The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
96
|
structure length |
96
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Chain Sequence |
GLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDKLYTPPTVSVNSTL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Replicase polyprotein 1ab
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| publication title |
Structure of the C-terminal domain of nsp4 from feline coronavirus
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Feline coronavirus
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| total genus |
27
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| structure length |
96
|
| sequence length |
96
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2009-04-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GZF A; 3VCB A; 3VC8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4K4I A; 2CN1 A; 3N7R C; 1JI7 A; 1KQQ A; 3F2B A; 3SZ2 A; 1WWU A; 4R64 A; 3QU4 A; 3KHR A; 2MU2 A; 4RQ1 A; 2EQY A; 9ICQ A; 3AMZ A; 4IR9 A; 1ZQX A; 4US8 A; 2HMX A; 2JH1 A; 2KIC A; 9ICA A; 2ZJ5 A; 3WK4 A; 3UXO A; 5CJ7 A; 2H5X A; 5ALH A; 3NRZ A; 4M0A A; 1DOQ A; 2OYY A; 2C28 A; 1AQ6 A; 5AI5 A; 4PGQ A; 5BOM A; 3V6J A; 3ORY A; 5J8Y A; 3L3F X; 3T79 A; 2W3S A; 5J8Y C; 3IM1 A; 1Z1B A; 2AJQ A; 2QB0 A; 1ZOL A; 1Z00 B; 1JAL A; 1J2M A; 4M9H A; 1PK3 A; 5FP0 A; 2KZZ A; 2A1A A; 3L4P A; 2KJ9 A; 1ARO P; 3ZDA A; 1XSN A; 4P0P B; 1URJ A; 3IRU A; 1S0M A; 2KG5 A; 3FM9 A; 5KG5 A; 5CHG A; 1NK9 A; 1D8B A; 2E5S A; 2G0A A; 4GXI A; 2F1I A; 2GOL A; 4RZR A; 1ZQZ A; 4LVS A; 2HBM A; 5ALG A; 2ZIV A; 1T7P A; 1PVR A; 3E2E A; 3C29 A; 1XSP A; 3RTV A; 4KLG A; 4FZN A; 3KZX A; 4QWE A; 2KTQ A; 3DEE A; 4O3Q A; 2Q4T A; 4I2J A; 4O0I A; 3Q8M A; 1U4B A; 1ZRM A; 2K4P A; 3OPX A; 1JUD A; 1NKE A; 2WTF A; 3ISB A; 4QIW C; 3ZDE A; 2F77 X; 2KV2 A; 3CYM A; 4RNM A; 2A3V A; 2KIW A; 8ICW A; 4YG2 A; 5DB7 A; 9ICU A; 2KHV A; 2QLT A; 3FDS A; 1N60 A; 5CA7 A; 3KHG A; 1PZN A; 2B0C A; 4B9U A; 1ZQB A; 1A77 A; 4IR1 A; 5J0Y A; 4NLN A; 4IL6 U; 5HMM A; 1UA0 A; 7ICU A; 2ZJA A; 3H8M A; 2NO5 A; 4ECU A; 1LKY A; 4R65 A; 4EZ9 A; 2EDU A; 4OJO A; 3TAN A; 3LWL A; 2VA3 A; 2BQU A; 1TK5 A; 4RPY A; 5KFU A; 3PW4 A; 7ICL A; 5CWR A; 4DCC A; 4CF4 A; 5JRT A; 4K4H A; 4GIB A; 2PMZ C; 4KIT B; 4O3N A; 2PFO A; 2EZY A; 4B6J A; 7ICE A; 2JH7 A; 2DFL A; 1RQN A; 3RR7 A; 3I28 A; 2JZB B; 3SQI A; 3NVW A; 4IC9 A; 4RQ2 A; 2BPG A; 4PJ0 U; 4B9M A; 3RFA A; 1Z1V A; 3MDA A; 4GXJ A; 3NVZ A; 1NK4 A; 1QTM A; 4DQQ A; 4E0D A; 2WAQ C; 3GV8 B; 2AQ4 A; 2W04 A; 4UB6 U; 5J2I A; 4J9L A; 4KLU A; 2CRX A; 1SKW A; 2W7O A; 4J9Q A; 1S8O A; 5EWF A; 2R8K A; 2M9N A; 2G08 A; 4IQU A; 4KLL A; 5AM4 A; 1L8O A; 4PH5 A; 3JPT A; 2LYH A; 5HML A; 5ALK A; 1D9F A; 3RB6 A; 2HI0 A; 3AEV A; 2NYV A; 4PPX A; 1KFD A; 3KFU F; 2AH5 A; 5HHH A; 2ZIX A; 1HEK A; 3SV3 A; 4J9S A; 3IDW A; 4ECV A; 2YMQ A; 3ETL A; 4X5V A; 2FMQ A; 3MGH A; 5DQH A; 2P6U A; 3NTU A; 1S0O A; 1UT5 A; 4DOA A; 4BWM A; 4YD2 A; 5L1L A; 5D49 A; 4C8O A; 4MF8 A; 1XWL A; 4U7C A; 1BPY A; 4C4S A; 4QWB A; 4C4R A; 3RRH A; 1L3T A; 3SAF A; 4EBE A; 4OJL A; 5KFK A; 2G06 A; 3JPS A; 1NK8 A; 4UAS A; 5ALT A; 1C7Y A; 1ZQG A; 2OCE A; 1QCK A; 4C7Y A; 2RHF A; 4CCH A; 3ETR A; 2DPI A; 2D8C A; 2RRD A; 1F44 A; 7ICR A; 4FE3 A; 2KVC A; 1KFT A; 1SV4 A; 4RQN A; 1K5O A; 3UMB A; 1NJY A; 2W9M A; 4DFK A; 4ECZ A; 1L3V A; 2JEI A; 4YXM A; 4QW9 A; 1NKB A; 2VJ4 A; 5L9X A; 4PHD A; 1ZQJ A; 3N4M B; 2Y1I A; 4EEK A; 3HP6 A; 5D46 A; 3GIJ A; 1N5W A; 2H3Q A; 3C21 A; 4NXZ A; 3TAQ A; 2W3R A; 5EWE A; 3OGU A; 2QB0 B; 3KHH A; 2IBK A; 3KD3 A; 3H7I A; 2JMG A; 5J2H A; 1L3S A; 2BCS A; 3QZ8 A; 1LV5 A; 5DG7 A; 2WF7 A; 3THV A; 5DB8 A; 4YR2 A; 1KBU A; 3PO5 A; 2P6R A; 5AI9 A; 2BPF A; 3H0M B; 5DQG A; 2KP7 A; 3AU2 A; 1Q3U A; 3M8R A; 2ISO A; 1Z3E B; 2W11 A; 3FYH A; 3QYP A; 5KFG A; 3RJK A; 1JIH A; 2MUT A; 2ZIV B; 1ZQA A; 2FPM A; 5L1M A; 4B9L A; 4TQS A; 4XUS A; 2A1J A; 4KN4 A; 4ECX A; 3AL0 B; 8ICM A; 5ALW A; 5HP4 A; 4F50 A; 5AKY A; 3RJH A; 4I27 A; 5EE9 A; 4KLI A; 2JXJ A; 3A0H U; 1CUK A; 5J2E A; 1O08 A; 2MRL A; 3V6H A; 4NY8 A; 4CF3 A; 5CEH A; 3RB4 A; 3QEB Z; 3M8S A; 3C5F A; 2R8I A; 2WF8 A; 1B43 A; 5KFL A; 5KFD A; 1HJP A; 2DPJ A; 4I2H A; 3AM9 A; 3SI8 A; 2LI6 A; 3E58 A; 4CRX A; 1X66 A; 1NJW A; 2AGO A; 4ED0 A; 3RJI A; 2LBO A; 2KSO A; 1N5X A; 8ICA A; 3PX4 A; 5KFQ A; 3NRW A; 1BPZ A; 1O03 A; 2YN4 A; 4Z6E A; 4GLX A; 4YR0 A; 3NS1 A; 7ICF A; 3H40 A; 4BWJ A; 5KFC A; 5DDM A; 5GTH U; 5IIK A; 3T5H A; 4I2A A; 5AK5 A; 5DGB A; 2IOF A; 5HR6 A; 2MSN A; 2E3T A; 4YD1 A; 2HHS A; 4ED3 A; 1RM6 C; 2ZTE A; 3C23 A; 1TAQ A; 2WF5 A; 1V97 A; 4J9N A; 4DL2 A; 2K4H A; 3PO4 A; 1SXE A; 2BDP A; 1ZQE A; 3NAS A; 5KT2 A; 3RJF A; 3GQC A; 1J97 A; 3QUB A; 4AYB C; 3IG8 A; 4KTQ A; 3BQT A; 2BCU A; 5KT3 A; 1BNP A; 2D3D A; 2MA1 A; 4IRK A; 2I9G A; 2J6U A; 1D8L A; 3SV4 A; 3BQ7 A; 5DBA A; 5D4B A; 1N56 A; 4F4Y A; 3ZDB A; 1HUZ A; 5IIL A; 4OD0 A; 2V9W A; 4RUA A; 1ZQF A; 2ZIX B; 8ICE A; 5JUM A; 4Y2J A; 1ZQL A; 4O5K A; 1FFV A; 2HVI A; 4C8L A; 4JWN A; 4ECY A; 1JXE A; 3JPR A; 4K4G A; 5JTI A; 2JEJ A; 7ICN A; 3F5E A; 4KLS A; 3KOO A; 1MN8 A; 1S77 D; 5AKZ A; 2XI9 A; 5AM2 A; 3MR3 A; 4F2R A; 5J2B A; 4RQ0 A; 3H4B A; 3BJY A; 3N7P D; 3JPO A; 1T3Q A; 9ICP A; 5ALM A; 3GDX A; 4IQW A; 2KEY A; 5AK4 A; 4Z6F A; 3LWM A; 2YMM A; 2E1E A; 2G07 A; 3H0R B; 4QZC A; 2R8J A; 2H3Z A; 1WCL A; 1SKR A; 9ICX A; 2GWS A; 4JV0 A; 2K8B B; 3SEN A; 3E0F A; 4Y2S A; 2F76 X; 4BGD A; 7ICV A; 4ED7 A; 3U26 A; 1BGX T; 2Y0S F; 2CXY A; 4KLQ A; 4O5E A; 1WCN A; 5IIM A; 4RQM A; 3RF9 A; 9ICS A; 4MFA A; 3WK6 A; 4ELV A; 1ZQ1 C; 8ICN A; 2IOF K; 3ONN A; 2JEF A; 2PKE A; 8ICK A; 4UB5 A; 1TAM A; 4R63 A; 4TUP A; 4M04 A; 1X2I A; 8ICL A; 3GU3 A; 3G6X A; 3OSP A; 1IM4 A; 2H3I A; 4DF8 A; 2MUT B; 2W9C A; 5H2F U; 4QJF B; 1NK7 A; 1KRP A; 1UCV A; 8ICT A; 2BDU A; 2A1J B; 4B9S A; 2WF9 A; 4YFK A; 4ZH4 A; 1X9X A; 3MDC A; 8ICX A; 2FMP A; 1TKD A; 3LVV A; 2HHW A; 1FEZ A; 3QUT A; 2W8K A; 1F5S A; 3K4G A; 5KT6 A; 4M9N A; 2OHF A; 1S10 A; 2VKQ A; 2ALZ A; 4F5P A; 4IS7 A; 2DF4 B; 5TIS U; 3OHA A; 3FAH A; 4FZL A; 4QZ9 A; 2E8N A; 4KMO B; 4UB3 A; 3D2N A; 5CRX A; 3Q8Q B; 7ICI A; 3VCB A; 1HUO A; 2JGA A; 2JV3 A; 1L7O A; 4ECT A; 3ISC A; 4C7Z A; 3QU9 A; 1YZ6 A; 4M9G A; 5J0Q A; 2KSO B; 3GIK A; 1XSL A; 4DL5 A; 2AHO B; 4Y2U A; 1C20 A; 5A0L A; 3C28 A; 2OEH A; 1SIJ A; 3UPQ A; 2BHN A; 2LYB A; 4EBC A; 1S97 A; 4WJ3 B; 4ED6 A; 1PUZ A; 3QUC A; 3M6K A; 5KFH A; 4EYH B; 4DSF A; 3RBE A; 2QB1 A; 3RJE A; 1V38 A; 5K4L A; 4I2I A; 2E8P A; 4CF5 A; 4MHV A; 3AU6 A; 2ZJ8 A; 4KMU A; 3RJG A; 2NRZ A; 5DQI A; 2NO4 A; 4GC6 A; 3PX6 A; 3TI0 A; 4DFJ A; 3V6K A; 4C4T A; 5J2D A; 4NLK A; 3TQ1 A; 1CRX A; 2Y9U A; 5ALL A; 2W8L A; 4OO1 J; 1WYG A; 1ZQY A; 3Q8K A; 4KLE A; 2W9B A; 5J2G A; 3UMC A; 3H4D A; 3PML A; 2K89 A; 1ZQP A; 4IQT A; 1XU4 A; 2KMD A; 4JWM A; 4JB3 A; 3ALR A; 4UBB A; 1JRP A; 5KT7 A; 1YZ7 A; 3A0B U; 4DOB A; 5AKK A; 4UW9 A; 4J9O A; 5J0W A; 3VC8 A; 2I6X A; 1KN5 A; 4YP3 A; 4F72 A; 4BXO A; 4YCX A; 3WK8 A; 3PZP A; 4MFC A; 1ZD2 P; 4NM2 A; 5TZV A; 5L1I A; 4KLJ A; 3C2M A; 1ZYQ A; 1F0M A; 3AQE A; 2OXO A; 5AKH A; 4ACO A; 1T4G A; 5AK3 A; 5AKI A; 3SMV A; 4I2C A; 1Y88 A; 1ZQO A; 4O3M A; 5J2K A; 5BOL A; 2F1H A; 2BQR A; 1KLN A; 5KAF U; 2YTU A; 2JEG A; 4RNN A; 5EE0 A; 4HYK A; 2B21 A; 3BDP A; 4IRC A; 5ALZ A; 4IQV A; 2K4E A; 4F91 B; 2YX8 A; 1DK2 A; 2HHU A; 4EYI B; 8ICH A; 5ALP A; 4BX9 C; 8ICC A; 1KSP A; 3EUB 2; 2H3V A; 5J0P A; 1Z19 A; 2KFZ A; 1L8L A; 2YMP A; 3RB3 A; 5KG1 A; 3D6J A; 1S0N A; 3NVV A; 3GII A; 2NRV A; 5KFT A; 3I1Y A; 4Y2V A; 3N7S C; 3RRG A; 1JRO A; 2XY7 A; 3EW9 A; 3CW2 C; 1XO0 A; 2IOH A; 7ICO A; 2MAX A; 5EE1 A; 2KHQ A; 3SYZ A; 1QSS A; 5III A; 3TKA A; 4XQ8 A; 4UB8 U; 9ICL A; 1N62 A; 3TFR A; 2Y1J A; 1RXV A; 2FPK A; 3HIL A; 4FBT A; 2WB1 C; 7ICQ A; 1UQV A; 2ZIU A; 1DGS A; 4B9V A; 2BCR A; 2BPC A; 4LZD A; 1ZRN A; 5G5H A; 4QZG A; 4YQW A; 4DSI A; 2Z7J A; 2W9C B; 2ZXI A; 7ICT A; 5DKW A; 2KKV A; 4JMU A; 2LPE A; 3ED5 A; 3WKC A; 5KFN A; 2AQ0 A; 1COK A; 4Q8E A; 2XCA A; 3GIL A; 4M2Y A; 3BQ1 A; 4C80 A; 5J2A A; 9ICJ A; 1NZB A; 2AGP A; 1L7M A; 4YMN A; 2ZUD A; 3HKZ C; 4UAY A; 1X9W A; 7ICP A; 1QQ5 A; 3TAP A; 2W55 A; 5AIB A; 1N63 A; 9ICF A; 9ICR A; 5ALV A; 1LVH A; 2HSZ A; 1RQL A; 2FJ6 A; 1SV0 A; 1X42 A; 3HWT A; 1EXN A; 3MAB A; 3WK9 A; 1XO1 A; 1JN3 A; 1A76 A; 4ELT A; 4QIW F; 4YXJ A; 5ALU A; 4KN7 A; 3KHL A; 4DWI A; 2H3F A; 1SV0 C; 5AI0 A; 2HHV A; 3KZI U; 4UQG A; 2KE7 A; 4DS4 A; 3WKE A; 3WKB A; 3F2D A; 2LM4 A; 2Y9T A; 4USA A; 3PW2 A; 3M9N B; 1YT3 A; 2VAN A; 4TUQ A; 2FE9 A; 3K75 D; 2ZXH A; 2F1J A; 3WKD A; 4DL6 A; 1NJX A; 1ZD3 A; 3V7L A; 3HPO A; 4G3I A; 2IHM A; 9ICG A; 2NRT A; 2KVS A; 3RB0 A; 5AM5 A; 9ICW A; 1TFR A; 3MFH A; 1DRG A; 1K1S A; 1ZXI A; 3RH4 A; 1H38 A; 2PMZ F; 2W54 A; 3H8S A; 5AM1 A; 8ICS A; 2J6T A; 1U47 A; 1KW4 A; 1QQ7 A; 5ALR A; 5L1K A; 2ASD A; 8ICU A; 5KG2 A; 3UXN A; 5IIN A; 4FO6 A; 3Q8P B; 4UAW A; 2W9B B; 2K8A A; 2HW3 A; 4ECR A; 3GZF A; 4R8U A; 4KX5 A; 4RUC A; 2OWO A; 9ICI A; 2ZTD A; 1LKY B; 8ICB A; 3PNC A; 2WAQ F; 4ELU A; 1Z4O A; 3PSF A; 3T3F A; 4BXO B; 4RU9 A; 3T5K A; 9ICV A; 3LDA A; 2WHE A; 4DQP A; 1SKS A; 2JRZ A; 1RXW A; 3LYS A; 1ZD4 A; 4O3S A; 1MA7 A; 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2NRW A; 8ICP A; 2RLT A; 3PST A; 4QNL A; 4KLO A; 5IIJ A; 3M9M B; 2HBJ A; 4AP9 A; 3QU5 A; 5KFZ A; 4DQS A; 3WKA A; 1XC9 A; 3OHB A; 4P4M A; 4DSE A; 5DLF A; 4DLE A; 2I5H A; 4I28 A; 1TK8 A; 5KG3 A; 3WK7 A; 2XIC A; 2PFP A; 2EZZ A; 2I1Q A; 5F9L A; 1S9F A; 1IG6 A; 4DO9 A; 2K8C B; 1ZQS A; 4O3O A; 2C2R A; 9ICT A; 4O9M A; 1X40 A; 3IN5 A; 2UVW A; 3TFS A; 7ICM A; 3F5A A; 3H8J A; 1DGJ A; 3CRX A; 2DKX A; 4KLT A; 4CE6 A; 3F2C A; 1Q46 A; 1VJ5 A; 3ICX A; 3PR5 B; 4DL7 A; 1MC8 A; 1ZQM A; 2E8M A; 2YQE A; 3Q8R B; 1BPD A; 1MQ3 A; 1CEZ A; 2F2A B; 1BPB A; 4Y2X A; 1P7D A; 3MR5 A; 1JXL A; 1BNO A; 5KG7 A; 1B4F A; 3LK9 A; 4Y2R A; 3RR8 A; 4FS2 A; 5DBC A; 3WU2 U; 5DG9 A; 2XGQ A; 4R8U B; 3BZC A; 5EOZ A; 3TAD A; 5ALJ A; 3QUQ A; 1UHU A; 4ED8 A; 3C2K A; 5ALN A; 4RNO A; 2ZIW A; 3TAD C; 2RDJ A; 4AYB F; 2KOB A; 2K60 A; 4EX6 A; 1TV9 A; 5AIA A; 4J9P A; 4MFF A; 2BZF A; 3H0L B; 2K4I A; 4GFJ A; 2XID A; 2VJ5 A; 2J6S A; 3KBB A; 2KNJ A; 3QNM A; 3MBY A; 4YN4 A; 2ZUC A; 4F5N A; 3RH5 A; 3HX0 A; 1S5L U; 4Y2T A; 3M9O B; 5J0S A; 1ZQR A; 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