5ICQA

Methanobactin periplasmic binding protein
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
575
structure length
568
Chain Sequence
SHGLAMHGAPQLPKDFDHFPYADPAAKKGGRLRVGLPGTFDSLNPFNVTAAQGLVGNVFQGLMARSQDEPFTLYPLIAQSIDIDPARTRVTFHLDPRAHFSDGKPITAEDVLFSFDLLKAKGRPQQRIAYGLVKSATAPDPHRVAYDLTGVGDRELPLILAIMPVLPKHALDVERFSDATLAKPLGSGPYVVADVQAGARLLLKRDPNYWGADIPSQRGFYNFDEIDLQYFRDGNSLFEAFKAGLIDYRDETSTTRWSTGYDFPALRDGRMARESLKNENPKGLNGFVFNTRRALFKDARLREAFGMMFDFEWVNANYYAGLYTRTKSFFDESELSSSGRGASEKERALLAPWPDAVRAEILEGEWRPPVSDDRDMARRALDLLAAAGCRVDGDRLMKDGEPFSFEIMVKDRDQERLALAYASSLARIGVEVRVRLVDEVQYQRRRQKFDFDMMIGQYVASASPGNEQRMRWSSATANQESSFNLAGAASPAIDGMISALLSARSQEDFVTAVRAYDRVLLSGFYVVPLFHASEQWIAHSTDIVRPERSPRYGSPIFGPTLESWWRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Periplasmic binding protein
molecule keywords Methylocystis parvus OBBP MbnE
publication title Methanobactin transport machinery.
pubmed doi rcsb
source organism Methylocystis parvus obbp
total genus 186
structure length 568
sequence length 575
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5icqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5icqA01
2XD3A 2DWIA 2I4BA 3VLWA 1MY4A 4HW8A 4KPTA 3TQLA 4ESXA 4IO5A 1SW1A 2GHBA 3BFTA 3SKPA 4ONYA 2I3WA 2O69A 5TU0A 3HHFA 3O28A 1PB9A 1SI1A 5AA2A 4OFOA 2PYYA 4NF6A 3DRHA 2DVZA 4YMBA 3BBRA 4OFJA 2D5WA 1B7ZA 2CMOA 5DTBA 3VXBA 4LATA 1N84A 3MUQA 2GHAA 3FZVA 3LVUA 1PB8A 3PMXA 3G3FA 2I3VA 4GXAA 3M3KA 2V3TA 2UVJA 2V25A 4LVQA 3MVWA 1UTBB 4ZEIA 5FHMA 3E9XA 2QS4A 1QVSA 2AL4A 1URSA 4K3FA 2ONKE 3Q29A 2ABHA 5CMMA 4KI0E 3PPRA 4MF3A 2H9BA 4KFQA 1B4HA 3TTNA 1QJMA 5I2NB 4NF4A 3OD7A 1LFHA 5ISUA 5I2KB 4ZS9A 5KCJA 1IIWA 1H3DA 4G77A 5K2YA 1M5EA 1JEVA 1ELJA 2IA4A 4P0IA 2XXRA 3IOUA 3DRFA 3C34A 5I58A 4YB7A 4XKNA 4IO3A 3VLUA 3L6HA 4F1VA 1MQDA 1JW4A 3QUFA 5H8QA 1ZJLA 2F97A 1IUDA 4QHQA 2Z8DA 4KR5A 1AL3A 4ELQA 3KEIA 1BP5A 2NWJA 2O7IA 1PBPA 3TQWA 4LA9A 3CRBA 5TPAB 5DVIA 4BDMA 1I6BA 2Q88A 4DE8A 3SERA 3ZSFA 4OTEA 3PGFA 5HM4B 1GVCA 4QF9A 1B5HA 1YTVA 4OVJA 2M8CA 2W7YA 4XKQA 3DM0A 3OO8A 5J1DA 3H6TA 3G3JA 2R9JA 4MLVA 5ICQA 3EHSA 2DWHA 3TTMA 3H06B 1OMPA 2X7PA 4R74A 4G8NA 2O68A 1P1OA 1LSTA 5BUUA 1QKBA 2GRVA 4I62A 1PEBA 3H6UA 2P0SA 3MP8A 4F3SA 2AYSA 2A5SA 1MH3A 1HSLA 3K0VA 2REJA 3MVXA 1D3KA 1SVXB 1ZIUA 4YICA 4O3BA 3FJMA 3OOAA 1JEUA 3TYHA 5JK4A 4BDQA 2PX1A 4FJPA 1LCTA 1R1NA 3UIFA 1URDA 4O3CA 3QYTA 5AA3A 5IKBA 3N94A 1OLAA 3IO6A 1XC1A 5CMBA 1IEJA 3R6UA 1LB9A 4LZ7A 4GLIA 3T93B 5ITOA 3W9WA 3PAMA 4FEDA 4EDPA 1N7WA 3N26A 3QXMA 2HZKA 1LAGE 3IORA 3MQ9A 3O2AA 1SI0A 2A5TB 2RC8A 4WKMA 4NWCA 2H4IA 3K1MA 4ELOA 3O97A 3TCFA 1PDAA 1CB6A 4NMYA 4PFYA 1NNFA 3FVKA 1MQJA 2Y7RA 3PUXE 2DWAA 4G8HA 4BDOA 4NF8A 2H98A 3MWBA 4JWYA 4H8JA 4NE4A 1Y1ZA 1YAEA 2RCAA 5ICTA 3PPQA 1PB7A 4C1TA 2GH9A 2FA7A 1QW0A 1DTZA 2HZLA 2NOOA 3C33A 3PD8A 1SW2A 1B51A 4HTGA 5KZTA 2HQ0A 2F78A 3H03A 3M8UA 3K6VA 1EZPA 3KOTA 4EQBA 1WODA 4F39A 2PT2A 2F36A 2Z22A 4H0WA 5DVFA 3DP8A 4OFLA 4IO6A 4RXLA 4HCYA 5CBSA 4E0WA 2ANJA 4L17A 1TT1A 4YKKA 3G7WA 2I49A 3ODBA 5L8DA 1UQWA 4BDLA 1XHYA 1XVYA 1ZBMA 3BKIB 5FTIA 2QS2A 1P1WA 4YAHX 1QUJA 5I57A 4PFWA 1P1UA 3RPWA 3MAMA 2XXHA 2F7CA 1B32A 2QSXA 3GBBA 4RPNA 2B65A 3HPIA 4TLMB 1LFIA 1B5JA 4YB5A 2XXPA 2PT1A 3CVGA 4ZE8A 1H76A 5I56B 2DXYA 3RYBA 5TP9A 3MW0A 5M2VA 3SETA 4R9GA 3ILUB 1FTKA 4RY1A 3KN3A 2ESNA 1IXIA 3FVGA 3JYRA 3U93A 2AIXA 1DTGA 1MM7A 1FTMA 3VVEA 1NH8A 4LZ5A 1UIVA 3LSFB 4DDDA 2ZNUA 1T0KA 1JW1A 3RUMA 3USDA 3G3HA 1MXXA 1MH4A 3K1NA 1XVXA 3H6VA 4F3GA 5A5XB 1Q35A 5JEIA 3O6IA 1B05A 2V3QA 4QFKA 3HO7A 3S9MC 3B6TA 4F22A 2ZYMA 1FQCA 5CMCA 3CG3A 4MFIA 2HAUA 1EH3A 3SEVA 1A8FA 3RT8A 1JETA 3DP4A 2OZZA 1SQYA 1EZOA 5AA4B 4FATA 1EU8A 1A8EA 3OENA 1LFGA 1M5CA 1XT8A 4R2BA 2F7AA 2WOKA 1LAFE 5AA2D 1VFDA 2XXQA 1ZLQA 4F2OA 4KCCA 3U72A 2G29A 1ANFA 1MQIA 4MBPA 1YCJA 1MDQA 4G68C 4H8IA 4G68A 3TKDA 2Z23A 4QSEA 1SDXA 2RKMA 1Z7NE 1IXHA 4WEPA 3DRIA 4ESWA 1L5TA 1Y3PA 2ZXTA 4KYDA 1B6HA 2WOPA 1P99A 3VE1B 3C35A 4C0RA 5CMKA 2DSFA 2UXAA 4YU0A 3QUJA 3TCGA 3CI8A 1AH5A 1NNPA 5DYHA 1F9BA 2PVUA 4DZ1A 1WVJA 3VVFA 4KCDA 1B4ZA 1MY0A 3K00A 3T9HB 5B7DA 2XXXA 3RTFB 4EUOA 3FXQA 5DEXB 1DOTA 3RY3A 3DELB 1YPNA 1ZMGA 5AE4A 3FJGA 3KSJA 3Q26A 1QUIA 3TELA 4Q30B 4U23A 3FV2A 2DYXA 1Y4TA 2RC7A 4QFNA 5F7VA 2NVUB 3SEWA 1UTBA 3QIMA 2O1LA 3O6GA 3ZKKA 4JXIA 1B58A 4M1VA 5AA1A 3ILTB 2DOJA 3IOVA 3HSTA 3B7DA 3VDFA 2XXYA 3IAZA 3VVDA 1II5A 2QS3A 5I2NA 5I2KA 3IB2A 3T9VA 1A7LA 2YLNA 3GBAA 4OERA 2H99A 1HSJA 3C9HA 3HHGA 4AB6A 3T96B 1PC3A 5KCJB 3P7IA 3KBRA 3WAFA 2Q89A 1FTLA 4Q0CA 3KJTA 1S50A 4C1UA 4QSCA 1Y20A 4AQ4A 1FQDA 3KSXA 1B40A 1B9JA 3OXNA 3MPLA 3I3VA 1I6QA 2O84X 3E13X 3HV1A 3BFUA 1OVTA 2DVCA 3U8QA 2F6PA 1B0LA 3Q25A 5TPAA 4OEUA 2B3BA 2Y7KA 3O6PA 4XIGQ 1QKAA 1MY2A 4LQ2A 3E4RA 4FORA 1FQEA 1MXUA 4UA8A 1URGA 4ZE9A 3CHGA 2D3IA 3U94A 4R75A 3V89B 2UYEA 3K01A 4Z7EA 5H8NA 3CIJA 3IL1B 4ND9A 2NXOA 1OQHA 4GXSB 1DPPA 4OYVA 1LGBC 1ZU0A 4OEVA 2Q8JA 4GL8A 4IO7A 5FTHA 4OWDA 1LAXA 3FIRA 2O7UA 4GFRA 1Y4CA 4F1YA 4F2QA 3LSXA 4HS7A 4U4SA 1EZ9A 4FIMA 1MPDA 2E1SA 1MXWA 1FTJA 3IB0A 2H5YA 4GL0A 2HFBA 5KDTB 3IJOB 5JTYA 4DXUA 1B0HA 1I6AA 2UYFA 1GGGA 1Z7ME 3F11A 1BKAA 3IOTA 1KWHA 1SW4A 2O1MA 1FTOA 2PMSA 5DT6A 1I69A 5I59B 1LB8A 3LR1A 3G3IA 2RINA 5H8HB 3MC2A 4ECFA 4DCXA 1GR2A 2QRYA 4X9TA 1NL5A 4H5FA 5FHOA 4I9DA 2X26A 4UACA 1RYOA 3DRJA 4U4XA 3DLNA 4YKPA 4RYAA 1NH7A 3RYAA 2BJJX 1RYXA 3ZS6A 1SYHA 2A5TA 5H8SA 2OLBA 1R6ZA 1USYH 1SW5A 3THIA 3GLBA 3QK6A 4DIGA 4DLDA 3A09A 4TOZA 4QFLA 4EXLA 1Y3QA 3Q27A 1N0TA 4JDFA 4EQ7A 4IY5A 3C31A 4DXCA 1VE4A 3I6VA 3KN8A 3DP6A 3EPEA 3TFLA 5H8FB 2Y7IA 1CE2A 3R26A 3LSWA 4JWXA 2OWSA 2DE3A 4QFOA 1AMFA 5K2XA 4TQUQ 3DRGA 4GRKA 3TMGA 1VSOA 2AL5A 2I0CA 2ZYKA 5ITPA 3K4UA 4RJZA 2I58A 2QMXA 1Y1MA 1USYE 4X48A 3V8XB 1B1HA 4TLLB 1XS5A 4KHZE 3TPAA 4LQ5A 4F3BA 3OEMA 3M3LA 3OEKA 4OZ9A 3H4ZA 4PFTA 3SESA 4ZEKA 3PV0E 1N3WA 3A3UA 4XKPA 3EF7A 1B2HA 3IO4A 3K2DA 1FQBA 3K6XA 3RNNA 4YMAA 3H6WA 3B6QA 1Y9UA 1R9LA 2DE4A 2VP1A 4PP0A 3M3FA 2ZMBA 2VD2A 3QAXA 1LBBA 1B3FA 4N13A 4IGTA 4XXUA 4ELPA 4LZ8A 4JB7A 1US4A 2V93A 4KYEA 3LC8A 5I56A 3DRKA 2ZYNA 3HN0A 4OXVA 5TP9B 2QJEA 3FASA 3K1PA 3TODA 1BTJA 2ALUA 4MH5A 1NFTA 3CSGA 2ZNTA 2THIA 1LCFA 5FHNA 5EHMA 4F31B 3O66A 2F6GA 5DVJA 4FE8A 3S9EA 3PUYE 3FV1A 3C4MA 4R2FA 5A5XA 3FVOA 3MP6A 2UVIA 3LSLA 2VGQA 4Q5TA 4HCWA 4GD5A 2FYIA 4EXKA 2QL3A 1OIBA 3GXAA 3G3GA 5LOMA 3O9PA 3CR9A 4XTCQ 3KN7A 4QRZA 3EN3A 3C32A 5EHSA 4H5GA 2REGA 4PQJA 3SEUA 4IO2A 3KG2A 3JZJA 4PE5B 2XXUA 4IB2A 5AA4A 3CSBA 2OCUA 4QSDA 4NF5B 1HSEA 1UTHB 5CRYA 4G2ZA 4PETA 4GF8A 1BLFA 2OWTA 4LONB 3FATA 3KOSA 4OQOA 1O63A 3UA8A 2P2AA 1MXVA 2QS1A 3TTLA 4XKRA 1NNKA 3VV5A 1M5BA 2UVHA 3G3KA 3I5OA 2GFEA 3S9LC 1Q1KA 2O51A 3UORA 4I1DA 3CFLA 3K6WA 4U2RA 5ELVA 4YKIA 4PFUA 3UGWA 1B3GA 4GVOA 2OK2A 1MDP1 3PU5A 4OENA 2YJPA 1RKMA 3OSRA 3FXUA 5AA2B 3FUZA 3TAJA 2F7BA 3MP1A 1LAHE 4NF6B 2WOLA 2XXWA 5L9MA 1MPBA 5L9SA 5HBCA 1BIYA 1FQFA 4YZZA 1SYIA 4KYSA 3V83A 1A54A 4JBZA 5I84A 3T22A 3H7MA 2HAVA 3A3CA 2HCAA 5DEXA 2Q2AA 4NEDA 4M4GA 5CM6A 3MVZA 2V3UA 3MBPA 3T9XB 2Z8EA 4F29A 1B52A 1A55A 5CI5A 4WEDA 2D21A 4BLAA 3CFZA 4FEBA 1D9YA 4DXBA 3TTRA 4IGRA 3TZAA 4POXA 2B3FA 1JQFA 4BDNA 2QPQA 1N3XA 4DCYA 1N7XA 4GQOA 3ZKLA 1S7YA 4F18A 2R71A 4X1DA 4JWOA 3C36A 4NF4B 1PBQA 3T9UA 2RCBA 5L9OA 3QSLA 2Y7WA 2H25A 3U92A 3H3GA 4KQPA 1ZTYA 4R73A 1ZKBA 1H45A 3MJNA 5I58B 2PBWA 3E3KA 3MZBA 4U22A 3EQ1A 4F19A 4O3AA 5H8QB 1TXFA 1GTKA 2Q2CA 4LUBA 4OMBA 3FD3A 1JNFA 1R9QA 1B7HA 1MPCA 3IR1A 4RNSA 5BWJA 3IJXB 3S2VA 4R6KA 2F35A 2I0BA 1XOCA 3R7XA 1WDNA 1TWYA 1QULA 2XXTA 3CFXA 2ONRA 1MG1A 1A40A 3PD9A 4ZZEA 4AB5A 3RQTA 1MM6A 4RK2A 2DQVA 1D4NA 3RLFE 3D4CA 1IZ1A 5H8NB 4MLQA 4P11A 4RPOA 1DSNA 4R6YA 4ZDMA 3LBSA 3SEXA 3PMVA 2ZNSA 3KFMA 3TTKA 2VOZA 3GZGA 4G8MA 4H6DA 3B6WA 1QUKA 1OLCA 4U1ZA 1MY1A 2IEEA 3S4UA 3T66A 4F1UA 1JVYA 3FGSA 2F34A 4U21A 3MZ9A 3JV9A 3LUYA 4IY6A 3RN8A 3RTWB 1B7UA 4FAJA 5KDTA 3U1OA 4LP2B 5JTYB 3OO7A 3EHUA 4R72A 3TEPA 3S9NC 1J1NA 4P0GA 3UN6A 1AIVA 3ECRA 2RC9A 1MXZA 2I6EA 1IITA 2RF1A 1DPEA 2CZLA 2I48A 5I59A 3OELA 1ATGA 2F8DA 1FCKA 3ONMA 3FVNA 4JSOA 1O7TA 5H8HA 2OJTA 3IB1A 2XXVA 3PUVE 1LLSA 2VD3A 3Q28A 1DMBA 1JW5A 4I8CA 3N6UA 4OESA 5IAIA 3WAEA 4OHNA 3MPKA 4ZECA 3MVYA 4Z0IA 3HCQA 5CBRA 2O6AA 1TFDA 1B3EA 2QMWA 2X7QA 1GV8A 2P1SA 3K02A 3W9VA 4WXJA 3N5LA 3FTOA 1IXCA 4RK9A 1FW0A 4JSDA 1MY3A 4EQ9A 1NMUA 3W15C 2E0SA 4BDRA 2OBGA 1A99A 3UK4A 4G4PA 1Y3NA 1US5A 2ZYOA 5H8FA 1MQHA 2UVGA 1VR5A 1MQGA 2XX8A 4GIZA 3MZ1A 2DS9A 4NF8B 1B46A 3RT6B 4YKJA 1P1QA 4IO4A 3FXRA 1O64A 2VHAA 1B1XA 1NNTA 2G93A 4ZZAA 1POTA 4N6PA 1IQ7A 3VFJA 2YPNA 3TUSA 3D4GA 1MRPA 1JVXA 4X1BA 4FECA 1VFEA 3IX1A 1P1NA 4F3PA 4KD5A 1M5DA 4OETA 4NTLA 2NUVA 2Y7PA 1N76A 2XXIA 1H44A 3FJ7A 4YB6A 3PUZE 2HXWA 3L6GA 3PMWA 2DE2A 2I4CA 3OO9A 4R9FA 1TFAA 4EF1A 3K6UA 3PPOA 5I57B 3KGCA 1MS7A 4Q8RA 3RGYA 3O29A 3EHTA 1AOVA 1B5IA 3IOWA 5F1QA 2B4MA 3OSQA 5EYFA 2Z8FA 3V5AA 4ZEDA 4H67A 2WKYA 1S9TA 2R6GE 1SD3A 1N04A 1D9VA 4RA1A 2Y84A 2XX7A 5HPQA 4U1OA 3VXCA 3TDJA 5B70A 4ZEBA 3PUWE 4POWA 1NKXA 2DWJA 1IXGA 1MXYA 1M5FA 3KJ7A 3OO6A 4GOTA 1B3HA 3SDFA 3N6TA 3UP9A 2Q9TA 2FNCA 3IK6B 3CG1A 4N07A 4H1XA 2DP8A 2V84A 2DXRA 2XD2A 1UIUA 2XX9A 4R6HA 2HEUA 3PPNA 1FQAA 1OVBA 3AXFA 4GWOA 4NWDA 2F5XA 2B4LA 1LBCA 2ONSA 4QFPA 4ELRA 3TCHA 3O6HA 1B3LA 4NF5A 1SBPA 1UTHA 1POY1 4H65A 2LAOA 2KLFA 4THIA 5CC2A 4ISUA 3KZGA 3PPPA 3OMBA 4E0XA 2XHDA 4EF2A 1OQGA 1H43A 4G68B 4ZEFA 3SEYA 3VLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DBZA 2XD3A 1NV5A 2DWIA 2I4BA 3VLWA 1MY4A 4HW8A 4KPTA 3TQLA 4ESXA 4IO5A 4MIJA 1SW1A 2GHBA 3BFTA 4HXVA 3SKPA 4ONYA 4OVTA 2I3WA 2O69A 5TU0A 4N15A 3HHFA 3O28A 1PB9A 1SI1A 3BIHA 5AA2A 4OFOA 2PYYA 4NF6A 3DRHA 2CZHA 2DVZA 4YMBA 4MHFA 3BBRA 4GX4A 4PF8A 4OFJA 2D5WA 1B7ZA 2CMOA 2ZZVA 5DTBA 2MKZA 3VXBA 1KA1A 4LATA 2DDKA 4X04A 1N84A 3MUQA 3FBPA 2GHAA 2FBPA 3FZVA 3LVUA 1NV1A 1PB8A 3PMXA 3G3FA 2I3VA 4GXAA 4P3LA 3M3KA 2V3TA 2UVJA 2V25A 3SZPA 4LVQA 3MVWA 1UTBB 4ZEIA 5FHMA 3E78A 3E9XA 2QS4A 1QVSA 2AL4A 1URSA 4K3FA 2ONKE 3Q29A 2ABHA 5CMMA 4AS4A 4KI0E 3PPRA 4MF3A 2H9BA 1KA0A 4KFQA 2WYPA 1B4HA 3TTNA 1QJMA 5I2NB 4NF4A 4MCOA 3OD7A 1LFHA 5ISUA 5I2KB 4ZS9A 5KCJA 1IIWA 1H3DA 4G77A 5K2YA 1M5EA 1JEVA 1ELJA 1LBVA 2IA4A 4P0IA 2XXRA 3IOUA 2WBBA 3DRFA 3C34A 5I58A 4YB7A 4XKNA 4IO3A 3VLUA 3L6HA 4N8YA 4F1VA 1MQDA 1JW4A 1FSAA 3QUFA 4N17A 5H8QA 1ZJLA 2F97A 1IUDA 4MNCA 2F3BA 4QHQA 2Z8DA 4KR5A 1AL3A 4ELQA 3KEIA 1BP5A 2O7IA 5IZ1A 2NWJA 1PBPA 3TQWA 4LA9A 3CRBA 5TPAB 5DVIA 4BDMA 1I6BA 2Q88A 4DE8A 3SERA 3ZSFA 2CZIA 4P8BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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