The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
ERIEGRVAALQTAADAFYKAKNEFAAKATEDQMRLLRLQRRLEDELGGQFLDLSLHDTVTTLILGGHNKRAEQLARDFRIPDKRLWWLKLTALAD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| molecule keywords |
VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 33A
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| publication title |
Structural basis of Vps33A recruitment to the human HOPS complex by Vps16.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
38
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KMO B; 4BX9 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3G6X A; 2ASD A; 1RG6 A; 4P0Q A; 5AI5 A; 4I2E A; 2FLN A; 4J9O A; 4MEY A; 3QX7 A; 5H2F U; 2VJ4 A; 4ZH4 A; 2G07 A; 1X42 A; 5KG0 A; 4CF4 A; 3RJH A; 3MR5 A; 3ALR A; 3N28 A; 1NKB A; 1KTQ A; 2ZIV A; 4PHP A; 4J9S A; 3E58 A; 3GQC A; 1EXN A; 4JWN A; 4M9H A; 3ETR A; 4U7C A; 5ALQ A; 4JK1 A; 3MGI A; 2JR5 A; 2XI9 A; 4RPY A; 5DG8 A; 1TKD A; 3C1Z A; 2DPI A; 3JPT A; 2E8N A; 4YMN A; 3GV8 B; 5AKI A; 3BZK A; 2EH9 A; 3MGH A; 2WHE A; 2ZIX A; 2ASL A; 4TQR A; 2HVH A; 4YQW A; 4IQT A; 4UW9 A; 2F44 A; 2F1I A; 3V72 A; 2YB1 A; 4M9J A; 1N5W A; 3Q8Q B; 1SL1 A; 4NLC A; 2BDU A; 5KFL A; 4YD2 A; 1ZQT A; 3Q8S B; 5J0T A; 1ZQI A; 2I5H A; 3GU3 A; 1PZN A; 3PV8 A; 2JV3 A; 4UBC A; 4DFD A; 3J81 j; 2DF4 B; 4BWM A; 2IHM A; 3LVV A; 4EEN A; 2RHF A; 2P6U A; 2ASJ A; 5J2C A; 3BS5 B; 5ALI A; 1SGG A; 3JPQ A; 1NK6 A; 3QZ8 A; 2C28 A; 1X9S A; 4ED1 A; 4KLQ A; 5ALG A; 1KFS A; 3BDP A; 4R63 A; 3LK9 A; 2Y0S F; 3TKA A; 2W7O A; 4X5V A; 1BVS A; 2F1J A; 2ESE A; 3GDX A; 3UM9 A; 4DQQ A; 4RPX A; 3H4D A; 3RFA A; 1N56 A; 1LKY A; 9ICB A; 1YT3 A; 8ICY A; 7ICI A; 2KZM A; 1UT5 A; 2M9N A; 4KMO B; 5ALN A; 1J2N A; 4DF4 A; 2E3T A; 2ZTC A; 3RJK A; 2PFO A; 3ZDE A; 3C2K A; 3WK8 A; 5KFR A; 1URJ A; 4F4X A; 2XID A; 4J9R A; 2JGA A; 1AQ6 A; 1K5O A; 4DS4 A; 5ALD A; 2LYA A; 2XCA A; 1L6N A; 2HDO A; 2QB0 A; 1ZQF A; 5KAF U; 2Y9U A; 3F5A A; 2XGQ A; 4LZD A; 4ED3 A; 2LI6 A; 3IV6 A; 2ISO A; 4UAY A; 2KMD A; 2AXT U; 3PNC A; 2KTQ A; 5JTI A; 3GV5 B; 4IRD A; 4M04 A; 2W04 A; 1COK A; 2JEJ A; 9ICR A; 3AL0 B; 1Q46 A; 3IG5 A; 2KN7 A; 4UB2 A; 2R8H A; 4EEY A; 3K1R B; 4PGY A; 4C4R A; 3JPN A; 4DO9 A; 3SYZ A; 2Y1I A; 1V9P A; 2G08 A; 1NKE A; 3SI8 A; 2NRT A; 1Z1V A; 3ZI4 A; 2ZUC A; 1QSS A; 2BQU A; 1WCL A; 2EDU A; 5DLG A; 1L8O A; 2RRD A; 3RJJ A; 1X9M A; 3HRD D; 5D46 A; 5ALY A; 3PX0 A; 3MAB A; 4AYB F; 4OCZ A; 3EYZ A; 4QWA A; 1NK9 A; 2H3I A; 2G0A A; 3ICX A; 4I2C A; 5T14 A; 3C5F A; 1NNL A; 5E79 U; 5B66 U; 1S97 A; 2HOI A; 3H8M A; 3BQ1 A; 3RB4 A; 1ZQA A; 3ZDC A; 4CRX A; 5HHH A; 4RUA A; 9ICU A; 4E0D A; 7ICR A; 3L3F X; 3NS1 A; 4J9Q A; 2KHQ A; 1ZQS A; 2HOQ A; 5L9X A; 2YMQ A; 1XNS A; 3NVZ A; 4YR2 A; 1KRP A; 3TAP A; 2W8K A; 2QLT A; 4BDP A; 5AM2 A; 2W9B A; 4F91 B; 4O3O A; 9ICX A; 8ICJ A; 7ICU A; 4NY8 A; 1TK0 A; 3H8J A; 3EWA A; 1MSW D; 1ZQR A; 1MQ2 A; 4GIB A; 2FDR A; 5J2I A; 4O3N A; 2OHF A; 3B0Y A; 4FE3 A; 4IQV A; 3NRW A; 9ICP A; 2AU0 A; 9ICA A; 2MA1 A; 4USA A; 3QZ7 A; 5C5J A; 1L3S A; 1KKX A; 4EX6 A; 2CXY A; 4EX7 A; 2W8L A; 1ZQE A; 3V6J A; 4I2F A; 1P7D A; 7ICJ A; 3GZF A; 2Q0Z X; 5KG7 A; 4YG2 A; 4DEZ A; 3ISC A; 4FZN A; 2WF8 A; 1U4B A; 1JAL A; 1K1Q A; 2JH7 A; 2OWO A; 2EZX A; 4O3P A; 4KX5 A; 4IQW A; 3FM9 A; 4BGD A; 9ICN A; 5IIK A; 4Z6C A; 5AK3 A; 2KFZ A; 1DGS A; 1CEZ A; 5IIN A; 3QE9 Y; 4DQI A; 5KFQ A; 5HMM A; 4K4I A; 5AI9 A; 4B9U A; 3RJG A; 4QWE A; 2YY6 A; 4NJ8 A; 5DKW A; 2ZIU B; 4RT3 A; 4M47 A; 3N97 B; 3ED5 A; 5DG9 A; 2KHV A; 4RQ7 A; 2YX8 A; 3OPX A; 3C1Y A; 3H8S A; 1ZQH A; 4UB5 A; 4ECT A; 4DWI A; 9ICI A; 1L3T A; 1XWL A; 2J6S A; 1PK3 A; 2HBL A; 1ZQN A; 1N60 A; 2WF5 A; 3RH6 A; 1XS9 D; 4I2J A; 2EZY A; 1VDV A; 4GFJ A; 2FJ6 A; 2Y9T A; 2LHT A; 4JMU A; 3KFU F; 4QWD A; 4NLK A; 5KFK A; 2DUY A; 3UMG A; 1L3V A; 1FIQ A; 3L5K A; 5HR7 A; 1CRX A; 5TIS U; 2G09 A; 1LVH A; 1SL0 A; 3G6V A; 5J2A A; 4M2Y A; 3RBD A; 5J2K A; 3C28 A; 1MQ3 A; 4TUP A; 1ZQL A; 3TAD A; 2NRZ A; 8ICC A; 1S77 D; 5EWF A; 3KHG A; 2NRW A; 2HHT A; 1OW5 A; 4DSI A; 3M6Z A; 1Q3U A; 4RNN A; 2BQ3 A; 2ZIW B; 4QZB A; 1D8B A; 5ALU A; 4EBC A; 2OEH A; 5J0S A; 3SAH A; 1WWU A; 3H0L B; 2VA8 A; 1NZB A; 8ICX A; 2BR0 A; 1X40 A; 1U45 A; 1SXE A; 2BGW A; 4UQG A; 4QJF B; 1DRG A; 3F2B A; 3OHB A; 2XY7 A; 4C8O A; 4J03 A; 1TAU A; 2ZJ8 A; 2Q4T A; 5CA7 A; 5ALX A; 2JZB B; 1D9F A; 1S5L U; 3QU4 A; 4DL2 A; 1HJP A; 5KT2 A; 3NVV A; 4BX9 C; 1Z4O A; 2WF6 A; 3QXG A; 1XO0 A; 1IV8 A; 5J29 A; 5ALK A; 3KKA A; 3AU6 A; 3RTV A; 3H0R B; 4ECU A; 3D2Q A; 4YN4 A; 4RPZ A; 3ZD9 A; 3A0B U; 4MEX A; 4F8R A; 1WCN A; 1ZD3 A; 2XY5 A; 2G06 A; 2DWQ A; 3RJI A; 1ZQV A; 2ZIX B; 4Q45 A; 1SKS A; 2JEG A; 2P6R A; 5AM1 A; 3QU5 A; 3HX0 A; 1N2X A; 4YVZ A; 3ISB A; 2ZIU A; 4R8U B; 1NK4 A; 2Y1J A; 1ZQM A; 2G5H B; 1WUD A; 1HUO A; 4HYK A; 4F5N A; 4TUR A; 1RYS A; 3EZ5 A; 4JUZ A; 2KE7 A; 1SIJ A; 2PKE A; 3SR6 A; 3F2D A; 3JPS A; 4DQS A; 2PI5 A; 3SZ2 A; 4Q8E A; 5KAI U; 5J0Y A; 4QZG A; 2WTF A; 5J0R A; 4EZ6 A; 3WK5 A; 9ICS A; 2HVI A; 1ZQC A; 1S9F A; 1KW4 A; 8ICA A; 1IXR A; 1BPY A; 4UB8 U; 2OXO A; 3LYS A; 1NK8 A; 3BJY A; 7ICT A; 5HML A; 3PW4 A; 1V38 A; 4C8K A; 3WK9 A; 1ZJN A; 4CE6 A; 5DB8 A; 4DS5 A; 3GFK B; 1DXS A; 1ZQ1 C; 2DKZ A; 2RP5 A; 3AQF A; 1S76 D; 1TK8 A; 4B9V A; 9ICQ A; 2E1F A; 4JV1 A; 5AIA A; 4UAT A; 1BPB A; 2WB1 C; 1MA7 A; 9ICW A; 5AIC A; 1TFR A; 1L7N A; 2PFP A; 3T5K A; 1K1S A; 2GO7 A; 4U6P A; 4ED8 A; 4FFD A; 2J6T A; 3PW5 A; 3M9N B; 4M6W A; 1QQ5 A; 3LWM A; 5KFM A; 1Z3E B; 5KFN A; 4KLU A; 3PW7 A; 1ZOL A; 1WYG A; 2KIC A; 4DFM A; 1YZ7 A; 2JH1 A; 2EAO A; 4MFC A; 2LBO A; 2KSO A; 8ICS A; 8ICH A; 5DQI A; 1Y88 A; 5KFW A; 1S0V A; 3I1Y A; 7ICP A; 2JZB A; 3HKZ C; 1J97 A; 2HHQ A; 2XO7 A; 1ARO P; 1QTM A; 4IS7 A; 2V4Q A; 4EZ9 A; 4Z6D A; 4EEL A; 1QLN A; 2EZZ A; 5AI0 A; 2AH5 A; 4DQR A; 3D2N A; 7ICM A; 5K4L A; 4DSJ A; 3CP8 A; 1RQL A; 5HHI A; 3RJF A; 3C5G A; 4QZE A; 5D49 A; 1ZD2 P; 2PXI A; 3Q8M A; 1ZQO A; 3SV3 A; 3RBE A; 4XUS A; 5IIO A; 2FPL A; 2EAP A; 4I28 A; 3G6Y A; 1QH9 A; 2EAN A; 3GIL A; 2J6U A; 5TZV A; 3M8S A; 4OO1 J; 1UT8 A; 3NVW A; 3UXN A; 2KOB A; 1CUK A; 4YR0 A; 3SAG A; 4B6J A; 5GTH U; 2P35 A; 3TI0 A; 3AM9 A; 1KEJ A; 4Y2S A; 4R8U A; 5CB1 A; 2NRX A; 4YP3 A; 4ECW A; 2ZJA A; 1TAQ A; 4KLD A; 3RRG A; 2ISP A; 4BWJ A; 2XC9 A; 3C23 A; 4KN4 A; 4EYH B; 2AQ0 A; 3BZC A; 4Y2X A; 2W9B B; 1ZYQ A; 2KG5 A; 4QW9 A; 1Z19 A; 8ICF A; 1C20 A; 3QUB A; 3MFH A; 1T3Q A; 2DFL A; 5J8Y A; 3TFR A; 4RT2 A; 4FZL A; 4PPX A; 4KIT B; 4RQ6 A; 3M6K A; 2AHO B; 4J9K A; 2LPE A; 4ECV A; 2F2A B; 1TVA A; 7ICL A; 1D8Y A; 2AGQ A; 1VLB A; 1NK0 A; 9ICE A; 2KJ9 A; 1L7O A; 5AM3 A; 2Z7J A; 8ICE A; 2XY6 A; 3MC1 A; 1PVP A; 2NV3 A; 1SV4 A; 2BCV A; 2DQN B; 2WAQ C; 4P0P B; 5AHX A; 3H40 A; 4UAW A; 5DBB A; 5KG6 A; 4K4H A; 3M9M B; 2K4H A; 3T79 A; 3JPO A; 1KN5 A; 2VAN A; 2RDJ A; 8ICG A; 4G9B A; 2C22 A; 2I9G A; 5AI4 A; 3TAD C; 5KFO A; 5KFJ A; 3RF9 A; 1ZRM A; 3MGV A; 3QYP A; 5J2H A; 1X6J A; 2KK0 A; 5KFF A; 4QZ8 A; 4OD0 A; 1SWV A; 3B9J A; 3PO4 A; 2C2D A; 3N7P D; 2C2R A; 5KFH A; 5EWE A; 4LZG A; 2ZTD A; 1Q8K A; 5KL8 B; 8ICL A; 1T8E A; 7ICE A; 1QSL A; 4QW8 A; 2D6F C; 4UAV A; 4KLO A; 1V97 A; 4DOB A; 3RJE A; 4FZM A; 1X9W A; 5AM0 A; 1S10 A; 1PK1 B; 3CW2 C; 4GC6 A; 3WK4 A; 1MC8 A; 3PR4 A; 3TAC B; 2AQ4 A; 5D4B A; 5DDM A; 3ISD A; 3I76 A; 3HW8 A; 3RAQ A; 4ECR A; 1N61 A; 2DL0 A; 5EWG A; 3UMB A; 2YB4 A; 1N63 A; 2KZ3 A; 5AKG A; 1GO3 F; 8ICU A; 5CJ7 A; 3KKA C; 4DL7 A; 3MR6 A; 3GIM A; 5AKJ A; 3UMC A; 2EQY A; 4RUC A; 1S0M A; 9ICM A; 1TK5 A; 3MDA A; 2LMR A; 2W03 A; 5AKZ A; 2KKP A; 4KMU A; 4PL2 A; 3QEA Z; 5DQG A; 4ED2 A; 5IIJ A; 3GIK A; 1BPD A; 2L5Y A; 4UAS A; 5G5G A; 4YMO A; 3OSP A; 2R8I A; 4Y2J A; 2XCP A; 8ICP A; 3AMZ A; 5ALL A; 4YR3 A; 3T5H A; 4O3S A; 4KLS A; 2PFQ A; 3QUC A; 1SZP A; 4F92 B; 1IIP A; 5EE1 A; 2HSZ A; 9ICF A; 3NAS A; 2K60 A; 1ZJM A; 5KTQ A; 3RH4 A; 5DBC A; 4DLE A; 2B0C A; 3JPR A; 2BPF A; 2KIV A; 5J2E A; 2H3Z A; 4IL6 U; 1S8O A; 4DSF A; 2ODG A; 3E0F A; 2KVS A; 4DCC A; 1KFT A; 2JMG A; 3U26 A; 1MN8 A; 2F76 X; 5DG7 A; 3H0M B; 5JRT A; 1NI3 A; 2HHV A; 5KG4 A; 1HEK A; 5KT4 A; 4Z6E A; 3PML A; 1L8L A; 4EBE A; 4KLL A; 4P0P A; 1U9L A; 1PVQ A; 2LYB A; 3SAF A; 1ZQJ A; 3QNM A; 5KG5 A; 5J0U A; 2ZTE A; 3TFS A; 1ZQK A; 4ELT A; 2E8O A; 2F1H A; 5KT7 A; 4YFK A; 3MDC A; 4KN7 A; 8ICM A; 4I2G A; 4RNM A; 4KLJ A; 2W9A A; 4J9L A; 4F4K A; 4C8N A; 2IOF K; 4I2A A; 4F72 A; 4R65 A; 2HW3 A; 7ICO A; 3WKA A; 2W3S A; 4NM2 A; 8ICI A; 2ZJ5 A; 1T7P A; 3ETL A; 3C29 A; 1DK2 A; 4KLH A; 5J0P A; 3Q8P B; 3NRZ A; 4ED7 A; 2NO5 A; 1XSL A; 2JRZ A; 4K4G A; 2DKX A; 1IG6 A; 2OCE A; 4QZI A; 4YCX A; 1SKR A; 1PK1 A; 2BPC A; 1ZQG A; 2F8L A; 4IR1 A; 5GTI U; 1S0O A; 4F2S A; 1B0X A; 3K4G A; 5CHG A; 4I2I A; 4MF2 A; 3PX4 A; 2JEI A; 5C0Y A; 4JWM A; 3IM1 A; 2LYH A; 5JU5 A; 2VJ5 A; 5KG2 A; 4B9M A; 2GOL A; 1SXD A; 1SWW A; 1UCV A; 2FMQ A; 3H7I A; 3IDW A; 4DLG A; 1OUQ A; 2D3D A; 5AKL A; 2QB1 A; 1JXE A; 1N48 A; 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1FEZ A; 2KD1 A; 2MUT A; 4GLX A; 2QAR A; 4F50 A; 1SZH A; 4NLB A; 4OJL A; 3MR3 A; 3M9O B; 4QZF A; 4P4P A; 3OGU A; 3DV9 A; 1DOQ A; 4US8 A; 2BPG A; 1ZQW A; 1M6Y A; 2HHW A; 3PZP A; 3EPG A; 4J9N A; 1L3U A; 4UAU A; 1JI7 A; 2WAQ F; 2R8K A; 1NJX A; 5ALO A; 1FFV A; 3MR2 A; 1O08 A; 4ECQ A; 4RQ0 A; 4LVS A; 2W55 A; 3HJE A; 1JXL A; 2R18 A; 1B22 A; 3A0H U; 3KHL A; 1QSY A; 4KX3 A; 2HHX A; 2A1J B; 3V7J A; 3ZDD A; 4NV0 A; 5KFT A; 3MBY A; 1ZQU A; 5J0W A; 3M8R A; 3SV4 A; 4YXJ A; 5AK6 A; 5KNI A; 4ECX A; 2ZG6 A; 4NLG A; 1ED1 A; 4RQ2 A; 8ICW A; 2IA6 A; 3KHR A; 4IRC A; 4UB1 A; 1NOM A; 2FLL A; 4QZ9 A; 4P4O A; 5DB7 A; 4BJQ A; 4UB6 U; 3OJS A; 3DDH A; 4OJ6 A; 4OJP A; 1UHU A; 5B5E U; 4YXM A; 4PGQ A; 3TAQ A; 3HPO A; 1ZRN A; 1KDH A; 4FBU A; 1L5U A; 9ICH A; 5F9N A; 5DGA A; 3UXO A; 4ZOH C; 2OM6 A; 3UPQ A; 1LV5 A; 1ZD4 A; 1F0M A; 2ZXH A; 8ICR A; 4QZD A; 3QUT A; 1B4F A; 1Z4N A; 2GWS A; 5KFE A; 4FS1 A; 5IIM A; 5KT3 A; 1JX4 A; 4DFJ A; 3N4M B; 2XIC A; 4PL1 A; 1KQQ A; 1JRP A; 8ICK A; 1ZXI A; 4CF3 A; 3Q8L A; 2KNJ A; 2F77 X; 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