5ITPA

Structure of the periplasmic binding protein noct from a.tumefaciens in complex with octopine
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
YKSITIATEGSYAPYNFKDAGGKLIGFDIDLGNDLCKRMNIECKFVEQAWDGIIPSLTAGRYDAIMAAMGIQPAREKVIAFSRPYLLTPMTFLTTADSPLLKTQVAIENLPLDNITPEQKAELDKFTKIFEGVKFGVQAGTSHEAFMKQMMPSVQISTYDTIDNVVMDLKAGRIDASLASVSFLKPLTDKPDNKDLKMFGPRMTGGLFGKGVGVGIRKEDADLKALFDKAIDAAIADGTVQKLSQQWFGYDASP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Nopaline-binding periplasmic protein
publication title Fitness costs restrict niche expansion by generalist niche-constructing pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum
total genus 87
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5itpA02
5CMKA 2V3QA 4QFLA 1NKXA 3OEKA 1SW4A 3ZKLA 5CMCA 1TT1A 1SI1A 2NVUB 4F29A 1MXUA 2QL3A 4KI0E 3GBBA 2ONRA 4N6PA 4IY6A 2AL4A 2XXUA 5H8FB 4X1DA 3TTNA 3G3GA 1P1NA 5I2KA 2DWAA 2DVZA 3THIA 3PMXA 3W15C 1TXFA 2H9BA 1DOTA 5H8SA 4H8IA 3G3KA 4G68A 3N6UA 4MF3A 3GZGA 3V5AA 1JVYA 3K02A 3PU5A 1NL5A 2DOJA 3T9XB 4FE8A 2VD3A 1AH5A 4HTGA 3HCQA 1Y3PA 4U21A 3TCFA 1Q35A 3P7IA 3B7DA 2F36A 2FA7A 1MH3A 3IO6A 5CI5A 3T93B 3C31A 1GVCA 1SVXB 1OVBA 4X48A 3QUJA 4NWDA 2F7CA 1FQEA 3M3LA 4XKQA 4NWCA 1LLSA 2XXIA 2CZLA 2RC7A 3SKPA 2DWJA 3V83A 3H6WA 4XTCQ 5I58B 2HEUA 3N94A 4U23A 1IITA 3FJGA 4H8JA 3IB1A 3HO7A 2XXRA 2QS1A 1DTZA 1B58A 3QSLA 4OHNA 5IAIA 1FQBA 4U4XA 4YKIA 3LR1A 2O6AA 3RUMA 5H8HB 3TPAA 2H98A 2XHDA 2YJPA 4U2RA 4G4PA 4G8MA 3U94A 1XT8A 3B6QA 1T0KA 4DCYA 4Q0CA 3UGWA 1DPPA 1QKBA 2OZZA 1A54A 1GV8A 3SEWA 1A99A 1B52A 3HHGA 2OWTA 2O1MA 4TLLB 4TQUQ 4XIGQ 2XXQA 1N7XA 1YPNA 2HAUA 2Y7WA 3O29A 2PYYA 4E0XA 4GLIA 1QVSA 3TQLA 1XHYA 4IO6A 1OLCA 2DXRA 2I4CA 5I57A 4H67A 3OSQA 2VOZA 1UTHB 5EHMA 2RC8A 4WEPA 3VLUA 3CSBA 2HQ0A 4ZECA 4AB5A 1B5IA 2PX1A 4UA8A 4MH5A 3O2AA 4I62A 4DCXA 5I56B 4KCCA 1BLFA 3K00A 2O84X 3FGSA 3S9NC 3SEYA 3OEMA 4R6YA 4QHQA 5IKBA 1US4A 2WKYA 3R7XA 2GH9A 4M1VA 1EH3A 4YKJA 2ZYOA 4IY5A 1D3KA 4OESA 4PFWA 4RXLA 1A8EA 1H3DA 2RC9A 2GRVA 3Q26A 5H8QA 1QULA 4H65A 3SESA 1MY0A 2HCAA 4K3FA 1P1OA 4LQ2A 1PEBA 3I6VA 1URDA 1MY1A 1SDXA 4U1ZA 3HN0A 3H06B 2XD2A 4GQOA 4LZ5A 4P0GA 1MXWA 1S7YA 1M5CA 4EQ9A 4RJZA 2DE2A 5I59A 1MXVA 4OTEA 3QUFA 4GXSB 1VE4A 4ZZAA 2A5TB 3IOTA 1IEJA 3IORA 2NOOA 1FW0A 1QKAA 4X1BA 1WODA 4FAJA 1JEVA 3U1OA 1LFIA 5L9MA 2RKMA 2IEEA 3UA8A 2F35A 4R9GA 2HZLA 1RYOA 3HHFA 3MZBA 2RCAA 2M8CA 3IO4A 4ZE8A 1OQGA 2Y7RA 3H3GA 2O69A 1B3GA 3GBAA 3DP4A 1B3LA 3K6VA 1Z7NE 1EZ9A 3VXCA 3E13X 3FD3A 2E1SA 3TEPA 1MXZA 1I6BA 4O3AA 4YB6A 4F39A 2R6GE 4YU0A 2REGA 5ICTA 4LZ7A 3CFXA 4GRKA 3KBRA 3K0VA 2HZKA 3EHTA 4F2OA 4GL0A 1LSTA 4HCWA 1LCTA 4EXKA 2UYFA 3UORA 2UVGA 3FJMA 3TZAA 5AA4A 2I6EA 4G77A 3VFJA 4YMAA 3TFLA 2PT1A 5I2KB 3GLBA 4ZEDA 4Q8RA 1HSLA 3OENA 1IQ7A 3C35A 2Q9TA 4DXBA 3MC2A 3C34A 2QRYA 1R9LA 2DWIA 3QK6A 4THIA 3JYRA 4BDRA 3TKDA 3RT8A 3RQTA 5CMMA 5FHNA 4I9DA 4FATA 2RF1A 3QXMA 2O7UA 3IAZA 3TUSA 3VXBA 4F3BA 5AE4A 3A3CA 2QSXA 5KCJA 4DDDA 1NNTA 4QFKA 3N5LA 3PD8A 2ESNA 5TPAA 2XXXA 4NEDA 2XD3A 4JXIA 4GIZA 4R73A 1ZIUA 4POWA 1QUJA 3KJTA 2E0SA 1B5JA 1UTBA 2X7PA 3UIFA 1B05A 4WKMA 5JEIA 3M3KA 2Q2AA 2LAOA 4NMYA 3OD7A 4DE8A 4E0WA 4C1UA 3FXRA 3MQ9A 4U1OA 1VFDA 2R71A 4NF5A 5I84A 1B51A 3K2DA 1LAGE 3ZKKA 1JVXA 3TTLA 2UVIA 3WAEA 1JW5A 1MG1A 2QJEA 3CFLA 1Y4CA 2F7AA 4PQJA 4KYEA 3LC8A 3PPRA 4DZ1A 3KOTA 5DT6A 1FTLA 4OVJA 2F34A 3C33A 1FQAA 3FUZA 4RNSA 4F18A 3CVGA 4R6HA 5CRYA 1HSJA 1B46A 1ZBMA 5H8NB 1B0HA 3FJ7A 1ATGA 1BKAA 2Q2CA 4JDFA 4XKNA 3TCHA 1BTJA 1Y1ZA 1LB9A 4M4GA 3TODA 4OFOA 4LZ8A 2Z8EA 1Y4TA 3MVYA 5CMBA 2D5WA 1OVTA 1MPCA 2RINA 4R74A 1XVYA 4EDPA 3FATA 4EQBA 5I57B 4EF1A 1S9TA 1ZMGA 3PD9A 2P2AA 2HXWA 4OYVA 3GXAA 1FTKA 1LGBC 1OQHA 2P1SA 3USDA 1B7ZA 4QRZA 5TP9A 3WAFA 3W9WA 1IZ1A 3RLFE 1URGA 3PMVA 3F11A 1PBQA 2ALUA 2ONKE 3MW0A 1Z7ME 2H25A 2ZXTA 3MP8A 1Y20A 1MQDA 3Q27A 3DP6A 4TLMB 1DMBA 1GTKA 3VVFA 3A09A 4ZEFA 5HBCA 3FVNA 2G93A 2GHBA 3TTKA 3B6TA 1H44A 1FQFA 1MM7A 3DLNA 2OCUA 2I0CA 4F1UA 1NH8A 2ZMBA 5H8QB 1P1WA 4OFLA 3A3UA 3RNNA 3C9HA 2H99A 1O63A 3IJOB 3BFTA 5ITOA 4MBPA 4I1DA 3N6TA 2Z8FA 1AIVA 3Q28A 1MRPA 3JZJA 4R2FA 4TOZA 4QFPA 2DSFA 2HFBA 4YZZA 1H45A 3VVEA 3G3FA 3FVKA 2PT2A 3PPOA 2IA4A 2XXHA 2XXWA 3IR1A 3R26A 3EQ1A 3RT6B 4PE5B 2DWHA 1OLAA 1M5EA 3G3HA 2PBWA 3H6TA 1Y3NA 3PV0E 2O51A 1UIUA 2Y7PA 1IXIA 1A55A 3KN3A 3IOWA 3TAJA 5H8FA 5F7VA 4P0IA 4PETA 3S9EA 4KYSA 2G29A 4AQ4A 3ONMA 2CMOA 4IGTA 4LVQA 3HSTA 1L5TA 4OEVA 4OENA 1B32A 4Z0IA 4OXVA 1H76A 4U22A 1MPBA 1N3WA 4H5GA 3EHSA 3LBSA 3RTFB 2AIXA 4EUOA 2ABHA 4IO5A 5JK4A 4H1XA 4KCDA 3U92A 1M5FA 1MQHA 1CB6A 3DP8A 2V25A 4JSDA 3D4GA 5AA4B 1BP5A 4IO7A 4LA9A 3E9XA 1FCKA 3OELA 2XX8A 5KDTA 3IL1B 3MZ9A 3MUQA 1B4ZA 4F19A 2HAVA 4ONYA 2ZYMA 2THIA 3BKIB 1B7UA 4KHZE 4R9FA 1N84A 3OOAA 5L8DA 1SYIA 3QIMA 4JWYA 4ZE9A 1NFTA 2REJA 5CC2A 5I2NA 3KN8A 2QPQA 3DM0A 3S2VA 1PDAA 5ICQA 1USYH 5KCJB 1LFGA 4KR5A 2W7YA 4JSOA 4DLDA 4C0RA 4FORA 3FXQA 3MP6A 4GOTA 5TPAB 3E4RA 1LB8A 3KN7A 2FNCA 2OWSA 2UVJA 3O6HA 5CBRA 4H5FA 4HCYA 1B9JA 4R72A 1FTMA 1SW2A 3H4ZA 4EF2A 2UXAA 5JTYB 1YCJA 1RKMA 3N26A 1JNFA 4F31B 4IB2A 1YAEA 5FTHA 2I4BA 4DIGA 3SEVA 3MPKA 3QYTA 1ELJA 3AXFA 3TDJA 3K6XA 4NTLA 3OO7A 2I49A 3PGFA 4BLAA 3OXNA 4QFNA 3T22A 1D4NA 2DE3A 2FYIA 2Q89A 4G68C 3FZVA 5ISUA 4PFUA 3MVWA 1ZLQA 4GL8A 3IOVA 1A40A 3T9HB 1MQIA 1FQCA 2ZNUA 4ELOA 3OO8A 4N07A 3G3IA 4ZEIA 4GF8A 4KPTA 4NF8A 2AL5A 1UTHA 1PC3A 2XXPA 3IB2A 3KGCA 2ZNTA 3OMBA 3OO9A 1IXCA 2I3WA 2QMXA 2QS4A 1O64A 1MY3A 4GXAA 1M5BA 1WVJA 3TMGA 1A7LA 4POXA 3VVDA 3ILTB 3L6HA 1LAHE 4PFTA 3VLWA 3IOUA 4RK2A 3KG2A 2ZYKA 2Z22A 2F6PA 1WDNA 4IO3A 1I69A 2QS3A 4XXUA 3RTWB 3C4MA 4G68B 1LCFA 1SW1A 2DE4A 4YB5A 3IK6B 2DQVA 1SW5A 4NF4A 3HPIA 2XXTA 5EHSA 2NUVA 4U4SA 3MVZA 5TP9B 2V3TA 1MQGA 2BJJX 2DS9A 1Y3QA 5CM6A 5DYHA 4JBZA 3JV9A 4ZZEA 1F9BA 2H5YA 3PUXE 3IB0A 4OMBA 1H43A 3IX1A 4R2BA 4JWXA 2VD2A 3TELA 4OWDA 1P1UA 4F3SA 1SBPA 4RPNA 3CG1A 1JW4A 4LP2B 3S9LC 4JWOA 4OFJA 3UP9A 1J1NA 4ZDMA 1GR2A 1XC1A 1XVXA 2VP1A 3MVXA 3CRBA 1XS5A 2AYSA 4G8NA 4GD5A 4ZEBA 4OZ9A 3U93A 5HPQA 4XKPA 1PB9A 1USYE 1JETA 5AA1A 3FXUA 1EZPA 2I58A 3TTRA 4R75A 1B6HA 4YICA 1MM6A 1N0TA 1IXHA 1B40A 4YAHX 1M5DA 1ZKBA 1R9QA 1ANFA 3T9VA 4H0WA 1UIVA 2ONSA 3Q25A 3ILUB 4MLVA 3MPLA 3I3VA 1NNPA 3ZS6A 4LUBA 1TFDA 3OO6A 1IIWA 2V93A 4OETA 1PB8A 2I0BA 1NNFA 2YLNA 3KSXA 3B6WA 3S9MC 1D9VA 3RY3A 2F78A 2X7QA 3H6UA 3K1NA 4RA1A 5A5XA 3PMWA 3PPQA 3O28A 3M3FA 4ELRA 5ELVA 4YMBA 5DEXA 2ANJA 2I48A 1NH7A 2UVHA 1EZOA 3K01A 1AMFA 3O6GA 3U8QA 4NF6A 4I8CA 3LSWA 1AOVA 3G3JA 4BDQA 2Y7IA 4BDLA 1QUKA 3H03A 4FEDA 1DTGA 4R6KA 5KZTA 4BDNA 4F22A 4FEBA 1MH4A 3O66A 1B1HA 5K2XA 5KDTB 1O7TA 1YTVA 1AL3A 5J1DA 3T96B 3VE1B 2XX9A 2YPNA 1DSNA 3FIRA 5I2NB 2Y7KA 5AA2A 2F6GA 1Y9UA 2VGQA 1UQWA 4ECFA 5DVIA 3C32A 2P0SA 3LSLA 1KWHA 1VR5A 1GGGA 4ELQA 3VDFA 2PMSA 2Z23A 5L9SA 1XOCA 4QSCA 5I59B 4WXJA 5DTBA 1B0LA 5AA2D 2DXYA 4F3PA 2ZNSA 3SERA 2DYXA 3FV1A 4LATA 4RPOA 5FHMA 4OQOA 4N13A 3C36A 5B7DA 1POTA 3T9UA 3ODBA 5H8NA 3CI8A 4QSDA 1HSEA 1FTJA 3O97A 1DPEA 3BBRA 1MPDA 1POY1 4DXCA 1QW0A 4GWOA 4GVOA 3HV1A 1US5A 1ZJLA 3KEIA 5M2VA 1TWYA 1N3XA 3EN3A 4C1TA 1SD3A 4O3CA 2KLFA 4P11A 4UACA 3SEUA 3Q29A 2OK2A 3ECRA 1VSOA 3ZSFA 1QJMA 4NF8B 1SYHA 4Q30B 4PFYA 3LUYA 4PP0A 2PVUA 1NMUA 5BWJA 3CSGA 3K1MA 4L17A 1N04A 4QF9A 3SEXA 1I6QA 5AA3A 1R6ZA 3SDFA 4RY1A 2B3BA 1ZTYA 3RGYA 2Q8JA 3MZ1A 1JQFA 1LFHA 1ZU0A 2OLBA 3SETA 4BDOA 4HW8A 3VV5A 4ND9A 4EQ7A 2XXYA 1B7HA 3OSRA 2I3VA 4WEDA 1LAXA 4FECA 5I58A 1VFEA 1II5A 5HM4B 4X9TA 4NF4B 1EU8A 2F5XA 4LONB 3CR9A 4DXUA 4O3BA 2DVCA 4F1VA 2V3UA 2X26A 1S50A 2OJTA 4FIMA 3KOSA 1N7WA 3QAXA 4MFIA 1NNKA 3PUVE 1IXGA 5ITPA 5H8HA 1B3FA 4AB6A 4IO4A 2H4IA 2V84A 2D21A 3EPEA 4YB7A 4JB7A 3BFUA 5K2YA 1UTBB 2O7IA 4ESXA 1B5HA 3V89B 1OIBA 1MDP1 5CBSA 1PB7A 1BIYA 2B65A 1LBBA 4Q5TA 1P99A 4OEUA 2D3IA 4NF5B 1QUIA 1MY4A 3UN6A 3TQWA 3PUYE 3G7WA 4Z7EA 3MBPA 3KJ7A 1A8FA 4KQPA 4NE4A 3M8UA 1MXYA 2UYEA 3K6UA 5TU0A 1R1NA 3UK4A 2XXVA 3O9PA 4RYAA 4IO2A 3IJXB 3DELB 1SQYA 4ELPA 1OMPA 3VLVA 3CIJA 1Y1MA 4FJPA 2O1LA 4F2QA 2O68A 5I56A 2VHAA 5B70A 5EYFA 3V8XB 4G8HA 4YKKA 3FVOA 1CE2A 2Q88A 3RPWA 4H6DA 3EF7A 4MLQA 1MQJA 3R6UA 1N76A 5F1QA 3E3KA 3K4UA 1B4HA 4XKRA 2NWJA 2QS2A 4ZS9A 2QMWA 3CG3A 4KFQA 3PUWE 3K6WA 5BUUA 2OBGA 3I5OA 3KZGA 5A5XB 3EHUA 1FQDA 3T66A 1SI0A 4QFOA 3D4CA 2DP8A 5DEXB 3PPNA 2F8DA 3H7MA 1D9YA 3KFMA 1MY2A 3U72A 5DVJA 1MDQA 2XX7A 4YKPA 2ZYNA 4NF6B 3KSJA 2A5SA 3W9VA 3CFZA 3FASA 5FHOA 4F3GA 4IGRA 4ISUA 1B1XA 3K1PA 1JW1A 3RN8A 1I6AA 3LSXA 1B2HA 2GFEA 2Y84A 5DVFA 1URSA 1B3HA 5FTIA 3MAMA 1IUDA 1LAFE 2B3FA 4GFRA 2A5TA 1JEUA 3H6VA 2NXOA 1MS7A 4EXLA 3MWBA 5JTYA 1TFAA 3LSFB 3PPPA 3S4UA 3PUZE 3MJNA 4KYDA 4ESWA 1PBPA 4BDMA 1LBCA 1Q1KA 4ZEKA 5AA2B 4KD5A 1P1QA 1RYXA 4HS7A 1B3EA 2F7BA 4RK9A 3O6IA 2Z8DA 3FVGA 5L9OA 3TTMA 3L6GA 4QSEA 4LQ5A 2GHAA 2RCBA 1FTOA 3FV2A 3TCGA 1MXXA 3MP1A 2R9JA 5LOMA 4G2ZA 2F97A 3TYHA 4OERA 4F1YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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