The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
54
|
Chain Sequence |
DTYKLILNGKTLKGETTTEADAATAEKVFKQYANDNGVGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
De novo protein
|
| molecule keywords |
Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-
|
| publication title |
Protein-like Tertiary Folding Behavior from Heterogeneous Backbones.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
16
|
| structure length |
54
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XF5 L; 2JZP A; 2PTL A; 2RPV A; 2IGG A; 1UWX A; 4OZB A; 2PW9 A; 1XCT L; 2JWU A; 1MPE A; 2IGH A; 2IGD A; 1MVK A; 1K50 A; 1GB4 A; 1PGB A; 2J53 A; 5HG2 A; 1IGC A; 2GI9 A; 2JSV X; 1IBX A; 2ONQ A; 4HKZ E; 1MHH E; 2ON8 A; 2GB1 A; 1HEZ E; 5HI1 A; 1FCC C; 3FIL B; 2I2Y A; 5JXV A; 5HHD G; 2RMM A; 3GB1 A; 1K53 A; 4OZA A; 3FIL A; 1PGX A; 5BMH A; 1IBX B; 3MP9 A; 2PLP A; 2JXT A; 2KDM A; 2JU6 X; 5BMI A; 2LHE A; 1FD6 A; 2ZW1 A; 3UI3 A; 2N9L A; 2LGI A; 2KN4 A; 4IOI E; 1IGD A; 1GB1 A; 1MI0 A; 2EEL A; 2QSD A; 1YMH E; 5BMG A; 4KGT A; 5HFY A; 2OED A; 1EM7 A; 2KQ4 X; 4GLS C; 1F2R I; 2J52 A; 1D4B A; 1P7E A; 1HZ5 A; 1XCQ L; 4KGR A; 2KAC A; 1MHX A; 2KWD A; 2K0P A; 1K52 A; 1KH0 A; 2QMT A; 2N7J A; 1PGA A; 2NMQ A; 1K51 A; 2ZW0 A; 1F2R C; 1P7F A; 3V3X A; 1YNT E; 1C9F A; 1ZXH A; 1HZ6 A; 2I38 A; 2N9K A; 4D2K A; 1FCL A; 2LHD A; 4WH4 A; 1QKZ A; 4MAC A; 4HJG E; 1JML A; 4IKG A; 1Q10 A; 2LUM A; 4KGS A; 4OZC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MHJ A; 2BBC A; 3ZIM A; 4YSX B; 1PFD A; 3NUH B; 5J2R A; 4EKU A; 1SIF A; 1FNU A; 3EGR A; 2ICI A; 3OG5 A; 3QAR A; 1N63 A; 1ROE A; 4UDU C; 2KC1 A; 4KKI A; 2DWQ A; 4S17 A; 3H7P B; 2M0A A; 3GP7 A; 3IVF A; 4YTM B; 1EF1 A; 1Z5S B; 4YL8 A; 2GRI A; 3W1S A; 5AUI A; 4NY0 A; 1L0V B; 2IND C; 4KSL C; 2AQ3 B; 1DOI A; 3PLU A; 3R8B A; 2NBV B; 2FE8 A; 2KKC A; 4DQO C; 1ZPS A; 2LVQ A; 1E8W A; 3ML9 A; 4M8M A; 1VD2 A; 4B0E A; 2DYO A; 4FUL A; 3C8Y A; 3ZXV A; 5BYQ A; 3APC A; 2MP2 B; 3TIX A; 4LTU A; 2DYB A; 3PTF C; 2QHO A; 3DWM A; 4FJZ A; 4YTP B; 4K1R B; 1HZ5 A; 4NQL B; 4KZC A; 4XYC A; 2D3C A; 2LGD A; 1XLP A; 2CJO A; 4ACF A; 4BKT A; 3L08 A; 2KMA A; 1Q5W B; 3ML8 A; 4RNA A; 4BOZ B; 2BKR B; 3MHZ A; 3FC4 A; 2N9K A; 1XQQ A; 3L4P A; 1QZE A; 2BYF A; 4MSQ B; 3VR9 B; 3AEA B; 4LNO A; 2M0X A; 1JRP A; 2PTL A; 2VH1 A; 4HVB A; 3W5V B; 1YN5 A; 2NPT A; 1C4C A; 1K50 A; 5E6J A; 3Q8C A; 3WAL A; 4WWP A; 1XEE A; 2IJ0 A; 5DPT A; 3VH3 B; 1M94 A; 4JQW C; 4B95 A; 4HPP A; 2WU2 B; 1GC6 A; 1I4P A; 1WJN A; 1SE3 A; 4GMV A; 1L6U A; 4MH8 A; 5HHD G; 2V3P A; 4AUQ C; 3DBL B; 1LGR A; 1IPG A; 4NJC A; 1ET9 A; 2PEA A; 3W1Y A; 1HA5 A; 4EZL A; 4JIO U; 4DXF A; 2ZJD A; 4S0R A; 4LNI A; 4MEM A; 1WXV A; 3Q2A C; 2LUE A; 4B9K A; 5G55 A; 3KH0 A; 2MJE A; 3DBR B; 3ZQ4 A; 2MRP A; 2DZI A; 2Y3A A; 2OED A; 1J0G A; 1Z2M A; 4LNK A; 4WAA A; 2KDF B; 3TCA A; 2AX5 A; 2XBB C; 2L83 A; 1T0S C; 2JT4 B; 3NY5 A; 2JY6 A; 1K52 A; 3UIP B; 2QMT A; 5KHO A; 1WGY A; 2MQJ A; 1OQR A; 2MBO A; 1WF9 A; 2KTR A; 1XLQ A; 2W9N A; 4MGI E; 1YQ4 B; 5T8I A; 4ANV A; 4A3O A; 1T6B X; 2KFK A; 3O13 A; 2GOW A; 4D2K A; 1TIF A; 4KZ0 A; 3NOB A; 4IG7 B; 3DVN U; 2FCQ A; 3N1Z C; 2L0F A; 1WY8 A; 4USA A; 1IYF A; 1HTQ A; 3QAQ A; 1I4H A; 2CHX A; 3L16 A; 2JZZ A; 4HWI B; 2AL6 A; 1TKY A; 4MM3 A; 5DCN A; 1UWM A; 2ONQ A; 1ISN A; 2O2V A; 4ASW C; 4GOC A; 1N5W A; 3IAM 1; 4AS1 A; 1SE9 A; 5H8Y E; 3ZLZ A; 3T3N A; 4C4V A; 3J9C A; 2WHI A; 5MPO A; 1E6E B; 3KW5 B; 3FAH A; 3HM3 A; 4OZA A; 2HJ1 A; 1HXY D; 2AQ2 B; 3AE7 B; 3CIR B; 4M00 A; 3KQ4 A; 4W9D A; 1RLF A; 3KYC D; 2OJR A; 2UU7 A; 1TS4 A; 1ZW7 A; 1RAX A; 3UI3 A; 1WR6 E; 4E3C A; 2G3Q B; 4NJ6 A; 1NVI D; 2QSD A; 1NI3 A; 1MFW A; 3AN1 A; 3JW0 X; 1PDX A; 1SE4 A; 2EMS A; 2FIF A; 1JRO A; 3CST A; 5FKA C; 2R2O A; 3HIZ A; 4MJS B; 3QA8 A; 3AM9 A; 3AE9 B; 4WWO A; 3N32 A; 2C5L C; 3ZDT A; 5E6P A; 1PGA A; 2ZW0 A; 3RI7 C; 2LRU A; 3MC9 A; 4TV3 A; 2C7N B; 2WXN A; 2CJN A; 2LGS A; 4ANU A; 1TBE A; 4M01 A; 4B0M A; 3KVF B; 4C7Y A; 2ZEQ A; 4HJG E; 5LXI B; 2M8S A; 3CF6 E; 3DBS A; 5EE9 A; 1CJE A; 2EKE C; 4W9F A; 3KWL A; 1P3Q U; 2VRR B; 1T5X D; 3PLV A; 2BW2 A; 4JL9 A; 5EDS A; 4RMA A; 1KJT A; 3B08 A; 3T8M A; 1MPE A; 3VXW A; 4W9E A; 1CK1 A; 3WAN A; 2GI9 A; 3A1Q A; 3PHX B; 3DHI C; 3SD5 A; 4ANW A; 3RUI B; 2ON8 A; 2GB1 A; 4ZRK A; 3WIM A; 1TS5 A; 2V0G A; 2Y5B B; 3PV1 A; 1L4Z B; 4MT5 A; 1WMH B; 4A3P A; 2WDT B; 1TGZ B; 1YJI A; 2WU5 B; 1YQ3 B; 4GGQ A; 3NS1 A; 2WXH A; 4GDK B; 1XLO A; 1IBX B; 4GSW A; 4DWF A; 3EC8 A; 1WX8 A; 4HCP B; 3MP9 A; 3EFC A; 2W3S A; 1F0Z A; 4TKN A; 5BMI A; 1V86 A; 2QC8 A; 4K3C A; 2LXA A; 3OAW A; 4W9G A; 5LNK 1; 5BMG A; 1I4X A; 5AZG A; 3KYD D; 3Q3J A; 3GE8 C; 3E56 A; 1GAQ B; 2KDB A; 3PRP B; 1XD3 B; 2NCN A; 4RF0 A; 4TQ0 A; 4RGO S; 1T3Q A; 4HCN B; 2JRH A; 2L8J A; 2BTE A; 1P9D U; 3IAS 1; 4AJW A; 4AQ7 A; 3VQI A; 3TSS A; 1XO3 A; 3ZXR A; 4ZRI A; 1C9F A; 4WWN A; 3APD A; 5CX3 A; 4ITK A; 4P1B C; 4WH4 A; 1YQB A; 1P98 A; 4KIK B; 1JML A; 3IBE A; 2K6Q A; 1YX6 B; 1XF5 L; 5J18 A; 2K25 A; 4YSZ B; 5D3I B; 1KFY B; 1OEY A; 1UWX A; 1R4M I; 4OZB A; 3VRA B; 3LJ3 A; 3KUZ A; 3L54 A; 2M17 A; 1PYW D; 1J7C A; 4WUR A; 1V1O A; 2QIE B; 4FJY A; 2G1E A; 1L7Y A; 1Y8R C; 5L83 A; 1UZX B; 5E6N A; 2WX0 A; 4EUT A; 1UGJ A; 4CHK A; 3Q8A A; 4XDC A; 4DHJ B; 1YD8 U; 2IPK D; 4M0W B; 5D6J B; 3E9S A; 4ZRQ A; 1JAL A; 4C7Z A; 3RMK C; 2REX A; 3MHS D; 2KMM A; 4OW0 A; 2LVP A; 3P4S B; 3EA6 A; 3TEY A; 2LXC A; 1IUE A; 2KC2 A; 4O1N A; 4L1B A; 1M4V A; 2IO3 B; 1VZ8 A; 5LLI A; 3H9D A; 1ZUD 2; 3R66 C; 1PUT A; 3Q8B A; 1U4A A; 2HE7 A; 4OVV A; 1A5R A; 2IY0 B; 3A9J A; 4BFR A; 1V81 A; 1TY0 A; 2V9H A; 2FCN A; 1ET6 A; 2CKH B; 1J7A A; 3C0R B; 2H88 B; 2L0T A; 2MCN B; 2ZCB A; 3KUC B; 2Z59 B; 4GDL B; 4LJP B; 2KYW A; 3P42 A; 2ZVN A; 2N1W A; 3DWG C; 3T9L A; 3DVG Y; 4ARC A; 3PPA A; 1C3T A; 1FNV A; 4IM3 A; 2WXL A; 4P6V F; 3NS8 A; 1V1P B; 2VZK D; 3IHP C; 2FUG 1; 1QKZ A; 4A20 A; 4IKG A; 4B6W A; 2PVG C; 4KGS A; 4US8 A; 3PT2 B; 2CU3 A; 3ZYY X; 4HXD A; 2MBQ A; 2C7M B; 3ZRC A; 4WQM A; 1NEK B; 1C4P A; 4EFO A; 1PGB A; 1SF0 A; 3Q6B A; 5HG2 A; 2KZR A; 2KAJ A; 4I6P A; 4JWS C; 4EZK A; 4E74 A; 1GUA B; 4WJO A; 4G11 A; 3P4P B; 1YX5 B; 4PS8 A; 1EF5 A; 4N9F 4; 2BPS A; 1JWU D; 2LVO A; 3HK0 A; 3R7Q A; 3NG0 A; 1KLU D; 3KLS X; 2UYZ B; 2KJ6 A; 1VCB A; 3ECI A; 4X57 B; 1CQV A; 3I63 C; 4RM9 A; 2RGF A; 3GZN I; 1SGH A; 2PVO D; 1TZO A; 2K8B A; 2WXR A; 3JSV A; 5C1Z A; 2BGF A; 1SE2 A; 3BY4 B; 1EM7 A; 3BZD B; 2FAZ A; 1VLB A; 2J42 A; 1J19 A; 2L3Z A; 2QJL A; 3Q8F A; 3V61 A; 2AQ1 B; 4BKG A; 3Q3O C; 1S3S G; 2XK5 A; 2K1F A; 1ZE3 D; 2LJ5 A; 5IO9 A; 2JVC A; 1FFV A; 3QWZ B; 3U7D A; 4WJP A; 1DOY A; 3R2T A; 4EOY A; 4TQ1 A; 3DHG C; 3OWE B; 1B1Z A; 1B9R A; 4BBN F; 3LB8 C; 2BS2 B; 3RZF A; 2KWC A; 2W82 A; 4ZOH C; 2OOB B; 4JLC A; 4XDD A; 2IO1 B; 3ZNG C; 2KD0 A; 3EFU A; 4DDI D; 4RGM A; 3JYU A; 2GBK A; 4RF1 A; 1V2Y A; 4G3X B; 1FRD A; 1FXA A; 1E5W A; 2JWU A; 2C7H A; 2O2V B; 2WP9 B; 5J17 A; 4NAM A; 3W5U B; 4GXB A; 4C4V B; 1TS3 A; 2VZK B; 1MHH E; 1OFF A; 4NZL B; 1WJU A; 4BOS C; 1UH6 A; 2WXF A; 3V05 A; 2DHZ A; 4DBG A; 1EWC A; 5IN7 A; 3P1M A; 4KSK C; 4YTN B; 3VUY A; 1VZ7 A; 3WA0 A; 4HRS A; 1OGW A; 2D10 A; 1QOB A; 1K53 A; 1V9J A; 2LGY A; 1QOG A; 2JPH A; 5BMH A; 4M8N A; 3ONS A; 3ZJT A; 1HE8 A; 3M3J A; 2KT7 A; 1WWT A; 2LRW A; 3T3O A; 2WNM A; 3ZJV A; 2L00 B; 3I9V 1; 4LNF A; 3L17 A; 2V3N A; 1KOT A; 4EZJ A; 2GMI C; 3L13 A; 4IM0 A; 1FNW A; 3ZKJ C; 3R3M A; 3QJZ A; 1E7V A; 1SEB D; 1JCK B; 2INP E; 4PK1 A; 2DX5 B; 2QDF A; 2KWU B; 3UIO B; 4K3B A; 5FR6 A; 5CHW A; 4DDG D; 1AN8 A; 4CYE A; 2KWV B; 1JQ4 A; 2NVU I; 3WCQ A; 2Q5W D; 4BKS D; 3AEC B; 1FXT B; 1WE6 A; 3RNB C; 3DPD A; 3B1L X; 4HLE A; 1N5X A; 4W9C A; 1QLB B; 2E3T A; 4M02 A; 3RT3 B; 5CHF A; 2PIA A; 4C56 C; 1V97 A; 4ICU A; 4L23 A; 2JZP A; 2RPV A; 4W9K A; 3H7P A; 1KRH A; 1OQQ A; 1TY2 A; 3ZNH B; 2WYQ A; 5D94 A; 2D3B A; 1XCT L; 3A1Q B; 2OJW A; 4PYZ A; 2V3S A; 2B76 B; 4WJN A; 4N58 A; 4ZDV A; 2GLS A; 1I7H A; 2QCZ A; 1T0Y A; 3AMZ A; 2W3R A; 1IGC A; 3UIN B; 2I2Y A; 2M19 A; 3W9C B; 3NZS A; 3V62 A; 2IBI B; 3ZTD A; 1E8Y A; 3Q3N C; 2MBH A; 2ACZ B; 2MP2 A; 3HHM A; 2WXM A; 3AE6 B; 2PLP A; 2MBB B; 5AUK A; 4L2Y A; 1LFD A; 1XLN A; 1IGD A; 3BK1 A; 5KHQ A; 1F1H A; 2X38 A; 1YMH E; 1XXG A; 1JWS D; 3IXS A; 3Q3F A; 1WGD A; 4GN1 A; 3A9K B; 1I4R A; 3ZNZ B; 1D4B A; 1JW9 D; 1AWD A; 2WXO A; 2IY1 B; 1WZ0 A; 4W9J A; 2KOX A; 2WX1 A; 2N0S B; 1QIL A; 1GNU A; 1WX7 A; 2DYM A; 3JVZ X; 4ZYS A; 1P7F A; 3DBH I; 4BVU C; 3AUL A; 2V1Y A; 2DAF A; 4US9 A; 4W9H A; 4KVG B; 1CZP A; 3SU8 X; 3GOE A; 1WM3 A; 3VUW A; 2L1A A; 3I3T B; 4EE2 A; 1Q10 A; 2KVR A; 2LUM A; 2SAK A; 4YT0 B; 5TR5 A; 2D3A A; 4ZRP A; 4WQO B; 1EUV B; 3N30 A; 1LO5 D; 3OJ4 B; 3P63 A; 2MJ3 A; 1TKE A; 1P1A A; 1WJ4 A; 3D32 A; 2K22 A; 3ZGZ A; 1WSP A; 5G2N A; 2LI5 A; 2PW9 A; 3VTV A; 3A33 B; 1MVK A; 1KLV A; 4XX5 A; 4WWM A; 2A4Z A; 2NR2 A; 3ABV B; 1WXA A; 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2N7D A; 1FO4 A; 2KTF A; 2KQS A; 3O65 B; 1L4D B; 3M95 A; 1WXM A; 4A6Q A; 1HQR D; 3BVZ A; 2I1J A; 3AXC A; 2WDQ B; 2JYE A; 3AU5 A; 3DBR I; 4HPL B; 4LJO B; 4JE3 B; 2EMT A; 4FHK A; 1AW7 A; 4II2 B; 2JXT A; 2KFJ A; 2BS4 B; 4KKJ A; 3VAW A; 3JSV B; 1I4G A; 2ZW1 A; 4HDO A; 2LGI A; 3S2A A; 5EE3 A; 3PS6 A; 2YEP F; 1D5Z C; 3I57 A; 2CS4 A; 2GBM A; 5IKC M; 2CHZ A; 4TUU A; 3PSE B; 1ZDV A; 2MX2 A; 3IG3 A; 3SDL C; 3ALB A; 2RDB C; 3UF8 A; 3Q14 C; 5TSS A; 4HRO A; 2HD5 B; 3VTW A; 1NYR A; 2BKF A; 1F9J A; 1RFK A; 2J52 A; 4A55 A; 1L5P A; 3NVV A; 1WFY A; 1FM0 D; 2L76 A; 2WQY B; 2KAC A; 2K5P A; 5JHB A; 2WGS A; 4IWP A; 1K51 A; 3R7R A; 4R3D A; 1FRR A; 1ZKH A; 2NBW B; 3TUO A; 3DQV A; 3MC8 A; 5AZF A; 3RPF C; 3AEF B; 5DPR A; 1TJE A; 4G0N B; 1LQB A; 3WAO A; 4XWW A; 3QCA A; 4OZC A; 1TYG B; 1IP9 A; 1UUP A; 2AWT A; 4ANX A; 3U30 A; 4XWT A; 1WX9 A; 4HEA 1; 2CU1 A; 5IP4 D; 4DXA B; 5FK9 C; 2Z8L A; 2IGD A; 1GB4 A; 2HTM E; 3SFD B; 2WDV B; 1VRA B; 4GDK A; 2R61 A; 1IBX A; 4HPM B; 3WAP A; 4BBN C; 4HK2 A; 4MGZ E; 3Q8E A; 1L6V A; 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