5BWJA

Structural characterization and modeling of the borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase hk1 periplasmic sensor
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
208
structure length
195
Chain Sequence
KDIFKFKLVDQFFPFYYKNNKGEYEGLIFSILDKWAKDNNADIMVEHIDNLNESEIEDEAIYLGLTYNVKLNDFFYFKSELARSISILFFKNSNFNIGVIKNTIYEDILRLKNVNTIFLADNSQELVLALKNDKVDYIYGDCKTLHYIANNFLSEDLVIFTGDVFYSIKNRVAISRNAPEIVKNLNLDLFSYLMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Sensory transduction histidine kinase, putative
publication title Structural characterization and modeling of the Borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase Hk1 periplasmic sensor: A system for sensing small molecules associated with tick feeding.
pubmed doi rcsb
source organism Borrelia burgdorferi
total genus 54
structure length 195
sequence length 208
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5bwjA02
5TPAA 2I3WA 1R9QA 5L9MA 5BWJA 1A40A 1P99A 2D5WA 3KN7A 1USYH 4ND9A 2F36A 5ICQA 2RKMA 1Y3PA 1MY1A 3OMBA 4QHQA 4ZECA 3PUWE 1NKXA 3O66A 2PT1A 1S9TA 5H8QB 5JTYB 2QRYA 2I4BA 3IORA 2GHBA 3A09A 3SDFA 5L9OA 2REGA 3QAXA 3E3KA 3W15C 3S2VA 3USDA 3S9MC 4F2QA 4OHNA 1LGBC 1KWHA 3RPWA 1YPNA 2ZYMA 3S9EA 1PB8A 2E0SA 1BP5A 4EQ9A 1Y1MA 3HHFA 4Z7EA 3KSXA 3CIJA 1P1QA 3FVKA 1F9BA 1LCFA 1QUJA 1B7ZA 3PU5A 4ONYA 2X7PA 1LBBA 3IB2A 3CFLA 4F18A 1SYIA 3IOWA 5A5XA 1OQHA 1H76A 3LSLA 2RINA 3TTMA 1O7TA 3FGSA 2XXPA 2ZYKA 3H4ZA 1B1XA 3FVGA 2F7AA 1JNFA 1N04A 2VD3A 2I4CA 2QL3A 2YLNA 1PC3A 2ZYNA 3W9VA 4Q8RA 3VXCA 2DWJA 4DDDA 1MY3A 2YPNA 2F6PA 2GRVA 4DCXA 4OFLA 1LFGA 1H43A 3E13X 1M5CA 3PPQA 4RJZA 4R2BA 3C33A 1ZIUA 3TELA 2NUVA 2ZNUA 4YICA 1HSEA 3D4CA 4H5GA 4EQ7A 1M5FA 4XKNA 5KDTA 1NH7A 5CMBA 1Y4CA 2DXYA 4Q30B 5JEIA 3OO7A 3DELB 3B6QA 2B3BA 1B0LA 4YKPA 3N5LA 1DTZA 1ATGA 3G7WA 5B7DA 3OEMA 3G3IA 2Q8JA 1A7LA 1Q1KA 5CMMA 2O1MA 1B52A 2REJA 4OENA 3PUVE 3TTLA 2VD2A 5DVJA 4E0WA 5JTYA 3CRBA 3EQ1A 4AB5A 1O63A 3IO6A 4LVQA 1R1NA 3PMWA 5I2KB 2Z23A 3TTKA 3UK4A 1TT1A 3F11A 2Z8DA 2FA7A 1ZU0A 3ZKLA 1M5EA 5BUUA 3OSRA 2UVHA 1MXXA 4HCWA 3SEVA 2I6EA 2QMXA 3N26A 2UVJA 1USYE 3MP1A 3KOSA 2A5TA 4DIGA 2XD2A 4MH5A 3M3KA 4X1DA 1ELJA 3RLFE 1MPBA 1QVSA 3VXBA 5CBSA 1LFHA 2RC9A 3G3JA 1B5IA 5ISUA 1GGGA 2BJJX 4RY1A 4BDRA 1A55A 3IJXB 2XXTA 3A3CA 4H65A 4EXKA 2GH9A 1FQEA 1IIWA 3KZGA 1JEVA 1YCJA 2UVGA 4U4SA 5LOMA 4DXCA 3C36A 5FHOA 5H8SA 3UA8A 3OXNA 3H6UA 1ZLQA 3VE1B 5B70A 4F3PA 3WAEA 3PPOA 5DYHA 4IO5A 3T22A 3JYRA 4R6YA 2A5SA 2H5YA 2O6AA 3GLBA 3BBRA 1NFTA 2OJTA 1EH3A 1B3GA 3LSFB 1UTBB 2F34A 3TQLA 3TQWA 1MS7A 3Q25A 3RT8A 1US5A 5DEXA 3FZVA 2UYEA 3JV9A 3ZKKA 5FTHA 2B65A 1NL5A 3SESA 3C34A 2LAOA 2V3UA 2XXVA 2FNCA 2YJPA 2Q2AA 3TFLA 1ZMGA 5CM6A 3DLNA 1ZTYA 4OESA 4F3GA 3ZSFA 2G29A 4F2OA 3I5OA 4EQBA 4FECA 5ELVA 3QUJA 3EHTA 3VLUA 1LFIA 1PBPA 3N6UA 1M5DA 3SERA 1LB9A 2PX1A 4GLIA 1MPDA 2AYSA 1B40A 4LZ5A 4O3AA 2XXXA 3EF7A 4P0IA 4BDMA 3QIMA 4F19A 5I59B 2DYXA 4IO7A 4EUOA 4PFWA 3TEPA 1LCTA 1CB6A 2F35A 4ESWA 2HFBA 3JZJA 1L5TA 2PVUA 3THIA 1VR5A 2OLBA 5FHNA 2O84X 1AMFA 4HCYA 1LAFE 4N6PA 4IO6A 1ZJLA 3IL1B 4OYVA 5A5XB 3V83A 2QMWA 4OFOA 4ZE8A 1D4NA 4RPOA 1LAGE 2V84A 3VLVA 4JBZA 4LATA 1XHYA 3VLWA 4POWA 3RN8A 5H8NA 4JWXA 4UACA 1Q35A 5TP9B 1TFAA 1N7WA 4PE5B 3RUMA 3K02A 2F5XA 1AH5A 3EPEA 2F78A 3MPLA 4KPTA 3FXQA 3RGYA 1SW2A 2OBGA 3H03A 2OWSA 4BDNA 2V3TA 1I6BA 2V3QA 4QFLA 3PUYE 1URDA 2DE4A 1QUKA 4ZEBA 3UGWA 1B3EA 1J1NA 4XKQA 4O3CA 1BIYA 3IK6B 4AQ4A 3HSTA 5CC2A 1BKAA 3LBSA 5KCJA 4TQUQ 3GXAA 1US4A 1EU8A 3TPAA 2R9JA 5CRYA 2KLFA 4H1XA 1B9JA 1OVBA 2RC7A 1AOVA 3CSBA 2DE3A 2DP8A 1B7UA 4OMBA 1B05A 3SEWA 2OWTA 3IO4A 1B4ZA 4ZZAA 2THIA 4RYAA 4DLDA 4G77A 1B3FA 2H4IA 3K1NA 3T9UA 1FW0A 4LONB 4F29A 1UIVA 3TMGA 4KI0E 3PMVA 5I59A 1IXCA 3HHGA 3D4GA 3RNNA 5F1QA 3Q26A 2I0CA 2V93A 4N13A 4DE8A 2Q2CA 4DXBA 4ELRA 4R2FA 1B32A 1R9LA 2A5TB 2WKYA 5EHMA 3IOUA 3EN3A 3V5AA 2NXOA 2XHDA 3RTFB 1LLSA 5I57A 4RPNA 1MXVA 3HV1A 1I6QA 4IO3A 1T0KA 1MDP1 2AIXA 5L9SA 3IOVA 4KD5A 4G8NA 1URGA 1AL3A 2R6GE 2DWIA 2QJEA 1N76A 3WAFA 3CG1A 2AL5A 1D9VA 5TP9A 3R26A 1JVXA 4GOTA 2VP1A 3U8QA 2Z8EA 3Q29A 5I2NA 4NF8A 3KOTA 3MZ1A 1JQFA 4HTGA 3RTWB 1LAXA 1B4HA 2DVZA 1VSOA 1DPPA 5DVFA 1MM7A 1TWYA 5CI5A 1SW1A 3HN0A 2XX7A 3G3HA 3TODA 3LR1A 3R7XA 4YAHX 4BDLA 5DEXB 3B7DA 3C9HA 1SYHA 2D21A 1MG1A 2ANJA 4OEUA 3H6WA 1HSJA 2P1SA 3LUYA 4QSCA 4C1UA 2O69A 2NVUB 1Y1ZA 1N7XA 3VDFA 4JSOA 3K2DA 1M5BA 3PD8A 4HS7A 3SKPA 5CBRA 3K1PA 3U72A 4U22A 3U92A 3K01A 3GZGA 2E1SA 1VFDA 5EYFA 5CMKA 2RF1A 2M8CA 4PETA 1IZ1A 3UP9A 1QW0A 1SQYA 3H6TA 2I49A 2XXIA 3PGFA 1OVTA 4ELOA 4KFQA 2HEUA 1WODA 1B1HA 4NF4A 1Y20A 1SI0A 3PUZE 1MXUA 4EXLA 3FVNA 1A8EA 1GTKA 2R71A 1BTJA 3BKIB 3LSWA 4KCDA 1YTVA 4YMBA 2I0BA 1DTGA 4OQOA 1PB7A 1SDXA 2F8DA 4JDFA 4P11A 4FATA 1JW5A 3FATA 1B3HA 1PDAA 4EF1A 3ODBA 1H45A 1EZPA 1MY0A 3SEUA 2PMSA 4DCYA 1RYXA 1POTA 3RY3A 1B46A 5DTBA 2X7QA 1MDQA 4GXAA 2XXRA 4JXIA 4I1DA 4QSDA 4KYSA 2O68A 3FXUA 1MQDA 3VVDA 1Z7NE 3MZBA 3EHUA 3ECRA 1RKMA 1B51A 5H8NB 4ZE9A 2Z22A 3C35A 3ZS6A 2Y7PA 4LQ2A 3KJTA 1QULA 3N6TA 3BFUA 1MQHA 1B5HA 3TCHA 2I58A 1XVXA 4U4XA 4LP2B 3RT6B 4XIGQ 1MM6A 4Q0CA 4IB2A 4MBPA 4FORA 2XXUA 1LB8A 3T96B 2Y7IA 5I58A 1IQ7A 2Y84A 4F22A 1H3DA 4PP0A 1PBQA 3IR1A 2HZLA 1S7YA 4FIMA 5KCJB 1ZBMA 4WKMA 3I6VA 1B2HA 4ELQA 4RXLA 1O64A 2PBWA 2D3IA 3O97A 3PMXA 1ZKBA 5HPQA 1MXWA 3K4UA 3K00A 4H8JA 4IO2A 5H8HA 1QKBA 4GXSB 4R9FA 4NF6B 3C32A 1QKAA 1MQGA 1FTLA 4OEVA 3H3GA 2DS9A 4F3SA 4XKPA 1BLFA 4LZ7A 4YKJA 4RNSA 1B5JA 3O9PA 4LUBA 4PQJA 3O6IA 5H8FA 3Q28A 1XVYA 1MH4A 2UYFA 1ANFA 4JB7A 3ILTB 3EHSA 2ZXTA 4KR5A 3G3FA 2VGQA 3ILUB 4F1UA 2F7CA 1UIUA 2XXYA 4ESXA 3OELA 1PEBA 1DMBA 4ZEIA 5I57B 1N3WA 2ALUA 2OK2A 3FXRA 4R6KA 4GFRA 1PB9A 2ZMBA 4IY5A 1MRPA 1I6AA 3PUXE 4OZ9A 1P1OA 4ELPA 2QS1A 4FJPA 3V89B 1A54A 2XXHA 4ZEFA 5DVIA 3FV1A 4ISUA 3K6XA 4G4PA 3DP6A 4F1YA 2DVCA 4YB6A 3G3GA 1SVXB 3TTRA 2Q88A 4DZ1A 3K6VA 1A99A 2P0SA 4YMAA 1FQAA 4R75A 3QXMA 1LBCA 5I2NB 4NF8B 3M3LA 1B3LA 4H6DA 4R6HA 2O7UA 5AA2B 3DM0A 4JSDA 3SEYA 2OCUA 3I3VA 3IB1A 5JK4A 3FJGA 2HAVA 3MQ9A 3UIFA 1CE2A 3CR9A 1Y9UA 2GHAA 3S9LC 5K2YA 4FEBA 5FTIA 1OMPA 3C4MA 4KYDA 3CI8A 1IXHA 1DOTA 3LC8A 3MP6A 4YKKA 1EZ9A 4TOZA 1OLCA 1JEUA 4GF8A 4OERA 1WDNA 4MFIA 2Y7WA 4OWDA 3CFZA 3HCQA 2HZKA 1H44A 3CVGA 4POXA 3MVWA 4GWOA 3FV2A 4EDPA 5I84A 4NF6A 4YB7A 3T93B 1N84A 4KCCA 1OIBA 2IEEA 3M8UA 4NWCA 3U1OA 4G68B 4NEDA 4U21A 1XOCA 3T9HB 2ABHA 4NF5A 2ESNA 2QS2A 2FYIA 3MWBA 5AA4A 2RCBA 1B7HA 3BFTA 4WEPA 4U2RA 3K6WA 1EZOA 4DXUA 1SI1A 2DSFA 3H7MA 2CZLA 1R6ZA 3CFXA 3S4UA 4NF4B 4OVJA 3C31A 4ZEDA 1D9YA 1FQBA 5L8DA 1HSLA 3KN3A 1P1UA 3MBPA 4JWOA 3ONMA 1YAEA 1URSA 3LSXA 2IA4A 1OLAA 4F39A 4U1ZA 3MVZA 4Z0IA 4ZDMA 1DPEA 1JETA 3K0VA 3T9VA 3TDJA 1IXIA 3G3KA 4YB5A 3TCFA 4N07A 4NMYA 2V25A 2HXWA 1NMUA 3OO9A 4G8HA 3U94A 1MXZA 1JW4A 5F7VA 1IEJA 3O6GA 4TLMB 4X1BA 4ZS9A 2H99A 1LAHE 4P0GA 3FJ7A 4R74A 3MVYA 3V8XB 3DP4A 3FUZA 2H25A 1A8FA 2H98A 3KFMA 5K2XA 3S9NC 5AA2A 5M2VA 1SBPA 3OOAA 1B58A 4GQOA 4L17A 3PPRA 3KEIA 1IUDA 4GL8A 2Y7KA 1GV8A 4H0WA 5HM4B 3FVOA 1B6HA 4U1OA 3HO7A 5J1DA 3FASA 4QRZA 3O2AA 1P1WA 3VFJA 4OETA 4NWDA 2HQ0A 2ZYOA 2DWAA 3QSLA 4FEDA 1DSNA 3KN8A 4OFJA 5I56B 1IITA 3E4RA 3O29A 5ITOA 4MF3A 2Q89A 3UN6A 3B6TA 4E0XA 2B3FA 4ZZEA 2QS4A 4I62A 1NNTA 3O6HA 1MH3A 5I58B 3OENA 2PYYA 3KG2A 1XS5A 3CG3A 2ONSA 1FTJA 5H8QA 4G68A 2CMOA 4QFKA 4F31B 4Q5TA 3KGCA 2XX9A 3IOTA 3IX1A 1POY1 3OEKA 2VHAA 4QFPA 3PPPA 4RK9A 4LQ5A 5H8HB 3U93A 1SD3A 4GIZA 2UXAA 3KSJA 3RQTA 1MQJA 3DP8A 4QSEA 2F7BA 5EHSA 1FQCA 4GRKA 1I69A 2F97A 5DT6A 1AIVA 2O7IA 4OXVA 1P1NA 2XXQA 3KBRA 4UA8A 1Y3NA 2NWJA 4LZ8A 4PFYA 4AB6A 4H8IA 1UTHB 1WVJA 5H8FB 2ONKE 4I9DA 1GR2A 3TKDA 3PPNA 4PFTA 3L6GA 4IGRA 4GVOA 3MW0A 3MP8A 2H9BA 3R6UA 2G93A 4IGTA 4WEDA 4F3BA 4XTCQ 3OO8A 1D3KA 2O1LA 4PFUA 5AE4A 3T66A 1B0HA 3O28A 5CMCA 2RC8A 4RA1A 4YU0A 1QJMA 3MAMA 1NNFA 4X9TA 4O3BA 3TUSA 4BDQA 3GBAA 4C0RA 1MPCA 3MC2A 4MLVA 4KHZE 2XD3A 2QS3A 3H6VA 2AL4A 3QYTA 3FIRA 3L6HA 1NNKA 1QUIA 1TFDA 4TLLB 3UORA 3QUFA 1TXFA 5FHMA 1VE4A 4XXUA 3E9XA 2DXRA 1FCKA 3B6WA 3IJOB 2DQVA 5AA2D 2VOZA 3T9XB 1RYOA 3A3UA 5I56A 2XX8A 1LSTA 4G68C 3OSQA 1S50A 4THIA 2X26A 4F1VA 4QFNA 1N3XA 1FQFA 2OZZA 2DWHA 4GD5A 2W7YA 4R72A 4QFOA 4HW8A 5TPAB 2GFEA 1VFEA 4U23A 1XC1A 2P2AA 5ITPA 3CSGA 2DOJA 3W9WA 3OO6A 5I2KA 3SETA 3TYHA 2HCAA 1FTMA 2PT2A 3MZ9A 2NOOA 4R73A 3TZAA 3K6UA 4NTLA 5TU0A 1MY4A 2Z8FA 2ONRA 4EF2A 2Y7RA 3VVFA 3TCGA 1II5A 4NF5B 2UVIA 2F6GA 1Y4TA 4YKIA 3MUQA 5AA4B 5IKBA 1UTHA 5HBCA 2QSXA 1OQGA 2O51A 4FE8A 4IO4A 2Q9TA 1UQWA 4YZZA 5AA3A 1N0TA 3H06B 3HPIA 4WXJA 4FAJA 2QPQA 3K1MA 4LA9A 2ZNSA 1NH8A 1Y3QA 3QK6A 3N94A 1MY2A 1NNPA 1Z7ME 4I8CA 1GVCA 1JW1A 2HAUA 2XXWA 3IB0A 3MJNA 2DE2A 3TAJA 4G2ZA 3AXFA 4ZEKA 3IAZA 4BLAA 3MVXA 5KZTA 5IAIA 1FQDA 2I48A 3KJ7A 4KQPA 3M3FA 3MPKA 4RK2A 3VV5A 4MLQA 5AA1A 1FTOA 3FD3A 1JVYA 1IXGA 4JWYA 4NE4A 4H5FA 1FTKA 4BDOA 4M4GA 4XKRA 1MQIA 2I3VA 2RCAA 4KYEA 4R9GA 3Q27A 3P7IA 3VVEA 4X48A 3GBBA 3PD9A 3PV0E 1UTBA 4C1TA 4IY6A 4K3FA 4G8MA 4M1VA 1SW4A 3OD7A 1SW5A 4ECFA 5KDTB 5ICTA 3TTNA 1MXYA 1XT8A 4GL0A 4H67A 4QF9A 2ZNTA 4OTEA 3SEXA 3FJMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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