5KDTA

Structure of the human glun1/glun2a lbd in complex with gne0723
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
280
structure length
278
Chain Sequence
DNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
publication title Discovery of GluN2A-Selective NMDA Receptor Positive Allosteric Modulators (PAMs): Tuning Deactivation Kinetics via Structure-Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 278
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kdtA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kdtA02
3U1OA 2Z8FA 3MC2A 4U1OA 3HO7A 3K1MA 3N6UA 4F3PA 1H45A 2UXAA 3FIRA 3ODBA 4I62A 1OVTA 4KD5A 3TAJA 3PPNA 3PPQA 3S4UA 3A3UA 3L6GA 5JTYB 2DOJA 4H8IA 2DWIA 2GFEA 4E0XA 3TZAA 4ELPA 4U4XA 4YAHX 2ALUA 2AL5A 1NNPA 4FATA 4GL0A 3HHGA 3TPAA 3T93B 1MY1A 1Y4CA 3MJNA 3MP6A 3CVGA 4N07A 1S50A 3G3FA 3TTKA 2XD3A 5H8QB 4EXKA 3KOSA 3RNNA 3S9MC 3RT8A 2D3IA 1FQBA 1FTLA 5BWJA 3TTMA 1MY2A 1UTBA 4HCWA 3A09A 1O63A 2QS4A 1M5EA 4IO2A 1Y9UA 4RA1A 1FTOA 2ZYMA 3K6WA 4XKRA 1DPEA 3K6VA 4G2ZA 4BLAA 3VV5A 2DSFA 3FV1A 4DXUA 2A5TA 5CC2A 3MVXA 4PFYA 3H6UA 5DTBA 3IX1A 2G29A 4OYVA 4JWYA 3IL1B 3QUFA 4PETA 4O3BA 3N94A 3MZBA 3TQLA 1OMPA 1Y3PA 5H8FA 4NE4A 2OWTA 1Y3QA 4KQPA 3KFMA 1WVJA 4TLMB 1S7YA 2V3QA 4F1UA 4LONB 1O7TA 1B3FA 4HCYA 4LP2B 4BDOA 3E3KA 4RK9A 1PB8A 3TCGA 1LBBA 3SEUA 3TMGA 1B2HA 3LR1A 4KCCA 1SYHA 3MVYA 4NEDA 3S9EA 4F29A 5L9SA 1IUDA 3T9HB 4XTCQ 2XXXA 4OFLA 4ZEKA 3RGYA 2I0BA 4LZ5A 3I3VA 3QXMA 1QULA 1B52A 5H8HA 1F9BA 2Y7WA 2REJA 3MP8A 1URGA 3O9PA 1NKXA 4F1YA 1JETA 1SQYA 3TELA 4WEDA 3KN7A 3IAZA 5FHOA 2FA7A 3IJOB 4KFQA 2P0SA 2DE4A 4Q0CA 2HZLA 2XX8A 4UA8A 2HAUA 1URDA 1I6AA 3KGCA 1PEBA 2NXOA 4IY5A 5K2XA 1QKAA 5I56B 3KN3A 4XKQA 4DCXA 2E0SA 1A55A 1Y3NA 3EF7A 4RK2A 1HSLA 1Y1ZA 2R71A 1JVXA 1P1QA 3K02A 4H5FA 3GZGA 4GF8A 4G8MA 2O1MA 3EN3A 5IKBA 1HSJA 3U93A 1ZU0A 1BTJA 3TTNA 1B46A 1AOVA 3LUYA 4MBPA 4QF9A 3EQ1A 4U2RA 3ONMA 4XKPA 1B40A 3I5OA 3SERA 3C32A 5CMCA 1PC3A 2HCAA 1B51A 1UTHB 4NF6A 4MLQA 1MQHA 3TYHA 2DXYA 4FAJA 1FTKA 3KJ7A 4H65A 2XXRA 3IB1A 4R9GA 1SW2A 4XIGQ 1P1UA 2Z22A 4DDDA 3BFUA 3L6HA 2RC8A 3VLWA 1PB7A 2Y7IA 4KYEA 4OVJA 1ANFA 1DPPA 3KEIA 1LFIA 1WODA 3ZSFA 3OOAA 5A5XB 1R1NA 1ZKBA 1YTVA 3K4UA 3P7IA 2VD2A 2V3TA 1CB6A 2G93A 3R6UA 5I59B 3G3IA 1P1NA 4PFTA 1SVXB 5CMMA 2XXVA 1IZ1A 3MBPA 1FQAA 5AA2A 1A99A 3FVNA 2KLFA 3CI8A 1Z7ME 1MQGA 5CMKA 5H8NB 1OLCA 4ZEBA 3T9UA 3PUZE 3H6VA 2UYFA 3IO4A 2AYSA 2QS1A 5DEXB 5F7VA 5I58B 2UVIA 3RTFB 1B05A 1UIVA 4X48A 2ONSA 3TCHA 3ILTB 1J1NA 1TFDA 2FYIA 4H1XA 3CFXA 4R9FA 4ND9A 3OELA 1B4ZA 4OXVA 2DVCA 2I49A 1ZIUA 3IOTA 3TQWA 3THIA 4P11A 5KCJA 2Y7KA 3CFZA 4JDFA 4OFOA 4M4GA 3C9HA 1MY0A 4F2QA 3E4RA 4H8JA 1N3WA 1Q35A 3S9NC 3FJ7A 4GLIA 4R2BA 3MP1A 2F34A 2CMOA 3OD7A 1XOCA 2XX9A 1VSOA 1S9TA 4G8HA 4F31B 1VFEA 4FEDA 1FTMA 1VE4A 4KCDA 1MDP1 1VFDA 4DZ1A 4GWOA 4YZZA 1Y4TA 1MY4A 2HAVA 2H25A 4OHNA 2F7AA 4IGRA 3PUVE 2AIXA 3BKIB 1A40A 1POY1 2QMWA 1B1HA 4WKMA 3GBAA 2OBGA 1MXZA 5EYFA 4C0RA 2RF1A 2V25A 2RCAA 4JWXA 3B6TA 1B3HA 1UTBB 2RKMA 2UVJA 3DLNA 3CIJA 2F6GA 1MH3A 1D3KA 3LC8A 4YB5A 4LATA 1IEJA 3O6IA 2OK2A 3UGWA 2Q89A 2CZLA 2FNCA 2A5TB 2XXYA 4P0IA 4YKJA 4THIA 4YKPA 1PB9A 3DP6A 4ONYA 3N5LA 1WDNA 1M5DA 1MDQA 4PQJA 3ECRA 5FHMA 3MPLA 4POWA 4QFPA 1SBPA 4LZ7A 3PPRA 1QJMA 2QS3A 4LA9A 1EU8A 4OEUA 2DWAA 1IXCA 4R6HA 1I69A 4M1VA 2F35A 4QSDA 1IXGA 3N6TA 4YB6A 1N3XA 2M8CA 3Q27A 4R6YA 1AL3A 4U23A 1AIVA 4JXIA 3FV2A 3G3GA 1NNFA 2HZKA 5ICTA 3IOVA 4F19A 2VP1A 3ZKLA 2X26A 5H8HB 4F3GA 5HPQA 1JW4A 3A3CA 2OCUA 3GXAA 4QFKA 3LSXA 4FORA 3HCQA 1I6QA 3UK4A 5H8SA 3SEVA 4GIZA 2F7CA 5CM6A 1QUJA 1POTA 2DVZA 2VOZA 3MZ1A 2I3VA 3VVEA 2QRYA 1D9YA 4EF1A 3EHUA 1EZ9A 2P1SA 4JBZA 2ZNSA 1NFTA 4ZS9A 2ZYOA 1GTKA 2PYYA 3LSLA 4XKNA 1TWYA 1H3DA 3UP9A 4EXLA 1FQCA 1SDXA 4ZDMA 3K1NA 4DLDA 1N04A 1USYE 4GXAA 3TUSA 3RPWA 2VHAA 4R73A 3KSJA 2O84X 4C1TA 4DXCA 4H0WA 4NF8A 4HW8A 3TODA 1B3EA 2Q2CA 3EHTA 3LBSA 2ZMBA 5BUUA 5TU0A 3CSBA 4TQUQ 1MY3A 5TP9B 4GVOA 3FVGA 3DP8A 2Z8EA 1JVYA 1B4HA 3JYRA 4O3CA 1B5IA 1MPBA 3FXRA 2PT1A 3O6GA 3FD3A 1AMFA 4F2OA 1H44A 2QPQA 2WKYA 2O69A 3QYTA 3QK6A 1D4NA 3FXUA 3MQ9A 5JEIA 3OSQA 5I2NB 4JB7A 4G77A 1L5TA 3M3LA 1XT8A 4F1VA 4N6PA 1SYIA 1LCTA 4QFNA 3JV9A 4PE5B 3MAMA 4OZ9A 1LSTA 5FHNA 1B9JA 3RY3A 2V93A 1MQJA 4N13A 1JNFA 1B32A 3Q28A 2RC9A 3SEWA 1BLFA 1O64A 3MVWA 3T96B 4QFLA 4YMBA 4NMYA 1B5HA 5CI5A 2YPNA 3H7MA 1SW1A 3B6QA 3Q26A 3TTRA 1OQHA 2XXUA 1R9QA 1B5JA 1OIBA 1Q1KA 2UVHA 1IITA 4BDRA 3IOUA 3IB0A 2F36A 4DE8A 5ITOA 4U4SA 2XHDA 4Q5TA 4MF3A 2ZYKA 4ZE9A 1LAXA 4RXLA 2QS2A 5FTIA 4IO5A 4BDLA 3KSXA 3ILUB 4OWDA 5ELVA 2O7IA 3MUQA 3VXCA 3RQTA 5AA4A 2D5WA 3SKPA 4QHQA 3Q25A 3W9WA 3R26A 4G68A 3IB2A 1M5CA 1EZPA 4AB5A 1MXYA 4TOZA 1IXHA 2H9BA 3K6UA 4NTLA 4GFRA 3MZ9A 2A5SA 1P99A 3IR1A 3O97A 3PPPA 3C34A 2NWJA 4R74A 4OENA 1LBCA 1A8EA 1TFAA 4YU0A 3F11A 4WEPA 1YAEA 4BDMA 4GXSB 1US5A 3GBBA 2XXQA 3RT6B 3VDFA 1GV8A 2ZNUA 3C33A 2Q88A 3N26A 1LLSA 2BJJX 5CBSA 3PMXA 1FQDA 1ZJLA 3S2VA 4ZECA 5I57B 2RCBA 2XXPA 1DSNA 4EQ9A 5AA1A 4HS7A 2AL4A 5F1QA 5HM4B 1MPDA 2Q8JA 3ZS6A 1XS5A 5AE4A 4KR5A 2B65A 1SI0A 3CG3A 1DTZA 3USDA 3LSWA 2I4BA 3VVFA 1B3GA 5ITPA 3C35A 5ICQA 5CBRA 4QSCA 3MW0A 4MLVA 4Q30B 1LGBC 2B3FA 3ZKKA 2DYXA 1LFGA 3U8QA 3C36A 1TT1A 2F5XA 4ZE8A 3V5AA 1UTHA 1DTGA 4KYSA 1N7XA 1II5A 3QUJA 3G3JA 2ABHA 1JEUA 3OEMA 4BDNA 4DXBA 4EUOA 2O1LA 4OEVA 3T66A 3FZVA 1PBPA 4IGTA 2O7UA 3FASA 4RPNA 1B6HA 1NH8A 1B3LA 1NNTA 2Q2AA 4EDPA 1P1OA 1RYOA 5JK4A 5TPAA 1GR2A 4RY1A 3FJGA 3K2DA 1DMBA 3AXFA 3V8XB 5I59A 1MM6A 4I8CA 4X1DA 1GGGA 3EPEA 1LB8A 4UACA 2ONRA 1ZMGA 2ZNTA 1QKBA 1JW1A 1MQIA 3KN8A 4PP0A 2GH9A 3PMVA 2RINA 3BBRA 4Z7EA 3E9XA 3IK6B 4R75A 2PX1A 2Y7PA 5EHSA 4OERA 5H8NA 1SD3A 4IO7A 4TLLB 1NMUA 1NNKA 2ZYNA 1ZBMA 4IY6A 4LZ8A 3JZJA 4C1UA 5H8FB 5KDTA 1RYXA 2D21A 1OLAA 4LQ5A 3R7XA 4F22A 3OO9A 3B6WA 4Q8RA 4R2FA 3QAXA 5HBCA 2OLBA 3VXBA 4YKIA 3CRBA 3V89B 3H6WA 5DVJA 2XXWA 4YB7A 3W9VA 4JSOA 3U94A 4IO3A 3PU5A 4NF4A 3G3KA 3FVOA 2DQVA 4FEBA 2QMXA 4POXA 3QSLA 2YJPA 1ZLQA 3PD9A 2H98A 2PMSA 2HFBA 4G4PA 1SW4A 4U1ZA 3GLBA 3I6VA 1MS7A 3RUMA 1B7ZA 1UIUA 1AH5A 4FE8A 5CRYA 3TCFA 4H67A 3O2AA 4O3AA 5I2KA 3TFLA 3SETA 4KHZE 3VVDA 1YPNA 4F39A 3KJTA 1MQDA 2F97A 4AQ4A 3K00A 2GHBA 3LSFB 3IJXB 3OO7A 1LCFA 4RPOA 2IA4A 4ZEFA 1DOTA 3RTWB 1A7LA 1KWHA 5L9OA 3PV0E 1ELJA 3G3HA 1EH3A 4XXUA 2YLNA 1URSA 3VLVA 3OO8A 1JQFA 4OTEA 4EQBA 3SESA 3E13X 5LOMA 4JWOA 2DP8A 3H03A 3K0VA 5B70A 2REGA 4ZZEA 2VD3A 2HQ0A 3VE1B 3BFTA 4EQ7A 3PUYE 4NWCA 4NF6B 1XVYA 4E0WA 4NF5A 3HHFA 1EZOA 1PDAA 4LQ2A 3EHSA 4FECA 5AA4B 4QFOA 1MG1A 3V83A 4G68B 5B7DA 3SDFA 3O6HA 2F8DA 3KBRA 3PMWA 1JEVA 5DYHA 4G68C 1XHYA 1FCKA 2Z23A 3W15C 3U72A 1MH4A 5JTYA 1R6ZA 4GOTA 2IEEA 2XXTA 2GRVA 3PGFA 2H5YA 1MM7A 1GVCA 1B7UA 3D4CA 2Z8DA 4RNSA 5AA2B 4F18A 3DP4A 4U21A 4OFJA 4R6KA 4LUBA 1NH7A 5EHMA 1H76A 1ATGA 2O68A 1YCJA 5H8QA 1TXFA 5AA2D 4KYDA 3RLFE 1RKMA 3M3KA 4X1BA 3PUWE 4IB2A 4YICA 4GL8A 1FTJA 3WAEA 4DCYA 3H06B 1LB9A 1N7WA 3O66A 1JW5A 3H6TA 4IO4A 4RJZA 1MRPA 4WXJA 3OSRA 3QIMA 2VGQA 1IIWA 5KCJB 2DS9A 2I6EA 4ISUA 2PBWA 2W7YA 4F3SA 4ELQA 3VLUA 4FIMA 3H4ZA 4KI0E 2PVUA 1A54A 3IORA 3OEKA 2DXRA 3TTLA 3TKDA 1B1XA 5AA3A 1A8FA 5DVIA 3HPIA 2XX7A 2I58A 4P0GA 1NL5A 2V84A 1QVSA 4F3BA 3K1PA 3TEPA 4ZEDA 3FGSA 5IAIA 2ZXTA 4GRKA 4I1DA 4RYAA 3PPOA 2Y84A 1B7HA 1XC1A 3HSTA 2P2AA 1B0LA 4QSEA 3FVKA 1LAFE 2H4IA 4FJPA 4OQOA 5TP9A 2V3UA 4OMBA 1R9LA 2XXIA 4H6DA 3T9VA 1B0HA 3B7DA 3O29A 3OENA 3OMBA 4G8NA 3OXNA 2RC7A 4ESXA 1MXVA 2I0CA 5TPAB 1Z7NE 5KZTA 4LVQA 4ZEIA 3FATA 3UIFA 2O6AA 1N76A 3M8UA 5I2NA 4U22A 4QRZA 4YKKA 1IQ7A 1MXXA 4BDQA 2I3WA 1VR5A 3PUXE 4PFWA 4H5GA 1I6BA 1US4A 5I84A 1LFHA 1T0KA 1QW0A 2OZZA 3UN6A 2E1SA 3T22A 2ESNA 2UVGA 3WAFA 3G7WA 4YMAA 5I56A 4MFIA 1PBQA 4NWDA 3MPKA 1OQGA 3IOWA 1BP5A 1HSEA 1ZTYA 5KDTB 3U92A 2X7QA 3MVZA 2UYEA 2X7PA 3K6XA 3CG1A 4I9DA 3H3GA 4ELOA 2HEUA 1SI1A 1LAGE 1Y20A 2DE3A 1USYH 1MPCA 3T9XB 1H43A 3CSGA 3FJMA 2NVUB 3FUZA 3K01A 2DWJA 2I4CA 3CR9A 1QUIA 5M2VA 4NF4B 4Z0IA 5L8DA 3IO6A 2LAOA 1MXWA 1FW0A 2F6PA 2H99A 5FTHA 3Q29A 4MH5A 1FQEA 3D4GA 2B3BA 2NOOA 1MXUA 2XD2A 4AB6A 4DIGA 4X9TA 5J1DA 1SW5A 3OO6A 3M3FA 2OJTA 3SEXA 3MWBA 2THIA 5A5XA 5ISUA 1XVXA 4OESA 4EF2A 5I2KB 1B58A 5DT6A 1CE2A 2F7BA 5CMBA 5DVFA 2I48A 5L9MA 1UQWA 4GQOA 4ECFA 2PT2A 3KZGA 2OWSA 1IXIA 4ZZAA 3O28A 3SEYA 2O51A 2NUVA 2QL3A 3KG2A 2ONKE 1QUKA 3UORA 1BIYA 2HXWA 3C4MA 4L17A 1M5FA 1BKAA 4KPTA 3DM0A 4PFUA 2DE2A 3HN0A 5I57A 1FQFA 3DELB 3HV1A 5DEXA 4HTGA 2QJEA 2R9JA 3S9LC 5I58A 1D9VA 2ANJA 1LAHE 1P1WA 4GD5A 4JSDA 3RN8A 2F78A 4NF8B 3UA8A 2Q9TA 2DWHA 1Y1MA 1N0TA 1OVBA 1N84A 3VFJA 2R6GE 3CFLA 4OETA 2QSXA 4IO6A 4NF5B 3C31A 4ESWA 3KOTA 2XXHA 1M5BA 3PD8A 4K3FA 2Y7RA 3FXQA 5K2YA 4ELRA 2GHAA 4R72A 3TDJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3U1O A;  2Z8F A;  3MC2 A;  4U1O A;  3HO7 A;  3K1M A;  3N6U A;  4F3P A;  1H45 A;  2UXA A;  3FIR A;  3ODB A;  4I62 A;  1OVT A;  2QFL A;  4KD5 A;  3TAJ A;  3PPN A;  3PPQ A;  3S4U A;  3A3U A;  3L6G A;  5JTY B;  4P8B A;  2DOJ A;  4H8I A;  2B4M A;  2DWI A;  2GFE A;  3MYU A;  2VT5 A;  4E0X A;  3TZA A;  4ELP A;  4U4X A;  4YAH X;  2ALU A;  2AL5 A;  1IMD A;  1NNP A;  4FAT A;  4GL0 A;  3HHG A;  3TPA A;  3T93 B;  1MY1 A;  2F3B A;  1Y4C A;  3MJN A;  1FPJ A;  3MP6 A;  3CVG A;  4N07 A;  4PBQ A;  1S50 A;  3G3F A;  4XEQ A;  3TTK A;  5IGA A;  2XD3 A;  5H8Q B;  4EXK A;  3KOS A;  3RNN A;  3S9M C;  3RT8 A;  2D3I A;  1FQB A;  1FTL A;  5BWJ A;  3TTM A;  5ESY A;  1MY2 A;  1UTB A;  4HCW A;  3RYD A;  3A09 A;  1G0I A;  1O63 A;  2QS4 A;  1M5E A;  4IO2 A;  4NGU A;  1Y9U A;  4H46 A;  4N6K A;  1INP A;  4RA1 A;  1FTO A;  2ZYM A;  3K6W A;  4XKR A;  1DPE A;  3K6V A;  4G2Z A;  4BLA A;  3VV5 A;  3KC1 A;  2DSF A;  3FV1 A;  1NV3 A;  4MJO A;  4DXU A;  2A5T A;  4GWU A;  5CC2 A;  1NUZ A;  3MVX A;  4PFY A;  3H6U A;  5DTB A;  3IX1 A; 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