5HM4B

Crystal structure of oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.0 a resolution
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords Mannoside ABC transport system, sugar-binding protein
publication title Periplasmic Binding Protein Dimer Has a Second Allosteric Event Tied to Ligand Binding.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 181
structure length 540
sequence length 540
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5hm4B03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hm4B01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5hm4B02
4H8IA 2WOKA 3QUJA 4H6DA 3MAMA 4POXA 2ZYMA 3TUSA 2P1SA 3QIMA 4E0WA 2XXYA 3I6VA 1SI0A 4N6PA 3PV0E 4FEBA 3TODA 2Q2CA 2RCBA 4MH5A 3T93B 3E13X 3MVXA 2Y7IA 4DXBA 4FECA 3OSQA 1TFDA 4P11A 3OOAA 5AA4B 4ZZAA 3ZKLA 2V25A 5FHMA 3A09A 4YKPA 3FIRA 1FTOA 3FVNA 1POTA 4F3SA 3F11A 3DM0A 4F1YA 2VP1A 3IO6A 4BDRA 3B7DA 3DELB 3PGFA 1B1XA 4R2FA 3TMGA 1UTHA 1Y1ZA 3OO7A 4YICA 2I6EA 4OZ9A 4XKRA 2REJA 1Y3PA 1M5FA 2XD2A 1M5DA 3CR9A 5TP9B 1IEJA 4QFKA 2H25A 3MW0A 5AA2D 5ICTA 2Q8JA 4UA8A 2HFBA 3CG3A 2AL4A 4IGRA 3HCQA 4GQOA 2B65A 1P1UA 4THIA 1NNPA 4X1DA 2DQVA 3E9XA 3V8XB 1JEVA 3FATA 1ZBMA 3ONMA 4H1XA 1MPDA 1AL3A 3FTOA 5KCJA 3BFUA 1TFAA 1ZKBA 2KLFA 1N0TA 4NEDA 2YLNA 3CFZA 5L9SA 3TYHA 1MQDA 4OWDA 1A55A 3B6QA 3HN0A 2DWHA 3G3KA 3PMVA 4WEDA 3SETA 4KCDA 4ND9A 1GV8A 1N3XA 3C9HA 1GTKA 4Z7EA 3TAJA 3SEXA 5ELVA 3S9NC 2RC7A 3H3GA 3DP8A 2RCAA 1B3GA 1B7ZA 3OENA 2ZYOA 3UP9A 4C1UA 1FQEA 3ZKKA 4U1ZA 3OELA 5CMMA 1P1QA 4IO6A 1MH4A 5CRYA 4G68B 5AA4A 3H06B 3HHFA 2O7UA 5K2XA 3QXMA 1LB9A 4LQ2A 3IOWA 1I6QA 4WEPA 2QL3A 4OFOA 1LLSA 3U1OA 4DCYA 3TZAA 1GVCA 1B4HA 4QFOA 4ZEBA 2ESNA 1Y3QA 3H6VA 4XTCQ 1OVBA 5TP9A 2QS3A 3O97A 1QW0A 4GIZA 4LZ8A 3JV9A 3FJ7A 1YCJA 1H76A 4WKMA 3AXFA 4QFLA 4OFLA 5ITOA 3DRGA 4KI0E 4QSDA 4FE8A 5KZTA 2X26A 2YJPA 3VLWA 2H5YA 1FQBA 3FD3A 3V89B 1M5BA 3QUFA 4ZEFA 2P2AA 1OMPA 2PBWA 4NF8B 5ITPA 4JSOA 1N7WA 1WVJA 1MY1A 3H4ZA 4R6KA 1MQGA 2WOLA 3T9HB 1LB8A 4F19A 1EH3A 4GVOA 1FQDA 5LOMA 4OMBA 1A7LA 4I1DA 3Q25A 3I3VA 1SBPA 3SEUA 1P1WA 3O6PA 4OVJA 1ELJA 3OEMA 3PPOA 4UACA 3C33A 2FA7A 5CMCA 1P99A 4NTLA 4GOTA 3W15C 1YTVA 4TLLB 4G68A 5JK4A 3RQTA 4PE5B 5DT6A 3VDFA 1MQIA 4YZZA 3M3LA 1JNFA 4L17A 4M1VA 3CRBA 3U8QA 1IITA 4GXSB 2Q9TA 4AB5A 5B7DA 1PB8A 4O3BA 2NVUB 3KJ7A 2V3QA 3Q28A 2F97A 2I4CA 2HXWA 2DXYA 1NKXA 1B3FA 1BIYA 2B4MA 4LVQA 2P0SA 4RY1A 3CI8A 3TTKA 1SW4A 2WOPA 3CIJA 1R1NA 4G77A 4TOZA 4OYVA 3VV5A 3O2AA 1GGGA 5I2NB 3H6TA 2W7YA 1MXVA 4IO2A 1XHYA 2QMWA 1BLFA 3T9UA 1MXZA 2PMSA 1IZ1A 1NH7A 3K2DA 4JB7A 4GL8A 4OERA 2NWJA 2XXRA 4FATA 4XKPA 3VLUA 3KBRA 4DIGA 1H3DA 5I57B 1MM7A 4F3PA 4NF8A 2DYXA 1LGBC 3USDA 2ZMBA 2I0BA 3TDJA 1FTMA 3M3KA 1O63A 3SEWA 4GLIA 1SW1A 1IIWA 2X7QA 3U72A 1B9JA 3MP1A 4R73A 3UK4A 2AL5A 3KJTA 2D3IA 4Q5TA 4BDQA 1ZTYA 1RYXA 3O6GA 3KN7A 1LBBA 2Q88A 3PUVE 3QYTA 2HZKA 5EYFA 3C34A 4RNSA 3WAEA 1MH3A 4QSCA 2E0SA 5H8QB 3VVDA 4Q8RA 2VHAA 1VSOA 2F6GA 1XVXA 5AA3A 5BWJA 2RC8A 4NWDA 1B4ZA 1NMUA 2DWAA 2QJEA 3IB0A 1I6AA 4OFJA 5AA2B 2Y7WA 1QVSA 3U92A 5CM6A 1NFTA 1MPBA 4YMAA 4KPTA 3TQLA 3SEVA 3VLVA 5L9MA 4R2BA 2Z23A 4KYSA 4P0IA 1B52A 1AMFA 1P1OA 3PMWA 1Y20A 3MJNA 2PYYA 2VD2A 3V83A 2GHBA 1WODA 2XXPA 2GHAA 3O28A 4E0XA 1N04A 3ILTB 4NF4B 5I2NA 3LR1A 2NXOA 1EZOA 4EXLA 3DRHA 2I3VA 4XKQA 2OK2A 3IR1A 4PP0A 3MZBA 3FVOA 1UIVA 1B3HA 3IAZA 4EF1A 1M5CA 3RTWB 5I57A 3KFMA 3PU5A 2G93A 4ZE8A 2B3FA 2I49A 4R75A 3DRFA 1PDAA 1MG1A 3GBAA 5H8HB 5B70A 3MQ9A 3ZSFA 4ZEIA 4LZ7A 3DLNA 1NNKA 4FEDA 1FQFA 3Q27A 1B0HA 1PC3A 1LFHA 3MPLA 2ZXTA 1OLCA 1DTGA 3KN8A 4DXCA 1ATGA 3TTMA 4YKKA 1H43A 3EHSA 1LBCA 3UIFA 1NNTA 1SVXB 3TEPA 3TCFA 3R7XA 3LC8A 4QHQA 1MDQA 2QPQA 3N6TA 1Q35A 5H8QA 4F1UA 3LVUA 3BFTA 1N3WA 3FVGA 3PUZE 2FNCA 3TFLA 2PVUA 4G8NA 4HTGA 1OVTA 5HM4B 4AQ4A 1LCTA 3RTFB 1IXGA 3KSJA 3ODBA 3VXBA 2UVGA 5AA2A 1VFEA 4EF2A 3CFLA 1UQWA 1R9QA 4Q0CA 4BDLA 4ZDMA 3MVWA 4U4XA 3OEKA 4RPOA 2DS9A 4KD5A 3TCHA 3KGCA 3N94A 1BKAA 5DVIA 4EXKA 5HPQA 3LSLA 2B3BA 3PUXE 1EU8A 1GR2A 3HHGA 3KSXA 4IO5A 1QULA 2HCAA 4ESXA 2D21A 2QS4A 1MY0A 4NF4A 1AH5A 3VE1B 1LAFE 1B3EA 1DSNA 2F34A 2AIXA 2O84X 1ZLQA 3L6GA 2A5TB 3RUMA 3GZGA 3S2VA 3FJMA 2UVJA 2XXTA 4OEUA 2R71A 4MLQA 2IEEA 1SW5A 4KYDA 4GXAA 2F36A 1O64A 2XXXA 4F18A 1R9LA 2ONSA 2XD3A 2RF1A 2QS1A 4ELRA 3GXAA 4H5FA 4OTEA 2IA4A 5H8HA 1A99A 2DOJA 3O6IA 4NF6B 3M8UA 3IOUA 1FW0A 4R9FA 5TU0A 4OEVA 3A3CA 5H8FB 4QFNA 3BBRA 1M5EA 3W9WA 4EDPA 4PFYA 1PEBA 2M8CA 4OXVA 4DXUA 4JWOA 1MM6A 3THIA 2H98A 2DP8A 1S50A 4KYEA 1LAGE 1SYIA 2HAVA 1H45A 1KWHA 4F22A 3FXRA 1DPPA 5M2VA 3PAMA 3PPQA 2I58A 2PX1A 1DPEA 2O1MA 4GRKA 3IORA 3PPNA 4IO4A 2RC9A 5L9OA 3IJXB 2OWTA 2F7CA 2Y7KA 5IKBA 1A8EA 5H8NB 2XXUA 4ESWA 5BUUA 5JEIA 3SKPA 3TPAA 4EQ7A 3RYAA 2OZZA 3KOSA 3U94A 4HS7A 1QUKA 1F9BA 1A8FA 3IB2A 3IJOB 4OQOA 4KR5A 3T9XB 1QKBA 2CMOA 4TQUQ 3K6VA 5FHNA 3Q29A 3LBSA 3FV2A 3RLFE 4MFIA 4GFRA 1MS7A 4G4PA 3K00A 1MDP1 1MXUA 2F78A 2Z8DA 4WXJA 2VOZA 1SD3A 1PB7A 2O7IA 3EQ1A 1NL5A 3B6TA 3K0VA 5F1QA 2A5TA 3OO6A 3MZ1A 1MY3A 1LFIA 4KCCA 4G68C 2THIA 4P0GA 5HBCA 3MWBA 4U22A 3DRJA 2ZNSA 2F7BA 3TTLA 3T9VA 1LAXA 1RYOA 5CBSA 4YU0A 4LZ5A 2I4BA 3OMBA 3RY3A 3LSFB 3M3FA 4NF6A 2I3WA 4RA1A 3T96B 2GRVA 1US5A 1MXXA 2DWJA 3GBBA 1FTJA 1JQFA 3TTRA 1TXFA 5H8FA 3TTNA 1JW1A 5EHMA 2AYSA 3L6HA 3CSBA 4IY6A 1P1NA 2NOOA 2DVZA 1XVYA 3VVEA 1PBPA 4ZEDA 1USYH 1H44A 1HSLA 3P7IA 5TPAB 1Z7ME 3D4CA 1Y3NA 3A3UA 1UTBB 3SESA 5I58B 1URGA 1R6ZA 3O6HA 3K4UA 4I8CA 4N13A 2F8DA 2VGQA 3FV1A 4GF8A 3OD7A 2Z8FA 2UVIA 3TQWA 1YPNA 4HCYA 3FUZA 2ANJA 4PFWA 5H8NA 4YKJA 3K1MA 3IB1A 4G8HA 1EZPA 3SDFA 5CBRA 3CSGA 3EF7A 3CG1A 3G7WA 3S4UA 1SI1A 2UXAA 5K2YA 2WKYA 2XXWA 3R26A 2V3TA 3B6WA 1FTKA 3RN8A 3K01A 4NMYA 3LUYA 1QKAA 2F5XA 3ECRA 1YAEA 4FJPA 2REGA 4DZ1A 2QRYA 1HSJA 2D5WA 2F7AA 2UYFA 4U4SA 3N26A 3HO7A 3EN3A 3G3HA 5ISUA 1ANFA 4GL0A 2DE2A 1B5HA 1WDNA 1B6HA 1LCFA 1USYE 2OBGA 4YAHX 3KG2A 4K3FA 1Y4TA 2H4IA 4PETA 1PBQA 4MBPA 2RKMA 1VFDA 3JZJA 3T22A 4Q30B 3G3JA 3VVFA 1B7HA 1Q1KA 1XC1A 4U1OA 3RT8A 5DTBA 1URSA 2Z22A 3E3KA 3DP6A 3G3IA 1OLAA 2HZLA 3K6UA 3SEYA 1B2HA 4MLVA 4R72A 4EUOA 1PB9A 3H6WA 1VR5A 4OESA 5CMBA 3CHGA 2Y7RA 1B58A 5AA1A 4F2OA 3DRIA 5TPAA 3FGSA 1UTBA 5I58A 3MC2A 3KZGA 4RK2A 2V84A 3TELA 3S9MC 3JYRA 2QSXA 1POY1 3I5OA 2XXVA 3T66A 3EPEA 1A54A 3MBPA 3EHUA 1N84A 3EHTA 4LP2B 4POWA 1S7YA 2GFEA 3PMXA 2DXRA 1SW2A 4XXUA 2ONRA 1SQYA 1ZU0A 3TCGA 1BP5A 3VFJA 1II5A 2GH9A 1Y1MA 5I84A 4PFTA 1URDA 4HW8A 4FIMA 2RINA 4ZEKA 4Z0IA 4X1BA 3PD8A 1MPCA 1FQAA 4R74A 1IXCA 4QRZA 2O68A 2XXQA 3H03A 5CMKA 3S9EA 2HEUA 1MY2A 3FJGA 5H8SA 1DOTA 2H99A 3ILUB 4NWCA 2UVHA 3MP6A 1A40A 2DE3A 2DSFA 4F31B 2NUVA 4QSEA 3FASA 1MY4A 1DMBA 3UA8A 2E1SA 4XKNA 1D9YA 4ELQA 1UIUA 4OETA 2G29A 5KDTB 1FCKA 2FYIA 4I9DA 3H6UA 4PFUA 3ZS6A 3IO4A 2XX7A 4BDMA 4LQ5A 2DVCA 3PPRA 3FXQA 1B51A 4QF9A 4RJZA 2PT2A 4NE4A 2Y84A 4ELPA 3PPPA 1MXYA 1JW4A 3O29A 3Q26A 4LUBA 4XIGQ 3IL1B 3V5AA 5FTIA 4DE8A 4H67A 3MVZA 3MUQA 1DTZA 1B7UA 4R9GA 2R9JA 4U21A 1B5IA 4G2ZA 2A5SA 4G8MA 1XS5A 1B0LA 5FHOA 3RNNA 4YMBA 1D4NA 4ZE9A 3RGYA 2OWSA 3C31A 4C1TA 4JDFA 5A5XB 1LSTA 5DVJA 4U2RA 1L5TA 4YB7A 3IOTA 1EZ9A 3RT6B 1NH8A 2OLBA 4DLDA 1T0KA 1JEUA 3DP4A 1HSEA 5J1DA 1ZJLA 3D4GA 1I69A 2H9BA 4EQ9A 3U93A 3FZVA 3PUYE 3HV1A 2R6GE 4C0RA 3C32A 3VXCA 2F6PA 1MXWA 4RK9A 4FAJA 5AE4A 1B5JA 4OHNA 1MRPA 1S9TA 2ZNUA 1J1NA 2V3UA 5EHSA 1B05A 4ZECA 1N76A 3UORA 2BJJX 3PD9A 3O66A 4F3BA 4PQJA 1ZMGA 1B3LA 1JVXA 1FQCA 3MP8A 1B32A 1OIBA 4JSDA 2UYEA 5I2KB 1XT8A 2O51A 4YB5A 4JWYA 3OSRA 3MPKA 1TT1A 4H5GA 1D3KA 5KDTA 1NNFA 5L8DA 4M4GA 3C36A 4NF5B 1CB6A 4F1VA 3LSXA 3N6UA 1LFGA 3QK6A 3S9LC 5DEXB 3UGWA 1MQHA 3TKDA 4H0WA 4JWXA 5I56B 2LAOA 4ISUA 3KEIA 2Y7PA 1JW5A 5JTYB 1B40A 3QAXA 3SERA 3C35A 4DDDA 4KQPA 3WAFA 1AOVA 2F35A 2XXHA 2Q2AA 4ZS9A 1Z7NE 1XOCA 4YKIA 3O9PA 2O6AA 3OO8A 3DRKA 1O7TA 4F3GA 5A5XA 3HPIA 1BTJA 2ALUA 3N5LA 1CE2A 1I6BA 2Z8EA 5I59B 3CVGA 4ECFA 3C4MA 3G3GA 3K1NA 4BLAA 4IO7A 4F39A 1Y4CA 1B46A 4IY5A 2Q89A 4YB6A 4EQBA 3K02A 2HQ0A 4RYAA 3IOVA 3KN3A 3G3FA 4LA9A 3R6UA 3GLBA 3MVYA 3E4RA 4R6HA 4F2QA 5CC2A 4OENA 3RYBA 1OQGA 1VE4A 5IAIA 3K6XA 2XX8A 3IX1A 2OCUA 3BKIB 4X48A 2HAUA 5ICQA 4IB2A 1SDXA 4LONB 5I2KA 2ZYNA 4X9TA 3QSLA 4GWOA 4DCXA 2OJTA 1IXIA 4FORA 4F29A 2X7PA 1IUDA 1RKMA 3CFXA 4H8JA 4NF5A 2I48A 3KOTA 2O69A 5DVFA 1JETA 1B1HA 1AIVA 5DEXA 2ZYKA 4RXLA 4QFPA 3K1PA 3PUWE 3K6WA 3OXNA 5I56A 2QS2A 4U23A 1TWYA 1SYHA 3RPWA 5JTYA 5DYHA 2DWIA 1D9VA 3FVKA 2ABHA 1QUIA 2ZNTA 4KFQA 3LSWA 3UN6A 3IK6B 2XX9A 4AB6A 4MF3A 1UTHB 4IGTA 3MZ9A 1MQJA 4JXIA 4IO3A 2QMXA 1N7XA 4JBZA 4TLMB 4I62A 5I59A 3FXUA 2I0CA 4KHZE 1LAHE 3HSTA 2VD3A 4GD5A 2V93A 1OQHA 4O3CA 2CZLA 2B4LA 4LATA 5CI5A 1Y9UA 1IXHA 2XHDA 2PT1A 3H7MA 3OO9A 1US4A 4BDOA 4H65A 4ZZEA 2O1LA 4ONYA 1ZIUA 1FTLA 4HCWA 4N07A 5FTHA 2ONKE 5F7VA 4RPNA 5KCJB 2YPNA 1QJMA 4O3AA 1QUJA 4R6YA 1JVYA 2XXIA 4BDNA 2DE4A 4ELOA 1IQ7A 3W9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H8IA 2WOKA 3QUJA 4H6DA 3MAMA 1IMDA 4POXA 2ZYMA 3TUSA 2P1SA 3QIMA 4E0WA 2XXYA 3I6VA 1SI0A 4N6PA 3PV0E 4FEBA 3TODA 2Q2CA 2RCBA 4MH5A 2Y5LA 3T93B 3E13X 3MVXA 2Y7IA 4DXBA 4FECA 4MMPA 2CEXA 4P3LA 4N17A 3OSQA 2MKZA 2FVZA 1TFDA 1FBDA 4P11A 3OOAA 5AA4B 4ZZAA 3ZKLA 2V25A 4N8GA 5FHMA 3A09A 4YKPA 3FIRA 1FTOA 3FVNA 1POTA 4F3SA 3F11A 2CZIA 3DM0A 4F1YA 2VP1A 4PCDA 3IO6A 4BDRA 3FXBA 3B7DA 1G0IA 3DELB 3PGFA 1B1XA 2R8TA 4OVRA 4R2FA 1YYZA 5EYGA 3TMGA 1UTHA 1FJ9A 4OVQA 1Y1ZA 3OO7A 4YICA 2I6EA 4OZ9A 4XKRA 4P9KA 2REJA 1Y3PA 1M5FA 2XD2A 1M5DA 3CR9A 5TP9B 1IEJA 4QFKA 2H25A 3MW0A 5AA2D 5ICTA 2Q8JA 4UA8A 5LTCA 3T1BA 2HFBA 3CG3A 2AL4A 4MNCA 4IGRA 3HCQA 4GQOA 2B65A 1NI9A 2PFYA 1P1UA 4THIA 1NNPA 4X1DA 2DQVA 3E9XA 3V8XB 1JEVA 3FATA 1ZBMA 3ONMA 4H1XA 1MPDA 1AL3A 3FTOA 5KCJA 3BFUA 1TFAA 1ZKBA 2KLFA 1N0TA 4NEDA 2YLNA 3CFZA 5L9SA 2FIXA 3TYHA 1MQDA 4OWDA 1A55A 3B6QA 4N15A 3HN0A 2DWHA 3G3KA 3PMVA 4WEDA 3SETA 4KCDA 4ND9A 1GV8A 4NGUA 1N3XA 3C9HA 1GTKA 4Z7EA 3TAJA 3SEXA 5ELVA 3S9NC 3H3GA 2RC7A 3DP8A 2RCAA 1B3GA 1B7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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