The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
SVLSGGELDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTIAVLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEEQNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| molecule keywords |
Gag-Pol polyprotein
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| publication title |
Enantiomeric Atropisomers Inhibit HCV Polymerase and/or HIV Matrix: Characterizing Hindered Bond Rotations and Target Selectivity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
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| total genus |
41
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2013-03-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ICA A; 2GOL A; 1HEK A; 2H3V A; 1ED1 A; 4IC9 A; 1A6S A; 1TAM A; 2JMG A; 2LYA A; 1HIW A; 1L6N A; 2K4I A; 2H3Z A; 2H3I A; 2HMX A; 2H3F A; 2LYB A; 2K4H A; 2K4E A; 2N1R A; 1ECW A; 4JMU A; 2NV3 A; 1UPH A; 2H3Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ACO A; 4ED2 A; 4I2D A; 2JH7 A; 1WG8 A; 4K4I A; 3GFK B; 4QZE A; 2DKZ A; 4KLE A; 3KHL A; 5AKE A; 2K4I A; 3M6Z A; 1GO3 F; 3EPG A; 3WKC A; 5CWR A; 5HR7 A; 2B6G A; 4NY8 A; 2KIW A; 3PR5 B; 5AK3 A; 2HVI A; 1PVR A; 1L7M A; 2JZB B; 1SIJ A; 1ZQV A; 2XY7 A; 3F2D A; 5DB7 A; 2P6R A; 4IQU A; 4YXM A; 5DDY A; 8ICP A; 3BQ1 A; 1ZXI A; 2KEY A; 2AGP A; 2XIC A; 8ICX A; 5KG4 A; 5KFC A; 3Q8R B; 2ISO A; 1S5L U; 2RLT A; 4F4Z A; 2HBM A; 2QAR A; 3LWL A; 3D2S A; 4QZF A; 1SV0 C; 3TQ1 A; 3KZI U; 3H40 A; 3CRX A; 5IIM A; 3QZ7 A; 5CP2 A; 7ICJ A; 4FS2 A; 1TFR A; 3GV5 B; 2Y9T A; 8ICL A; 5KG2 A; 1WUD A; 9ICJ A; 1B4F A; 2ZUB A; 4YMO A; 4DL3 A; 4RNN A; 3UXN A; 3GU3 A; 2ZXI A; 3ZD9 A; 2DUY A; 4F71 A; 3SEI A; 4C4R A; 4ED6 A; 1J2M A; 2PFO A; 1Y88 A; 5KFX A; 4FBT A; 3E2E A; 2ZG6 A; 3PX6 A; 3Q8S B; 3TAD A; 3TFS A; 4LZD A; 3C2K A; 3DDH A; 4UBC A; 3VCB A; 2YN4 A; 3H4B A; 3HW8 A; 1RYR A; 4DQP A; 3Q8K A; 4Q44 A; 3RB4 A; 4J9N A; 3QU2 A; 3IHQ B; 4OJL A; 5KFN A; 4M9H A; 1BVS A; 4QWD A; 2ZIU A; 3UM9 A; 2PI5 A; 3PW7 A; 4DSF A; 2V4R A; 4ICA A; 2OYY A; 2B21 A; 4U7C A; 3LWM A; 3MDC A; 3G6V A; 8ICW A; 4JK1 A; 1NJX A; 2UVW A; 3HWT A; 4P0Q A; 8ICA A; 5KG0 A; 5HP4 A; 3D2N A; 1NJW A; 3OGU A; 4RQ3 A; 4IS7 A; 1RQL A; 1NKC A; 4OJP A; 5KFD A; 3L4P A; 4MHV A; 4UB4 A; 3AM9 A; 1SV0 A; 2ZJA A; 2KFZ A; 9ICQ A; 3RJE A; 3WK9 A; 1ZD4 A; 3QZ8 A; 3BQ0 A; 2F44 A; 1YZ6 A; 4NLN A; 2BPF A; 2R8H A; 4US9 A; 1ZQW A; 4NM1 A; 2W04 A; 9ICX A; 1DK2 A; 1Q46 A; 4RT3 A; 5AKH A; 5ALZ A; 4Y2T A; 2ZJ8 A; 1T7P A; 2ZTC A; 1MSW D; 3T5K A; 4ELT A; 3BZK A; 5AI4 A; 1Q3U A; 3F5A A; 4RNM A; 3LK9 A; 5A0L A; 4E0D A; 1Z1B A; 3HJE A; 3FC4 A; 5KG6 A; 4PL2 A; 5CJ7 A; 2W3S A; 4XA5 A; 3JPR A; 2GOL A; 1ZQU A; 2OEH A; 5J0X A; 4F93 B; 4LZG A; 4BDP A; 4AP9 A; 1ZRM A; 3MR3 A; 2OM6 A; 5ALS A; 3N97 B; 5DBA A; 7ICL A; 1ZOL A; 1BPY A; 4O3R A; 5JRT A; 4RQN A; 3WKB A; 5GTI U; 3PO5 A; 3PML A; 5EOZ A; 2HOQ A; 1B0X A; 4F5R A; 5DLG A; 5KFA A; 3K75 D; 4QZA A; 9ICR A; 4UAY A; 1JN3 A; 2C22 A; 1CRX A; 4K4G A; 3EYZ A; 4DOA A; 1KFD A; 2F1J A; 2LM1 A; 5KFY A; 2D6F C; 3WKD A; 4KTQ A; 1BPE A; 2NV3 A; 2LI6 A; 4O5K A; 1WYG A; 4EYI B; 8ICI A; 1HEK A; 4I2I A; 9ICV A; 4UB3 A; 1D8B A; 2Y1I A; 3WKE A; 5J2F A; 4KLU A; 1EXN A; 2NYV A; 2IOH A; 4DL7 A; 3TAP A; 1ZQI A; 2JEI A; 3GIL A; 5DG8 A; 2KIV A; 1ZQB A; 3ICX A; 1JXE A; 4C7Y A; 2RRD A; 3MR6 A; 2KZ3 A; 4JWM A; 2KJ9 A; 4CRX A; 2K60 A; 8ICY A; 3AL0 B; 5DQH A; 1ZQZ A; 2F1I A; 2H3Z A; 4PHA A; 1URJ A; 5CEH A; 2E8O A; 5AM4 A; 4M6W B; 5K4L A; 9ICP A; 4C80 A; 1FFV A; 3ETR A; 5EE0 A; 1TE2 A; 1TVA A; 2VJ5 A; 5DB9 A; 1KRP A; 3KOO A; 3WK4 A; 9ICF A; 4AYB F; 3RH4 A; 8ICN A; 2IA6 A; 4I2F A; 4MF8 A; 1LV5 A; 3KBB A; 4M2Y A; 1IXR A; 3L5K A; 4P0P B; 2K4E A; 2F2A B; 1V38 A; 1LKY A; 5J0T A; 1F0M A; 3AU6 A; 1X66 A; 3C1Z A; 3G6X A; 2KIC A; 2JMG A; 3MGH A; 4C4S A; 3MAB A; 5AI6 A; 2H3F A; 2HBL A; 3AUO A; 1F44 A; 2HHT A; 3GV8 B; 5EE9 A; 5GTH U; 4O5C A; 4Y2U A; 3TI0 A; 2KZM A; 2L5Y A; 2WAQ F; 3AMZ A; 3OSP A; 3PW4 A; 3PR4 A; 2ZIX B; 2GWS A; 2W9C A; 2K8A A; 3IV6 A; 4R66 A; 4UAZ A; 1VLB A; 5J0R A; 5ALT A; 4KLF A; 3SEN A; 4GXI A; 3RBD A; 5FP0 A; 3Q8Q B; 4EZ9 A; 4DWI A; 4CNQ A; 2NRX A; 3A0H U; 2MUT B; 2BDP A; 5J0Q A; 4EEY A; 3QEA Z; 5AKL A; 4QWC A; 4KLI A; 2ESE A; 3I28 A; 2FPM A; 2AXT U; 4J03 A; 2G5I B; 4R65 A; 3VC8 A; 3KZX A; 4CF4 A; 4ED0 A; 4QW9 A; 2W7P A; 1SL1 A; 2KHQ A; 1XS9 D; 1BPX A; 5ALE A; 2PI4 A; 1PVP A; 1PVQ A; 5F3X B; 1N60 A; 2FMP A; 3RB6 A; 1ZET A; 5KAF U; 3NAS A; 1S9F A; 2W11 A; 1UA1 A; 5L1L A; 4QZ8 A; 4DSJ A; 1FIQ A; 5KTQ A; 2M0N A; 2ASL A; 7ICN A; 4BJQ A; 2OWO A; 4DQR A; 2W8L A; 4ED8 A; 3SAF A; 5L1M A; 3D6J A; 3M9N B; 1JXL A; 2EZY A; 3TKA A; 3H7I A; 5HMM A; 1SKS A; 3SQI A; 7ICT A; 2WHE A; 3QUB A; 1YZ7 A; 2PMZ F; 4EX7 A; 1WCL A; 1U48 A; 2W7O A; 7ICS A; 4O3P A; 2XCA A; 1RZT A; 2D8C A; 4NL9 C; 1N61 A; 1OUQ A; 4NLZ A; 1TAQ A; 5KNI A; 2NRT A; 5KT2 A; 3K1R B; 1TK0 A; 4I2G A; 3HX0 A; 4IRK A; 1UA0 A; 4Y2S A; 8ICF A; 4O3S A; 2FJ6 A; 4F50 A; 2OHF A; 5ALK A; 3JPO A; 4A8E A; 4FS1 A; 3ZDC A; 2E8M A; 3BS5 B; 3N7R C; 2XY5 A; 1ZQX A; 4RQ5 A; 1K5O A; 4CGZ A; 8ICS A; 8ICO A; 2W3R A; 9ICI A; 1ZQR A; 3QEB Z; 2C2D A; 3RR8 A; 3TAQ A; 4DSK A; 3HRD D; 3QU4 A; 4Q43 A; 9ICO A; 5III A; 4I27 A; 1WWU A; 1UCV A; 1U9L A; 4DSL A; 1DOQ A; 2JEG A; 2W55 A; 1T4G A; 2BCV A; 3Q8M A; 5EWE A; 1ZQ1 C; 2BQ3 A; 1ZQQ A; 4EEN A; 3MR5 A; 4JUZ A; 2AGQ A; 1RXW A; 4UB1 A; 4KLT A; 2Z7J A; 4FZL A; 2ASD A; 4QZG A; 3T79 A; 2Y1J A; 2ZXH A; 1RM6 C; 3F2B A; 1OXJ A; 4MEX A; 8ICU A; 4TUS A; 3JPN A; 3MBY A; 2JH1 A; 1ZQK A; 3BJY A; 2G5H B; 3C5F A; 1Z00 B; 2CPR A; 4J9P A; 4NL9 A; 2BCQ A; 4Q45 A; 1UT5 A; 1TKD A; 2HOI A; 3C2L A; 4IRC A; 5C0Y A; 2W9M A; 7ICO A; 2H3I A; 4DF4 A; 5E79 U; 5J0O A; 1ARO P; 4RQ6 A; 3L3F X; 2IOF A; 1QTM A; 1PUZ A; 2VJ4 A; 4R8U A; 4Z6D A; 1NKE A; 2KKP A; 2EQY A; 5HHI A; 1SKR A; 4P4P A; 2DF4 B; 2NRV A; 1PZN A; 4QZI A; 1CEZ A; 4P2H A; 4RQ2 A; 5J0W A; 1S76 D; 2CRX A; 3IN5 A; 1K1Q A; 5J0Y A; 2GO7 A; 2WB1 C; 4DOB A; 2ALZ A; 2K8B B; 2EAN A; 3IP4 B; 4DS5 A; 3NRW A; 3ETL A; 1PK1 A; 3T5H A; 2ZTE A; 2E1F A; 2QB0 B; 5AI5 A; 3RF9 A; 3PSP A; 1K1S A; 3F53 A; 1DGJ A; 3RJJ A; 7ICH A; 4M9L A; 4XQ8 A; 4C8M A; 2EZZ A; 4QW8 A; 4YD1 A; 2NO5 A; 1JIH A; 2FMQ A; 2AQ0 A; 5AI9 A; 5D49 A; 5L1J A; 4Y2R A; 3TFR A; 2QLT A; 1NK0 A; 1BPD A; 2YY6 A; 3FM9 A; 3J81 j; 4ECT A; 3UXP A; 3V6H A; 1SXE A; 3H0R B; 2JRZ A; 4UB2 A; 4F5P A; 1SZP A; 2FLL A; 3BQ7 A; 5TIS U; 7ICI A; 3UMG A; 4QZB A; 1MQ2 A; 4KMO B; 4IQT A; 3UMB A; 4B9T A; 4EBD A; 1XSN A; 2E5S A; 1ED1 A; 1ZQC A; 3GIM A; 3OJS A; 3SD7 A; 2ATL A; 3M1Y A; 3QNM A; 4DEZ A; 4C8N A; 3WK6 A; 4C7Z A; 3HP6 A; 2KV2 A; 2AJQ A; 5J8Y C; 2KVC A; 4C8K A; 4F8R A; 5KT7 A; 1FEZ A; 2KSO A; 3ALR A; 5KFL A; 3MFH A; 3HKZ C; 3RB3 A; 4TUP A; 2ZTD A; 2FPK A; 1L7P A; 3ZDE A; 5AM5 A; 4YG2 A; 4ECX A; 3PMN A; 1ZD5 A; 5DB8 A; 1KSP A; 3H0L B; 3WK7 A; 1C7Y A; 2KJ8 A; 3FYH A; 2JEF A; 1KEJ A; 5TZV A; 3MDA A; 9ICU A; 3Q8P B; 3RJH A; 1QQ7 A; 1J97 A; 4RQ1 A; 1NZP A; 5J0P A; 2LPE A; 2V9W A; 5KT3 A; 1SL2 A; 4BXO A; 3UXO A; 4PJ0 U; 4DQQ A; 3QE9 Y; 2F8L A; 4YMN A; 3RTV A; 2P66 A; 2ZUD A; 2C2E A; 1OW5 A; 4NV0 A; 1L8O A; 2C2R A; 2HI0 A; 3GIK A; 2XY6 A; 1MC8 A; 3SR6 A; 3AN1 A; 3MR2 A; 2AU0 A; 5J2E A; 8ICJ A; 4F5Q A; 2LBO A; 2AGO A; 1NJY A; 1SGG A; 4Q8F A; 4UAV A; 1ZYQ A; 5DQI A; 1ZQO A; 3ED5 A; 3BQ2 A; 4RNO A; 4KLD A; 4UB8 U; 3ZDD A; 3NVV A; 5J8Y A; 5KFJ A; 1KW4 A; 4KIT B; 1S0N A; 2A19 A; 3AEV A; 2LM4 A; 4I2A A; 4O5E A; 1BGX T; 3GZF A; 3R9K A; 4NWI A; 3MC1 A; 4UB6 U; 1X2I A; 1N63 A; 1QQ5 A; 2G06 A; 2BQU A; 5DG7 A; 1BNO A; 3KHR A; 4DL6 A; 4Y2J A; 4F5N A; 3CP8 A; 1N5X A; 1SWW A; 4EEK A; 4MF2 A; 3HT3 A; 1RXV A; 2YB4 A; 3T3F A; 1Z00 A; 1L3T A; 2BDU A; 1WCN A; 5L1I A; 2XGQ A; 1ZQF A; 4LVS A; 1T94 A; 1KLN A; 3GV7 B; 2YTU A; 5J0S A; 4KLM A; 5KFS A; 3JPT A; 4QWB A; 1RG6 A; 4B6J A; 3EUB 2; 4FE3 A; 3V72 A; 4RQ8 A; 1D9D A; 4RQ4 A; 3K1Z A; 2W8K A; 5ALX A; 2NRW A; 2JZB A; 2BKE A; 2AHO B; 4R64 A; 4RT2 A; 4QNL A; 5HNK A; 1TK8 A; 2DKX A; 1L3S A; 1MN8 A; 2ZIV B; 1L5U A; 5JTI A; 2JEJ A; 4EBC A; 3PY8 A; 2BQR A; 1Z4N A; 2MU2 A; 2DL0 A; 4I2E A; 2DQN B; 2KZZ A; 3THV A; 4M04 A; 2JV3 A; 3ISB A; 1V9P A; 1A6S A; 3ISD A; 3T5J A; 2G09 A; 4ECZ A; 4B9V A; 1IG6 A; 1ZQN A; 3KKA C; 1NJZ A; 1KFT A; 5CB1 A; 1BNP A; 9ICW A; 4C0Z A; 4NXZ A; 4KLG A; 3I1Y A; 1MQ3 A; 1KN5 A; 2WF8 A; 1COK A; 2YML A; 4KN7 A; 4HYK A; 1X9X A; 1B22 A; 1UQV A; 5L9X A; 4PGX A; 9ICL A; 2KVS A; 4YVZ A; 3DV9 A; 5DQG A; 2FDR A; 1XSP A; 2JR5 A; 5JUM A; 4J9S A; 5AM2 A; 7ICQ A; 3ISC A; 1SXD A; 3PV8 A; 4DFM A; 1CI4 A; 4J9O A; 3RJG A; 5ALH A; 4F3O A; 1XSL A; 4DQI A; 2I5H A; 3F2C A; 2VA8 A; 4OJ6 A; 1DGS A; 1JRO A; 3M7D A; 9ICH A; 3NGD A; 2IMW P; 2XO7 A; 5BPC A; 4CF3 A; 4F91 B; 2BCS A; 4GC7 A; 4J9Q A; 4DL2 A; 4UAR A; 3OSN A; 4Y2X A; 5J0U A; 1WWV A; 4CF5 A; 4RU9 A; 4PHP A; 5J2J A; 5AKG A; 4X5V A; 2ZUC A; 2A1J B; 2J6T A; 1QCK A; 3C21 A; 5AIC A; 3EPI A; 5DB6 A; 4USA A; 4F5O A; 7ICE A; 3ORY A; 3OPX A; 4JV2 A; 5EE3 A; 2R8K A; 4DSI A; 4F4W A; 4DFP A; 8ICG A; 3RH5 A; 2VA2 A; 2HVH A; 5J2G A; 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1QQ6 A; 3PW0 A; 1ZQH A; 2LYA A; 3SV3 A; 5BOM A; 3T5L A; 4JV0 A; 4EYH B; 1N5W A; 4OCZ A; 5L1K A; 2DPI A; 2N1R A; 1VDV A; 5KL1 B; 2HHV A; 2KMD A; 4M6W A; 3NRZ A; 2W9A A; 3EWA A; 4EZ6 A; 4I28 A; 2W03 A; 3TAN A; 4FZM A; 9ICM A; 4JB3 A; 1NKB A; 1HIW A; 1X9M A; 1NK7 A; 2F8K A; 3SI8 A; 4M9G A; 4KN4 A; 2PXI A; 4B9L A; 4O3Q A; 3CNH A; 3EW9 A; 4EX6 A; 1NOM A; 4P0P A; 4G9B A; 4NM2 A; 5J2K A; 3M8R A; 1IV8 A; 2MRL A; 5JU5 A; 4QZH A; 3JPS A; 4PGY A; 1SB3 C; 3PNC A; 3HKZ F; 4RQM A; 1SWV A; 5AIB A; 4B9N A; 1U47 A; 3NUQ A; 3C29 A; 4FBU A; 3U26 A; 8ICK A; 2XGP A; 1TV9 A; 5G5H A; 3N4M B; 1XO0 A; 3H8S A; 4CCH A; 1L7O A; 1L3U A; 1L6N A; 4IL6 U; 2ZIX A; 4PGQ A; 2KJ5 A; 2G08 A; 4IR9 A; 2PKE A; 4O3M A; 2KD1 A; 4B9M A; 4OO1 J; 3TAD C; 2KP7 A; 3BZC A; 4UB5 A; 1BPZ A; 1A77 A; 5DLF A; 5CR0 A; 2H3Q A; 2P6U A; 3IG8 A; 1QSS A; 4DL5 A; 3AU2 A; 2YMQ A; 2MUT A; 4JV1 A; 5KFP A; 2UVR A; 5BOL A; 4UW9 A; 5KFZ A; 2M9N A; 2O6K A; 4J9L A; 4QWE A; 4GFJ A; 3H8M A; 2QB1 A; 3LYS A; 3HIL A; 3RB0 A; 5AK4 A; 1ZQG A; 5KT6 A; 4M9N A; 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