5IAIA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein arad_9887 from agrobacterium radiobacter k84, target efi-510945 in complex with ribitol
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
KPLDGVTLTLASQNDPFGAVLTKLAAEFKQDTGADLKVEVMDYGTLLTKTTADFVGKTKGYDLVTMDIVWAGAYQANGYSVDLTDWVKRDAAELDLDDIYPVILQSLGQYKGHYVAFPFAAYANVLAYRKDLFQAAGLPVPTTVEELVSDAKKLTDPSKKQYGFVANGQKGPAVAQDWMQYNNQMGGSILDNDGKPALNSPENVKSLTVYKQLFVETAPPGAIEYDWGGREESFRQGAAAMMQTWSVGAPGYSDPASSNVVGKVGITTAPVGKGVPPQYGVGGWGMAINADIDPKQKEAAWTFIKWLVSKKIHKEFNMDGAGSFMRKSQMTDPDLTAKFDFLPVVAKTYENGNGEYRPRIPEYPEIQDILGSAVNSVLAGAAEPQAALDEAQVEAKKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Solute-binding protein
molecule keywords Sugar ABC transporter
publication title Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein Arad_9887 from Agrobacterium radiobacter K84, target EFI-510945 in complex with Ribitol
rcsb
source organism Agrobacterium radiobacter
total genus 142
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5iaiA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5iaiA02
3FJMA 3OO8A 4G68A 1PEBA 1EU8A 4GIZA 4R74A 2QL3A 2PBWA 4BDNA 1NL5A 3MPLA 1NNPA 4O3BA 2B3FA 3IB2A 3VLVA 2XXRA 2QJEA 5L9SA 1UTHA 2V84A 4RXLA 4QFNA 4ELOA 1RKMA 2V25A 2HQ0A 4M1VA 3MP8A 2REGA 1MQJA 5AA4A 4TQUQ 4ZEIA 3CRBA 1SYIA 4ND9A 4OESA 3IAZA 1A40A 3O66A 3OOAA 1WODA 1ZTYA 4LP2B 1R9QA 4DXUA 5DEXB 3WAEA 4IGRA 3FXRA 4BLAA 2XXYA 3KGCA 2X7QA 5I57B 4OYVA 2F36A 3K6WA 1DPPA 2X7PA 4R6HA 3D4GA 5F7VA 3E13X 4R72A 3F11A 1LBCA 2HZKA 3FXQA 4RPOA 5CI5A 3JV9A 4BDMA 5JK4A 3U94A 1GTKA 3OD7A 3VDFA 1NFTA 3G3FA 1N3XA 5H8FA 3RUMA 2H9BA 1PC3A 1VE4A 4YZZA 3TUSA 1NH8A 2NWJA 1OLAA 5TP9A 4E0XA 2F8DA 3E9XA 4ESWA 3U1OA 1BKAA 2P0SA 5HBCA 4H5FA 1EH3A 5I59A 5HPQA 1P1WA 2HAUA 3QYTA 5L9OA 3I5OA 4RY1A 1LFGA 4QHQA 4RPNA 1N0TA 3TCFA 4N6PA 3E4RA 3PPPA 4HS7A 1GV8A 3A3CA 2ZXTA 2XXTA 3TTRA 1B40A 1JW1A 4KD5A 1LSTA 4R6YA 1FTJA 2Q2CA 2V93A 3HO7A 4OVJA 4JWOA 4ZEBA 4LONB 3TELA 3LR1A 1IITA 1N76A 4IO4A 1S9TA 1MXWA 4GWOA 3H6UA 5ICQA 2GH9A 1QKBA 1MY2A 1R1NA 3BFTA 3TKDA 1JEVA 5CMCA 1MRPA 4LUBA 5I84A 4F1VA 1B1XA 3T9UA 4QFOA 3C33A 2KLFA 1B0HA 2THIA 3OO6A 3QK6A 3CG1A 3IB1A 3VVEA 3O6HA 2Q9TA 3PUZE 4OWDA 3K4UA 3T22A 3HSTA 2GRVA 3N26A 4IO6A 4H8JA 4IO7A 2OWTA 1OVBA 2VD3A 4BDOA 4JSOA 3DP8A 2NXOA 2QSXA 4NF5A 3HN0A 2F5XA 4OMBA 2XXIA 2ANJA 2H98A 1EZ9A 4FAJA 3ODBA 1PB8A 3G3IA 5I2KA 3BFUA 5H8QA 4X9TA 3KJTA 2H4IA 1KWHA 4PFYA 5H8NA 1FQEA 5ISUA 3S9LC 3IORA 2DWHA 3IL1B 2XXHA 4DLDA 1BLFA 5CMKA 1B4HA 1ANFA 2DSFA 3R7XA 4LZ5A 1ZBMA 2VOZA 4H67A 4RA1A 2V3TA 4IY6A 2Q8JA 4NF8B 4NF4B 3HCQA 4TOZA 3K1MA 1SW2A 1N04A 3N6UA 2OWSA 2OLBA 3KOTA 2E0SA 4C1TA 1MY0A 2Y7IA 4LA9A 4GLIA 1TT1A 4G68B 3RLFE 1RYOA 1LB8A 2RINA 1HSLA 4UA8A 4P0IA 4MFIA 2IEEA 4OERA 1VFDA 4M4GA 4GL0A 1TFAA 4H6DA 5K2XA 4ZEFA 2QMXA 4R9FA 3IO6A 3FVOA 3RTFB 1QUJA 4LQ5A 3ZSFA 3K2DA 4OHNA 1UTHB 3IK6B 3MWBA 2PT2A 4NE4A 3JZJA 1FTMA 3K00A 5AA4B 4FEBA 3KJ7A 3W9VA 3Q28A 3G3JA 3BBRA 3FD3A 3ONMA 3EF7A 2ABHA 5L8DA 3CI8A 1IXGA 3MZ1A 2UXAA 3O2AA 2GFEA 3MZBA 5HM4B 3P7IA 2QS2A 2DYXA 4F39A 3FVKA 4IO5A 4ECFA 2XXQA 3FZVA 1XS5A 5K2YA 1LFHA 2DWJA 1B5IA 4MF3A 4JDFA 5I58A 3W15C 1ZKBA 1XVXA 2F7BA 3H4ZA 2BJJX 5DVJA 2Y7PA 1D4NA 2ONRA 3MVYA 4YAHX 3K1NA 4OTEA 4R9GA 1MQDA 1I69A 5H8FB 1SVXB 3H6WA 4HCYA 3PGFA 3FGSA 3V8XB 2XX9A 1SW5A 4IGTA 4F3GA 3V89B 5DT6A 4UACA 2PMSA 4AB6A 4YB5A 2Y7KA 5TP9B 2RC8A 5JEIA 2D3IA 2HFBA 3S9MC 5I59B 3SEWA 4F31B 1II5A 1OIBA 3ILTB 3TQWA 4NMYA 4I1DA 1SD3A 2RCBA 3DELB 3QIMA 4RYAA 1LAHE 1MM7A 4KYEA 4BDRA 4NWCA 5CBSA 2F6GA 2FYIA 3THIA 3MVXA 1B6HA 5CC2A 5CMBA 2ZYKA 5ITPA 2R71A 1B52A 3R26A 1WVJA 1USYE 3TTKA 2XXUA 1FQAA 2HEUA 4KPTA 4U21A 2DOJA 4F1YA 3VVDA 2UVIA 4NTLA 1MPDA 4ZS9A 3PMXA 4R6KA 4LZ8A 4PP0A 3A09A 3FJGA 1JVYA 4YU0A 3DLNA 3M3LA 2DS9A 2V3UA 1Z7ME 4EF2A 1MXVA 3UA8A 1MDP1 2O1LA 2UVHA 1UIUA 4JB7A 4ZE9A 4OENA 4NF5B 1NNFA 3I6VA 4FEDA 2E1SA 3C34A 1Y1ZA 3GLBA 3LSFB 2F34A 1S50A 3SDFA 3C4MA 3R6UA 2Q2AA 5B7DA 5I2KB 5TU0A 4FIMA 3SESA 2XX8A 4RJZA 4PETA 5H8QB 2PT1A 2DWIA 5H8NB 3IOTA 4Q0CA 4P0GA 1Z7NE 3OSQA 1XHYA 4EQ7A 1B7HA 1AMFA 3ZKLA 3T93B 2XX7A 4G8NA 2A5TA 1POTA 2HAVA 2ZYMA 3K6UA 5DVIA 5DVFA 3V83A 3KOSA 3TEPA 3G7WA 2H5YA 2RKMA 3IOUA 1Y9UA 2VGQA 2VHAA 3KN7A 1QVSA 3EHTA 3D4CA 2XXPA 1AIVA 4QSDA 2ONSA 1FW0A 1MXYA 1I6QA 1GGGA 2DWAA 4G8HA 4ISUA 3S9EA 4G8MA 5J1DA 1D9YA 3GZGA 2G29A 4OFJA 4XKRA 4POXA 4WEPA 3TTNA 3O6IA 3S9NC 1TXFA 3LSXA 3O97A 5I2NA 3W9WA 1A8FA 3CFLA 3E3KA 5KCJA 4YKIA 5AA2A 3ZKKA 1P1UA 2DXYA 2XXVA 1LCTA 1PB7A 2YJPA 5FHNA 4L17A 5CRYA 2R9JA 4WKMA 1IUDA 1O64A 1PB9A 1XC1A 5JTYA 2D21A 4RK2A 1URDA 4KFQA 3SERA 1BP5A 4PFWA 3N94A 4H5GA 4NF6A 3B7DA 3DM0A 3Q26A 1XT8A 2O1MA 4DZ1A 2Y84A 2PVUA 1SBPA 4POWA 2OCUA 2D5WA 1LLSA 3IO4A 2ZNTA 4X48A 1N3WA 3FATA 4U4XA 5I58B 2H99A 2P1SA 4G2ZA 3VXCA 3RGYA 3Q29A 1B51A 1I6BA 2R6GE 3UP9A 3CR9A 1TFDA 3IJXB 4QFKA 3PUYE 3SKPA 3C31A 1UQWA 2VD2A 1CB6A 5B70A 4KR5A 1IEJA 4GOTA 3C9HA 1RYXA 3K6VA 4ELPA 4F3BA 1MDQA 3IX1A 2PX1A 3MW0A 5DYHA 1DSNA 3B6TA 4ZECA 1NKXA 3KSXA 1ZMGA 1USYH 3C36A 3CFZA 4KCDA 5KDTA 5CBRA 1N7WA 1VSOA 2XXWA 1IZ1A 4MLVA 1Y3NA 1IXHA 3VV5A 1A8EA 1LB9A 2AL5A 3IJOB 1DTZA 4ONYA 3TTLA 4H65A 4F2QA 2YLNA 3M3FA 3V5AA 1B1HA 4RK9A 3KN8A 1P1OA 3PPQA 1URSA 3LSLA 1N7XA 2GHAA 5KZTA 2F7AA 4ELRA 3VVFA 2DVCA 1ELJA 1OQGA 5M2VA 1BIYA 5AA1A 3KFMA 4OETA 1ATGA 2M8CA 3OO9A 4QRZA 2O6AA 4OQOA 3K01A 2HCAA 3H03A 3K0VA 1JW5A 4THIA 4TLLB 4TLMB 4O3AA 2DE3A 2NUVA 2Y7RA 2O7UA 4R2BA 3UORA 3MP6A 2XD3A 4Q8RA 3C35A 1IQ7A 1ZIUA 4HCWA 3DP6A 3U92A 1AH5A 1SW4A 1MS7A 1GR2A 4BDLA 3PUWE 4WEDA 1GVCA 3MP1A 1Y4CA 3U93A 4OEUA 4EXLA 4F2OA 2B65A 5A5XA 5I56A 3MVWA 3MPKA 1D9VA 2QMWA 3QSLA 3VE1B 4U22A 4DXBA 4AQ4A 2Z8FA 1Y3PA 4F19A 3SETA 2RCAA 3LC8A 3FXUA 3RT8A 2Y7WA 2VP1A 2A5TB 1UTBA 3TCGA 2I3WA 3FVNA 1FQFA 3CFXA 5FTIA 1YAEA 2OJTA 3CVGA 3PMWA 5FTHA 1B7ZA 3C32A 1AOVA 2F7CA 4E0WA 1SYHA 3B6QA 2ALUA 1A54A 2F78A 1P99A 4PE5B 2ZNUA 4YB7A 5ELVA 4U1OA 3T9XB 3TODA 1M5EA 3K1PA 3SEXA 2I4CA 3MAMA 3GXAA 3HHFA 2Q89A 3FASA 4GF8A 1QJMA 1EZPA 2XXXA 3K02A 1Y1MA 3OENA 4XKPA 3QUJA 2UYFA 4DIGA 4MH5A 1PBQA 5I2NB 2W7YA 5KCJB 3H7MA 5AA2B 4G68C 3O9PA 4DCYA 4KI0E 3RPWA 2XHDA 1B3FA 3UK4A 2PYYA 3WAFA 4OFOA 1WDNA 5JTYB 3T9VA 1US5A 1L5TA 3H3GA 1AL3A 3OO7A 4GXAA 3OSRA 2QPQA 1OLCA 4FECA 4NF6B 4X1BA 4IO2A 2DQVA 1SI0A 1LAXA 1PDAA 3KSJA 4FE8A 1JETA 1DOTA 1M5CA 4IB2A 1M5BA 1QUIA 2ZMBA 4F3PA 3ECRA 2Z23A 4YICA 1VFEA 4HTGA 5AA2D 3KN3A 2O68A 1H3DA 3U8QA 3IOWA 4EQBA 4YKKA 1CE2A 1B7UA 3S4UA 1DTGA 1HSEA 3TFLA 4NF4A 3QUFA 3KEIA 3I3VA 5IAIA 4LATA 4X1DA 4OZ9A 2H25A 3USDA 4YKPA 3FV2A 3TAJA 3UN6A 4F1UA 2ESNA 3MQ9A 5KDTB 4I62A 4FATA 2UYEA 4QF9A 3OEMA 4NEDA 1QUKA 1NH7A 1QKAA 4KYDA 2QS4A 4N07A 2WKYA 4ZEKA 3Q25A 4HW8A 1MPCA 1DPEA 4O3CA 2O69A 1JQFA 4KYSA 5DTBA 4DXCA 4R73A 4ZZEA 1FQDA 1LFIA 2FNCA 3K6XA 3VLUA 1QW0A 4GXSB 4C0RA 3KZGA 2DXRA 3KBRA 1H43A 1B3EA 1R9LA 5TPAA 3MVZA 4OXVA 1B3GA 3FVGA 3T66A 1NNTA 1M5FA 5EHMA 1SW1A 3JYRA 4R75A 1SI1A 3FJ7A 3T9HB 1B3LA 1N84A 3VLWA 3PU5A 4I8CA 2Z22A 5AA3A 5F1QA 4PFTA 5BWJA 3O6GA 2LAOA 3O29A 2DP8A 4ESXA 3ILUB 1YCJA 1H44A 2YPNA 4QSEA 3EN3A 3T96B 4AB5A 1LBBA 1FQCA 2Z8DA 3M8UA 3ZS6A 1JNFA 1MY3A 1POY1 1B05A 2P2AA 1MXUA 2CZLA 1B3HA 2B3BA 2HZLA 1Y3QA 5A5XB 3PPOA 3EHUA 3L6GA 5I56B 1URGA 4GQOA 1S7YA 4R2FA 3KG2A 5EHSA 4FJPA 1LAFE 3AXFA 4ZDMA 4JSDA 4EXKA 2AYSA 4GD5A 1UTBB 1MXZA 2I58A 1MQIA 4Q5TA 1MQGA 3B6WA 2ZYOA 3H6VA 4Z7EA 4GL8A 3G3KA 3HHGA 3IR1A 1IXCA 1M5DA 4GVOA 4RNSA 4IO3A 3IOVA 3HV1A 3FUZA 4JWYA 3RTWB 4C1UA 4EQ9A 2I3VA 2XD2A 1B46A 2RF1A 1US4A 5ITOA 5H8HA 3M3KA 3GBAA 2DE2A 4YMAA 4QFPA 5AE4A 3TMGA 1J1NA 3FV1A 4XKNA 2I49A 4ZZAA 1TWYA 1OVTA 4IY5A 1F9BA 3CG3A 1SDXA 4LVQA 2OK2A 2AL4A 1T0KA 4G4PA 1VR5A 2ONKE 4ELQA 1FTLA 1MM6A 2UVGA 3PPNA 2QS1A 4XXUA 3MC2A 1MXXA 1Q1KA 1P1NA 3PUVE 3O28A 4XTCQ 3H06B 4DDDA 3PPRA 4H8IA 1HSJA 2O7IA 1P1QA 3SEYA 2OBGA 3H6TA 4H0WA 3N6TA 4EUOA 4U1ZA 5DEXA 3BKIB 3UGWA 4QFLA 2X26A 1B5JA 5I57A 1XOCA 4XIGQ 2QRYA 1ZLQA 4MBPA 1O7TA 1H45A 3SEVA 1ZU0A 4LQ2A 4MLQA 4XKQA 3LSWA 3UIFA 3PUXE 4YB6A 1FQBA 1B0LA 3IB0A 2ZYNA 4OEVA 1DMBA 1Y20A 3OEKA 5LOMA 4FORA 2AIXA 5EYFA 2DVZA 2GHBA 1XVYA 3VXBA 1BTJA 4F29A 1FTOA 1UIVA 3A3UA 3TQLA 4YMBA 3OMBA 4U4SA 1ZJLA 3TZAA 1YTVA 3OELA 4K3FA 2O51A 4Z0IA 2FA7A 3TPAA 1QULA 3FIRA 5CMMA 1FTKA 3PD8A 4DE8A 3VFJA 1A99A 3RQTA 2OZZA 1IXIA 1D3KA 2G93A 3EPEA 1B58A 2NVUB 1MPBA 5TPAB 2Z8EA 3N5LA 1O63A 1A7LA 1OQHA 3RN8A 5FHMA 1LCFA 2F97A 4F22A 3EQ1A 2Q88A 4LZ7A 1SQYA 4F18A 4P11A 1B32A 1JVXA 3PV0E 4OFLA 5H8SA 1Y4TA 1EZOA 1IIWA 1OMPA 2O84X 3S2VA 3TDJA 3LUYA 4Q30B 3SEUA 5FHOA 5L9MA 3G3GA 5ICTA 4GFRA 2NOOA 3MUQA 3TCHA 2CMOA 2I48A 4ZEDA 3OXNA 3LBSA 3U72A 3Q27A 4NWDA 4N13A 1MH4A 5CM6A 4U23A 1A55A 2I4BA 4KCCA 4WXJA 3PD9A 3QXMA 1I6AA 2RC9A 3MJNA 5IKBA 1MY1A 3HPIA 1FCKA 1R6ZA 1B5HA 2ZNSA 4JWXA 4F3SA 4GRKA 4KQPA 3PMVA 4KHZE 1YPNA 3RY3A 4H1XA 3RT6B 3TTMA 4BDQA 2QS3A 5BUUA 1MH3A 1MQHA 2I6EA 3QAXA 4PQJA 3DP4A 4U2RA 4I9DA 1Q35A 4JBZA 3CIJA 1MY4A 1MG1A 2REJA 1JEUA 1JW4A 4EDPA 1NNKA 2UVJA 3MZ9A 2RC7A 1LAGE 2IA4A 3EHSA 3GBBA 4YKJA 4PFUA 3RNNA 2DE4A 2I0CA 3L6HA 2V3QA 1NMUA 2HXWA 3CSBA 4QSCA 4JXIA 4NF8A 1B4ZA 4EF1A 3TYHA 4DCXA 1B2HA 2F35A 1LGBC 1PBPA 2I0BA 4ZE8A 1B9JA 2A5SA 5H8HB 4G77A 2F6PA 3G3HA 1H76A 3MBPA 3CSGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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