5LOMA

Crystal structure of the pbp soca from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with dfg at 1.5 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium fabrum str. c58
total genus 80
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA02
4LP2B 3TQLA 4F3SA 4H67A 3B6WA 1FQEA 3RT8A 4PQJA 1O63A 1DTZA 4ZEBA 5ISUA 3OELA 3OSRA 2AIXA 2PT2A 2ZNSA 1NFTA 2CMOA 4QF9A 4GLIA 1N76A 3H06B 4MF3A 4R6KA 4NF8B 2UVJA 2O1MA 3PUZE 1AMFA 3G3KA 2UVGA 3I5OA 4R6YA 3EPEA 2HAVA 1IUDA 2VHAA 5I56B 3IJOB 3TTNA 3MPLA 5DVFA 4U23A 4ZZAA 4LA9A 3AXFA 2H98A 1B58A 4IGRA 1B46A 4NTLA 5DTBA 4N07A 1NNKA 2QPQA 2QJEA 3KOSA 4MH5A 4DLDA 1AIVA 4EXLA 4OXVA 3C32A 2AYSA 3VVEA 1SDXA 1P1NA 3H7MA 1SW1A 5KDTA 3T9UA 3Q25A 4R6HA 4GQOA 3UGWA 5M2VA 4LUBA 1WODA 4F1YA 3OO8A 2ZYNA 1FW0A 1FQAA 2F7CA 3VVDA 3ZS6A 3RY3A 3T9XB 1ZTYA 4PFUA 1FQDA 3KJTA 3HCQA 4ESWA 1R9LA 1D3KA 2Q2AA 4ZEIA 1MXZA 1MY0A 4Q30B 3E3KA 2VP1A 3HV1A 2H25A 3MPKA 5ITPA 1AH5A 3PD9A 4P0GA 3MZ9A 1T0KA 3TKDA 3A3CA 3HPIA 4G68C 1FQFA 2ZMBA 3MC2A 3E9XA 3MAMA 5BUUA 5DT6A 4KYEA 1DOTA 1B0LA 3H03A 5JK4A 1URSA 3QUFA 2DVZA 4G2ZA 2V25A 4PP0A 3A3UA 4Z7EA 4YKIA 3D4GA 4DE8A 1UTBB 1MPCA 2ALUA 3RLFE 1TFDA 3OXNA 3S9NC 2DOJA 2ZXTA 5FTHA 1TT1A 2RINA 2I3VA 3OEKA 5CMCA 2H5YA 4IO5A 2RKMA 2O69A 2UXAA 2ZNUA 5DEXB 1MXUA 1US5A 1M5DA 1NNFA 2VD3A 5DYHA 3O97A 3CFLA 4MBPA 4ZDMA 2W7YA 3KG2A 1FCKA 1N3WA 3PU5A 4DXUA 4Z0IA 2F34A 3B6TA 3RNNA 5JEIA 4M1VA 2OK2A 1UTHA 2ZYOA 2GFEA 1A54A 4PETA 3UA8A 3K01A 2DWAA 1O64A 3ONMA 2PX1A 1A8EA 2HEUA 1MPDA 2HCAA 3O29A 5EHMA 4RA1A 4P11A 2GH9A 3LSLA 4NF8A 2XXIA 4QFNA 3Q28A 3VE1B 1Y3NA 1EZPA 3V8XB 2R9JA 1QKAA 1B3FA 1USYH 3H6TA 3RQTA 2I0CA 5I56A 2V3QA 1B0HA 3PMXA 4U4XA 2OJTA 5H8FB 4IB2A 1GV8A 3RTFB 3OD7A 2XXQA 1D9VA 5CBRA 5K2XA 2QS2A 2Z22A 4OERA 3TUSA 3KEIA 4PFWA 3VDFA 5AA1A 3IOTA 1PC3A 1S9TA 3BFTA 1DTGA 3CIJA 1I6BA 5IAIA 4BDLA 4DIGA 3K4UA 4H65A 4YAHX 1P1WA 1IIWA 3HHGA 4QSDA 1VFEA 1B1XA 3USDA 2YPNA 4Q5TA 1NH8A 3KZGA 1RKMA 3CRBA 1SW2A 1I6AA 5B70A 1H43A 2XXVA 3KN8A 2XXXA 3THIA 4IY5A 2DWIA 4RY1A 1TWYA 1QKBA 3IO6A 3IK6B 2GHAA 1B6HA 1NH7A 3C33A 2Q88A 2Q8JA 4K3FA 3FZVA 3CR9A 2V3TA 4TQUQ 1H3DA 2VOZA 1OIBA 1PBQA 1PB9A 3SETA 1MQHA 1SI1A 4QRZA 3O6IA 4WEDA 3TTKA 1Q1KA 1B40A 2NUVA 4C1UA 1IITA 2PYYA 4YU0A 3K6XA 3N6TA 4DXCA 1M5BA 1P1UA 1CB6A 4GD5A 3GLBA 2E0SA 3PUXE 4FEBA 1MXVA 4I8CA 4I62A 4UACA 3TELA 4R73A 3M3FA 1SYIA 4HS7A 3H6WA 2UVHA 1UTBA 2R71A 3ZKKA 4ELPA 2DE2A 4X1DA 1Q35A 1FTMA 3OSQA 2DYXA 4HTGA 1H76A 4HW8A 2Z23A 3VLUA 3O66A 3HSTA 3K6VA 3S2VA 5DEXA 1XS5A 2F97A 2ONRA 4NEDA 3WAEA 1XT8A 3CFZA 2ZYMA 3PUWE 3BKIB 3K02A 2P2AA 4RXLA 2I58A 4KPTA 4XTCQ 5ICQA 1URGA 4AB5A 2KLFA 2G29A 3TAJA 1Y4TA 3MVYA 1JVXA 1NL5A 2DP8A 2A5SA 4F39A 3MP6A 1MQJA 4OZ9A 5H8SA 3FVNA 2FYIA 4I1DA 1N04A 1LB8A 4QFKA 2IEEA 4XKNA 3R7XA 2V3UA 3K6WA 1UQWA 1FTOA 1MPBA 3IJXB 4OENA 2XXRA 2A5TB 1BIYA 1LFGA 2XD2A 1YPNA 4F3PA 4BDQA 3K2DA 3DP4A 3FVOA 4JWYA 2RCBA 5AA4B 2OWTA 4GXSB 5KZTA 3TCGA 1LCFA 3T93B 3TZAA 2DE3A 3FD3A 4IO7A 4QHQA 5CMKA 4G4PA 5H8HB 2RC7A 5A5XB 4FECA 4Q0CA 5JTYB 2YJPA 1TXFA 4GVOA 2O7IA 3QXMA 1M5CA 1MM6A 1SD3A 2HQ0A 2F5XA 1B2HA 2PVUA 5LOMA 1XVYA 2P0SA 4N6PA 3QUJA 3MVZA 4ZZEA 1RYOA 3RUMA 1LAFE 1MY2A 4DCYA 2BJJX 1YCJA 4GXAA 4BDNA 3BFUA 1JW1A 4ZEDA 3B6QA 1FQCA 3EF7A 1B3EA 4G8HA 3TMGA 3GZGA 3PPPA 4N13A 4R74A 4XIGQ 3TPAA 1TFAA 4RNSA 2XXHA 1JQFA 1ZU0A 3IR1A 4XKPA 3KGCA 2V93A 2NVUB 3OO7A 1OLCA 3FVGA 4YB5A 4F1UA 1IQ7A 1L5TA 3DP6A 3MP8A 1JETA 4ND9A 3KOTA 4MLQA 2H99A 4KI0E 4DZ1A 3LUYA 4BLAA 3G3JA 1N7XA 3IB2A 4X9TA 3JZJA 4R2FA 1H44A 1KWHA 1B3HA 4OEVA 2V84A 4KCDA 2PMSA 3CFXA 1ANFA 2AL5A 1QJMA 1I6QA 3EHSA 5F1QA 5CRYA 4KHZE 1JW5A 2D5WA 3PPQA 1N84A 4GFRA 4L17A 3Q26A 1MM7A 2QS1A 4R72A 4KCCA 2PT1A 4FE8A 4JWOA 2NXOA 3FGSA 2HXWA 3C9HA 4R9FA 3ILUB 3TEPA 5DVIA 1JEVA 1DPPA 1MRPA 2I4BA 1OQGA 3FVKA 4JB7A 1IZ1A 2D3IA 3L6GA 3RTWB 2OBGA 4THIA 4ELRA 1POY1 1Z7ME 1ZKBA 2ANJA 4DCXA 5F7VA 3Q29A 3KSXA 4WKMA 2OZZA 5K2YA 2QMXA 1VSOA 3UP9A 3C35A 2DXYA 3N6UA 5B7DA 4NWDA 3G3GA 1B1HA 4U21A 1A7LA 4TLLB 4ZE9A 1MY3A 3CVGA 2XXUA 1MQGA 3BBRA 1B51A 4LATA 3EHTA 2QMWA 3PPRA 3G7WA 2A5TA 3N5LA 1LFHA 1MXYA 3VLVA 4GL8A 2F6GA 4H8IA 3T66A 5HPQA 5AA4A 4JBZA 1LSTA 3H4ZA 1EZOA 3S9EA 1AOVA 4O3CA 4MFIA 3TTRA 5H8HA 1B5IA 5TU0A 2HZKA 4GF8A 4YICA 5A5XA 3TCFA 5CMBA 1MDQA 4XKRA 2D21A 5JTYA 5I58A 1R6ZA 1HSLA 2FA7A 3MZBA 4IY6A 4F2OA 1MS7A 1LFIA 2XHDA 5I2KB 1QUJA 2XXYA 2UYFA 1SQYA 3IOWA 4O3BA 1MH3A 3O2AA 4QSEA 4NF6B 3MZ1A 1YAEA 4I9DA 1QVSA 3ILTB 4FATA 4F19A 2Y7PA 5ITOA 3QK6A 4P0IA 4AB6A 3TCHA 3DELB 2I48A 3G3IA 2Y7RA 4KYDA 3QIMA 1R1NA 3Q27A 2X7PA 4OVJA 1BKAA 1ATGA 1UIUA 1SYHA 2XXTA 4BDMA 2OCUA 3KN3A 1Y20A 4E0WA 3SEUA 4FEDA 4PFTA 2F36A 3T22A 4IO6A 1JEUA 3VFJA 3PPOA 3PD8A 1IEJA 4BDOA 3FASA 1ELJA 2Q89A 1II5A 4C0RA 3IX1A 3D4CA 4ELOA 2RC8A 3IOUA 4EDPA 4OYVA 4G68B 2Y7IA 4EQ7A 2Z8EA 3IO4A 4ZECA 1LBCA 2Y7WA 2O51A 4JDFA 4POXA 3M3LA 3MQ9A 1N0TA 1LCTA 3CI8A 3K0VA 1B7ZA 1JVYA 2O68A 1URDA 2ONSA 4OMBA 2Y7KA 1P99A 5AA2B 1D4NA 4IGTA 2UVIA 1B7UA 4TLMB 4BDRA 1A55A 3PUYE 4EXKA 3V89B 4ZEFA 1GGGA 4OESA 2DWJA 1MG1A 3FXUA 3E13X 3C31A 4KYSA 4QFOA 1POTA 4ESXA 3IAZA 3KN7A 3M8UA 4POWA 3FJ7A 4YB7A 4OFLA 1J1NA 3RGYA 4X48A 3O28A 2OWSA 5DVJA 1B32A 1DMBA 3G3HA 4C1TA 3PUVE 3VVFA 3CG1A 2HFBA 2XD3A 1B3LA 3SESA 1Y1MA 4LZ5A 1PB8A 3RN8A 4JWXA 4EF2A 5I59B 4E0XA 1I69A 4OETA 3IORA 4H5FA 3CSBA 4DXBA 3FUZA 1XVXA 2QS3A 2FNCA 3ODBA 2AL4A 4NMYA 4IO3A 2DXRA 3K00A 4GOTA 4FAJA 2QL3A 1GVCA 3B7DA 1NKXA 2I4CA 1B5HA 4UA8A 3ZSFA 2DWHA 4OQOA 2RC9A 4TOZA 1QW0A 1OVTA 1MH4A 5HM4B 2VD2A 3P7IA 2B65A 4NF6A 1SBPA 4JSOA 3LR1A 3U8QA 2X7QA 3SKPA 4PE5B 4LQ5A 5H8QB 3FXQA 4OHNA 2PBWA 3VLWA 2THIA 3U1OA 1VR5A 1XHYA 3TTLA 1XC1A 2YLNA 4FJPA 5H8FA 2CZLA 5ELVA 2NOOA 4M4GA 4F22A 3TDJA 2ZYKA 4RPOA 1ZJLA 1P1QA 3FJMA 1LBBA 1DSNA 2QSXA 1FTKA 4R9GA 1NNPA 2O84X 1PEBA 1SI0A 1Z7NE 2ZNTA 5BWJA 3VXBA 3TYHA 1QUIA 3K6UA 4JSDA 1MY1A 1Y4CA 4ONYA 2XX9A 1OMPA 2HZLA 4KR5A 4YMAA 3T9HB 3ECRA 3OENA 3V83A 3RT6B 5CMMA 3SDFA 1B4ZA 1BLFA 4R2BA 3ZKLA 3EQ1A 2M8CA 4ZS9A 2F78A 4NF5B 5AA2A 2LAOA 3IB0A 3K1NA 5EHSA 2F8DA 1LGBC 2ABHA 2XX7A 3PV0E 3MW0A 3O6GA 3R26A 2G93A 1EZ9A 3SEYA 5FHOA 1R9QA 5CC2A 3PPNA 4U1ZA 4QFLA 1Y9UA 3W9WA 3JYRA 4DDDA 1QULA 4F1VA 3PMVA 3EHUA 3WAFA 1PBPA 4U4SA 4WEPA 3C4MA 2F7BA 4FORA 1ZLQA 5L9SA 3O9PA 3IOVA 2I0BA 1RYXA 2XXWA 4GL0A 3T9VA 3I3VA 1Y3QA 4F2QA 4OTEA 3W15C 1WVJA 1O7TA 3TQWA 2VGQA 3HO7A 4EQBA 1SW4A 1CE2A 3C36A 1PB7A 5I59A 3V5AA 4RPNA 4H5GA 2UYEA 4F3BA 3MVWA 1A40A 2QRYA 2GHBA 3DLNA 2WKYA 5TPAB 3MUQA 3S9MC 3N26A 2QS4A 4YKJA 1HSEA 1B9JA 4XKQA 4H1XA 3HHFA 4LQ2A 1A99A 3LSFB 4RYAA 2H9BA 3EN3A 4EUOA 3F11A 1LAGE 4H0WA 3IB1A 2I3WA 4ZEKA 3VXCA 1B3GA 4GWOA 3MBPA 5H8NB 1IXHA 2O1LA 3U94A 1H45A 2REGA 1B52A 3C34A 3M3KA 1GR2A 1Y3PA 5H8QA 3W9VA 1M5EA 2GRVA 1IXCA 4QSCA 3UK4A 3TFLA 1N7WA 3OOAA 2O7UA 2NWJA 1XOCA 3UIFA 5L9MA 2H4IA 1NNTA 1B5JA 3MWBA 3PMWA 1P1OA 4NF4B 4HCWA 1B4HA 1A8FA 4YKPA 1MQIA 3MJNA 1IXIA 4KQPA 4H8JA 3U92A 3GBBA 2Q2CA 3N94A 3K1PA 3FXRA 4YB6A 4X1BA 5L8DA 4F29A 5CI5A 2DVCA 1D9YA 4AQ4A 3S9LC 1FTJA 3T96B 1PDAA 4RJZA 4RK2A 5FHMA 5EYFA 3FATA 4YZZA 4KD5A 3PGFA 5FHNA 2REJA 5AA2D 1ZMGA 4WXJA 4LZ8A 3OEMA 2O6AA 2F6PA 4R75A 2RCAA 4NWCA 5KCJB 4H6DA 1IXGA 4NF5A 3DM0A 4OFOA 5TP9B 4OWDA 3MVXA 5I57B 3OO6A 1ZBMA 3G3FA 1GTKA 1MDP1 2XX8A 5CBSA 3KJ7A 1VFDA 5I2NB 3K1MA 5FTIA 4MLVA 1MXXA 4F18A 4GRKA 1MY4A 5I84A 2RF1A 3O6HA 3FV1A 1M5FA 4FIMA 3KSJA 1US4A 1LLSA 1Y1ZA 3VV5A 3MP1A 3OMBA 2I49A 4YMBA 3U93A 2DS9A 1EH3A 3LSWA 3TODA 4XXUA 4KFQA 3S4UA 4F3GA 1AL3A 3SEWA 3LC8A 5AA3A 3H3GA 2E1SA 3LSXA 2B3FA 3H6VA 1MQDA 1FTLA 5AE4A 4U1OA 2DQVA 1DPEA 1OVBA 2B3BA 3LBSA 4ZE8A 1LB9A 4PFYA 1F9BA 1B7HA 1OQHA 3GBAA 2X26A 2XXPA 4IO4A 1QUKA 4RK9A 4IO2A 1JW4A 3I6VA 4LZ7A 1N3XA 1ZIUA 5TPAA 4ECFA 4U2RA 4LONB 4U22A 2HAUA 5KDTB 1FQBA 3RPWA 3A09A 4HCYA 3TTMA 3SERA 3KBRA 5H8NA 1EU8A 1SVXB 2Q9TA 3FV2A 5IKBA 2Z8DA 3H6UA 1NMUA 1USYE 4G8NA 2F35A 1VE4A 3QYTA 2Z8FA 5HBCA 3OO9A 3QAXA 2DE4A 3E4RA 3IL1B 3L6HA 4Q8RA 1BP5A 5L9OA 3KFMA 1OLAA 4NF4A 1SW5A 3QSLA 5ICTA 3DP8A 5CM6A 3FJGA 2DSFA 5I2KA 1S50A 4OEUA 4G8MA 3CSGA 2ONKE 3FIRA 3R6UA 2F7AA 1S7YA 4QFPA 3UN6A 3JV9A 1LAHE 4ELQA 3SEXA 1BTJA 3UORA 2R6GE 4ISUA 4YKKA 1WDNA 4G77A 1UIVA 5KCJA 4LVQA 1B05A 2P1SA 5TP9A 4OFJA 1YTVA 5I57A 4O3AA 2IA4A 3SEVA 5I2NA 1LAXA 4JXIA 4F31B 1MXWA 3HN0A 2OLBA 4EQ9A 1HSJA 4GIZA 5I58B 3CG3A 1UTHB 4NE4A 1JNFA 2Y84A 3U72A 3GXAA 4G68A 2I6EA 4EF1A 5J1DA 2ESNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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