5KZTA

Listeria monocytogenes oppa bound to peptide
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
518
structure length
509
Chain Sequence
SGEQVLNLTESALIPSADSTKADDQVGLNVVNQTNEGLYALDKDGIPAIAGAAEEPKISDDKTVYTIKLREDAKWSNGDPVTANDYVYSWRRAVDPNTAATYSYLFDAIKNGGDIVAGKKKPEELGIKAVDDYTLEVTLSKPTAYINSLFAFPTFFPLNEKFVTEKGEKYAQNSDNMLFNGPFELKDWTGTNKKWTYVKNDKYWDKDKVKLKQINVQVVQDSGTGLNLYNTDKVDRTVLSADYAAQNKNNKDYVTVNNSSTFYIKFNQKRAGKDTVFANKNIRKAIALAIDKQSYTDTVLKNGSKPANNLVPEGFTFDPGNKEDYTKESGKHLEYDVKEAQKAWKAGLKELGVNEITVEFTSDDTENARKSSEFIQDQLQKNLDGLTVKLKNVPFKVRLQNDQNQDYDFSMSGWGPDYQDPSTFLDLFVTDGAQNRMSYSNKDYDKILNDQKRWDEMVKAEKILLTDDVAIQPLYQRSTAYLQKDYIKNLQKNPFGPDYTYKETYLTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords Peptide/nickel transport system substrate-binding protein
publication title Listeria monocytogenes OppA bound to peptide
rcsb
source organism Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403s)
total genus 180
structure length 509
sequence length 518
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5kztA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kztA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5kztA02
5CBRA 2DE2A 2AIXA 5CMCA 2DYXA 1FQDA 5L8DA 2V25A 4G77A 1QKBA 3QXMA 1Q1KA 1GTKA 4R9FA 2QS1A 4F1UA 3K6WA 3GLBA 4F3SA 1XC1A 3M3LA 2ONSA 1TWYA 4ZECA 3B6TA 4OQOA 3R26A 4GD5A 2HQ0A 2P2AA 3EHSA 4ZE8A 1M5FA 1B6HA 1VFDA 1XVYA 3W15C 3SEUA 1H43A 3SETA 3O29A 3OXNA 2QS4A 4H5FA 3FIRA 2Q9TA 4XKNA 3B6QA 4X9TA 4FIMA 1I69A 3SEYA 3G3GA 3C35A 4R6YA 3FXUA 2QL3A 3TFLA 2QRYA 1LFGA 3ODBA 3LSFB 1FTKA 2A5TA 4MLVA 1RYOA 2HAVA 4RPOA 3KJTA 3GBAA 4FEDA 1MM7A 3I5OA 4RK9A 1B3GA 4MF3A 1ZTYA 3S4UA 1H3DA 2Z22A 3TODA 5K2XA 2GRVA 3TZAA 2VD3A 1D3KA 4XKQA 3RQTA 1Y1ZA 3VLUA 4OHNA 2Z8DA 3DELB 2WOLA 2PBWA 3GZGA 3DRHA 3KG2A 4OZ9A 2D5WA 1SYIA 5JK4A 1MPBA 4ELPA 4GXSB 3RNNA 1QKAA 4LA9A 3LC8A 1PB8A 1URSA 3DRIA 3MZBA 3SEVA 1VSOA 3T9UA 3TYHA 4BDOA 1DTZA 4X48A 4ONYA 3PUVE 3K6XA 2O1MA 3OEKA 1H44A 1GGGA 2O84X 4DXCA 3KN7A 2ZNTA 3Q25A 4OFJA 3BFUA 3ILTB 4IO5A 2DP8A 4NF6B 3CFZA 3OO7A 1LGBC 2UYEA 1I6BA 2ZMBA 5KDTA 1Y20A 3PMVA 4OEUA 2O7IA 1DPPA 1OIBA 2F5XA 1LAGE 4I62A 1SW5A 3MZ9A 3O66A 3QUFA 2XXXA 2W7YA 4QRZA 2O1LA 1N3XA 2R9JA 4OVJA 1SW1A 1O64A 3MVYA 3T9HB 3U93A 3IORA 1GR2A 4G2ZA 5AA3A 4R6HA 3EF7A 4N6PA 4DXUA 3SDFA 3TELA 3FV2A 5TU0A 1UIVA 4U4XA 3SESA 3V89B 3TCGA 1IXGA 5I2KA 3FASA 2UXAA 4ZEDA 3U94A 1LFIA 2PT1A 2A5TB 1B1XA 1OVBA 3S2VA 1B3HA 1OMPA 3L6GA 4NWCA 1FQFA 3MPKA 3O2AA 4H5GA 4THIA 4F2OA 4PP0A 4LVQA 4E0WA 4LZ7A 3HV1A 4F39A 1JVYA 2PMSA 3T93B 2M8CA 1LB8A 3DRJA 1XS5A 4F18A 3R6UA 3FVNA 5A5XA 3K1MA 4WEDA 1POTA 3RYBA 1ZLQA 1JW5A 3EQ1A 4BLAA 2UYFA 2XXQA 1NNFA 1B0LA 4ZEIA 3T96B 4G68C 2QS3A 3H6VA 2H99A 5DVJA 3M3KA 2XX7A 1PBPA 4DDDA 2RCBA 4U23A 1BKAA 2PX1A 3OENA 4X1DA 4LQ5A 1PC3A 3VVDA 1IXCA 3RY3A 1B7HA 3LVUA 1WDNA 3JYRA 3OSQA 2F36A 4ELQA 4G68A 4JSDA 1MS7A 2XXHA 1AL3A 1LB9A 3RT6B 1A54A 1ATGA 2PT2A 5H8SA 4F1YA 1MPCA 3DP6A 3PD8A 1NFTA 1PEBA 2B4MA 5KDTB 3FZVA 5H8QA 5CMMA 1FTMA 3IOVA 2HZKA 3K0VA 4DCYA 3MP6A 2QPQA 2I48A 3TEPA 2RINA 4YU0A 2Z8EA 4F19A 3MQ9A 1MG1A 3F11A 4Z7EA 2OCUA 4L17A 2Q2AA 1B1HA 5I2NA 1ZBMA 2V93A 3TAJA 5J1DA 2I0CA 4PFUA 3U1OA 1R9QA 1B0HA 3PMXA 4C1UA 5I2KB 3I3VA 2ZYKA 3C31A 5DEXA 3FVGA 2F6PA 3Q27A 4RYAA 3DRKA 2F34A 2F6GA 5EHSA 4P0IA 5HPQA 4NEDA 2I58A 4QSCA 1QUIA 2HXWA 3VVFA 3HHGA 3H06B 1P99A 5H8HA 1I6QA 3SERA 3BBRA 4F31B 1JETA 2GHAA 4KFQA 4R2FA 5CM6A 1GVCA 3H03A 3MVWA 3MW0A 1B5HA 3LSLA 5A5XB 5TPAA 1A99A 2D21A 4HCYA 3EPEA 1JQFA 1P1UA 3H6TA 3CFLA 4AB5A 5L9MA 1NL5A 4U21A 4ELRA 2I4CA 1S9TA 4JDFA 1DTGA 3VE1B 5B70A 1Y3PA 1MM6A 3QYTA 3IX1A 3HSTA 4GFRA 1CE2A 3SEWA 1ZU0A 3MAMA 5F1QA 1HSJA 3KOTA 2H25A 1MRPA 4G68B 2ZYMA 3U8QA 1TXFA 3IB0A 1ANFA 2ANJA 2O6AA 2Q89A 4H8IA 2Q8JA 4BDLA 2Y7IA 2I3VA 1MXVA 2DOJA 5H8QB 2ZYNA 1N04A 1H45A 4NF5A 3HO7A 3S9MC 1QW0A 3PPPA 3FXRA 4QF9A 5KZTA 1Z7ME 3TKDA 1US4A 2G29A 1B3FA 4XXUA 3IL1B 1B52A 3TTRA 2FYIA 2B3FA 4NF6A 3G7WA 3PU5A 4OYVA 1B2HA 4ZEFA 3Q29A 1A55A 4EDPA 3OO6A 3FJ7A 3CVGA 3R7XA 5I2NB 2DWAA 5H8FA 1URGA 2F35A 3K00A 3PPRA 4U1OA 3S9NC 1EZOA 4QSDA 1Y9UA 1P1WA 1IQ7A 1MQIA 3IB1A 3IJOB 4TLMB 5DVFA 4KD5A 4Q5TA 3OO9A 5DEXB 1B7UA 1BIYA 1P1NA 4H8JA 3OD7A 4POXA 4YMAA 3E4RA 1P1OA 4X1BA 2ZYOA 4NMYA 3C36A 2XXTA 3S9EA 3K2DA 2B3BA 3MPLA 3FATA 4YKKA 2E1SA 2X26A 3EN3A 5H8HB 2ZNUA 3I6VA 1ELJA 1B3EA 5BWJA 1LBCA 4RY1A 4MBPA 4O3BA 1UIUA 1Q35A 3T9XB 3CRBA 4U1ZA 5IKBA 4JB7A 1UTBA 2UVGA 1A7LA 5KCJA 1TT1A 5TPAB 2B4LA 3VVEA 2F7AA 4RNSA 4GL8A 3T22A 5L9SA 3CG3A 3UA8A 3LSWA 4EQ9A 3G3IA 4PFWA 2V3QA 1MXWA 4JSOA 1B05A 4KR5A 4BDQA 1ZJLA 1SDXA 1NNKA 2HEUA 5AE4A 1DSNA 2XHDA 3L6HA 3K6UA 5HBCA 1IXIA 1H76A 3IOTA 1LLSA 3FTOA 4PETA 1WVJA 5I57A 4OMBA 4OXVA 3E13X 4H1XA 2RC8A 4QFLA 4RJZA 4PFYA 3TMGA 4JXIA 1FW0A 3IO6A 3A09A 1L5TA 4OERA 2XD2A 4YZZA 2DWJA 1MY1A 4NF5B 4GVOA 3K1PA 4GF8A 3U72A 2YLNA 1OVTA 3C9HA 4QFPA 5EHMA 2OZZA 1VR5A 3RUMA 3PPQA 1D9YA 5I58A 4AB6A 1PB7A 1FQAA 3VXCA 3FVOA 3DRFA 3LBSA 5H8FB 3FV1A 1LAXA 2I0BA 1TFAA 4OENA 1MQDA 1S7YA 1FQEA 4OWDA 1MH3A 4ECFA 1S50A 2DS9A 2NVUB 4G8NA 1FQCA 4N07A 5DTBA 2VHAA 1QJMA 1XVXA 2D3IA 2LAOA 3O6HA 3VDFA 3ZKKA 3PUYE 2Y7PA 2REGA 3PPNA 4GXAA 1M5EA 5DYHA 1BTJA 4UA8A 5I56A 3OSRA 2DVZA 1Y3QA 1M5CA 3SEXA 2XXUA 4YB6A 2H98A 4FATA 5CC2A 1SW2A 4XIGQ 3VV5A 2REJA 4OFOA 4YKPA 1XHYA 2O69A 1NNPA 1UTBB 3K6VA 5BUUA 1N0TA 1N7WA 2NUVA 4EQBA 5I59A 5KCJB 3N6UA 5IAIA 2RCAA 2HCAA 1B5JA 5ICTA 4LONB 3H4ZA 4C0RA 1XT8A 1USYE 2UVHA 2ALUA 4ELOA 4G8HA 1EU8A 5FTIA 1Y3NA 4UACA 4I8CA 1QUKA 3FGSA 1JW1A 3KOSA 3TTNA 3QAXA 2XXYA 2GH9A 3KSXA 3ZS6A 2DSFA 2B65A 4QSEA 4YB5A 3VLWA 2VD2A 3K01A 4OFLA 4LUBA 5LOMA 2I6EA 1B7ZA 5I57B 1R1NA 3W9VA 1RKMA 1YCJA 4HS7A 1OLCA 2XXWA 3EHUA 4FECA 1T0KA 3RYAA 4LZ5A 2VGQA 1B9JA 3CI8A 3CSGA 5FHNA 4RXLA 1MPDA 3CIJA 1DMBA 2F78A 4POWA 3FUZA 2HZLA 4F22A 2R71A 2ONKE 4JWOA 3KSJA 4PE5B 1B51A 3KN3A 5I58B 2O68A 3KFMA 2DE4A 3RT8A 2X7QA 3MVXA 2XXIA 1SD3A 2OBGA 4DIGA 1VFEA 5ISUA 4QFOA 4ZEKA 4GIZA 1OQHA 4WEPA 3H6WA 5AA2D 2KLFA 2HAUA 4IB2A 3RGYA 2YJPA 2GHBA 3MWBA 2YPNA 4GWOA 3H7MA 3KJ7A 1HSLA 5I56B 1JEUA 3MZ1A 4IO7A 2VOZA 4ND9A 1CB6A 3MBPA 3V83A 2XX9A 4MFIA 3C33A 3KZGA 5I59B 1B58A 5AA2A 1IITA 4KQPA 1B3LA 3IR1A 4PQJA 3MC2A 1LCFA 1NH7A 3USDA 4O3CA 5ITPA 3CG1A 4F29A 2ONRA 3KGCA 4EF1A 4YMBA 5JEIA 5CBSA 2AL5A 1EH3A 3DM0A 4NF4A 5L9OA 1MDQA 1A8EA 4TQUQ 3PD9A 3BFTA 1MQGA 1NNTA 3S9LC 1PB9A 4EXKA 4WXJA 3IO4A 4YICA 2O7UA 2I4BA 1KWHA 4YAHX 4DE8A 3IJXB 1B5IA 1SYHA 3VXBA 2Y7KA 4DZ1A 1QUJA 3ECRA 3QSLA 3RN8A 2NOOA 2AYSA 3C32A 4KYSA 2GFEA 1US5A 1ZMGA 3TTMA 2F7CA 1SI0A 3ZSFA 3T66A 3G3HA 4F2QA 4KYEA 2VP1A 3UP9A 3KN8A 1JEVA 2R6GE 4H65A 4EUOA 1SQYA 4MLQA 2UVJA 3Q28A 4YB7A 1MY0A 3DP4A 4ZE9A 4JWXA 4BDRA 3AXFA 2AL4A 1P1QA 4OEVA 1J1NA 1O63A 1MXXA 3DLNA 3PV0E 1MDP1 3O6GA 3UN6A 2UVIA 2DXYA 1B40A 2XXPA 1N84A 3OO8A 3TCFA 2F97A 3FXQA 2RC7A 1Y4CA 3V5AA 3PGFA 4KCCA 4I9DA 3LR1A 4G4PA 3ILUB 3GXAA 3G3FA 1MXYA 1URDA 3H6UA 5ITOA 4QFKA 2F8DA 4IGRA 2Y7WA 1IXHA 4R75A 2QJEA 4E0XA 1I6AA 2ZXTA 4RA1A 1Y1MA 5AA4A 3MUQA 4I1DA 4JBZA 4QFNA 4F3PA 4R2BA 4QHQA 5AA2B 1QVSA 4IO3A 1OLAA 2CMOA 3MVZA 2BJJX 3RLFE 3HN0A 5CMKA 1AH5A 2H9BA 5F7VA 3OOAA 4R72A 1FTLA 4TOZA 1AIVA 1IEJA 4R74A 3IAZA 1BLFA 1MY2A 5JTYA 3PUWE 4NF4B 2QS2A 4GRKA 5AA1A 4ESXA 3TPAA 2RKMA 1AOVA 3N6TA 3IOWA 1EZPA 1VE4A 3VLVA 1LBBA 2DXRA 4JWYA 5CI5A 3G3KA 3TUSA 4HW8A 4Q30B 1DOTA 1D9VA 3UK4A 3CR9A 3U92A 5CMBA 2P0SA 4R9GA 4EF2A 4M1VA 3BKIB 3K4UA 4XKPA 2DQVA 4ZDMA 2Z23A 3KBRA 3OMBA 2Q88A 1R6ZA 3B7DA 4C1TA 1YTVA 3JV9A 1SI1A 2QSXA 4IY5A 3UIFA 1M5DA 4LATA 4LQ2A 1NMUA 1PDAA 4XTCQ 3B6WA 4G8MA 1HSEA 3Q26A 1MQJA 3O6PA 2OK2A 4KYDA 5ICQA 1BP5A 1JVXA 3T9VA 2OJTA 4F1VA 2OWSA 3WAFA 3K02A 2NXOA 4MH5A 4PFTA 2G93A 3E3KA 3JZJA 5H8NA 3O6IA 3CSBA 2FNCA 4R6KA 4U22A 4XKRA 3N26A 5K2YA 2FA7A 2XXVA 1MXZA 5TP9A 3RTWB 5DVIA 2A5SA 1M5BA 1UQWA 3PMWA 5ELVA 5EYFA 1Y4TA 4FE8A 2Z8FA 1Z7NE 4M4GA 4H0WA 1A40A 1LAHE 3RPWA 1LCTA 1FTOA 4P0GA 5AA4B 1UTHA 3V8XB 3P7IA 2I49A 1XOCA 2V3UA 4ZZAA 3PPOA 1SW4A 3W9WA 3IB2A 1IUDA 4H6DA 4P11A 3WAEA 4ZEBA 2RF1A 1B4HA 4YKIA 4DCXA 3RTFB 3FJMA 5DT6A 4FEBA 5HM4B 1PBQA 3OEMA 4GL0A 3O9PA 4EQ7A 4NF8A 1JW4A 4DXBA 4KI0E 5JTYB 3D4CA 3TQWA 1F9BA 2ABHA 1LAFE 4KCDA 1EZ9A 1N76A 4GLIA 2H5YA 1ZKBA 2XD3A 1N3WA 4GOTA 2P1SA 3IOUA 4F3BA 1IZ1A 3DP8A 4ZZEA 2DWIA 2WKYA 3SKPA 2ESNA 4RPNA 1B32A 1FCKA 4NTLA 1OQGA 1AMFA 2DVCA 5FTHA 1DPEA 3H3GA 3MP1A 3EHTA 3KEIA 1RYXA 5FHOA 5I84A 4IO6A 2DWHA 4F3GA 2CZLA 2XXRA 5CRYA 2Y84A 4NWDA 4ESWA 4HCWA 1O7TA 3FVKA 1IIWA 4ZS9A 4AQ4A 2OLBA 4NE4A 1USYH 4TLLB 3QIMA 1R9LA 3OELA 3TTKA 4R73A 1MH4A 3CFXA 5H8NB 4LP2B 4BDNA 1ZIUA 3K1NA 2Q2CA 2Y7RA 3UORA 3O28A 1YAEA 4KHZE 1NKXA 3CHGA 3C34A 3G3JA 3O97A 5TP9B 2WOPA 4RK2A 1SVXB 2X7PA 2F7BA 3QUJA 4IO2A 3THIA 1QULA 2IA4A 3ZKLA 1UTHB 3E9XA 2PVUA 2RC9A 1N7XA 2XX8A 2V3TA 1NH8A 2I3WA 1TFDA 2ZNSA 3QK6A 1YPNA 4IY6A 3TQLA 4NF8B 3TCHA 2THIA 1WODA 4YKJA 4FORA 1SBPA 1B46A 4EXLA 1B4ZA 2E0SA 1MY3A 3LSXA 4HTGA 3LUYA 3FJGA 3C4MA 2QMXA 1II5A 1MQHA 1JNFA 1A8FA 3ONMA 3HPIA 3MJNA 4FAJA 4KPTA 1FTJA 3DRGA 4N13A 2WOKA 3TDJA 4Q0CA 3N94A 2H4IA 4U2RA 1D4NA 5M2VA 3HCQA 4ISUA 4OTEA 5FHMA 3A3CA 1MXUA 2OWTA 3UGWA 4U4SA 3TTLA 2HFBA 2V84A 3A3UA 2PYYA 4OESA 3HHFA 1GV8A 1POY1 2DE3A 3M3FA 3VFJA 4GQOA 4O3AA 3IK6B 4IGTA 2O51A 3MP8A 1FQBA 4LZ8A 5B7DA 2NWJA 4OETA 4BDMA 4WKMA 1LFHA 4K3FA 4FJPA 1MY4A 3PAMA 4DLDA 4Z0IA 3PUXE 4Q8RA 3FD3A 3M8UA 2QMWA 2IEEA 1LSTA 3GBBA 3PUZE 3D4GA 4IO4A 4H67A 3N5LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KZ8A 4PDDA 5CBRA 4XF5A 2DE2A 2AIXA 5CMCA 3PTYA 5IZZA 2DYXA 1FQDA 5L8DA 2V25A 4G77A 1QKBA 3QXMA 1Q1KA 1GTKA 4R9FA 2QS1A 4F1UA 3K6WA 3GLBA 4F3SA 1XC1A 2VPNA 3M3LA 2ONSA 1TWYA 4ZECA 3B6TA 4OQOA 3R26A 4GD5A 1NV6A 2HQ0A 2P2AA 3EHSA 2WEFA 4ZE8A 1M5FA 4MNIA 2FIEA 1EYIA 1FSAA 1B6HA 1VFDA 1XVYA 3W15C 3SEUA 1H43A 3SETA 3O29A 5LDZA 3T0JA 3ISPA 4OVPA 3OXNA 2QS4A 4H5FA 3FIRA 2Q9TA 4XKNA 4GX3A 3B6QA 4X9TA 4FIMA 1I69A 3SEYA 3G3GA 1FJ9A 4MHFA 3C35A 4R6YA 3FXUA 2QL3A 3TFLA 2QRYA 3B50A 4DI3D 1LFGA 3ODBA 3LSFB 1FTKA 4PGPA 2A5TA 4MLVA 2ZZVA 1RYOA 2HAVA 4RPOA 3KJTA 3GBAA 4FEDA 1MM7A 3I5OA 4NG7A 4RK9A 2XXKA 1B3GA 4MF3A 1ZTYA 4I3EA 3S4UA 5EQ9A 2WX9A 1H3DA 4I40A 1EYKA 2Z22A 3TODA 3QMFA 5K2XA 2GRVA 3TZAA 2VD3A 1D3KA 3LV0A 4XKQA 3RQTA 1Y1ZA 3VLUA 4OHNA 2Z8DA 3DELB 2WOLA 2PBWA 3GZGA 3DRHA 3KG2A 4OZ9A 2D5WA 1SYIA 5JK4A 1MPBA 4ELPA 1FRPA 3D1RA 2OX3A 4GXSB 3RNNA 1QKAA 3MSTA 4LA9A 3LC8A 1PB8A 1URSA 3DRIA 3MZBA 4GWYA 2PCRA 3SEVA 4MJOA 4OVRA 1VSOA 3T9UA 5I7IA 4NX1A 2XA5A 3TYHA 4BDOA 1DTZA 4X48A 4ONYA 3PUVE 3K6XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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