5IKBA

Crystal structure of the kainate receptor gluk4 ligand binding domain in complex with kainate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
TLVVTTILENPYLMLKGNHQDMEGNDRYEGFCVDMLKELAEILRFNYKIRLVGDGVYGVPEANGTWTGMVGELIARKADLAVAGLTITAEREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIESVDDLADQTAIEYGTIHGGSSMTFFQNSRYQTYQRMWNYMYSKQPSVFVKSTEEGIARVLNSNYAFLLESTMNEYYRQRNCNLTQIGGLLDTKGYGIGMPVGSVFRDEFDLAILQLQENNRLEILKRKWWEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 4,Glutamate receptor
publication title The Structure of a High-Affinity Kainate Receptor: GluK4 Ligand-Binding Domain Crystallized with Kainate.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 249
sequence length 249
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ikbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5ikbA02
5DVIA 4GWOA 4GVOA 2CMOA 1J1NA 4R73A 2XXHA 1LAFE 1MQHA 3K2DA 1B32A 3N6TA 1ANFA 3H03A 3L6GA 2F36A 1N04A 3K1MA 4MFIA 3H6UA 4BDOA 2DWHA 2QPQA 2VOZA 3KGCA 1Y3QA 1B4ZA 4N07A 1B51A 2PYYA 4OQOA 3S2VA 2HAUA 3DLNA 2QS4A 3UA8A 4HTGA 4ELQA 1BP5A 3G3JA 4EDPA 1MQDA 5EYFA 3K01A 1EZOA 2D21A 4BDLA 1LBCA 1LB8A 4FORA 4NF8B 3OEKA 2O84X 2G93A 3UIFA 2XD2A 4F2QA 4F1VA 1VFEA 3TCGA 3Q28A 3HPIA 1AH5A 1VR5A 3KOSA 1FQEA 1ZTYA 1UTHB 1VFDA 1OLAA 3G3IA 3E9XA 4GD5A 3DP4A 4QSEA 2A5TB 3TPAA 1YCJA 2I48A 4RXLA 1TFDA 1B6HA 1MH4A 3PMVA 1B5HA 2DOJA 3TUSA 2XD3A 1LFIA 3N6UA 3DELB 3ZKKA 4OFJA 1MY2A 3VVEA 3JYRA 3D4CA 4X48A 2YLNA 1D4NA 3PD8A 2XXPA 3BKIB 4OTEA 3VLWA 3HO7A 3C31A 4NMYA 3GBAA 3H6VA 2I58A 3KN8A 1JVYA 5H8QA 5KDTB 1SYHA 3OENA 3T93B 1A40A 4ESXA 1H76A 1B7HA 4G4PA 1WODA 3TDJA 3FV1A 3FVOA 2Y7PA 4P11A 3DM0A 2FYIA 4OFOA 2E0SA 3GLBA 4GL8A 4KYEA 3C35A 4I1DA 3O9PA 3Q27A 3F11A 1PB9A 2F5XA 1SW5A 2XHDA 4ZZEA 1B52A 3EHTA 1HSLA 5H8NA 2ZMBA 2QSXA 3FJGA 3MUQA 1XC1A 2DVZA 3RQTA 4ZEFA 1EZPA 2WKYA 2QS2A 5ICQA 3SEWA 3RN8A 2RCBA 4BDNA 1GGGA 3SEXA 4IO7A 5L9MA 4NF5A 4KD5A 1XS5A 4BDQA 2NWJA 1A55A 4U21A 4U1ZA 2KLFA 3RNNA 4H8IA 3VLVA 4PFTA 2YPNA 1QKAA 2XXTA 2RC7A 3MVYA 3QYTA 3VLUA 1N3XA 4IY6A 2IA4A 5CM6A 1JVXA 5CI5A 2UVHA 3O6GA 3QSLA 2H25A 3VXBA 1SVXB 5I57B 1LCTA 3S9MC 2GRVA 3KBRA 3PMXA 3CFZA 5ELVA 4YAHX 1KWHA 4NWDA 2DWJA 1A8EA 5F1QA 1DPPA 4R6HA 4ZECA 1D3KA 3IOUA 4MLQA 4ZEIA 3SEYA 3IOVA 3B6QA 1HSJA 1O64A 3BBRA 4OZ9A 1M5BA 4U4SA 3QUFA 1QUKA 2XX9A 3U94A 2I0CA 3KSXA 3R26A 1UTHA 4N13A 3IB2A 5CMBA 1URDA 3N94A 2A5TA 2XX7A 3HCQA 3U92A 1A7LA 5AA4A 2DE2A 2HCAA 3H6WA 3MZ1A 1UIUA 2ZYMA 1NH8A 1IXCA 4KHZE 3E13X 1Y1ZA 1M5FA 1URGA 3IL1B 2DWAA 2AIXA 5DT6A 4XXUA 4ELPA 3CI8A 3FV2A 4IY5A 1IUDA 4KPTA 5KZTA 1BTJA 3OD7A 5ICTA 3PPRA 2HZKA 4R74A 5DYHA 5KDTA 4XKQA 3R7XA 1JW4A 5M2VA 3VFJA 4DIGA 1JEVA 4IO3A 2F97A 1P1UA 5HPQA 1M5CA 3MAMA 4M4GA 2Q8JA 1SD3A 4JWOA 3TMGA 3ZS6A 4U22A 2F6GA 2ZXTA 1MDP1 3HHGA 1PBPA 3O66A 4RJZA 3HHFA 2O51A 1MY0A 3W9WA 2V25A 3M8UA 4Q30B 1Y3NA 3V83A 5CMCA 4OWDA 2Y7KA 2H4IA 3FVNA 4U2RA 4F39A 3S4UA 1B4HA 4H8JA 1TXFA 4O3CA 1MQJA 4YZZA 1JQFA 4F29A 3VE1B 2OBGA 3I6VA 4R72A 3RY3A 1OVBA 3N5LA 3H3GA 1XOCA 2B3BA 3OO7A 4TOZA 3TTNA 4QFKA 2DWIA 3PPNA 1A99A 3U1OA 1Y3PA 4OEVA 3U8QA 3FJ7A 5I57A 4Q5TA 1N0TA 2DE4A 3THIA 4E0WA 4H0WA 5KCJB 4LZ7A 4YMBA 2XXXA 4KYDA 3PV0E 4ZZAA 1MXXA 2NVUB 2XXIA 1N7XA 1DTGA 2O7UA 2QL3A 3T96B 4R6KA 3VV5A 4X1BA 1D9YA 1AIVA 3MVWA 3KSJA 4F1UA 3B6WA 2PBWA 3FVGA 1OIBA 2F8DA 4PFUA 3EHUA 5H8NB 1ZKBA 1N76A 3SEUA 3OOAA 2Z8FA 4YICA 1H3DA 3LUYA 3FATA 4TLLB 2DXYA 2F78A 1XVXA 4OMBA 1NL5A 3KEIA 1EH3A 3IJXB 3OXNA 1ZLQA 4WEPA 4LZ8A 3M3FA 2Q89A 1NH7A 1MDQA 4X9TA 1FCKA 2M8CA 2DSFA 4K3FA 4IO6A 1B05A 4HS7A 3CSGA 3OEMA 1DPEA 4GL0A 4H1XA 2Z8EA 3K4UA 4DE8A 1QUJA 4POWA 3KN7A 1S7YA 2O68A 4OENA 3W9VA 5I56A 4GRKA 4EQBA 4Q8RA 2Z22A 3GBBA 1ZJLA 1Y4TA 2CZLA 1TWYA 5B70A 3RUMA 3CG3A 4H6DA 2Q88A 3T66A 2BJJX 2Q9TA 1R9LA 4Q0CA 1AMFA 1R9QA 1B0LA 2NXOA 2O6AA 2GFEA 2DXRA 2AL5A 3BFUA 5EHMA 5I2NB 1PC3A 3K00A 3FXQA 3LSXA 4F31B 3O97A 2F7CA 3K6UA 4H5FA 5F7VA 4EXKA 1SYIA 4OVJA 3IK6B 1B40A 1I69A 3A09A 1LLSA 1ZMGA 5I2KA 2OK2A 3PD9A 2O1MA 1LB9A 4Z7EA 4XIGQ 4THIA 4HW8A 4F19A 5AA4B 4RPNA 1NNFA 1B1XA 3MJNA 5TP9B 2NUVA 4C1UA 3MQ9A 3PUXE 1POTA 2XXRA 3N26A 2RKMA 1WVJA 2REJA 3I3VA 4RK2A 2UYFA 2RCAA 3GZGA 3H7MA 1XVYA 1A54A 5KCJA 2Q2AA 4ZEDA 2ZNUA 2ONRA 2HQ0A 4KFQA 2XXUA 4ZE8A 2PT2A 2V3QA 4YB6A 3G7WA 4L17A 1LAHE 3G3KA 4MF3A 3KFMA 3TQLA 5L9OA 3TKDA 1FTMA 3PMWA 1ZU0A 1Z7ME 1IXHA 3IB0A 4GIZA 4OFLA 1Y9UA 1IXGA 4ESWA 3USDA 3CFLA 4DXCA 2ZYNA 2B3FA 3TZAA 4PFYA 5B7DA 3QAXA 4LZ5A 1B5IA 3FJMA 4I9DA 4GLIA 4YKIA 4G77A 4ONYA 4KR5A 3IOTA 3MBPA 1FTLA 3OSRA 4IO2A 5TU0A 3I5OA 3PGFA 4NF6A 3GXAA 2VGQA 4HCYA 1S9TA 2FNCA 2V3TA 4YMAA 3E3KA 3H4ZA 4H5GA 1B58A 3HN0A 1DTZA 3PPPA 3FGSA 1B3GA 3B6TA 3T22A 4LUBA 1NNKA 5IAIA 5IKBA 3TQWA 2Y7WA 3K6XA 1GVCA 1M5EA 4F3GA 2P1SA 1ATGA 3QIMA 5BWJA 1R6ZA 3ZSFA 3FASA 1IIWA 5I59A 2Y7RA 5FHNA 1DOTA 4H65A 1QULA 5CC2A 4EQ9A 3EF7A 5AA1A 2ESNA 3IR1A 1F9BA 4AB6A 5H8SA 1Y20A 1UIVA 3MVZA 1I6BA 4LA9A 3TTMA 3E4RA 1Q1KA 3MP1A 3EPEA 1B5JA 1P1WA 3IX1A 1PEBA 1XHYA 1POY1 2XXVA 5I84A 3DP8A 3IAZA 4U4XA 5I2NA 3MWBA 2ABHA 3TEPA 3U72A 2O1LA 1IZ1A 3PUVE 1FQAA 4OEUA 3MP8A 3G3GA 3SESA 1MXWA 3PUZE 3KN3A 3TAJA 4RY1A 4JWYA 1OVTA 5CBRA 1QJMA 4U23A 1B3LA 2I4CA 2X26A 4QFLA 5A5XA 1FQCA 3VVFA 5FHMA 3ILTB 4R6YA 3JZJA 1B2HA 2P0SA 5TP9A 1SQYA 1BIYA 3Q26A 2G29A 2R6GE 5K2XA 2PX1A 3UN6A 4DCXA 3T9HB 2F34A 4LATA 3H6TA 3RPWA 3R6UA 4QFPA 1NKXA 4FECA 2I0BA 4FIMA 4GFRA 1BKAA 3V8XB 4Z0IA 2VD2A 5FTIA 1FQBA 3KZGA 4OHNA 3SEVA 2I3VA 2ZYOA 1SW2A 5JTYB 3OSQA 1TFAA 3OELA 5I56B 1LBBA 3C33A 4QFNA 3MP6A 1B0HA 4R9GA 4ZEBA 4PP0A 4TLMB 1FQDA 3OMBA 1LFHA 1NNTA 4QSCA 1GR2A 2AYSA 4IGTA 1B3EA 1ZBMA 3S9EA 4YKJA 4N6PA 2O69A 3O6HA 4YKKA 1GV8A 4EUOA 1EU8A 3A3UA 2H98A 1USYE 3MW0A 4EXLA 1QW0A 5I2KB 2H5YA 2I49A 3O29A 1PBQA 2QS3A 2QRYA 1JW1A 4EQ7A 3KOTA 1B1HA 2OWSA 3PUWE 2NOOA 4ELOA 2PVUA 2LAOA 2A5SA 5BUUA 1MM7A 3HV1A 4BDRA 4FEBA 3UORA 4LQ5A 1I6AA 3IOWA 1IQ7A 1LFGA 3ILUB 3W15C 3CVGA 4JWXA 4BDMA 1M5DA 3LR1A 2I6EA 4NEDA 1CE2A 5HBCA 2OJTA 3CIJA 1MH3A 1FQFA 1OLCA 2UXAA 2ZNTA 3C34A 4ZEKA 4U1OA 1USYH 1AOVA 1NFTA 4OXVA 3KJ7A 5AA2A 3PPOA 2UVJA 1NNPA 4YB7A 3RTFB 2GHBA 4MBPA 1US4A 2X7QA 3K0VA 4O3AA 4X1DA 2R9JA 4GQOA 3FUZA 1O63A 3Q25A 4NF6B 1UTBA 4XKRA 1P1OA 5DEXA 2QJEA 4G8HA 2HXWA 4MH5A 3C32A 1MPBA 1SI0A 1XT8A 2D3IA 1ZIUA 2UVGA 4F3PA 2UVIA 3O2AA 3CSBA 1YTVA 4OETA 3FZVA 4OERA 5ITOA 5FTHA 3RTWB 5I59B 2P2AA 5JK4A 4JSOA 2D5WA 4ZS9A 1MG1A 1MRPA 4RA1A 5JTYA 4DCYA 3PUYE 1OQGA 3G3HA 1B46A 1MPCA 1TT1A 3RT8A 1P1NA 4F2OA 2HZLA 2AL4A 4JSDA 2V84A 3KG2A 3PPQA 4LQ2A 1YPNA 3OO8A 4G68B 3CRBA 5I58A 4DLDA 1YAEA 4O3BA 4WKMA 4QSDA 1RKMA 1I6QA 4C1TA 2ALUA 3H06B 1Y4CA 1D9VA 4M1VA 2V93A 4RPOA 4PE5B 5L8DA 4C0RA 3WAFA 2F35A 3EN3A 1SDXA 5CMKA 4XKPA 5CBSA 4DZ1A 3FD3A 4R2BA 2ANJA 3P7IA 4G2ZA 5ITPA 5A5XB 1ELJA 4P0IA 2VHAA 3TTLA 3LSLA 4RYAA 2DS9A 1B7ZA 2OCUA 4POXA 4JBZA 4TQUQ 2GHAA 1EZ9A 2DE3A 4I8CA 4G8NA 3K6WA 3WAEA 3RT6B 4EF1A 2I4BA 4HCWA 3SDFA 1JETA 5H8HA 1DMBA 5EHSA 5TPAA 1MS7A 1B3HA 1Y1MA 1B9JA 1FTOA 1Z7NE 3S9LC 3IJOB 5ISUA 5H8FA 2ZYKA 3MPKA 1S50A 2R71A 4AQ4A 3LSWA 2F6PA 4KQPA 1L5TA 3DP6A 3T9VA 4G8MA 4IGRA 1PB7A 3B7DA 1MQIA 2OZZA 3D4GA 3IB1A 3LC8A 3TCHA 1H45A 4DDDA 2VP1A 2YJPA 4GOTA 3K02A 4XTCQ 1LSTA 3CG1A 1P1QA 1MPDA 1IEJA 5AA2D 1FTJA 1VE4A 4XKNA 4NF4A 3UK4A 1R1NA 4FJPA 3L6HA 1MXVA 2F7AA 4LP2B 2PT1A 3MPLA 1PB8A 3VXCA 1QKBA 5FHOA 4JB7A 3TTKA 3MZ9A 4LVQA 4NE4A 1MY3A 4ELRA 4PETA 1MXZA 1RYOA 4YKPA 5CMMA 1T0KA 3LBSA 1DSNA 5AA3A 4ND9A 4E0XA 1JW5A 2HAVA 1IITA 1H43A 5AE4A 2OLBA 1WDNA 4G68A 4ISUA 3K6VA 1HSEA 4AB5A 1LAXA 3RGYA 1MXYA 1SW1A 1GTKA 2Y7IA 2W7YA 3MC2A 2Z23A 3TODA 5L9SA 4UA8A 2E1SA 3LSFB 2Z8DA 3MZBA 1US5A 4F22A 5AA2B 4ZDMA 2ONSA 2RC8A 4G68C 5LOMA 2ONKE 4ECFA 3QK6A 4NF8A 3M3LA 1FW0A 4F3SA 1BLFA 1LGBC 4RK9A 2Q2CA 4IO4A 1O7TA 4KCCA 4GXSB 3SKPA 1PDAA 4YU0A 4LONB 3OO6A 2RF1A 3C4MA 2X7PA 4P0GA 1QVSA 1NMUA 2QS1A 2PMSA 4F18A 5JEIA 3T9UA 1UTBB 3V89B 2QMXA 5DEXB 3TTRA 3MVXA 1FTKA 4ZE9A 3AXFA 4UACA 2HEUA 4GF8A 2REGA 3CFXA 4RNSA 1UQWA 3A3CA 5DVJA 2DP8A 2F7BA 3ECRA 3TCFA 4H67A 4NTLA 4FE8A 4QRZA 2FA7A 3SERA 3QXMA 1MY4A 3EHSA 3U93A 3Q29A 3C9HA 1H44A 4F1YA 1II5A 2HFBA 2RC9A 1B7UA 4IO5A 3KJTA 1IXIA 5I58B 3ODBA 5HM4B 5J1DA 2XX8A 4YB5A 4WEDA 1SW4A 3C36A 2OWTA 4R2FA 3ZKLA 1LAGE 3S9NC 1AL3A 3FXUA 2XXWA 2VD3A 2DYXA 3V5AA 4NWCA 1LCFA 4PFWA 3EQ1A 3O6IA 4R9FA 4F3BA 1N84A 2QMWA 4MLVA 1B3FA 4FAJA 3QUJA 1JEUA 4QFOA 3FXRA 4QHQA 3PU5A 4OESA 4FATA 1Q35A 3IO6A 4IB2A 2IEEA 2THIA 3BFTA 1QUIA 2GH9A 4BLAA 4I62A 1A8FA 1OQHA 4KI0E 4EF2A 4QF9A 4PQJA 4GXAA 5H8HB 2UYEA 5TPAB 1OMPA 2I3WA 4DXBA 5K2YA 3HSTA 1N7WA 3M3KA 2B65A 5H8QB 4JXIA 4KYSA 1N3WA 1JNFA 1MY1A 5H8FB 1VSOA 3FIRA 2O7IA 1MM6A 1P99A 4OYVA 4WXJA 3JV9A 3G3FA 3K1PA 3VVDA 5DTBA 3IO4A 4DXUA 2DVCA 1SBPA 3TFLA 1MQGA 3OO9A 2XXYA 2H9BA 2V3UA 3TELA 3RLFE 3O28A 4KCDA 1MXUA 5DVFA 2ZNSA 2XXQA 4R75A 2RINA 4JDFA 3SETA 4FEDA 3UGWA 2DQVA 3CR9A 3T9XB 3VDFA 3K1NA 4NF4B 3TYHA 3FVKA 2H99A 4NF5B 1RYXA 3IORA 2Y84A 3ONMA 1CB6A 3UP9A 1URSA 1SI1A 5CRYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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