The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
71
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structure length |
71
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Chain Sequence |
KTPEEPKEEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYADLLAKVNGEWTADLEDGGNCMNIKFAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Immune system
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| molecule keywords |
Capsid protein C
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| publication title |
Different crystal packing in Fab-protein L semi-disordered peptide complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Finegoldia magna
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| total genus |
16
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| structure length |
71
|
| sequence length |
71
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-09-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MHH E; 1IGD A; 3V3X A; 2LHE A; 1HEZ E; 5BMH A; 1XCQ L; 2LUM A; 2ZW1 A; 1FCL A; 4IKG A; 2JXT A; 2LGI A; 1MHX A; 2NMQ A; 4IOI E; 1UWX A; 2N9L A; 1MI0 A; 2IGH A; 1MVK A; 2KN4 A; 5BMG A; 1K50 A; 1P7F A; 2KQ4 X; 5BMI A; 2N7J A; 2GB1 A; 2IGG A; 1GB1 A; 1C9F A; 5JXV A; 2JWU A; 3MP9 A; 1F2R C; 2PTL A; 2ZW0 A; 2K0P A; 3GB1 A; 3UI3 A; 3FIL B; 1QKZ A; 2PW9 A; 2JZP A; 1PGB A; 1YNT E; 2RMM A; 1Q10 A; 2I38 A; 2QMT A; 2QSD A; 2KAC A; 4OZA A; 1FCC C; 1HZ6 A; 1IGC A; 1IBX B; 4GLS C; 5HI1 A; 1EM7 A; 5HFY A; 4OZB A; 1XF5 L; 4OZC A; 2RPV A; 1P7E A; 2JSV X; 1K51 A; 2KDM A; 1D4B A; 4KGR A; 3FIL A; 1F2R I; 4D2K A; 2GI9 A; 2PLP A; 1ZXH A; 5HG2 A; 1MPE A; 1HZ5 A; 2IGD A; 4WH4 A; 2LHD A; 1XCT L; 4KGS A; 2KWD A; 2JU6 X; 1IBX A; 1K52 A; 2I2Y A; 2EEL A; 1PGX A; 2ON8 A; 2J53 A; 1KH0 A; 1JML A; 2J52 A; 2OED A; 4HKZ E; 5HHD G; 1FD6 A; 1K53 A; 1GB4 A; 2ONQ A; 4KGT A; 4HJG E; 1PGA A; 1YMH E; 2N9K A; 4MAC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FHK A; 3ZNZ B; 3PLV A; 3DCG A; 2XNA C; 4DXA B; 4JX1 C; 3KLS X; 4GOC A; 2MP2 A; 2IDY A; 1E8Y A; 1UUP A; 2L1A A; 3VUW A; 1QOG A; 4WAF A; 2XN9 C; 3TJP A; 4GDL B; 3AE2 B; 4GSW A; 3ZGZ A; 3BIN A; 4HDO A; 5DPR A; 3PRM B; 1S3S G; 2GB1 A; 4WJQ A; 4XWW A; 4II3 B; 4B9K A; 3QAR A; 2I1K A; 2JUO A; 3ZJV A; 1WGR A; 4OVV A; 3ZXV A; 2G4S A; 3H7S A; 3CSF A; 2DYB A; 3X0W A; 4BAX A; 4EZJ A; 3FKY A; 1XT9 B; 2V4L A; 3IBE A; 1WRI A; 2H88 B; 1WI0 A; 4JQW C; 2LXC A; 1GC6 A; 2D3B A; 3RZW C; 3P63 A; 3NVV A; 4E74 A; 3HM3 A; 2D11 A; 3WAM A; 2KDM A; 4FUL A; 1LM8 B; 4BZA A; 3ZXR A; 4D2K A; 5D2M B; 4BOZ B; 5HG2 A; 2BPS A; 1OEY A; 3HK0 A; 3BVM A; 4BBN C; 4LJP B; 4ARI A; 1VDV A; 3MTN B; 1WMH B; 2KO3 A; 1A5R A; 2MEK A; 1VJK A; 4RCO A; 1WWT A; 2QCZ A; 1WE7 A; 2JT4 B; 1YMH E; 3W1S C; 4XZ4 A; 2LRU A; 4EZL A; 2KOX A; 3FC4 A; 4ZRK A; 3MC0 B; 1UWM A; 2HTH A; 1F0Z A; 1U4A A; 2CR5 A; 3DVG X; 3BY4 B; 4HPM B; 2WXL A; 3SR6 A; 2EMS A; 2UU7 A; 4ZDV A; 3UIP B; 2KYW A; 4BBN F; 2KXJ A; 2V3P A; 2QJL A; 1J7A A; 3J9C A; 4LDT D; 4NAW A; 3KVF B; 4AJY B; 2O2V A; 2CJN A; 2C5L C; 3IHP C; 4XDC A; 4RNA A; 5AZH A; 4TV3 A; 3V6C B; 4ANX A; 2KQ4 X; 2R61 A; 4K3B A; 2D3A A; 5AUK A; 4MH8 A; 3PVL A; 3M62 B; 5KHO A; 2BGF A; 4HCN B; 3ENE A; 2PTL A; 3DHG C; 4E3C A; 4WWP A; 3A1Q A; 4L2Y A; 1WXA A; 3AH7 A; 5JZE B; 3EFC A; 1WJU A; 1QOB A; 3CF6 E; 1Q10 A; 2ZJD A; 4C00 A; 4I6N B; 4W9L A; 4TQ0 A; 3RT3 B; 4MM3 B; 1FIQ A; 1F77 A; 2E3T A; 2WXR A; 2JSV X; 1DOX A; 4HPL B; 2KK8 A; 1TJE A; 4AQ7 A; 2OOB B; 3RNE C; 2GI9 A; 4MEM A; 3DBH I; 4GDK B; 1FNV A; 2LHD A; 4KGS A; 3I63 C; 4GXB A; 3WAL A; 4IDI A; 3NS8 A; 3IT4 B; 3IAM 1; 2KTF A; 5J17 A; 4GB9 A; 1R4N B; 1JML A; 2KHW B; 1FD6 A; 3I57 A; 4FJY A; 1ZW7 A; 1E7V A; 3U7Z A; 1QOF A; 1PGA A; 2MJ3 A; 3BYT B; 3QIJ A; 3AN1 A; 2I1J A; 5EE0 A; 5IA7 A; 1XXG A; 2Q5W D; 3VAW A; 2LJ5 A; 1V5T A; 3NG0 A; 2K39 A; 2KMM A; 5DPW A; 2DZK A; 4WUR A; 3NVY A; 2CJO A; 1J0G A; 1JAL A; 1NVI D; 3DVN U; 4RGO S; 3AU4 A; 3LDZ E; 3BK1 A; 4ITK A; 4CYE A; 2JXT A; 1EF5 A; 4RMA A; 4UDU C; 4LTU A; 4JE3 B; 2QHO A; 2BS4 B; 3KWV A; 2NMQ A; 2G1E A; 2N9L A; 1ZOY B; 3APC A; 2VH1 A; 1V1P B; 1G6J A; 1FPY A; 2SAK A; 4HEA 1; 2O6V D; 4NNJ B; 1XD3 B; 1UD7 A; 4IM2 A; 3AI5 A; 3L54 A; 1DOI A; 1SJH D; 1V49 A; 3ABV B; 1JQ4 A; 3UI3 A; 2WDR B; 1L6V A; 2JZP A; 3VHT C; 1YJJ A; 1PGB A; 3APF A; 1YNT E; 2HDE A; 2I38 A; 3AE5 B; 2BKR B; 1FNU A; 4A20 A; 1E9M A; 1WX9 A; 3AE7 B; 2W3S A; 1Z2M A; 1P7E A; 1ZDX A; 1IP9 A; 2GMI C; 3DOW A; 2J0K A; 1CMX B; 1T0S C; 1WM2 A; 5G5G A; 4AS1 A; 4HDQ A; 1XO3 A; 3BVG A; 2KQS A; 2KZR A; 4US8 A; 1V1P A; 2QC8 A; 1C78 A; 3HM6 X; 4O1N A; 1C76 A; 2IY1 B; 5AZF A; 1E7P B; 4RGM A; 3R2I A; 1YN3 A; 4DHJ D; 1L0Y B; 1CZP A; 2KWV B; 4FXC A; 5BYR A; 1AN8 A; 1M94 A; 2AQ1 B; 4ZHO A; 3U7D A; 1RRB A; 2L05 A; 2IBI B; 1XLN A; 1E7U A; 4JLC A; 4REZ A; 5IKC M; 4KIK B; 3B9J A; 5I4D A; 3QHT A; 5LNK 1; 2ZW1 A; 2KAJ A; 1T0R C; 2BS2 B; 1FXI A; 5D7G A; 3P2B A; 3JSV B; 1BXT A; 2WXG A; 4LNO A; 2WXM A; 4DK5 A; 2L76 A; 3L16 A; 2Y5C A; 2ZVN A; 2J42 A; 1NI3 A; 3EEC A; 4M0W B; 4EKU A; 2BS3 B; 4P1C C; 3DHH C; 1GG3 A; 1OGW A; 1ZP0 B; 4PYU A; 3V60 A; 2KQ7 A; 3RNG C; 1ZPS A; 4B0E A; 3ZVV A; 1VZ7 A; 3Q3M C; 3PRZ A; 4L1B A; 4X57 B; 2WXJ A; 1QQR A; 2M56 B; 1Y8R C; 2W54 A; 3TCA A; 3B1L X; 1SBB B; 2LI5 A; 4G50 A; 4IUM B; 4AWJ A; 3VH4 B; 2DLB A; 4OVU A; 2OHF A; 1JWB D; 4YL8 A; 3KYC D; 2ASQ A; 5D3D A; 1FRD A; 4MGY E; 2MW5 A; 2NBV B; 2K1F A; 4PS7 A; 1C3T A; 2KWD A; 1VLB A; 3R3M A; 1IBX A; 1FXA A; 5BO4 B; 4EE2 A; 3AUL A; 5IN7 A; 5CHW A; 1HE8 A; 3N20 C; 4C7Z A; 4ACF A; 4S17 A; 4JWU C; 3UIO B; 3R2T A; 1QZE A; 3H9D A; 3PPA A; 2BYE A; 3VUY A; 2AEH A; 3MC8 A; 2W9N A; 2DBY A; 1YX6 B; 2M0X A; 4DWF A; 2RDB C; 2WU5 B; 3ML8 A; 5CX3 A; 4DHZ E; 4YSZ B; 4NPN A; 4YWG G; 4ZRQ A; 3BII D; 3R66 C; 5IO9 A; 4G3X B; 3FAH A; 1T3Q A; 4W9H A; 2AX5 A; 1EUV B; 2L0F A; 2LJI A; 4Q2J A; 1RAX A; 2V9H A; 1WX7 A; 3ZNI D; 3V05 A; 3A4S C; 2N9X A; 3OWE B; 1DOY A; 1P9D U; 5AEK B; 1VZ6 A; 1F9J A; 3MHS D; 3NHE B; 2LVP A; 2BYV E; 3M63 B; 4HXD A; 1J7C A; 3L10 B; 2K22 A; 5D94 A; 3PSE B; 4TUU A; 4WAA A; 5E6N A; 4BKS A; 2LEK A; 3VTV A; 3V61 A; 1N5W A; 2KX0 A; 3PHX B; 4HJK A; 5GMV A; 3BYY B; 4N9F 4; 2ZCB A; 1TKE A; 2AYO B; 2TSS A; 1L0V B; 5TR5 A; 2PKO A; 2MX2 A; 3TEW A; 2LVQ A; 2FCM A; 4OZB A; 1FMA D; 4K1R B; 2LFI A; 3A9K B; 3N9Y C; 1ISN A; 4KGR A; 3Q8B A; 2FBW B; 2JY6 A; 2IYD B; 4F8C B; 2KDI A; 3SFE B; 4JIO U; 2L32 A; 4HRS A; 5EE9 A; 1ZKH A; 1IPG A; 2D5G A; 1TY0 A; 3WAP A; 4DDI D; 3KUC B; 1K8R B; 1WXM A; 3N30 A; 1PGX A; 1RWS A; 5EDS A; 1V8C A; 3H7P B; 1OQR A; 1YD8 U; 1MJD A; 2V4I B; 2LXA A; 2MP2 B; 4DDG D; 3U4E G; 1WGY A; 3JW0 X; 4NQL B; 5FK9 C; 1GB4 A; 1HA5 A; 4ANV A; 5G5H A; 2KWC A; 4NJC A; 3OJ3 A; 5C1Z A; 2INP E; 3ZJU A; 4ANW A; 2EKE C; 1NYR A; 4A6Q A; 4OVZ A; 3VH3 B; 3Q69 A; 2AQ3 B; 3DVG Y; 1SE2 A; 2L7R A; 1SSN A; 5HKH A; 2LGI A; 3A9K A; 4J6I A; 5E6O A; 2MRP A; 1MI0 A; 2R2O A; 2IGH A; 3KYD D; 3SEB A; 1LQB A; 2DZM A; 2K3U A; 4LNK A; 2CKH B; 4G0N B; 3TL5 A; 2WX0 A; 5FR6 A; 1QT9 A; 4B6W A; 2ZCC A; 2WP9 B; 3H7P A; 2BYT A; 4XWT A; 5TSS A; 1JRO A; 2AL6 A; 1IUE A; 1EF1 A; 3AU5 A; 1WZ3 A; 3RN9 C; 2WGS A; 4B95 A; 2LRW A; 1EM7 A; 3AEB B; 2NTS A; 2FUG 1; 2KLG A; 4HLE A; 4GIV A; 3GP7 A; 1KTK A; 3H1U A; 1F2R I; 2KC1 A; 1XLQ A; 1WGD A; 1XCT L; 3ZQ4 A; 1PYW D; 3RPF C; 3QAQ A; 2IND C; 3A9J B; 2MLB A; 3W1S A; 3AE4 B; 4FAD A; 2G3Q B; 4W9C A; 5EE1 A; 2PIA A; 1KH0 A; 1SIJ A; 2JPH A; 3A4R A; 1RM6 C; 2G9H D; 2WXF A; 3LJ3 A; 3SDL C; 2V0G A; 2KTR A; 3NRZ A; 4XDD A; 4YT0 B; 2Y3A A; 4NAW B; 5JHB A; 2O2V B; 2AL3 A; 1OFF A; 4LNI A; 2L52 A; 3AE9 B; 2DWQ A; 3ETR A; 4GGQ A; 1GNU A; 3ZNG C; 3RMK C; 2NR2 A; 3Q14 C; 2MBO A; 3A1Q B; 2JYE A; 2YVC A; 2C7H A; 2JX5 A; 2BWF A; 1EWC A; 4PT5 A; 1MHX A; 4FLH A; 2NPT A; 2REX A; 1BUI C; 3IG3 A; 3WAN A; 3VR9 B; 2JYT A; 3A9J A; 1N6Z A; 5BMG A; 4HWI B; 4RF1 A; 1S1Q B; 3WA0 A; 1E5W A; 5JXV A; 3UF8 A; 3VFK A; 1ESF A; 1B9R A; 1SF0 A; 3T9L A; 2J0J A; 2WXI A; 3V6E B; 3GB1 A; 4IWQ A; 1E6E B; 1VCB A; 3IFW B; 1WE6 A; 2Y5P A; 4JWS C; 2ZVO A; 3C0R B; 4RM9 A; 3Q8E A; 4RM8 A; 3BK2 A; 4W9F A; 2WXP A; 2L8J A; 3I3T B; 4YTM B; 2YLM A; 3ML9 A; 4LK0 M; 2QDF A; 3AEC B; 1I4H A; 3PZ7 A; 4FHJ A; 2PJH A; 1X1M A; 3SU8 X; 2X8X X; 2KD0 A; 4RFB A; 3R8B A; 4WIP A; 1C79 A; 1R4N I; 4RGT A; 2VRR B; 3ZRC A; 1I4Q A; 2Z0E B; 2W82 A; 2PVG C; 3CST A; 1ACC A; 5T8I A; 2ONQ A; 2A5U A; 1KLG D; 4C80 A; 2MH7 A; 2D2Q A; 4PS3 A; 1XQQ A; 3MFG A; 3URY A; 1E10 A; 2K6D B; 3N32 A; 4IC7 B; 2XK5 B; 3V3X A; 3B08 A; 2LUE A; 4A3P A; 4M02 A; 3P4S B; 3W9C B; 1YQ4 B; 1V97 A; 4HVB A; 5BYS A; 3NVZ A; 3GZN I; 3A33 B; 4MGZ E; 2LGX A; 3RI7 C; 2IPK D; 1MG8 A; 3C8Y A; 3NY5 A; 4PS8 A; 2FCS A; 3JVZ X; 1D6E C; 1PDX A; 2WS3 B; 2HJ1 A; 2NBW B; 2WHI A; 4YSY B; 4RF0 A; 1NDD A; 2MQJ A; 2MA9 B; 1Z5S B; 1SIF A; 3PT2 B; 1GB1 A; 1C9F A; 2QEJ C; 2SEB D; 2KJ6 A; 2GBR A; 4C7Y A; 2H89 B; 1WYW B; 3NVW A; 2M1M A; 4MSQ B; 3N3K B; 1C4C A; 1L2N A; 4WQO B; 3GZN B; 4ICU A; 3GOE A; 2WXK A; 3OLM D; 2XK5 A; 3NZ3 A; 3Q2A C; 5DPT A; 2DHZ A; 3M3J A; 2Y5B B; 1XF5 L; 4IG7 B; 1P98 A; 4PK1 A; 1I4R A; 3MJ5 A; 5AZG A; 4TQ1 A; 1KF6 B; 1KJT A; 3MHZ A; 3TMP B; 2RR9 A; 4E71 A; 2O6V A; 1TS2 A; 2D3C A; 2K5P A; 2PLP A; 4OW0 A; 4OHJ A; 1MPE A; 4KZC A; 1JCK B; 3RCZ A; 1Q5W B; 3X23 A; 3B0A A; 2N1V A; 3QC8 B; 1JRU A; 2EEL A; 2ZEQ A; 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4LLG M; 3IAS 1; 4A3O A; 2MJD A; 1EWY C; 4LCD E; 3TEZ A; 3NS1 A; 3OAW A; 4K3C A; 4M01 A; 4EFO A; 3RD2 A; 4XYC A; 1WJN A; 1UNS A; 3N1Z C; 5BMH A; 2X38 A; 4W9E A; 3K9O B; 2RSU A; 1HXY D; 1KOT A; 4BFR A; 4BVU C; 2LGS A; 4XX5 A; 3EA6 A; 3KUD B; 4DXG A; 2WWZ A; 3ONS A; 2NCN A; 4M00 A; 3NZU A; 1QIL A; 3VXW A; 2VH2 A; 3N1Y C; 4DBG A; 1VZ8 A; 2IGG A; 3PHW B; 2ZNV B; 3NZS A; 1HTQ A; 1PQS A; 4USA A; 1NEN B; 3ZTC A; 2GOW A; 3OJ4 B; 2V3N A; 4YTN B; 2QSD A; 4R3D A; 2WX1 A; 3PO0 A; 1TS4 A; 4F1S A; 1N63 A; 4N58 A; 1ZXI A; 3H6N A; 3P4R B; 4JPS A; 1KLV A; 1FFV A; 5LXI B; 1L4D B; 3VRA B; 3VR8 B; 2BTE A; 3P42 A; 4KSL C; 1SGH A; 1V81 A; 3TBL D; 2IZV B; 3ZDM C; 4MJS A; 1KLU D; 3EC8 A; 3QWZ B; 1WJ4 A; 2L83 A; 1K52 A; 2KJR A; 1L7Y A; 1CQV A; 1AWD A; 1YQ3 B; 2JXX A; 3NUH B; 5IP4 D; 1MG4 A; 2JVC A; 2WXH A; 1TZ1 A; 2J53 A; 4BKS D; 3QCA A; 2KVZ A; 3EGR A; 1M4V A; 1E0Z A; 4LNF A; 1L6U A; 2KX3 A; 2IY0 B; 2N9K A; 1HTO A; 2YEP F; 1L4Z B; 3DWG C; 3IT6 B; 4GMV A; 5G2N A; 2RD0 A; 2M0A A; 2HJ8 A; 1LO5 D; 1ZGU B; 2G4D B; 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