The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
115
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structure length |
88
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Chain Sequence |
TTFKLAACVTLACTRVKHCSFNITTDVKDRKQKVNATFYLYRLISCQTTTTEAVDAATAAKVFKQYANDNGIDGEWTYDDATKTFTVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Immune system
|
| molecule keywords |
PG16 Fab Heavy Chain
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| publication title |
Structural basis for diverse N-glycan recognition by HIV-1-neutralizing V1-V2-directed antibody PG16.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
12
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| structure length |
88
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DQO C; 4YWG G; 3U4E G; 3U2S C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WXI A; 1P0R A; 2WDR B; 1E6E B; 4NJC A; 2BYT A; 3DHG C; 2BKF A; 1F1H A; 4OVZ A; 2OJR A; 4FN2 A; 2MW5 A; 4IM0 A; 1ZGU B; 1Z2M A; 3RUI B; 1HZ5 A; 1JML A; 4NAM A; 1TS2 A; 3Q8F A; 3N1Y C; 1RWS A; 2KHW B; 3AEB B; 2ON8 A; 3NZ3 A; 1WR6 E; 1MPE A; 3U4E G; 1E8W A; 3C8Y A; 4DBG A; 2JQR B; 1XCQ L; 4I6L B; 3VTU A; 3RZW C; 4ITK A; 3JVZ X; 5EE9 A; 5JHB A; 2GBR A; 1QKZ A; 3W5U B; 4C7Z A; 3VRB B; 4DHJ D; 1WXQ A; 2MBQ A; 3VH3 B; 1I4H A; 3KYD D; 2YEP B; 2IO1 B; 5HG2 A; 4LDT D; 1XD3 B; 1X1M A; 4B0M A; 1R4M I; 1XLO A; 4GGQ A; 5FK9 C; 1CJE A; 1WJ6 A; 3VUW A; 3W1Y A; 3EGR A; 1WIA A; 2RDH A; 4K1R B; 3P2B A; 2DBY A; 4KKJ A; 4LNN A; 3ZIM A; 4IC7 B; 1FO4 A; 4GMV A; 3KH0 A; 3GZN I; 2M0A A; 4Q2J A; 3AH7 A; 4ZYN A; 2KTR B; 4GDL B; 1DOX A; 5AEK B; 4A9A A; 4RM9 A; 2RDB C; 1WXA A; 2MEK A; 2V1Y A; 3M62 B; 2NS5 A; 3S2A A; 2BW2 A; 1ZP0 B; 4ANV A; 1YMH E; 4AP4 C; 3MFG A; 3BK2 A; 2FID A; 4FJY A; 3V62 A; 1SJH D; 3O65 B; 2N7J A; 3DHH C; 3VAW A; 1L7Y A; 2VRR B; 3NJT A; 1STE A; 3IFW B; 1YJI A; 1TS5 A; 4N9F 4; 1G6J A; 1Q10 A; 2ACZ B; 1JW9 D; 3KUZ A; 3DBR I; 2WWZ A; 4MGZ E; 3VDZ A; 1JWM D; 4B6W A; 1NBF C; 4C4V A; 1WM2 A; 1WE7 A; 2GBM A; 1KM7 A; 1TJE A; 2QCZ A; 2KAN A; 2KK8 A; 3AE3 B; 4AJY B; 4N59 A; 3NS8 A; 1JWS D; 3I63 C; 2DHZ A; 2NBW B; 2PJH A; 1FMA D; 4M0W B; 4JPS A; 3IT6 B; 2M4N A; 3KLS X; 5H8Y E; 1GOZ A; 2BYF A; 2WXR A; 1LQB A; 4XC2 A; 2M8S A; 2NVU I; 3QIJ A; 1QF6 A; 1C78 A; 4WJQ A; 1WF9 A; 3QA8 A; 3NY5 A; 1OEY A; 2ZPN A; 3AI5 A; 3N9Y C; 2NMQ A; 2PPH A; 4W9C A; 1VLB A; 3MHZ A; 2O2V A; 2KO3 A; 4BOZ B; 1P7F A; 2WXN A; 4P1B C; 2JXX A; 4JWS C; 1XEE A; 1WH3 A; 1NI3 A; 2OHF A; 3OJ4 B; 1V5T A; 3DBR B; 4K81 A; 3AEC B; 4WJO A; 2LJI A; 2LAS A; 2LUM A; 2BS4 B; 3JSV A; 2LJ5 A; 3ONS A; 4KSK C; 2KDM A; 2QJL A; 3V61 A; 3VRA B; 2HTH A; 2KWC A; 4QAY A; 1WX9 A; 2NBV B; 1SJE D; 2W3R A; 1FCL A; 2MX2 A; 1JCK B; 4DHJ B; 3CSF A; 4NZL B; 4NJ6 A; 3SD5 A; 4A8X C; 1VZ6 A; 4KKI A; 2WDV B; 3ZGZ A; 1ZE3 D; 1WGH A; 4LDT B; 3SFD B; 4FJZ A; 3R7Q A; 2D11 A; 4OZB A; 4EZK A; 3D32 A; 3CWI A; 2KQ4 X; 1EUV B; 2YVC A; 1EM7 A; 3SU8 X; 1BXT A; 4C80 A; 1MVK A; 2Y5B B; 4W9E A; 3RNE C; 2BKR B; 2CR5 A; 4BOS C; 1QOA A; 1KH0 A; 2WGS A; 1WXV A; 2XBB C; 3RI7 C; 4JX1 C; 2DZM A; 3HVD A; 4ZYS A; 1XXG A; 4EUT A; 3CIR B; 3UGB B; 2N9X A; 2LFI A; 1UGJ A; 2RSU A; 1IBX B; 1TY0 A; 3TEW A; 3WAO A; 2HJ1 A; 1V1P A; 2J4X A; 2OED A; 4OZC A; 2KWV B; 1SEB D; 2KLC A; 3KQ4 A; 3AU4 A; 1H8C A; 1L2N A; 4DDI D; 1XO3 A; 3TEX A; 1C4P A; 1F0Z A; 1V49 A; 1ACC A; 5TSS A; 2BYE A; 3KWL A; 3PT2 B; 4HCN B; 4HJK A; 4BKG A; 3Q2A C; 2L76 A; 5DCN A; 3JYU A; 5CHF A; 3VH4 B; 1WGR A; 1XLN A; 3AB5 A; 2DWQ A; 1WJ4 A; 1N5X A; 1LO5 D; 4ZOH C; 4W9K A; 5G2N A; 2GOW A; 1EO6 A; 2C5L C; 1RYJ A; 1E9M A; 1RFA A; 4EZJ A; 1WMH A; 1ENF A; 2K6D B; 4WWN A; 2QC8 A; 2KDE B; 1Z5S B; 2DZK A; 3QQ8 B; 3WAL A; 4BKS D; 4US8 A; 1RFK A; 4YTM B; 2KWD A; 4KGS A; 3UQA A; 1SBB B; 1WX7 A; 3MC8 A; 1C4A A; 1Y56 A; 2BPS A; 1N62 A; 4BKT A; 2W54 A; 5IKC M; 3BIN A; 3A33 B; 2Z0E B; 2JWU A; 1FEH A; 2X8X X; 3L4P A; 4ZRQ A; 1B9R A; 2K5P A; 4C7Y A; 1TKE A; 4YWG G; 3AE7 B; 2K0P A; 3QCA A; 1HTQ A; 5JZE B; 3NVV A; 3LDZ E; 4W9H A; 2BT6 A; 2ZW1 A; 3EEC A; 3AU5 A; 1GJZ A; 1CZP A; 2M1M A; 3ZQ4 A; 1TS3 A; 2J42 A; 3AXC A; 1SXT A; 3AV8 A; 3SFE B; 1XCT L; 3AEF B; 3FIL B; 2D2Q A; 2KMM A; 2AQ2 B; 2JYE A; 3BK1 A; 5HHD G; 4YXD B; 1V5O A; 3NRZ A; 5C3J B; 3NZS A; 2UYZ B; 5KHQ A; 4A3P A; 3A9K A; 3H7P A; 3ZYY X; 3JW0 X; 2RD0 A; 4DXA B; 1FNV A; 1WGD A; 3KUD B; 1TIF A; 3PS6 A; 1PFD A; 4KGR A; 2BTE A; 4P1C C; 2L7R A; 3PRP B; 4OVU A; 5FR3 A; 4G3X B; 4JWU C; 4WQM A; 4GOC A; 4GLS C; 2GMI C; 1T3Q A; 2UWQ A; 3N32 A; 1A70 A; 1I35 A; 1J7A A; 4XWW A; 2BF8 B; 1K52 A; 2M56 B; 4NY0 A; 3NOB A; 4ANW A; 2NCN A; 4MH0 E; 3W5V B; 3BVZ A; 4KX6 B; 2KQS A; 2KLG A; 2ICI A; 4GDK A; 2K25 A; 4C00 A; 4LK0 M; 4HCP B; 4RGN A; 2FCN A; 2L3Z A; 3N20 C; 4TQ1 A; 4RF1 A; 3VUX A; 2JRI B; 1QOG A; 4XYC A; 5L83 A; 2C7N B; 4GB9 A; 2IDY A; 2L32 A; 2CKH B; 3ZTC A; 1T0S C; 4HPP A; 1HXY D; 4MJS B; 4HPM B; 5G55 A; 5IOI A; 2GBJ A; 2L1A A; 4HXD A; 1FNU A; 1SE3 A; 3A1Q B; 4CHK A; 2CU3 A; 1WRD B; 4NQL B; 1D6E C; 3PHX B; 4XZ4 A; 3VUY A; 3VFK A; 3M95 A; 4IW0 A; 2G1E A; 2IYD B; 4JLC A; 1UWX A; 3R3M A; 2EKE C; 2WDQ B; 3VHT C; 5D94 A; 5T8I A; 2KC2 A; 5KHO A; 1IGD A; 3TBL D; 1UGM A; 1CQV A; 2KDB A; 1ESF A; 1AWD A; 4JQW C; 1RM6 C; 2IO0 B; 4LJO B; 2MA9 B; 1JRO A; 3U7D A; 4NQK E; 2MP2 A; 4W9J A; 3APF A; 3L54 A; 2W9N A; 2Z8L A; 3B2F A; 2LGX A; 2O6V D; 3H7S A; 1C1Y B; 3UIP B; 4CQN A; 3RNC C; 1E8Y A; 3NUH B; 1TKY A; 2JY6 A; 3RNF C; 4IKG A; 4NAW A; 3PLU A; 2PLP A; 4FJV B; 3V60 A; 3T3N A; 4HVB A; 1CMX B; 3DWG C; 2PTL A; 5EE0 A; 4ARI A; 3L13 A; 2BWF A; 2KOX A; 1ZPS A; 5GXG B; 3URY A; 1MFW A; 1AAR A; 3NZU A; 1PYW D; 4IWP A; 2D3B A; 3IVF A; 2N9E B; 3E56 A; 1FXI A; 1BML C; 1P9D U; 3KWV A; 3NVY A; 3AEE B; 2QSD A; 2BB5 A; 3MC9 A; 4P16 A; 1AW7 A; 2W3S A; 2KQ7 A; 1WXM A; 3ZVV A; 2B76 B; 1JAL A; 4KIK B; 2C9W B; 2IPK D; 2AX5 A; 4HKZ E; 3Q69 A; 2GBK A; 5CHV C; 2FUH B; 2K6Q A; 4WJN A; 1E5W A; 5BYS A; 3PZ8 A; 2Z0D B; 3CMM B; 3DHI C; 3HHM A; 2WXJ A; 4C56 C; 1L4Z B; 3RPF C; 2WXH A; 5EDS A; 4D2K A; 2C60 A; 3L08 A; 1XF5 L; 1E8X A; 4RM8 A; 4E74 A; 1KLU D; 1GC6 A; 2N1V A; 4RH6 A; 3Q8A A; 2AQ1 B; 1GAQ B; 4UDU C; 3LXF A; 1I4X A; 4NNJ B; 5CHW A; 4XX5 A; 4LJP B; 2KJ6 A; 5HFY A; 2NPT A; 3T3O A; 2C7M B; 3ZW3 A; 1YN5 A; 2CS4 A; 2QEJ C; 2HDE A; 4W9I A; 1P7E A; 3BYY B; 2JZ3 B; 3W1S C; 3ZJV A; 2KVZ A; 2V9H A; 3GP7 A; 5GMV A; 4ZRI A; 1GG3 A; 3A4R A; 1UWM A; 3H8H A; 1K50 A; 4KV2 A; 1UH6 A; 3ZJT A; 1NI2 A; 2PVO D; 2K8H A; 5LLI A; 4IM3 A; 4II3 B; 4MM3 A; 5BMG A; 2G4D B; 1C4C A; 2J0K A; 3DDC B; 2K22 A; 2WXP A; 2FE8 A; 4BAX A; 2H89 B; 5D7G A; 2JX5 A; 2E6X A; 1J8C A; 1HE8 A; 3UQB A; 1UZX B; 1WJU A; 1L0X B; 5L95 C; 3KUC B; 5JXV A; 1NEK B; 2IO2 B; 2LUE A; 2V4I B; 3UIO B; 2J7Q B; 2I38 A; 2KFJ A; 4W9F A; 1F77 A; 4HDQ A; 4IWO A; 1WX8 A; 3HM6 X; 1J7C A; 1FRD A; 3P4R B; 4JIO U; 4M02 A; 2VZK D; 4ANX A; 3DBH I; 4KDI C; 1R4M B; 4LNI A; 5TR5 A; 4G11 A; 3WCQ A; 3RNG C; 5AUI A; 2XK5 A; 2INP E; 3A9J A; 2HJ8 A; 2REX A; 3U52 E; 4A90 A; 1EU4 A; 2DEN B; 2O6V B; 3FKY A; 2WXM A; 4RCO A; 2ZVN A; 3GZN B; 2D10 A; 2DX5 B; 1D5X C; 3ZRC A; 3N1X C; 2JT4 B; 2ZVO A; 2B3A A; 3I57 A; 1VR9 A; 3ETR A; 4HRO A; 3LYY A; 1M4V A; 1RAX A; 5E6N A; 3U30 A; 1UBQ A; 4K3C A; 4A6Q A; 4MSQ B; 3R7R A; 1FFV A; 5J2R A; 1UUP A; 2MRP A; 3SEB A; 1VRA B; 1I42 A; 1TGZ B; 1DOY A; 2N0S B; 4XE0 A; 1U4A A; 1WY8 A; 3SDL C; 1FRR A; 4J6I A; 2BB6 A; 1TKG A; 2Z59 B; 4MT5 A; 3NVW A; 3BII D; 2N7E A; 3DBH B; 4AS1 A; 3VTW A; 3EC8 A; 2AYO B; 2N9K A; 4LNO A; 4L1B A; 4BBN F; 1WGG A; 5H92 C; 4FBJ B; 1EU3 A; 5E6P A; 1DOI A; 2SAK A; 1J0G A; 1SE4 A; 2LMC A; 5CTR C; 3V05 A; 1HZ6 A; 4HPL B; 4USA A; 1GB4 A; 3GS2 A; 4DHZ B; 3DWM A; 3Q8B A; 4MSM B; 2G45 B; 1PQS A; 3T8M A; 4OZA A; 2IO3 B; 2QIL A; 3DBS A; 5E6O A; 4EEW A; 2N9L A; 2MH7 A; 2BQQ A; 2JVC A; 1UBI A; 1QT9 A; 2LVO A; 1L0V B; 2CHZ A; 3K9O B; 3FAH A; 4II2 B; 1V8C A; 4ZRP A; 3MJ5 A; 1TS4 A; 3FC4 A; 2WDT B; 4HLE A; 1UD7 A; 1L6V A; 2H88 B; 4AWJ A; 4EKU A; 2RR9 A; 2G4S A; 4TSS A; 4FAD A; 2IGG A; 4TUU A; 1FIQ A; 4TQ0 A; 4M8N A; 5G5G A; 5AUK A; 2BGF A; 3V6E B; 2L52 A; 3N1Z C; 2IGH A; 1P98 A; 2KFK A; 4WWO A; 5D3D A; 4S0R A; 2JUO A; 2FCQ A; 3B0A A; 3L0W B; 2DYO A; 3AMZ A; 4PYU A; 1VJK A; 3NS1 A; 1PGB A; 2AL6 A; 3HVZ A; 5IN7 A; 2X38 A; 2KJH B; 2HD5 B; 1WZ0 A; 3I5J C; 2J52 A; 5LXI B; 2WS3 B; 3T9L A; 2BWE S; 2DNF A; 4GSW A; 3TMP B; 3TEZ A; 4HK2 A; 2CJN A; 4K3B A; 2VZK B; 4MEL A; 1ET9 A; 3TSS A; 2MQJ A; 1ROE A; 2IY0 B; 2V0G A; 3Q3M C; 2PVG C; 3ZLZ A; 1T0R C; 3AE8 B; 1JWB D; 2ZNV B; 1GB1 A; 1Y8R C; 3ALB A; 1FNW A; 2Y5P A; 3B2G A; 2PIA A; 2CHW A; 3ZNG C; 3HM3 A; 3Q3F A; 1NEN B; 3AM9 A; 4K7U A; 2KC1 A; 4IWQ A; 3PZ7 A; 1YOV B; 4FXC A; 2JYT A; 1WM3 A; 3DVN U; 5FKA C; 2Y5C A; 3U7Z A; 1ZUD 2; 2LGD A; 3PLV A; 4B0E A; 2PE6 B; 2G9H D; 1YN4 A; 1WJN A; 1FXA A; 1VCB A; 4REZ A; 3PTF C; 2FIF A; 4YTP B; 1YQB A; 5E6J A; 3TL5 A; 2WHI A; 2IND C; 1JWU D; 3I9V 1; 1RRB A; 1ZDV A; 4WQO B; 4MH8 A; 4B9K A; 2N1W A; 2ZCB A; 3PRE A; 2KYW A; 5DPS A; 2NTT A; 1BUI C; 4ZDV A; 2IY1 B; 1WRI A; 1ZXH A; 4I6N B; 3M3J A; 3VR8 B; 2KVR A; 3WAM A; 1I4G A; 3AE6 B; 1MI0 A; 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2JZZ A; 2FUG 1; 3OG5 A; 2J53 A; 1E0Z A; 1KLG D; 2KN5 A; 1EF1 A; 1GNU A; 3HUI A; 2LXC A; 4W9G A; 1NVI D; 1N5W A; 2LI5 A; 1AN8 A; 4G0N B; 3I3T B; 1QIL A; 1NYQ A; 3Q3J A; 5I4D A; 2K1F A; 4AOF A; 2GBN A; 1ZXI A; 3ENE A; 2MHJ A; 3ZXV A; 3Q14 C; 3W1S A; 1V80 A; 2GB1 A; 1PGX A; 2MBB B; 3ZDT A; 1YNT E; 4R3D A; 2DYB A; 4MAC A; 3M63 B; 3Q6B A; 1V1P B; 2KAJ A; 4GIV A; 3NHE B; 1S1Q B; 3RD2 A; 1C9F A; 1N61 A; 1C79 A; 2LHD A; 3APD A; 5BMH A; 4H2A A; 1OQR A; 1NDD A; 2W82 A; 4KSL C; 1V6E A; 3BVG A; 1IPG A; 3IT4 B; 1DYQ A; 2IZV B; 1YQ3 B; 5DPW A; 4YTN B; 5HKH A; 1WXS A; 3EA6 A; 3ZTD A; 1GUA B; 4DQO C; 1HEZ E; 1WMH B; 2L8J A; 4LNK A; 2OJW A; 1RLF A; 1YD8 U; 1KF6 B; 3MP9 A; 3E9S A; 4PS7 A; 3TJP A; 3OWE B; 1IBX A; 3ML9 A; 2LRU A; 1XQQ A; 2JSV X; 3RZF A; 1XT9 B; 2I1J A; 4NJ7 A; 1VD2 A; 2LGY A; 2HE7 A; 4LNF A; 1ISN A; 2DZJ A; 4US9 A; 3HRD D; 1K51 A; 2DAJ A; 1J7B A; 3DCG A; 5EE1 A; 1OFF A; 5JHA A; 3ZUN A; 1WFY A; 3B1L X; 2K3U A; 3DVG X; 2WXF A; 4WAA A; 3OAW A; 3WA0 A; 1V81 A; 5CX3 A; 2D3A A; 1F2R I; 2D3G A; 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