5L9SA

Structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp attc in open unliganded conformation
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
MEQRVVIATTGGTYEKALREAWFEPFTKATGIKVVTVSGTDAEKRAKVTAMVQTGNVTWDLYLDGEIQAGSDAHFAITEDLSDFCMQFINSTDLLADSCTRGGAKLQSTSTLLAYKLNENGSNPQTWADMWDLAKFPGARSFPNFDDPWRVLAAALLADGVPREKLFPLDVDRAFRKLDELRDSVQVWWRTGDQSVQAFRNDEYRVGQIWLTRAKALKAEGYKIGWSYDGAFLVGDRIALVRGAPNRENALKLIEFWLRNPAAQAKACETLSCTPPSQKAISQMSSEARATLPSAADVENRIIVPDAQWINANMGMLVQRWNSWIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Mannopine)
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 111
structure length 326
sequence length 326
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA01
1I6AA 1S7YA 2XXRA 2UVJA 2HAVA 1XS5A 4NF5B 1HSEA 1SQYA 3MW0A 1A8FA 2Z8EA 3N26A 3DP8A 2LAOA 2AL4A 4JXIA 3FVOA 4H67A 4EF2A 3N94A 4OTEA 3KGCA 2R9JA 3SEVA 1I69A 2UYFA 4K3FA 1M5DA 2F8DA 4MLQA 3ZKLA 3RGYA 3HV1A 2H9BA 4DCYA 3CR9A 2O1MA 2PX1A 2HAUA 3VLWA 2OBGA 3G3FA 4OENA 2W7YA 4MH5A 3MP1A 2XXWA 3LSXA 3K1MA 3H7MA 3LUYA 5I59A 3RY3A 3PD8A 3IK6B 1SVXB 3MPKA 5TP9B 1QW0A 3K6UA 5DTBA 2H99A 1JW5A 4OXVA 3VE1B 5L9OA 5CI5A 1MQJA 4ZS9A 1II5A 1A55A 3HHGA 3OO8A 3PUYE 3IOUA 4Z0IA 4IY6A 3G3IA 4QFOA 2I0BA 1B3HA 2V3TA 4P0IA 3TYHA 3UORA 1IZ1A 4Q0CA 2ZNUA 4O3BA 3K4UA 1N84A 3KSJA 3H6WA 1MQIA 2ZMBA 1B5HA 4F3BA 1VFEA 2VD3A 1YPNA 2B3BA 1PDAA 2UVHA 3SERA 1FW0A 3O28A 1EZOA 1P1QA 3V5AA 5IKBA 4GRKA 1PB7A 1LFGA 2XXUA 3MZ9A 1ELJA 4ZEBA 3A09A 3IJXB 3UA8A 3C31A 1WVJA 2QSXA 4QHQA 3K1NA 4GXSB 3TPAA 3V83A 3W9VA 1SBPA 3ILUB 4YICA 2D5WA 4EXLA 4RK2A 5H8QA 3MVZA 2ONSA 4WEPA 5I58B 2O7IA 4YZZA 1LB9A 3SEYA 2V84A 5JTYA 4R6KA 1A8EA 1NKXA 4F1VA 1DTZA 4U1ZA 4IO7A 4F29A 4PETA 1H45A 3PGFA 1R9LA 2AYSA 1D9VA 3DP4A 4IGTA 2UYEA 1N04A 3ZKKA 3EHSA 1H76A 2F34A 3FVNA 1JW4A 5DEXA 3IORA 1ZLQA 4RYAA 5CMCA 3MBPA 5M2VA 4GFRA 1OVTA 3CFZA 3KEIA 2DQVA 1DTGA 1MH3A 3U92A 1JNFA 1MRPA 3V89B 4OZ9A 5H8NB 3U8QA 1QUJA 4O3AA 2XX8A 2QPQA 3MUQA 3H06B 3TQWA 4LATA 4N07A 1XC1A 3O97A 2VGQA 3HO7A 4G8MA 4TLMB 4XTCQ 4GL0A 3R7XA 1EH3A 4RK9A 3SEUA 4PFWA 1MQHA 2D21A 3G3GA 3OENA 5CBRA 5KCJB 3G3JA 1WODA 3IAZA 4EQBA 1I6QA 4KPTA 3ZS6A 1MY1A 5CC2A 4P0GA 1NNPA 2Y7KA 4ECFA 4THIA 3KN7A 3IB2A 4FJPA 4QFNA 3RT6B 3S9NC 4NF8B 2H98A 5L8DA 1XHYA 4Z7EA 1M5FA 1RYXA 1TFDA 2GRVA 4F2OA 4OFLA 3ZSFA 2NVUB 1IEJA 2Q2AA 1NMUA 5HM4B 1LBCA 5HBCA 5DVIA 1DPEA 4YU0A 1SYIA 1SI0A 1NNTA 3IB1A 1VE4A 3DELB 2XXTA 4NF4A 4DE8A 3EHTA 1Z7NE 3OEMA 5H8HB 1NH8A 4EDPA 5KZTA 1SW4A 1B1XA 4R75A 2CZLA 3A3CA 3CIJA 4H5GA 5H8FB 4O3CA 1IITA 4I8CA 3IOWA 4QSEA 1B52A 5I57B 2F78A 3M3LA 3TTNA 4BLAA 1OIBA 1ZMGA 4ZECA 2XD3A 1PBPA 4GVOA 5BWJA 1M5BA 3TKDA 1JQFA 3MC2A 1P99A 2ZYMA 3QYTA 3C35A 4U21A 5CM6A 4OHNA 3MJNA 1QKBA 3SETA 4NF5A 3UGWA 3PUXE 3OXNA 3S9LC 4POWA 5IAIA 4DXBA 3RNNA 2H25A 2DE2A 3TZAA 3IR1A 5B70A 5AA2B 3FXUA 3DLNA 5CRYA 5AA4B 3B6TA 2QS3A 1Y3PA 4R9GA 5K2YA 3LSFB 4G68C 3UK4A 4PE5B 2R71A 1TWYA 2HXWA 1O64A 4ZEIA 4G8NA 2VOZA 4ZDMA 3OMBA 4XXUA 4IO5A 3VVEA 4IO6A 1B32A 2VP1A 1B3LA 4R9FA 2RCBA 5I56A 2Z22A 1YAEA 3IB0A 1UTHB 4LONB 3T9UA 1S50A 3GBBA 2O6AA 1B3GA 4M4GA 4IO4A 4LP2B 2Q9TA 5I2KB 2QRYA 3K2DA 2Y7PA 4MFIA 4JSOA 1B51A 1MXXA 5TP9A 3RTWB 3H4ZA 1SW5A 4OFJA 5ELVA 2BJJX 2GFEA 4YB7A 2HZKA 3TFLA 1H3DA 4H8IA 2F6PA 1RKMA 1A40A 4M1VA 3E9XA 3FJ7A 1FQDA 5L9MA 2PYYA 1MY4A 3UP9A 3PMWA 2XX9A 3BFUA 4BDMA 2DWIA 4XKRA 2QL3A 2XXVA 1XT8A 3G3KA 3K6VA 3QUJA 4F3GA 3SEWA 4WKMA 4RPNA 1BTJA 2REGA 1D4NA 1Y9UA 1LAHE 2XD2A 1B3EA 1LSTA 4IY5A 2ONRA 5LOMA 3BBRA 1BKAA 2ABHA 4X9TA 2DOJA 3BFTA 4HTGA 2P0SA 4NE4A 1B0LA 3C36A 1FQBA 4WXJA 3IL1B 2GHBA 2XXYA 2D3IA 1LAGE 1LBBA 2Q2CA 2UXAA 2XXXA 4P11A 3OSQA 3DM0A 5B7DA 4EUOA 1QJMA 3FUZA 3PUZE 1N7WA 2B65A 2X7PA 3O6IA 4RJZA 1SDXA 4XKNA 1MM7A 2DXRA 4KYSA 3N6TA 3TCGA 5EHMA 1OVBA 3VDFA 4KYEA 3FV1A 4IO2A 4C1UA 1AMFA 2PBWA 3MP8A 4ESXA 5I58A 3RT8A 1B1HA 2P2AA 4RXLA 4DDDA 4F18A 4KYDA 4FATA 3UIFA 2DS9A 4NWDA 1B5IA 4KCCA 5A5XB 5F1QA 4ELOA 3PD9A 3TCFA 2F36A 2HFBA 5I2NB 2G93A 1LCTA 4IB2A 1FQAA 4F1YA 2REJA 4N13A 3O2AA 4I1DA 2I4CA 1B05A 3TEPA 3N6UA 5L9SA 2IA4A 3MVXA 1VR5A 3THIA 1O63A 4U23A 4EF1A 3QIMA 5TPAB 5EHSA 3Q29A 1IUDA 3TTRA 5AA2D 3TTLA 2V3QA 1PEBA 4YAHX 1Y4TA 4F3SA 5KCJA 4R6YA 1XVXA 3C9HA 3E3KA 4R2FA 1Y3NA 3TAJA 4H0WA 3S9EA 3CG3A 1TT1A 1IXIA 4PP0A 4XIGQ 1TFAA 2O68A 3C32A 4C0RA 1CB6A 4R74A 4OVJA 1B58A 1USYE 3ILTB 2ALUA 4YMBA 2Y84A 4DZ1A 4NF8A 2ONKE 5DYHA 1JW1A 3IX1A 5ITPA 1SW2A 1B4ZA 1PC3A 2H4IA 4LZ5A 3PPRA 3PMVA 4R2BA 3T9HB 3KN3A 4G4PA 3IJOB 4RA1A 2DWHA 2QMWA 3QXMA 3KOSA 3GXAA 4GL8A 5FHOA 4YKPA 5H8HA 1AL3A 3GBAA 3RUMA 4Q5TA 1NNFA 3FXRA 1M5CA 5H8FA 5TU0A 1FTJA 5CMKA 4MF3A 3EN3A 4RPOA 4YMAA 3OEKA 3EHUA 3RPWA 3S9MC 3OELA 4KQPA 4ISUA 2Q89A 1FTMA 1Q35A 1MPCA 1URDA 4ZEKA 3FASA 4KI0E 5AA3A 3QK6A 1ZKBA 4KFQA 2OZZA 2UVGA 2PMSA 1FQFA 4FEBA 4EQ9A 1MS7A 2ZYKA 1PB9A 4BDRA 5AA1A 2Z8FA 2A5SA 3IO6A 1XOCA 1Y20A 1N3XA 3RN8A 1H44A 2AL5A 1GVCA 3WAFA 2OJTA 4F31B 5AA2A 2RF1A 3MVYA 4ND9A 2RC7A 1MY0A 2F7AA 1MM6A 3JZJA 3IO4A 4Q30B 4C1TA 4YB6A 5AE4A 3I3VA 3ECRA 4DLDA 3FATA 2IEEA 3RLFE 4HS7A 1TXFA 4IO3A 1B2HA 2I3VA 1N0TA 4TLLB 2NOOA 2V3UA 4LQ2A 4FAJA 1R6ZA 1YCJA 4FORA 2X7QA 1UTBA 4RY1A 3MPLA 2NWJA 3K00A 1MXVA 4U2RA 3MAMA 1Z7ME 1J1NA 1FTOA 3KBRA 2DYXA 4NEDA 1IIWA 2A5TA 4GD5A 3F11A 2DVCA 4R72A 3G3HA 1ZU0A 4JWYA 1MQDA 3MQ9A 2RINA 5FTIA 4TOZA 3ODBA 4GOTA 3FXQA 2RKMA 4DCXA 4F1UA 4XKQA 1OQGA 1N3WA 2Y7WA 4DXCA 1LFIA 3HCQA 2O7UA 2OWTA 1HSJA 1SD3A 4I62A 5DEXB 1MPBA 1MQGA 4ZE8A 1P1UA 4G68A 4NF6B 4YB5A 2P1SA 4TQUQ 3WAEA 5ICQA 4QF9A 1T0KA 2UVIA 1OLAA 1LAXA 2H5YA 5ISUA 2ZXTA 2XXQA 1KWHA 3CSBA 4N6PA 1NNKA 5FTHA 3CI8A 4LZ8A 4OEVA 4NTLA 5JEIA 2THIA 4AQ4A 1Y1ZA 4IGRA 1ZJLA 1HSLA 1SYHA 2YLNA 4JDFA 3R6UA 4EXKA 5KDTB 3M3KA 1ZIUA 3SESA 3K6WA 3H03A 4OYVA 3PU5A 4GWOA 5ITOA 2ZNTA 1OLCA 4GQOA 2F7CA 3QAXA 5CBSA 1EU8A 2XXPA 3MP6A 4WEDA 4FECA 1H43A 5HPQA 4LQ5A 1A99A 3FGSA 3Q27A 5BUUA 3H6TA 3N5LA 3P7IA 4ZEDA 4H5FA 2OK2A 1POY1 5DVFA 5I2NA 1R9QA 2XXIA 3O6GA 3EQ1A 3VLVA 2GH9A 1FTLA 1OMPA 1MXUA 3T93B 2I58A 2F7BA 2V93A 1PB8A 3OD7A 5K2XA 3L6GA 2I0CA 5DVJA 4G77A 2CMOA 3C34A 2E1SA 1P1WA 2RC8A 1B46A 1ATGA 3VFJA 1B6HA 4YKJA 2I4BA 5CMBA 3A3UA 1BLFA 3TELA 4UA8A 1JETA 3TCHA 3LR1A 1B40A 2XX7A 4BDNA 1AH5A 4X48A 3CVGA 2I6EA 5JK4A 1URSA 3S2VA 1US5A 1LLSA 1QKAA 4BDOA 5DT6A 1MY3A 1BIYA 4ELPA 4R73A 3FVGA 4LVQA 4U1OA 2X26A 1JEVA 1B7ZA 2FYIA 1QUKA 3KN8A 3E4RA 4QFKA 3KOTA 2ZNSA 4YKIA 2NUVA 3QSLA 2Y7RA 1I6BA 3W9WA 1P1OA 4JWOA 1MDP1 2RCAA 3S4UA 3T22A 3TDJA 1M5EA 3VLUA 3R26A 3TTKA 3EPEA 1LAFE 2ZYNA 1IXCA 3O66A 4GXAA 3FZVA 4EQ7A 2O69A 5I56B 4PFYA 3CFLA 1QVSA 4R6HA 1QUIA 2FNCA 1L5TA 5FHMA 1R1NA 1USYH 1A7LA 1MXYA 2RC9A 1D3KA 3OO9A 4G8HA 1N76A 2OCUA 3M8UA 3PPNA 2PT2A 1B0HA 4QFPA 4BDLA 3O9PA 2Z8DA 3LSWA 1YTVA 1PBQA 2DE4A 3KJ7A 4OESA 2Z23A 5H8NA 4H65A 1LCFA 3T9VA 3B6WA 2XXHA 3PPQA 3TMGA 5FHNA 4MBPA 1WDNA 4U4XA 4ESWA 3Q25A 4OERA 4MLVA 3AXFA 3LSLA 2M8CA 2DWJA 2DWAA 4I9DA 3UN6A 2DP8A 1GV8A 1GTKA 4FEDA 3Q28A 2B3FA 2ANJA 2QS1A 3IOTA 1NFTA 1JVYA 1B4HA 1ANFA 1BP5A 1ZBMA 1DPPA 1B3FA 1MH4A 4ZZAA 2QJEA 3O6HA 4H8JA 1DSNA 3TUSA 2NXOA 4NWCA 2Y7IA 3KZGA 3PV0E 3MVWA 3HSTA 4QFLA 4QSDA 4QSCA 2O1LA 3QUFA 4F39A 1MY2A 2XHDA 2WKYA 3MZBA 1LGBC 3DP6A 4FE8A 1NL5A 2Q88A 3GLBA 4G2ZA 2HCAA 3JV9A 3E13X 3MWBA 3V8XB 2G29A 4LUBA 2ZYOA 1Y3QA 1SW1A 1B5JA 4OFOA 2F35A 3RQTA 4FIMA 3K1PA 1UQWA 1QULA 3TQLA 4ZEFA 3JYRA 4PFUA 5I57A 4X1BA 4HW8A 3ONMA 3Q26A 1S9TA 5I59B 1IXHA 3O29A 3W15C 4LA9A 3VXBA 3U93A 3H6UA 5H8SA 4YKKA 1MXWA 4F3PA 3HPIA 2E0SA 5F7VA 4JB7A 4NF6A 1GR2A 2I3WA 3U1OA 4JSDA 3SKPA 3K02A 5EYFA 4ZZEA 3I5OA 4KHZE 2Q8JA 3PPOA 3KSXA 3T66A 4F22A 5I84A 5AA4A 4KR5A 4RNSA 2AIXA 3U94A 2DE3A 4JBZA 2DVZA 3OOAA 1Q1KA 3USDA 5KDTA 4GLIA 4QRZA 5ICTA 3K6XA 5J1DA 4KD5A 3FD3A 2F5XA 1AOVA 4F2QA 1MDQA 1UTHA 1P1NA 1OQHA 1B7UA 3CFXA 2VHAA 4ONYA 3L6HA 2DXYA 4F19A 1FQEA 2F97A 5I2KA 3TTMA 1AIVA 3KG2A 1VSOA 2PVUA 3K01A 4AB6A 2OLBA 3D4GA 4DXUA 1A54A 1F9BA 2YPNA 4H1XA 5H8QB 2YJPA 3VVDA 3GZGA 4Q8RA 5JTYB 4U22A 1POTA 1NH7A 3FJGA 4E0WA 2QMXA 3FIRA 1JVXA 4LZ7A 3CSGA 1SI1A 2ESNA 2I49A 1ZTYA 4GIZA 3EF7A 1MPDA 3KJTA 2V25A 2VD2A 3CG1A 4ELQA 4ZE9A 4E0XA 2O84X 3IOVA 3SEXA 1IQ7A 3C33A 1N7XA 4U4SA 5CMMA 3HHFA 1LFHA 1VFDA 2I48A 3K0VA 4OMBA 2QS4A 3HN0A 3G7WA 1B9JA 3H3GA 4ELRA 3PUVE 4BDQA 2OWSA 3FJMA 4DIGA 3RTFB 3M3FA 3KFMA 4JWXA 3OO7A 3VV5A 2HQ0A 3LBSA 1GGGA 3SDFA 1Y1MA 4H6DA 4UACA 2F6GA 1O7TA 3PUWE 4KCDA 1FTKA 4OWDA 1FQCA 3VXCA 3B7DA 2KLFA 1RYOA 3D4CA 1Y4CA 4PQJA 4AB5A 4HCYA 1CE2A 3CRBA 4X1DA 3T96B 2FA7A 2HZLA 3PMXA 5A5XA 3LC8A 3I6VA 1UIVA 3VVFA 3FVKA 2PT1A 1FCKA 3MZ1A 3U72A 4HCWA 3FV2A 4XKPA 1JEUA 1LB8A 1DOTA 4L17A 4NMYA 3PPPA 4GF8A 1UTBB 3T9XB 1D9YA 3B6QA 4NF4B 3OO6A 1MXZA 1MG1A 2HEUA 2A5TB 3H6VA 5TPAA 4OETA 4OQOA 1UIUA 1URGA 3C4MA 4POXA 1B7HA 1EZ9A 2DSFA 1US4A 3OSRA 2O51A 3BKIB 1XVYA 2QS2A 1IXGA 3TODA 4OEUA 2R6GE 1DMBA 4G68B 4PFTA 2GHAA 1EZPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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