3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Allergen
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
5EHSA 3PPQA 2DXRA 1WVJA 3O6GA 1AMFA 2FYIA 4HCYA 4JBZA 4QRZA 2FA7A 3R6UA 4EXLA 3TODA 3C33A 3TFLA 5CBSA 3SEXA 4LQ2A 4R2BA 1NH8A 3TTNA 2O1MA 3T9VA 4ZE9A 1TFAA 1A55A 3O29A 3HCQA 1FTOA 2GFEA 2I4CA 1DTZA 1L5TA 4H8JA 2BJJX 1IEJA 1A7LA 1MM7A 1N76A 3FASA 3LSWA 1A8EA 3LR1A 3N6TA 4ZDMA 4MFIA 3IX1A 3TQLA 4DZ1A 4NF4B 3IJOB 2PX1A 3ECRA 4QSCA 1D4NA 1WDNA 2I3WA 4FIMA 1QUKA 2F34A 3RPWA 2ZNTA 3ODBA 1LLSA 3VLVA 3K2DA 4U1OA 2AL4A 1B3EA 3H6WA 4ZS9A 1EZPA 2DS9A 2VGQA 3CFXA 1II5A 4LZ5A 3S9EA 1ZBMA 1B40A 4YU0A 1FQFA 3QYTA 3GBBA 3SDFA 4OVJA 3VXBA 1NL5A 1OVBA 3IOVA 4TLMB 3U94A 2DWIA 3TTMA 1JW4A 1JVXA 4IO7A 4POXA 4G77A 1Z7ME 4LA9A 3K00A 4H5FA 3DM0A 2QS2A 1B7UA 2F35A 4WEPA 4BLAA 1JEVA 1MXUA 3ZKKA 1YCJA 3HHFA 4XKPA 1NNTA 3MVWA 3M8UA 5I59A 4ZEDA 1BP5A 5CC2A 3TMGA 1HSJA 4NF5B 1B52A 4U22A 2HAUA 4KFQA 3GZGA 3TTRA 3TKDA 2D5WA 3IO6A 3SESA 1LAFE 1LFHA 4OEVA 5KCJB 1UIVA 2OBGA 2VOZA 2NUVA 4YMBA 3O28A 1DTGA 3KN3A 2Z8EA 3F11A 3HHGA 1IZ1A 1MPDA 4JSOA 5JTYA 3EHUA 1GTKA 4G2ZA 5DEXA 1MXYA 3G3FA 3KSXA 4WEDA 3MVXA 1TXFA 4ECFA 2Q2CA 1IXCA 2Y7WA 2QMWA 2F36A 3TTLA 2OK2A 1VSOA 4QSEA 3CSBA 3EPEA 3M3KA 3T96B 1NH7A 3V8XB 4IB2A 4GL8A 4BDMA 4YKPA 1B2HA 2XX8A 4E0WA 3MWBA 3MP6A 5AA1A 3U8QA 1ZJLA 4FEDA 1A40A 4ND9A 1Z7NE 4YB7A 1QKAA 2I3VA 4QFOA 1N3XA 3RT6B 1XHYA 4PE5B 1R9QA 2YPNA 2ZNUA 3KBRA 3TCHA 1BKAA 1DOTA 1LAGE 1URSA 2ALUA 2HZLA 1P1WA 1ELJA 4ISUA 4Q0CA 2XX9A 2F7CA 4EF1A 1SBPA 1XVYA 3ILTB 5FHNA 3RQTA 3TEPA 5H8HB 3H03A 4H5GA 1PB9A 1USYH 4DCYA 3PUVE 4P0GA 1MPCA 1LAXA 1MH3A 2X26A 3MQ9A 3A3CA 1MRPA 2UVGA 2XXUA 4RK2A 3QK6A 2HQ0A 3EHSA 2THIA 1Y4TA 1PC3A 3PUXE 4NWCA 4FORA 4NF4A 3SEVA 1B7HA 3CVGA 3B6QA 1O64A 3G3JA 2Z8FA 3ONMA 4ZZEA 2QL3A 3H3GA 1I6BA 4Q30B 1YAEA 5ITPA 4ESXA 3K6WA 1QUJA 4GD5A 3EQ1A 1R6ZA 1LFGA 4N07A 3OEKA 2F6GA 3FZVA 3IB0A 3R26A 5I57B 2B65A 3USDA 1MH4A 3RNNA 2Q88A 1Q35A 4PQJA 2Q89A 3IR1A 2RC7A 3MUQA 3IO4A 4ELQA 3C32A 4LP2B 2F78A 2A5TB 1AH5A 3FIRA 4RA1A 2I48A 3A3UA 1IIWA 4YICA 5BWJA 1QUIA 4YKIA 2F7BA 4IY6A 1MQGA 1NNFA 5CMMA 5FHMA 4R74A 4NF5A 3THIA 4U2RA 4U4XA 4RY1A 4O3BA 5H8NB 3HN0A 1LB9A 4K3FA 1NNKA 5F1QA 4LVQA 5H8FB 5KCJA 3U1OA 4BDLA 1GVCA 1MXZA 2Q2AA 2V3UA 4BDOA 4X1DA 1QKBA 1S7YA 4LUBA 2H9BA 1PEBA 1SDXA 3K1PA 3CIJA 1XVXA 3OO8A 4PP0A 3EHTA 1VFDA 1Q1KA 1MS7A 3VXCA 3IOUA 5HPQA 2HAVA 1LSTA 1UTBB 1XT8A 1GGGA 2RINA 3KSJA 3H7MA 2DE2A 1AIVA 1M5FA 4LONB 3EN3A 2D21A 5F7VA 3K6XA 1DMBA 3QIMA 1H43A 3CRBA 3Q25A 3U72A 3KN8A 4F31B 1SW4A 3OXNA 3WAEA 1NMUA 3PUYE 2O84X 3O9PA 1FCKA 2DVCA 3VFJA 4MLQA 1GV8A 1OLCA 3T22A 2V93A 2ZMBA 3FD3A 1JVYA 4DIGA 4YKKA 3H6TA 1XS5A 4R2FA 1OLAA 2DE4A 4OTEA 2H98A 3SEUA 2QJEA 4NE4A 2RC8A 3CFLA 4F19A 3LSLA 5K2XA 1Y3QA 2XD2A 2XXRA 2O7IA 4WXJA 2H5YA 1S9TA 1EH3A 5JK4A 3RY3A 2XHDA 3KOTA 2DOJA 1B7ZA 3OO7A 1H45A 5H8HA 2AIXA 4OFOA 3D4CA 4FATA 3CG1A 3W9WA 2VHAA 1B3HA 3P7IA 4XXUA 5B70A 2RKMA 2G93A 3M3FA 2Y7RA 1MDP1 5I84A 1HSLA 1D9YA 1H3DA 1A99A 4R75A 3RLFE 3N94A 3N26A 3K4UA 3TZAA 4RYAA 1B32A 5KDTB 1FTKA 1PBPA 3MC2A 4ELRA 3PGFA 1SD3A 4JWXA 2OCUA 1USYE 3CI8A 2OLBA 1FQEA 4KCCA 4OYVA 3TAJA 4LZ8A 2QS3A 5DVFA 3JZJA 4QFPA 3OEMA 1UTHB 3TDJA 1R1NA 2OWSA 1LGBC 5I57A 2H99A 2I4BA 4I9DA 1P1QA 3OOAA 1JQFA 5CM6A 3FUZA 1F9BA 5HBCA 4YAHX 3I3VA 1IITA 1BIYA 3DP6A 1B4HA 4KQPA 2XXIA 4RXLA 3LC8A 4OESA 3KEIA 4PFTA 2PT2A 3M3LA 3MP8A 4R9FA 2A5TA 5L9OA 1DSNA 1SQYA 5CI5A 3K1MA 2ONRA 4F3PA 2XX7A 2XXPA 2PMSA 3C36A 3V89B 4QSDA 4EQ7A 3GLBA 2KLFA 2F8DA 2V84A 2ZYMA 3QXMA 4F1UA 2DYXA 5TPAB 5H8NA 1FQBA 3D4GA 3MVYA 5B7DA 1I6AA 3VVFA 4G68B 4NTLA 5I2NB 1Y3NA 3FV1A 3PPNA 1M5EA 5H8FA 4DDDA 5H8QB 1ZLQA 1ZIUA 3SEWA 2NOOA 4RPNA 3QUJA 4XKNA 2CZLA 2PVUA 2OWTA 3PMWA 1WODA 1XOCA 4N6PA 3W9VA 3L6HA 4OFJA 1BLFA 1SVXB 4PETA 3TCGA 2W7YA 1LAHE 3RT8A 1ATGA 1MY0A 1M5DA 3TPAA 3R7XA 4R73A 3IL1B 1UTBA 4HW8A 3IB2A 4F29A 4ZEIA 2VD2A 1Y1ZA 1S50A 2UVJA 3CR9A 4ESWA 3LUYA 5K2YA 3OD7A 2B3FA 3FVGA 1I69A 2F7AA 1IUDA 1POTA 2Q8JA 4JWOA 3H6UA 4KHZE 4G68C 4OXVA 3TELA 3UN6A 4THIA 4F3GA 1M5CA 3KN7A 2RC9A 1TWYA 4QHQA 3CSGA 3MW0A 2QS4A 4DE8A 3IORA 4ELPA 4Q8RA 3IJXB 4KYDA 3B6WA 4X48A 4L17A 1NKXA 5ELVA 3EF7A 2G29A 1B3LA 3RN8A 3SEYA 3U93A 3OENA 1T0KA 3FJMA 2PT1A 4I1DA 4ZEKA 3PV0E 5CBRA 5I2KB 3JV9A 3UV1A 2GHAA 2F6PA 3FXUA 3TQWA 2P2AA 2D3IA 2UYEA 2ZYKA 2ZYOA 4IO4A 3C31A 4E0XA 4GVOA 3HSTA 2IEEA 4KCDA 4PFYA 1FW0A 4TLLB 1GR2A 1LCFA 1PBQA 2H25A 3KJ7A 3OSQA 1EZOA 2DQVA 3VV5A 1Y9UA 3KZGA 5AA2B 3PD9A 4RPOA 4H65A 3UA8A 3UP9A 3PMVA 4ZEBA 1URDA 1MQIA 2V3QA 3OELA 5DT6A 4Q5TA 4I62A 3MJNA 4IO2A 3Q27A 5KDTA 3K01A 4JSDA 2PBWA 3Q28A 3ZSFA 3MAMA 2B3BA 3CG3A 2DWHA 5HM4B 3BFUA 4BDQA 3AXFA 2O51A 1B0HA 5AA3A 3E3KA 4YB5A 4AB5A 3N6UA 1LCTA 3FVNA 4GFRA 4IGRA 1B5JA 4EQ9A 2O1LA 1OMPA 4ELOA 3PUWE 2R71A 1O63A 3S9MC 3T9UA 4YZZA 2X7PA 2LAOA 1XC1A 4KYEA 4MF3A 1P1UA 3FJ7A 3HV1A 1YTVA 4GLIA 3C4MA 4X1BA 5L8DA 1NNPA 3MPKA 2ZXTA 1MQDA 1RKMA 4IO6A 4MBPA 4ONYA 4OWDA 4JWYA 4OEUA 2F97A 4IGTA 3O97A 1EU8A 3SETA 3HPIA 2QSXA 4KPTA 1B3FA 1B3GA 5TPAA 4ZE8A 4YMAA 4H67A 3DLNA 3G3HA 1N0TA 2HEUA 4G68A 3C34A 5I2NA 1LB8A 3W15C 4F1VA 2ONSA 4O3CA 5H8QA 3MVZA 2UVIA 3V83A 3A09A 3BFTA 2P0SA 2DVZA 3G3IA 3QAXA 1CE2A 1MPBA 4R6YA 5L9MA 2HXWA 2F5XA 4WKMA 2V3TA 4GQOA 1I6QA 1MY1A 4UA8A 1TFDA 1UIUA 3K0VA 4G8HA 1AL3A 5TP9B 2AYSA 4NF6B 3B6TA 3VVEA 4OQOA 3MPLA 1N7WA 4GRKA 1J1NA 1B0LA 1BTJA 1A54A 1VE4A 4ZEFA 3V5AA 2ZNSA 3SERA 1R9LA 3PPPA 2IA4A 4NWDA 2DE3A 3RUMA 3LSXA 4FJPA 4YB6A 4UACA 1MXVA 2RCAA 4NMYA 3TCFA 4MLVA 4U1ZA 4JXIA 3C9HA 1MY3A 5CMBA 4DXUA 3S9LC 5L9SA 2DSFA 1TT1A 5H8SA 1M5BA 5ICQA 5CMCA 2OJTA 1P1NA 1B51A 5DYHA 3K1NA 4OENA 3FVKA 2UYFA 2V25A 1VR5A 4M1VA 1IXHA 2QS1A 4H1XA 1LFIA 4M4GA 3O6IA 1P1OA 1POY1 3T9HB 4GOTA 5I2KA 1MY2A 3K6UA 4P11A 1Y3PA 2XXWA 4OHNA 2NWJA 2RCBA 5M2VA 3OO9A 5TU0A 2I58A 4C1UA 1FQCA 5IAIA 4GF8A 2XXHA 5ITOA 5AE4A 3WAFA 4HS7A 3IOWA 5AA2A 4F3SA 2DWAA 5ICTA 2XXYA 1US4A 4H6DA 3T93B 4U23A 4EQBA 5J1DA 1DPPA 1N84A 5A5XB 1B9JA 4TOZA 3E13X 3FATA 1FQAA 1QULA 1JEUA 4GWOA 3DELB 3L6GA 3DP8A 3UGWA 4EDPA 3PUZE 3MZBA 4OZ9A 1MXXA 4N13A 1N3WA 5FTIA 3DP4A 2O7UA 3I5OA 4F18A 3KGCA 2I6EA 2NVUB 1UQWA 1ANFA 3FV2A 4FEBA 4DLDA 2ESNA 3UK4A 4JB7A 1MM6A 1B58A 3H4ZA 3TYHA 2ZYNA 4EUOA 5I56B 4Z7EA 4F3BA 3PD8A 1JW5A 2QMXA 3MP1A 4GXSB 3I6VA 2Y84A 4QF9A 3QSLA 3G7WA 4JDFA 4F2QA 4KD5A 3IOTA 1NFTA 1H44A 4I8CA 3S9NC 4R6KA 4BDNA 1LBBA 1N04A 3VE1B 4H0WA 1IXIA 3TTKA 2ABHA 4MH5A 4EF2A 1FTJA 2RF1A 3H06B 3KOSA 3O2AA 2Z22A 3Q26A 1MG1A 5BUUA 1OQGA 1ZU0A 4ZZAA 2VP1A 5EHMA 1PB8A 1JETA 3CFZA 1FQDA 4HTGA 4H8IA 2GHBA 3G3KA 2FNCA 3OMBA 4XKRA 4QFNA 3H6VA 2GRVA 4YKJA 1A8FA 5FTHA 1P99A 3O66A 2H4IA 4IO5A 3LBSA 4C1TA 2ONKE 2M8CA 5DVJA 2XXVA 1B46A 2R6GE 5TP9A 4NF6A 3MBPA 3ILUB 5I58B 4R72A 5AA4B 4P0IA 2UXAA 4NF8B 4R9GA 3T9XB 2HZKA 4Z0IA 2Z8DA 3VDFA 4RK9A 3TUSA 2P1SA 3HO7A 4LZ7A 4LATA 1MXWA 2PYYA 1B5IA 2VD3A 1B1XA 2HFBA 1B05A 2CMOA 2Y7KA 1OVTA 4POWA 3ZS6A 4XIGQ 1YPNA 2R9JA 4FE8A 1SW2A 4EXKA 3QUFA 3VLWA 4NEDA 3RTFB 4C0RA 4AB6A 5IKBA 1QJMA 1ZMGA 4GXAA 5FHOA 3IK6B 5JEIA 1RYXA 3RTWB 3K02A 4ZECA 3S4UA 3BBRA 2AL5A 1Y4CA 3ZKLA 2QRYA 3VLUA 2DP8A 2Y7PA 2I49A 3E9XA 1EZ9A 4HCWA 1SI0A 1O7TA 1RYOA 4X9TA 4OFLA 4DXCA 1D9VA 4O3AA 5DVIA 5ISUA 2DWJA 4F2OA 1D3KA 1FTLA 3KFMA 1N7XA 4QFKA 1JW1A 3RGYA 5EYFA 3GBAA 2O6AA 3FXRA 5A5XA 2OZZA 3C35A 1IQ7A 1LBCA 3FXQA 1SW1A 3N5LA 2ANJA 4G8NA 4FAJA 1DPEA 3PPRA 4XKQA 3FJGA 3PU5A 2REJA 1UTHA 2XD3A 3B7DA 2XXQA 1QW0A 1SYIA 2E0SA 1JNFA 1B4ZA 4F1YA 3U92A 3BKIB 1B1HA 5CRYA 1ZKBA 3UIFA 4KYSA 2YLNA 2I0CA 5KZTA 4U21A 5I59B 4IY5A 3MZ9A 2E1SA 2XXXA 1SI1A 3SKPA 4G4PA 4XTCQ 2O69A 4DCXA 2XXTA 2A5SA 3K6VA 5I56A 3Q29A 4LQ5A 4F22A 2Y7IA 4OMBA 1VFEA 3FVOA 1OQHA 1SYHA 2HCAA 4OERA 2Q9TA 1QVSA 2X7QA 5LOMA 3KJTA 4GIZA 5AA2D 1CB6A 3FGSA 1MY4A 3GXAA 2NXOA 3E4RA 1MQJA 3G3GA 4QFLA 1US5A 1MQHA 4PFUA 2WKYA 1ZTYA 3VVDA 1SW5A 4RNSA 1B6HA 3IB1A 3O6HA 4R6HA 1Y20A 4KR5A 3MZ1A 4DXBA 3T66A 3S2VA 2REGA 2O68A 1HSEA 1IXGA 3OO6A 5JTYB 2UVHA 2Z23A 1B5HA 2YJPA 4TQUQ 5DEXB 4FECA 2DXYA 4GL0A 3JYRA 4PFWA 5DTBA 1PB7A 3KG2A 1URGA 1KWHA 3PMXA 4U4SA 4IO3A 1PDAA 1MDQA 1OIBA 3OSRA 4RJZA 1H76A 3UORA 5CMKA 3IAZA 2QPQA 5I58A 1AOVA 5AA4A 4NF8A 1FTMA 2GH9A 4BDRA 3PPOA 4G8MA 2I0BA 4OETA 4AQ4A 4KI0E 3LSFB 4F39A 1Y1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EHSA 3PPQA 2DXRA 1WVJA 1NV6A 1SPIA 3O6GA 1AMFA 2FYIA 4HCYA 4JBZA 4QRZA 3E8WA 2FA7A 2KQZA 2RCKA 3R6UA 4EXLA 3TODA 3C33A 3TFLA 5CBSA 3SEXA 4LQ2A 4R2BA 1G0IA 1NH8A 3TTNA 4F2AA 2O1MA 3T9VA 4ZE9A 1TFAA 1A55A 3ISPA 4PFBA 4O7MA 3O29A 3HCQA 1FTOA 2GFEA 2I4CA 1DTZA 1L5TA 4H8JA 2BJJX 1IEJA 1A7LA 1NV2A 4GWSA 3E8TA 1MM7A 5J16A 1N76A 3FASA 3LSWA 1A8EA 3LR1A 3N6TA 3MYUA 1YXIA 4ZDMA 4MFIA 3FXBA 3IX1A 3TQLA 4DZ1A 4NF4B 3IJOB 2PX1A 2VPOA 5IGAA 3ECRA 4QSCA 4OANA 2P3VA 1D4NA 3HFUA 3A1ZA 4GWZA 4MNCA 1WDNA 2I3WA 4FIMA 1QUKA 2F34A 3RPWA 5I3SA 2ZNTA 4X8RA 3ODBA 1LLSA 3VLVA 3K2DA 4U1OA 2AL4A 1B3EA 3H6WA 4ZS9A 1EZPA 4G0SA 2DS9A 2VGQA 3CFXA 1II5A 4LZ5A 3S9EA 1ZBMA 1B40A 4YU0A 1FQFA 3QYTA 3GBBA 3SDFA 1KA0A 1NUYA 4OVJA 3VXBA 1NL5A 1OVBA 3IOVA 4TLMB 3U94A 2DWIA 3TTMA 1JW4A 1JVXA 4OVTA 4IO7A 4POXA 4XF5A 4G77A 1Z7ME 4LA9A 2V4CA 3K00A 4H5FA 3DM0A 2QS2A 1B7UA 2F35A 2L5VA 4WEPA 4BLAA 1JEVA 1MXUA 3ZKKA 1YCJA 3HHFA 4XKPA 1NNTA 1Q9DA 3MVWA 3M8UA 5I59A 4ZEDA 1BP5A 3N72A 5CC2A 3TMGA 4GX4A 1HSJA 4PC9A 4HXVA 4NF5B 1B52A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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