4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
3IOWA 2VOZA 3LC8A 4YU0A 3K00A 3MVWA 1XC1A 3LBSA 3TTKA 3RN8A 3FXQA 4ELPA 1MQJA 3OENA 3W15C 4LZ5A 4H5GA 1S7YA 1JW1A 3SERA 4BLAA 5FTIA 1MQIA 3EHTA 3O97A 1RYXA 1FCKA 1ZTYA 1ZMGA 3ZSFA 5I84A 1SI1A 3IOTA 3TYHA 5I57B 2F7AA 4Q5TA 2B4LA 4OMBA 1MQDA 4ESWA 2QS4A 3U94A 1XOCA 1Q1KA 5ELVA 1LB9A 4F39A 3K0VA 4RPOA 1ZJLA 2RKMA 5BUUA 3DP8A 3ODBA 1IXHA 3A3CA 5H8QB 1MPCA 1OVBA 2F36A 3FV2A 2P2AA 2VD3A 2DYXA 3VVEA 1ELJA 4X9TA 4X1BA 2Q2CA 1UTHB 4F3GA 5CC2A 1MY1A 2IEEA 2PVUA 3TKDA 3CG3A 1HSEA 1TFAA 1QUJA 5KDTB 3TQLA 4OENA 3VE1B 1B4ZA 1P99A 1BLFA 1F9BA 2PMSA 4KQPA 4ISUA 4XKQA 2ONRA 3TFLA 2VD2A 1MXUA 5HM4B 2DE4A 3AXFA 2I49A 1GGGA 1SW1A 2UYEA 1N0TA 4F3BA 3DRFA 2AYSA 1PBPA 3LSXA 4MFIA 2M8CA 1FTLA 1MPBA 1SW2A 3U8QA 3RY3A 2XXRA 1UTBA 4BDMA 1B9JA 3B7DA 2OJTA 1FTJA 2PT1A 2GHAA 4F1UA 3ZKLA 5ISUA 4ZE8A 5HPQA 1JW4A 3ONMA 4M4GA 2QJEA 1MQHA 4GWOA 2H25A 4IGRA 4LZ8A 4EQ9A 3HV1A 4H1XA 4OVJA 3ZKKA 5H8FA 2CZLA 3TEPA 4U2RA 3IB0A 2DWAA 1IXIA 1R9LA 3H6TA 4NF8A 4NF6A 3TCFA 1OLAA 4OFOA 1A7LA 5DVFA 1EZ9A 1A54A 4KYSA 3G3GA 2HXWA 3QXMA 5TU0A 2G29A 1UIUA 1US5A 4QSDA 2XD3A 3W9WA 3JYRA 5CMMA 4PFWA 3SKPA 4LATA 3OEMA 4ZE9A 4IY5A 3DRKA 3MWBA 3PUXE 2ANJA 2E0SA 1ANFA 2Q9TA 1B3FA 4EXKA 2X7QA 3SEVA 3PUVE 1MXWA 4JWOA 1LBCA 3MC2A 1P1NA 1Y1ZA 3VDFA 3T66A 1M5EA 4EXLA 5BWJA 2XXHA 1VFDA 1I69A 3LSWA 3L6GA 5IKBA 3MVYA 2HAUA 2ZYMA 1LSTA 2WOPA 1POTA 1LFHA 3FVGA 5KCJB 1QUKA 4I62A 4FJPA 4ONYA 2I4BA 3KFMA 3WAFA 5CBSA 3B6WA 5I57A 4ZECA 3VXBA 1MM6A 1MG1A 1OVTA 1B3GA 4RY1A 2AL4A 3PU5A 3LSFB 3B6QA 5DVJA 1PEBA 3N5LA 4O3CA 4OEUA 4MF3A 4ZZEA 4I9DA 4P0IA 4Z0IA 4MLQA 3Q25A 4R2BA 1LBBA 3DLNA 3U92A 3TAJA 4FEDA 4FECA 1UTHA 2QS1A 2F8DA 3FTOA 3TCHA 4OERA 1LAXA 3RLFE 3O29A 4PP0A 4P11A 5CRYA 1AOVA 4AQ4A 3IK6B 3CRBA 5KDTA 3K1PA 2QSXA 4JDFA 3HHFA 2XXWA 2H98A 4RJZA 2V3UA 2Q8JA 5ICTA 2PT2A 1USYH 4ZEDA 1AL3A 2Y7PA 3HN0A 1DOTA 1AIVA 3H06B 1UQWA 1VSOA 4N13A 4F22A 3QYTA 4OTEA 3T93B 3RQTA 4LONB 3H6WA 4PETA 3IL1B 5FHOA 3TQWA 3C4MA 1MY0A 3RNNA 1MDP1 3RPWA 3I3VA 1NH7A 1QKBA 3E13X 1EH3A 3KSJA 4N6PA 3UIFA 3C34A 1II5A 2O69A 1D4NA 4BDNA 1Y20A 2DXYA 3I5OA 2P1SA 2WKYA 1FTOA 5FTHA 3Q28A 4LA9A 1A8EA 2NWJA 1YCJA 2NOOA 2Z8FA 2Q2AA 1T0KA 2DSFA 3O6PA 4RA1A 3TODA 3DRGA 2WOKA 1WVJA 4RK9A 2XXQA 4R75A 4GIZA 3U93A 4RXLA 3A3UA 2GFEA 4RPNA 3PGFA 5B7DA 2QS3A 3V5AA 2QS2A 3G3JA 3H6VA 5H8SA 3RT6B 2F34A 1GR2A 1B40A 2DE2A 1CE2A 3N26A 1MXVA 4G77A 4QFPA 1Q35A 3RGYA 1JEVA 3KEIA 2GRVA 2OWSA 5TPAB 3HHGA 3IB2A 3CFXA 2O7UA 2XX7A 3PAMA 1SD3A 1R6ZA 4F29A 3E3KA 3R26A 3MVXA 3D4GA 1H45A 1M5DA 4X1DA 4YZZA 4YMBA 4GF8A 4DIGA 4FIMA 1US4A 4OETA 4KD5A 1A55A 3U72A 1URDA 2B3BA 3CSGA 2F6GA 2V84A 4F1VA 2O6AA 4G8MA 1Y4TA 1LAHE 2XX8A 2V3QA 1NNFA 3SEXA 4IO4A 3H3GA 4DXBA 3VVDA 3Q29A 2ZMBA 1YPNA 1JNFA 1LCFA 2B65A 4OESA 2X26A 5ITOA 3FJMA 2R6GE 3TTRA 3DP4A 3GBAA 1LGBC 1SQYA 5B70A 2IA4A 3BKIB 1TWYA 2OZZA 4F3PA 1MY2A 1JEUA 3PMXA 3MP8A 4BDOA 5KZTA 4NF5B 4QSCA 2FA7A 4EF2A 4TOZA 4KPTA 3HPIA 2CMOA 2D5WA 1R9QA 1N76A 4OEVA 3FJGA 3USDA 1ZKBA 1USYE 5L9OA 2XHDA 2YPNA 1SYHA 1I6QA 1MH4A 3SEUA 4QFNA 2QPQA 4DXCA 3K2DA 4G68C 1Y9UA 3K6XA 5IAIA 4G68B 3C9HA 3Q27A 2ESNA 1H76A 1PDAA 3KN8A 4K3FA 1JVYA 4AB5A 3KG2A 4I8CA 2VP1A 5I2NA 3FATA 3KSXA 2V25A 4JXIA 1B1XA 1Y3PA 2DVZA 5I2KB 1XVYA 1B4HA 2HFBA 3S9EA 1FTKA 3RYBA 3T22A 3CFLA 4R2FA 3JV9A 3C33A 3BFTA 3GBBA 4DE8A 3JZJA 3KN3A 3HSTA 3MW0A 2Y7KA 1OQHA 3S4UA 1FQFA 4FATA 2O1LA 3MJNA 1JVXA 2KLFA 2UXAA 1QJMA 3OXNA 1N7XA 1ATGA 3FASA 3PPOA 4R6KA 1SVXB 3B6TA 3TDJA 3OSRA 4E0XA 3FIRA 1UIVA 3K02A 5L9MA 4TLLB 3KGCA 2ZYNA 2Z23A 2F97A 3OO9A 3VV5A 1MH3A 4HTGA 1B7UA 1JETA 3ILUB 1NFTA 4ZEIA 2BJJX 1NMUA 4DCXA 3VFJA 3HO7A 5H8HA 2OBGA 1P1OA 1DTGA 4NTLA 4OXVA 4NWCA 2HQ0A 4POWA 3IX1A 3KOSA 5ICQA 4GVOA 4YAHX 3C32A 5CMKA 4ZEFA 4GXAA 3OSQA 3UP9A 3OELA 1ZLQA 2ABHA 4GOTA 1BIYA 3CSBA 5H8NB 4BDRA 3FD3A 4LP2B 2E1SA 5AE4A 3EPEA 4OFLA 2DXRA 3K1NA 3OMBA 4LUBA 3H4ZA 4WKMA 4ZEBA 4ESXA 3IOVA 1B7ZA 1POY1 4IO2A 3OO6A 1TT1A 3G3IA 5I59A 2NUVA 2XXVA 3O28A 3PMWA 4R6YA 4JWXA 2GH9A 4FE8A 3V89B 1JQFA 4FEBA 1MY3A 2DE3A 3EQ1A 4NE4A 5L8DA 3DP6A 1OQGA 4Q30B 4PFUA 3FXRA 4NF5A 1P1WA 3LSLA 4OQOA 5JEIA 2ZXTA 4WXJA 4P0GA 3VXCA 4YMAA 1B0HA 5EHSA 3CVGA 5HBCA 3LR1A 4R9GA 3Q26A 1JW5A 4QSEA 4DLDA 1RKMA 4PFYA 2XXIA 3O66A 2ALUA 4G2ZA 3TTLA 3BFUA 5I56B 4H8IA 2DVCA 1MQGA 2Q89A 4BDQA 3TELA 3R6UA 4R74A 2R9JA 3PPRA 3MZ9A 2XXPA 3ECRA 1DTZA 3G3HA 5H8QA 4TLMB 1CB6A 4ELRA 1OIBA 3RTWB 3LUYA 1A40A 1DMBA 2DOJA 2Y7IA 5I2KA 1IZ1A 1MDQA 4DDDA 4OWDA 5AA2D 3E4RA 4G8HA 1QKAA 4U4XA 3E9XA 5AA4B 1O7TA 3TUSA 4KCCA 2RCBA 3GXAA 4RK2A 4ELQA 1M5BA 2D21A 1WODA 1S50A 2RINA 3VLWA 5AA2B 4JSDA 2DQVA 1IEJA 2AIXA 4ZDMA 1FQBA 5CMCA 1IUDA 4YB6A 3N6TA 3UORA 4JSOA 2RC9A 3S9MC 4KYEA 3KJ7A 2F7CA 5F7VA 1TXFA 3O6HA 2F5XA 3C36A 1H44A 1M5FA 1M5CA 4WEPA 1LB8A 1PB9A 4UACA 4IO5A 3OOAA 2NVUB 3SESA 1FQEA 1N84A 3DELB 4F2QA 2Y84A 3V83A 1ZU0A 1D3KA 4KCDA 2F6PA 3PPNA 4EDPA 1B3EA 3OO7A 4IY6A 4OHNA 2Z8EA 2O68A 1KWHA 4R72A 3FVKA 3FXUA 4ZZAA 3IR1A 1Z7NE 3IOUA 3TTNA 4QFLA 4H6DA 1B3LA 4U1OA 3BBRA 3P7IA 1BTJA 3QUJA 1RYOA 4OZ9A 3O6GA 4POXA 3CFZA 1B5IA 3KN7A 4EF1A 1EU8A 1XS5A 2DWJA 4RYAA 4F2OA 2RC8A 4QF9A 1R1NA 5FHNA 1UTBB 4YKPA 3CR9A 3M3FA 1IITA 2QL3A 2PX1A 3CHGA 1VR5A 2GHBA 1Y1MA 2UVJA 4PQJA 3SETA 2DS9A 3GLBA 4LQ2A 4GRKA 3IO6A 2HCAA 4KR5A 5KCJA 5TP9B 2Z22A 2QRYA 4O3AA 2FNCA 3EN3A 3S9LC 2I48A 4U22A 5I56A 2I3WA 5DT6A 4U4SA 3O6IA 1S9TA 5H8FB 3PV0E 1H3DA 4NF8B 4PE5B 4KI0E 3OD7A 4NF6B 4LQ5A 3G3KA 4F18A 4C1TA 3D4CA 4MBPA 1DSNA 2H9BA 1SBPA 3CIJA 4R6HA 3QAXA 1B1HA 2B3FA 3LVUA 4IO3A 2O51A 1L5TA 5CM6A 5ITPA 3GZGA 1N3WA 1EZOA 3W9VA 4L17A 5AA4A 4XKPA 1PC3A 1ZIUA 3QK6A 1ZBMA 4QHQA 4EQBA 1D9YA 3IO4A 4C0RA 4QFOA 3PUWE 1DPPA 3PPQA 5AA2A 3MBPA 4QRZA 4ECFA 1O64A 1O63A 1A99A 1GV8A 2I6EA 1MY4A 2DP8A 2UVGA 4TQUQ 4F1YA 2D3IA 4YB7A 2ZYOA 1B6HA 1N3XA 3MPKA 5AA1A 4R73A 2ZNTA 1NNPA 1LAFE 1QW0A 4ZS9A 2V3TA 2FYIA 3IJXB 3CG1A 1OLCA 3K6UA 3TMGA 1XHYA 3PUZE 3TTMA 4Z7EA 4GD5A 3N94A 3M3KA 1QVSA 3RTFB 3MP1A 1TFDA 3MP6A 2O84X 4FAJA 4NEDA 1B32A 4DXUA 1D9VA 3EF7A 3VVFA 1GVCA 5JTYB 2RF1A 4NMYA 4Q0CA 1DPEA 1MXYA 4OYVA 5EHMA 3MVZA 3UA8A 4F19A 2Y7RA 3QIMA 3PPPA 3F11A 4GLIA 2I0CA 2QMWA 1PB8A 3VLVA 3C31A 3KZGA 2XXTA 2W7YA 2DWIA 3H6UA 4OFJA 4JBZA 5J1DA 4H0WA 2THIA 3DRJA 4YB5A 4DCYA 3RUMA 3M3LA 4IGTA 4F3SA 1B46A 1YAEA 4ELOA 4EQ7A 5TPAA 2VHAA 3WAEA 1EZPA 2XD2A 4R9FA 2REJA 3L6HA 4XKNA 4H8JA 1WDNA 4IO7A 4YKKA 4QFKA 2PBWA 3U1OA 1PBQA 4NF4B 2ONKE 1SI0A 1B7HA 1FQCA 3UK4A 3SDFA 4AB6A 3KJTA 1HSJA 5TP9A 3I6VA 2REGA 2XXYA 2H4IA 4RNSA 1BKAA 2R71A 4IB2A 1MS7A 4GL8A 2Q88A 2O1MA 3G3FA 2YJPA 3MUQA 1B52A 4FORA 4JB7A 3IAZA 1LFIA 3FV1A 1I6AA 1LAGE 3UGWA 3S2VA 4KHZE 1VFEA 3A09A 3KBRA 3T9VA 4BDLA 3FVOA 4I1DA 3TPAA 3O2AA 2B4MA 2I0BA 4G4PA 4YKJA 1QUIA 3V8XB 4GXSB 4E0WA 2ZYKA 3S9NC 2G93A 4F31B 5AA3A 4YKIA 4N07A 5LOMA 3O9PA 1MPDA 2QMXA 4YICA 2I3VA 4PFTA 3T9XB 1LLSA 4EUOA 1I6BA 4G68A 2WOLA 3H03A 2UVHA 1IXGA 5DYHA 4DZ1A 3ZS6A 1AH5A 5F1QA 1B51A 4U21A 2ZNSA 3SEWA 5CMBA 1Y3QA 3IB1A 1XVXA 3THIA 4H5FA 3H7MA 1GTKA 1VE4A 1SW4A 5A5XB 3SEYA 5DEXB 3MQ9A 2A5TB 1SYIA 3T9UA 1B0LA 4U23A 5JTYA 2PYYA 2HEUA 4LZ7A 3QUFA 5I58B 4H67A 5CBRA 3K6VA 1OMPA 4XTCQ 3VLUA 4Q8RA 3FJ7A 1B3HA 1H43A 2XXUA 3T96B 3FVNA 2HAVA 2UYFA 3G7WA 1B05A 1NKXA 3OO8A 1XT8A 1N04A 1SW5A 2A5SA 3PD9A 1IXCA 2I58A 4U1ZA 2O7IA 4GQOA 4HS7A 3IORA 3FZVA 1URGA 2OK2A 4KFQA 5K2XA 4O3BA 5DTBA 3DRIA 3EHUA 3PMVA 2RCAA 4MLVA 3UN6A 2H5YA 2I4CA 5K2YA 2ONSA 3QSLA 2NXOA 2OWTA 3EHSA 1P1UA 5DVIA 1MRPA 1HSLA 4MH5A 5I2NB 1NNTA 1IQ7A 3MAMA 4NF4A 4GFRA 3DRHA 3TCGA 4HW8A 5H8NA 4XIGQ 2Z8DA 4HCYA 3MZBA 4LVQA 4G8NA 1FQAA 5JK4A 5L9SA 1MXZA 4ZEKA 4GL0A 1NNKA 1LCTA 1LFGA 3MPLA 3TZAA 4XXUA 3PD8A 1IIWA 3K01A 4KYDA 3R7XA 3K1MA 2P0SA 1URSA 5FHMA 4ND9A 1FW0A 1MM7A 4UA8A 5EYFA 1SDXA 4JWYA 1FTMA 1BP5A 4NWDA 1PB7A 3FUZA 2HZLA 3K4UA 1A8FA 3OEKA 5M2VA 1Z7ME 1J1NA 2DWHA 1MXXA 2F78A 3C35A 1Y3NA 3M8UA 4M1VA 1N7WA 3CI8A 5H8HB 1QULA 4THIA 2H99A 1P1QA 3HCQA 3RT8A 1B5JA 2UVIA 1FQDA 2OCUA 5CI5A 2Y7WA 4IO6A 3K6WA 3RYAA 3DM0A 2VGQA 3IJOB 3KOTA 1YTVA 1Y4CA 4H65A 2OLBA 2RC7A 2XXXA 2YLNA 2F35A 2V93A 4X48A 2AL5A 3MZ1A 2HZKA 1NH8A 3ILTB 1AMFA 3T9HB 3N6UA 4C1UA 2F7BA 1B2HA 1B5HA 2ZNUA 1B58A 5I59B 5A5XA 4HCWA 5DEXA 2A5TA 2LAOA 1NL5A 3PUYE 4WEDA 2X7PA 3FGSA 5I58A 2XX9A 4XKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IOWA 2VOZA 3LC8A 4YU0A 3K00A 3MVWA 1XC1A 3LBSA 4NAPA 3TTKA 3RN8A 3FXQA 4ELPA 1MQJA 3OENA 3W15C 4LZ5A 4H5GA 2F3DA 1S7YA 1FTAA 1JW1A 2PFZA 3SERA 4BLAA 5FTIA 1CNQA 1MQIA 3EHTA 3O97A 1RYXA 1FCKA 1ZTYA 1ZMGA 3ZSFA 5I84A 1SI1A 2PFYA 3IOTA 3TYHA 5I57B 2F7AA 4Q5TA 2B4LA 4OMBA 1MQDA 4ESWA 2QS4A 4NF0A 3U94A 1XOCA 1Q1KA 5ELVA 1LB9A 4F39A 3K0VA 4RPOA 3E78A 1ZJLA 2RKMA 5BUUA 3DP8A 4PBHA 1NV3A 3ODBA 1IXHA 5EYGA 3FBPA 3A3CA 5H8QB 1MPCA 1OVBA 2F36A 3FV2A 2P2AA 2VD3A 2DYXA 3VVEA 1ELJA 4X9TA 4X1BA 2DDKA 2Q2CA 3QMFA 1UTHB 4F3GA 5CC2A 1MY1A 5F24A 2IEEA 2PVUA 3TKDA 3CG3A 1HSEA 1TFAA 1QUJA 5KDTB 3TQLA 4OENA 3VE1B 4I40A 4H46A 1B4ZA 1P99A 3LV0A 1BLFA 1F9BA 2PMSA 4KQPA 4ISUA 1NUZA 2VPOA 4XKQA 2ONRA 3TFLA 2VD2A 1MXUA 2FIXA 5HM4B 2DE4A 1IMEA 3AXFA 2I49A 1GGGA 1SW1A 2UYEA 1N0TA 4F3BA 1LBZA 3DRFA 2AYSA 1PBPA 3LSXA 4MFIA 4PDHA 2M8CA 1FTLA 1MPBA 3ROJA 1SW2A 3U8QA 3RY3A 1FJ6A 4PBQA 2XXRA 1UTBA 4BDMA 1B9JA 3B7DA 2OJTA 1FTJA 2PT1A 2GHAA 4F1UA 3ZKLA 4DI3D 5ISUA 5IGAA 1FBPA 4ZE8A 5HPQA 1JW4A 3ONMA 2P3VA 3T0JA 3D1RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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