5L9OA

Crystal structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp soca in complex with glucopine
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 73
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9oA02
1IZ1A 4IY5A 2Z8EA 4KCDA 4DCYA 3OO6A 3SDFA 1B58A 5DTBA 5LOMA 4JWXA 2D5WA 4P0IA 4XXUA 1MY1A 2NUVA 4MFIA 1SYIA 2PMSA 3UGWA 3KSXA 3N94A 3SEXA 5TP9A 2QPQA 5AA1A 3CFXA 3MUQA 2YPNA 4YB7A 1FTOA 2V84A 3C36A 4IO2A 1DOTA 4E0XA 3B6WA 1N04A 3KEIA 4NWCA 3IB2A 3QSLA 3EHSA 5ICTA 1JVYA 1OVBA 2NOOA 3TTRA 1M5DA 1AOVA 4H8IA 1A8EA 3IO4A 1QVSA 1FTMA 3MZ9A 1N7XA 1MXVA 4F31B 3C34A 4F18A 2Q9TA 3G3IA 3U8QA 2I3WA 2AYSA 2F36A 4QSCA 2DQVA 5H8FB 5JTYA 2G29A 2F6PA 1SI1A 3LSFB 2ZXTA 5CRYA 1LFHA 2ZYNA 4ESWA 3LR1A 1USYH 2DE2A 1MQDA 5I59A 1YPNA 1LFIA 5KDTA 1GR2A 3IAZA 4G4PA 1II5A 2XXYA 3T93B 3OSQA 4LATA 3T9XB 4N07A 1ZIUA 3PU5A 1WDNA 1URGA 3R6UA 1USYE 5B7DA 2OZZA 3G3HA 1FCKA 2Y7PA 3IR1A 3FUZA 4RNSA 3MPLA 1H43A 3EF7A 3KOTA 1JETA 1IITA 4EQBA 3TTMA 1GTKA 4YKPA 1JW5A 3IORA 3V5AA 3MWBA 2R9JA 4WKMA 4JB7A 2QS2A 1LCFA 3F11A 4X48A 4GL8A 1KWHA 3R26A 3QYTA 3V8XB 3EHTA 5L9MA 3PD9A 4OVJA 2O1MA 3C31A 4LP2B 1MY2A 5H8NB 4RK9A 4KYSA 3TFLA 4ELRA 1MDQA 4R73A 4R9FA 4E0WA 4ZEIA 2RKMA 1A7LA 3B7DA 2ZYKA 1Y3QA 3C9HA 2XXIA 3FXRA 2QJEA 4H1XA 2XXWA 1YTVA 2GHAA 3QXMA 1FTLA 1MH4A 4GOTA 1SDXA 3O97A 5A5XA 3M8UA 4OERA 2DWAA 4IO3A 2OK2A 4LONB 3K6XA 2Y7WA 2PX1A 5ISUA 1LBCA 4O3AA 1EH3A 3IOUA 3N5LA 1B3HA 2XX8A 2HAVA 4QF9A 1R9LA 1ZJLA 1MQJA 4JSOA 3H4ZA 1DTZA 3UIFA 3VXBA 1OLAA 1TFDA 4RY1A 1IUDA 4LQ2A 2AL4A 5J1DA 4JDFA 1FQAA 3IL1B 3U94A 4NTLA 2PVUA 5KZTA 4BLAA 4R2FA 4WEDA 5CMMA 1D4NA 3HV1A 2XXXA 3E3KA 2XXQA 2F7AA 5CBRA 3B6TA 2GHBA 4KD5A 2X7QA 2VHAA 2RINA 4TQUQ 4RPOA 3S4UA 4DDDA 5I2NB 4BDRA 1B5JA 3I6VA 1MQHA 2V3QA 3C4MA 4IO5A 4U23A 5I84A 2DOJA 1D3KA 4IO6A 1N7WA 1J1NA 2O69A 4H5GA 1SW1A 2YJPA 3IJOB 2ZNUA 4H8JA 1OMPA 5AA2D 2XXUA 1BP5A 4NF4A 2H99A 3QIMA 4I9DA 5H8QB 3H3GA 1F9BA 4DZ1A 4ELOA 3OO7A 1B7HA 1US4A 2W7YA 5H8HB 3O6HA 4ECFA 1M5BA 5F7VA 1B7UA 1EU8A 1LB9A 5CMBA 3SEWA 2XXRA 3RTFB 4ZEFA 3TDJA 1P1UA 4POWA 4Z0IA 3RPWA 2F34A 2D3IA 3DELB 3LUYA 4RK2A 1A55A 2WKYA 4OHNA 3UORA 2ALUA 4OMBA 4YU0A 3N6TA 1A99A 2F7CA 3DP8A 3DP4A 4U2RA 2V25A 2DXYA 3SETA 4BDMA 1XC1A 4OWDA 1D9VA 4FJPA 1LAFE 4FATA 4YKJA 3G3FA 5DT6A 1SYHA 3T66A 2OCUA 2ZYOA 3K4UA 1PB8A 4ELQA 4QSDA 3OD7A 3KN7A 1B52A 4KPTA 1FQDA 4I8CA 4EQ9A 1HSEA 5I56A 3A3UA 4R75A 2O68A 2I6EA 3FXUA 3K2DA 1XS5A 1PDAA 3KJ7A 4TLMB 4RXLA 4NF6A 3O29A 5DYHA 2FA7A 1MPCA 3TEPA 3ILTB 3MVWA 3TCGA 1BTJA 2HAUA 3TPAA 1WVJA 4QFNA 1LAHE 5ELVA 3VDFA 1POY1 2UVIA 5AE4A 3H6VA 2NVUB 4U1ZA 4YB6A 2E0SA 2ABHA 4H65A 1QULA 1PEBA 1LGBC 1LFGA 1B3FA 5I59B 4ZE9A 1MDP1 3O6IA 1B3GA 2CMOA 2HEUA 5BUUA 1Y4CA 1VFEA 5ICQA 5TPAA 3U72A 4YKKA 3SERA 4R6KA 1MXYA 4F39A 4ZEKA 3C33A 3PMWA 3PUVE 4H0WA 3H6WA 2OLBA 2RF1A 2GH9A 2O51A 2HXWA 4H5FA 3FVGA 1DPPA 3PPRA 3PUXE 4NF8A 3IOVA 4XKQA 3OELA 1N0TA 4U22A 5F1QA 2F35A 1JW4A 4HW8A 4WEPA 3RQTA 2XHDA 4N6PA 2RC8A 5ITPA 5CM6A 4ND9A 2Y7IA 1S50A 5AA4A 2LAOA 3OO9A 3IJXB 4I1DA 5AA3A 2ZMBA 3S2VA 1ATGA 4FE8A 3G3JA 2QS1A 4EQ7A 3Q28A 3HHGA 1B5IA 3FASA 3T9VA 4O3BA 3M3KA 1IXCA 4YB5A 3FD3A 3VVFA 3PUYE 4GWOA 3PUWE 3O66A 1IIWA 1DSNA 2V3TA 4G8MA 3L6GA 5AA2B 4BDLA 1L5TA 4NMYA 4OFOA 5K2YA 3JZJA 3N6UA 3Q26A 5M2VA 5DVJA 1MQIA 1H45A 1B4ZA 1H76A 2I0CA 3TODA 5FTHA 3H6UA 2I58A 1D9YA 5FHNA 1IQ7A 1P1QA 1JNFA 4YMBA 1MXUA 4IB2A 3KOSA 3G3GA 3ECRA 3OSRA 4DLDA 3HHFA 4XIGQ 4JSDA 1POTA 3QUFA 3LSXA 3C32A 4F1UA 4OYVA 3RTWB 2HCAA 3G3KA 3TQWA 1IXHA 3PUZE 3SEVA 4QSEA 4G68A 3ODBA 4Q5TA 5DVFA 3TMGA 3RUMA 2H98A 4OEVA 4X1DA 2A5TB 2QMWA 2O6AA 2REJA 1MXXA 1ANFA 2M8CA 3MP6A 2OJTA 4GXAA 4R6YA 1MQGA 4IO7A 2DSFA 2VP1A 1SW4A 2UXAA 2DVCA 1QUJA 1PBPA 4YMAA 2B3BA 4YAHX 3PMVA 2RCBA 4R72A 5K2XA 1EZOA 3IOWA 1OQGA 4H67A 2Y84A 4F19A 2YLNA 3BKIB 2XD2A 1FQBA 5CI5A 3TELA 1I6BA 1I6QA 3EN3A 1H3DA 3MP1A 4HCWA 4DXCA 2I48A 3W9WA 2RC7A 4I62A 3CSGA 4JXIA 3SESA 4NF4B 3JYRA 4OENA 2F97A 3VLVA 3CG1A 3Q25A 3D4GA 4F22A 2B3FA 3VXCA 4EUOA 1LBBA 3G7WA 3KSJA 4LZ8A 2PBWA 1LSTA 4ZEDA 5FHMA 3PGFA 3OO8A 2OWTA 4TOZA 4R6HA 5IKBA 1I6AA 4QFPA 3ZS6A 4Z7EA 3S9NC 1BKAA 1WODA 4DIGA 3VLUA 5H8FA 5I2KA 3H03A 4GD5A 4FORA 1XOCA 5DEXA 3KG2A 3T22A 2OBGA 5HM4B 4XKRA 5BWJA 3WAFA 4JWOA 4AQ4A 1IXGA 1B0LA 3K01A 1XHYA 4EF2A 3L6HA 1TXFA 5FHOA 3TTKA 2Y7RA 4IGRA 2ESNA 3MC2A 2DVZA 4F3BA 5CC2A 3PV0E 1QW0A 5IAIA 3RT8A 4JBZA 4XTCQ 2Y7KA 4PP0A 1ZBMA 2BJJX 3N26A 4H6DA 2RC9A 3U92A 4MF3A 4X9TA 3TQLA 1P1NA 3I3VA 3VVEA 3DLNA 2KLFA 3PPPA 4BDQA 4F2QA 1SVXB 3O2AA 4OZ9A 3H06B 2AIXA 2FYIA 4NF6B 2XXTA 4C1UA 4BDOA 3JV9A 4LA9A 2QMXA 4RPNA 3C35A 3IO6A 3FJ7A 1MPDA 1NMUA 1GGGA 5H8NA 4GVOA 1P99A 1GV8A 5L9OA 1NH7A 3CFLA 4ONYA 2GRVA 4F3PA 1O7TA 1MM7A 4GF8A 1NNKA 1FQCA 1PBQA 1B7ZA 1JQFA 3MPKA 1RYOA 1B05A 3K1PA 4FECA 4MLQA 1QUIA 2H25A 3S9LC 4GQOA 3RN8A 2ZNTA 3M3LA 3MQ9A 3SEYA 2QSXA 1B1XA 1MRPA 1YAEA 2NWJA 4NF8B 2UVJA 4UACA 3HO7A 3RT6B 4FAJA 3O9PA 2QRYA 3CIJA 1N3XA 1NNFA 1UTBB 2REGA 2O7UA 4Q30B 1OVTA 1IEJA 2VOZA 4ISUA 1B32A 2QS3A 1B0HA 1EZPA 4PE5B 4PQJA 2E1SA 3BFUA 3FIRA 1UIUA 4KR5A 5AA4B 4AB6A 1NH8A 2IEEA 3VE1B 3UN6A 3KZGA 1B4HA 2HQ0A 4F2OA 1A40A 5TP9B 3FVKA 4U21A 3FV2A 1B1HA 4XKPA 3K1NA 1MY0A 2RCAA 2HFBA 2Q88A 3ILUB 3K0VA 4KQPA 1OIBA 3U1OA 4MLVA 4G2ZA 3MBPA 3SKPA 5I2NA 4MBPA 4TLLB 1URSA 3PMXA 4OFJA 3LSWA 4LVQA 4OETA 1LAXA 3A09A 2UVGA 3AXFA 4BDNA 1CB6A 1M5FA 5JTYB 1Y9UA 1UQWA 3HSTA 4OQOA 4DE8A 3TZAA 5I58A 1CE2A 3K02A 3CFZA 3K1MA 5H8QA 4G8NA 2V3UA 3OEKA 2H4IA 5KDTB 3R7XA 2PT2A 3PD8A 4NWDA 4ZEBA 1IXIA 4ZDMA 3CG3A 1AL3A 4UA8A 3WAEA 4F1YA 1NL5A 4G68B 3OENA 3K6VA 1AMFA 2I4CA 3CR9A 1BLFA 1Y20A 3TYHA 1MS7A 1A54A 3O6GA 4N13A 3EQ1A 2ONKE 1Z7ME 4L17A 3T96B 3P7IA 1OLCA 5CMKA 3FJGA 5HBCA 3LC8A 4YICA 1ELJA 1Y4TA 1B5HA 2CZLA 2DWIA 2G93A 3BBRA 3W9VA 4FEBA 3ZSFA 1GVCA 1JW1A 3CI8A 1NFTA 1B46A 1UTHA 3GBBA 3FVOA 2UYEA 1TT1A 1MY3A 3VVDA 3KJTA 4LUBA 4F29A 3KBRA 1T0KA 1XVYA 3FXQA 3BFTA 1VSOA 5I57A 1US5A 2XXPA 3ZKLA 2ZYMA 3MW0A 4R74A 1MH3A 3KN3A 1MXWA 4MH5A 4ESXA 1FTKA 1XT8A 2O84X 3RGYA 2R71A 5A5XB 3OEMA 4OTEA 1NNPA 5EHSA 2P2AA 2HZKA 1O64A 4PFYA 1Q1KA 2P1SA 2I49A 3RLFE 2VGQA 4LZ5A 4G8HA 3QK6A 5EYFA 1ZMGA 5I2KB 2XX9A 3QUJA 2AL5A 4C0RA 2DP8A 3UK4A 1B2HA 5DEXB 3Q29A 4EF1A 2Q2CA 3LSLA 4QFOA 4QFKA 3KGCA 1RKMA 1Y1ZA 2THIA 3K00A 4RYAA 3RNNA 4GFRA 3USDA 4DCXA 3FV1A 4K3FA 1VFDA 1LAGE 1MM6A 1VR5A 1MY4A 4ZZAA 1B9JA 4FIMA 3IK6B 5KCJA 4F3SA 4KYEA 3FJMA 4NF5A 3MVZA 2PYYA 2H5YA 1N84A 3T9HB 1P1OA 3TTLA 2F8DA 3MP8A 2I3VA 3EPEA 2B65A 3I5OA 1EZ9A 4RA1A 2P0SA 1QKBA 1HSLA 3MZBA 5B70A 1HSJA 4GXSB 4IO4A 1Y3PA 3E13X 4EXLA 3FATA 1TFAA 2I4BA 3DM0A 3UA8A 1FW0A 2DXRA 1PB7A 2DS9A 2Q89A 1FTJA 1A8FA 3O28A 4G68C 1FQFA 4GL0A 1RYXA 3KN8A 1LB8A 4GLIA 4QHQA 4YZZA 1M5CA 3OOAA 1S9TA 1OQHA 3U93A 4U4XA 2QS4A 1DMBA 1B3EA 2ZNSA 1ZTYA 2R6GE 4NEDA 3GLBA 2I0BA 2PT1A 3M3FA 2F7BA 2DWJA 1B3LA 4POXA 4ZE8A 5AA2A 3K6WA 4M1VA 4ZS9A 4IGTA 4IY6A 1QJMA 3ONMA 3GZGA 1B40A 4OESA 4R9GA 1URDA 1LLSA 2GFEA 2F6GA 3VFJA 3MZ1A 1M5EA 3UP9A 1VE4A 4KCCA 2Z8FA 4RJZA 2A5SA 4Q8RA 1Q35A 3CVGA 1H44A 3TKDA 3V83A 4JWYA 2D21A 4ZZEA 2H9BA 3GXAA 3TCHA 1P1WA 3PPQA 2DWHA 1O63A 4R2BA 4EXKA 5JK4A 4F3GA 2A5TA 5CMCA 1UIVA 2X26A 1DTGA 2NXOA 4LZ7A 2F78A 4ZECA 2Z22A 5I56B 1Y1MA 3K6UA 2UYFA 5TU0A 2DYXA 3LBSA 1PB9A 2O1LA 5EHMA 1JEVA 2V93A 3IX1A 1Z7NE 2Z23A 3E4RA 3KFMA 2X7PA 1MPBA 4U4SA 3TAJA 4HTGA 1BIYA 4U1OA 4DXBA 3FGSA 4GRKA 5I58B 3W15C 4OEUA 2Q2AA 2DE3A 2O7IA 4X1BA 5L9SA 4G77A 3A3CA 1MXZA 2XD3A 5TPAB 5JEIA 1R9QA 2XXVA 5HPQA 1NKXA 3T9UA 2UVHA 3SEUA 3RY3A 3HPIA 3FVNA 4PETA 1XVXA 1FQEA 3S9EA 2DE4A 4KI0E 5DVIA 1Y3NA 2VD2A 4XKNA 3D4CA 2F5XA 3IOTA 4HS7A 1AH5A 4KYDA 3THIA 3MJNA 3B6QA 3TUSA 2XX7A 1UTHB 4KHZE 4NE4A 1ZU0A 3FZVA 1YCJA 2IA4A 3ZKKA 4LQ5A 4P0GA 1PC3A 4M4GA 2HZLA 3OXNA 3E9XA 1ZLQA 1R1NA 2Z8DA 4QRZA 3TCFA 3MAMA 3H7MA 3VLWA 2ANJA 5I57B 4QFLA 1ZKBA 2QL3A 1TWYA 1B51A 3QAXA 2VD3A 4KFQA 3HCQA 1B6HA 4F1VA 4FEDA 3MVYA 4WXJA 4ELPA 3IB1A 1LCTA 5L8DA 1JVXA 5FTIA 4C1TA 1QKAA 1SD3A 1NNTA 4Q0CA 2ONRA 5ITOA 2FNCA 1QUKA 1N76A 3GBAA 3TTNA 4GIZA 1SBPA 2Q8JA 1UTBA 4EDPA 5H8HA 1SI0A 1SQYA 1N3WA 3PPOA 3OMBA 1JEUA 2OWSA 1I69A 3V89B 1S7YA 4DXUA 3S9MC 5H8SA 1MG1A 4PFWA 4YKIA 1SW5A 3VV5A 1AIVA 3IB0A 3HN0A 4P11A 5CBSA 3H6TA 1SW2A 3Q27A 3CSBA 1R6ZA 3EHUA 4PFTA 4HCYA 5KCJB 3MVXA 2ONSA 2XXHA 4NF5B 4O3CA 4PFUA 4OFLA 1DPEA 4AB5A 3DP6A 4THIA 3PPNA 3CRBA 4OXVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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