA 1FQCA 5CMKA 2R6GE 4C0RA 1M5EA 2O51A 3G3HA 4MLQA 4MFIA 1B3FA 2XHDA 3U93A 5DEXB 1A54A 2V3QA 2X7QA 2AL5A 5I84A 2NOOA 4R6YA 2ONSA 3UIFA 3RTFB 4FIMA 1FTJA 3OXNA 1P1OA 4X1DA 3FJMA 3USDA 1M5FA 4Q5TA 4IO7A 1SVXB 1H76A 2GH9A 4LZ8A 1NH8A 4ELQA 2I6EA 4H0WA 3E3KA 3TMGA 1AL3A 3G3FA 3MZBA 1ZIUA 1IXCA 4U1OA 5HBCA 4MF3A 3CSBA 4ZE8A 4QSEA 3H4ZA 4FATA 3OO8A 2DWAA 2F6GA 3UP9A 4BDRA 2DSFA 2OLBA 2ZNTA 3PMWA 4EF2A 2Y7KA 4LQ2A 3V83A 3T9VA 4IO3A 3MZ1A 5FHMA 3VE1B 1MS7A 1XOCA 3C34A 3CG1A 2XXHA 5L9SA 3OEKA 1PB9A 3N6TA 3G3GA 4U2RA 2UYFA 4GXAA 3MWBA 3FVGA 1QVSA 1P1UA 4X1BA 3OO7A 3RN8A 3IX1A 3FV2A 2B3BA 2PBWA 3PD8A 4G8HA 4GD5A 1B32A 2RINA 3SEXA 4KR5A 4NF4A 4EUOA 3TCHA 4O3AA 3ZSFA 3P7IA 4YU0A 3TTLA 5FTHA 2B3FA 4GLIA 3GBBA 2QRYA 4R74A 3FIRA 1MQIA 3RY3A 3IJXB 1Y3NA 5ICTA 5I2NB 2VGQA 3S9LC 1MY4A 1D9VA 1H44A 1EU8A 2Q9TA 3FATA 1WDNA 4OHNA 2E0SA 1NFTA 1LB8A 3UORA 3FVNA 4ZDMA 5CI5A 3PMVA 1LCTA 3PU5A 4FEDA 2V84A 2DWHA 3R6UA 1ZMGA 1LFGA 1MY3A 1P99A 3PPPA 1MQDA 2XXUA 5A5XA 2UVJA 1P1WA 2HAVA 2IEEA 2QS2A 1EZPA 3FUZA 2LAOA 3Q27A 1AH5A 4OEVA 2XXXA 1A40A 3T96B 1DPPA 1LAGE 1MXXA 4ZEIA 4ESWA 4LATA 1P1QA 5DVFA 3MQ9A 4OXVA 4DE8A 4OFOA 2DWIA 5AA2B 4KQPA 1B1XA 3TFLA 1MPDA 3C33A 1LBBA 2O7UA 1GTKA 2REGA 4F29A 4JBZA 1QULA 1OIBA 1SBPA 2OK2A 2X7PA 3KGCA 4NWCA 2I4CA 1GGGA 1D3KA 1LSTA 1MM7A 3OOAA 1TT1A 3OEMA 2D5WA 2H25A 5AA3A 3K1NA 1Y1ZA 2Z23A 4NF5A 4IO6A 4UA8A 4U4SA 4RPOA 5ELVA 2XXYA 2FYIA 1DOTA 3KSJA 2G93A 3OSRA 4ZEDA 4FJPA 1TFAA 1I6AA 1MQGA 4IO4A 4RJZA 4M1VA 2XXQA 1XVXA 3CVGA 2I0BA 4ESXA 1UTHB 1EZOA 4H8JA 3O6PA 2QJEA 3PPOA 3T9UA 5B70A 4DZ1A 3SEVA 4PFYA 4NF6B 4ZE9A 4R9GA 5LOMA 3T66A 1MM6A 5DEXA 3SDFA 1B40A 4KYEA 3KOSA 1LAHE 2A5SA 1B9JA 3QIMA 3SEWA 3MUQA 3K02A 3RT8A 3R26A 5ISUA 3H6VA 5EHMA 3SKPA 3GBAA 2XX8A 2P1SA 3M3LA 2HCAA 1XVYA 2GFEA 3CFXA 2WKYA 2B65A 4KFQA 1LGBC 3DP4A 1J1NA 1A55A 1JQFA 3E9XA 3KN8A 4EXLA 2Q88A 3KOTA 2DXYA 3DRJA 3IAZA 3C36A 1YCJA 3SEYA 3VLVA 1LAFE 4X9TA 1FTMA 3FXUA 1B4ZA 3MVZA 5CM6A 4PE5B 4F3BA 3O2AA 4PFWA 3IB1A 4RPNA 4ZS9A 5A5XB 2F5XA 4G2ZA 4R2BA 4JWXA 2Y7WA 3KSXA 5JTYB 4LZ7A 1Z7ME 3VXCA 4BDNA 4ISUA 1HSJA 4Q0CA 5DYHA 4BDLA 1URDA 3QYTA 3CFZA 1LB9A 1UIVA 4IB2A 3B6WA 5KCJB 1YPNA 2F7CA 1USYE 1XS5A 3KN7A 3KFMA 3TYHA 1R6ZA 1IQ7A 3IB0A 1MXYA 3QUJA 2VD3A 1AIVA 1AMFA 2WOKA 3GXAA 2AIXA 2O6AA 4NF5B 5TU0A 1DTGA 4KHZE 3V5AA 3IR1A 1O63A 2F36A 1US5A 5I2NA 3W15C 4P0IA 3K1PA 3OO9A 4THIA 1IITA 3N26A 1ZJLA 3HPIA 2W7YA 1BTJA 3K1MA 3PPQA 3IB2A 5CMCA 5B7DA 4R72A 1IXIA 1B7HA 3IK6B 1M5CA 1B52A 3H6UA 1MH3A 2I3WA 3I5OA 5JK4A 1MPCA 2RC8A 4LA9A 4LP2B 3OMBA 1R1NA 2QS1A 3TCFA 4YICA 2FNCA 1B46A 4YZZA 4H5FA 1PB7A 1OVTA 1YAEA 2DQVA 3RTWB 4N07A 1VR5A 4LZ5A 3O6GA 4HTGA 4ELOA 1MXWA 2F35A 3DRIA 3LBSA 4HS7A 5AA2A 2XD2A 3JZJA 3GZGA 2FA7A 2R71A 1ZTYA 5AA4B 1ZBMA 1POTA 2VOZA 3PPNA 4QFNA 1B7UA 3TQLA 3HHGA 2O68A 2NXOA 1DPEA 2XXPA 4RYAA 1QUIA 3ONMA 4Q30B 4TLMB 3KZGA 2QS3A 5DVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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