The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
GSSGSSGTPLSLTLDHWSEIRSRAHNLSVEIKKGPWRTFCASEWPTFDVGWPPEGTFDLTVIFEVKAIVFQDGPGSHPDQQPYITVWQDLVQNSPPWIKSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| molecule keywords |
product of RIKEN cDNA 3110009E22
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| publication title |
Solution structure of the retroviral Gag MA-like domain of RIKEN cDNA 3110009E22
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
24
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-07-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Gamma-retroviral matrix domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UHU A; 1MN8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OJL A; 5KFI A; 2FLN A; 1P7D A; 3WK4 A; 4HYK A; 1V9P A; 5ALO A; 4OD0 A; 4ZOH C; 5EE3 A; 2XID A; 3TFR A; 1PVR A; 3KZX A; 5ALE A; 3FAH A; 2BCQ A; 5AKY A; 4UAU A; 2FMP A; 5AI5 A; 4Y2S A; 3D6J A; 5K4L A; 4KLH A; 2IOH A; 1NKC A; 3RR8 A; 4MEX A; 2KOB A; 2ASJ A; 4UQG A; 3RTV A; 3IV6 A; 3ZDB A; 1TAM A; 4OJ6 A; 4DWI A; 3BS5 A; 2W54 A; 4F4Z A; 4GXK A; 2W7P A; 1SZH A; 4FBU A; 3RB4 A; 1SKR A; 3MFH A; 5G5G A; 5AKH A; 4US8 A; 1SXD A; 3H8S A; 4US9 A; 4NJ8 A; 4QWD A; 4DSF A; 3TQ1 A; 3PMN A; 4BJQ A; 4DQP A; 3V6H A; 3RH5 A; 1NK8 A; 4FZN A; 4ACO A; 4C4R A; 4QZA A; 5CHG A; 3Q8S B; 1IG6 A; 2JXJ A; 1RDF A; 5B66 U; 1N61 A; 5DQG A; 5AM4 A; 4TQR A; 4B9M A; 3MC1 A; 1KSP A; 3AU2 A; 1K1Q A; 4QZD A; 4QZG A; 3ICX A; 3RB0 A; 2OM6 A; 2K60 A; 4KN4 A; 1SWV A; 5DG9 A; 3TAQ A; 3HP6 A; 4RQ0 A; 4DFM A; 1QQ7 A; 5DB8 A; 5HHH A; 1NZP A; 2W43 A; 4QNL A; 4QZB A; 4QW9 A; 3RBE A; 2QB0 A; 3QU2 A; 2BQ3 A; 4F93 B; 3MR6 A; 4IQW A; 4Y2P A; 5H2F U; 4M47 A; 1QSL A; 1MQ3 A; 9ICC A; 5J8Y C; 1X40 A; 4PZO A; 3T5K A; 1JIH A; 2OEH A; 1ZD4 A; 4M6W B; 1VLB A; 3ISD A; 1T94 A; 4Y2U A; 2HVH A; 1COK A; 1PK3 A; 3WK9 A; 5IIM A; 5EWE A; 4J9M A; 2WFA A; 2ALZ A; 3PO5 A; 4QWE A; 2UVW A; 3N7S C; 4EYH B; 4YFK A; 3WK8 A; 4CRX A; 1L6N A; 2ZIX A; 1J2N A; 1SZP A; 5KFX A; 1X66 A; 4I29 A; 2LPE A; 1X9M A; 1SV0 C; 3Q8Q B; 2XCP A; 4DLE A; 5AIC A; 5DDM A; 5J2C A; 1V85 A; 4Y2Y A; 4I27 A; 1N62 A; 2FJ6 A; 1L8O A; 3ISB A; 4KMU A; 4I2J A; 5HHI A; 4KLM A; 4KLU A; 2JEG A; 4YD2 A; 1RG6 A; 1TVA A; 4ECY A; 3NRW A; 4F2R A; 3SD7 A; 5HMM A; 5CP2 A; 3LK9 A; 3JPP A; 1NJZ A; 1MA7 A; 3SEI A; 4OO1 J; 1JX4 A; 4RQ2 A; 2C2D A; 4B9V A; 4GLX A; 2BPG A; 5GTI U; 5AK3 A; 5J2B A; 2HI0 A; 1TAU A; 3ZDC A; 2MA1 A; 3H0L B; 3SMV A; 5IIJ A; 5AK5 A; 3N28 A; 2R18 A; 3OSP A; 5KG3 A; 1DOQ A; 2HHS A; 2LYH A; 3O0F A; 4AP9 A; 4O9M A; 2ISO A; 4ED8 A; 2AXT U; 1RYU A; 1DGS A; 2K4E A; 5AKZ A; 3HW8 A; 2WAQ F; 3M6K A; 8ICZ A; 3RBD A; 1IIP A; 5DBB A; 1WCL A; 9ICN A; 4AYB F; 4QIW F; 2CXY A; 3WK7 A; 4KLO A; 5KFO A; 2G08 A; 4PHP A; 2BCU A; 3RF9 A; 4F72 A; 4DOA A; 2EAO A; 2IA6 A; 1L5U A; 1ZQX A; 3OGU A; 3UM9 A; 2BKE A; 2KIW A; 5AIA A; 5L1L A; 4RQ1 A; 5ALU A; 5KFA A; 3PY8 A; 2VA2 A; 2OYY A; 4ECZ A; 2NRW A; 2W3S A; 4NLC A; 4NLG A; 8ICH A; 3T79 A; 1DK3 A; 1XU4 A; 5KG2 A; 4MF8 A; 2VJ4 A; 3IN5 A; 1ZQL A; 2P6R A; 5AHX A; 4YP3 A; 2DUY A; 3WK5 A; 3TAP A; 1WYG A; 4C7Z A; 2ZJA A; 1KN5 A; 3MGH A; 1FFU A; 2HDO A; 3L5K A; 4UB6 U; 3D2Q A; 3RB6 A; 3MR3 A; 4C8O A; 3WKC A; 3H7I A; 2JMG A; 1ZET A; 1KW4 A; 2I5H A; 8ICO A; 1WWV A; 3WK6 A; 3M7D A; 4FZM A; 4FFD A; 2F44 A; 4RQ6 A; 1ZQK A; 7ICJ A; 4CCH A; 2XCA A; 3C2M A; 4ED2 A; 5AM1 A; 5J0W A; 5KFM A; 2XO7 A; 4JWM A; 5ALI A; 3ZI4 A; 3KKA A; 1JMS A; 5IIN A; 1ZQI A; 3RJG A; 2H3I A; 3MGV A; 3ZD9 A; 1SV0 A; 4CE6 A; 5AKE A; 5J2F A; 1ZOL A; 2K4P A; 4QZH A; 4A8E A; 4RPY A; 5KFZ A; 1NJX A; 2LM4 A; 3L3F X; 4FBT A; 1UPH A; 3JPR A; 4UB2 A; 2A19 A; 2UVV A; 3IG8 A; 2OWO A; 3GIL A; 2ISP A; 9ICR A; 3DV9 A; 4GIB A; 1WCN A; 1N5W A; 4F50 A; 4DS5 A; 5J2J A; 2F3N A; 4DO9 A; 7ICO A; 1CUK A; 5J0T A; 4I2C A; 4XQ8 A; 3PSF A; 4DSL A; 9ICW A; 1PK1 A; 4NM1 A; 8ICC A; 3K1R B; 2GWS A; 1OW5 A; 1SXE A; 7ICK A; 2VKQ A; 7ICH A; 1RPL A; 1VDV A; 3AQF A; 2KVC A; 1HJP A; 5DB9 A; 5ALX A; 2LI6 A; 2R8G A; 3OHB A; 5AM3 A; 4MFC A; 4LZG A; 2ES6 A; 1CI4 A; 2XGQ A; 1WUD A; 2ZUD A; 3C28 A; 2KJ9 A; 5EWG A; 9ICI A; 4K4G A; 5KG7 A; 3C1Z A; 2I9G A; 5KFB A; 1NJW A; 1BNO A; 1MSW D; 2K8A A; 3EZ5 A; 3UXO A; 2EAN A; 1ZQH A; 1ZRN A; 1JRO A; 3NUQ A; 2IMW P; 5J2I A; 4B9N A; 3ONN A; 5DQI A; 3SZ2 A; 1HEK A; 2OCE A; 3M9O B; 4RQ5 A; 2QB1 A; 2PFP A; 3F2B A; 2ASL A; 2YMM A; 3KTQ A; 1MC8 A; 3IP4 B; 1T3N A; 5KFK A; 4I2H A; 2EZZ A; 3BS5 B; 1XSL A; 2JEI A; 4C8M A; 3ZD8 A; 4DFK A; 5KT6 A; 4QJF B; 3NVY A; 4I2F A; 3Q8M A; 1KL9 A; 4RNN A; 9ICM A; 2DPJ A; 4NM2 A; 3TAR A; 4QZI A; 3NRZ A; 3G6Y A; 4J9S A; 1WWU A; 5DBA A; 2PFN A; 8ICJ A; 5L1K A; 3GII A; 4ED1 A; 2J6S A; 4OJ5 A; 3M8R A; 4KLJ A; 1ZQF A; 1VJ5 A; 3CW2 C; 4I2A A; 2MSN A; 2BDU A; 3WKE A; 1S8O A; 3BS7 A; 2QAR B; 3C2K A; 3LYS A; 2E8P A; 2RRD A; 3IDW A; 3PW0 A; 1IXR A; 1ZQE A; 2C2R A; 3HKZ F; 5CR0 A; 3GV5 B; 2KEY A; 3SAF A; 3VCB A; 4IRD A; 4IL6 U; 4QWB A; 4LZD A; 4BWM A; 4UB8 U; 4P0P A; 1T8E A; 3QU5 A; 2LYA A; 4M9J A; 3CNH A; 2HHX A; 5KFP A; 4NL9 A; 2YMQ A; 2QB0 B; 3CRX A; 1SL0 A; 2BPF A; 1ED1 A; 4UAW A; 1XO1 A; 1S10 A; 3PSI A; 1M6Y A; 2PI5 A; 2RHF A; 3AL0 B; 1RQN A; 1S0O A; 2FLP A; 4M9L A; 2XY6 A; 4DL4 A; 2W04 A; 1BPY A; 5ALD A; 2HBM A; 4P4M A; 1BPZ A; 1TV9 A; 5AKK A; 1YZ7 A; 5DG7 A; 1ZQD A; 2OH2 A; 2R8K A; 1J97 A; 1ARO P; 1NK6 A; 4JV1 A; 2WAQ C; 4EEY A; 3E0F A; 3CP8 A; 4AYB C; 1YT3 A; 5J2K A; 1SL2 A; 4QIW C; 2BCR A; 3SV3 A; 4J9O A; 3KHL A; 4F3O A; 1L7O A; 2KV2 A; 4RT3 A; 2ZIX B; 2Y9T A; 4QZE A; 4XUS A; 4MHV A; 5CA7 A; 2ZXH A; 2ZUC A; 3QYP A; 4YR0 A; 1N56 A; 2EH9 A; 1TFR A; 4DFD A; 3EW9 A; 3H40 A; 2NO4 A; 2WF8 A; 3V7J A; 1SL1 A; 3PVX A; 3RB3 A; 2WB1 F; 2CN1 A; 3F5A A; 3BZC A; 3KHG A; 4QZ8 A; 1JAL A; 2G5I B; 4F2S A; 4UBC A; 5IIK A; 4YQW A; 1RM6 C; 5KFG A; 5DLG A; 1U48 A; 1A0P A; 2W8L A; 1KRP A; 7ICG A; 3Q8R B; 3OHA A; 3LVV A; 2ZXI A; 3PX0 A; 5KFQ A; 1ZQP A; 1B43 A; 4DQQ A; 8ICM A; 2DL0 A; 4DL2 A; 8ICS A; 3QUT A; 2GLE A; 8ICF A; 4G9B A; 3F2C A; 5KNI A; 1X9S A; 2Q4T A; 3M9N B; 2CRX A; 2YMP A; 2HBJ A; 3H4D A; 1QTM A; 2HW3 A; 1JI7 A; 4P4O A; 3D2N A; 4UAV A; 4CDG A; 2V4R A; 3N7P D; 3GU3 A; 4Y2J A; 2PXI A; 4TUR A; 2HOI A; 2K8B B; 3PZP A; 2XC9 A; 4C7Y A; 1S0V A; 3QU7 A; 2QAR A; 3HPO A; 3IRU A; 7ICF A; 2NRZ A; 3B9J A; 3WKA A; 4F8R A; 9ICS A; 1BPD A; 2KN7 A; 5C0Y A; 2M9N A; 4M04 A; 4C4S A; 5DDY A; 4NLB A; 3MBY A; 4I2E A; 2HHW A; 2DBY A; 4RUC A; 3PW4 A; 4Q8E A; 1ZJN A; 3JPS A; 5AKX A; 2ZG6 A; 4NY8 A; 4KLF A; 1ZQQ A; 3RFA A; 2VIX A; 3ETR A; 1JN3 A; 1KQQ A; 5ALF A; 2IOF K; 1LVH A; 3JPT A; 5TZV A; 5A0L A; 4PJ0 U; 4DF8 A; 2J6T A; 5AKL A; 2BPC A; 2KD1 A; 2RQ5 A; 2V4Q A; 1ZD2 P; 2RP5 A; 3R9K A; 3MAB A; 3UPQ A; 4DSE A; 2JH1 A; 4YR3 A; 1ZJM A; 2IOF A; 4F5N A; 2G06 A; 2HBK A; 2KKV A; 5BPC A; 4B9T A; 2OHF A; 5AI4 A; 1KLN A; 1A76 A; 3BQ7 A; 8ICT A; 2BQR A; 3AQE A; 3PW7 A; 1BNP A; 1NK7 A; 9ICV A; 1D8Y A; 2VA3 A; 3MDC A; 5C5J A; 9ICP A; 1JRP A; 3GIK A; 8ICQ A; 5J29 A; 1TK8 A; 5KFW A; 5ALY A; 3AUO A; 1S76 D; 3C29 A; 1Y88 A; 4M9G A; 2YQE A; 4KX3 A; 8ICL A; 2JGA A; 3QXG A; 3PW2 A; 3AEV A; 3QZ7 A; 1L7M A; 3AN1 A; 2NRX A; 2KVS A; 4QZF A; 5F9L A; 3LWM A; 2MU2 A; 4YXM A; 1PK1 B; 3EPG A; 7ICT A; 4ELU A; 3QU9 A; 4M2Y A; 4O5E A; 1C20 A; 1B22 A; 5AKI A; 4O3M A; 2V9W A; 3SV4 A; 1QQ5 A; 2ZJ8 A; 4Q45 A; 3HKZ C; 4YD1 A; 2R8J A; 2WF9 A; 3AU6 A; 7ICU A; 3FYH A; 4LJX A; 1U49 A; 2KHV A; 5DGB A; 3I1Y A; 4P0Q A; 2ZIU A; 3V6K A; 5J0X A; 3TFS A; 7ICP A; 5J2G A; 5L1M A; 3RAX A; 1KFT A; 2FPK A; 3F2D A; 2PFO A; 3PR4 A; 2DPI A; 2YML A; 1UCV A; 8ICR A; 2BDP A; 9ICA A; 3EWA A; 2DFL A; 2AQ4 A; 3PV8 A; 2XVT A; 2JH7 A; 2NV3 A; 1URJ A; 3C2L A; 1S0N A; 2W9A A; 5D49 A; 4YN4 A; 5AM0 A; 3UQ2 A; 1N63 A; 1TAQ A; 1FIQ A; 2DGZ A; 3ORY A; 2HHT A; 2KP7 A; 5EE0 A; 2KFN A; 5ALG A; 3T5H A; 8ICP A; 4J9K A; 5HML A; 3UMC A; 4EX6 A; 1DRG A; 2AH5 A; 1Z19 A; 3C5G A; 5AI9 A; 3MR2 A; 2GO7 A; 4Z6F A; 1GO3 F; 4DOC A; 2XY5 A; 5ALW A; 1YZ6 A; 3QUQ A; 1N60 A; 4BUG A; 4O3N A; 1X42 A; 2F2A B; 1CEZ A; 1T3Q A; 2JR5 A; 4P4P A; 5ALJ A; 1OXJ A; 9ICO A; 5J8Y A; 2K4H A; 1RYR A; 5AKJ A; 1ZQN A; 2B21 A; 4UAT A; 4E0D A; 5KFT A; 2KK0 A; 4GC7 A; 2HOQ A; 2WF5 A; 1N48 A; 1T7P A; 2WB1 C; 5KT4 A; 1ZQU A; 4P0P B; 8ICU A; 5KFN A; 3A0B U; 5J2D A; 2LBO A; 4JV0 A; 4Y2V A; 4FE3 A; 1ZQT A; 2ZIV A; 4Z6E A; 2B0C A; 3SI8 A; 9ICG A; 4R65 A; 4C8K A; 7ICL A; 3TAC B; 1ZQB A; 4DCC A; 1LKY A; 3C1Y A; 1K5O A; 1L7P A; 4ECR A; 3DEE A; 2W3R A; 3RJI A; 4QW8 A; 2FI1 A; 4YCX A; 4QWA A; 4C8N A; 8ICN A; 5ALH A; 1Z00 A; 1L3S A; 4IRK A; 3E2E A; 5KG0 A; 3RJF A; 1RXV A; 1NK0 A; 2F1I A; 4KLE A; 3G6V A; 1SIJ A; 3WU2 U; 3N97 B; 2EQY A; 1X6I A; 1MQ2 A; 1RYS A; 5CWR A; 3N7R C; 3F53 A; 4YR2 A; 8ICW A; 2LHT A; 2HHQ A; 3SR6 A; 3EUB 2; 5AIB A; 3OJU A; 4F4K A; 4B9L A; 5ALT A; 3PX6 A; 5ALK A; 2GOL A; 5J0Y A; 4F4X A; 4KLS A; 5ALM A; 4DL5 A; 1X9X A; 1IV8 A; 5HR6 A; 4ECX A; 4TUQ A; 1XO0 A; 2ASD A; 3SEN A; 3ZDA A; 3ED5 A; 2F1J A; 1F0M A; 1MN8 A; 4TUP A; 2K89 A; 2QKQ A; 1TK0 A; 4F5R A; 5ALR A; 2BCV A; 5AM5 A; 2BCS A; 1XSP A; 1NKB A; 4DSK A; 1HUO A; 1Z1B A; 4KLL A; 1S9F A; 3U26 A; 1KFS A; 4MF2 A; 2H3V A; 4Z6D A; 1NKE A; 1QH9 A; 1NJY A; 4ED7 A; 2KZM A; 2G09 A; 4DFP A; 3TI0 A; 4R66 A; 4J9P A; 4M9N A; 2PMZ F; 2KIV A; 5ALZ A; 2WF7 A; 4JMU A; 4RPX A; 3QUB A; 5ALP A; 3MGI A; 5KFS A; 1ZQR A; 1EXN A; 3BDP A; 4RT2 A; 1TK5 A; 4YXJ A; 2JV3 A; 2M0N A; 1ZQ1 C; 5III A; 2E8N A; 4LVS A; 4C0Z A; 1AQ6 A; 3V6J A; 4IRC A; 1DGJ A; 1S77 D; 4UBB A; 3TAD C; 3FC4 A; 2A3V A; 1NZB A; 4KLT A; 3BQ1 A; 1U4B A; 5KFL A; 3H4B A; 2IHM A; 2AGP A; 5BOM A; 2AGQ A; 4K4I A; 1J2M A; 3RJK A; 2MAX A; 2ZTC A; 4C80 A; 1RXW A; 1BPB A; 3AM9 A; 1SGG A; 5KTQ A; 5CRX A; 1A6S A; 2Y9U A; 2XGP A; 4EZ9 A; 2W03 A; 1Z4N A; 4J9R A; 2KSO A; 2NO5 A; 1SWW A; 4JWN A; 2UVR A; 1NK4 A; 3QE9 Y; 2UVU A; 2L5Y A; 4XA5 A; 4EX7 A; 1D8L A; 1KBU A; 4O0I A; 4CF5 A; 2XIC A; 4OCZ A; 5J2H A; 4DS4 A; 1KEJ A; 4I2B A; 1RZT A; 2W55 A; 1ZQM A; 4RU9 A; 1NNL A; 2IHN A; 1X9W A; 3A0H U; 5DQH A; 3UMG A; 9ICU A; 2BZF A; 5EE9 A; 2FPM A; 4FS2 A; 3NGD A; 3C21 A; 5KT7 A; 4F91 B; 4FO6 A; 1BPX A; 1CRX A; 2HMX A; 2G0A A; 5DB6 A; 4GXI A; 2FE9 A; 2O6K A; 3PSP A; 1FFV A; 3PO4 A; 2W7O A; 3KFU F; 2KE7 A; 4UAY A; 3M9M B; 8ICY A; 4DSI A; 3SAG A; 2W11 A; 2KJ8 A; 2F76 X; 4USA A; 4ECV A; 1JUD A; 2ATL A; 5CJ7 A; 4JB3 A; 4GXJ A; 2JZB A; 1WG8 A; 2E5S A; 5L1J A; 4O3R A; 5J2E A; 8ICX A; 2XY7 A; 3V72 A; 4UB1 A; 2JEJ A; 7ICS A; 2ZUB A; 4CNQ A; 5HR7 A; 4RPZ A; 4NLK A; 1UA1 A; 1KKX A; 3N4M B; 3PW5 A; 9ICE A; 3MFI A; 3QEB Z; 8ICI A; 5DB7 A; 1Q3U A; 2F8K A; 3UXP A; 2F8L A; 3EYZ A; 1S0M A; 1FO4 A; 4R8U A; 4O3P A; 5KG1 A; 2HOF A; 3KZI U; 3PML A; 4YMO A; 5J0U A; 3UQ0 A; 4UAZ A; 9ICQ A; 4O3S A; 4UB5 A; 3NAS A; 9ICF A; 1QQ6 A; 4WJ3 B; 1UQV A; 4DQI A; 5AI8 A; 4F4Y A; 2VJ5 A; 4P0Q B; 5KL1 B; 1NOM A; 2YN4 A; 2ZIU B; 4Y2T A; 5TIS U; 4MEY A; 2NYV A; 1KDH A; 1ZQZ A; 1Q46 A; 3FM9 A; 4M9H A; 5E79 U; 2Y0S F; 9ICT A; 8ICV A; 2AU0 A; 3TAD A; 1LB2 B; 4KLG A; 1QSY A; 2JEF A; 4HAI A; 3I76 A; 1UA0 A; 2KZZ A; 2H5X A; 2LKY A; 4DL7 A; 5JUM A; 2F77 X; 4BX9 C; 5G5H A; 3J81 j; 5J0R A; 4DOB A; 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